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【目的】 筛选鸡胸腺中免疫相关的环状RNA （circular RNA，circRNA），研究circRNA在鸡免疫调节中的作用。【方法】 采用高通量测序平台Illumina PE150对黄羽肉鸡和山地乌骨鸡的胸腺组织进行转录组测序，用生物信息学分析软件find_circ和CIRI识别circRNA分子，鉴别其基本结构特征。通过差异显著性分析筛选差异表达circRNA，再经过GO功能和KEGG通路富集分析筛选出免疫相关circRNA，用IRESfinder和PFAM软件进行circRNA编码潜能预测，并用实时荧光定量PCR进行验证。【结果】 circRNA在鸡胸腺中有丰富的表达，共识别到8 015个circRNAs，其中115个circRNAs在胸腺组织中的表达量呈显著差异（log2|FoldChange|>1，P<0.05），在黄羽肉鸡中上调表达基因54个，下调表达基因61个（以山地乌骨鸡为对照）。GO功能富集结果显示有104个GO条目与免疫相关，涉及23个差异表达cricRNAs，占比高达20%（23/115）。KEGG通路分析结果显示，差异表达circRNA来源基因集中在细胞因子-细胞因子受体相互作用、RIG-Ⅰ样受体信号通路、Toll样受体信号通路等7个免疫相关通路中，共涉及7个差异表达circRNAs。有5个circRNAs在GO功能和KEGG通路富集分析中重复出现：circ_0002478（IL-1R1）、circ_0003208（MAPK11）、circ_0001674（STX8）、circ_0005105（RIPK2）和circ_0003590（BRAF），推测它们可能在免疫系统调节中扮演着重要角色。实时荧光定量PCR结果显示，5个circRNAs在2个鸡品种胸腺组织中的表达差异与测序结果一致，circ_0002478（IL-1R1）不仅在两品种间差异极显著（P<0.01），而且具有编码多肽潜能，它可能以多种方式参与免疫调节。【结论】 鸡胸腺组织中有丰富的circRNA，在与免疫相关的circRNA中circ_0002478（IL-1R1）可能通过多种方式参与免疫调节，可作为鸡免疫力研究的重点关注靶点。 相似文献
2.
为探明姜曲海猪感染猪肺炎支原体（Mycoplasma hyopneumoniae,Mhp）后肺组织环状RNA （circular RNA,circRNA）差异性表达谱及其在抗Mhp感染中的作用,试验以姜曲海猪为研究对象,分为感染组和对照组,人工感染Mhp 28 d后,解剖采集肺组织,采用高通量测序和生物信息学软件分析circRNA的表达情况。测序数据比对参考猪基因组序列,共鉴定到23 632个circRNAs,差异表达circRNAs为213个,其中97个上调,116个下调。随机选择4个差异表达circRNAs进行实时荧光定量PCR验证,检测结果与测序结果基本一致。差异表达circRNA来源基因可注释到包括抗原加工递呈、溶酶体、白细胞跨内皮迁移等免疫应答信号通路。circRNA-miRNA-mRNA靶标关系分析显示,筛选到海绵结合miRNA数量最多的3个差异表达circRNAs,分别为：circRNA-17284（21个）、circRNA-04848（19个）和circRNA-17270（19个）;预测到6个与免疫调控相关的靶向miRNAs,分别为：ssc-miR-4331、ssc-miR-370、ssc-miR-328、ssc-miR-30c-3p、ssc-miR-122和ssc-miR-125b。本研究测定了感染Mhp的猪肺组织circRNA表达谱,筛选到与免疫调控相关的差异表达circRNA,这有助于阐明姜曲海猪对Mhp的易感机制,为抗病育种研究提供了参考依据。 相似文献
3.
