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《分子植物育种》2020,(15)
本研究基于SRAP标记和ITS序列对11份西番莲种质进行遗传多样性分析。结果表明,SRAP标记分析时从70对引物组合中筛选出9对重复性好,条带清晰的引物组合,共扩增出110个条带,平均每组引物可扩增12.22个条带,多态性条带占84.93%;UPGAM聚类可以将11个西番莲样品分为5个类群,第一类:‘哥伦比亚热情果’,‘巨无霸’;第二类:‘黄金果’,‘台农1号’,‘满天星’和‘天王星’;第三类:‘蓝香’和‘瑞香’;第四类:‘玛格丽特’;第五类:‘龙珠果’。ITS序列分析时,11个西番莲样品ITS序列长度为667 bp,变异位点为162个,单倍型10个,单倍型多样性0.982,核苷酸多样性0.071。采用NJ法对11个样品构建系统进化树可分为4大支,‘哥伦比亚热情果’,‘巨无霸’为一支;‘蓝香’,‘瑞香’和‘玛格丽特’为一支;‘金霸’,‘黄金果’,‘台农1号’,‘满天星’和‘天王星’为一支。通过两种方法分析均能很好地将11个西番莲样品区分开来,结果基本一致,且与其属种相吻合,说明SRAP标记和ITS序列对西番莲进行分类是可行的。因此,西番莲遗传多样性能更好地开发和利用种质资源,为西番莲育种与品种鉴定提供科学依据。 相似文献
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基于ITS技术的11个茶花品种遗传多样性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了探索温州特色山茶花品种遗传多样性,采用核糖体转录间隔区(internal translation spacer, ITS)序列分析技术,对11个样品基因组DNA进行了ITS-PCR扩增、多重序列比对及种系发生等研究。结果表明,11个样品所扩增的ITS序列位于640~668 bp之间（含ITS1、5.8S、ITS2）,而且具有较高的序列一致性和位点多态性;基于N-J（邻接法）和ME（最小进化法）(MEGA 5.0, Bootstrap, 1000)所构建的种系发生树表明：11个样品中,样品‘十景牡丹’单独成支,其余10个样品聚类一起;在10样品分支中,2个样品（‘粉丹’和‘六角大红’）形成1个亚分支,其余8个样品形成另1个亚分支。本研究显示：11个样品中,‘十景牡丹’遗传距离最远,‘粉丹’和‘六角大红’遗传距离次之,而其余8个样品遗传关系比较近（其中,样品‘复色倚阑娇’与‘立春八宝’、‘狮子笑’、‘无暇玉’、‘粉霞’、‘大东方亮’、‘玛瑙’、‘胭脂莲’等样品遗传距离依次降低）;2种种系发生树（N-J、ME树）树型结构高度一致,揭示了所构建的种系发生树比较接近11个样品间的真实遗传关系。 相似文献
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‘和田’玫瑰为国内主栽的玫瑰品种之一,其遗传背景不明确不利于产品开发和推广应用。本研究选择‘和田’玫瑰的疑似近源种,采用ITS和atpB-rbcL序列分析的方法,通过构建系统进化树分析它们的亲缘关系,明确其遗传背景。结果显示,ITS序列多态性较高,尤其是ITS2序列能够获得更多的遗传信息,基于ITS2序列‘,和田’玫瑰和法国蔷薇聚为一个小分支,说明其亲缘关系较近。atpB-rbcL序列在被测植物材料间的多态性比较低,但可以反映母本信息‘,和田’玫瑰与法国蔷薇、百叶蔷薇、腓尼基蔷薇和玫瑰在一个分支内。结合ITS的聚类结果,推测法国蔷薇为‘和田’玫瑰的母本,与大马士革蔷薇有共同亲本起源。 相似文献
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以10种枸杞属植物为材料,利用nrDNA-ITS序列,探讨其遗传多样性及亲缘关系。采用改进CTAB法提取枸杞叶片基因组DNA,利用合成的ITS4和ITS5为引物对其DNA中的nrDNA-ITS区进行扩增、对目的片段测序,并对测序结果进行聚类分析。测序结果表明,10种枸杞属植物ITS的长度为582~656 bp,保守位点(C)560个,变异位点(V)95个,其中简约信息位点(Pi)70个,单核苷酸变异位点(S) 25个;5.8S序列的长度均为154 bp,保守位点(C)136个,变异位点(V)18个,其中简约信息位点(Pi)12个,单核苷酸变异位点(S)6个。10条序列聚类图明显地分为2大类5个小组,‘0901’与‘蒙杞1号’处于同一分支,亲缘关系最近,‘宁杞3号’和‘宁杞7号’为同一分支,亲缘关系最近,‘宁杞5号’和青海诺木洪黑果枸杞单独为一分支,与其他几个枸杞品种的亲缘关系最远。10条枸杞属植物的ITS序列已上传至NCBI,登录号为KJ189761~KJ189770。本研究测序和分析了10种枸杞属植物的ITS序列,聚类结果表明了它们之间的亲缘关系与差异,为枸杞遗传多样性和系统发育研究奠定了基础。 相似文献
