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1.
以中国第34次南极科考采集的中山站附近海域5个站点海水样品为研究对象,通过Illumina高通量测序,鉴定微生物组成和微生物群落结构,发现中山站取样的海水中变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)最为丰富,其次为蓝细菌(Cyanobacteria),属水平上黄杆菌属(Flavobacterium)和嗜冷杆菌属(Psychrobacter)含量最多,均超过20%。首次在南极海水中发现UBA1315属微生物,功能注释分析显示含有丰富的DNA修复基因,可能有助于适应南极恶劣环境。对中山站和罗斯海上层海水以及南北极不同地理位置海水微生物比较发现,变形菌门、拟杆菌门和蓝细菌在所有海水中普遍存在,变形菌门为优势菌,蓝细菌在南极海水中含量丰富,罗斯海上层海水比中山站海水微生物多样性丰富,且主要菌群丰度不同。初步揭示了中山站附近海域微生物群落组成,为后续进一步研究南极中山站海水微生物资源调查和功能开发研究提供一定的基础数据。 相似文献
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为研究多鳞白甲鱼肠道微生物菌群组成及其多样性,采用16S rRNA高通量测序对野生多鳞白甲鱼以及养殖成年健康多鳞白甲鱼肠道内容物进行微生物测序及信息分析。结果表明:不同环境多鳞白甲鱼肠道内容物样品间OTU个数具有一定差别。多鳞白甲鱼肠道菌群主要包括:变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。野生样品中优势菌群主要是鲸杆菌属(Cetobacterium),养殖样品中优势菌群主要是乳杆菌属(Lactobacillus)。主成分分析则发现,野生多鳞白甲鱼的肠道微生物群落与人工养殖多鳞白甲鱼具有差异。以上结果说明:不同环境间多鳞白甲鱼肠道微生物群落组成及多样性存在差异。 相似文献
3.
通过大规模养殖试验,研究人工浮床水培水雍菜对鱼塘养殖废水中氮磷的去除能力,并采用高通量测序方法研究养殖前后和不同处理组黄颡鱼肠道的微生物菌群结构,并分析了它们之间的相关性。结果表明:人工浮床水培水雍菜对鱼塘养殖废水中氨氮、总氮和总磷有良好的去除作用。养殖前后黄颡鱼肠道细菌多样性有明显差异;不同处理组之间的黄颡鱼肠道细菌种类多样性存在一定的差异,但优势菌群的组成并没有明显的结构差异,优势菌种的构成相似。在养殖前期黄颡鱼肠道中变形菌门(88.56%)占主要优势,末期对照组(无浮床)以厚壁菌门(48.4%)、梭杆菌门(32.52%)和变形菌门(14.56%)为主,试验组(有浮床)以变形菌门(36.72%)、厚壁菌门(21.89%)、梭杆菌门(17.48%)和拟杆菌门(11.48%)为主。 相似文献
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【目的】研究甜高粱青贮饲料的微生物多样性,为青贮饲料的生产和贮藏提供理论基础。【方法】以甜高粱青贮饲料为研究对象,利用高通量测序技术分析甜高粱青贮饲料中微生物群落结构和多样性,研究添加剂对甜高粱青贮饲料中微生物群落的影响。【结果】甜高粱青贮饲料中细菌优势菌门为厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、蓝细菌门、酸杆菌门,优势菌属主要为乳酸杆菌属、肠杆菌属、乳球菌属、棒状杆菌;真菌群落优势菌门为子囊菌门。【结论】不同处理的甜高粱青贮饲料之间微生物菌群组成相近,但相对丰度存在明显差异,青贮菌剂降低了甜高粱青贮饲料中微生物的相对丰度。 相似文献
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为从细胞水平上研究独角雪冰鱼Chionodraco hamatus和伯氏肩孔南极鱼Trematomus bernacchii的低温适应能力,采用RT-PCR方法,获得独角雪冰鱼和伯氏肩孔南极鱼的瞬时受体电位阳离子通道蛋白(transient receptor potential channels V1,TRPV1)基因序列,其开放阅读框全长均为2310 bp;生物信息学分析表明,两种南极鱼TRPV1基因均编码769氨基酸残基,预测其蛋白相对分子质量分别为88 210和88 160,理论等电点分别为7.63和8.26;两种南极鱼TRPV1蛋白均无信号肽;亚细胞定位显示,TRPV1蛋白主要在细胞膜和内质网中发挥生物学功能;理化性质分析表明,两种南极鱼的TRPV1为不溶性跨膜蛋白,分别有34、35个磷酸化位点和6、5个糖基化位点,二者均含有6个跨膜结构域、5个锚蛋白结构域,二级结构以随机卷曲为主;同源性分析显示,独角雪冰鱼TRPV1氨基酸序列与伯氏肩孔南极鱼的一致性最高,为93.4%,与其他物种的一致性为44.3%~69.8%;低温适应试验结果显示,两种南极鱼的TRPV1基因不能被温度所激活。研究表明,独角雪冰鱼和伯氏肩孔南极鱼TRPV1基因可能与低温适应无关。 相似文献
8.
