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1.
利用固氮基因nifH PCR扩增,nifH PCR-RFLP及扩增产物序列分析方法对分离自宁夏和内蒙古部分地区的沙冬青根瘤菌代表菌株的nifH 进行了遗传多样性和系统发育分析.结果表明,在80%相似水平上42株根瘤菌nifH PCR-RFLP基因图谱中有5个基因型聚类群.对不同基因型代表菌株的nifH PCR产物进行序列测定和系统发育关系分析,测试菌株在系统发育地位上与中慢生根瘤菌和中华根瘤菌相近,测试菌株与温带中慢生根瘤菌(Mesorhizobium temperatum isolate HAMBI 2583)序列相似性范围为95.6%～96.9%,与草木樨中华根瘤菌(Sinorhizobium meliloti strain CCBAU10062)基因序列相似性范围为99.8%～100%,基因序列同源性较高.本研究中nifH基因所揭示的沙冬青根瘤菌遗传多样性和系统发育关系说明沙冬青根瘤菌受染色体基因背景、地理环境以及菌株个体的进化而存在一定的差异. 相似文献
2.
从湖南省益阳市南县和大通湖区的土壤样品中捕获紫云英根瘤菌。根据基因内间隔区(intergenic spacer,IGS)限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(restriction fragment length polymorphism-polymerase chain reaction, PCR-RFLP),将分离菌株分组为不同的IGS类型,进一步对类型的代表菌株进行16S rRNA基因、持家基因(atpD、glnII)和共生基因(nodC、nifH)的系统发育分析。结果表明,分离获得的68株根瘤菌,区分为6种不同的IGS酶切类型,挑选出8株供试代表菌株通过16S rRNA基因序列的系统发育分析以及多位点序列分析(multilocus sequence analysis, MLSA),被鉴定为2个种群Mesorhizobium jarvisii和庆笙中慢生根瘤菌(Mesorhizobium qingshengii)。 相似文献
3.
《河南农业大学学报》2017,(1)
本研究采用16S r DNA PCR-RFLP、IGS PCR-RFLP和16S r DNA基因测序和系统发育分析等分子鉴定方法,对分离的汝州白三叶草共生根瘤菌进行了多样性研究。结果表明,21株供试菌株仅产生了一种16S r DNA酶切图谱组合类型,通过IGS PCR-RFLP又把所有的供试菌株分为了6种酶切图谱类型。经过对代表菌株的16S r DNA基因测序及系统发育分析,6个代表菌株之间具有99.9%~100%的相似性,且供试菌株与根瘤菌属的已知种群Rhizobium anhuiense和Rhizobium leguminosarum等也具有99.9%~100%的相似性,因此,分离自汝州的白三叶草根瘤菌属于根瘤菌属(Rhizobium)。 相似文献
4.
为揭示枣庄市山亭区豌豆种植基地的豌豆共生根瘤菌的遗传多样性,本研究采取了土壤样品采集、盆栽捕捉豌豆根瘤菌、分离、纯化等方法获得根瘤菌菌株,然后采用 IGS 基因的PCR-RFLP分析、16S rRNA 基因序列测定及系统发育分析、持家基因（atpD、recA、glnII）多位点序列分析,以及结瘤基因nodC系统发育分析等,对分离纯化得到的55株豌豆根瘤菌进行分类鉴定。结果表明,获得的根瘤菌共包含3种不同的IGS酶切类型,经过对代表菌株的16S rRNA 基因进行系统发育分析,分离获得的豌豆根瘤菌可以被鉴定属于根瘤菌属（Rhizobium）,进一步经持家基因多位点序列分析被鉴定为Rhizobium anhuiense和Rhizobium sophorae。该研究丰富了对该地区豌豆共生根瘤菌遗传多样性的认识。 相似文献
5.
[目的]了解中国北方地区花生根瘤菌的多样性状况.[方法]采用16S rDNA PCR-RFLP、16S～23S IGS PCR-RFLP和16S rRNA基因的序列分析方法对分离自河北地区的58株花生根瘤菌以及Rhizobium、Agrobacterium、Sinorhizobium、Mesorhizobium和Bradyrhizobium的参比菌株进行系统发育多样性比较分析.[结果]16S rDNA PCR-RFLP方法在细菌属水平上聚群良好;而16S～23S IGS PCR-RFLP则适于属和种水平上的聚群.3种方法在系统发育上得到基本一致的结果.其中有38株花生根瘤菌是与Bradyrhizobium关系密切的慢生菌株,并且与B. japonicum和B. liaoningense的关系最为接近,与有关中国西南地区和华中地区花生根瘤菌的报道结果相似.然而供试菌株中还存在6株快生和10株中慢生花生根瘤菌,其中快生菌在系统发育关系上接近R. yanglingense、R. mongolense和R. gallicum.[结论]河北地区的花生根瘤菌具有更大的多样性. 相似文献
6.
