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1.
分子标记在松树遗传与进化研究中的应用 总被引：4，自引：0，他引：4
松树是世界上分布最广且最具经济价值的树种之一。近年来随着DNA分子标记技术的发展,分子标记已经广泛应用于松树的遗传多样性、亲缘关系、遗传图谱构建、基因定位及分子标记辅助选择等方向。本文从遗传多样性、亲缘关系、遗传图谱构建、基因定位及标记辅助选择等角度,评述了松树遗传与进化上常用的DNA分子标记如RFLP、RAPD、AFLP和SSR等的应用情况和进展。在遗传多样性方面,DNA分子标记技术已成为鉴定松树种间、种内遗传多样性的有效手段,并用于指导杂交育种;在亲缘关系判定方面,可以在分子水平上阐明生物系统演化及分类情况,揭示育种亲本的选配和种质资源的有效利用;在松树遗传图谱构建和基因定位及标记辅助选择方面也取得了显著进展,构建了二十多张连锁图谱,并对其生长、材性和抗性等性状进行了基因定位,获得了一些重要的与抗病相连锁标记。 相似文献
2.
棉花分子标记图谱的构建和一些重要性状的定位 总被引：6，自引：1，他引：6
在棉花上,虽然已有若干张不同的分子标记连锁图发表,但在育种中它们仍较难被应用,主要是因为在现有的分子标记连锁图谱中能用于育种的重要农艺性状的DNA分子标记尚不多.为此,本研究选用具有13个质量性状标记的两个陆地棉(Gossypium hirsutum L.)多标记基因系T582和T586作为亲本,用SSR和AFLP的DNA分子标记技术,对F2的作图群体进行DNA分子标记连锁图谱的构建,对棉花重要质量性状基因和数量性状的QTLs进行定位和标记,并建立分子标记连锁群与染色体的对应关系,为棉花分子标记辅助选择育种提供依据. 相似文献
3.
栽培种花生是异源四倍体,基因组大,构建花生的分子遗传连锁图谱并对相关性状进行QTL定位研究的工作缓慢。本研究以遗传差异大的亲本组配杂交组合富川大花生×ICG6375构建F2作图群体,采用公开发表的2653对SSR引物,构建了一张含有234个SSR标记、分布于20个连锁群的栽培种花生遗传图谱。该图谱覆盖基因组的长度为1683.43c M,各个连锁群长度在36.11~131.48 c M之间,每个连锁群的标记数在6~15个之间,标记间的平均距离为7.19 c M。结合F3在湖北武汉和阳逻环境下的主茎高和总分枝数鉴定结果,应用Win QTLCart 2.5软件采用复合区间作图法进行了QTL定位和遗传效应分析。共检测到17个与主茎高和总分枝数相关的QTL位点,贡献率在0.10%~10.22%之间,分布于8个连锁群上。综合分析武汉和阳逻环境的鉴定结果,获得重复一致的与主茎高相关的6个QTL,其中q MHA061.1和q MHA062.1位于连锁群LG06上TC1A2~AHGS0153标记区间,贡献率为5.49%~8.95%;q MHA061.2和q MHA062.2位于LG06上AHGS1375~PM377标记区间,贡献率为2.93%~5.83%;q MHA092.2和q MHA091.1位于连锁群LG09上GM2839~EM87标记区间,贡献率为0.53%~9.43%。 相似文献
4.
SSR作为锚定标记构建白菜×芜菁分子遗传图谱 总被引：3，自引：0，他引：3
为了将已有的大白菜分子遗传图谱和已发表的A基因组参考图谱对应起来,本研究利用国际上发表的大白菜和甘蓝型油菜A基因组特异SSR标记作为锚定标记,重新构建了白菜×芜菁分子遗传图谱。利用双亲和F1对326个SSR标记进行了筛选,共获得86个多态性分子标记。在此基础上整合了已有的400个标记,最终构建了一张由10个连锁群组成,包含了347个标记的分子连锁图谱,图谱总长度为1008.7cM,标记间的平均图距为2.91cM。此图谱上包含了已在A基因组参考图谱上定位的56个SSR标记,分布于10个连锁群上,从而将各个连锁群与参考图谱的连锁群对应起来。每个连锁群上的标记数在25～58个之间,连锁群长度在60.6～177.0cM范围内,平均图距在1.33～4.92cM之间。该图谱为白菜重要性状的遗传定位奠定了良好基础。 相似文献
5.
