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1.
筛选150只黔北麻羊(0.5岁、1岁、1.5岁各50只)FTO基因的SNPs,为进一步开展FTO基因多态性与山羊肉质性状相关性研究提供参考。通过构建DNA混合池结合PCR产物直接测序技术,对黔北麻羊FTO基因外显子区域进行多态性分析,采用生物信息学软件对PCR扩增所获序列进行m RNA二级结构分析及对SNPs突变位点峰高进行等位基因频率估算,并应用相应软件对FTO基因编码的蛋白质结构、理化性质、信号肽、跨膜结构、亚细胞定位等结构进行生物信息学分析。在FTO基因外显子区域共筛选出8个SNPs,分别为Exon2-C139T、Exon3-A242G、Exon3-T282A、Exon3-C339T、Exon3-G387T、Exon3-T399C、Exon9-C1615G、Exon9-G1718A。分析表明,Exon3-A242G、Exon3-T282A、Exon3-C339T、Exon3-G387T、Exon3-T399C位点的突变在CDS区内,其中Exon3-A242G(Gln-His)、Exon3-G387T引起m RNA二级结构的改变,Exon3-C339T、Exon3-G387T突变导致其m RNA二级结构最小自由能增大,即二级结构稳定性降低。对FTO基因序列进行生物信息学分析,得出FTO是一种非分泌型的亲水性蛋白,不存在跨膜区域,发挥生物学作用的主要场所是细胞质,有7个Ser位点,5个Thr位点,5个Tyr位点,二级结构中ɑ螺旋结构数量最多。 相似文献
2.
《黑龙江畜牧兽医》2017,(23)
为了探讨盐皮质激素受体基因(NR3C2基因)作为半番鸭异常行为研究候选基因的可能性,试验以半番鸭为材料,设计9对引物对NR3C2基因遗传多态性进行研究,其PCR产物经测序后,利用生物信息学软件分析SNPs位点突变前后NR3C2基因及其蛋白结构的变化。结果表明:在扩增的NR3C2基因中筛选出7个SNPs,即Intron2-G13 928T、Intron2-A13 972G、Intron2-T14 336C、Intron4-A34 930G、Intron4-T35 157G、Exon8-C198 088T和Exon9-G199 134C,其中Exon8-C198 088T为同义突变,Exon9-G199 134C为错义突变,导致编码的亮氨酸(Leu)突变为缬氨酸(Val)。说明NR3C2基因在半番鸭中存在突变位点,可能与半番鸭异常行为有关。 相似文献
3.
黔北麻羊TYR基因多态性及生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究黔北麻羊毛色形成的遗传机制,本实验对黔北麻羊哺乳动物酪氨酸酶(TYR)基因外显子区域运用混合DNA池结合PCR产物直接测序方法进行多态性分析,在TYR基因外显子区域共筛选出5个SNPs,分别为Exon1-G617A、Exon1-G685T、Exon3-C1236T(Asn-Lys)、Exon5-C1578T(Gly-Glu)、Exon5-T1862C;进而利用生物信息学分析软件对PCR扩增所获序列进行m RNA二级结构及蛋白质二级结构和三级结构分析,发现Exon3-C1236T(Asn-Lys)、Exon5-C1578T(Gly-Glu)引起m RNA二级结构的改变,其中Exon1-G685T、Exon3-C1236T(Asn-Lys)、Exon5-T1862C突变导致其m RNA二级结构最小自由能增大,即二级结构稳定性降低,其错义突变位点Exon3-C1236T(Asn-Lys)、Exon5-C1578T(Gly-Glu)均引起蛋白质二级结构和三级结构的改变。 相似文献
4.
《畜牧与兽医》2016,(11):77-82
以比利时公兔分别与加利福尼亚母兔、新西兰母兔和中国白母兔杂交兔为试验对象,用磁珠法动物基因组抽提试剂盒(血液)提取DNA并构建三组杂交兔的DNA池,采用双向测序技术对兔MC4R和ASIP基因SNPs进行筛选,结果在MC4R基因中发现了5个多态性位点:exon1-T33G、exon1-C52T、exon1-A101G、exon1-C105T、exon1-A492G,在ASIP基因中发现了2个多态位点:exon2-A185G和intron2-G64A。其中exon1-T33G、exon1-C105T、exon1-A492G为同义突变,intron2-G64A在内含子上,exon1-C52T、exon1-A101G和exon2-A185G为错义突变,分别使编码氨基酸由精氨酸(Arg)变为苏氨酸(Thr),天冬氨酸(Asp)变为甘氨酸(Gly)和组氨酸(His)变为精氨酸(Arg)。通过生物信息学对兔MC4R和ASIP基因突变前后RNA二级结构、蛋白质的二级结构和蛋白质的三级结构进行预测,其结果都有差异。 相似文献
5.
