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1.
食用向日葵SSR-PCR反应体系的优化 总被引：1，自引：0，他引：1
为建立食用向日葵分子标记反应体系,以食用向日葵四叶期叶片为DNA模板提取材料,采用单因素试验和正交试验设计,对SSR-PCR反应体系中的6因素(10×PCR Buffer、Mg2+、d NTPs、引物、Taq DNA聚合酶和DNA模板)在5水平上进行正交优化试验,并比较了不同浓度Mg2+、Taq DNA聚合酶、模板DNA对扩增效果的影响,结果表明,各因素水平变化对反应体系的影响为Mg2+Taq DNA聚合酶(引物)DNA模板10×PCR Bufferd NTPs。最终建立食用向日葵SSR-PCR最佳反应体系为:在总体系为20μL的SSR-PCR反应体系中包括10×PCR Buffer 0.2mmol/L、Mg2+2.0 mmol/L、d NTPs 1.8 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.2 U、DNA 50 ng、引物1.5 mmol/L。 相似文献
2.
药用菊花SSR-PCR反应体系优化及引物筛选 总被引：5，自引：0，他引：5
为进一步开发利用药用菊花种质资源和开展分子标记辅助选择育种,本研究利用L25(56)正交设计对影响药用菊花SSR-PCR反应的模板DNA、Mg2+、d NTPs、Taq酶、引物等5个因素进行优化,并对SSR引物进行筛选。结果建立了药用菊花SSR-PCR最佳反应体系(20μL):模板DNA 60 ng,正、反向引物0.25μmol/L,d NTPs 0.3 mmol/L,Mg2+3.0 mmol/L,Taq酶1.5 U。运用优化后的反应体系,从136对引物中成功筛选出了扩增条带清晰、多态性丰富的SSR引物57对,大多数条带大小集中在100~500 bp,不同引物扩增的条带数为5~15条。优化的SSR-PCR反应体系在多个药用菊花品种遗传多样性研究中得到了验证,获得了稳定性、重复性良好和多态性丰富的扩增图谱。该体系的建立可为今后利用SSR标记对药用菊花种质鉴定、遗传多样性分析、系统发育研究、遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种等研究提供了依据。 相似文献
3.
二月兰SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选 总被引：1，自引：1，他引：0
为建立适合二月兰的SSR-PCR反应体系,采用正交试验设计方法对影响二月兰SSR反应体系的5个因素(DNA模板、Mg~(2+)、d NTPs、引物和Taq聚合酶)进行优化试验,筛选出每个因素的最佳水平。结果表明,10μL反应体系中,Mg~(2+)浓度2.0 mmol/L,d NTPs浓度0.4 mmol/L,引物浓度0.6μmol/L,DNA模板量20 ng,Taq聚合酶量0.6 U。以3份二月兰基因组DNA为模板,利用优化后的SSR-PCR反应体系进行引物筛选,从50对SSR引物中成功筛选出扩增条带清晰、具有多态性的引物有12对,证明该反应体系具有较好的稳定性和通用性。研究建立和优化的二月兰SSR-PCR反应体系,为进一步利用SSR标记技术开展二月兰分子生物学研究提供了理论依据和技术参考。 相似文献
4.
绣球SSR-PCR反应体系的建立与优化 总被引：1，自引：0，他引：1
为了建立适合绣球的SSR-PCR反应体系,采用正交设计L25(56)对影响SSR-PCR反应体系的5个主要因素(Mg2+、d NTPs、引物、DNA模板和Taq聚合酶)在5个水平上进行优化,筛选出每个因素的最佳水平,建立适合绣球的SSR-PCR反应体系。结果表明,20μL的SSR-PCR反应体系中,DNA模板用量为60 ng,Mg2+浓度为1.5 mmol/L,d NTPs浓度为0.3 mmol/L,引物浓度为0.4μmol/L,Taq聚合酶用量为0.8 U。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,最佳温度退火40 s,72℃1 min,33个循环;72℃延伸10 min,4℃保存。选用10个绣球品种对建立的SSR-PCR反应体系进行验证,结果表明该体系具有较好的稳定性和通用性。建立和优化的绣球SSR-PCR反应体系,为应用SSR分子标记技术开展绣球属植物遗传育种研究提供了理论依据和技术参考。 相似文献
5.