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为了建立完善的藤本月季分类评价体系,本研究以65个藤本月季为材料,筛选了23个表型指标,计算并分析了表型性状分布频率(Pi)、变异系数(CV)和Shannon-Weaver指数(H’),进行了R型聚类分析、主成分分析和有序样本最优分割聚类分析。结果显示：供试月季品种描述性状H’为0.64～1.70,数量性状变异系数CV为12.31%～95.86%,数量性状H’为1.30～2.03,藤本月季性状多样性有差异,除花数、刺数量外,数量性状变异潜力有限;R型聚类中部分性状呈强相关性,23个指标简化为18个性状指标;主成分分析中前6个主成分特征值大于1,累计贡献率为64.65%;有序样本最优分割聚类中基于主成分综合得分,将藤本月季分为4组,组间差异显著,体现不同的观赏特点。以上结果为藤本月季品种资源评价、品种选育与绿化应用提供了理论依据。 相似文献
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对供试材料进行亲缘关系分析,为葡萄分类、种质鉴定和育种提供重要依据。利用SSR标记对新疆44个相对适宜制干葡萄品种（系）材料进行了遗传多样性分析。从52对SSR引物中筛选出8对用于葡萄的SSR扩增,共扩增出190条带,均为多态性条带,多态性百分率为100%。多态性信息含量指数(PIC)变幅为0.6868~0.9640,平均为0.9084。根据SSR扩增结果,Jaccard相似性系数分析表明44份葡萄材料的遗传相似系数的变异范围为0.63~0.92,平均遗传相似系数为0.775。UPGMA聚类分析表明,在遗传相似系数0.654处,可将44份供试材料分为5个类群：第1类包括‘奥迪亚无核’、‘赫什无核’等22份葡萄;第2类包括‘无核白鸡心’、‘葡萄园皇后’等7份葡萄;第3类包括‘美丽无核’、‘艾麦纳’等5份葡萄;第4类包括‘黎明无核’、‘红脸无核’等6份葡萄;第5类包括‘白香蕉’、‘波尔莱特’等4份葡萄。SSR标记能比较准确地检测基因型之间的遗传背景与遗传关系,其中亲缘关系较远的不同类群间及亚类间的种质资源可作为杂交育种的亲本。 相似文献
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为了分析澳洲坚果种质资源的遗传多样性及其亲缘关系,加速澳洲坚果种质的遗传改良和新品种选育,本研究以45份澳洲坚果为材料,利用相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)分子标记对其基因组扩增并进行遗传多样性分析。结果表明24对引物组合中能筛选出多态性较好的引物10对,利用这10对引物在45份澳洲坚果中共扩增出63条谱带,其中多态性条带47条,多态性比率74.60%。45份澳洲坚果种质资源的遗传相似系数范围为0.5873?0.9683,均值0.7778。UPGMA聚类分析表明:在遗传相似系数为0.785处可将45份澳洲坚果种质资源划分为6个类群,其中,‘黔澳1号’和‘黔澳3号’之间的遗传相似系数最大,高达0.9683,说明这两种坚果资源遗传背景相似,‘兴澳1号’和‘黔引36’号间的遗传相似系数最小,仅为0.5873,说明二者亲缘关系较远。本研究表明了SRAP技术适用于澳洲坚果种质资源的遗传多样性分析且45份澳洲坚果间的遗传变异较为丰富,为澳洲坚果种质资源的挖掘、遗传改良和进一步的分子辅助育种提供了科学依据。 相似文献
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《分子植物育种》2020,(14)
为加快欧洲报春育种进程,本研究以‘庆典’、‘丹诺雅’、‘丹诺雅XL’、‘丹妮莎’、‘普利罗曼’以及上海源怡种苗股份有限公司自主育种的‘春晖’系列共38个欧报春品种为材料,利用24对SSR引物通过毛细管电泳检测法进行了欧洲报春遗传多样性和遗传关系分析。供试的24对SSR引物中11对引物稳定性和多态性较好,可用于遗传多样性和聚类分析。多态性信息指数为0.360 3～0.953 3,平均值为0.814 9。38个欧洲报春品种分别来源于6个不同品系,6个品系遗传距离都维持在较高水平,其中‘丹妮莎’和‘普利罗曼’间的遗传距离最小,上海源怡种苗股份有限公司自主育种的‘春晖’系列与‘庆典’的遗传距离最大,且‘春晖’系列与其余5个品系的遗传距离均大于0.5。通过STRUCTURE分析发现6个群体中存在5个基因库,且不同品系、不同花色的品种在基因库组成比例存在较大差异。本研究初步通过已有SSR标记开展欧洲报春遗传多样性分析,筛选出的标记可用于不同品系遗传距离的分析,但在不同品种DNA指纹图谱构建中还存在一定欠缺。后续将通过多种途径开展欧洲报春SSR标记的开发,以推进欧洲报春的育种进程以及新品种鉴定工作。 相似文献