睾丸是雄性动物的生殖器官，具有产生雄激素和雄性生殖细胞的功能。因此，睾丸的发育形态对猪养殖生产具有重大影响。本实验选取DLY公猪胚胎期（妊娠105 d）和成年期（日龄200 d）睾丸为研究对象，对睾丸组织进行形态学观察和高通量转录组测序，并对差异表达基因进行功能富集分析。形态学观察结果表明：相较于雄性胎猪，成年公猪生精小管直径更大，生精上皮更厚，已有完整的生精结构，并可见各发育阶段精子细胞。转录组测序结果表明，共鉴定出6 296个差异表达基因。差异基因显著富集在精子发生、多细胞生物发育和细胞分化等生物过程，可能在代谢、细胞黏附、细胞周期和AMPK等通路发挥作用。本研究结果揭示了公猪胚胎期和成年期睾丸组织的形态学和转录组学的差异，为后期猪睾丸发育研究提供参考。 相似文献
4.
circRNAs在病原菌感染宿主的肠道疾病发展中具有重要的调控作用。C型产气荚膜梭菌（C.perfringens type C）是引起仔猪腹泻及相关肠道炎症的主要细菌之一,对产业造成了严重的经济损失。然而,目前有关circRNAs如何调控仔猪C型产气荚膜梭菌性腹泻的全面且系统的研究未见报道。本研究通过RNA高通量测序研究分析了C型产气荚膜梭菌感染的7日龄仔猪回肠组织circRNAs的表达谱,筛选差异表达circRNAs,并进行差异表达基因GO和KEGG功能富集分析,利用miRanda等软件预测circRNA的microRNA靶点,构建circRNA-miRNA-mRNA的互作网络,并进行qPCR验证。结果显示,在C型产气荚膜梭菌感染的处理组（TI组）和对照组（CI组）中共鉴定出3 162个circRNAs,其中差异表达circRNAs有694个,上调表达circRNAs有404个,下调表达circRNAs有290个。功能富集分析结果表明,差异表达circRNAs的亲本基因主要富集在细胞周期、TGF-β信号通路、赖氨酸降解、Wnt信号通路、T细胞受体信号通路、MAPK信号通路等,调节仔猪对产气荚膜梭菌感染的抗性反应。此外,本研究构建了与C型产气荚膜梭菌感染致仔猪腹泻相关的circRNA-miRNA-mRNA互作网络,发现8 circRNAs-5 miRNAs-12 mRNAs组成的ceRNA网络与产气荚膜梭菌感染性疾病密切相关。本试验可为深入研究circRNA调控仔猪C型产气荚膜梭菌性腹泻疾病及猪抗腹泻病品系培育提供参考。 相似文献
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本研究旨在探索环状RNA（circular RNA，circRNA）在香猪皮肤、皮下脂肪及背最长肌的表达及其潜在功能。本研究采用RNA-Seq技术和生物信息学方法，分析香猪皮肤、皮下脂肪及背最长肌circRNA的表达，对3种组织特有circRNA亲本基因进行GO和KEGG富集分析，对样品组织结构功能相关亲本基因中circRNA结合的靶miRNA进行预测。从香猪3种组织表达谱中共鉴定出6 483个circRNAs，皮肤、皮下脂肪及背最长肌分别鉴定出4 575、5 180、5 219个circRNAs，其中特异性表达的分别有83、234、586个；circRNAs在染色体上分布广泛，主要来源于外显子，少数来源于内含子和基因间隔区；多数circRNAs表达量较低；皮肤特有circRNAs的亲本基因主要参与蛋白水解、RNA转运、缝隙连接等过程，其中NF1、MAPK1等亲本基因与皮肤性疾病相关，可能以circRNAs的形式发挥作用，其中亲本基因MAPK1中的circRNA（circ-MAPK1）可结合miR-18a、miR-132、miR-411等，可能参与调控胶原蛋白的形成；皮下脂肪特有circRNAs的亲本基因富集于脂肪细胞生长、发育及癌症等信号通路，ABHD5、PTPN11等亲本基因与脂肪代谢有关，circ-PTPN11结合的miR-103、miR-107、miR-199a-5p等参与调控脂肪细胞增殖、分化及脂质沉积；背最长肌特有的circRNAs亲本基因富集于癌症、感染、肌肉发育等过程，ROCK2、PPP1CC等基因与肌细胞分化及肌肉收缩相关，circ-PPP1CC结合的miR-339、miR-181a、miR-181b等参与调控肌细胞分化、增殖及生长。综上，本研究筛选出的circRNAs及其结合的miRNAs可能参与皮肤胶原蛋白形成、脂肪沉积、肌细胞分化成熟等生物学过程。 相似文献
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旨在探究终末宿主肝环状RNA （circRNAs）在犬弓首蛔虫诱导致病过程中的潜在调控作用。18只6~7周龄的比格犬被平均分为3组（感染后0.5 d组、感染后1 d组和感染后36 d组），每组包括感染和对照各3只，分别于感染后对应的时间点收集肝样品。提取感染和对照组肝的总RNA，利用高通量RNA测序，构建circRNA文库，对差异表达的circRNAs进行分析，并对差异表达circRNAs的亲本基因进行GO注释和KEGG富集分析。随机选取9个差异表达circRNAs进行实时荧光定量PCR验证。结果显示，与对照组相比，在感染后0.5、1和36 d分别有94、103和84个犬肝的差异表达circRNAs。Venn图显示，3个感染阶段没有共同表达的差异circRNAs；GO和KEGG分析显示，差异表达的circRNAs参与了宿主肝免疫与炎症的相关通路，其中差异表达的circRNA novel_circ_0016108、novel_circ_0016184和novel_circ_0027468与犬弓首蛔虫引起的天然免疫相关；novel_circ_0002212参与了犬弓首蛔虫引起的肝炎症反应；novel_circ_0002212和novel_circ_0019907在宿主肝抵抗犬弓首蛔虫侵袭的过程中发挥作用。RT-qPCR验证结果显示大多数差异表达的circRNAs与高通量测序结果一致。结果表明，肝circRNAs在犬弓首蛔虫感染终末宿主的过程中发挥着重要作用，这为进一步探究犬弓首蛔虫与宿主之间的相互作用提供了新的信息，并且也为促进疾病干预措施的制定提供参考。 相似文献
