| 低氧—复氧胁迫下脊尾白虾鳃组织差异表达基因趋势分析 |
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| 引用本文： | 史文军,王盼,胡润豪,万夕和,沈辉,黎慧,王李宝,乔毅,蒋葛,成婕.低氧—复氧胁迫下脊尾白虾鳃组织差异表达基因趋势分析[J].南方农业学报,2022,53(3):735-747. |
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| 作者姓名： | 史文军 王盼 胡润豪 万夕和 沈辉 黎慧 王李宝 乔毅 蒋葛 成婕 |
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| 作者单位： | 1. 江苏省海洋水产研究所, 江苏南通 226007;2. 中国科学院烟台海岸带研究所, 山东烟台 264003;3水产科学国家级实验教学示范中心(上海海洋大学), 上海 201306 |
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| 基金项目： | 南通市科技计划项目;江苏省农业重大新品种创制项目;江苏省农业科技自主创新项目;南通市226工程科研项目 |
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| 摘 要： | 【目的】探究脊尾白虾（Exopalaemon carinicauda）鳃组织在渐变式低氧—复氧胁迫下的分子调控机制，为今后开展脊尾白虾耐低氧品系（种）的选育提供理论指导。【方法】通过模拟自然低氧环境的形成过程，分别于低氧处理0（对照）、3和6 h及复氧后1和8 h采集脊尾白虾鳃组织，利用Illumina HiSeqTM 4000测序平台进行转录组测序分析，经过滤和Trinity组装获得Unigenes，选取Nr、Swiss-Prot、KEGG和COG/KOG等数据库进行注释分析，在Omicsmart平台上完成差异表达基因筛选及其表达趋势分析，然后进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析，并随机选取5个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证。【结果】脊尾白虾鳃组织样本转录组测序数据经过滤后的Cleanreads进行Trinity组装共获得93227条Unigenes，其长度范围在201~35402 bp，平均长度为834 bp，N50长度为1352 bp。通过组间两两比较分析，共鉴定出4750个差异表达基因，其中上调差异表达基因3557个、下调差异表达基因2829个；超过50%的差异表达基因被显著富集到6种基因表达趋势模式中（P<0.01），具体表现为:Profile 0模式富集到415个基因，Profile 5模式富集到201个基因，Profile 11模式富集到371个基因，Profile 13模式富集到841个基因，Profile 17模式富集到387个基因，Profile 18模式富集到411个基因。6种基因表达趋势模式中的差异表达基因被注释到代谢进程、细胞进程、单一有机体进程、细胞、细胞零件、大分子复合物及催化活性等GO功能条目上；而KEGG信号通路富集分析结果显示，以Profile 13模式中的差异表达基因富集到最多信号通路（86条），其中呈显著富集的有8条，分别为核糖体、碳代谢、氧化磷酸化、氨基酸生物合成、内质网蛋白质加工、糖酵解/糖异生、谷胱甘肽代谢和蛋白输出。【结论】脊尾白虾鳃组织在受低氧胁迫早期通过合成蛋白质及提高代谢能力来抵御低氧环境，随着低氧胁迫时间的延长，物质合成和能量代谢活动均显著下降；但在复氧后随着复氧时间的延长，其蛋白质合成和能量代谢水平又逐渐升高恢复至常氧水平。
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| 关 键 词： | 脊尾白虾 低氧—复氧 鳃组织 转录组测序 趋势分析 |
| 收稿时间： | 2021-02-07 |
Trend analysis of differentially expressed genes in gill of Exopalaemon carinicauda under hypoxia-reoxygenation stress |
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| SHI Wen-jun,WANG Pan,HU Run-hao,WAN Xi-he,SHEN Hui,LI Hui,WANG Li-bao,QIAO Yi,JIANG Ge,CHENG Jie.Trend analysis of differentially expressed genes in gill of Exopalaemon carinicauda under hypoxia-reoxygenation stress[J].Journal of Southern Agriculture,2022,53(3):735-747. |
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| Authors: | SHI Wen-jun WANG Pan HU Run-hao WAN Xi-he SHEN Hui LI Hui WANG Li-bao QIAO Yi JIANG Ge CHENG Jie |
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| Affiliation: | 1. Institute of Oceanology and Marine Fisheries, Nantong, Jiangsu 226007, China;2. Yantai Institute of Coastal Zone Research, Chinese Academy of Sciences, Yantai, Shandong 264003, China;3 National Demonstration Center for Experimental Fisheries Science EducationShanghai Ocean University, Shanghai 201306, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | |
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