《分子植物育种》2015,(11)
为建立成熟可靠的红毛丹SRAP-PCR扩增检测技术体系,本研究首先采用单因素实验设计,对反应体系中的DNA模板、Mg2+、d NTPs、Taq DNA聚合酶和引物浓度等5个主要影响因素,设置不同的水平梯度,筛选出适宜的因子范围;在此基础上,进一步采用L16(45)正交设计,建立了红毛丹SRAP-PCR最佳反应体系:20μL体系中包含DNA模板20 ng、d NTPs 0.25 mmol/L、引物0.6μmol/L、r Taq酶1.0 U、Mg2+2.5 mmol/L。并利用优化的反应体系,从116对SRAP引物组合中筛选出37对扩增条带清晰、产物多态性较好的引物。本研究建立的SRAP-PCR体系及筛选的引物,将为红毛丹从分子水平进行种质资源遗传多样性分析、品种指纹图谱构建等研究提供基础。 相似文献
6.
《分子植物育种》2016,(9)
利用正交设计L_(16)(4~5),对酥瓜ISSR-PCR反应体系的5个影响因素(引物,d NTPs,Taq DNA聚合酶,Mg2+和模板DNA)在4个水平上进行优化试验,并在36℃~56℃范围内摸索退火温度,建立适合酥瓜ISSR-PCR反应体系,结果表明,在20μL反应体系中,含有引物0.2μmol/L、d NTPs 0.3 mmol/L、Taq DNA聚合酶1.2 U、Mg2+1.0 mmol/L、DNA模板70 ng、10×Buffer 2.0μL为最佳反应体系,ISSR-PCR扩增程序中最佳退火温度为52.5℃。该体系为酥瓜种质资源的遗传多样性分析评价提供了帮助。 相似文献
7.
《分子植物育种》2017,(10)
为建立最佳的宫粉紫荆SRAP-PCR反应体系,采用单因素和L16(45)正交试验设计对反应体系中的模板DNA、Mg2+、引物浓度、d NTPs和Taq聚合酶进行优化。表明宫粉紫荆SRAP-PCR 25μL反应体系的最佳组合为:模板DNA 50 ng、Mg2+2.25 mmol/L、引物0.25μmol/L、d NTPs 0.30 mmol/L、Taq酶1.5 U。并利用优化的SRAP-PCR体系进行验证,表明不同的宫粉紫荆样本均能扩增出清晰且带型基本一致的谱带,表明本试验建立的SRAP-PCR体系稳定,可用于今后开展宫粉紫荆种质资源遗传多样性研究、品种鉴定、优良品种筛选和近缘种杂交育种等研究工作。 相似文献
8.
本研究以硬叶兜兰为试验材料,通过改良的CTAB法提取总DNA,运用5因素4水平的正交试验设计,综合采用直观量化分析和方差分析两种方法,分析模板DNA用量、Mg2+浓度、d NTPs浓度、引物浓度和Taq酶用量五个因素对cp SSR-PCR扩增的影响,比较不同组合扩增效果的差异,最终确定优化的硬叶兜兰cp SSR-PCR反应体系;并通过梯度PCR确定最佳退火温度。研究结果表明,以DNA模板用量对扩增反应的影响最大,Mg2+浓度的影响最小;较优的反应体系为:模板DNA 45 ng、d NTPs 0.2 mmol/L、引物各0.6μmol/L、Mg2+2.5 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.4 U、10×PCR-Buffer,总体积10.0μL。本研究采用该体系对采自滇东南7个居群的12份样本扩增验证其稳定性,并从33对引物中筛选出扩增条带清晰、具明显等位基因、特异性好的12对引物。研究结果说明该优化体系能较好地对硬叶兜兰居群个体遗传差异进行分析。 相似文献
9.
