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1.
为吉林省野生黄芩种质鉴定提供参考,为建立黄芩鉴定标准化体系提供依据。使用中药DNA条形码鉴定技术,对目的片段进行扩增并分析,比较不同产地黄芩样本ITS2和psbA-trnH条形码片段的差异,寻找鉴别位点。10个不同产地野生黄芩药材的ITS2和psbA-trnH序列比对结果显示,在232 bp(ITS2)+318 bp(psbA-trnH),共550 bp的序列比对中,仅检测到1个"G"位点的插入/缺失,该位点位于ITS2矩阵的第53 bp处。在吉林省长春、向海、前郭、镇赉、洮南5个地区的野生样品中检测到1个"G"位点的插入/缺失,其他5个省份的样品中无此位点。 相似文献
2.
采用ITS2和psbA-trnH DNA条形码组合分析我国吴茱萸主要栽培种的遗传背景,并对其进行分子鉴别。获得的ITS2序列全长223 bp,共获得7个差异位点,其中特异性鉴别位点2个;psbA-trnH序列全长419 bp,获得特异性鉴别位点3个。基于ITS2碱基序列采用邻接法构建系统聚类树,结果表明:吴茱萸、石虎和疏毛吴茱萸的遗传背景差异较为明显,且吴茱萸与石虎的亲缘关系更为接近;嫁接可以使吴茱萸的遗传背景发生较大的变异;并且序列特异性位点可以准确有效地对吴茱萸正品和伪品进行鉴别。 相似文献
3.
《延边大学农学学报》2019,(3)
以长白山东方红林场和汪清兰家林场采集的笃斯越桔叶片为样本,采用PCR方法扩增psbA-trnH基因,与GenBank中的越桔属psbA-trnH序列进行对比分析,分析psbA-trnH基因序列在越桔属植物间的序列差异。结果表明:越桔属psbA-trnH序列遗传距离的范围区间为0.000～0.013,平均遗传距离为0.005。草地越桔共有3个有效鉴别位点,分别在第36碱基位的碱基为C,在第289碱基位插入了1段TATTCATTTTG碱基序列,在第398碱基位的碱基为T,蔓越桔共有2个有效鉴别位点,分别在第195碱基位的碱基为C,第339碱基位缺失1段TTGAAAATAA碱基序列,狭叶越桔共存在3个有效鉴别位点,分别在第8碱基位点缺失1个碱基,第169位点碱基为T,第428位点碱基为A,乌饭树在第288碱基位为T,红豆越桔在第236位碱基缺失,鹿莓越桔第305位点碱基为T。草地越桔与蔓越桔与其他越桔属植物的碱基序列对比存在明显的差异。通过Neighbor-Joining系统发育树分析得知,笃斯越桔与红豆越桔亲缘关系较近。越桔属植物的psbA-trnH序列存在属间差异,故可以用来作为鉴定越桔属植物的DNA条形码。 相似文献
4.
雷天刚 《西南大学学报(自然科学版)》2013,35(8):055-060
以18个甜橙品种为材料,采用克隆测序法对其核糖体 DNAITS进行序列测定,并用 DNAStar软件进行序列分析.结果显示,甜橙ITS序列的长度为693~694bp,其中ITS1长272bp,5.8S长度为164bp,ITS2长度为257~258bp.甜橙品种间ITS序列的相似性较高,相似率为97.7%~100%.同时发现18个甜橙品种ITS序列中存在20个碱基变异位点,其中ITS1和ITS2序列中各含10个,而5.8S序列中没有碱基变异.根据这些碱基变异位点可鉴别出供试材料中的12个甜橙品种. 相似文献
5.
瓜类作物枯萎病病原菌的分类鉴定及其ITS序列差异性分析 总被引：6，自引：1，他引：6
【目的】鉴定福建省几种重要瓜类作物枯萎病菌,比较和分析它们的ITS序列差异和种内群体分化状况。【方法】通过分子鉴定结合形态鉴定,确定瓜类作物枯萎病菌的种类;通过它们的ITS序列亲缘关系和多重比较分析,分析该病原菌种内群体分化特点。【结果】供试的26个菌株属于两种镰孢菌：尖孢镰孢（Fusarium oxysporum）和串珠镰孢（Fusarium moniliforme）,其中F.oxysporum占54%,为优势种;这两种类型菌株的ITS序列差异较大,且主要表现在ITS2区间,差异达20.4%,而ITS1区间的序列完全相同或只有1个碱基的差异;F.oxysporum种内存在3类ITS序列,类型I与类型Ⅱ在376 bp处有1个碱基（C/T）的差异,类型Ⅱ比类型Ⅲ少1个碱基（A）;F.moniliforme种内也存在3类,类型Ⅰ与类型Ⅱ在320 bp处有1个碱基差异（T/C）,类型Ⅰ与类型Ⅲ有3个碱基的差异,分别是在38 bp处有1个碱基差异（A/C）,在395 bp处有1个碱基差异（T/C）,在429 bp处有1个碱基的差异（T/A）。【结论】福建省瓜类作物枯萎病菌为F.oxysporum和F.moniliforme。这两种镰孢菌种间的ITS序列差异较大且主要差异在ITS2区间,但是这两种类型镰孢菌种内ITS序列差异却很小。 相似文献
6.