河北地区花生根瘤菌的系统发育多样性研究 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】了解中国北方地区花生根瘤菌的多样性状况。【方法】采用16S rDNA PCR-RFLP、16S～23S IGS PCR-RFLP和16S rRNA基因的序列分析方法对分离自河北地区的58株花生根瘤菌以及Rhizobium、Agrobacterium、Sinorhizobium、Mesorhizobium和Bradyrhizobium的参比菌株进行系统发育多样性比较分析。【结果】16S rDNA PCR-RFLP方法在细菌属水平上聚群良好；而16S～23S IGS PCR-RFLP则适于属和种水平上的聚群。3种方法在系统发育上得到基本一致的结果。其中有38株花生根瘤菌是与Bradyrhizobium关系密切的慢生菌株，并且与B. japonicum和B. liaoningense的关系最为接近，与有关中国西南地区和华中地区花生根瘤菌的报道结果相似。然而供试菌株中还存在6株快生和10株中慢生花生根瘤菌，其中快生菌在系统发育关系上接近R. yanglingense、R. mongolense和R. gallicum。【结论】河北地区的花生根瘤菌具有更大的多样性。 相似文献
7.
采用 16SrDNAPCR -RFLP分析和表型数值分类 ,对分离自三叶草 (Trifolium)、猪屎豆 (Crotalaria)和含羞草(Mimosa) 3属植物的根瘤菌进行了分类研究。 16SrDNAPCR -RFLP分析表明 ,在 80 %的相似性水平上 ,6 7株待测菌株和 18株参比菌株归属到慢生根瘤菌属 (Bradyrhizobium)、中慢生根瘤菌属 (Mesorhizobium)、土壤杆菌属 (Agrobac terium)和根瘤菌属 (Rhizobium)与中华根瘤菌属 (Sinorhizobium) 4个系统发育分支。进一步对其中 5 6株待测菌株和14株参比菌株进行表型性状数值分类研究 ,在 84 %的相似性水平上 ,得到 6个独立的类群 :群Ⅰ、Ⅳ和Ⅵ为新群 ,没有与参比菌株聚在一起 ;群Ⅱ包含慢生大豆根瘤菌 (Bradyrhizobiumjaponicum) ;群Ⅲ含根瘤菌属 (Rhizobium) 2个已知的代表菌株 ;群Ⅴ含土壤杆菌属 (Agrobacterium) 2个已知种的代表菌株。以上结果表明 ,分离自这 3属植物的根瘤菌菌株具有表型和遗传型多样性 ,同时新发现分离自三叶草的根瘤菌的慢生和中慢生菌株 ;分离自含羞草的根瘤菌的慢生菌株和分离自猪屎豆的根瘤菌的快生菌株 ,此项研究也进一步证实这两种研究方法在菌株归群上的一致性 相似文献
8.
综述了华癸中生根瘤菌(Mesorhizobium huakuii)遗传多样性、质粒多样性、质粒的功能、结瘤因子、结瘤基因、胞外多糖等方面的研究进展。这类菌只能在紫云英上结瘤,1997年并入Mesorhizobium。选取大量菌株进行REP-PCR、16S和23S rDNAPCR-RFLP等分析,揭示其分为16种16S rDNA基因型。选用不同16S rDNA基因型的部分代表菌株进行部分16S rDNA测序。能够在紫云英上结瘤的根瘤菌可以分为2个类群。表明这类菌具有遗传多样性,存在不同的种。它们多数含共生质粒,共生质粒定位于最大或次大质粒上,质粒数1~5个不等,其分子量范围在53~906 kb之间。质粒缺失菌株表现为不结瘤(Nod-)和结瘤而不固氮(Nod ,Nif-)。某些质粒缺失还影响LPS合成、抗酸性、竞争结瘤能力。其结瘤因子能诱导紫云英根毛变形,它们的结瘤因子结构类似于苜蓿根瘤菌的结瘤因子。它们的结瘤基因具独特性,nodA与nodBC分隔一定距离,且具有保守性。它们产生的胞外多糖在侵染结瘤过程中发挥重要作用。 相似文献
9.
