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1.
为探讨不同体色锦鲤和“福瑞鲤2号”遗传多样性及变异情况,本文基于mtDNA D-loop序列对6种颜色(全白、全红、红白、大正三色、白写、绯写)锦鲤、2个“福瑞鲤2号”(青灰和红色)及2个杂交鲤品种(青灰♀×红白锦鲤♂、红白锦鲤♀×青灰♂),共150尾个体进行序列分析。结果发现,全长932bp的D-loop序列,A、T、G、C含量为33.2％、32.8％、14.2％和19.8％。所有个体共检测34个变异位点,呈18个单倍型。其中,红白和绯写存在2个优势单倍型,全白和青灰鲤均存在2个特有单倍型,青灰、红福瑞鲤共享一个优势单倍型。10个鲤品种间遗传距离0.001～0.018,遗传分化指数(Fst)0.011～0.933。分子方差(AMOVA)分析群体间变异67.17％,群体内变异32.83％,呈极显著(P<0.01)分化水平。研究表明,绯写、全白和大正三色3个锦鲤品种具较高遗传多样性,白写、“福瑞鲤2号”(青灰和红色)及杂交鲤遗传纯度较高,结果丰富了不同体色鲤种质资源遗传数据,为后期种质资源利用和遗传选育提供了一定参考。 相似文献
2.
运用TRAP标记技术,选取10个多态性较好的引物组合对荷包红鲤、黄河鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤等5个鲤群体进行遗传多样性分析,其中固定引物是根据目标候选基因GHR基因的序列设计。结果表明,共扩增出168个位点,其中多态性位点134个,平均多态位点比例为80.41%,平均多态性信息含量为0.29。分子变异方差分析(AMOVA)结果显示群体内的方差贡献率达96.97%,表明各个鲤群体内存在较大的遗传变异。种群再分效应固定指数(FST=0.030 26,P<0.05)表明不同鲤群体间有显著的遗传分化。基于目标候选基因的TRAP标记对5个鲤群体进行聚类分析,结果表明建鲤和兴国红鲤首先聚成一类,然后黄河鲤和黑龙江野鲤聚为一类,再与荷包红鲤聚为一类。 相似文献
3.
《浙江农业学报》2021,(8)
红螯螯虾原产于澳大利亚,是一种具有优良养殖前景的淡水虾类。基于线粒体COⅠ基因序列,对中国5个养殖群体的遗传多样性和结构进行评估,旨在为红螯螯虾的科学引种、良种选育和种质资源保护提供基础数据。结果显示,红螯螯虾线粒体COⅠ区全序列长1 534 bp,包含24个变异位点,占分析位点的1.6%,变异位点中含有22个简约信息位点,平均转换与颠换的比值为6.14,序列中(A+T)的含量(58.7%)明显高于(G+C)的含量(41.3%),在143个个体中定义了35种单倍型,来自浙江、海南和台湾的养殖群体具有较多的共享单倍型(COⅠ-01、COⅠ-02和COⅠ-03),这3种单倍型同时也是优势单倍型。来自江苏的养殖群体的单倍型多样性最低(0.739),来自安徽的养殖群体的单倍型多样性最高(0.881)。全部样本的单倍型多样性指数为0.896,核苷酸多样性指数为0.004 65。5个养殖群体间的遗传距离为0.002 63～0.006 81,其中,来自浙江与海南的养殖群体的遗传距离最近,来自海南与安徽的养殖群体的遗传距离最远。5个养殖群体间的遗传分化系数为0.342 1(P0.01),说明5个养殖群体间存在一定程度的遗传分化。综上,5个红螯螯虾养殖群体的遗传多样性存在差异,群体间存在着一定的基因交流。研究结果可为红螯鳌虾种质资源的合理开发利用提供分子生物学依据。 相似文献
4.
【目的】分析野桑蚕(Bombyx mandarina)的遗传多样性,为发掘和利用其基因资源提供参考。【方法】克隆8份秦巴野桑蚕线粒体COⅠ序列,联合GenBank中39份家蚕、17份野桑蚕COⅠ序列,用DnaSP 5.0软件统计核苷酸多样性和单倍型多样性,采用MEGA X软件构建系统发育树,Network 5.0软件构建单倍型中介网络。基于64份COⅠ序列进行聚类分析,分析遗传多样性和单倍型中介网络,探讨家蚕起源。【结果】克隆了8份秦巴野桑蚕线粒体COⅠ及其侧翼序列,序列长1 531 bp,序列间存在18处核苷酸变异,定义了4个单倍型,8份秦巴野桑蚕与沈阳、青州等北方野桑蚕亲缘关系最近。系统发育树将64份线粒体COⅠ序列聚为4个类群,其中中国野桑蚕聚为2个类群,一是来自陕西、辽宁、山东等的北方野桑蚕,与家蚕遗传距离为0.007 21;二是来自江苏、湖北、重庆等的南方野桑蚕,与家蚕遗传距离为0.019 59;日本野桑蚕群体与家蚕遗传距离为0.031 96。64份COⅠ序列共存在84处单碱基变异位点,定义了31种单倍型。单倍型中介网络图显示,31种家蚕、野桑蚕单倍型总体上可分为3个支系,其中单倍型H_22可能为家蚕祖先单倍型。【结论】秦巴山区野桑蚕与北方省份的野桑蚕亲缘关系最近,秦巴山区可能是家蚕驯化的起源地之一。 相似文献
5.
