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1.
为探究朱砂根的遗传多样性,对收集的16个居群的69份朱砂根样品ITS和matK序列进行双向测序,应用Genious 11.0软件分析2个序列的结构变异,应用MEGA 11.0软件基于Kimura-2-Parameter(K2P)模型,计算居群间遗传距离,采用邻接法(NJ)分别构建系统发育树。结果表明,朱砂根ITS与matK序列长度分别为447～451 bp、844～861 bp, GC含量分别为55.30%～56.30%,33.70%～34.40%,变异位点分别为24个、43个,单倍型多样性分别为0.947、0.917,核苷酸多样性分别为0.013 14、0.006 00;朱砂根ITS序列居群间遗传距离在0.000 4～0.032 0之间,平均遗传距离0.018 4;matK序列居群间遗传距离在0.000 0～0.019 6之间,平均遗传距离为0.008 6。系统发育结果表明,ITS和matK序列都将16个居群的朱砂根聚为2支,且遗传距离较小。研究表明,不同居群的朱砂根具有较为丰富的遗传多样性,且遗传距离与居群地理空间距离有关。ITS较matK序列变异更丰富,更适宜对朱砂根遗传多样性评... 相似文献
2.
《分子植物育种》2017,(4)
银叶真藓是世界广布种。对于分布在中国新疆维吾尔自治区不同地理居群的银叶真藓的遗传结构及遗传多样性的研究还未见报道。本研究以采集的新疆地区18个居群的银叶真藓共47株植物样品,采用改良的快速提取法提取随机单株植物总DNA,运用分子生物学技术分析银叶真藓居群的遗传多样性。研究结果表明:新疆不同地理居群银叶真藓nrDNA ITS序列可分为35种单倍型,存在537个变异位点;分子变异分析(AMOVA)显示有88.76%的遗传变异发生在居群间水平,居群内部的遗传变异为11.24%,银叶真藓居群间的遗传分化程度大于居群内的遗传分化。居群遗传变异的分化系数(Fst)为0.887 59,基因流值(Nm)为0.063 3,由于Nm值小于1,可以说明各居群间的基因流低。单倍型多态性水平(Hd)为0.982±0.010,核苷酸多态性水平(Pi)为0.170 87±0.028 67。 相似文献
3.
麦冬遗传多样性的RAPD分析及分子指纹图谱构建 总被引：1，自引：0，他引：1
以福建莆田、泉州、福安等地及浙江崇寿、湖北襄樊、四川三台等地34个自然居群的麦冬类植物为试材,以80 条 10 碱基随机引物进行RAPD 分析,研究百合科植物麦冬及山麦冬不同自然居群间的遗传多样性。试验筛选出15条有效引物,共扩增获得 1566条DNA多态性带,通过聚类分析,构建DNA 分子系统树图,确定了其居群及种间亲缘关系。结果表明,不同自然种群间麦冬类植物遗传差异明显,具有丰富的遗传多样性,其中野生资源比栽培类型遗传多样性更大;不同自然居群间遗传差异与地理分布联系并不紧密,而与形态差异联系较密切。 相似文献
4.
《分子植物育种》2020,(18)
为了从分子水平分析山西省高粱地方品种的遗传多样性和遗传结构,本研究从140对SSR引物中筛选到22对条带清晰且多态性稳定的引物,对来自于山西省11个地区66个县市的158份高粱材料进行了遗传多样性分析,结果共检测到147个等位基因的位点变异,平均等位基因数为6.68。每个SSR位点的多态性信息含量(PIC)平均为0.635,变异范围为0.168～0.870,表明山西高粱的地方品种具有较丰富的多态性。针对11个不同地理居群的遗传多样性分析表明,不同的地理居群间遗传分化水平差异较大,地理居群间存在不同程度的基因交流。无论从等位基因数、有效等位基因数还是Shannon's信息指数上,都可以看出忻州居群的遗传多样性最高,而阳泉居群的最低。针对不同地理居群间遗传距离的分析结果表明,忻州居群和晋中居群的遗传距离最小,两个群体的亲缘关系较近,基因交流比较频繁。而阳泉居群和其他居群间的遗传距离都较大,显示阳泉居群与其他居群之间的基因交流阻隔,进一步显示了阳泉居群的独特性。基于模型的遗传结构分析和基于遗传距离的N-J聚类分析都将种质材料划分为2个类群,不同地区高粱资源居群间的遗传关系远近与其地理信息并没有明显的相关性。本研究旨在为高粱种质资源的收集、鉴定与创新提供理论依据。 相似文献
5.