为探究黄牛生长激素受体（GHR）基因多态性，筛选出对贵州地方黄牛生长性状有显著影响的SNPs位点，本研究以150头贵州地方黄牛（关岭牛、思南牛、威宁牛各50头）为研究对象，以GHR为候选基因，根据GenBank收录的黄牛GHR基因外显子序列设计引物，提取贵州地方黄牛血液基因组DNA并构建混池；通过PCR扩增测序法验证GHR基因SNPs和分型，运用DNAStar、SPSS 19.0软件对GHR基因SNPs进行遗传学分析，并与贵州地方黄牛生长性状进行关联性分析，寻找各位点不同基因型间贵州地方黄牛生长性能差异，同时使用生物信息学分析GHR突变前后mRNA二级结构的变化，预测分析贵州地方黄牛GHR蛋白的结构与功能。结果显示，贵州地方黄牛GHR基因共检测出8个SNPs，分别为Exon9-C162T、Exon9-C201T、Exon9-G243C、Exon9-G383A、Exon9-A495T、Exon9-C622T、Exon9-C642T和Exon9-A650C，其中思南牛无Exon9-G243C。遗传学分析表明，除Exon9-G243C位点在威宁牛中偏离Hardy-Weinberg平衡外，其余SNPs均未偏离Hardy-Weinberg平衡。相关性分析发现，GHR基因突变位点在关岭牛和思南牛中均未检测到显著性差异，但在威宁牛中，Exon9-G243C基因型GC个体胸围显著低于GG和CC基因型（P<0.05），Exon9-A650C基因型AA个体的体斜长、坐骨端宽均显著高于CC基因型（P<0.05），而胸深显著低于AC和CC基因型（P<0.05），其余6个SNPs差异均不显著（P>0.05）。生物信息学分析发现突变前后，除Exon9-G383A mRNA二级结构未发生改变外，其余SNPs mRNA二级结构均发生了改变，Exon9-G243C、Exon9-A650C会影响蛋白质二级结构的变化，但突变不影响蛋白质三级结构的变化。此外，贵州地方黄牛GHR蛋白是一种分泌蛋白，具有信号肽剪切位点且具有6个N-糖基化位点，证实该基因变异程度高。本研究提示GHR基因Exon9-G243C、Exon9-A650C这2个SNPs对贵州地方黄牛生长性状具有显著影响，可作为贵州地方黄牛生长发育的候选分子标记。 相似文献
6.
《中国畜牧杂志》2019,(10)
为研究UCP2基因与猪肉品质性状之间的关系,本研究测定10～12月龄144头江口萝卜猪11项肉品质指标,并提取基因组DNA构建DNA池扩增UCP2基因全部外显子序列,测序后筛选SNPs位点,单个样本DNA扩增后测序验证并分型,分析不同基因型个体肉品质差异。检测不同基因型个体背最长肌中UCP2基因表达量,研究UCP2基因表达量与肉品质的相关性。结果表明:共发现3个SNPs位点,分别为UCP2-T5728G、UCP2-T5774G、UCP2-C5878T;群体遗传参数分析发现等位基因频率差异均较大,多态信息含量均为中度多态,UCP2-C5878T位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡;UCP2-T5728G和UCP2-T5774G位点为完全连锁不平衡;UCP2-T5728G和UCP2-T5774G位点野生型的大理石纹评分显著高于杂合型,UCP2-C5878T位点杂合型和野生型的剪切力显著高于突变型;UCP2-T5728G和UCP2-T5774G位点杂合型的UCP2基因表达量极显著高于野生型和突变型,UCP2-C5878T位点杂合型和野生型的表达量极显著高于突变型;UCP2基因在背最长肌中的表达量与剪切力呈极显著正相关,与大理石纹和肌内脂肪含量呈极显著负相关。上述结果说明,江口萝卜猪背最长肌中UCP2基因的表达量越高则肌内脂肪含量越低,肉品质越差,UCP2-T5728G和UCP2-T5774G位点杂合型为基因高表达型,肌内脂肪沉积效率降低,对肉品质有不利影响,UCP2-C5878T位点突变型基因表达量极显著降低,肌内脂肪沉积效率升高,有利于肉品质性改善。本研究证明UCP2基因可以作为辅助江口萝卜猪选种选育的候选基因,筛选到的3个SNPs位点均可能是影响猪肉品质性状的重要SNPs位点。 相似文献
7.