运用TRAP标记技术,选取10个多态性较好的引物组合对荷包红鲤、黄河鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤等5个鲤群体进行遗传多样性分析,其中固定引物是根据目标候选基因-GHR基因的序列设计。结果表明,共扩增出168个位点,其中多态性位点134个,平均多态位点比例为80.41%,平均多态性信息含量为0.29。分子变异方差分析(AMOVA)结果显示群体内的方差贡献率达96.97%,表明各个鲤群体内存在较大的遗传变异。种群再分效应固定指数(FST=0.030 26,P＜0.05)表明不同鲤群体间有显著的遗传分化。基于目标候选基因的TRAP标记对5个鲤群体进行聚类分析,结果表明建鲤和兴国红鲤首先聚成一类,然后黄河鲤和黑龙江野鲤聚为一类,再与荷包红鲤聚为一类。 相似文献
6.
利用PCR技术扩增我国3个不同海域(渤海湾、东海的舟山海域、南海的广东沿海)银鲳(Pampus argenteus)线粒体CO Ⅰ的基因片段,得到长度为604 bp的片段,比较分析了3个不同地区48尾银鲳线粒体CO Ⅰ基因序列的变异和遗传结构.结果显示,48条序列共检测出多态性位点30个,其中简约信息位点6个,各群体内的多态性位点分别为渤海8个、舟山26个、广东1个;48个个体具有18个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.662 2和0.002 8.AMOVA分析结果表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的-1.03%,而101.03%的遗传变异源于群体内,3群体总的遗传分化指数(FST)为-0.010 3 (P>0.05).此外,研究结果还显示,群体间遗传分化指数与遗传距离均非常低.分析得出:基于银鲳线粒体CO Ⅰ基因的序列分析,单倍型多样性以东海群体最高(0.800 9)、渤海群体其次(0.700 0)、南海群体最低(0.200 0),而3群体核苷酸多样性则均较低(<0.005);分子变异分析未检测出我国3个野生银鲳群体间存在遗传分化现象. 相似文献
7.
利用PCR技术扩增山东境内的3个克氏原鳌虾地理群体(济南小清河、东平湖和微山湖)COⅠ基因片段,得到长度约为874bp的片段,分析比较了3群体87尾克氏原螯虾COⅠ基因序列的变异和遗传结构。结果显示,87条序列共检测到8个变异位点,存在6种单倍型。单倍型多样性(H)为0.174,核苷酸多样性(Pi)为0.0036,单倍型多样性(H)以东平湖群体最高(0.243),微山湖群体其次(0.204),小清河群体最低(0.000);3群体的核苷酸多样性(H)均较低(0.001)。分子变异等级分析(AMOVA)表明,3群体间总的遗传分化指数(Fst)为0.023 85(P0.05),群体间的遗传变异仅占总遗传变异的2.38%,而97.62%的遗传变异源于群体内,群体间遗传分化指数与遗传距离均较低。表明山东克氏原鳌虾野生群体的遗传多样性较低,具有较低的遗传分化水平。 相似文献
8.
[目的]了解我国沿海野生菲律宾蛤仔群体遗传多样性和遗传分化情况。[方法]采用PCR技术对烟台威海2个群体的线粒体COⅠ基因片段进行扩增和序列分析。[结果]50个样本均得到684 bp的COⅠ基因片段序列,共定义了42个单倍型,检测到62个变异位点,2个群体单倍型多样性都较高,而核苷酸多样性相对偏低。用最大似然法(Maximum Likelihood,ML)构建的单倍型系统进化树显示2个地理种群的样本呈现散在分布,无明显的种群分化。[结论]反映了海洋动物的基因交流较容易,不同海域隔离较弱。 相似文献
9.
