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1.
用鲤鱼EST-SSRs分子标记分析长江黑龙江鲤种群结构 总被引：4，自引：0，他引：4
从鲤鱼ESTs的数据库（10691个）中进行微卫星序列筛选，共发现微卫星序列127个，占整个ESTs数据库的1.19%，另外从本研究室构建的鲤鱼脑组织cDNA文库中筛选到微卫星序列20个。根据筛选得到的微卫星序列设计引物68对，合成引物40对，其中27对引物能够获得预期的目的片段，20对引物在所检测的群体内及群体间表现出多态性。用此20个多态性标记分析了长江鲤和黑龙江鲤的群体遗传结构，结果表明：长江鲤和黑龙江鲤在多数位点表现出较高的遗传多样性，20个位点的平均有效等位基因数分别为3.9135、3.4820；平均观察杂合度为0.6067、0.5667；平均期望杂合度为0.6737、0.6194；平均多态信息含量为0.6308、0.5714。长江鲤的遗传结构好于黑龙江鲤，两个群体的Hardy-Weinberg偏离指数较小，群体基本保持平衡，群体结构较合理；其中HLJE1、HLJE10位点在长江鲤和黑龙江鲤的扩增结果相差较大，长江鲤的多态性明显高于黑龙江鲤，位点多态信息含量相差一倍以上，可用于群体的鉴别。 相似文献
2.
本研究利用20对微卫星引物对鳜（Sinipelrca chuatsi）原种群体和养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明,在鳜原种群体中检测到多态性位点14个,养殖群体11个。在两个群体中共检测到等位基因数96个,其中原种群体检测到等位基因数53个,每个位点的等位基因数在1～7之间,平均有效等位基因数为2．7390;养殖群体检测到等位基因数43个,每个位点的等位基因数在1-6之间,平均有效等位基因数为2．1284。原种群体的平均观察杂合度0．5708,Nei氏期望杂合度0．5295,平均多态信息含量PIC0．5353;养殖群体的平均观察杂合度0．3839,Nei氏期望杂合度0．4011,平均多态信息含量PIC0．5043。因此,与养殖群体相比,鳜原种群体仍有丰富的遗传多样性。本研究可为鳜种质资源的保护、监测和遗传育种提供分子水平上的数据。 相似文献
3.
鲤鱼三、四核苷酸重复微卫星座位的筛选及特征分析* 总被引：5，自引：0，他引：5
采用磁珠富集法结合放射性同位素杂交法分离出鲤鱼(Cyprinus carpio)三、四核苷酸重复的微卫星阳性克隆1248个。对其中的384个克隆进行测序分析,共得到微卫星序列325个,其中完美型244个（75.08%）,非完美型59个（18.15%）,混合型22个（6.77%）。依据得到的微卫星序列,用Primer 3软件在线设计并合成引物145对,检测结果显示71.43%（80对/112对）的引物在野生个体间表现出多态性,等位基因数在3~12之间,多态信息含量在0.2109~0.8607之间,80%的位点处于高度多态水平。对群体的遗传结构评估结果显示,四核苷酸重复的微卫星标记在黑龙江鲤野生群体表现出的多态性水平（PIC=0.7740）高于三核苷酸重复（PIC=0.5161）和双核苷酸重复（PIC=0.49）,适用于群体间遗传差异分析和遗传连锁图谱的构建。 相似文献
4.
为研究广西沼泽型水牛(Bubalus bubalis)核基因组的多态性,采用23对荧光标记微卫星引物,对随机抽取的60个广西本地水牛样本进行了PCR检测。结果表明,23对引物中,有19对可以获得特异性产物且存在多态,平均有效等位基因数为4.0189,基因座ILSTS086含有13个等位基因;各微卫星基因座的平均杂合度变化范围为0.1852~0.4722,ILSTS019基因座平均杂合度最高(0.4722),而ILSTS017平均杂合度最低(0.1852);群体基因平均多态信息含量(PIC)为0.6639,19个标记中有18个PIC大于0.5,属高度多态位点。 相似文献
5.