钙调磷酸酶(CaN)是调节肌纤维转化的重要信号分子,PPP3CA基因编码CaN催化亚基,对畜禽肉质性能有重要影响。本实验以江口萝卜猪为研究对象,测定了112头江口萝卜猪11项主要肉质性状指标,提取背最长肌中基因组DNA,扩增了PPP3CA基因全部外显子和启动子序列并测序。结果显示:发现3个SNPs位点,分别为A-918C、G154767A和G316451A。启动子上的A-918C位点等位基因分布较均匀,生物信息学分析发现A-918C位点位于一个高评分核心启动子区附近,还会导致2个转录因子结合位点的消失和2个转录因子结合位点的产生,可能会对PPP3CA基因的表达产生影响。与肉质的关联性分析发现,A-918C位点AA和AC型个体肉色明显高于CC型个体,而剪切力反之。双倍型分析发现,H6H7(CC-GG-GA)和H7H7(CC-GG-GG)肉色显著低于其余双倍型,剪切力明显高于其余双倍型,也说明A-918C位点AA和AC型猪肉质优于CC型猪,说明了A-918C位点对肉质性能有明显影响。G154767A和G316451A位点等位基因频率差异大,等位基因分布不均匀,表明群体内变异程度较低。G154767A位点会使mRNA二级结构最小自由能降低,稳定性降低,极显著偏离Hardy-Weinberg平衡。与肉质的关联性分析发现,G316451A位点GG型和GA型大理石纹评分显著高于AA型。本研究结果表明,PPP3CA基因对江口萝卜猪肉质存在明显影响,A-918C和G316451A位点可能是影响江口萝卜猪肉质的重要功能SNPs位点。 相似文献
8.
《中国畜牧杂志》2019,(8)
为分析贵州地方黄牛GH基因多态性,筛选出对本地黄牛生长性状有显著影响的SNPs位点,本研究以贵州4个地方牛种(关岭牛、思南牛、威宁牛、黎平牛)为研究对象,采用直接测序法检测贵州地方黄牛GH基因多态性,利用生物信息学软件对贵州黄牛GH基因进行分析。结果显示:4个地方牛种中共发现2个SNPs,分别为Exon5-G1570C和Exon5-A1720C,Exon5-G1570C为错义突变,Exon5-A1720C为同义突变;其中黎平牛仅存在1个SNPs位点(Exon5-A1720C),其余3个品种均有2个SNPs位点;生物信息学分析表明,牛GH蛋白相对分子质量为27 385.45,理论等电点为6.90,疏水值最大为3.133,亲水值最小为-2.767,属于跨膜蛋白,稳定性较高;突变前后GH基因mRNA二级结构发生改变,Exon5-G1570C位点mRNA自由能升高,稳定性降低;Exon5-A1720C位点mRNA自由能降低,稳定性升高。本实验成功筛选出贵州地方黄牛GH基因的多态位点,可为筛选贵州地方黄牛与生长相关的分子遗传标记奠定理论基础。 相似文献
9.
贵州地方猪脂肪特异蛋白27基因SNPs筛查与生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以3个贵州地方猪种(可乐猪、贵州白香猪、黔北黑猪)为试验素材构建品种DNA池,采用直接测序技术对猪脂肪特异蛋白27(fat-specific protein 27,Fsp27)基因的第4~5外显子区域进行SNPs快速筛查,共检测出4个SNPs位点:intron3-T2169C,exon4-G5A,intron4-G21C和exon5-C5G,其中exon4-G5A和exon5-C5G使编码氨基酸发生Arg→Gln,Thr→Ser的改变。进一步的生物信息学分析显示,exon4-G5A位点的变异导致mRNA的二级结构改变,exon5-C5G多态位点使蛋白质的二级结构发生变化,且当exon4-G5A和exon5-C5G位点的碱基分别为A和G时蛋白质三级结构与其它3种碱基组合(G与G,G与C,A与C)的三级结构明显不同。 相似文献
10.
