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1.
甜樱桃花芽不同发育时期内参基因的筛选与验证 总被引：1，自引：0，他引：1
为了筛选甜樱桃花芽不同发育时期均稳定表达的内参基因,以甜樱桃桑提娜和黔樱一号不同发育时期花芽为材料,通过qRT-PCR技术检测28S rRNA、EF1-a1、EF1-a2、UBC、RPL13、18S rRNA、RSP3、CYP40、ACT2和α-TUB3等10个常用看家基因的表达水平,并利用GeNorm、NormFinder和BestKeeper综合评价其表达稳定性。结果表明,EF-1a2和RSP3在所有样品中稳定性最好。分别以EF-1a2、RSP3及EF-1a2+RSP3作为内参基因检测不同发育时期花芽生长素运输载体AUX1基因及生长素响应因子ARF基因的表达模式,该2个基因在不同内参基因标定下表达模式相同。表明EF-1a2、RSP3及EF-1a2+RSP3可作为甜樱桃花芽不同发育时期的内参基因。 相似文献
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百合体胚诱导、发育及不同组织实时定量PCR内参基因筛选 总被引：2，自引：0，他引：2
本研究筛选观赏百合(Lilium oriental×Trumpet hybrid)体胚诱导、发育不同时期及不同组织中稳定表达的内参基因,以观赏百合品种‘Conca D'Or’为研究对象,采用实时荧光PCR分析百合8个候选内参基因(18S,ɑ-TUB,GAPDH,UBQ,b HLH,ACT,EIF,EF1)在体胚诱导不同时期、体胚发育不同阶段及不同组织中的扩增效果,并采用Genorm、Norm Finder和Best Keeper三种软件对候选内参基因在百合中的表达稳定性进行综合评价。结果表明:b HLH在体胚诱导、发育及不同组织中的稳定性优于其他基因;GAPDH及ACT在观赏百合‘Conca D'Or’上扩增效果差。将体胚诱导不同时期、体胚发育不同时期及不同组织的扩增数据放在一起分析,Ge Norm和Norm Finder软件评估最适内参基因为b HLH和EIF,Best Keeper软件评估最适内参为EF1和b HLH。本研究建立了观赏百合实时荧光定量PCR内参基因的筛选体系并选出观赏百合体胚诱导、发育及不同组织表达最稳定的前三个内参基因分别为b HLH、EIF和EF1。 相似文献
3.
香葱(Allium fistulosum L. var. Caespitosum Makino)响应高温胁迫过程中,差异表达基因的鉴定及表达验证对深入了解香葱的高温应答分子响应机理具有重要意义。为筛选高温胁迫下香葱稳定表达的内参基因,本研究以香葱耐热品种‘AF60’和不耐热品种‘AF35’的叶片为材料,分别进行高温胁迫不同时间处理,选取13个候选内参基因(Ac18S, Af18S, Af28S, AcActin, AcActin, AfTUA, AfTUB, AsSAND, AfMYH, AfGAPDH,AfUBQ, AfEF1α, AfCYC),利用实时荧光定量RT-qPCR技术检测香葱高温胁迫处理候选内参基因的表达,采用GeNorm、NormFinder、BestKeeper软件评价其稳定性,并进行综合分析。结果表明：13个内参基因在不同高温处理下的表达稳定性存在差异,综合分析香葱内参AcActin表达最稳定,其次为AfEF1α、Af28S;而AcActin表达最不稳定;同时,结果显示利用香葱转录组开发的内参基因普遍稳定性高于葱属其他作物开发的内参。该结果为香葱基因的表达分析提供了... 相似文献
4.
为筛选出沙地云杉(Picea mongolica)种子成熟过程中均可稳定表达的内参基因,本研究以沙地云杉种子不同发育时期的样本为研究对象,采用RT-qPCR技术,检测沙地云杉种子转录组数据库中GAPDH、EF1α、CYC、Actin等8个候选内参基因在种子发育过程中呈现的综合表达水平,并通过内参基因分析软件(geNorm, NormFinder, BestKeeper)对其稳定性统一评估。结果表明,候选内参基因中稳定性最好的是CYC、EF1α和GAPDH。分别以CYC、EF1α和GAPDH作为内参基因对沙地云杉胚胎发育关键调控基因LEA1(Late embryogenesis abundant protein)和WOX9 (WUSCHEL related homebox)进行了定量分析,其表达趋势基本一致。本研究结果将对沙地云杉及近缘物种的分子育种研究提供参考。 相似文献
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以油茶、沙棘、文冠果和油用牡丹的成熟种子为材料,利用实时荧光定量PCR分析了7个内参候选基因GAPDH、Actin、TUB、eEF1α、RPL4、UBQ和e IF4A在四种木本油料中的表达稳定性,并进一步验证了Actin基因在沙棘不同发育期种子和果肉中的表达。结果表明,6个内参候选基因GAPDH、TUB、eEF1α、RPL4、UBQ和e IF4A的表达水平在四种本油料种子间存在明显差异(p0.05),内参候选Actin基因在四种木本油料种子中的表达较稳定(p0.05)。Actin基因在沙棘种子和果实的不同发育期表达稳定(p=0.380和p=0.603),且在果肉和种子间在各个时期不存在明显差异(p0.05)。这不仅可为沙棘果实不同器官基因表达差异研究提供内参基因,而且可为四种木本油料基因表达研究内参基因的选择提供科学参考。 相似文献
7.