[目的]拟从分子水平对菜用枸杞进行鉴定。[方法]利用nrDNA ITS(核糖体DNA基因内转录间隔区)碱基序列测定的方法对5份菜用枸杞资源进行碱基序列测定并分析序列差异。[结果]首次获得5种菜用枸杞nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度变异范围为628~632 bp,平均为630 bp,共有79个变异位点,占12.5%,保守位点553,占87.5%。基于nrDNA ITS序列差异的品种聚结果与依据形态指标的是划分结果相符。[结论]nrDNA ITS区测序分析可作为分子水平鉴定菜用枸杞不同种质来源的又一途径。 相似文献
7.
《江苏农业科学》2017,(13)
提取凉粉草基因组总DNA,使用通用引物扩增核基因ITS1、ITS2序列和叶绿体psbA-trnH、rbcL、matK序列并进行测序,使用CodonCode Aligner软件对完整序列进行拼接并对其进行比对,使用MEGA 7.0邻接法(neighborjoining,NJ)法构建系统聚类树。结果表明,matK序列扩增成功率低;ITS1序列存在单一变异位点且测序成功率低;ITS2、rbcL和psbA-trnH等3个序列无变异位点,序列扩增成功率、测序成功率高,序列长度在233~671 bp,从系统聚类树上得出ITS2序列可以将凉粉草与其他3种混伪品区分开,而rbcL和psbA-trnH序列在区分时存在一定的混淆。ITS2序列可以考虑作为鉴别凉粉草的优选序列。 相似文献
8.
《东北林业大学学报》2015,(10)
对6个种源辽东冷杉的r DNA ITS序列进行了扩增、纯化和测序,比较分析了各种源r DNA ITS序列的长度、碱基变异位点、(G+C)含量和遗传距离,构建了系统发生树。结果表明:辽东冷杉6个种源的r DNA ITS序列总长度均为1 355 bp,其中ITS1、ITS2和5.8S r DNA序列长度分别为1 162、71和162 bp,种源间无长度差异;r DNA ITS序列中只有8个碱基变异位点,均位于ITS1序列上,碱基变异类型为碱基转换或颠换;ITS1和ITS2序列中的(G+C)含量分别为60.24%~60.59%和58.60%,种源间(G+C)含量差异极小;种源间遗传距离平均值仅为0.002 3,其中清原种源和宽甸种源的遗传距离最小(0),其他种源间的遗传距离在0.000 7~0.003 7。上述结果均表明辽东冷杉种源间亲缘关系较近,遗传变异程度较低。系统发生树将地理距离相近的种源聚在一起,表明辽东冷杉6个种源遗传距离与地理距离有明显的相关性。 相似文献
9.
桑种质资源ITS序列与系统进化分析 总被引：5，自引：1，他引：5
目的分析桑ITS序列,为桑系统位置、进化关系、DNA指纹鉴别、育种亲本选择提供分子生物学依据。方法利用收集的73份桑资源,总DNA提取,PCR扩增,测序,并从GenBank下载桑科Moraceae,桑属MorusITS序列,软件分析ITS长度、变异位点、G+C含量、遗传分歧、同源性百分比差异、系统位置与进化关系。结果获得ITS完整序列,基本序列全长576bp,G+C含量59.55%。(ITS1:174bp,G+C含量61.49%,ITS2:302bp,G+C含量62.25%,5.8S:100bp,G+C含量48.00%)。序列比对表明,共166个变异位点,(ITS1:100,ITS2:66,5.8S:0),一些变异位点有明显的种性特征,可作为特异DNA指纹鉴别位点。最大遗传分歧4.0,山桑(M.bombycis)与其它栽培种遗传分歧0.9—1.4。基于ITS桑系统位置,在非洲硬木树(Milicia excelsa,MEU93585)与新西兰鹊肾树(Streblus glaber,DQ499105)之间,与非洲硬木树(MEU93585)亲缘关系最近。Mrbayes分析,新疆黑桑(M.nigra),北美默里桑(M.murrayana,FJ605515)最原始,进化顺序为新疆黑桑,北美默里桑→白桑(M.alba)→华桑(M.cathayana)→长穗桑(M.wittiorum)。结论ITS长度、G+C含量、变异位点均可作桑种质资源DNA特异指纹鉴别的依据,特别是碱基变异位点。桑属劳亚古陆(Laurasia)高纬度起源,由北向南迁移。桑属可由地理分布间接反映系统进化关系。 相似文献
10.