《安徽农业科学》2012,(13)
[目的]通过比较分析线粒体COⅠ基因,探讨福州厚壳贻贝野生型和养殖型种群的遗传多样性.[方法]以福建省福州市野生厚壳贻贝(Mytilus coruscus Gould)和养殖厚壳贻贝各20个样本为试验材料,通过设计特异性引物,采用PCR技术对该40个个体的mtDNA COⅠ(线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ)序列进行扩增,通过测序分析和序列比对检索,鉴定扩增的序列,并利用MEGA(version 4.10)和DnaSP(version 4.0)软件对序列进行分析.[结果]测序结果显示扩增序列总碱基数为668 bp,40条序列中T、C、A和G碱基平均含量分别为28.0％、22.8％、32.3％和16.9％,其中A+T的含量(60.3％)显著高于G+C含量(39.7％),表现了明显的碱基偏倚;40个个体表现为26种单倍型,包括408个多态位点,单倍型间平均遗传距离为0.299,单倍型多态性(h)为0.944,核苷酸多态性(π)值为0.153 06.上述结果表明福州厚壳贻贝的遗传多样性水平比较高,并且养殖群体和野生群体无遗传分化.[结论]该研究揭示了福州厚壳贻贝的遗传资源现状,试验结果可为厚壳贻贝良种筛选提供参考依据. 相似文献
10.
云南绵羊mtDNA D—LOOP序列多态性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
采用 PCR-SSCP 技术与 mtDNA D-Loop 序列分析相结合的方法,对我国云南昭通绵羊、腾冲绵羊、宁蒗绵羊 3 个地方绵羊品种共 134 个个体进行 mtDNA 序列多态性及起源进化研究.PCR-SSCP 分析显示,在云南的 3个绵羊群体中检测到线粒体编码区的 Cytb 和 ND2 基因的 2 种单倍型 A 和 B.根据不同的单倍型从 3 个绵羊群体中共筛选出 23 个样品进行了 mtDNA D-Loop 区克隆测序,系统发育分析揭示,云南绵羊 mtDNA D-Loop 序列单倍型分为支系 A 和支系 B 两大类.基于 PCR-SSCP 和 D-Loop 区序列的分析结果一致提示云南绵羊存在支系 A 和支系B两大母系起源,对云南绵羊进行 mtDNA D-Loop 序列多态性分析,结果发现线粒体 D-Loop 区系列单倍型多样度删为 87.5%～100%;核苷酸多样度只为 0.21～0.26;平均核苷酸差异数 K 为 22.9%～36.8%.此结果揭示云南绵羊遗传多样性相对贫乏.对云南绵羊 mtDNA D-Loop 进行 Mismatch 分析和 Tajima's 值中性检验,结果显示,云南绵羊群体核昔酸差异数表现出完整的 2 个峰形,且经过中性检验不显著,由此推断云南绵羊在过去没有出现群体扩张,群体大小保持稳定. 相似文献
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12.
本研究利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)和细胞色素b(Cytb)基因的遗传学方法分析了浙江省8个不同抗性水平二化螟地理种群的遗传多样性及种群遗传结构。种群遗传多样性分析表明:PCR 扩增测序分别获得长度为627 bp的COⅠ基因片段和长度为455 bp的Cytb基因片段。355条同源COⅠ序列监测出了68个多态性位点,其中单突变位点22个,简约突变位点46个,共定义了85个单倍型,每个群体的平均单倍型为18.25个,其中瑞安(RA)种群中单倍型最多,为27个单倍型。326条Cytb同源序列监测出了45个多态性位点,其中单突变位点19个,简约突变位点26个,共定义了64个单倍型,每个群体的平均单倍型为14.375个,其中乐清(YQ)种群中单倍型最多,为25个单倍型。此外,各群体中最高的单倍型多样度h分别为0.896 3和0.934 4,反映出二化螟群体较低的遗传多样性水平。种群遗传结构分析表明:二化螟不同地理种群间遗传变异大多数来自于群体内个体间,占80.30%(COⅠ基因)和78.16%(Cytb基因)。较少部分的遗传差异来自于组间,仅占19.43%(COⅠ基因)和21.22%(Cytb基因)。单倍型网络关系图未表现出显著的地理谱系结构,Mantel相关性检测显示,遗传距离与地理距离之间无显著相关性。单倍型邻接树也没有明显分支,未呈现出地域性差异。该研究结果为浙江省不同抗性水平二化螟种群间交流和二化螟的防控提供了基础资料。 相似文献
13.