根据Mesorhizobium loti基因组信息,克隆nodA、nodB、nodD等基因的启动子序列,分别与报告基因构建相应的转录融合子(nod-lacZ),并分别导入中慢生型百脉根根瘤菌MAFF303099和广谱根瘤菌NGR234(Rhizobium sp.)中,利用百脉根根的抽提物作为诱导物,检测结瘤基因的表达。结果表明:在MAFF303099菌株中,百脉根根抽提物不能诱导nodA的表达;能诱导nodB和nodD1的表达;nodD2呈组成型表达;供试的5种不同的类黄酮化合物都不能诱导nodA基因表达;在NGR234菌株中,毛地黄酮(Luteolin)能诱导nodA表达。 相似文献
10.
中国北方地区甘草根瘤菌表型及遗传多样性研究 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】了解中国北方地区甘草根瘤菌的生物多样性。【方法】采用表型数值分类、16S rDNA PCR-RFLP分析和BOX-PCR指纹图谱分析的方法对北方地区的甘草根瘤菌进行表型、遗传多样性分析。【结果】供试菌株在数值分类聚类分析中约85％的相似水平上产生2个表观群，有11株菌未与已知参比菌株聚群。16S rDNA PCR-RFLP分析表明，供试的20株菌共产生14种遗传型，表现出丰富的遗传多样性。BOX-PCR指纹图谱分析进一步证明与甘草共生的根瘤菌的基因组也具有多样性。【结论】在中国北方地区与甘草共生的根瘤菌在Sinorhizobium、Rhizobium和Mesorhizobium属中均有分布。 相似文献
11.
甘草内生细菌对4种植物病原菌的抑菌谱及其16S rRNA系统发育分析 总被引：1，自引：0，他引：1
旨在筛选对4种植物病原真菌具有拮抗活性的甘草内生细菌,为新疆甘草内生细菌的开发应用提供理论依据。采用平板对峙培养法从100株甘草内生细菌中筛选对石榴枯萎病甘薯长喙壳、草果叶斑病镰刀菌、草果假茎黑斑病小孢拟盘多毛孢、墨兰炭疽病胶孢炭疽菌等4个病原菌具有拮抗活性的菌株,并测定其16SrRNA基因序列,建立系统发育树对其进行初步鉴定。结果显示,61株菌株对甘薯长喙壳具有拮抗作用,其中13株菌的抑菌半径均大于15mm。进一步研究表明,10株菌对4种植物病原菌都表现出较高的抑菌能力。基于16Sr RNA基因序列分析与系统发育分析表明,其中11株菌为萎缩芽孢杆菌(Bacillus atrophaeus),另外2株菌分别为副氧化微杆菌(Microbacterium paraoxydans)和莫哈韦芽胞杆菌(B.mojavensis)。 相似文献
12.
为明确安徽省淮南市地区酥瓜果实斑点病的病原菌,采用常规平板划线法从酥瓜果实病组织分离细菌,通过生理生化特征、分子生物学特性和致病性试验对其进行鉴定.结果表明,从采集的病果中获得36株菌落形态特征相似的细菌分离物,测试菌株均能诱导烟草叶片产生过敏性坏死.采用牙签刺伤法将测试菌株接种健康酥瓜果实,可导致接种点处产生水浸状病斑.BLAST结果表明,2株菌株的16S rRNA序列分别与短小芽胞杆菌Bacillus pumilus GR-8(CP009108),ATCC 7061(ABRX01000003)的同源性为99.93％和99.58％,2株菌株的 gyrB 基因序列与 B.pumilus C4(CP011109)的同源性达99.39％.基于gyrB基因的聚类分析证实2株菌株与B.pumilus(C4和GR-8)紧密的聚在一个分支.生理生化试验结果进一步显示,该细菌与文献报道的短小芽胞杆菌的生理生化特征相吻合.结合细菌生理生化特征、16S rRNA和gyrB基因的序列分析,以及柯赫氏法则验证,确定引起酥瓜果实细菌性斑点病的病原为B.pumilus. 相似文献
13.
