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《果树学报》2016,(8)
【目的】克隆新疆野扁桃(Amygdalus ledebouriana Schlecht.)自交不亲和性花柱特异性决定因子编码基因SRNase全长序列,为自交不亲和性的分子调控奠定基础。【方法】以新疆野扁桃花柱为试材,利用RT-PCR和RACE技术克隆S-RNase基因全长,采用BLAST和ORF Finder对核酸序列进行分析,利用CDD、Prot Param、Tmpred、Signal P、Target P、SOPMA、DANMAN、MEGA6和Prot Fun对推导的氨基酸序列进行分析。【结果】克隆到Pt S16-RNase基因和Pt S17-RNase基因,2者均属于RNase T2基因家族,与其他多种植物的S-RNase基因的序列相似度为83%~98%,序列均具有S-RNas蛋白典型结构。Pt S16-RNase基因ORF长690 bp,编码229个氨基酸,Pt S17-RNase基因ORF长678 bp,编码225个氨基酸。预测2个S-RNase蛋白均为亲水性、不稳定的分泌蛋白,二级结构均以α-螺旋、延伸链和无规卷曲为主,在蔷薇科李属植物中具有较高的系统进化一致性,可能的主要功能为水解酶和激素。【结论】获得2个新疆野扁桃自交不亲和性花柱特异性决定因子编码基因S-RNase全长序列。 相似文献
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【目的】克隆新疆野扁桃(Amygdalus ledebouriana Schlecht.)自交不亲和性花柱特异性决定因子编码基因SRNase全长序列,为自交不亲和性的分子调控奠定基础。【方法】以新疆野扁桃花柱为试材,利用RT-PCR和RACE技术克隆S-RNase基因全长,采用BLAST和ORF Finder对核酸序列进行分析,利用CDD、Prot Param、Tmpred、Signal P、Target P、SOPMA、DANMAN、MEGA6和Prot Fun对推导的氨基酸序列进行分析。【结果】克隆到Pt S16-RNase基因和Pt S17-RNase基因,2者均属于RNase T2基因家族,与其他多种植物的S-RNase基因的序列相似度为83%~98%,序列均具有S-RNas蛋白典型结构。Pt S16-RNase基因ORF长690 bp,编码229个氨基酸,Pt S17-RNase基因ORF长678 bp,编码225个氨基酸。预测2个S-RNase蛋白均为亲水性、不稳定的分泌蛋白,二级结构均以α-螺旋、延伸链和无规卷曲为主,在蔷薇科李属植物中具有较高的系统进化一致性,可能的主要功能为水解酶和激素。【结论】获得2个新疆野扁桃自交不亲和性花柱特异性决定因子编码基因S-RNase全长序列。 相似文献
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以晋扁一号扁桃(Prunus dulcis Miller.)基因组DNA为模板,用已登录的扁桃PGIP(多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白)基因保守序列设计引物进行PCR扩增,得到了6个PGIP基因片段并克隆到PBS-T载体中。根据测序结果分析,可利用其中的3个片断,分别命名为PdPGIP1(717bp),PdPGIP2(864bp)和PdPGIP3(796bp),与公共数据库中的序列相似性比较,其中PdPGIP2和PdPGIP3各包含2个外显子和1个内含子,内含子符合GT-AG规律。其核苷酸序列分别与Genbank中登录的3个扁桃以及桃(P.persica Linn.)、杏(P.armeniaca Linn.)、美洲李(P.americana Marsh.)、中国李(P.salicina Lindl.)、马哈利樱桃(P.mahaleb Linnaeus)、苦樱桃(P.emarginata Walp.)、梅(P.mume Sieb.)的mRNA、DNA序列显示出极高的同源性,基本都在90%以上,其中PdPGIP1、PdPGIP2、PdPGIP3与Genbank中登录的3个扁桃PGIP基因的同源性为92%～99%。对氨基酸序列保守性分析发现,含有多数植物PGIP抗病基因表达蛋白特有的亮氨酸重复序列。证明我们所克隆的目的片段为PGIP基因。 相似文献
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以我国闻名于世的珍稀野生果树新疆野扁桃为试材,利用蔷薇科果树自交不亲和性通用引物组合,采用S-RNase等位基因PCR扩增,RT-PCR和RACE等技术方法,克隆了新疆野扁桃不同株系的S-RNase基因,以期为新疆野扁桃自交不亲和分子机理的进一步研究提供基本的资料。结果表明:从新疆野扁桃不同株系中克隆鉴定出了6个新的S-RNase基因,分别命名为PteS_(10)(GeneBank登陆号:KJ755352),PteS_(11)(GeneBank登陆号:KJ755353),PteS_(12)(GeneBank登陆号:KJ755354),PteS_(13)(GeneBank登陆号:KJ755355),PteS_(14)(GeneBank登陆号:KJ755356)和PteS_(15)(GeneBank登陆号:KJ755357);并对这6个新基因进行了序列生物信息学分析,为基于新疆野扁桃自交不亲和特性的遗传改良以及分子调控模式奠定试验基础。 相似文献