旨在分析5个不同居群蓼蓝的遗传多样性及亲缘关系,为蓼蓝种质资源的保护和开发利用提供分子依据。以5个不同居群的蓼蓝为实验材料,利用简单重复序列(ISSR)分子标记技术进行遗传多样性分析;使用Popgene 32软件对扩增结果进行分析;使用NTsys2.10e软件按非加权配对算数平均法(UPGMA)构建居群间遗传距离聚类图。结果表明,23条引物共扩增出155个位点,其中148个为多态性位点;Nei′s基因多样性指数(H)为0.3538,Shannon多样性指数(I)为0.5234,基因分化系数(Gst)为0.4096,基因流(Nm)为0.7206;以遗传距离0.234为阈值可将5个居群分为三类,其中日本居群和其他居群间显示出较大差异。本研究结果显示蓼蓝居群间遗传差异与地理距离呈现一定相关性,对蓼蓝遗传多样性及种质资源的保护利用提供了理论基础。 相似文献
6.
采用SSR分子标记技术,对贵州22份野生白三叶(Trifolium repens)样品遗传多样性及亲缘关系进行了研究.结果表明,利用20对SSR引物共扩增出202条带,其中169条带具有多态性,多态性位点达83％;根据SSR标记的多态性计算不同采样地野生白三叶样品之间的遗传距离(GD),22份样品之间遗传距离介于0.140 6～0.630 4之间,说明样品间遗传差异较大;聚类分析结果,当相似系数为0.64时,22份白三叶被分成3类:第1类只有W14,表明W14与其余材料的亲缘关系较远;第2类包括W2、W4、W8、W18居群,表明这4个居群相似性较大,遗传距离较近;第3类包括17个居群,居群间有着复杂的遗传关系.研究结果表明,22份贵州野生白三叶的遗传多样性十分丰富. 相似文献
7.
通过分析评价野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt.)资源居群遗传多样性和遗传结构,同时构建核心种质,为刺梨资源的保护和发掘利用提供科学依据。本研究利用10对EST-SSR引物和9个果实品质性状指标对收集的12个刺梨自然居群(共102份种质)的遗传多样性及遗传结构进行分析,同时结合原贵州省32份初级核心种质,采用位点优先取样策略进一步构建西南地区核心种质。结果表明,黔西(QX)居群拥有最高的Shannon信息指数I=0.6965,基因多样性指数h=0.3935,多态位点百分率p=84.62%;而古丈(GZ)居群则无论在分子数据还是表型数据都表现为遗传多样性最低;AMOVA分析表明刺梨居群内遗传变异在87%以上,居群间基因流Nem在3.5以上、平均Nei’s遗传距离(GD)0.223。构建的19份核心种质等位基因保留率和稀有等位基因保留率均为100%,能够代表原种质的遗传多样性。西南地区野生刺梨的遗传变异主要发生在居群内,居群间具有基因交流频繁、Nei’s遗传距离小等特点,构建的19份核心种质从等位基因保留率、稀有等位基因保留率及地理分布均能够较好地代表原种质的遗传多样性。自然居群以黔西(QX)居群遗传多样性最高。因此,野生刺梨的保护策略可采用就地保护黔西(QX)居群与迁地保护19份核心种质相结合的方法进行。 相似文献
8.
本研究旨在为新疆扁桃种质资源的分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。以24份扁桃种质为材料,提取DNA后对ITS序列进行PCR扩增及测序,测序结果与序列KC862380(Prunus lusitanica var.)比对,获得ITS1、5.8S与ITS2序列。利用相关生物信息学软件对ITS1与ITS2序列分别计算变异位点和简约信息位点等,构建UPGMA系统发育树。结果显示,ITS1与ITS2序列对位后长度分别为230 bp和277 bp,含丰富的变异位点和简约信息位点。基于ITS1序列的UPGMA树的遗传距离在0.00~0.01之间,‘鹰嘴’、‘矮丰’及‘石子’各自成一支。基于ITS2序列的UPGMA树其遗传距离在0.000~0.006之间,‘鹰嘴’与‘石子’聚为一支。研究表明,5.8S rDNA序列保守性极强,ITS1序列的变异信息大于ITS2序列,并且其碱基的缺失和替换多于ITS2序列,可能是导致系统发育树结果存在差异的原因。 相似文献
9.