《分子植物育种》2017,(2)
为建立高粱抗丝黑穗病基因最佳的SRAP-PCR反应体系,进一步筛选与抗病基因相关的SRAP标记。本研究采用单因素与正交设计相结合的方法,对影响高粱SRAP-PCR体系的5个因素Taq酶、Mg2+、模板DNA、d NTPs和引物进行优化,以期筛选出最优的高粱抗丝黑穗病基因SRAP-PCR反应体系。研究表明:在优化得到的20μL的高粱SRAP-PCR体系中,模板DNA的用量为20.0 ng,Taq DNA聚合酶的用量为0.14 U,Mg2+的浓度为3.0 mmol/L,d NTPs浓度为0.3 mmol/L,引物的浓度为0.5μmol/L。各因素对反应体系影响大小依次为:引物浓度DNA用量Taq DNA聚合酶浓度Mg2+浓度=d NTPs浓度。本研究将为高粱抗性基因的定位与功能研究提供基础数据与技术支持。 相似文献
10.
《分子植物育种》2015,(4)
为了对东方百合杂交育种获得的大量杂种后代进行分子标记早期鉴定,本研究采用单因素试验方法对模板DNA、Mg2+、Taq DNA聚合酶、d NTPs、引物等因子设置不同浓度梯度,建立了东方百合试管苗叶片ISSR-PCR最佳反应体系。反应体系为20μL,内含1×PCR Buffer、模板DNA 20 ng、Mg2+2.0 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.7 U、d NTPs 0.3 mmol/L、引物0.4μmol/L。PCR扩增程序采用Touchdown-PCR程序。利用优化后的体系对46条ISSR引物进行筛选,最终筛出3A37、3A61、UBC840、UBC841、UBC844等5条多态性高,重复性好的引物,且引物序列以二核苷酸重复序列为主。本研究可为利用ISSR分子标记开展东方百合杂种真实性鉴定提供技术方法和支持。 相似文献
11.
本实验以产于四川、安徽、广东和青海的白芥农家品种为材料,采用单因素筛选和L16(45)正交设计相结合的方法,对白芥ISSR-PCR反应体系的Mg2+浓度、d NTPs浓度、引物浓度、Taq酶和模板DNA用量进行优化,建立最佳的白芥ISSR-PCR反应体系。结果表明:在20μL的PCR反应体系中,Mg2+浓度2.0 mmol/L、d NTPs浓度0.5 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.2 U、引物浓度0.4μmol/L、模板DNA 60 ng为最佳用量。用4个白芥农家品种对建立的ISSR-PCR反应体系进行验证,表明该反应体系稳定性高、可重复性好,同时筛选出条带清晰、多态性较好的18条引物。该反应体系的建立为白芥ISSR标记开发、种质资源鉴定与筛选、遗传多样性分析和分子标记辅助育种等提供了帮助。 相似文献
12.
本研究采用L16(45)正交试验设计法对山羽藓ISSR-PCR反应进行优化试验。研究结果表明,山羽藓ISSR-PCR最佳反应体系(25μL)为:Taq DNA聚合酶0.8 U,Mg2+1.5 mmol/L,d NTPs 0.4 mmol/L,引物0.6μmol/L和模板DNA 40 ng,对该反应体系的影响顺序为:Taq DNA聚合酶引物d NTPs模板DNAMg2+。同时筛选出12条适合山羽藓的ISSR引物,并确定了每条引物的最适退火温度。所建立的体系稳定可靠,条带清晰且多态性丰富,可为后续开展山羽藓种植资源、遗传多样性及分子亲缘地理学研究奠定基础。 相似文献
13.