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以古老孑遗植物蒙古扁桃为试材,基于Illumina HiSeq XTen平台测序,采用生物信息学分析方法,研究了蒙古扁桃叶绿体基因组特征和系统发育情况,以期为蒙古扁桃和近缘种物种鉴定、系统发育地位以及早春观赏植物和西北荒漠草地植物的育种培育提供参考依据。结果表明：蒙古扁桃叶绿体基因组为四分体式结构。其蛋白编码基因共编码26 428个密码子,有29种是偏好密码子。密码子UUU数目最多,达1 034个;密码子GCG数目最少,为137个。编码亮氨酸的密码子数目最多(2 637个),占总量的9.98%;编码色氨酸的密码子数目最少(531个)仅占到1.94%。根据设置参数,发现蒙古扁桃叶绿体基因组中串联重复有16个,SSR位点有31个。SSR大多位于基因间区IGS和LSC区域。SSR中未检测到三核苷酸重复。基于叶绿体全基因组序列数据发现蒙古扁桃与桃亚属的桃和甘肃桃亲缘关系较近。 相似文献
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扁桃自交不亲和基因的多态性分析 总被引：7，自引：0，他引：7
根据蔷薇科树种S基因的保守序列设计引物, 利用PCR技术对8个新疆扁桃品种S基因进行扩增, 获得了10个大小不同的S基因片段。测序结果表明, 这些DNA片段的核苷酸序列中都具有编码蔷薇科S-RNAase 5个高度保守区域: C1、C2、C3、RC4、C5的序列、编码高变区(RHV) 的序列以及变异度很大的内含子序列, 并且其高变区和内含子序列具有扁桃S基因特异性。同源性分析表明, 获得的10个氨基酸序列与蔷薇科中李亚科S2RNase的氨基酸序列同源性达67% ～96% , 扁桃与樱桃、杏应同属于李亚科。 相似文献
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【目的】以扁桃休眠茎尖为试材,探讨小滴玻璃化法对扁桃离体超低温保存的影响,为扁桃种质资源的长期保存提供有效途径。【方法】采用小滴玻璃化法,通过正交设计试验和单因素试验对预培养蔗糖浓度、预培养时间、装载时间和PVS2[30%(ω,后同)甘油+15%二甲基亚砜+15%乙二醇+0.4 mol·L~(-1)蔗糖]脱水处理时间这4个因素影响扁桃休眠茎尖超低温保存后成活率的情况进行分析。【结果】预培养时间对休眠茎尖超低温保存后成活率的影响极显著(P<0.01),而预培养蔗糖浓度、装载时间和PVS2处理时间的影响不显著。建立了以‘莎车14号’为代表的扁桃茎尖小滴玻璃化法超低温保存体系,最佳处理方案是:用0.5 mol·L~(-1)预培养蔗糖液处理2 d,装载液处理20 min,PVS2脱水处理120min,放入含新鲜PVS2小滴的铝箔纸上投入液氮24 h后,浸入用40℃温水预热过的洗涤液(1.2 mol·L~(-1)蔗糖的MS)中30 s,然后再将休眠茎尖转入新鲜的洗涤液中洗涤30 min。恢复后接种在MS+0.3 mg·L~(-1)6-BA+0.5 mg·L~(-1)IAA+0.3 mg·L~(-1)GA3培养基上,扁桃成活率达80.44%。运用优化的方案对‘莎车1号’‘莎车11号’和‘莎车18号’3个扁桃品种进行超低温保存,平均成活率分别为87.41%、85.44%和83.02%。【结论】利用小滴玻璃化法可提高扁桃超低温保存成活率,建立了适合扁桃休眠芽超低温保存技术方法,为扁桃种质资源的长期保存提供理论和实践借鉴。 相似文献
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为了揭示扁桃坚果表型性状的种质遗传多样性水平，为扁桃种质资源的品种选育和分类鉴定提供参考。以塔里木大学扁桃种质资源圃内的42株扁桃实生单株为试验材料，对18个壳果、7个果仁的描述型性状和19个数量性状进行测定，后通过变异分析、相关性分析、主成分分析和聚类分析对表型特征及多样性情况进行评价。结果表明：42份扁桃坚果总体表现为核果狭长形，核面洞形，核洞偏短缝合线，内壳纹形，于长缝合线一侧开裂，短尖头，单仁，无苦味；19个数量性状平均变异系数为56.85%，最大的为双仁率（274.60%），最小的为核果侧径（10.77%）。通过相关性分析发现65对相关系数达极显著水平，10对相关系数达显著水平。主成分分析将19个数量性状分为5个主成分，累计方差贡献率达84.727%。通过聚类分析将42份扁桃坚果种质分为6类：第5类种壳更薄更软，核果更轻，核仁更大更重，出仁率更高，可优先作为直接剥壳食用性育种材料。42份扁桃坚果种质间存在着极其丰富的遗传多样性，第5类扁桃食用品质更优，可优先作为育种材料。 相似文献