《江苏农业科学》2018,(20)
为了解不同基地草莓表面微生物的结构特点,在浙江省8个草莓生产基地采集草莓样本,并提取表面微生物DNA样本,利用特异性的引物分别对细菌16S rRNA基因的V3~V4区进行PCR扩增,然后基于Illumina高通量测序技术分析不同基地草莓微生物的菌群结构。结果表明,不同基地草莓表面微生物在门的水平上主要包括变形菌门、厚壁菌门、蓝藻细菌门、放线菌门、拟杆菌门;在属的水平上,优势菌属主要为布赫纳氏菌属、甲基杆菌属和葡糖杆菌属,其中所检出的寡养单胞菌属、苯基杆菌属、埃希杆菌属和葡萄球菌属均具有一定的致病性。由此说明高通量测序技术应用于草莓表面微生物的分析,可在一定程度上提供草莓污染的病原菌信息。 相似文献
9.
以''云烟99''为试验材料,应用高通量测序技术,主要研究巨大芽孢杆菌及不同施用量对商洛烟田土壤微生物群落特征、烤烟生长及产质量的影响。结果表明,施用巨大芽孢杆菌可有效促进烤烟生长,提高烤烟产量、产值、均价及上等中等烟比例,显著增加烤烟经济效益,其中6 kg/667m处理效果最佳。土壤微生物测序结果表明,该区域土壤微生物主要优势菌群为变形菌门和放线菌门,该优势贯穿烤烟整个生育期,另有酸杆菌门、芽单胞菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、拟杆菌门等在特定时期表现出一定的优势,本试验所用的巨大芽孢杆菌属于厚壁菌门,该菌在施用后30 d表现为优势菌群,随着生育期的推进优势逐渐减弱。此外,各菌剂处理微生物多样性指数均显著高于对照,且各处理间微生物群落结构差异显著（P<0.05）。综上所述,巨大芽孢杆菌的应用有效地促进烟草生长,提高了烟草品质,并对土壤微生物群落结构产生显著的影响,研究结果可为该地区微生物菌剂的应用与研究提供理论基础。 相似文献
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为了比较4个罗氏沼虾抗病选育群体(A、B、C、D)的抗病性能,对4个罗氏沼虾选育群体和1个非选育群体(E)进行了溶藻弧菌肌肉注射感染试验,运用高通量测序方法比较不同罗氏沼虾群体间感染组和对照组肌肉组织中弧菌的变化情况,根据感染成活率的差异性,分析其中3个罗氏沼虾群体(A、C、E)肠道组织和养殖水体的菌群多样性。结果表明:肌肉组织样品中微生物主要分为6个门,其中厚壁菌门占绝对优势,次优势门为变形菌门,软壁菌门和酸杆菌门的含量相对较低;各感染组芽孢杆菌属、假单胞菌属、嗜冷杆菌属的含量都高于对照组,而乳球菌属、乳酸杆菌属的含量明显低于对照组;肠道组织和养殖水体中微生物主要分为3个门,分别是变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门;基于不同罗氏沼虾群体肌肉组织中不同时间段内溶藻弧菌的含量,5个群体的抗弧菌感染能力分别为ABEDC,与感染成活率结果一致。综上,罗氏沼虾体内的菌群结构和养殖水环境密切相关,但相对独立;芽孢杆菌和类芽孢杆菌的含量差异可能是造成A群体和C群体感染成活率差异显著的原因。 相似文献
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《山西农业大学学报(自然科学版)》2021,(1)