本研究以传统藏药翼首草为材料,利用翼首草转录组数据库和RT-qPCR技术分析6个植物常用的候选内参基因(Actin,18S,TUBa,TUBb1,TUBb2和GAPDH)。选用geNorm、NormFider和BestKeeper 3款分析软件进行候选内参基因稳定性分析,以期筛选出翼首草不同组织中表达稳定的内参基因。内参基因Ct值分析、geNorm和NormFider软件分析结果表明Actin基因表达量最高,表达最稳定。BestKeeper软件分析结果表明GAPDH和Actin基因表达最稳定。综合分析结果说明,运用RT-qPCR技术研究翼首草关键基因表达量时,可选用Actin基因作为内参基因。翼首草合适内参基因的确定,可为今后其相关基因表达研究的开展提供依据。 相似文献
8.
为筛选适用于文冠果(Xanthoceras sorbifolium Bunge)性别分化过程研究和不同器官的内参基因,本研究以文冠果性别分化关键期的顶芽和侧芽、根、茎、叶、种仁、雌能花和雄能花为材料,通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)鉴定7个候选内参基因(Actin,UBQ,EF-1α,TUB,eIF-4α,18S rRNA和GAPDH)在各样品中的表达量,并评价7个基因的表达稳定性。结果表明,7个候选内参基因在不同样品中的表达量存在明显差异,各基因在雌能花中的表达均显著高于其他材料,在雄能花中的表达处于较低水平;适用于文冠果性别分化过程的最优内参基因为UBQ和eIF-4α,适用于不同器官的最优内参基因为EF-1α和GAPDH。研究结果将对今后进行文冠果性别分化过程研究和不同器官中的基因表达分析提供参考。 相似文献
9.
为筛选适用于建兰(Cymbidium ensifolium)花香物质合成相关基因表达分析的内参基因,本研究从建兰‘小桃红’转录组测序结果中筛选出ACT、GAPDH、EF1α、TUA、TUB、CYP、UBQ和ADF这8个常用的内参基因作为候选内参基因。以建兰‘小桃红’的不同花期(小蕾期,中蕾期,大蕾期,初开期,盛花期,衰败期)和盛花期不同花器官(萼片,花瓣,唇瓣,合蕊柱)为实验材料,利用RT-qPCR技术分析候选内参基因在不同样品中的表达量,并结合内参基因稳定性分析软件对候选基因表达稳定性进行分析。结果表明：在候选内参基因中,TUB的稳定性最高,可作为建兰‘小桃红’花香物质合成相关基因表达分析的最适内参基因。 相似文献
10.
《华北农学报》2021,36(2)
为筛选适合铝处理下绣球中稳定表达的内参基因,在转录组数据分析的基础上,以Al_2(SO_4)_3处理下绣球铝敏感品种Bailer(商品名:Endless Summer~(TM),中文名译为无尽夏)和不敏感品种Ruby(中文名译为红宝石)的不同组织为材料,分析10个候选内参基因(5个传统内参基因和5个新基因)的表达水平,并利用geNorm、NormFinder、BestKeeper、ΔCt及RefFinder 5个程序分析候选内参基因的表达稳定性。结果表明,β-TUB(β-微管蛋白)和UPL7(E3泛素蛋白连接酶)的表达水平较高,而且相对较稳定;表达稳定性分析结果显示,在Al_2(SO_4)_3处理下Bailer中最适内参基因为UPL7和β-TUB,其次是ACT7,Ruby中最适内参基因为β-TUB和UBP15,其次是UPL7;适用于不同组织器官以及所有样本的最适内参基因同样为β-TUB、UBP15和UPL7。因此,β-TUB和UPL7为铝处理下绣球实时荧光定量PCR最适内参基因;以β-TUB、UPL7和β-TUB+UPL7作为内参基因时,绣球铝转运蛋白基因HmVALT的表达模式一致。 相似文献
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《分子植物育种》2020,(12)
为筛选出彩色马蹄莲不同品种和组织最佳内参基因,以彩色马蹄莲不同品种和不同组织为研究材料,运用实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)结合3个内参基因稳定性分析软件(geNorm, NormFinder和BestKeeper),对彩色马蹄莲6个候选内参基因(18S rRNA, ACT, EF1α, GAPDH, LEU和TUB)的表达稳定性进行了分析。通过geNorm软件计算出彩色马蹄莲不同品种和组织的最适内参基因数目均为3个;综合3个软件的分析结果,筛选出彩色马蹄莲不同品种中稳定性最好的3个基因为18S rRNA、LEU和GAPDH;不同组织中稳定性最佳的3个基因为ACT、EF1α和18S rRNA。本研究为彩色马蹄莲品种间叶片表型差异、种球发育、赤霉素敏感差异等机理研究提供参考依据。 相似文献
