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1.
花生(Arachis hypogaea)△12脂肪酸去饱和酶基因(△12 fatty acid desaturase,AhFAD2A和AhFAD2B)是决定花生籽粒油酸含量和高油酸亚油酸比值(oleic acid/linoleic acid,O/L)的关键基因,高油酸花生品种中这2个基因均发生突变.针对普通油酸花生和高油酸花生AhFAD2A 448位G/A差异和AhFAD2B 442位A碱基的插入/缺失(insertion-deletion,InDels)等位差异,已开发了包括酶切扩增多态性序列法(cleaved amplified polymorphic sequence,CAPS)和等位基因特异PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)等多种检测的标记和检测方法.本研究针对上述2个SNP位点,开发了可进行高通量检测的实时定量PCR引物、TaqMan 探针和检测技术,该方法检测效率和准确率均很高.本研究还开发了更为经济和高效的竞争性等位基因特异性PCR(kompetitive allele specific PCR,KASP)引物和检测方法.利用开发的TaqMan探针检测方法和KASP方法检测了14个花生品种和高油酸选育回交组合BC2F1和BC1F2群体部分种子的基因型,并比较了两种方法检测结果的一致率,发现这两种方法检测AhFAD2B 442 nt A/-InDel差异结果的一致率高达96.7％;而针对AhFAD2A 448位G/A差异位点检测一致率仅为71.7％.本研究还比较了目前常用的CAPS、AS-PCR、测序法、TaqMan探针法及KASP方法的优缺点,对相关方法的应用前景进行了讨论.本研究涉及的高通量检测方法可有效地辅助高油酸品种的选育,极大地提高了目标性状选择的准确性和效率. 相似文献
2.
为获得肉制品中牛、羊、猪、鸡、鸭等动物源性成分的快速高效多重PCR检测方法,利用5对牛、羊、猪、鸭和鸡等动物源性成分特异性PCR引物(靶基因序列来源于线粒体基因组),对多重PCR反应条件引物浓度和退火温度进行优化,并确定该检测方法的检出限。结果表明,多重PCR方法最佳反应条件为鸭源特异性引物浓度0.12μmol·L~(-1),鸡源特异性引物浓度0.16μmol·L~(-1),猪源特异性引物浓度0.16μmol·L~(-1),羊源特异性引物浓度0.32μmol·L~(-1),牛源特异性引物浓度0.24μmol·L~(-1),退火温度58℃,d NTPs浓度0.20 mmol·L~(-1),Taq DNA聚合酶添加量5 U,循环次数40。在最佳反应条件下,所建立的牛、羊、猪、鸡和鸭等5种动物源性成分多重PCR的g DNA检出限达到20 pg。应用优化后的多重PCR方法对21份市售肉制品样本进行盲样检测,验证鉴别方法的准确性,结果与现行标准的检测结果一致,掺假率达42.86%。本试验结果为肉制品中该5种动物源性成分的快速检测提供了技术支撑。 相似文献
3.
分别以鸡白细胞介素18成熟肽基因(mChIL-18)和鸡α-干扰素成熟肽基因(mChIFN-α)为模板,通过PCR及PCR重叠延伸技术(SOE)得到融合基因mChIL-18mChIFN-α。将融合基因克隆于pGEM-T Easy载体后,再亚克隆到原核表达载体pQE30,并进行测序。测序结果表明获得了阅读框完整、连接部位正确的融合基因mChIL-18mChIFN-α。SDS-PAGE可检测到分子质量为39.4kD的重组蛋白,Western blot证实该重组蛋白可与兔抗鸡IL-18血清发生特异性反应。 相似文献
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边鸡胰岛素样生长因子1基因（IGF-1）外显子3的多态性及其与繁殖性能的关系 总被引：3，自引：1，他引：2
根据GenBank中发表的鸡胰岛素样生长因子1基因(IGF-1)的序列针对外显子2和外显子3分别设计1对引物,采用PCR-SSCP技术检测边鸡(Gallus gallus)及2个对照群体(京海黄鸡(Gallus gallus)和尤溪麻鸡(Gallus gallus))的单核苷酸多态性,并与边鸡的繁殖性能进行相关性分析.结果表明,3个品种在IGF-1外显子2中未检测到多态,而在外显子3中都检测到3种基因型(AA,AB和BB).在边鸡和京海黄鸡中A等位基因为优势等位基因,而在尤溪麻鸡中B等位基因为优势等位基因.克隆测序表明,AA型与BB型相比有两处突变(93A→G和148G→A),其中148 bp处的突变导致氨基酸由谷氨酸变为赖氨酸,通过与Gen-Bank中的鸡IGF-1基因序列比对,发现两处突变分别位于IGF-1基因外显子3的62 bp和117 bp.最小二乘分析表明,AA与BB基因型个体300日龄的产蛋数存在显著差异(P<0.05). 相似文献
5.