利用一对特异性引物MHC 2b-snp-sf和MHC 2b-snp-sr,从广东省3个不同罗非鱼养殖地区（以下分别称高要群体,茂名群体,惠州群体）采集的137尾尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus,GIFT strain）的个体基因组中扩增出长度为775-796 bp的片段。克隆后测序,序列分析结果显示：775-796 bp的核苷酸序列中共检测出62个简约信息位点,49个单碱基突变位点。112个多态位点中,增添/缺失位点34个,转换位点44个,颠换位点33个,另外一个位点既出现转换（C/T）又出现颠换（A/T）。137尾个体的751个阳性克隆的测序结果分析表明,751条序列分属于4个等位基因。其中,等位基因Orni-DAB＊0101在3个群体中所占比例最高（85.2%）。等位基因的分布及群体内遗传多样性参数分析表明：高要、茂名群体遗传多样性较丰富,惠州群体遗传多样性较低。群体间的分化指数（FST值）、平均基因流（Nm）、分子方差分析（AMOVA）和平均K2-P遗传距离均表明3个养殖群体间存在广泛的基因交流,未发生群体间的遗传分化。该研究结果提供了广东地区养殖尼罗罗非鱼MHCⅡB基因的部分遗传信息,为尼罗罗非鱼抗病品系的选育提供理论依据。 相似文献
6.
秦巴山区黄牛群体的微卫星DNA遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
为分析秦巴山区西镇牛、赤崖牛、陨巴牛和宣汉牛4个黄牛(Bos taurus)品种的遗传多样性,本研究以蜀宣花牛和郏县红牛作对照,利用12对微卫星引物对6个黄牛品种的289头黄牛个体进行了遗传多样性检测,统计了各品种的等位基因及频率、有效等位基因数、遗传杂合度、多态信息含量及各群体间遗传距离,并对其进行聚类分析.结果表明,6个黄牛品种在12个微卫星位点共发现110个等位基因,等位基因频率为0.001 6～0.517 3,总群体各位点平均有效等位基因数为2.787 7～7.132 6;各位点多态信息含量为0.5192～0.895 3;平均杂合度为0.667 2～0.724 1.群体间发现特有等位基因11个,基因频率为0.008 1～0.381 6;优势等位基因(P＞0.4) 19个,基因频率为0.403 2～0.820 0;共有等位基因41个,占全部等位基因的37.27％,仅有13个共有等位基因为优势等位基因(P＞0.4),占37.71％.群体间Nei's遗传一致度为0.596 5～0.840 8,标准遗传距离(Ds)为0.173 5～0.524 7.聚类分析结果显示,6个黄牛品种聚为3类,陨巴牛与宣汉牛首先聚在一起,然后同西镇牛聚在一类;赤崖牛与郏县红牛聚为一类;蜀宣花牛自成一类.研究结果表明,12对微卫星标记可用于秦巴山区黄牛遗传多样性的分析,秦巴山区各黄牛品种遗传多样性丰富,选育程度不同,4个黄牛品种虽然地理分布格局相近,自然环境相似,但亲缘关系并非相近,应为来源不同的品种.因此,西镇牛、赤崖牛、陨巴牛和宣汉牛不宜合并为1个品种.本研究所揭示的秦巴山区黄牛品种的遗传分化特点及亲缘关系,为研究品种的遗传共适应特点,预测杂交优势,制定育种战略等提供了科学依据. 相似文献
7.