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大蒲莲猪不同发育阶段组织RT-qPCR分析中适宜内参基因筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
《华北农学报》2018,(Z1)
利用适宜数量且表达稳定的内参基因对目的基因的表达量进行标准化是获得准确、可靠RT-qPCR数据的重要条件。以不同日龄大蒲莲猪8种组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肠组织、肌肉、血液)为试验材料,使用ge Norm、Norm Find软件对8个常用候选内参基因(ACTB、B2M、GAPDH、RPL4、SDHA、TBP、YWHAZ、PPIA)的表达稳定性进行分析,筛选适宜内参基因及其组合。ge Norm、Norm Find软件联合分析结果表明,不同日龄大蒲莲猪心脏中表达最稳定的内参基因为TBP、PPIA和YWHAZ,肝脏、肾脏、肠组织和肌肉中最稳定的内参基因均为TBP和PPIA,脾脏中表达最稳定内参基因为TBP和RPL4,肺脏中表达最稳定内参基因为TBP、RPL4、PPIA和ACTB,血液中表达最稳定内参基因为ACTB、YWHAZ和GAPDH。由于大蒲莲猪8种体组织中最适宜内参基因组合和数量不同,因此内参基因筛选是进行RT-qPCR数据分析的必要条件。结果可为研究大蒲莲猪目的基因表达时适宜内参基因的选择提供帮助。 相似文献
13.
花椰菜收获过程中花球变紫的现象与花青素含量密切相关,目前针对花椰菜花球里花青素合成途径中相关基因表达分析的内参基因尚未报道。本研究以花椰菜始终不变紫色的白色花球组织和变紫花球中的未变紫、浅紫和深紫花球组织为研究材料,采用RT-qPCR技术测定了6个候选内参基因在不同颜色花椰菜花球组织中的表达水平,用ΔCt法以及GeNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件分析候选内参基因的稳定性。结果表明：花椰菜不同颜色花球组织中,6个候选内参基因的稳定性综合排名为SKIP16>ACT>PP2A>TUB>UBQ>EF1α。SKIP16基因综合稳定性排名第一,其次是ACT基因,均适合作为花椰菜花球组织中花青素合成途径相关基因研究的理想内参基因;geNorm软件通过计算配对变异值分析最适内参基因组合的数量为2个,综合选用SKIP16和ACT基因。本研究结果可作为分析花椰菜花球花青素合成途径中相关基因准确测定的参考依据。 相似文献
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《分子植物育种》2017,(3)
随着荧光定量PCR技术广泛应用,内参基因稳定性作为影响定量实验结果准确性的关键因素而逐渐成为学者研究热点。植物候选内参基因稳定性评价已有诸多研究报道,候选内参基因的选择也不再局限于传统的管家基因,基因芯片及转录组测序技术发展也使一些新的基因作为候选内参基因成为可能,有学者也选择mi RNA作为候选内参基因。而评价这些候选内参基因的方法也由原来单一的软件评价,发展为结合各个不同的软件综合分析,使内参基因的评价更加可靠、准确。本综述主要研究了近几年来药用植物候选内参基因的选择、稳定性分析等研究进展,旨在为后续开展药用植物育种相关研究提供一定的参考与借鉴。 相似文献
15.
选择合适的内参基因是利用实时荧光定量PCR准确分析基因相对表达量的先决条件。选择了奶牛乳腺研究中广泛使用的7个候选内参基因,包括GAPDH、ACTB、18S rRNA、RPS9、RPS15、UXT、MYC。奶牛以精粗比不同的2种日粮饲喂,并在产后16 d采集乳腺组织。利用qRT-PCR技术探讨了候选内参基因在围产奶牛乳腺组织中的表达情况,并利用geNorm程序对数据进行分析。结果发现,UXT和RPS9表达稳定,不受日粮精粗比的影响,因此,可作为围产期奶牛乳腺组织基因表达分析中相对合适的内参基因。 相似文献
16.