《分子植物育种》2017,(6)
利用ISSR标记技术对新疆天山樱桃的4个野生居群44份种质的遗传多样性进行分析。研究发现26条ISSR引物共检测到236个位点,其中多态性位点175个。Nei's基因多样度指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为0.207 3和0.318 8,各居群间遗传分化系数(Gst)为0.228 2,基因流(Nm)为1.691 1,认为天山樱桃遗传分化水平较低,居群间基因交流频繁,遗传变异主要存在于居群内。基于遗传距离(GD)的聚类图可知,喀拉峻与大西沟居群遗传关系最近,与裕民县居群遗传距离(GD)较远,4个天山樱桃居群中大西沟居群遗传多样性最高,本研究可为天山樱桃种质资源的有效保护和利用提供理论依据。 相似文献
10.
《分子植物育种》2021,19(11):3579-3587
为评价nrDNA ITS序列对榧树属(Torreya)植物的鉴定能力,本研究利用ITS序列和4种不同的分析方法(BLAST比对, K2P遗传距离, SNP位点分析及邻近NJ树)对榧树属植物进行物种鉴定,建立系统进化树讨论其亲缘关系。结果显示,48条ITS序列长度为1 095～1 105 bp,种内平均遗传距离为0.001 6,种间平均遗传距离为0.015 0。在物种水平,BLAST比对和NJ树对榧树属植物鉴定效率最高,SNP位点分析可有效鉴定香榧和榧树。亲缘关系分析显示,榧树属其他各种均呈单系分支,但云南榧树与巴山榧树在聚类树中聚为一支,表明二者亲缘关系极近,为近年提出云南榧树并入巴山榧树提供了核基因组序列的佐证。本研究表明ITS序列可作为榧树属物种鉴定的DNA条形码,为榧树属物种鉴定和系统关系提供参考。 相似文献
11.
龙脑香科(Dipterocarpaceae)濒危植物望天树(Parashorea chinensis)目前仅局限分布于热带亚洲北部边缘,目前已受到特别的保护,但有关其遗传特性的研究很少.在本研究中,使用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对望天树7个天然居群进行了遗传多样性和群体遗传结构的研究.望天树7个天然居群(194个个体)用20个随机引物进行了扩增,48.22%的RAPD位点为多态位点,平均每个居群的多态位点百分比为20.84%.居群内的平均基因多样度为0.7870(用Shannon表型多样性指数来测量),整个物种的基因多样度为1.4100,居群内的基因多样度为55.82%,居群间的基因多样度为44.18%.GST平均值为0.4448.AMOVA 分析表明37.67%的遗传变异存在于地区间,11.40% 存在于地区内的居群间,而50.93% 则存在于居群内.结果揭示了望天树低水平的遗传多样性和很强的地区居群分化,这可能是由于望天树在其进化历史上,居群不断的减小及再扩张所引起的居群瓶颈所造成的.相关分析没有检测到居群大小和遗传多样性大小的正相关,而居群间的遗传距离和地理空间距离检测到了显著的正相关.所得结果对该物种保护策略的制定有指导作用. 相似文献
12.