采用磁珠富集法从AFLP片段中筛选微卫星标记,并对5个福建地方鸭品种的遗传多样性进行检测。基因组DNA用EcoRⅠ/MseⅠ内切酶酶切的同时与接头连接,酶切连接产物与用生物素标记的探针杂交,应用磁珠捕获100~2000bp含有微卫星序列的DNA片段并通过pGEM-T载体转化到大肠杆菌DH5a感受态细胞中,构建富集微卫星序列的基因组文库。随机挑选46个阳性克隆,测序获得14条含有微卫星的DNA序列并递交到GenBank（登录号：FJ599499~FJ599512）。设计合成14对微卫星引物,通过PCR优化从中选择5对引物用于5个福建地方鸭品种的遗传多样性分析。结果显示,5对微卫星引物共检测到31个等位基因,各微卫星基因座的有效等位基因数为1.969 7~2.834 4,多态信息含量和杂合度的平均值分别为0.5133和0.7480,遗传多样性丰富,说明磁珠富集法适合用于鸭微卫星标记的分离与筛选,筛选得到的5个微卫星位点可作为有效的遗传标记用于福建省地方鸭品种遗传多样性的研究。 相似文献
8.
采用EST-SSRs对福建和湖北的1984年群体（P1984）、福建与辽宁的1997年群体（P1997）、湖南的2004年群体（P2004）和福建的1984年与1997年群体杂交的F。代群体（P8497）等4个斑点叉尾鮰（Ictalurus punctatus）养殖群体的遗传多样性进行了研究。结果表明,有10对引物可扩增出清晰条带,其中9对引物具有多态性,共获得32个等位基因,4个群体的平均等位基因数（A）为3．00-3．40,平均有效等位基因数（Ac）为1．95～2．30,平均观察杂合度（Ho）为O．4768-0．5982,平均期望杂合度（Ho）为004913-0．5695,平均多态信息含量（PIC）为0．4113-0．4829,群体间的多态性差异不显著,且各群体的遗传多样性处于中等水平。根据群体间遗传相似性系数、遗传距离及UPGMA聚类分析发现,P1997和P2004群体之间的遗传距离最近,P1984和P2004群体之间的遗传距离最远。4个群体有18．75％的位点偏离了Hardy-Weinberg平衡,表明群体各位点的基因频率和基因型频率稳定性较好。F-统计检验发现,P2004和P8497处于不同程度的杂合子过剩状态,P1984和P1997处于杂合子缺失状态。群体间分化程度很弱,遗传变异主要来自群体内个体之间。 相似文献
9.
二脂酰甘油酰基转移酶1(acylCoA:diacylglycerol acyltransferase,DGAT1)基因是影响奶牛产奶性状的主效基因之一,其第八外显子上的第232位的赖氨酸转化为丙氨酸(K232A)的错义突变是影响产奶量、乳脂和乳蛋白含量的因果突变。本研究利用GenBank中已公布的牛DGAT1基因DNA序列,于K232A位点两端设计引物,采用PCR-RFLP方法鉴定来自新疆和江西的3个中国荷斯坦母牛群体共454个个体DGAT1基因K232A突变位点的基因型,使用SAS9.0软件分析供试群体基因型分布及其与产奶量的相关性。研究结果表明:K等位基因为441bp的PCR扩增片段,A等位基因为完全切开的202bp和239bp两片段。新疆1、新疆2和南昌金牛3个荷斯坦母牛群体在该位点上K等位基因的频率分别为51.9%、42.4%和27.2%;A等位基因的频率分别为48.1%、57.6%和72.8%。DGAT1基因K232A突变位点与三个母牛群体日平均产奶量的相关性分析发现在3个群体中KK型个体产奶量均低于AA型个体,但不同基因型个体间产奶量差异在统计学上没有显著差异。本研究为进一步探讨DGAT1基因在中国奶牛群体中的遗传效应及分子标记辅助选择培育良种奶牛提供参考。 相似文献
10.