以不同花色的铁线莲属(Clematis L.)栽培品种‘恬美’(C.‘Sympatia’)、‘罗兰’(C.‘Rooran’)、‘仙女座’(C.‘Andromeda’)‘、阿拉贝拉’(C.‘Arabella’)‘、普鲁吐斯’(C.‘Proteus’)以及‘路易斯罗维’(C.‘Louise Rowe’)初花时期的萼片为研究材料,利用RT-qPCR技术检测Atpb、Arp7、Ubc34、Wit1、Cxip4、Cyp71a1和Cyp35a1等7个候选内参基因的mRNA表达情况,并利用软件geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder对7个候选内参基因的稳定性进行综合评估。结果表明,内参基因表达差异显著;利用geNorm软件计算结果为基因Atpb与Cxip4最稳定;利用NormFinder软件计算结果为基因Cxip4最稳定;而BestKeeper软件计算出的最稳定的候选内参基因为Arp7,其次为Atpb;按这3个软件的计算结果,Cyp71a1与Cyp35a1的稳定性均最差,不适合作为内参基因;RefFinder软件分析的最佳的候选内参基因为Arp7。经综合分析,这几... 相似文献
17.
《分子植物育种》2016,(8)
赤霉素(gibberellins,GA)通过DELLA蛋白的去阻遏作用来调控植物生命循环过程。为研究DELLA蛋白在梨花芽休眠过程表达情况及功能,以不同砂梨品种‘蜜雪梨’和‘黄花梨’为试材,分别采集整个休眠时期花芽,利用转录组测序数据、梨基因组CDS数据库筛选梨DELLA蛋白编码基因Pp GAI。分离并克隆得到两条Pp GAI基因,其开放阅读框(ORF)分别为1 743 bp和1 905 bp,命名为Pp GAI-1和Pp GAI-2,Gen Bank登录号为KU311002和KU311003,编码580和634个氨基酸,预测其均为亲水性蛋白,其蛋白分子量为62.98 k D和69.72 k D。进化树分析表明Pp GAI-1与苹果的亲缘关系最近,而Pp GAI-2与杜梨的亲缘关系最近。荧光定量研究显示在‘蜜雪梨’中两个Pp GAI基因均在休眠期出现一个表达低峰,在休眠解除临界期、休眠解除期和萌动期出现3个表达高峰;在‘黄花梨’中两个Pp GAI基因均在休眠解除临界期明显上调表达,并在萌动期达到最大表达峰值。本研究所获得梨两个编码DELLA蛋白Pp GAI基因对梨花芽休眠解除起到调控作用,且在不同砂梨品种间的休眠调控模式有所不同。 相似文献
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《分子植物育种》2021,19(18):6088-6095
为筛选芒果细菌性角斑病菌在侵染芒果叶片过程中稳定表达的内参基因,采用实时荧光定量聚合酶链式扩增反应技术检测和分析病原细菌的16S rRNA、gyrB、GAPDH、dan K和rpo D这5个看家基因的表达量。结果表明,经过PCR扩增效率筛选,5个基因均扩增出单一条带,且条带大小与预期产物相符,特异性较好,符合基本稳定性要求。利用ge Norm软件分析发现,GAPDH和rpo D稳定性最高,M值均为0.122。其余3个基因的表达稳定性依次为gyr B (M=0.17)dan K (M=0.325)16S rRNA (M=0.542)。在5个候选内参基因中,GAPDH和gyr B为病原细菌侵染芒果叶片下表达最稳定的基因,且不需要引入第三个基因(V_(2/3)=0.063)。NormFinder软件分析5个候选内参基因稳定性数值顺序依次为:gyr B (0.092)dan K (0.169)GAPDH(0.188)rpo D (0.235)16S rRNA (0.581)。Bestkeeper程序分析5个候选内参基因的标准差(SD)值都在0.86～0.79之间。综合以上结果发现GAPDH和gyr B基因的表达稳定性最好,能够作为病原细菌在侵染芒果叶片时的内参基因,更准确地校正定量结果。 相似文献
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实时荧光定量PCR具有灵敏度、特异性和重复性好等优点,是植物中常用于基因表达和转录分析的重要手段。在分子生物学的研究中,选择表达相对稳定的内参基因是分析实时荧光定量实验数据的前提。本研究以菊芋(Helianthus tuberosus)开花时期的幼根、嫩茎、叶片、块茎和花瓣为材料,运用荧光定量PCR方法分析了18S rRNA、EF1α、Actin、β-actin、GAPDH、25S rRNA和UBQ5 7个内参基因的表达量,通过Ge Norm、Norm Finder和Best Kkeeper软件的综合分析,发现25S r RNA的稳定性最好,可用于菊芋基因表达的内参基因。而GAPDH在不同样品中稳定性最差,不适合作为内参基因。本研究为菊芋实时荧光定量PCR中内参基因的选择提供了参考。 相似文献