《分子植物育种》2017,(5)
本研究采用L_(16)(4~5)正交试验设计方法,对朱顶红SRAP-PCR反应体系中的5种因素(Mg~(2+)浓度,d NTPs浓度,引物浓度,DNA模板量和Taq DNA聚合酶用量)进行优化,结果表明各因素对朱顶红SRAP-PCR扩增反应影响大小依次为:d NTPs浓度引物浓度Mg~(2+)浓度DNA模板量Taq DNA聚合酶用量。优化获得的朱顶红最佳SRAP-PCR反应体系为:1×PCR Buffer、Mg~(2+)浓度2.0 mmol/L、d NTPs浓度0.2 mmol/L、引物浓度0.25μmol/L、20μL体系中DNA模板量80 ng以及Taq DNA聚合酶用量0.5 U。用10个朱顶红品种基因组DNA对所得最优体系进行验证,证明该体系具有较高的稳定性和重复性,能够为朱顶红遗传多样性研究和遗传图谱构建等提供重要技术支持。 相似文献
14.
《分子植物育种》2020,(12)
为建立郁金香SSR-PCR反应体系,本研究以36个荷兰引进的郁金香栽培品种和5个产于中国新疆的野生种为试验材料,采用单因素试验和L_(16)(4~5)正交设计相结合的方法,对影响郁金香SSR-PCR反应的Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、模板DNA、Taq酶用量进行优化,建立最佳的SSR-PCR反应体系,并利用3对引物在41份郁金香材料中验证反应体系的稳定性。结果表明:在20μL的PCR反应体系中,10×PCR Buffer (Mg~(2+)free) 2μL、Mg~(2+)2.0 mmol/L、dNTPs 0.75 mmol/L、引物2.0μmol/L、模板DNA 10 ng、Taq酶0.15 U为最优体系;通过正交试验确定5个因子对SSR-PCR体系的影响程度为:模板DNATaq酶引物Mg~(2+)d NTPs。筛选出的3对引物在41份郁金香材料中均可扩增出目的条带,表明该体系的稳定性好。本研究建立SSR-PCR反应体系,为郁金香SSR标记的开发以及遗传多样性分析、品种指纹图谱构建、种质资源鉴定等方面提供了帮助。 相似文献
15.
月季SSR-PCR反应体系的建立和优化 总被引：4，自引：0，他引：4
采用L16(54)正交设计和二因素完全随机试验,分析了月季SSR-PCR反应体系的主要成分Taq DNA聚合酶、样本浓度、Mg2+浓度、dNTP浓度以及引物浓度对扩增结果的影响,建立了适合月季的SSR反应体系.研究结果表明:在20μL反应体系中,Taq DNA聚合酶宜加入1.5U,样本最适宜浓度为30～40 ng,Mg2+的最适浓度为1～1.5 mmol/L,dNTP最适浓度为0.2 mmol/L,单引物的最适浓度均为1μmol/L.用建成的反应体系对19对引物筛选,对12个月季品种扩增,3%的琼脂糖凝胶电泳检测,品种间DNA谱带多态性丰富,证明该体系稳定可靠. 相似文献
16.
《分子植物育种》2015,(8)
RMAPD是将RAPD和SSR相结合而开发的新型分子标记。本研究采用L16(45)正交设计试验和单因素试验相结合的方法,对影响芝麻RMAPD-PCR反应的模板DNA、Mg2+、d NTPs、引物和Taq聚合酶等因素进行了优化。结果表明,芝麻RMAPD-PCR的最佳反应体系(15μL)为:模板DNA用量30 ng、Mg2+浓度2.0 mmol/L、d NTPs浓度0.3 mmol/L、RAPD引物浓度1.0滋mol/L、SSR引物浓度0.4滋mol/L和Taq聚合酶1.0 U。利用该PCR体系开展了芝麻遗传多样性分析和遗传群体多态性检测试验,21对随机引物组合在16个芝麻品种中共扩增DNA条带413条,每对引物扩增14~29条,平均19.7条,多态性比例为12.50%~62.96%,平均29.78%;RMAPD标记在F2群体植株中出现了亲本位点的分离。研究结果表明,该RMAPD-PCR反应体系稳定、可靠,RMAPD标记是一种可以用于芝麻遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建和分子标记辅助育种等研究的新技术。 相似文献
17.