《分子植物育种》2010,(2)
为了将已有的大白菜分子遗传图谱和已发表的A基因组参考图谱对应起来,本研究利用国际上发表的大白菜和甘蓝型油菜A基因组特异SSR标记作为锚定标记,重新构建了白菜×芜菁分子遗传图谱。利用双亲和F1对326个SSR标记进行了筛选,共获得86个多态性分子标记。在此基础上整合了已有的400个标记,最终构建了一张由10个连锁群组成,包含了347个标记的分子连锁图谱,图谱总长度为1008.7cM,标记间的平均图距为2.91cM。此图谱上包含了已在A基因组参考图谱上定位的56个SSR标记,分布于10个连锁群上,从而将各个连锁群与参考图谱的连锁群对应起来。每个连锁群上的标记数在25～58个之间,连锁群长度在60.6～177.0cM范围内,平均图距在1.33～4.92cM之间。该图谱为白菜重要性状的遗传定位奠定了良好基础。 相似文献
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多环境下陆地棉(Gossypium hirsutum L.)重组自交系铃重与衣分性状的QTL分析 总被引：2，自引：0，他引：2
本研究利用以SGK9708为母本,0-153为父本构建的196个陆地棉重组自交系(F6:8)构建了包含186个标记,总长827.84 cM,标记间平均距离4.45 cM,覆盖棉花基因组18.6%的遗传连锁图谱,并对7个环境下的铃重和衣分性状进行QTL定位和上位性互作分析.利用两种分析软件(WinQTLcart2.5和Q... 相似文献
7.
分子标记技术在辣椒研究中的应用进展 总被引：1，自引：1，他引：0
分子标记是生物学研究的一个重要工具,在作物新品种选育等方面发挥着越来越重要的作用。为了构建辣椒分子标记辅助育种技术体系,以实现常规育种技术与现代生物技术的有机结合,归纳了分子标记技术在辣椒种质遗传多样性、分子连锁图谱构建、分子标记辅助选择育种和基因定位等方面的已有研究成果;认为分子标记技术在辣椒上的应用研究系统性还不强、基础分子信息比较缺乏、遗传图谱还不精细,建议在实用新型分子标记开发、核心种质分子信息库建立、优良作图群体及精细遗传图谱构建等方面加强系统深入的研究。 相似文献
8.
【目的】定位徐州142无絮(XZ142w)突变体的短绒控制基因n2。【方法】以陆地棉(Gossypium hirsutum L.)徐州142(XZ142)×XZ142w的F2群体为研究对象,利用108个简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)标记对n2进行初步定位,再根据2个亲本材料中有单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphic,SNP)的差异基因设计50对SNP引物,用高分辨率熔解曲线(High resolution melting,HRM)技术从中筛选在亲本间有多态性的SNP引物,并用于后代的基因分型。【结果】利用108个SSR标记将n2初步定位在26号染色体的20.2c M的遗传区间内;用HRM技术筛选到9对亲本间有多态性的SNP引物,成功实现基因分型;并结合以SSR构建的连锁图谱,将n2的遗传区间缩小为19.5 c M,n2与最近的SNP标记Cricaas20158遗传距离为5.5 c M,且遗传图谱上的标记与四倍体陆地棉测序物理图谱基本一致。【结论】HRM技术可用于棉花中的SNP检测和n2基因的定位。 相似文献
9.
甜瓜是重要的葫芦科蔬菜作物之一,其遗传育种学广受研究者的关注。高密度分子遗传图谱有助于提高甜瓜的育种水平,加快育种进程。自1996年第一张甜瓜分子遗传图谱报道后,AFLP等分子标记逐步被应用于甜瓜分子遗传图谱的构建及基因定位。近年来,基因组测序技术发展迅速,全基因组重测序、简化基因组测序、转录组测序等技术逐渐被应用于构建覆盖全基因组的、更加饱和的甜瓜遗传连锁图谱。本研究着重对甜瓜分子遗传图谱、重要农艺性状基因定位研究进展进行了综述,以期为甜瓜生物学研究及分子改良提供理论参考。 相似文献
10.
棉花单核苷酸多态性标记研究进展 总被引：1，自引：0，他引：1
单核苷酸多态性标记已在农作物研究中得到广泛应用并取得重大进展。为了便利棉花SNP(Single nucleotide polymorphism)标记的研究和应用,介绍了利用基因芯片、简化基因组测序、重测序等在棉花中开发SNP标记的方法 ,综述了SNP标记在棉花遗传图谱构建、数量位点的定位和分子标记辅助育种、基因组测序以及系统进化等研究中的应用。并对异源四倍体棉花中SNP标记开发时,同源序列位点和部分同源序列位点上的SNP标记辨别问题进行了系统探讨,对其快捷的开发、检测方式和在数量基因定位中的应用前景进行了展望。 相似文献
11.