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为探究撒坝猪背脂中circRNAs的表达模式与背脂沉积的关系，本研究采用RNA-seq和生物信息学方法筛选撒坝猪和大白猪背部皮下脂肪组织差异表达circRNA，使用MiRanda预测circRNA与miRNA的靶向关系，TargetScan和miRDB预测miRNA的靶基因，对靶基因进行GO和KEGG富集分析，构建与脂质代谢相关的circRNA-miRNA-mRNA互作网络。结果显示：以|log2fold change|≥1且Padj<0.05筛选到27个差异表达circRNA，在撒坝猪中上调7个，下调20个；GO和KEGG富集分析显示，靶基因主要富集在PI3K-Akt信号通路等与脂质代谢相关的过程；circRNA-miRNA-mRNA互作网络显示，novel＿circ＿0003253上调，靶向miR-148a-3p和miR-182下调，靶基因ROCK1和SNAP23表达上调，促进脂肪生成相关基因表达，可能导致脂肪沉积速率增加，脂肪生成增多，脂滴和脂肪细胞直径增大；novel＿circ＿0002314下调，靶向miR-29b上调，靶基因SPARC下调，可能促进皮下脂肪细胞增殖。随... 相似文献
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旨在探究羊口疮病毒（orf virus,ORFV）感染对山羊皮肤成纤维细胞（goat skin fibroblast,GSF）环状RNA(circular RNA,circRNA)表达谱的影响。以ORFV感染的GSF和未感染细胞为对象构建6个cDNA文库进行转录组测序,利用生物信息学方法进行circRNA鉴定、circRNA差异表达分析、差异circRNA的GO和KEGG功能富集分析,最后挑选9个差异circRNA进行qPCR和Sanger测序验证。结果发现,在未感染组和感染组分别鉴定到9 979和10 844个circRNA,共有151个circRNA差异表达,其中59个circRNA表达上调,92个circRNA表达下调;GO富集分析表明,差异circRNA主要富集在炎症应答、上皮结构维持、细胞迁移正调控、泛素蛋白转移酶活性等生物学过程;KEGG富集分析表明,差异circRNA主要富集在紧密连接、黏着斑、血管平滑肌收缩、内吞作用、细胞因子受体相互作用等信号通路;circRNA1001,circRNA1684,circRNA3127和circRNA788表达量与转录组测序结果一致。本... 相似文献
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【目的】分析A型塞内卡病毒(Seneca virus A,SVA)感染猪肾上皮细胞(PK-15)后环状RNA(circular RNA,circRNA)表达谱的变化,探究circRNAs在SVA感染过程中发挥的潜在调控作用。【方法】本研究基于Illumina HiSeq 2000平台对SVA感染及对照PK-15细胞circRNAs转录组进行测序,并对差异表达circRNAs的来源基因进行GO功能及KEGG通路富集分析,通过实时荧光定量PCR对新发现的circRNAs进行表达水平鉴定。【结果】转录组测序结果显示,SVA感染组、PK-15细胞对照组中共有432种circRNAs被发现。在SVA感染PK-15细胞中,87种circRNAs表达水平相对对照组PK-15细胞显著上调,74种circRNAs表达水平显著下调。对差异表达circRNAs的来源基因进行GO功能注释分析表明,SVA感染组差异表达circRNAs来源基因主要富集于核仁、细胞器膜和细胞大分子代谢、发育等生理过程。KEGG通路富集结果显示,SVA感染组差异表达circRNAs来源基因主要富集于胞吞过程、cAMP信号通路、Rap... 相似文献
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旨在探索circRNAs在脂肪组织可能发挥的潜在作用,为了解circRNA调控脂肪沉积和脂代谢作用的机制奠定基础。本研究采用RNA-Seq和生物信息学方法鉴定大白和莱芜猪肌内脂肪组织中circRNAs的表达情况,运用miRanda和Targetscan对差异表达circRNA进行靶基因预测,对靶基因进行GO和KEGG富集分析。结果发现,181个差异表达circRNAs得到鉴定,其中,102个在莱芜猪肌内脂肪组织中上调表达,79个下调表达。并对具有较多miRNA结合位点的ssc_circ_0002807、ssc_circ_0009352靶基因进行了GO和KEGG富集分析,发现靶基因富集于胆固醇平衡和磷脂平衡等与脂代谢相关的生物学过程。通过qRT-PCR,验证了ssc_circ_0002807、ssc_circ_0005382、ssc_circ_0009172和ssc_circ_0004824,与测序结果一致。由此推断,ssc_circ_0002807与ssc_circ_0009352可能参与调控脂肪沉积和脂质代谢。 相似文献