[目的]应用DNA条形码鉴定技术对短柄五加等五加属植物进行研究,以弄清倒卵叶五加和短柄五加的物种关系.[方法]通过对馆藏标本与现地植物形态进行观测,采用通用引物ITS2和psbA-trnH对采自陕甘宁地区的短柄五加等50个样本进行扩增后双向测序,并从GenBank数据库下载了五加属等相关植物的序列,分别通过ITS2 database或其序列注释,获得ITS2和psbA-trnH序列,随后进行BLAST比对鉴定分析;用MEGA 6.06软件对所得序列进行比对,分析变异位点,计算GC含量、种内和种间遗传距离,构建NJ系统发育树.[结果]ITS2和psbA-trnH序列的PCR扩增和测序成功率均为100％;倒卵叶五加和短柄五加的植物形态、ITS2序列和psbA-trnH序列完全相同.ITS2序列:短柄五加和糙叶五加仅有一个碱基的差异,蜀五加与藤五加序列相同;psbA-trnH序列:短柄五加与糙叶五加的差异显著,短柄五加与蜀五加序列相同.[结论]同时使用ITS2、psbA-trnH这2个标记的DNA条形码可以准确鉴别短柄五加等五加属植物;短柄五加与倒卵叶五加为同一种植物. 相似文献
11.
[目的]分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值.[方法]67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点、信息位点,将3个序列合并,以构树、柘树为外类群,采用MP法分析进化关系.[结果]桑ITS(包括5.8S)基本序列长度为576 bp,变异范围为576-590 bp,G+C含量为59.55%--62.25%,40个信息位点;trnL-F(包括tRNA-Leu内含子)基本序列长度为923 bp,变异范围为920-924 bp,A+T含量为65.87%-66.31%,23个信息位点;rps16内含子基本序列长度为929 bp,变异范围为923-929 bp,A+T含量为67.28%-67.49%,17个信息位点.3个序列的最适碱基进化模型分别为(GTR+G)、(GTR)和(GTR+G),可能的分支概率-混合卡方概率值分别为0.000001、0.027175和0.000222,3个片段合并最适碱基进化模型为(GTR+G),基于模型用MP法分析,在2 538个位点中,有80个信息位点.分支图结果表明,首先将黑桑(M.nigra)分出,其它桑种分成2支,第一支包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑和广东桑,第二支包括华桑、奶桑和川桑.[结论]桑属traL-F和rps16序列信,息位点有限,单独研究桑属系统学,价值不大,与ITS序列合并研究,则能增加分支图的信息位点,使分支图更近于似然.基于ITS、trnL-F、rps16序列MP分支图,新疆黑桑为最原始类型,乌克兰等栽培种为进化类型. 相似文献
12.
以5份金荞麦为材料,对其核糖体基因内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增,均获得长约700 bp左右的特异性产物.测序结果表明,金荞麦样品中ITS序列在638～797 bp之间.经软件Clustal X2.0和MEGA 4.0分析结果表明,当空位作为缺失处理时,ITS区全序列包括488个保守位点,248个变异位点,6... 相似文献
13.
为准确进行药用石斛资源鉴定,阐明属内的种间关系,以32个药用石斛样品基因组DNA为模板,采用rDNA ITSPCR扩增、测序、分子遗传进化分析等方法,研究了供试药用石斛间的遗传多样性.结果表明:32个石斛样品的ITS序列(只包含ITS1、5.8S rDNA ITS和ITS2)长度变化范围在632～645 bp之间,ITS1长度为225～234 bp,GC含量为43.8％～53.1％,变异位点198个、占总位点81.48％,简约信息位点138个、占总位点56.79％;ITS2长度为240～247 bp,GC量为47.0％～55.9％,变异位点183个、占总位点72.90％,简约信息位点123个、占总位点49.00％.建立了28种药用石斛(共32份)rDNA ITS区碱基全序列数据库,为石斛的分子鉴定提供了依据. 相似文献
14.