两株生防芽孢杆菌的分子鉴定及拮抗活性测定 总被引：1，自引：0，他引：1
对两株分离自青海年宝玉泽及玛多高寒草甸根围土壤的拮抗菌株GL18和MD1进行鉴定分析。生理生化试验鉴定为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)菌群;16SrDNA分子鉴定表明,菌株GL18、MD1与Ba-cillus methylotrophicus及Bacillus amyloliquefaciens的序列相同(或一致)性均为99%;gyrB分子鉴定表明,菌株GL18、MD1与B.methylotrophicus具有最高序列相同(或一致)性;以两株菌株的16SrDNA及gyrB基因序列与模式菌株序列构建系统发育树,结果表明,两株菌株均与B.methylotrophicus具有更近亲缘关系;综合几种鉴定结果最终将菌株GL18、MD1鉴定为B.methylotrophicus。平板对峙试验表明,菌株GL18和MD1对油菜菌核菌具有显著拮抗活性;油菜离体叶片接种试验表明,菌株对油菜菌核病菌的侵染具有较好的防效。 相似文献
14.
鳙鱼维氏气单胞菌的分离鉴定及其毒力基因检测 总被引：3，自引：1，他引：2
从患病鳙鱼中分离纯化得到一株优势菌株AH-YS,通过革兰氏染色、氧化酶试验、生化鉴定以及16S r RNA基因扩增、测序和系统进化分析等操作,结果显示,分离到的细菌为维氏气单胞菌。药敏试验显示,在使用的11种抗菌药物中,该菌株对氧氟沙星、诺氟沙星和恩诺沙星等9种药物敏感,对甲氧苄氨嘧啶和氨苄西林耐药。对9种毒力基因的扩增结果显示,可以检测到气溶素、细胞毒性肠毒素、鞭毛、弹性蛋白酶和酯酶5种。 相似文献
15.
从患病的克氏原鳌虾(Procambarus clarkii)中分离纯化得到一株优势菌株AX1707。通过革兰氏染色、氧化酶试验、生化鉴定、16S rRNA基因测序和进化树构建等操作进行分析,结果显示,AX1707为布氏柠檬酸杆菌(Citrobter braakii),人工感染试验结果显示该菌具有较强致病性,药敏试验结果显示其对恩诺沙星、氧氟沙星、氟苯尼考、复方新诺明、庆大霉素和多西环素敏感,对四环素和新霉素中度敏感,对红霉素和氨苄西林耐药。 相似文献
16.
为确定引起西藏牦牛常发多发肺炎的细菌病原体，采集145份西藏牦牛鼻腔粘液，通过病原分离培养、菌落形态观察、生化试验和PCR鉴定等方法进行细菌检测；通过OD630和pH变化对分离株进行生长曲线测定；采用K-B纸片法进行药物敏感性试验。结果显示:从145份牦牛鼻腔粘液中分离得到10株牛支原体；分离株菌落形态和生化试验结果均符合牛支原体的生物学特性；通过PCR分别扩增得到238 bp的uvrC特异性基因与1 500 bp 16S rRNA基因。10株分离株间的uvrC特异性基因和16S rRNA基因序列同源性较高，均与国际标准株PG45有高度同源性，uvrC特异性基因序列和16S rRNA基因序列与国际标准株PG45的同源性分别为98.4%~100%和99.1%~99.9%。生长曲线测定表明，分离株在PPLO培养基中培养24 h内为迟缓期，培养42 h后开始进入稳定期，78 h后开始进入衰亡期；3个分离株培养物的平均pH随着培养时间延长不断降低，其中24~42 h期间pH下降最快，随后下降速度减慢，至78 h后几乎不再变化。药物敏感性试验表明，分离株对大环内酯类、氨基糖苷类和林可胺类等药物均存在不同程度的耐药，但对强力霉素和卡那霉素敏感或中度敏感。 相似文献
17.