致病疫霉(Phytophthora infestans)引起的马铃薯晚疫病是影响马铃薯生产的第一大真菌病害.通过致病疫霉基因组开发微卫星标记,旨为致病疫霉群体遗传结构研究提供更系统、有效的标记.利用软件SciRoKo和ClustalX对致病疫霉基因组中微卫星序列长度≥25 bp的适合标记开发的位点及两端序列进行筛选.然后在这些位点的两端序列上设计专一性PCR扩增引物,选择9株致病疫霉菌对引物的专一性和微卫星的多态性进行检测.最后利用40株不同年份和地理来源的致病疫霉菌株对可行性微卫星标记进行等位基因数的确定及其多态性评估,然后选取部分标记对40株致病疫霉群体进行遗传多样性分析.共获得了33个具多态性的微卫星标记,占开发总数的28.7％,其多态信息含量(PIC)值都在0.164～0.614之间,其中PIC≥0.5的标记有7个,0.25 ＜PIC＜0.5的标记有25个,PIC≤0.25的有1个.发现致病疫霉微卫星基因型与其交配型及地理来源有一定相关性,与甲霜灵敏感性不相关.本研究开发出一批具有多态性微卫星标记,为致病疫霉群体遗传学研究机理提供更多多态性高,稳定性强的分子标记. 相似文献
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黄淮麦区部分小麦种质资源的遗传差异分析 总被引：10，自引：0，他引：10
利用79对SSR引物对黄淮麦区129份种质资源进行了分析。结果表明,79对引物共检测到335个等位变异,每个引物检测到的等位变异数目2～8个,平均4.240个,变异最大的位点主要位于B组染色体上。79个SSR位点的遗传多态性信./010.015～0.820之间,平均0.498。种质资源间的遗传相似系数在0.253～0.909之间,平均0.492。聚类分析把这些种质45674大类和7个亚类。聚类结果与地域并不吻合,但能较好地反映出亲本的特性和其间的亲缘关系。 相似文献
12.
利用79对SSR引物对黄淮麦区129份种质资源进行了分析。结果表明, 79对引物共检测到335个等位变异，每个引物检测到的等位变异数目2～8个，平均4.240个，变异最大的位点主要位于B组染色体上。79个SSR位点的遗传多态性信息含量在0.015～0.820之间，平均0.498。种质资源间的遗传相似系数在0.253～0.909之间，平均0.492。聚类分析把这些种质资源分为4大类和7个亚类。聚类结果与地域并不吻合，但能较好地反映出亲本的特性和其间的亲缘关系。关键词：黄淮麦区；小麦；种质资源；遗传多样性；SSR标记；聚类分析 相似文献
13.
利用SSR标记对中国柚类资源及近缘种遗传多样性研究 总被引：6，自引：0，他引：6
利用SSR标记研究了122份我国柚(CitrusgrandisOsbesk)类资源及近缘种遗传多样性。31对SSR引物从供试材料中检测出335个等位基因变异,平均每个位点可检测到9.85个等位基因。位点多态信息量(PIC)变幅为0.1939!0.9073,平均为0.7085。用UPGMA方法将122份材料分成7个组群,110个柚类品种在相似系数0.712,可细分成18个亚组,主要由沙田柚品种群、文旦柚品种群及庞大的杂种柚品种群组成。 相似文献
14.
用SSR对60个玉米自交系的DNA进行分子标记和杂种优势群划分研究。利用14对SSR引物在供试材料中检测出57个等位基因变异,每对引物检测等位基因2～7个,平均为4．07个,多态信息量变化范围为0．389～0．832,平均为0．692。自交系间遗传相似系数变幅为0．058～0．756,UPGMA聚类分析表明,供试自交系可分为五个类群。利用这14对具有较高多态性信息量的引物,可以对供试材料进行初步鉴定。 相似文献
15.