[目的]探究行道树常见害虫柳膜肩网蝽(Hegesidemus habrus Drake)和悬铃木方翅网蝽(Corythucha ciliate Say)体内微生物群落结构和多样性。[方法]利用Illumina MiSeq(PE300)高通量测序技术对柳膜肩网蝽和悬铃木方翅网蝽体内微生物16S rRNA基因的V3-V4特异区域序列进行测序,统计可操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU),分析Alpha多样性、物种组成及丰度。[结果]2种网蝽的9个样本共得到366 037个有效OTU。Αlpha多样性分析显示柳膜肩网蝽样本的微生物群落丰富度远远高于悬铃木方翅网蝽样本。16S rRNA基因高通量测序显示变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、栖热菌门(Thermi)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)和蓝藻门(Cyanobacteria)同时存在于柳膜肩网蝽和悬铃木方翅网蝽样本中。PCA分析可以清楚的将两者样本区分开来。物种及丰度分析显示柳膜肩网蝽的核心菌属包括厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)、栖热菌属(Thermus)、沃尔巴克氏体(Wolbachia);而厌氧芽孢杆菌属、"Candidatus Cardinium"、乳球菌属(Lactococcus)、苍白杆菌属、沙雷氏菌属(Serratia)及栖热菌属在悬铃木方翅网蝽样本中含量较高。[结论]柳膜肩网蝽和悬铃木方翅网蝽体内微生物组成具有显著差异,但它们都拥有较高丰度的核心菌属——栖热菌属,推测栖热菌属可能是网蝽科昆虫体内普遍存在的共生菌。悬铃木方翅网蝽不同地理种群间菌群组成稳定。沃尔巴克氏体和Cardinium以较高丰度分别存在于柳膜肩网蝽和悬铃木方翅网蝽样本中,为二者的生物防治提供新思路。 相似文献
12.
为解决低温环境下厌氧沼气发酵效率低的问题,构建选育耐低温厌氧发酵产沼气菌群。采集农家的干牛粪,经低温继代富集培养,获得1组耐低温厌氧发酵产沼气菌群5#,并将其用养猪场污水处理工程的厌氧污水驯化,获得可在15℃产沼气的菌群Y5S,采用高通量测序技术,分析比较菌群5#、Y5S以及厌氧污水中原始菌群YJ的原核微生物群落结构。结果显示3个菌群均含有厚壁菌门Firmicutes、拟杆菌门Bacteroidetes、互养菌门Synergistetes、变形菌门Proteobacteria、螺旋体门Spirochaetes和疣微菌门Verrucomicrobia。其中覆盖100%样品的微生物组核心种群Core microbiome有85个,属厚壁菌门Firmicutes的梭菌纲clostridia。在属分类水平上3菌群共有的原核微生物为:醋酸杆菌属Acetobacterium、柠檬酸杆菌属Citrobacter、梭菌属Clostridium、脱硫叶菌属Desulfobulbus、脱硫微菌Desulfomicrobium、噬氢菌属Hydrogenophaga、颤螺旋菌属Oscillospira、Parabacteroides、瘤胃球菌属Ruminococcus、Sedimentibacter、鞘脂单胞菌属Sphingomonas、硫磺单胞菌属Sulfurospirillum、互营单胞菌属Syntrophomonas、明串珠菌属Trichococcus和Devosia等。互养菌门Synergistetes在菌群Y5S中丰度占比较高,可能对沼气产生有较大作用。 相似文献
13.