基于nrDNA ITS序列的18份宁夏枸杞资源的遗传多样性 总被引：7，自引：0，他引：7
[目的]利用nrDNA ITS序列,探讨18份宁夏枸杞资源的遗传多样性。[方法]采用改进CTAB法提取枸杞叶片基因组DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆,对目的片段测序分析并对测序结果进行聚类分析。[结果]通过测序首次获得了18种宁夏枸杞nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度变异范围为559~634 bp,平均为612 bp,整个转录间隔区(ITS1+ITS2)对位排列后总长度为480 bp,包括194个变异位点,占40.4%;286个保守位点,占59.6%。聚类结果表明了18份宁夏枸杞的亲缘关系与差异,并将其分为3个大类。[结论]基于nrDNA ITS区序列分析在研究枸杞种质遗传多样性方面具有一定的优越性。 相似文献
15.
[目的]分析野生与栽培麻花艽（Gentiana straminea Maxim.）psbA-trnH序列的差异,为麻花艽的基源鉴定和品质评价提供分子依据。[方法]采用PCR扩增纯化后直接测序的方法,测定野生与栽培麻花艽cpDNA psbA-trnH核苷酸序列并作序列同源性分析。[结果]野生与栽培麻花艽的cpDNA psbA-trnH片段长度分别为316和317 bp,两者之间有4个碱基的变异。[结论]利用psbA-trnH区序列的差异可以鉴别野生与栽培麻花艽。 相似文献
16.
[目的]为蟹类的分子进化研究积累资料。[方法]采用酚-氯仿抽提法从中华豆蟹和太平大眼蟹的肌肉组织中提取总基因组DNA,对其ITS基因片段进行PCR扩增和测序,同时对其序列同源性、碱基组成和变异情况进行初步研究。[结果]中华豆蟹与太平大眼蟹ITS序列片段分别为739和769 bp,存在明显长度差异。中华豆蟹的AT含量和GC含量分别为49%和51%,而太平大眼蟹分别为40.79%和59.3%。4种碱基(A、T、G、C)在2种蟹中ITS序列的平均含量基本相当。中华豆蟹与太平大眼蟹ITS序列片段共有777位点,其中变异位点346个,碱基转换与颠换比约为0.8。颠换数大于转换数,表现为较高的颠换偏岐。[结论]中华豆蟹和太平大眼蟹间的平均遗传距离为0.603。 相似文献
17.
[目的]基于psbA-trnH和rDNA ITS序列进行不同地理居群巴戟天聚类分析,探讨不同地理居群巴戟天遗传变异与地理分布之间的相关性,为其道地性研究提供理论参考.[方法]以13个来自广东、广西和福建的不同地理居群巴戟天为研究对象,采用改良CTAB法提取其新鲜叶片DNA,以其为模板分别扩增psbA-trnH和rDNA ITS序列.采用ClustalX 1.81进行多重对位排列,应用MEGA 6.06中K2P(Kimura 2-parameter)模型计算遗传距离,并运用邻近法构建系统发育进化树.[结果]不同地理居群巴戟天的psbA-trnH序列长度为306 bp,GC含量为27.2%,保守率83.33%,变异率16.67%,简约信息率26.14%;不同地理居群巴戟天的rDNA ITS序列长度为571 bp,GC含量为64.1%,保守率91.42%,变异率8.58%,简约信息率14.19%.不同地理居群巴戟天的psbA-trnH序列遗传距离为0~0.128,其中广东省的5个样品间遗传距离整体较小;福建省的4个样品与广西和广东的样品间遗传距离整体较大.不同地理居群巴戟天的rDNA ITS序列遗传距离为0~0.102,其中福建省的永定2号与其他样品遗传距离均较大.基于psbA-trnH和rDNA ITS序列构建的系统发育进化树均将广东省的5个巴戟天样品聚为一支,但rDNA ITS序列构建的系统发育进化树还将广西区的4个巴戟天样品聚为一支,说明其可较好地区分广东省和广西区不同地理居群的巴戟天.[结论]巴戟天遗传结构与地理分布存在一定的相关性,深入研究巴戟天遗传变异与地理分布间的相关性时应以rDNA ITS序列为主、psbA-trnH序列为辅. 相似文献
18.