为探讨吉富罗非鱼（genetic improvement of farmed tilapia,GIFT）雌、雄群体间的遗传差异,本研究对国家级广西南宁罗非鱼良种场雌、雄吉富罗非鱼进行了遗传差异分析。研究结果表明,选取的11对SSR引物中有10对能获得稳定的目的条带;每个SSR基因座的等位基因数在2～4个之间,雌性罗非鱼的平均等位基因（Na）2.9个,稍高于雄性的2.8个;雌、雄吉富罗非鱼平均观察杂合度（HO）分别为0.4183和0.4154,多态信息含量（PIC）分别为0.4048和0.3932,属中度多态;雌雄个体间的遗传距离和相似性指数分别为0.0908和0.9132。此外,SSR基因座PRL-SO2在雄鱼中偏离Hardy Weinberg平衡（P〈0.005）。上述结果表明,吉富罗非鱼雌、雄群体的SSR多态性基本相同,推测这两者基因组间的差异较小。 相似文献
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利用SRAP和ISSR标记分析广东茶树种质资源的遗传多样性 总被引：6，自引：0，他引：6
利用EST-SSR标记对云南134份茶树资源遗传多样性和亲缘关系进行了分析。30对引物共检测到等位位点127个,平均每对引物产生423个;共检测到263个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有88个;遗传多态性信息含量平均达0501,高于其它地区的相关研究结果,表明云南茶树资源具有丰富的遗传多样性。资源间的平均遗传距离和相似系数分别为0413和0597,说明资源间的遗传差异比较大,遗传基础较宽。聚类可将134份资源划分为4大组。8个种群间的遗传相似系数变异范围为0753～0981,平均遗传相似系数为0891,表明不同种群间的遗传差异比较小。云南茶树资源间亲缘关系的揭示为今后茶树资源保存和新品种选育提供了一定理论依据。 相似文献
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EST-SSR分析云南茶树资源的遗传多样性和亲缘关系 总被引：2，自引：0，他引：2
利用EST-SSR标记对云南134份茶树资源遗传多样性和亲缘关系进行了分析。30对引物共检测到等位位点127个,平均每对引物产生423个;共检测到263个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有88个;遗传多态性信息含量平均达0501,高于其它地区的相关研究结果,表明云南茶树资源具有丰富的遗传多样性。资源间的平均遗传距离和相似系数分别为0413和0597,说明资源间的遗传差异比较大,遗传基础较宽。聚类可将134份资源划分为4大组。8个种群间的遗传相似系数变异范围为0753～0981,平均遗传相似系数为0891,表明不同种群间的遗传差异比较小。云南茶树资源间亲缘关系的揭示为今后茶树资源保存和新品种选育提供了一定理论依据。 相似文献
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Linkai Huang Xiu Huang Haidong Yan Guohua Yin Xinquan Zhang Ye Tian Yu Zhang Xiaomei Jiang Yanhong Yan Xiao Ma Yan Peng Jiangning Zhou Gang Nie 《Genetic Resources and Crop Evolution》2014,61(6):1047-1055
DNA fingerprinting of known cultivars may provide much-needed data to assist with the identification of such cultivars. From 86 pairs of expressed sequence tag SSRs (EST-SSR) and 45 start-codon targeted polymorphism (SCoT) primers, eight pairs of EST-SSR primers and seven SCoT primers were chosen to construct the DNA fingerprinting of six Hemarthria cultivars in this study. Using genomic DNA from six cultivars, a total of eight pairs of EST-SSR primers were able to amplify 193 bands, producing an average of 24.1 bands per primer pair. The percentage of polymorphic bands (PPB) was 83.4 %, and the polymorphism information content (PIC) ranged from 0.480 to 0.695, with an average of 0.602. A total of seven SCoT primers amplified 105 bands with an average of 15 bands per sample. The PPB was 84.8 %, and the PIC ranged from 0.471 to 0.758, with an average of 0.612. The unweighted pair-group method with arithmetic mean dendrogram from EST-SSR and SCoT markers grouped the six Hemarthria cultivars into two major groups of the same. These clusters are in accordance with their known species and origin. Our results indicate a rich genetic diversity in these six Hemarthria cultivars. The six cultivars we assayed could be easily identified using these eight pairs of EST-SSR and seven pairs of SCoT primers. 相似文献