采用DNA条形码技术,对采自广东清远、惠州、韶关、广州与广西河池、南宁、崇左的7个掌肢新米虾(Neocaridinapalmata)野生群体的97个样本的线粒体COⅠ基因片段进行PCR扩增和测序分析,研究掌肢新米虾自然群体的遗传多样性及遗传结构。结果表明:掌肢新米虾在624 bp的COⅠ基因序列中A、T、C、G碱基的平均含量分别为26.98%、33.17%、20.99%、18.85%,AT含量(60.15%)高于CG含量(39.84%),表现出较强的AT偏倚性;基于COⅠ基因序列的总群体中共检测到4个核苷酸变异位点,定义了5种单倍型,平均核苷酸差异数(K)、单倍型多样性指数(Hd)以及核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.611、(0.557±0.025)、(0.00098±0.00007),呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性;7个自然群体的群体内遗传距离为0.000～0.001,群体间的遗传距离为0.000～0.002;分子方差分析(AMOVA)和遗传分化系数(F_(st))结果揭示,掌肢新米虾的遗传变异主要来自于群体间;中性检验和核苷酸错配分布表明,掌肢新米虾7个自然群体遵循群体扩张模式,发生了历史扩张事件;系统发育分析显示,广东4群体与广西3群体形成姐妹支,表明不同地理区域具有一定的种群特征,可作为单独的管理单位进行保护,Hap1与Hap4分别是广东4群体与广西3群体和惠州群体的共享单倍型,其余单倍型为各群体所独享。 相似文献
14.
【目的】分析安徽东流水牛群体的分子遗传特性,为今后开展我国地方水牛品种研究提供科学依据。【方法】采用测序技术测定安徽东至县31头东流水牛线粒体DNA(mtDNA)D-Loop序列,结合GenBank数据库中已报道的22个群体的471条中国水牛D-Loop序列进行联合分析,利用DnaSP 5.1软件统计核苷酸多样性和单倍型多样性,利用MEGA 5.10软件构建N-J系统发生树,利用Network 4.60软件构建单倍型的media-joining网络。【结果】在22个中国水牛群体中发现163个变异位点,180个单倍型,其核苷酸多样性为0.018 23±0.002 21,单倍型多样性为0.877 40±0.013 80,其中在东流水牛D-Loop序列中发现70个变异位点,构成35种单倍型,其核苷酸多样性为0.013 31±0.002 08,单倍型多样性为0.944 00±0.023 00,群体变异性水平与中国其他水牛群体接近。N-J系统发生树和media-joining进化网络显示,中国水牛分为沼泽型和江河型,前者又分为A和B支系,B支系包括b1和b22个亚支系,东流水牛分布于A和B支系中。【结论】东流水牛群体遗传多样性丰富,且线粒体具有2个母系来源。 相似文献
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【目的】揭示河西走廊苹果蠹蛾不同地理种群间的联系,分析地理种群间的序列变异、遗传多样性和遗传分化。【方法】采用PCR和基因测序技术,扩增并分析了河西走廊8个地理种群132个苹果蠹蛾个体的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COI)基因片段,应用DnaSP 5.10计算单倍型多样性指数(Hd)、核甘酸多样性指数(Pi)和Tajima’s D值,采用ZT软件包进行Mantel检验,分析种群间遗传距离与地理距离的相关性,利用软件Arlequin 3.11计算成对种群间的固定系数(Fst)。【结果】在获得的132条序列中共发现了8个变异位点和5个单倍型,其中3个单倍型为种群共享单倍型。总体单倍型多样性指数为0.578,种群内单倍型多样性为0.000~0.700。各种群的Tajima’s D值中性检验符合中性突变,说明河西走廊苹果蠹蛾在历史上没有出现群体扩张,群体大小稳定。Fst值表明,河西走廊苹果蠹蛾种群间具有一定程度的遗传分化,而各地理种群的遗传距离与地理距离无显著的相关性。【结论】河西走廊苹果蠹蛾遗传多样性较低,且地理种群间有一定程度的遗传分化。 相似文献
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[目的]了解我国沿海野生菲律宾蛤仔群体遗传多样性和遗传分化情况。[方法]采用PCR技术对烟台威海2个群体的线粒体COⅠ基因片段进行扩增和序列分析。[结果]50个样本均得到684bp的序列,共定义了42个单倍型,检测到62个变异位点,2个群体单倍型多样性都较高,而核苷酸多样性相对偏低。用最大似然法(Maximum Likelihood,ML)构建的单倍型系统进化树显示2个地理种群的样本呈现散在分布,没有明显的种群分化。[结论]反映了海洋动物的基因交流较容易,不同海域隔离较弱。 相似文献