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本研究旨在为新疆扁桃种质资源的分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。以24份扁桃种质为材料,提取DNA后对ITS序列进行PCR扩增及测序,测序结果与序列KC862380(Prunus lusitanica var.)比对,获得ITS1、5.8S与ITS2序列。利用相关生物信息学软件对ITS1与ITS2序列分别计算变异位点和简约信息位点等,构建UPGMA系统发育树。结果显示,ITS1与ITS2序列对位后长度分别为230 bp和277 bp,含丰富的变异位点和简约信息位点。基于ITS1序列的UPGMA树的遗传距离在0.00~0.01之间,‘鹰嘴’、‘矮丰’及‘石子’各自成一支。基于ITS2序列的UPGMA树其遗传距离在0.000~0.006之间,‘鹰嘴’与‘石子’聚为一支。研究表明,5.8S rDNA序列保守性极强,ITS1序列的变异信息大于ITS2序列,并且其碱基的缺失和替换多于ITS2序列,可能是导致系统发育树结果存在差异的原因。 相似文献
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‘早胜牛’微卫星基因位点遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了从分子水平上分析‘早胜牛’的遗传多样性,采用PCR技术和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术检测了‘早胜牛’IDVGA46、ILSTS005、IDVGA27、TGLA44、IDVGA2、BM2113和ETH10这7个微卫星位点的多态性分布,并计算‘早胜牛’各个微卫星位点基因座的等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度、多态信息含量。结果显示:112头‘早胜牛’样品在7个微卫星位点上共有25个等位基因,平均等位基因数为3.5714,平均有效等位基因数为3.0004,平均期望杂合度为0.6996,平均多态信息含量为0.6526。分析结果表明‘早胜牛’群体的遗传杂合度比较高,遗传多样性丰富,所选的微卫星座位点可用于‘早胜牛’遗传多样性评估。 相似文献
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《分子植物育种》2020,(15)
本研究基于板栗雌雄花差异表达谱数据库,筛选鉴定到雌雄花特异表达基因,在雌雄花特异表达基因中识别和定位了19个SSR位点。通过在SSR两端设计特异引物,经过PCR扩增,筛选到5对多态性和稳定性较好的引物。进一步采用毛细管电泳检测技术对17份板栗资源进行亲缘关系分析。结果显示17个品种可分为3大类,其中第Ⅰ类群包含‘超短枝1号’、‘超短枝2号’、‘沂蒙短枝’、‘燕红’等6个品种,主要为北方板栗品种;第Ⅱ类群中包含10份资源,主要为包括湖北地方品种在内的南方板栗品种;第Ⅲ类仅包括‘金栗王’,与前两大类亲缘关系明显较远。本研究开发的SSR分子标记重复性和多态性较高,可用于板栗资源遗传多样性分析,并为开发板栗雌雄花特异分子标记提供科学依据。 相似文献
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采用SSR分子标记技术,对贵州22份野生白三叶(Trifolium repens)样品遗传多样性及亲缘关系进行了研究.结果表明,利用20对SSR引物共扩增出202条带,其中169条带具有多态性,多态性位点达83％;根据SSR标记的多态性计算不同采样地野生白三叶样品之间的遗传距离(GD),22份样品之间遗传距离介于0.140 6～0.630 4之间,说明样品间遗传差异较大;聚类分析结果,当相似系数为0.64时,22份白三叶被分成3类:第1类只有W14,表明W14与其余材料的亲缘关系较远;第2类包括W2、W4、W8、W18居群,表明这4个居群相似性较大,遗传距离较近;第3类包括17个居群,居群间有着复杂的遗传关系.研究结果表明,22份贵州野生白三叶的遗传多样性十分丰富. 相似文献
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7个柱花草品种的AFLP和SSR遗传多样性分析 总被引：2，自引：1，他引：1
旨在阐明不同柱花草品种的遗传差异。利用AFLP、SSR两种分子标记技术对7个柱花草品种进行遗传多样性分析。12对AFLP引物组合共扩出966个条带,其中多态性条带有850条,平均每对引物的多态性条带为70.8条,多态性比率为87.99%。10对SSR引物共扩出26个条带,其中多态性条带有23个,多态性比率为88.46%;10对引物的观察杂合度(Ho)的范围是0~0.7143,平均为0.1857,Shannon’s遗传多样性指数(I)平均值为0.6545,平均多态性含量(PIC)为0.727。根据非加权成对平均数法(UPGMA)进行聚类分析,获得品种聚类树形图,AFLP与SSR分析的聚类图相似性显著,7个品种明显分成两类。‘矮柱花草’与‘西卡柱花草’的遗传关系最为疏远,‘奥克雷柱花草’与‘爱德华柱花草’、‘格拉姆柱花草’与‘热研5号柱花草’关系最为密切。 相似文献
