| 基于转录组测序技术的黄唇鱼SSR分子标记筛选 |
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| 引用本文： | 赵彦花,区又君,温久福,李加儿,周慧.基于转录组测序技术的黄唇鱼SSR分子标记筛选[J].南方农业学报,2019,50(9):2078-2087. |
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| 作者姓名： | 赵彦花 区又君 温久福 李加儿 周慧 |
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| 作者单位： | 中国水产科学研究院南海水产研究所/农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室,广州 510300上海海洋大学水产与生命学院/水产科学国家级实验教学示范中心,上海 201306中国水产科学研究院南海水产研究所/农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室,广州,510300 |
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| 基金项目： | 国家重点研发计划;广东省扬帆计划;广州市科技计划 |
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| 摘 要： | 目的]筛选出可用于黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)遗传资源评价及亲缘鉴定的SSR分子标记,为开展其保护遗传学研究打下基础.方法]利用Illumina HiSeq 4000测序平台对野生黄唇鱼样本进行转录组测序,采用TGICL对转录组数据进行聚类去冗余以获得Unigene,并通过生物信息学方法进行功能注释分类、代谢通路和SSR特征分析等.结果]黄唇鱼混合组织的转录组测序共获得13.43 Gb数据,经组装并去冗余后获得65047条Unigenes.采用BLAST对组装获得的Unigenes进行七大功能数据库(NR、NT、GO、COG、KEGG、Swissprot和Interpro)注释,结果共有55583条Unigenes被注释(占85.45%).通过MISA对黄唇鱼的Unigene进行SSR搜索,共检测到29797个SSR位点分布于19664条Unigenes中.SSR位点分布类型及其特征分析结果显示,最主要的重复类型为二核苷酸重复基元(11855个,占39.79%),其次是单核苷酸重复基元(9695个,占32.54%)和三核苷酸重复基元(6663个,22.36%),而四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复基元的数量相对较少.二核苷酸重复基元类型中重复最多的基序是AC/GT(8355条),在三核苷酸重复基元类型中重复最多的基序是AGG/CCT(1866条).从随机选取的186对SSR引物中,最终筛选出47对扩增稳定性好且具有多态性的SSR引物,以二核苷酸和四核苷酸重复基元的扩增结果居多.结论]通过转录组测序能有效筛选出具有多样性的黄唇鱼SSR分子标记,可为黄唇鱼的遗传多样性分析、亲缘鉴定和遗传图谱构建等后续研究提供基础资料.
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| 关 键 词： | 黄唇鱼 SSR分子标记 转录组测序 功能注释 多态性 |
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