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基于ITS序列的红山茶组植物系统发育关系的研究 总被引：3，自引：1，他引：2
测定了红山茶组30个物种的ITS序列,利用茶作为外类群,应用PAUP程序中的最大简约法构建了该组植物的系统发育关系。结果表明,大部分红山茶组植物构成一个单系群,这一单系群又分为两个分支。其中一个分支包括了分布在我国中南地区的大花红山茶、多齿红山茶以及分布在华东南的浙江红山茶、山茶等,其自展支持率为79 % (Clade I);另一个分支主要包括分布在我国西南地区的西南红山茶、金沙江红山茶、滇山茶等,自展支持率为92 % (Clade II)。根据ITS系统树并结合物种的形态特征及地理分布探讨了红山茶组植物的种间关系及其系统进化。 相似文献
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龙眼属rDNA的ITS序列分析 总被引：7，自引：1，他引：6
为了讨论龙眼属(Dimocarpus Lour.)的遗传多样性及鉴别技术,运用克隆测序法测定了主产区龙眼(Dimo-carpus longan Lour)品种及其近缘种龙荔[Dimocarpus confinis(Howet Ho)H.S.Lo.]的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列(包括ITS1,5.8S和ITS2)。结果表明,龙眼及其近缘种龙荔的ITS区序列的长度范围为618～646 bp,长度变异为28 bp;其中,ITS1和ITS2的长度范围分别为227～235 bp和227～247 bp。龙眼品种间ITS序列变异位点比较丰富,通过单个或组合变异位点可以作为特异位点用于品种之间的鉴别。龙荔的ITS序列变异较大,在609处插入一个19个碱基的片段;系统发育树也表明龙荔自为一单树系,为其是龙眼近缘种提供了新的分子证据。结果还表明龙眼果实香味、流汁程度和质地与基于ITS序列的系统发育树结果表现较多品种的吻合性。 相似文献
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樱属植物种质资源系统鉴定方法的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
以11株野生樱属植物为研究材料,观测其花、叶和果实等主要植物学特征,采用SSR分子标记技术分析其亲缘关系,采用DNA条形码技术进行分子鉴定。形态学观测结果表明,编号为1、3、4、7、8和9号的单株彼此间差异相对较小,果实均为紫黑色,但1、4和8号的萼筒为管状且1和4号的叶柄覆有较多短绒毛;5、6和11号彼此间差异相对较小,果实均为紫红色,但6号萼片明显长于萼筒,11号花柱上覆有较多绒毛;2和10号在性状上显著异于其他植株。初步判断1和4号为毛叶山樱,3、7和9号为山樱,6号为尾叶樱,11号为浙闽樱,10号可能为黑樱桃,2、5和8号待定。SSR聚类分析结果表明,形态上较接近的彼此间亲缘关系较近,同时推测出5号可能是浙闽樱和尾叶樱的变种,8号可能亦属于山樱。DNA条形码分析得出ITS的种间变异程度较大,可作为鉴定樱属植物的标准条形码。聚类结果与SSR聚类结果基本一致,序列比对后得出8号是山樱或山樱变种,5号应该是浙闽樱和尾叶樱的变种,由于NCBI数据库信息缺失,故2号无法鉴别出,可能是新种或变种,有待后续研究。此外研究还发现,2和5号可能是优良的变种,具有较高的观赏价值,后续有待进一步研究。 相似文献
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扁桃种质资源的AFLP分析 总被引：10，自引：1，他引：10
利用AFLP分子标记技术对国内外49份扁桃材料的亲缘关系进行了鉴定,使用3对选择性引物组合,每对引物扩增出136条带,并对其进行聚类分析。结果表明,不同种以及不同品种间的遗传距离不同。在相似系数小于0.68时,大多数栽培品种聚为一类,并可将野生扁桃组、苦巴旦组、榆叶梅,以及桃、中国樱桃、欧洲甜樱桃分开。栽培品种中,同一种源区的大多数栽培品种能聚类在一起。我国的扁桃资源与国外的扁桃资源遗传差异较大。 相似文献
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基于ITS序列探讨核果类果树桃、李、杏、梅、樱的系统发育关系 总被引：11，自引：1，他引：10
测定了桃属(Amygdalus L. ) 8个野生种的ITS序列, 并结合GenBank中已有的3个近缘属(李属、杏属和樱属) 18个代表种的ITS数据, 组成数据距阵, 应用PAUP程序中的最大简约法构建了核果类果树桃李杏梅樱的系统发育关系。结果表明: 基因树上, 桃李杏梅樱类植物被分成2大分支, 樱属(Cerasus Mill. ) 各个种构成一单系分支(CladeⅠ) , 并与其余各属构成另一单系分支, 形成姊妹群关系位于系统发育树的基部, 自展支持率分别为68%; 而李属( Prunus L. ) 、杏属(Armeniaca Mill. ) 和桃属(Amygdalus L. ) 聚在一起构成另一个单系分支(CladeⅡ) , 得到了Bootstrap值的有力支持(100% ) , 表明它们三属之间可能存在很近的亲缘关系或具有共同的起源。在CladeⅡ分支内又分成两支, 一支为桃属, 一支为李属和杏属, 其自展支持率为100%和54%。最后根据ITS基因树并结合各属的形态特征及地理分布讨论了核果类果树的进化和分类问题。 相似文献