检测四种鸡呼吸道疫病病毒可视化芯片技术的优化及初步应用 总被引：1，自引：0，他引：1
可视化芯片技术是在传统芯片技术的基础上发展起来的一项新的疾病诊断和基因分析技术,对于临床疾病检测和诊断具有重要意义。本研究针对禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)的核蛋白(nucleprotein,NP)基因设计一对特异性引物,以H9亚型禽流感病毒分离株c DNA为模板,经PCR扩增、连接、转化和核酸序列鉴定后,得到含有AIV-NP基因的重组质粒。同时复苏本实验室保存的3株分别含有新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)的融合(fusion,F)蛋白基因、鸡传染性喉气管炎病毒(Infectious laryngotracheitis virus,ILTV)胸苷激酶(haemaggluttinin-neuraminidase,TK)基因和鸡传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)核衣壳(nucleocapsid,N)蛋白基因的重组菌。以上述4种病原的靶基因核酸序列片段的正义链为模板,设计寡核苷酸探针,喷样到尼龙膜上制备成芯片,利用不对称PCR技术扩增生物素标记的靶基因,与芯片进行杂交后,检测结果直接用肉眼就可以判定。本研究对芯片制备流程和检测过程中主要条件进行优化。结果表明当寡核苷酸探针喷样浓度为25μmol/L、芯片杂交反应的时间为1 h、杂交温度为50℃、Streptavidin HRP Conjugate(1.0 mg/m L)稀释2 000倍、二氨基联苯胺(diaminobenzidine,DAB)显色时间为5 min时,芯片检测技术的结果最佳。用该方法与PCR/RT-PCR技术同时对临床采集的96份疑似病料进行检测,两种方法的检测结果一致。本研究构建的检测4种禽呼吸道疾病病毒可视化基因芯片技术具有高通量、快速、准确等优点,为鸡病的临床诊断提供了新的技术。 相似文献
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加强对进口饲料中牛羊源成分的检测是防止疯牛病和痒病传播的一个重要措施。根据已发表的牛和羊特异性基因及引物序列，分别设计了1条牛和羊特异性semi-nested PCR引物，并采用semi-nested PCR技术对饲料中的牛和羊成分进行了扩增检测。结果表明，semi-nested PCR能够扩增得到247 bp的牛特异性基因条带和214 bp的羊特异性基因条带，其对饲料中牛或羊源性成分的检测灵敏度可达到0.00001%～0.0001%，比普通PCR检测灵敏度要高出103倍；对牛或羊成分DNA的检测灵敏度可以达到10-6～10-5 ng，比普通PCR检测灵敏度要高出105倍以上。该技术具有快速、灵敏和结果稳定的特点，是检测饲料中痕量牛羊源成分的一种有效方法。 相似文献
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转基因棉花GHB119品系特异性定量PCR检测方法的建立 总被引：5，自引：0，他引：5
为了保障和促进我国口岸进口转基因产品安全相关法律法规的顺利实施,针对我国农业部未颁发农业转基因生物安全证书的棉花品系GHB119,本研究利用TaqMan实时荧光PCR(Real-time PCR)技术,根据转基因棉花(Gossypium sp.)GHB119 3'端外源插入片段与棉花基因组DNA之间的邻接区序列设计引物和探针,并对引物、探针以及扩增体系进行了筛选和优化,建立了转基因棉花GHB119品系特异性实时荧光定量PCR检测方法。结果表明,建立的检测方法特异于转基因棉花GHB119成分检测,检测下限(limit of detection,LOD)为10拷贝的基因组DNA,定量下限(limit of quantification,LOQ)为25拷贝GHB119基因组DNA,对盲样的定量结果显示,测定值与设定值间的偏差(bias)、标准偏差(standard deviation,SD)、相对标准偏差(relative standard deviation,RSD)等均在可接受范围内。本研究建立的GHB119品系特异性实时荧光定量PCR检测方法特异性好,灵敏度高,能够快速、准确地对混合样品中转基因棉花GHB119成分进行定量检测分析。 相似文献
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本试验建立检测兽用疫苗中霉形体污染的PCR-ELISA方法，探索其最佳试验条件及优化组合，并与PCR检测法作对比，评价其应用价值。试验依据Genbank中登录的鸡源霉形体和猪源霉形体16s rRNA基因序列，运用DNAStar软件和Primer 5.0软件设计PCR特异性引物和探针，其中引物用地高辛标记，探针用生物素标记。然后以培养的霉形体中提取的DNA为模板，依据PCR-ELISA技术原理设计试验，建立并优化PCR-ELISA反应条件。最后用建立的PCR-ELISA扩增体系和条件对从市场上随机购买的30批鸡新城疫Ⅰ系活疫苗样品、30批鸡新城疫La Sota系活疫苗样品和30批猪瘟活疫苗样品进行检测。检测结果表明：应用建立的PCR-ELISA反应体系和条件可以从疫苗样品中检测到霉形体，检测率为35.6%，比PCR法的检测率高11.2%。该方法灵敏度高，特异性强，在疫苗的霉形体污染检测中具有推广应用价值。 相似文献
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禽流感病毒、新城疫病毒、猪瘟病毒和口蹄疫病毒多联RT-PCR诊断技术的建立 总被引：4，自引：0，他引：4
选择禽流感病毒(AIV)、新城疫病毒（NDV)、猪瘟病毒(CSFV)和口蹄疫病毒(FMDV)基因组序列高保守区，按照多联PCR引物的设计要求，利用DNAsis计算机软件设计并合成了4对特异性扩增引物，扩增片段大小分别为470、320、200和140bp。以AIV、NDV、CSFV和FMDV的培养物提取RNA并反转录，进行RT-PCR特异性扩增。结果表明，各单项RT-PCR扩增产物与设计的4对引物之间的序列大小一致。在分别建立了各病毒单项RT-PCR及AIV与NDV、CSFV与FMDV二联RT-PCR的基础上，进一步优化各种多联PCR扩增条件，成功建立了上述4种病毒的四联RT-PCR技术。经特异性和灵敏度实验证明，本方法具有高度的特异性和灵敏性，其灵敏度为10pg总RNA。在3h内即可完成样品的检测。 相似文献
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转基因植物中CaMV35S和tNOS元件的4种定性PCR检测方法的比较 总被引：2，自引：0，他引：2