《中国畜牧杂志》2016,(9)
研究了贵州黑山羊MHC-DQB2基因的多态性,以便发挥MHC-DQB2基因在山羊抗病育种中的作用。采用构建DNA池并通过PCR直接测序的方法对164只贵州黑山羊的DQB2基因Exon1进行遗传变异分析;应用生物信息学软件分析基因频率、RNA二级结构、蛋白质二级结构和抗原表位。在其第1外显子中筛选得到4个SNPs,分别为G23A(Arg→Gln)、G45A(同义突变)、T90C(同义突变)、C109A(Gln→Lys),其中,T90C突变位点的最小自由能最低,其RNA二级结构最稳定。G23A和C109A 2个突变位点均引起RNA二级结构、蛋白质二级结构和抗原表位的改变。结果表明:贵州黑山羊MHC-DQB2基因的第1外显子具有较丰富的遗传多样性。 相似文献
11.
12.
《中国牛业科学》2015,(4)
[目的]为促进贵州白水牛资源保护与开发的科学性,同时为品种选育提供更加充分的科学依据。[方法]本实验以贵州水牛(灰色)为对照组,以贵州白水牛为实验组分别构建DNA池,对不同毛色贵州水牛的MC1R基因和TYR基因进行PCR扩增并确定SNP位点,并利用生物信息学软件分析突变位点对RNA的二级结构,蛋白质的二、三级结构的影响。[结果]在贵州水牛(灰色)和贵州白水牛扩增的MC1R基因中共同筛选到错义突变exon1-T843C,导致缬氨酸(Val)变成丙氨酸(Ala),还在贵州水牛(灰色)中筛选到exon1-C1228T(同义)、exon1-G1330A两个突变位点。在两种水牛扩增的TYR基因共同筛选到2个错义突变exon1-G826A、exon5-T70C,分别导精氨酸(Arg)突变为组氨酸(His)、亮氨酸(Leu)突变为异亮氨酸(Ile);1个同义突变exon3-A83G。 相似文献
13.
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黔北麻羊MEF2D基因多态性及生物信息学分析 总被引：1，自引：1，他引：0
本研究旨在对黔北麻羊肌细胞增强因子2D(myocyte enhancer factor 2D,MEF2D)基因的多态位点进行筛选及生物信息学分析。根据GenBank中山羊MEF2 D基因序列(登录号:NC_030810),应用Primer Premier 5.0软件设计引物,运用混合DNA池结合PCR产物直接测序分析黔北麻羊MEF2D蛋白第2~6外显子序列多态性,构建系统进化树,并利用生物信息学软件对黔北麻羊MEF2D蛋白进行理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽和二级结构分析。结果显示,共筛选出3个SNPs:Exon3-G17617A、Exon5-C20180A和Exon5-C20259T。系统进化树分析显示,黔北麻羊和黄牛的亲缘性最近,与野猪和人的亲缘关系较近,与褐家鼠和小家鼠的亲缘关系较远。蛋白理化性质分析显示,黔北麻羊MEF2D蛋白理论等电点为7.74,亲水值最小为-2.867,疏水值最大为1.933,为非跨膜蛋白,无信号肽。二级结构显示,Exon5-C20180A突变导致黔北麻羊MEF2D蛋白质二级结构中α-螺旋和延伸链增加,β-转角和无规则卷曲减少。本研究成功筛选出黔北麻羊MEF2 D基因多态位点,为研究黔北麻羊育种的分子遗传标记辅助选择奠定基础。 相似文献
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本研究旨在对黔北麻羊肌细胞增强因子2D（myocyte enhancer factor 2D，MEF2D）基因的多态位点进行筛选及生物信息学分析。根据GenBank中山羊MEF2D基因序列（登录号：NC_030810），应用Primer Premier 5.0软件设计引物，运用混合DNA池结合PCR产物直接测序分析黔北麻羊MEF2D蛋白第2~6外显子序列多态性，构建系统进化树，并利用生物信息学软件对黔北麻羊MEF2D蛋白进行理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽和二级结构分析。结果显示，共筛选出3个SNPs：Exon3-G17617A、Exon5-C20180A和Exon5-C20259T。系统进化树分析显示，黔北麻羊和黄牛的亲缘性最近，与野猪和人的亲缘关系较近，与褐家鼠和小家鼠的亲缘关系较远。蛋白理化性质分析显示，黔北麻羊MEF2D蛋白理论等电点为7.74，亲水值最小为-2.867，疏水值最大为1.933，为非跨膜蛋白，无信号肽。二级结构显示，Exon5-C20180A突变导致黔北麻羊MEF2D蛋白质二级结构中α-螺旋和延伸链增加，β-转角和无规则卷曲减少。本研究成功筛选出黔北麻羊MEF2D基因多态位点，为研究黔北麻羊育种的分子遗传标记辅助选择奠定基础。 相似文献