生物质废弃物发酵过程中菌群多样性及秸秆降解菌的筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
利用16s rRNA高通量测序技术研究了生物质废弃物玉米秸秆、畜禽粪便、活性污泥混合物在不同氧含量条件下发酵过程中微生物的群落特征变化,同时采用选择培养基筛选对秸秆具有降解能力的菌株,以寻找能在秸秆还田中具有较大应用潜力的菌种资源。高通量测序结果表明:在秸秆、畜禽粪便、污泥共发酵体系中,厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria)占据绝对优势,不同氧含量堆肥条件下发酵体系营养结构、微生物群落结构不同,氧含量较低的条件更有利于秸秆的降解。通过纯培养方式得到的目的菌株对玉米秸秆降解效率最高可达28.9%,初步被确定为厚壁菌门中芽孢杆菌属(Bacillus),进一步证明结合高通量测序结果快速选择生物质废弃物发酵体系中秸秆降解菌具有可行性。 相似文献
14.
选取了34日龄的崇仁麻鸡为研究对象,以蓝藻粉替代基础日粮中不同比例（分别替代0(CB组)、10%(CL组)、20%(CM组)、50%(CH组)）的豆粕饲喂35 d后,无菌操作每组取10只鸡的盲肠内容物,充分混匀后,采用MiSeq测序技术对盲肠内容物中细菌群落结构组成进行了分析。结果显示,崇仁麻鸡肠道中微生物在门水平上主要以拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门为主;在属水平上,拟杆菌属丰度最大,其次是互养菌属、乳杆菌属。CL组中厚壁菌门细菌数量有所增加,拟杆菌门/厚壁菌门细菌比例下降,肠道内乳杆菌等有益微生物数量增加,脱硫弧菌等有害微生物数量降低,而CM组和CH组中脱硫弧菌等有害细菌数量却大幅度增加,且CH组中还出现了其特有的Akkermansia属细菌。结果表明,饲粮中添加蓝藻粉会改变崇仁麻鸡肠道菌群的物种多样性,适量（≤10%）的添加对盲肠菌群结构有所改善,可提高厚壁菌门细菌数量,降低拟杆菌门/厚壁菌门细菌比例,增加肠道内乳杆菌等有益微生物的数量,降低脱硫弧菌等有害微生物的数量;中高剂量的蓝藻粉则导致了某些机会致病菌的出现,增加了肠道菌群相关疾病的诱发机会。 相似文献
15.
《西南农业学报》2021,(9)
【目的】研究云南香蕉枯萎病和健康植株根际土壤细菌群落结构组成差异,探索香蕉枯萎病发生的微生态机制,优化根际土壤微生物群落结构为其后续生态防控提供新策略。【方法】在云南香蕉枯萎病发生的蕉园,分别采集发病和健康植株的根际土壤,利用高通量测序技术研究细菌群落多样性、结构和组成的差异。【结果】香蕉植株根际土壤细菌多样性存在显著性差异,香蕉枯萎病植株的土壤细菌群落多样性高于健康植株。变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)等4个菌门是香蕉植株根际土壤中的优势门菌群。2种类型香蕉植株根际土壤中有厚壁菌门(Firmicutes)、棒状杆菌门(Rokubacteria)和硝化螺旋菌门(Nitrospirae)等5个门菌群差异显著。其中,厚壁菌门(Firmicutes)丰度健康植株较发病植株高,棒状杆菌门(Rokubacteria)和硝化螺旋菌门(Nitrospirae)丰度发病植株较健康植株高。属水平上,健康植株的优势属依次为芽胞杆菌属(Bacillus)、朱氏杆菌属(Chujaibacter)、芽单胞菌属(Gemmatimonadaceae)和鞘脂单胞菌属(Sphingomonas);发病植株的优势属依次为:芽胞杆菌属(Bacillus)、芽单胞菌属(Gemmatimonadaceae)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)和朱氏杆菌(Chujaibacter);芽胞杆菌属(Bacillus)、朱氏杆菌属(Chujaibacter)和土壤链霉菌属(Streptomyces)等5个菌属在2种类型香蕉植株根际土壤中差异显著,其中,芽胞杆菌属、朱氏杆菌属和土壤链霉菌属的丰度健康植株明显高于枯萎病植株。【结论】香蕉枯萎病和健康植株根际土壤细菌群落结构在一定程度上具有同源性,但部分菌群在2种类型植株根际土壤中的组成丰度有显著差异;差异菌群的功能多样性及与香蕉枯萎病病原菌的互作关系尚待明确。 相似文献
16.
