| 杜长大商品猪肌内脂肪含量的全基因组关联分析 |
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| 引用本文： | 高广雄,李斌,高宁,田宏山,朱琳,郭春秀,赵云翔.杜长大商品猪肌内脂肪含量的全基因组关联分析[J].南方农业学报,2022,53(4):985-990. |
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| 作者姓名： | 高广雄 李斌 高宁 田宏山 朱琳 郭春秀 赵云翔 |
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| 作者单位： | 1 佛山科学技术学院生命科学与工程学院, 广东佛山 528225;2 广西扬翔股份有限公司, 广西贵港 537100 |
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| 基金项目： | 广西重点研发计划项目(桂科AB19245030)国家自然科学基金国际(地区)合作与交流项目(31961143020) |
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| 摘 要： | 【目的】通过全基因组关联分析,定位影响杜长大商品猪肌内脂肪含量的相关SNP位点及其重要候选基因,为利用分子生物学方法改良猪肌内脂肪含量提供科学依据。【方法】选取981头杜长大商品猪,包括阉割公猪447头、母猪534头,所有试验猪均在统一条件下饲养至150日龄后进行屠宰测定,屠宰后利用索氏浸提法对肌内脂肪含量进行测定。利用GeneSeek GGP 50K芯片进行基因分型,使用rMVP软件包的FarmCPU模型对肌内脂肪含量性状进行全基因组关联分析。【结果】杜长大商品猪平均肌内脂肪含量达2.27%,其变异系数为34.24%,基因组遗传力(h2)为0.39,属于中等遗传力性状,表明该性状具有较大的遗传改良空间。经质控后,剩余30600个SNPs位点用于全基因组关联分析,共发现有8个潜在SNPs位点与肌内脂肪含量相关,分别分布在2、3、5、11、12、13和14号染色体上。利用Gene Ontology数据库对可能影响肌内脂肪含量的候选基因进行GO功能注释分析,发现这些候选基因参与的代谢通路包括肌肉发育代谢过程、器官生长代谢、基因表达调控及RNA转录等生物学代谢过程,但主要以肌肉生长发育代谢通路为主,表明肌内脂肪含量与肌肉生长发育之间存在紧密联系。【结论】利用高密度芯片进行全基因组关联分析,发现有8个SNPs位点与肌内脂肪含量相关;根据基因生物学功能及相关研究文献,C2orf74、HS6ST3和ROBO2基因主要参与细胞增殖分化及脂肪代谢等生物学过程,可作为影响肌内脂肪含量的重要候选基因。
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| 关 键 词： | 肌内脂肪含量 杜长大商品猪 候选基因 全基因组关联分析 SNP位点 |
| 收稿时间： | 2021-03-11 |
Genome-wide association study of intramuscular fat content in a Duroc-Landrace-Yorkshire pig population |
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| GAO Guang-xiong,LI Bin,GAO Ning,TIAN Hong-shan,ZHU Lin,GUO Chun-xiu,ZHAO Yun-xiang.Genome-wide association study of intramuscular fat content in a Duroc-Landrace-Yorkshire pig population[J].Journal of Southern Agriculture,2022,53(4):985-990. |
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| Authors: | GAO Guang-xiong LI Bin GAO Ning TIAN Hong-shan ZHU Lin GUO Chun-xiu ZHAO Yun-xiang |
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| Affiliation: | 1 School of Life Science and Engineering,Foshan University, Foshan, Guangdong 528225,China;2 Guangxi Yangxiang Co.,Ltd., Guigang,Guangxi 537100,China |
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| Abstract: | |
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