[目的]利用核糖体DNA(nrDNA)ITS序列和叶绿体DNA(cpDNA)psbA-trnH序列对云南不同地理区域的黄毛草莓进行分子鉴定,并分析不同地理居群间的分子进化及地理分布特征,为黄毛草莓种质鉴定、保护及开发利用提供理论依据.[方法]以云南省12个不同地理区域的黄毛草莓居群样品为材料,PCR扩增其ITS和psbA-trnH序列,并进行双向测序及序列合并,分别基于ITS和psbA-trnH序列及二者合并序列构建系统发育进化树.最后利用DnaSP 5.10对ITS和psbA-trnH序列进行核苷酸多样性(π)及单倍型数目、类型和多样性(Hd)分析,并对黄毛草莓居群进行中性检验及分子进化特征分析.[结果]基于ITS和psbA-trnH序列的聚类分析结果均显示,12个不同地理区域的黄毛草莓居群样品均与GenBank数据库中下载的黄毛草莓聚在一个分支上,分支自展值均大于阈值(75%),表明这两种序列均可用于黄毛草莓种质的分子鉴定.基于二者合并序列的聚类分析结果与上述结果基本一致,但分支自展值达99%,表明该聚类分析结果更可靠.不同地理区域的黄毛草莓ITS序列间的遗传距离为0~0.014,排序为迪庆州>昆明市>文山州,psbA-trnH序列间的遗传距离为0~0.025,排序为昆明市>迪庆州>文山州,推测ITS和psbA-trnH序列均能显示黄毛草莓居群遗传分化与地理分布格局的相关性.ITS序列长度为668 bp,变异位点百分率为1.8%,共有8种单倍型,Hd和π分别为0.894±0.078和0.006,以昆明市黄毛草莓样品的单倍型最多,为4种;psbA-trnH序列有203 bp,变异位点百分率为2.5%,psbA-trnH序列共有5种单倍型,Hd和π分别为0.788±0.090和0.009,以昆明市黄毛草莓样品单倍型最多,为3种,表明两种序列的单倍型均呈现地理分布格局.黄毛草莓ITS和psbA-trnH序列的中性检验Tajima's D值分别为-0.673和0.227(P>0.1),表明云南省12个不同地理区域的黄毛草莓居群保持稳定状态,在截至目前的历史时间内不存在扩张.[结论]从云南不同地理区域采集的样品均为黄毛草莓.ITS序列和psbA-trnH序列均可作为黄毛草莓的DNA条形码,二者的合并序列更能准确鉴定黄毛草莓种,适用于黄毛草莓分子谱系地理学研究. 相似文献
19.
基于nrDNA ITS序列对枸杞雄性不育材料的鉴别 总被引：1，自引：0，他引：1
对7份常规枸杞种质和1份枸杞雄性不育材料的DNA中nrDNA ITS(核糖体DNA基因内转录间隔区)序列进行分析,从分子水平对枸杞雄性不育材料作出鉴定.采用改进CTAB法提取枸杞叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆,对目的片段测序分析.结果显示首次测序得到了枸杞雄性不育材料和其他7份常规枸杞种质的nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度为559～633 bp,平均为612 bp,共有160个变异位点,占25.3%;保守位点473,占74.7%;67个转换位点和31个颠换位点.表明基于nrDNA ITS区序列分析可作为鉴定枸杞雄性不育材料的一种新的鉴别方法. 相似文献
20.
采用简单重复序列区间(ISSR)扩增技术和rDNA转录间隔区(ITS)序列分析技术,对浙江省7个地区34个三叶木通和五叶木通个体的遗传多样性进行分析。结果表明,五叶木通的聚类与海拔呈显著相关,而与土壤有机质含量和pH值相关性不大。对三叶木通进行ISSR分析,筛选出15对引物可获得265条条带,其中多态性条带比例是98.49%。聚类分析表明,同一地区的三叶木通各自聚为一类,说明三叶木通在不同地域间遗传差异显著。三叶木通总的Nei′s基因多样性指数(h)为0.503 3,Shannon′s信息指数(I)为0.689 0,表明三叶木通的遗传多样性较高。通过相关性分析表明,海拔、土壤有机质含量和pH值这3种生态因子与三叶木通遗传多样性的相关性不显著。综上,rDNA ITS序列分析和ISSR分子标记分别适用于五叶木通和三叶木通的遗传多样性分析。本研究表明,海拔与五叶木通的遗传多样性显著相关,三叶木通遗传多样性与海拔、土壤有机质含量和pH值相关性不明显,但不同地域间三叶木通种群的遗传差异明显。 相似文献