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载脂蛋白A1基因（APOA1）在动物体脂代谢中发挥重要作用。本研究旨在利用生物信息学的方法筛选鸡APOA1基因中具有潜在生物学作用的非同义突变单核苷酸多态性（non-synonymous single nucleotide polymorphisms,ns SNPs）位点,为利用分子标记辅助选择技术开展鸡体脂性状遗传改良提供理论参考。本研究从db SNP数据库中提取APOA1基因12个ns SNPs,利用4种生物信息学预测软件（SIFT、Poly Phen-2、SNAP和Ph D-SNP）预测其是否为功能性SNPs;使用I-Mutant3.0和MUpro软件分析突变位点氨基酸的稳定性,并对APOA1基因编码的氨基酸序列进行多序列对比和位点保守性预测;最后使用SOPMA和SWISS-MODEL软件预测ns SNPs突变前后蛋白质的二级结构和三级结构的变化。结果表明,V179G（rs732849555）突变位点影响鸡APOA1蛋白质的结构,可能是影响鸡体脂性状的重要功能性SNPs。 相似文献
18.
为探究狮头鹅的星形肌动蛋白2(ASTN2)基因单核苷酸多态性(SNPs)位点的蛋白和mRNA二级结构及生物学特性,以在同一环境下饲养的200只500日龄正处于繁殖期的健康狮头鹅为试验对象,构建DNA混合池,采用PCR扩增和直接测序技术对该基因进行单核苷酸多态性(SNPs)筛查,利用生物信息学方法从分子水平对狮头鹅ASTN2蛋白和ASTN2基因的mRNA结构进行功能预测。结果显示,在狮头鹅群体中共筛选出3个SNPs位点,分别位于外显子Exon2的71、104和146处,其中g.3682861 G>A偏离哈代-温伯格平衡(P<0.05)。狮头鹅ASTN2基因编码区序列全长3 939 bp,编码1 312个氨基酸,突变位点均未改变编码区氨基酸的编码,理论等电点为5.58,是一种酸性不稳定亲水性跨膜分泌蛋白,有信号肽存在。亚细胞定位结果显示,其分布概率为质膜(39.1%)、内质网(26.1%)、细胞核(13%)、细胞质(8.7%)、细胞壁(4.3%)和细胞架(4.3%),主要在质膜发挥生物学作用;3种特殊结构(EGF＿like、MACPF、FN3),蛋白二级结构主要由α-螺旋和无规... 相似文献
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通过研究促生长激素分泌素受体（growth hormone secretagogue receptor,GHSR）基因多态性,为贵州半细毛羊选种选育提供进一步的分子生物学依据。试验选取36只贵州半细毛羊构建DNA池,设计1对引物扩增其GHSR基因第2外显子及第1、2内含子部分序列并进行双向测序,对SNPs位点等位基因频率进行估算,利用在线生物信息学软件分析SNPs位点对GHSR基因RNA二级结构的影响。结果发现,在贵州半细毛羊GHSR基因中筛选到2个SNPs：T70G和G229A,均为同义突变,SNPs位点导致GHSR基因mRNA二级结构发生变化。GHSR基因多态性可能影响贵州半细毛羊的生长。 相似文献
20.
《中国畜牧杂志》2015,(17)
为全面了解IGF2基因的多态性、系统发育关系以及IGF2蛋白功能位点,本实验利用DNA池结合PCR产物直接测序法和生物信息学对9个鸡品种11种样本的IGF2基因进行系统研究。结果表明:共检测到IGF2基因的9个SNPs,其中3个错义突变导致蛋白性质发生改变;NJ树整体分为三大支,其中绿壳蛋鸡与其他品种遗传差异最大;突变后RNA二级结构、最小自由能和稳定性随之变化;IGF2蛋白存在典型跨膜螺旋区和信号肽,包含2个高度保守的结构功能域IIGF和IGF2-C;同源模建得到了理想可靠的IGF2蛋白三维结构模型。显示,IGF2基因遗传多样性相对较高,突变位点在各群体中分布不平衡,可为进一步研究IGF2蛋白功能奠定理论基础。 相似文献