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试验旨在通过高通量测序及生物信息学分析circRNA在猪卵泡发育过程中的作用及其可能的机制,为进一步探索circRNA对猪卵泡发育的调控机理奠定生物学基础。采集梅山和杜洛克猪不同级别的卵泡及各组织样本,提取总RNA,采用RNA-Seq技术对卵泡中差异表达的circRNA进行筛选,同时验证并分析其在梅山猪和杜洛克猪卵泡中的表达情况,并用实时荧光定量PCR进行组织表达谱分析。结果显示:试验证实了circ0015292的存在,且其在肌肉、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、卵巢、输卵管、子宫、垂体及下丘脑中均有不同程度的表达,在心脏、脾脏、肺脏、卵巢中的表达量相对较高;circ0015292在梅山猪S卵泡中的表达量极显著高于杜洛克猪(P<0.01),在杜洛克猪M1、M2、L卵泡中的表达量均显著高于梅山猪(P<0.05);其潜在靶基因GADD45G、CCR2、IL20RB、CFL1、LAMB3与猪的卵泡发育相关。综合试验结果,circ0015292在不同组织、不同时期卵泡中均有不同水平的表达;部分靶标基因参与细胞周期及卵巢发育相关信号通路,提示其可能通过对靶基因的调控作用间接参与卵泡发育过程,这为猪繁殖机理的研究提供了新思路。 相似文献
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Jing Wang Youbing Yang Baosong Xing Junfeng Chen Qingxia Lu Jiaqing Zhang Qiaoling Ren Qiang Ma Hongxia Guo Hai Cao 《Animal Science Journal》2021,92(1):e13648
Circular RNAs (circRNAs) participated in regulation of lipid metabolism; however, its functional role on castration-induced lipid deposition has not been deeply researched. So in this research, we firstly compared circRNAs expressional differences in subcutaneous adipose tissue between intact and castrated male Huainan pigs. A total of 6116 differentially expressed circRNAs (DECs) were detected between these two groups (|log2foldchange| ≥ 1 and padj ≤ 0.05); GO and KEGG analysis showed that their parent genes were mainly enriched in metabolism-related pathway. And TGF-beta, insulin, AMPK, and MAPK pathways might play vital role in castration-induced lipid deposition. The miRNAs enriched in the constructed circRNA–miRNA network were mainly participated in adipogenesis and lipid metabolism, such as miR-143a-3p, miR-378, and miR-195. And it was verified that testosterone upregulated miR-181a but downregulated circ_0005912 expression in a dose-dependent manner in porcine intramuscular adipocytes, and overexpression of miR-181a inhibited circ_0005912. Taken together, these DECs may participate in the regulation of lipid metabolism after castration by reaction with miRNAs, which indicated the novel role of circRNAs in castration-induced lipid deposition. 相似文献
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旨在从circRNA层面加深哺乳动物对高原低氧环境适应性的认识,探索西藏牛和三江牛大脑组织中差异表达的circRNA及相关调控网络,为研究circRNA在西藏牛低氧适应性方面的分子调控机制奠定理论基础。本研究分别采集3头4.5岁健康、雌性西藏牛和三江牛的大脑组织作为试验样本,构建cDNA文库进行高通量测序,利用生物信息学方法对宿主基因进行GO和KEGG分析,预测差异表达circRNA下游靶向基因,构建circRNA-miRNA和circRNA-miRNA-mRNA可视化调控网络,辅以RNaseR酶抗性检测和实时荧光定量PCR（qRT-PCR）验证测序数据的可靠性。结果,在西藏牛和三江牛的6个样本中,共筛选获得858个显著差异的circRNAs,其中上调表达394个,下调表达464个。其宿主基因共参与49个功能亚类,注释到31条显著富集的信号通路（P<0.05）,主要涉及MAPK信号通路、谷氨酸能突触、Rap1信号通路、磷脂酶D信号通路及cGMP-PKG信号通路等生物学过程。靶基因预测结果显示,350个上调和364个下调差异表达circRNAs分别靶向结合492和508个miRNAs。其中,miRNA靶点数最多的是novel_circ_017825和novel_circ_046762,说明这两个circRNAs可能在西藏牛脑功能调控方面发挥重要作用。circRNA-bta-miR-2284z-mRNA调控网络展示了bta-miR-2284z与circRNA、mRNA间的靶向关系,推测上述circRNAs可能通过充当bta-miR-2284z海绵的方式,间接影响西藏牛脑组织中相关靶向mRNA的表达水平。随机挑选6个circRNA进行RNaseR酶抗性试验和qRT-PCR验证,表达趋势与测序结果一致,说明所获得的circRNA为环状转录本。本研究利用高通量测序技术获得了西藏牛和三江牛大脑组织中circRNA的表达谱及信号通路,并初步构建了circRNA-miRNA-mRNA网络互作模型,为后续进一步探索circRNA参与西藏牛低氧适应性的生物学过程和分子功能,研究circRNA在大型哺乳动物低氧适应性方面的调控机制提供了可靠的数据支持。 相似文献
