| 西伯利亚白刺基因组信息初探 |
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| 引用本文： | 朱礼明,黎梦娟,张景波,杨秀艳,成铁龙.西伯利亚白刺基因组信息初探[J].林业科学研究,2020,33(1):144-151. |
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| 作者姓名： | 朱礼明 黎梦娟 张景波 杨秀艳 成铁龙 |
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| 作者单位： | 南京林业大学,林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室,江苏南京210037;南京林业大学南方现代林业协同创新中心,江苏南京210037;中国林业科学研究院沙漠林业实验中心,内蒙古磴口 015200;中国林业科学研究院国家林业和草原局盐碱地研究中心,北京100091 |
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| 基金项目： | 唐古特白刺SOS信号通路在耐受高盐胁迫中的作用及其表观遗传分析 |
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| 摘 要： | 目的]为了解西伯利亚白刺(Nitraria sibirica Pall)基本基因组信息,如基因组大小、复杂程度等特征。方法](1)以西伯利亚白刺的幼苗嫩叶为材料,以番茄为标定,用解离液mG解离叶片后,经流式细胞仪检测细胞悬液,收集细胞并计算西伯利亚白刺的C值。(2)通过构建小片段文库,进行Illumina HiSeq测序并分析测序结果,预估其基因组大小、GC含量、杂合率、重复序列比例等,使用MISA脚本对过滤后数据进行SSR位点分析。结果]西伯利亚白刺预估全基因组大小为526.30 Mbp,基因组GC含量为36.78%,基因组杂合率为0.90%,重复序列比例为55.39%.对测序数据进行SSR位点标记,共得到521125个SSR位点,其中,单核昔酸重复为342883个,占总SSR位点的65.80%。结论]由各项分析指标推测西伯利亚白刺为复杂基因组,可以采用二代Illumina与三代PacBio测序辅以Hi-C技术联合分析,有利于西伯利亚白刺基因组的组装及基因图谱的获取。
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| 关 键 词： | 西伯利亚白刺 流式细胞术 基因组大小 GC含量 SSR标记 |
A study on Nitraria sibirica Pall Genome |
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| ZHU Li-ming,LI Meng-juan,ZHANG Jing-bo,YANG Xiu-yan,CHENG Tie-long.A study on Nitraria sibirica Pall Genome[J].Forest Research,2020,33(1):144-151. |
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| Authors: | ZHU Li-ming LI Meng-juan ZHANG Jing-bo YANG Xiu-yan CHENG Tie-long |
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| Affiliation: | (Key Laboratory of Forest Genetics and Biotechnology,Nanjing Forestry University,Nanjing 210037,Jiangsu,China;Co-Innovation Center for Sustainable Forestry in Southern China,Nanjing 210037,Jiangsu,China;Experimental Centre of Desert Forestry,Chinese Academy of Forestry,Dengkou 015200,Inner Mongolia,Mongolia,China;Chinese Academy of Forestry,Beijing 100091,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Nitraria sibirica Pall Flow cytometry genome size GC content SSR molecular marker |
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