【目的】研究山苍子可培养内生细菌的多样性。【方法】利用添加植物组织浸提液的营养琼脂培养基分离山苍子根、茎、叶及果实中的可培养内生细菌,采用16S rDNA序列鉴定法对分离获得的山苍子可培养内生细菌进行鉴定。同一组织内,对16S rDNA序列及形态完全一样的菌株合并冗余,用Clustalx对分离得到的菌株16S rDNA进行排序,构建NeighborJoining系统进化树,并计算Jaccard指数和多样性指数。【结果】 共分离得到52株山苍子可培养内生细菌（根23株、茎8株、叶7株、果实14株）,分属于芽孢杆菌属（Bacillus）、类芽孢杆菌属（Paenibacillus）、Paenochrobactrum、普罗威登斯菌属（Providencia）、假单胞菌属（Pseudomonas）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）和Lysinibacillus共7个属的16个种,其中芽孢杆菌属细菌40株,与Bacillus tequilensis、解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）、苏云金芽孢杆菌（Bacillus thuringiensis）3个种最接近的内生细菌占分离细菌株数的69.2%;根及果实中的可培养内生细菌数量及种属均最丰富,其多样性指数高于茎、叶;叶与果实可培养内生细菌的Jaccard指数最高,达0.56,其余均较低。【结论】山苍子可培养内生细菌在植株内部的分布既有种属特异性,又有器官相似性。 相似文献
18.
重金属耐性芽孢杆菌的筛选及其对辣椒吸收镉铅的阻控效应 总被引：4，自引：2，他引：2
为发掘耐受重金属的微生物资源和高效阻控重金属向蔬菜转移的修复生物材料,从生长于南京某矿区周边菜地的辣椒(Capsicum annuum)和圣女果(Lycopersicon esculentum)根际土壤中筛选耐重金属芽孢杆菌,研究其促生特性和阻控辣椒果实吸收Cd、Pb的作用。本研究筛选到7株耐Cd、Pb并具有分泌胞外多糖、吲哚乙酸和铁载体的芽孢杆菌,分别属于Bacillus megaterium、B.aryabhattai、B.velezensis和Lysinibacillus fusiformis。菌株在24 h时对溶液中Cd的去除率范围为30%~39%,对Pb的去除率在4.3%~25.6%。菌株L11、L15和L44能够显著促进辣椒生长,6株芽孢杆菌能显著降低辣椒果实中Cd和Pb含量。接种菌株B.megaterium L44使辣椒果实中Cd、Pb含量比不接菌对照分别降低39.1%和81.3%,Cd、Pb含量分别降低至0.07 mg·kg~(-1)和0.20 mg·kg~(-1)。研究表明B.megaterium L44是一株能够阻控辣椒果实积累铅镉的植物促生芽孢杆菌,具有阻控蔬菜吸收重金属、用于蔬菜农田安全生产的潜在应用价值。 相似文献
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对分离自条斑紫菜(Porphyrae yezoensis L.)褐斑病的1株能够分解褐藻酸的假交替单胞菌(Pseudoalteromonas sp.)Z2进行了致病性、形态特征、生理生化特性及16 S rRNA与gyrB基因序列的系统发育学分析等研究.结果表明,该菌能够使条斑紫菜出现红斑,为革兰氏染色阴性杆菌,有动力,氧化酶阳性,严格需氧,生长需要Na+,大小约在(1.0～1.2)μm×(2.0～2.5)μm;其16 S rRNA和gyrB基因序列通过Blast检索均与假交替单胞菌属(Pseudoalte romonas)细菌具有较高的同源性,gyrB基因序列与产黑假交替单胞菌(Pseudoalteromonas nigrifaciens)同源性在99％,综合分离菌的形态、生理生化特性及16 S rRNA和gyrB两种基因的分子鉴定,确认分离菌为假交替单胞菌,且初步认为其可导致紫菜发生褐斑病. 相似文献
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通过在改良的VL55培养基中添加6种不同的营养因子,利用大量稀释法对采自河北、青海和云南的3份土壤样品进行细菌分离,并对所分离菌株进行16S r RNA基因序列系统发育分析,比较利用不同营养因子分离的可培养细菌物种多样性。结果表明,添加营养因子分离得到的细菌物种多样性明显高于对照;土样1对照分离得到5个属,添加6种营养因子的处理共分离得到22个属;土样2对照分离得到2个属,添加6种营养因子的处理共分离得到17个属;土样3对照分离得到6个属,添加6种营养因子的处理分离得到15个属。添加不同营养因子的培养基组合分离得到各自独特的细菌类群。其中,从青海土样中分离得到的菌株HBUM200206与运动东菌(Dongia mobilis)LM22T的亲缘关系最近,序列相似性为94.58%,可能是红螺菌科(Rhodospirillaceae)的一个潜在新属。此外,有12株菌与亲缘关系最近的模式菌株的16S r RNA基因序列相似性均小于98.65%,可能为潜在的新种。 相似文献