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研究旨在从香猪卵巢small RNA测序数据中挖掘调控香猪繁殖的microRNA （miRNA）,解析miRNA调控香猪卵巢功能及繁殖性状的分子机制,对于猪的遗传选育具有重要意义。研究选取发情期和间情期的香猪各4头,屠宰后取其卵巢组织,提取总RNA进行small RNA测序,利用生物信息学方法检测miRNA表达谱,筛选差异表达的miRNA,预测差异表达miRNA靶基因,并对靶基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果显示,香猪卵巢组织中miRNA在染色体上呈不均匀分布,主要分布于1号染色体和X染色体上。香猪卵巢中共有627个已知猪miRNAs表达,其中有34个差异表达miRNAs,表达量前五的分别是miR-23、let-7i-5p、miR-103、miR-30e-5p和miR-1271-5p。GO功能分析结果显示,靶基因主要参与的生物学过程是细胞过程（cellular process）,主要分布于细胞（cell）,主要分子功能是结合（binding）;KEGG显著富集通路中,促性腺激素释放激素受体通路（gonadotropin-releasing hormone receptor pathway）、胰岛素样生长因子通路（IGF pathway）和表皮生长因子受体信号通路（EGF receptor signaling pathway）与卵母细胞的发育成熟相关,因此推测miR-23b、let-7i-5p、miR-103、miR-30e-5p和miR-1271-5p可能参与了香猪繁殖调控。本研究初步筛选出5个可能调控香猪繁殖性能的miRNAs,可为从分子水平提高香猪产仔数提供理论基础。 相似文献
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The purpose of this study was to explore the expression and potential functions of circular RNA (circRNA) in the skin,subcutaneous fat,and longissimus dorsi muscle of Xiang pig.In this study,RNA-Seq technology and bioinformatics methods were used to analyze the expression of circRNAs in skin,subcutaneous fat,and longissimus dorsi muscle of Xiang pig,GO and KEGG enrichment analysis were performed for the host genes of three tissue-specific circRNAs,then target miRNA prediction was performed for the circRNAs that host genes associated with tissue structure and function.A total of 6 483 circRNAs were identified from the three tissues of Xiang pig,4 575,5 180 and 5 219 circRNAs were identified respectively from skin,subcutaneous fat and longissimus dorsi muscle respectively,among which 83,234 and 586 circRNAs expressed specifically.circRNAs distributed on chromosomes widely and mainly from exons,a few from introns and intergenic regions.The expression levels of most circRNAs were low.The host genes of skin-specific circRNAs were mainly involved inproteolysis,RNA transport,and gap junctions.Among them,host genes such as NF1 and MAPK1 were related to cutaneous diseases and might play a role in the form of circRNAs.The circRNA (circ-MAPK1) that the host gene MAPK1 could bind to miR-18a,miR-132,miR-411,and which