《分子植物育种》2017,(6)
本研究利用L16(45)正交试验设计,对影响ISSR-PCR反应体系的5个影响因素(Mg~(2+)浓度,d NTPs浓度,Taq DNA聚合酶浓度,引物浓度及模板DNA含量)进行优化。并在50~60℃范围内摸索引物UBC845的最适退火温度,并建立了花吊丝竹的最佳ISSR-PCR反应体系:2.5 mmol/L Mg~(2+),0.25 mmol/L d NTPs,1.50 U Taq DNA聚合酶,0.5μmol/L引物,80 ng模板DNA,2μL 10x Buffer,9.5μL dd H2O,ISSR-PCR扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性45 s;52.7℃退火30 s,72℃延伸90 s,35个循环;72℃延伸10 min,4℃保存。利用优化的反应体系从100条引物中筛选出16条多态性较好的引物,该体系的建立有助于花吊丝竹种质资源遗传多样性分析和指纹图谱的构建。 相似文献
18.
小型西瓜SRAP技术体系优化 总被引：2，自引：1，他引：1
为探讨小型西瓜种质遗传分析奠定基础以及不类型西瓜SRAP技术体系的通用性,以小型西瓜F1‘秀丽’为试材,利用正交试验设计,对SRAP-PCR反应体系中的Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq聚合酶浓度和模板DNA浓度进行5因素4水平的筛选分析,用Me3-Em3引物组合进行PCR扩增以确定最优反应体系;进一步应用该优化反应体系,对5个不同引物和37份不同果型西瓜资源DNA进行SRAP-PCR扩增。结果表明,小型西瓜SRAP-PCR最佳反应体系为：10× PCR buffer 2 μL、Mg2+ 3.0 mmol/L,dNTPs 0.2 mmol/L,引物0.5 μmol/L,模板DNA 40 ng、Taq聚合酶0.5 U,总体积为10 μL。不同果型西瓜资源DNA进行SRAP-PCR扩增,电泳条带清晰、稳定性好,说明不同果型西瓜种质SPAP体系具有通用性。 相似文献
19.
桃SRAP体系的优化及与SSR在桃品种鉴定上的比较 总被引：1，自引：0，他引：1
为确立的桃10 μL SRAP反应体系,以桃部分品种为试材,采用均匀设计,对SRAP-PCR反应体系中Taq DNA聚合酶、模板DNA、dNTPs、Mg2+、引物5个组分的浓度进行优化.结果表明,桃10 μL的SRAP反应体系的最佳组分包括2 U Taq DNA聚合酶、50 ng模板DNA、0.6 mmol/L dNTPs、0.25 μmol/L引物、2.0 μL 10×PCR Buffer+Mg2+.利用所确立的体系对其他部分桃种质进行扩增的结果清晰可靠,多态性好.并且利用随机挑选的SRAP引物和SSR引物分别区分鉴定8种桃种质,发现SRAP用5对可以将桃种质区分开,而SSR用13对才区分开,说明在桃品种鉴定上SRAP比SSR更省时方便,而且操作相对简单,适用性强. 相似文献
20.
为了获得最优柑橘黑斑病病原菌柑橘叶点霉菌ISSR-PCR反应体系,利用单因素试验法对反应体系中的5个因素(Mg2+、d NTP、引物、Taq DNA聚合酶和模板DNA)分别设置了不同的浓度梯度进行反应体系的优化。结果表明,在20μL反应体系中,含有1.5 mmol/L的Mg2+、0.15 mmol/L的d NTP、0.3μmol/L的引物、25 ng DNA模板、0.5 U Taq DNA聚合酶为最优。利用优化的ISSR-PCR反应体系对不同地理来源的21株柑橘叶点霉菌菌株进行扩增。结果表明,已建立的体系稳定可靠。柑橘叶点霉菌ISSR-PCR反应体系的建立为利用ISSR分子标记技术对柑橘叶点霉菌进行遗传分析奠定了基础。 相似文献