花椰菜花叶病毒35S启动子(promoter of Cauliflower mosaicvirus 35S,CaMV35S)和胭脂碱合成酶基因终止子(terminator of nopaline synthase gene,tNOS)是转基因产品筛选检测中的首选参数,日常检测中发现,个别标准中用于筛选检测这两种元件的引物存在非特异性扩增和灵敏度差的问题。本研究收集了国内外标准中常用的扩增片段分别为195、165、147和123 bp的CaMV35S和扩增片段分别为180、172、165和118 bp的tNOS各4对引物,应用普通PCR和实时荧光(Real-time)PCR方法,对8对引物的特异性、灵敏度及在加工品中的扩增性进行了测试和适用性评价。结果表明,CaMV35S 165和147 bp引物具有很好的特异性,灵敏度高,在不同的加工品中也表现出强的检测能力,筛选检测效果最佳;195bp引物扩增性稍差,且经常出现非特异性扩增;123bp引物较其他引物扩增弱且扩增不稳定。tNOS 172和165bp引物具有很好的特异性,灵敏度高,在不同的加工品中也表现出强的检测能力,筛选检测效果最佳;180bp引物扩增性较差,且易出现非特异扩增;118bp引物较其他引物扩增弱且扩增不稳定。本研究通过普通PCR和实时荧光(Real-time)PCR对不同国标中出现的引物进行适用性评价,为转基因产品的检测监管提供可靠技术依据。 相似文献
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利用等位基因特异性PCR技术检测番茄高色素基因hp1和hp2的SNP 总被引：2，自引：0，他引：2
摘要：番茄高色素基因hp1和hp2突变体与野生型基因相比均发生了单碱基的点突变,常规PCR技术很难把它们区分开。本试验对碱基错配类型和位置与特异性PCR的关系进行了研究。结果表明：引入TA-TG双碱基错配的引物,退火温度在49.3+0.1℃时能把hp1基因的突变位点和野生型的对应位点区分开来。引入T-C碱基错配的引物,退火温度在53.5+0.1℃时能把hp2基因的突变位点和野生型的对应位点区分开来。错配碱基在引物3′端的位置对PCR的特异性影响不大。 相似文献
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本文提出的方法是首先利用已知基因序列设计三个巢式PCR引物p14、p15和p16,然后设计3’端为常见酶切位点、5’端为随机引物序列p17的9个酶切位点引物,用p14外引物与9个酶切位点引物进行第一轮PCR扩增,其中前5个反应的退火温度较低可以将酶切位点引物的5’端序列引入到PCR产物中,其余反应则以此PCR产物为模板采用较高的正常退火温度进行,退火温度较高是为了使整个酶切位点引物能稳定地结合到最初反应形成的产物上。为提高PCR产物的特异性和产量,用p15和p16引物分别与p17引物配对进行第二轮和第三轮PCR扩增,电泳检查发现PCR产物条带后进行纯化和测序。为保证序列的正确性,利用测得的DNA序列再设计新引物f3x与p14(或p15)配对,直接用提取的DNA为模板进行PCR扩增和测序。利用此方法成功地获得了苹果FPPS基因邻近的启动子序列528bp和5’UTR序列142bp,并已在GenBank注册（登录号FJ263960）。利用Blastn发现这是GenBank中首次发表苹果FPPS基因启动子序列。这说明用该方法获取基因邻近的未知序列是可行的。 相似文献
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As the cultivars of rice markedly affect eating quality, processing suitability, and price, identification or differentiation of rice cultivar is very important. We developed suitable 14 STS (sequence-tagged site) primers for PCR (polymerase chain reaction), and it became possible to differentiate 60 Japanese dominant rice cultivars from each other using template DNA extracted and purified from rice grains. A multiplex primer set was shown to be useful to effectively differentiate rice cultivars produced in various countries by PCR. A novel multiplex primer set for PCR has been developed to differentiate KoshihikariBL, which is closely related with the premium cultivar, Koshihikari, in Japan. The application of the cultivar identification method by PCR method to commercially processed rice products was investigated. We developed an enzyme treatment method, in which the gelatinized starch is decomposed by the heat-stable alpha-amylase at 80 degrees C, followed by the hydrolysis of proteins by proteinase K with sodium dodecyl sulfate and purification of extracted DNAs by phenol/chloroform/iso-amyl alcohol. It became possible to identify the material rice cultivars of the commercially processed rice products, such as cooked rice, rice cake, or rice cracker, by a PCR method using template DNA prepared by the enzyme treatment method and novel multiplex primer sets. 相似文献
14.
热不对称性PCR（thermal asymmetric interlaced PCR，TAIL—PCR）是一种用来分离与已知序列邻近的未知DNA序列的分子生物学技术。该技术利用3个根据已知序列设计的嵌套特异性引物分别和简并引物组合进行PCR反应，选择恰当退火温度对目标片段进行PCR扩增。TAIL-PCR技术作为一种使用技术简单易行，反应高效灵敏，产物特异性高，重复性好，能够在较短的时间内获得目标片段，已经在分子生物学研究领域广泛应用。本文从TAIL-PCR技术原理出发，对该技术特异性引物设计、随机引物组合选择、PCR反应条件等关键性问题进行综述，并介绍TAIL—PCR技术在植物基因克隆上的应用现状及发展前景。 相似文献