Localization of a Dwarfing Mutation in Upland Cotton Using InDel Markers Based on Genome Re-Sequencing Data 总被引：1，自引：1，他引：0
Ji Gaoxiang He Shoupu Pan Zhao’e Gong Wenfang Jia Yinhua Wang Liru Wang Pengpeng Geng Xiaoli Du Xiongming 《棉花学报》2018,30(6):448-454
[Objective] InDel markers that were developed by comparing whole genome re-sequencing data were used to map the AS98 gene of a dwarf mutant of upland cotton (Gossypium hirsutum L.). [Method] An F2 segregation population was constructed from an upland-cotton dwarf mutant (AS98) and its wild type (LHF10), and InDel markers were developed based on genome re-sequencing data from the two parents. The InDel markers and the F2 generation were then used to map the AS98 gene of the dwarf mutant. [Result] A total of 114 InDel markers located in a previous mapping region were screened and used to genotype 223 F2 individuals. Ultimately, phenotypic data and 20 polymorphic primer pairs were used to construct a genetic linkage map. Molecular marker analysis mapped AS98 within a 6.9 cM distance of the marker InDel-50 on chromosome D12. [Conclusion] This study has demonstrated the feasibility of using InDel markers developed from re-sequencing data for gene localization in isolated populations derived from upland cotton dwarf materials. The resulting gene map provides a basis for future fine mapping and molecular-assisted selection breeding. 相似文献
12.
利用2个陆地棉种质材料爱字棉1517与德州047构建了重组近交系。田间调查显示,两亲本田间性状差异多数达到显著或极显著,群体性状数据完全符合受多位点控制的数量性状遗传的特征。分子标记多态性筛选结果表明,两亲本亲缘关系相对较近,利用SSR构建高密度遗传连锁图有一定困难,但对于所定位的QTL位点,其准确性将会有一定程度提高。试验构建了一张包括51个标记分为15个连锁群的遗传连锁图,总长504.05 cM,覆盖棉花基因组总长度的10.08%。利用两年田间数据检测到QTL位点15个,其中生育期性状3个,纤维品质性状7个,产量性状5个。与标记图距在1 cM以内的QTL位点7个,这将对分子标记辅助育种具有一定的参考价值。 相似文献
13.
Construction of a genetic linkage map and QTL analysis of fiber-related traits in upland cotton (Gossypium hirsutum L.) 总被引：1，自引：0，他引：1
Zheng-Sheng Zhang Yue-Hua Xiao Ming Luo Xian-Bi Li Xiao-Ying Luo Lei Hou De-Mou Li Yan Pei 《Euphytica》2005,144(1-2):91-99
A genetic linkage map with 70 loci (55 SSR, 12 AFLP and 3 morphological loci) was constructed using 117 F2 plants obtained from a cross between two upland cotton cultivars Yumian 1 and T586, which have relatively high levels of
DNA marker polymorphism and differ remarkably in fiber-related traits. The linkage map comprised of 20 linkage groups, covering
525 cM with an average distance of 7.5 cM between two markers, or approximately 11.8% of the recombination length of the cotton
genome. The present genetic linkage map was used to identify and map the quantitative trait loci (QTLs) affecting lint percentage
and fiber quality traits in 117 F2:3 family lines. Sixteen QTLs for lint percentage and fiber quality traits were identified in six linkage groups by multiple
interval mapping: four QTLs for lint percentage, two QTLs for fiber 2.5% span length, three QTLs for fiber length uniformity,
three QTLs for fiber strength, two QTLs for fiber elongation and two QTLs for micronaire reading. The QTL controlling fiber-related
traits were mainly additive, and meanwhile including dominant and overdominant. Several QTLs affecting different fiber-related
traits were detected within the same chromosome region, suggesting that genes controlling fiber traits may be linked or the
result of pleiotropy. 相似文献
14.
Quantitative analysis and QTL mapping for agronomic and fiber traits in an RI population of upland cotton 总被引：3，自引：1，他引：2
Jixiang Wu Osman Ariel Gutierrez Johnie N. Jenkins Jack C. McCarty Jun Zhu 《Euphytica》2009,165(2):231-245
Genetic mapping is an essential tool for cotton (Gossypium hirsutum L.) molecular breeding and application of DNA markers for cotton improvement. In this present study, we evaluated an RI population
including 188 RI lines developed from 94 F2-derived families and their two parental lines, ‘HS 46’ and ‘MARCABUCAG8US-1-88’, at Mississippi State, MS, for two years.
Fourteen agronomic and fiber traits were measured. One hundred forty one (141) polymorphic SSR markers were screened for this
population and 125 markers were used to construct a linkage map. Twenty six linkage groups were constructed, covering 125
SSR loci and 965 cM of overall map distance. Twenty four linkage groups (115 SSR loci) were assigned to specific chromosomes.