might be involved in regulating the formation of collagen.The host genes of circRNAs expressed specifically in subcutaneous fat were enriched in adipocyte growth,development and cancer signaling pathways.ABHD5 and PTPN11 genes were related to fat metabolism,miR-103,miR-107 and miR-199a-5p bound by circ-PTPN11 could be involved in regulating adipocyte proliferation,differentiation and lipidosis.The host genes of circRNAs only expressed in longissimus dorsi muscle associated with cancer,infection,and muscle development.ROCK2 and PPP1CC were involved in myocyte differentiation and muscle contraction,while miR-339,miR-181a and miR-181b bound by circ-PPP1CC were involved in the regulation of myocyte differentiation,proliferation and growth.In conclusion,the circRNAs selected in this study and their combined miRNAs might be involved in skin collagen formation,fat deposition,and muscle cell differentiation and maturation. 相似文献
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Yuxuan Song Lei Zhang Xiaorui Liu Mengxiao Niu Jiuzeng Cui Sicheng Che Yuexia Liu Xiaopeng An Binyun Cao 《畜牧与生物技术杂志(英文版)》2019,(3)
Background: Recent studies have revealed that noncoding RNAs play important regulatory roles in the formation of endometrial receptivity. Circular RNAs(circRNAs) are a universally expressed noncoding RNA species that have been recently proposed to act as miRNA sponges that directly regulate expression of target genes or parental genes.Results: We used Illumina Solexa technology to analyze the expression profiles of circRNAs in the endometrium from three goats at gestational day 5(pre-receptive endometrium, PE) and three goats at gestational day 15(receptive endometrium, RE). Overall, 21,813 circRNAs were identified, of which 5,925 circRNAs were specific to the RE and 9,078 were specific to the PE, which suggested high stage-specificity. Further analysis found 334 differentially expressed circRNAs in the RE compared with PE(P 0.05). The analysis of the circRNA-miRNA interaction network further supported the idea that circRNAs act as miRNA sponges to regulate gene expression.Moreover, some circRNAs were regulated by estrogen(E2)/progesterone(P4) in endometrial epithelium cell lines(EECs) and endometrial stromal cell line(ESCs), and each circRNA molecule exhibited unique regulation characteristics with respect to E2 and P4.Conclusions: These data provide an endometrium circRNA expression atlas corresponding to the biology of the goat receptive endometrium during embryo implantation. 相似文献