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基于ITS 序列石斛材料的鉴定及系统进化分析 总被引：5，自引：0，他引：5
以核糖体DNA 内转录间隔区（Internal Transcribed Spacer,rDNA ITS 区）作为DNA 条形码对石斛种进行鉴定,并进行系统进化分析。收集获得43 个石斛样品,其中35 个为已知鲜样品,8 个为待确定种的干样品。从35 个鲜品中获得在GenBank 中未公布的海南石斛、华石斛以及秋石斛中的两个品种‘白花红心秋石斛’和‘紫红条纹秋石斛’ITS 序列。ITS 序列差异与形态特征的关系分析,结果显示,ITS 同源性的高低,与形态的相似性成正相关。以舌唇兰属为外类群,并从GenBank 中获得其他20 个石斛种的ITS 序列,对35 个已知样品和8 个待检测样品进行分析。结果显示,35 个已知样品分为5 支,其中大部分石斛种（24 个）聚在一支。竹叶石斛和苏瓣石斛聚在一支;华石斛、聚石斛和小黄花石斛聚在一支;短棒石斛单独为一支;竹枝石斛与‘白花红心秋石斛’和‘紫红条纹秋石斛’聚在一支;海南石斛和木石斛聚在一支。根据ITS 序列,大多数样品分组与传统分组相同,但按传统分组不在石斛组的重唇石斛、钩状石斛、鼓槌石斛和叉唇石斛分在了石斛组,并确定了檀香石斛分在石斛组。确定了8 个石斛干样品所属的种。 相似文献
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C.C. Tsai S.C. Huang C.H. Chen Y.H. Tseng P.L. Huang S.H. Tsai 《The Journal of Horticultural Science and Biotechnology》2013,88(2):234-240
SummaryThe genetic relationships of 20 Rhododendron species in Taiwan was determined based on the sequence of the internal transcribed spacer (ITS) region of ribosomal DNA. Sequences of the complete ITS region including ITS1, 5.8S rDNA, and ITS2, were obtained by direct sequencing of polymerase chain reaction (PCR)-amplified fragments. Gaultheria itoana was used as an outgroup. Aligned sequences of ITS1 and ITS2 from the 21 taxa resulted in 493 characters. According to the dendrogram, six main clusters were classified among the 20 species of the genus Rhododendron in Taiwan. Rhododendron oldhamii, R. nakaharai, R. taiwanalpinum, R. simsii, R. lasiostylum, R. rubropilosum, R. breviperulatum, R. kanehirai, and R. noriakianum were grouped with R. longiperulatum in cluster I. Rhododendron lamprophyllum was grouped with R. ovatum in cluster II. Rhododendron pseudochrysanthum, R. morri, R. hyperythrum, and R. rubropunctatum were grouped with R. formosanum in cluster III. In addition, R. mariesii, R. ellipticum and R. kawakamii formed three independent clusters. In this study, the findings based on ITS sequences are in agreement with the systematics of Rhododendron. 相似文献