近江牡蛎SLC13基因家族的全基因组鉴定及急性高盐胁迫下的表达特征
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葛广玉(1996–),男,硕士研究生,研究方向为贝类种质资源与遗传育种.E-mail:gegy001@163.com

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青岛海洋科学与技术试点国家实验室山东省专项经费项目(2021QNLM050103); 山东省重点研发计划项目(2021LZGC028); 中央级公益性科研院所基本科研业务费项目 (2021XT0101); 国家重点研发计划项目(2022YFD2400100).


Genome-wide identification of the SLC13 gene family in Crassostrea arakensis and its expression characteristics in gill under acute salt stress
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    摘要:

    溶质载体 13 (solute carrier 13, SLC13)是 SLC 转运蛋白超家族的重要成员, 编码结构相似的跨膜蛋白, 在介导转运阴离子和柠檬酸循环代谢中间体中发挥重要作用。近江牡蛎(Crassostrea ariakensis)基因家族收缩和扩张分析表明, SLC13 家族显著扩张, 可能与渗透压调节密切相关。为进一步探讨近江牡蛎 SLC13 基因家族(CarSLC13) 特征及在高盐胁迫下的表达变化, 本研究运用生物信息学方法对 CarSLC13 进行鉴定, 并分析了其基因结构、染色体定位、系统进化和在急性高盐胁迫后鳃组织中的表达特征。本研究共鉴定出 11 个 CarSLC13 基因, 包括 1 个 CarSLC13A1 亚家族成员, 6 个 CarSLC13A2 亚家族成员和 4 个 CarSLC13A5 亚家族成员, 其中 7 个家族成员蛋白的理化性质较为稳定, 不稳定系数均小于 40; 亚细胞定位预测显示, 所有 CarSLC13 均定位到细胞膜或内膜; 染色体定位结果显示, 11 个 SLC13 基因定位在 6 条染色体上, 在第 3 号染色体上的部分基因发生了串联复制; 该基因家族成员都具有钠-硫酸盐共转运蛋白跨膜结构域(PF00939), 该结构域与渗透压调节功能相关; 盐度为 40 的人工海水急性胁迫近江牡蛎 0 h、6 h 和 12 h 后, 鳃组织中的 CarSLC13A2CarSLC13A5 亚家族的基因整体上表现为先升高再降低的表达趋势, 而 CarSLC13A1 亚家族基因表达量随胁迫时间的增加而降低。本研究明确了 CarSLC13 家族的基因特征、系统进化及对急性高盐胁迫的响应规律, 丰富了双壳贝类 SLC13 基因家族的研究资料, 为进一步探讨该家族在渗透压调节中的作用提供了参考数据。

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引用本文

葛广玉,迟长凤,王振原,刘志鸿,王岩,陈夕,孙秀俊,周丽青,吴彪.近江牡蛎SLC13基因家族的全基因组鉴定及急性高盐胁迫下的表达特征[J].中国水产科学,2023,30(2):127-137
GE Guangyu, CHI Changfeng, WANG Zhenyuan, LIU Zhihong, WANG Yan, CHEN Xi, SUN Xiujun, ZHOU Liqing, WU Biao. Genome-wide identification of the SLC13 gene family in Crassostrea arakensis and its expression characteristics in gill under acute salt stress[J]. Journal of Fishery Sciences of China,2023,30(2):127-137

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  • 在线发布日期: 2023-04-20
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