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宁夏粳稻种质资源表型性状遗传多样性分析 总被引：2，自引：1，他引：2
为了解宁夏水稻种质资源遗传多样性水平,对宁夏60份粳稻种质资源材料的16个表型性状进行遗传多样性分析。结果表明,60份宁夏水稻种质资源材料16个表型性状间存在极显著的遗传差异,其中株高、每穗总粒数、每穗实粒数、经济系数、结实率、秆长这6个表型性状的变异幅度大,方差和标准差较高,具有较大的离散程度;每穗总粒数、每穗实粒数、着粒密度、单株穗数、单穗粒重的变异系数均在14%以上,F测验表明16个表型性状的差异都达到了极显著水平;遗传相关分析表明,不同表型性状间存在显著、极显著相关关系,有些性状间为正相关关系,而有些性状间则为负相关关系,各表型性状间呈复杂的相互关系;遗传多样性分析表明,表型遗传多样性指数变幅为1.644~2.092,平均为1.957;以卡方距离按UPGMA法聚类,在遗传相关系数为0.11处可分为8类,其中‘杨和白皮稻’、‘抚105’、‘田丰302’和‘花86’各为一类,其他引进和宁夏自育的水稻品种分别聚在第Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅷ类,而57%的种质资源材料都聚在了第Ⅵ类,并且第Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ类在相似系数为0.18处可聚成一大类,亲缘关系很近。‘杨和白皮稻’是宁夏的1个地方品种,与其他种质间亲缘关系最远。研究表明,宁夏粳稻种质资源材料间遗传差异较小,遗传背景比较单一,亲缘关系较近。 相似文献
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为了更加快速准确的分析金针菇种质资源的遗传多样性,利用ISSR、RAPD和SRAP分子标记技术对6株金针菇菌株进行综合遗传多样性分析,并构建UPMGA亲缘关系树状图。结果表明,6株金针菇菌株间的遗传相似系数范围为0.49~0.85,在相似系数为0.59时6个菌株可分为3组,黄色菌株‘三明1号’、‘F951’、‘杂19’和白色菌株8801聚成一组,白色菌株8903和白色菌株‘金21’各成一组。该试验结果表明,3类分子标记综合分析结果相比单一分子标记分析结果能够更真实全面地体现出供试菌株之间的亲缘关系,因此该方法将有利于金针菇种质资源的评价和鉴定研究。 相似文献
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越橘种质资源的CDDP遗传多样性及聚类分析 总被引：4，自引：2，他引：2
分析保守DNA序列多态性(CDDP)标记在蓝莓中的分布及其与生物性状之间的联系,为蓝莓种质的科学评价和合理开发提供理论指导及技术支持。通过筛选多态性丰富的CDDP引物,对32份蓝莓种质资源的基因组DNA进行扩增,根据统计结果分析品种的遗传多样性及聚类关系。共筛选出17条多态性高、产物清晰易辨的CDDP引物。32份样品共检测到207条带,其中多态性条带188条,比例为90.82%,特异条带17条,比例为8.21%。可以用2条引物组合完全区分32种蓝莓。在种群水平上,有效等位基因数、Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数分别为1.59、0.37和0.56。样本间的遗传相似系数范围在0.44~1.00之间,平均为0.73。在相似系数为0.69时,32个蓝莓种质分为3类,野生种笃斯越桔单独聚为一类,矮丛品种‘Blomidon’和半高丛品种‘Northblue’聚为一类,其他品种聚为一大类。CDDP标记在蓝莓中具有较高的多态性及特异性,与种质的需冷量、抗寒性及果实颜色具有一定的相关性。CDDP技术可有效用于蓝莓种质资源遗传多样性分析、品种鉴定及分子标记辅助育种。 相似文献
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贵州地方茶树品种资源遗传多样性的RAPD分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为培育特色优良品种,采用RAPD分子标记对贵州4个地方茶树品种群体的遗传差异进行分析。结果显示,‘贵定鸟王茶’、‘都匀毛尖茶’、‘湄潭苔茶’和‘石阡苔茶’品种群体内种质间遗传距离的变幅较大,分别为0.1792~0.8328、0.1745~0.8518、0.1480~0.6507、0.1516~0.8691,Nei’s基因多样性与Shannon信息指数及品种内RPAD谱带多态性显示它们的遗传多样性依次降低。4个地方群体品种遗传多样性丰富,遗传变异主要发生在群体内。 相似文献