15.
Iida M Yamashiro S Yamakawa H Hayakawa K Kuribara H Kodama T Furui S Akiyama H Maitani T Hino A 《Journal of agricultural and food chemistry》2005,53(16):6294-6300
Qualitative and quantitative Polymerase Chain Reaction (PCR) systems aimed at the specific detection and quantification of common wheat DNA are described. Many countries have issued regulations to label foods that include genetically modified organisms (GMOs). PCR technology is widely recognized as a reliable and useful technique for the qualitative and quantitative detection of GMOs. Detection methods are needed to amplify a target GM gene, and the amplified results should be compared with those of the corresponding taxon-specific reference gene to obtain reliable results. This paper describes the development of a specific DNA sequence in the waxy-D1 gene for common wheat (Triticum aestivum L.) and the design of a specific primer pair and TaqMan probe on the waxy-D1 gene for PCR analysis. The primers amplified a product (Wx012) of 102 bp. It is indicated that the Wx012 DNA sequence is specific to common wheat, showing homogeneity in qualitative PCR results and very similar quantification accuracy along 19 distantly related common wheat varieties. In Southern blot and real-time PCR analyses, this sequence showed either a single or a low number of copy genes. In addition, by qualitative and quantitative PCR using wx012 primers and a wx012-T probe, the limits of detection of the common wheat genome were found to be about 15 copies, and the reproducibility was reliable. In consequence, the PCR system using wx012 primers and wx012-T probe is considered to be suitable for use as a common wheat-specific taxon-specific reference gene in DNA analyses, including GMO tests. 相似文献
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以4种米粉为原料,每个样品做3个梯度(120、800和2000mg),采用改进的经典酚/仿法、CTAB(十六烷基三乙基溴化铵)沉淀法以及盐酸胍/氯仿法提取基因组,经PCR扩增内标基因(SPS)检测方法的优劣。结果显示,120mg的样品经3种方法提取的基因组均不能扩增出内标基因;800和2000mg的样品只有用CTAB沉淀法提取的基因组(采用相同的模板量)能全部扩增出内标基因。结果表明,CTAB沉淀法提取基因组的效果最好,对PCR的抑制现象最少。 相似文献
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本研究介绍一种分子克隆的新方法。该方法要求在PCR引物设计时,目的片段上游引物的5＇端和下游引物的5＇端各设计约25 bp与目标载体末端同源的序列,或目的载体反向游引物的5＇端和正向引物的5＇端各设计约25 bp与目标片段同源的序列,以便进行融合PCR,PCR反应扩增目的片段后,与载体进行融合PCR。用DpnⅠ消化原始甲基化模板,然后进行转化和重组子鉴定。结果表明利用该方法成功将目的片段插入载体。证明这是一种简便、通用、高效并值得推广的分子克隆的新方法。该方法不需要骨架载体上的特异性酶切位点,特别适用于插入片段中无限制性酶切位点的载体改造;该方法还可以引入定点突变,可便捷构建分析启动子功能等需引入定点突变的载体;该分子克隆方法还可以实现基因的无缝克隆。 相似文献
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Muhammad Faisal Anwar Malik Afsari S. Qureshi Muhammad Rashid Khan Muhammad Ashraf Gul Naz 《Acta Agriculturae Scandinavica, Section B - Plant Soil Science》2017,67(2):148-154