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为探究滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区主要保护对象3种鲌类遗传资源状况,利用线粒体DNA COⅠ基因序列评价3种鲌类的遗传多样性及种群历史动态.通过PCR技术和测序技术,获得长度为630 bp COⅠ基因片段.序列分析结果表明,3种鲌类COⅠ基因序列碱基组成相似,且具有明显碱基组成偏向性,A+T的含量高于G+C的含量.翘嘴鲌的46条COⅠ基因片段发现4个变异位点,定义了4种单倍型(Hq1-Hq4),翘嘴鲌的单倍型和核苷酸多样性指数分别为0.422和0.00085;蒙古鲌的20条COⅠ基因片段发现4个变异位点,定义4种单倍型(Hm1-Hm4),蒙古鲌的单倍型和核苷酸多样性指数分别为0.695和0.00190;达氏鲌的41条COⅠ基因片段发现4个变异位点,定义5种单倍型(Hd1-Hd5),达氏鲌的单倍型和核苷酸多样性指数分别为0.230和0.00053.中性检验和歧点分布分析显示,3种鲌类在历史进化过程中经历了不明显的种群扩张.整体来看,滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区3种鲌类的遗传多样性水平较低,种群遗传组成趋于单一化,需要采取措施增加鲌类种群数量,提高其遗传多样性水平. 相似文献
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以线粒体DNA COⅠ区间基因片段为指标,利用生物信息学软件分析了陕甘宁青晋地区5个省15个采样点共443群东方蜜蜂的遗传分化状况.所得序列全长625 bp,共定义了21个线粒体单倍型,总单倍型多样度为0.536±0.029,总核苷酸多样度为:0.001 16±0.000 08.单倍型网络关系图、系统发育树以及分子方差分析数据显示,这些种群总体遗传分化不显著,所采集样本的变异主要存在于组内群体间和群体内,组间变异不显著. 相似文献
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[目的]了解人工选择偏好对奥利亚罗非鱼遗传多样性的影响,为今后人工选育及生产提供参考依据.[方法]对两个奥利亚罗非鱼群体(那马群体和武鸣群体)各70尾个体的线粒体DNA的D-loop区序列、CoI基因和Cytb基因进行测序及系统进化研究,并选用20对微卫星标记对其遗传多样性进行分析.[结果]基于D-loop区序列两个群体共检测出32个单倍型,其中共享单倍型6个;基于CoI基因共检测出23个单倍型,其中共享单倍型16个;基于Cytb基因共检测出14个单倍型,其中共享单倍型10个.基于D-loop区序列、CoI基因和Cytb基因单倍型分别构建的系统发育进化树显示,武鸣群体和那马群体的个体交错在一起,地理差异不明显,且采用NJ法和ME法构建系统发育进化树的进化拓扑结构基本相似.20对微卫星引物均能在奥利亚罗非鱼中获得稳定有效的扩增条带,其中有18个微卫星位点呈多态性;那马、武鸣群体的平均等位基因数(Na)分别为6.5000和7.9444,平均有效等位基因数(Ne)分别是3.9857和4.7268,平均观测杂合度(Ho)分别为0.7123和0.7752,平均期望杂合度(He)分别为0.9614和0.9711、平均Nei期望杂合度分别为0.7017和0.7636,均表现为武鸣群体略高于那马群体.两个群体的遗传分化系数(Fst)在不同微卫星位点间差异明显,其变化范围为0.0173(GM241)~0.2318(UNH868),平均0.0997;从单群体近交系数(Fis)和总群体近交系数(Fit)来看,所有微卫星位点的数值均为负值.[结论]经短期人工选择的武鸣群体奥利亚罗非鱼遗传多样性较被长期人工选择的那马群体遗传多样性丰富,即短期内的不同人工选择偏好对线粒体DNA的遗传影响较小. 相似文献
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基于线粒体12SrRNA序列研究凤鲚两个野生群体的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
对凤鲚Coilia mystus长江群体和珠江群体的线粒体DNA(m itochondrial DNA,m tDNA)的12SrRNA基因片断序列进行分析。排列比对后,获得该基因365 bp的一致序列。在所测得的42个序列中,共检测到6种单倍型,其中长江群体有2种,珠江群体有4种。长江群体和珠江群体的单倍型多样性指数分别为0.5263和0.6104,核苷酸多样性指数分别为0.144%和0.192%。凤鲚长江群体内部的遗传距离为0.3%,珠江群体内部的遗传距离为0.3%～0.5%,长江群体与珠江群体之间的遗传距离为0.8%～1.4%。邻接树显示长江凤鲚和珠江凤鲚各自形成一个单系类群。AMOVA分析显示群体间的变异占总变异的82.80%,提示两者可能有相互隔离的遗传结构。 相似文献