为探究缺失血红蛋白的南极独角雪冰鱼Chionodraco hamatus(CH)和具有血红蛋白的伯氏肩孔南极鱼Trematomus bernacchii(TB)骨骼中元素含量的差异,采用电感耦合等离子体质谱法对两种南极鱼的脊椎骨与头盖骨中Na、Mg、Al、K、Ca、56Fe、Zn等常量元素,以及V、Cr、Mn、As、Se、206Pb等微量元素含量进行了测定与分析。结果表明:两种南极鱼脊椎骨中Al、K、56Fe、Mn、Se含量有显著性差异(P0.05),头盖骨中Mg、K、Ca、56Fe、V、Mn等元素含量有显著性差异(P0.05),推测此差异可能与南极冰鱼缺失功能性血红细胞有关;将两种南极鱼脊椎骨骨骼中的元素含量与7种非南极海水鱼和3种淡水鱼相比,发现两种南极鱼骨骼中K、Na、Mg、56Fe、Zn、Ca等常量元素含量较少,且Mn、V、Cr、206Pb等微量元素含量明显低于非南极鱼,这可能与南极海域存在较低污染相关。本研究中首次测定了两种南极鱼骨骼中的元素含量,为后续拟通过体内组织元素分析探索南极鱼类的生理差异提供了科学依据。 相似文献
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为研究五味子对产蛋期藏鸡肠道微生物的影响,探明中药五味子对家禽肠道微生物作用的机理,以40周龄藏鸡作为试验对象,对照组饲喂全价产蛋期日粮,试验组饲喂添加0.5%五味子的全价日粮,4周后收集藏鸡回肠内容物,对其中微生物的16S rRNA V3～V4可变区进行Illumina高通量测序和生物信息学分析。结果表明,饲料中添加五味子后藏鸡肠道微生物的OTU种类无显著变化,但相似性增加。藏鸡肠道微生物中厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、梭杆菌门为优势菌群,五味子组与对照组相比拟杆菌门相对丰度上调16.37%,主要是由拟杆菌门下的拟杆菌属和理研杆菌属的相对丰度上升引起,厚壁菌门相对丰度下调19.78%,这主要是由厚壁菌门下的的乳酸杆菌属和罗姆布齐亚菌属的相对丰度下调引起。五味子组氨基酸球菌科、考拉杆菌属的相对丰度与对照组相比上调差异显著(P<0.05)。五味子组与对照组相比肠道微生物物种α多样性有所升高,组内不同样本间微生物β多样性的差异性减小,但差异不显著。结果表明,产蛋期藏鸡饲料中添加0.5%五味子使藏鸡肠道微生物多样性增高,而个体间菌群差异性减小,部分有益微生物的生长得到了有效促进,有利于... 相似文献
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基于高通量测序技术研究云南玉米根际微生物群落多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
研究不同海拔高度和玉米品种类型对玉米根际微生物多样性的影响,利用Illumina Miseq高通量测序对云南不同海拔和品种类型的玉米根际细菌和真菌多样性进行分析。玉米根际细菌和真菌OTU数量和Chao1指数随海拔升高而增加,且饲料玉米高于鲜食玉米,不同海拔和品种类型的玉米根际微生物多样性差异明显。玉米根际细菌的优势菌群为变形菌门、拟杆菌门和放线菌门,鞘氨醇单胞菌属(5.91%)和芽孢杆菌属(8.88%)为玉米根际的优势属,但高海拔地区的玉米根际特异检测到芽单胞菌属(4.34%);水恒杆菌属(6.10%)为鲜食玉米的优势属;玉米根际真菌的优势菌群为子囊菌门、担子菌门和接合菌门,被孢霉(7.42%)、镰孢霉属(10.88%)和青霉菌属(4.03%)是优势属。海拔高度和品种类型是影响玉米根际微生物群落多样性的重要因子。 相似文献