The pattern of genetic diversity among 92 genotypes of soybean from 5 different origins/sources (Pakistan, the USA, Asian Vegetable Research Development Centre (AVRDC), Japan and North Korea) was analyzed using randomly amplified polymorphic DNA markers. Out of 20 random primers 6 tested, 10 were polymorphic among genotypes and they yielded 107 markers, with an average of 10.7 markers per primer. The proportion of polymorphic bands within genotypes ranged from 0.47 to 0.71 with an average of 0.59. Pakistani and US genotypes exhibited the highest number of polymorphic bands (95%), while North Korean genotypes revealed the lowest (60%). The mean band frequency of the primers among genotypes was 0.57 with a range of 0.08–0.99. The Shannon’s index and Nei’s genetic diversity index revealed that primer OPF-06 showed maximum genetic diversity among the genotypes. Dendrogram constructed using Unweighted Pair Group Mean Average (UPGMA) method divided the genotypes into 5 main groups consisting of 13 clusters. The results of cluster analysis indicated that the genetic diversity between Pakistani and US or AVRDC genotypes is much larger than that between Pakistani and North Korean or Japanese genotypes. The Pakistani genotypes had distinct bands from plant introductions. Therefore, the Pakistani genotypes may be useful to soybean breeders. 相似文献
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本实验以四种米粉为原料，每个样品做三个梯度：120mg, 800mg, 2000mg，采用改进的经典酚/仿法、CTAB沉淀法以及盐酸胍/氯仿法提取基因组，并通过聚合酶链式反应(PCR)通过扩增内标基因(SPS)来检测提取方法的优劣。结果显示：120mg的样品经三种方法提取的基因组均不能扩增出内标基因；800mg的样品和2000mg的样品只有用CTAB沉淀法提取的基因组(采用相同的膜板量)能全部扩增出内标基因。结论：CTAB沉淀法提取基因组的效果最好，对PCR的抑制现象最少。 相似文献
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Trantakis IA Spaniolas S Kalaitzis P Ioannou PC Tucker GA Christopoulos TK 《Journal of agricultural and food chemistry》2012,60(3):713-717
This paper reports DNA-based food authenticity assays, in which species identification is accomplished by the naked eye without the need of specialized instruments. Strongly colored nanoparticles (gold nanoparticles) are employed as reporters that enable visual detection. Furthermore, detection is performed in a low-cost, disposable, dipstick-type device that incorporates the required reagents in dry form, thereby avoiding multiple pipetting and incubation steps. Due to its simplicity, the method does not require highly qualified personnel. The procedure comprises the following steps: (i) PCR amplification of the DNA segment that flanks the unique SNP (species marker); (ii) a 15 min extension reaction in which DNA polymerase extends an allele-specific primer only if it is perfectly complementary with the target sequence; (iii) detection of the products of the extension reaction within a few minutes by the naked eye employing the dipstick. No purification is required prior to application of the extension products to the dipstick. The method is general and requires only a unique DNA sequence for species discrimination. The only instrument needed is a conventional thermocycler for PCR, which is common equipment in every DNA laboratory. As a model, the method was applied to the discrimination of Coffea robusta and arabica species in coffee authenticity assessment. As low as 5% of Robusta coffee can be detected in the presence of Arabica coffee. 相似文献