Quantitative genetic analysis showed that the genotypic effects accounted for more than 20% of the phenotypic variation for
all traits except fiber perimeter (18%). Fifty six QTLs (LOD > 3.0) associated with 14 agronomic and fiber traits were located
on 17 chromosomes. One QTL associated with fiber elongation was located on linkage group LGU01. Nine chromosomes in sub-A
genome harbored 27 QTLs with 10 associated with agronomic traits and 17 with fiber traits. Eight chromosomes in D sub-genome
harbored 29 QTLs with 13 associated with agronomic traits and 16 with fiber traits. Chromosomes 3, 5, 12, 13, 14, 16, 20,
and 26 harbor important QTLs for both yield and fiber quality compared to other chromosomes. Since this RI population was
developed from an intraspecific cross within upland cotton, these QTLs should be useful for marker assisted selection for
improving breeding efficiency in cotton line development.
Paper number J1116 of the Mississippi Agricultural and Forestry Experiment Station, Mississippi State University, Mississippi
State, MS 39762. Mention of trademark, proprietary product, or vendor does not constitute a guarantee or warranty of the product
by USDA, ARS and does not imply its approval to the exclusion of other products or vendors that may also be suitable. 相似文献
15.
一张含有315个SSR和40个AFLP标记的大豆分子遗传图的整合 总被引：6，自引：0，他引：6
本研究是基于“锚定SSR标记”作图策略,利用2个F2群体,选用592对SSR引物,对宛煜嵩等利用重组自交系群体Jinf构建的含有227个SSR标记的图谱的基础上进行整合。整合后的大豆分子遗传图包含315个SSR标记和40个AFLP标记,总图距为1951.7cM,相邻标记间的平均图距为5.48cM。整合后的遗传连锁图归属20个连锁群对应于大豆20条染色体,连锁群长度范围从40.8cM到184.4cM,标记数范围从11到41个。整合后的图谱新增加了87个SSR标记,其中A2、C1、C2、D1b和G连锁群有较多的标记增加。整合后的大豆分子遗传图谱中的标记顺序比原图谱与“公共图谱”有更好的线性符合度。本文还进一步对两种类型的作图群体的配合和不同作图软件的选用等问题进行了比较和深入的讨论。 相似文献
16.
光合作用是棉花产量的主要物质来源。本研究以高光效陆地棉冀优861和低光效陆地棉新陆早25号为亲本组配的196个F2单株为作图群体,利用SSR（Simple Sequence Repeat）标记构建陆陆杂交遗传连锁图谱,共有30个标记位点连锁,包含4个连锁群,全长244.4cM。利用QTL IciMapping 4.1软件的完备区间作图法对冀优861×新陆早25号F2:3家系的光合相关性状进行QTL作图分析,共定位到光合相关5个性状的10个QTLs,其中1个光合速率QTL和1个胞间CO2浓度QTL分别定位在D3和D7染色体上。本研究为棉花光合相关性状QTL的精细定位及分离克隆打下基础,为聚合棉花高光效分子标记辅助育种提供理论依据。 相似文献
17.
陆地棉亚红株突变体基因的初步定位 总被引：6，自引：0，他引：6
陆地棉亚红株突变体PD-17与GK19杂交F1代表现出良好的光合作用效率,具有较高的超亲优势,是潜在的优良种质资源。寻找与该突变基因Rs连锁的分子标记并进行染色体定位,对于该基因的进一步精细定位或克隆具有重要的意义。以亚红株突变体PD-17与GK19配置的BC1群体为作图群体,选用覆盖棉花所有已鉴定染色体及大多数连锁群的419对SSR引物,利用BSA（bulked segregation analysis）法筛选有多态性差异引物,然后根据群体单株基因型进行作图分析。结果显示,位于第7条染色体上的5个分子标记与Rs基因相连锁,SSR标记BNL2634与Rs基因的遗传距离较小,约为10.3 cM,SSR标记CIR393位于Rs基因另一侧,与Rs基因的遗传距离约为29.1 cM,由此,可将Rs基因定位于第7染色体上。 相似文献
18.
ET-ISJ标记的开发及陆地棉遗传图谱构建 总被引：1，自引：0，他引：1
根据植物结构基因外显子拼接位点的保守序列,设计扩增外显子的ET-ISJ (exon targeted intron-exon splice junction)标记引物。利用1 280对ET-ISJ引物组合,在陆地棉品种渝棉1号和T586中,筛选获得69对多态性引物组合,占引物组合的5.4%。用多态性ET-ISJ引物组合检测(渝棉1号×T586)F2:7重组近交系群体,得到70个位点。以70个ET-ISJ标记位点与523个SSR、59个IT-ISJ、29个SRAP和8个形态标记进行连锁分析,构建的遗传连锁图谱包括59个连锁群和673个位点(68个ET-ISJ、510个SSR、58个IT-ISJ、29个SRAP和8个形态标记)。连锁图覆盖3 216.7 cM,占棉花基因组的72.3%,标记间平均长度为4.8 cM。68个ET-ISJ标记分布于20条染色体。研究表明ET-ISJ标记多态性较高、稳定性好,可有效用于棉花与其他植物遗传连锁图谱构建。 相似文献