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为考察脾虚泄泻大鼠肠道菌群的结构特征和多样性,将24只健康大鼠随机分为对照组和模型组,模型组采用饮食失节加苦寒泻下法进行人工复制脾虚泄泻模型,对照组正常饲喂;试验结束时,采集大鼠肠道内容物,提取微生物总DNA,采用通用引物对细菌16S rDNA基因的高可变V3–V4区进行PCR扩增,运用Hiseq2500平台进行高通量测序,并对测序序列进行生物信息学分析。结果表明：α多样性指数表明脾虚泄泻大鼠与正常大鼠之间肠道微生物的多样性存在差异,但差异均无统计学意义;在门水平上,2组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,模型组较对照组厚壁菌门、放线菌门、变形菌门及螺旋体门的平均相对丰度均增加,而拟杆菌门的平均相对丰度显著降低(P＜0.05);在属水平上,2组的核心菌群均为产粪甾醇真细菌属,模型组较对照组产粪甾醇真细菌属、Jeotgalicoccus的平均相对丰度升高,其中Jeotgalicoccus的显著升高(P<0.05),而罗姆布茨菌属、拟杆菌属、Odoribacter的平均相对丰度降低,其中Odoribacter的显著降低(P<0.05);PICRUSt基因功能预测表明,大鼠肠道微生物以代谢功能为主,主要包括糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢及辅酶和维生素代谢等,2组间各类代谢功能存在差异,但差异均无统计学意义。可见,脾虚泻泄能引起大鼠肠道内菌群的多样性变化,并显著降低肠道内拟杆菌门的平均相对丰度。 相似文献
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[目的]明确恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物群落结构尤其是优势菌的变化规律,为企鹅珍珠贝养殖过程中恩诺沙星的科学用药提供参考依据.[方法]针对3个恩诺沙星浓度(0、5和10 mg/L)共9个企鹅珍珠贝肠道样本中的细菌构建16S rRNA文库,再采用Illlumina高通量测序技术从门和属水平上比较分析各处理组间肠道微生物群落结构和多样性的差异.[结果]从9个企鹅珍珠贝肠道样本中共检测到10个菌门,其优势菌门分别是变形菌门(Pro-teobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、螺旋体门(Spirochaetae)、蓝藻门(Cyanobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);共检测到79个菌属,优势菌属主要包括弧菌属(Vibrio)、发光杆菌属(Photobacterium)、嗜冷菌属(Psychrilyobacter)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、疏螺旋体属(Borrelia)、交替单胞菌属(Alteromonas)、微拟球藻属(Nannochioropsis-oceanica)、弓形杆菌属(Arcobacter)、Thalassotalea、Amphritea、Tenacibaculum和微小杆菌属(Exiguobacterium)等.不同恩诺沙星浓度处理下,企鹅珍珠贝肠道的优势菌门与菌属种类丰度差异明显.经恩诺沙星处理后,企鹅珍珠贝肠道变形菌门相对丰度显著升高(P<0.05,下同)、拟杆菌门相对丰度显著降低;弧菌属相对丰度显著升高,微拟球藻属、Aquibacter、BD1-7_clade及希瓦氏菌属(Shewanella)相对丰度则显著降低;此外,弓形杆菌属相对丰度经10 mg/L恩诺沙星处理后显著升高,Psychrobium相对丰度经5 mg/L恩诺沙星处理后显著升高.[结论]经恩诺沙星处理后企鹅珍珠贝肠道微生物的多样性与丰度发生明显变化,且肠道微生物中一些具有特殊功能的优势菌群结构比例也发生变化,该变化规律可为企鹅珍珠贝养殖过程中科学使用恩诺沙星提供参考依据. 相似文献