《分子植物育种》2017,(10)
红豆树(Ormosia hosiei Hemsl.et Wils)是中国特有的珍稀濒危植物,但其遗传信息了解较少。为进一步完善红豆树遗传背景研究,采用SSR分子标记技术对江西省资溪县泸溪河、福建省柘荣县茜洋溪和浙江省龙泉市瓯江上游等3个小流域的9个红豆树天然居群的遗传多样性及遗传分化进行分析。本研究利用12对SSR引物在193个个体中共检测到171个等位基因,每个位点平均14.3个。不同小流域间和同一小流域内(西溪支流)不同居群的遗传多样性皆维持较高水平(HE0.720),但也均存在一定程度的近交(Fis0);不同流域的遗传多样性由高到低顺序:OJ(HE=0.835)、XYX(HE=0.829)、LXH(HE=0.796);西溪支流内不同居群间遗传多样性也存在一定的差异,如处在柘荣茜洋溪-西溪中游的富溪居群其遗传多样性水平最高(HE=0.771),而其上游的东源和下游的宅中居群的遗传多样性则相对较低。不同水平(流域和居群水平)的AMOVA分析表明,遗传变异主要存在于流域内和居群内,流域间或流域内居群间的遗传分化皆属于中等程度。基于遗传距离的聚类分析和Structure分组分析均表明,3个小流域的9个天然居群可归为2大群组,其中江西泸溪河小流域(LXH)和福建茜洋溪小流域(XYX)的6个居群(JXMTS,JXBHQ,FJDY,FJFX,FJCP和FJZZ)归为一群组,而浙江瓯江小流域的3个居群(ZJFX-1,ZJFX-2和ZJBD)则单独归为另一群组,且第一群组内居群间还存在较明显的遗传分化。因此,研究认为,研究的3个小流域红豆树天然居群维持较高的遗传多样性,这可能是其生境片段化前的反映。第一群组内(LXH和XYX)的遗传分化可能与居群大小、分布及生境有关,而第二群组内(瓯江上游流域)的居群则起源于一个较大的居群。 相似文献
13.
采用ISSR分子标记技术对来自国内7个省市自治区的49个扁蓿豆居群的遗传多样性及生态因子的相关性进行分析,为扁蓿豆种质资源的保护利用提供理论依据和技术支撑。研究结果表明：采用筛选的15个条带清楚且稳定的引物,共获得127个扩增位点,其中,多态性位点110个,多态性位点的比例为85.61%,平均每个引物的多态扩增位点为7.33个;居群间基因多样性指数、Shannon指数、基因分化系数3个指标均大于地区间,内蒙古地区的遗传多样性较丰富,北京地区的遗传差异较小;聚类和主成分分析将49个扁蓿豆居群分为6大类,供试扁蓿豆种质资源呈现出较好的地域性分布规律;基因多样性指数、Shannon指数及多态位点百分率均与年降水量呈显著负相关。 相似文献
14.
《分子植物育种》2017,(10)
柔叶真藓(Bryum cellulare Hook.)是真藓属植物。目前对分布在新疆阿尔金山国家级自然保护区不同地理居群的柔叶真藓遗传多样性研究还未见报道。本研究以采自于该保护区四个不同地理居群的柔叶真藓为样品对其18S核糖体RNA基因(18S r DNA)序列进行分析。结果表明:样本测序拼接完成后的序列长度在1 712~1 761 bp之间,进行空位剪切及比对后长度为1 698 bp。整个序列中有三个碱基位置上的差异,其中变异位点有12个,A、T、C、G的平均含量比率分别为24%、27%、23%、26%。再通过从NCBI的Gen Bank进行同源性搜索得到的相似性序列均属于真藓属,增大了序列的可靠性。将与其序列结合检测遗传距离及构建系统进化树,进行同源性分析可知,这种差异由于18S核糖体RNA基因序列本身的特性,表明种群的遗传距离与地理环境和位置有一定的相关性,其中在环境的变化及变异的可能性对四个不同地理居群的柔叶真藓植物有影响。 相似文献
15.
榴莲蜜为桑科木菠萝属热带稀有水果，原产马来半岛，近年在海南引种栽培成功。为了区分25份材料以及鉴定它们的亲缘关系的远近。本研究利用形态学，DNA条形码和ISSR分子标记技术对23份榴莲蜜和2份菠萝蜜种质进行种类鉴别以及亲缘关系分析，以探讨海南榴莲蜜种质资源的遗传多样性。结果表明通过对叶片刚毛性状的鉴定，可将25份种质资源分成3类。以ITS2序列和psbA-trnH序列作为DNA条形码，分别将25份种质资源分成5大类和3大类，2种序列都无法将25份材料完全进行区分，但都可将榴莲蜜LLM-10与其他榴莲蜜种质区分开来，其中，LLM-10与菠萝蜜的亲缘关系最近。从ITS2序列和psbA-trnH序列差异位点图来分析，psbA-trnH序列变异位点多，遗传变异信息丰富。ISSR分子标记技术分析了25份种质资源的遗传多样性，菠萝蜜和榴莲蜜样本的遗传相似系数在0.57～0.80，榴莲蜜样本之间的遗传相似系数在0.59～0.90，说明菠萝蜜种质与榴莲蜜种质之间，榴莲蜜与榴莲蜜种质之间的遗传变异幅度都较大；UPGMA聚类图将25份材料分成5大类，其中榴莲蜜LLM-10独自聚成1类，这与形态学和DNA条... 相似文献
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濒危植物望天树的遗传多样性和居群遗传结构 总被引：8，自引：0，他引：8
龙脑香科(Dipterocarpaceae)濒危植物望天树(Parashorea chinensis)目前仅局限分布于热带亚洲北部边缘，目前已受到特别的保护，但有关其遗传特性的研究很少。在本研究中，使用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对望天树7个天然居群进行了遗传多样性和群体遗传结构的研究。望天树7个天然居群(194个个体)用20个随机引物进行了扩增，48．22％的RAPD位点为多态位点，平均每个居群的多态位点百分比为20．84％。居群内的平均基因多样度为0．7870(用Shannon表型多样性指数来测量)，整个物种的基因多样度为1．4100，居群内的基因多样度为55．82％，居群间的基因多样度为44．18％。GsT平均值为0．4448。AMOVA分析表明37．67％的遗传变异存在于地区间，11．40％存在于地区内的居群间，而50．93％则存在于居群内。结果揭示了望天树低水平的遗传多样性和很强的地区居群分化，这可能是由于望天树在其进化历史上，居群不断的减小及再扩张所引起的居群瓶颈所造成的。相关分析没有检测到居群大小和遗传多样性大小的正相关，而居群间的遗传距离和地理空间距离检测到了显著的正相关。所得结果对该物种保护策略的制定有指导作用。 相似文献
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黄淮海50份大豆种质资源SSR遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《种子》2021,(8)
利用42对SSR标记对黄淮海地区的50份大豆种质材料进行遗传多样性分析。结果表明,从供试材料的基因组中扩增出203条带,多态性条带198个,多态位点百分率(PPB)为97.54%。平均等位基因数(Na)为1.952 4,平均有效等位基因数(Ne)为1.417 2,平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.267 2。遗传多样度(Ht)为0.270 4,居群内遗传多样度(Hs)为0.259 1,居群间遗传分化系数(Gst)为0.141 7,基因流(Nm*)为3.03。黄淮海北部大豆种质的有效等位基因数(Na)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s信息指数(I)均大于黄淮海南部。研究表明,42对SSR引物具有丰富的多态信息。经UPMGA聚类分析,50份黄淮海大豆种质材料分为2个类群,与2个居群结构基本一致。居群间遗传距离较小,相似系数较大,存在中低度遗传分化。居群内部个体差异较大,居群之间存在丰富的基因交流。黄淮海北部大豆种质资源的遗传多样性较黄淮海南部高,黄淮海北部大豆种质资源较为丰富。 相似文献
19.
《分子植物育种》2021,19(18):6235-6247
为了从分子水平揭示福建省不同野生居群朱砂根的遗传多样性水平,本研究采用荧光ISSR分子标记对福建省20个朱砂根野生居群共255个样株的遗传多样性及遗传结构进行了分析。5条ISSR荧光引物共扩增出谱带为186条,其中多态性谱带为96条,多态性平均百分率达到55.77%。居群的多态位点百分比(PPL)在37.65%～80.39%之间,观测等位基因数(Na)在1.376 5～1.803 9之间,Shannon指数在0.200 0～0.367 2范围内,Nei's基因多样度(H)于0.125 6～0.242 5之间、有效等位基因数(Ne)为1.192 3～1.407 9,以上数据表明朱砂根居群遗传多样性较丰富。居群间的遗传变异(Dst)为0.059 2,小于居群内遗传变异(Hs)。居群间的基因流为1.4335(1),具有较高的基因流动。不同居群的遗传一致度于0.6201～0.9782之间,遗传距离于0.024 2～0.559范围内,证明了朱砂根各居群间的亲缘关系接近。对遗传距离与地理距离进行Mantel相关性分析发现无显著相关性。通过对朱砂根各居群样株进行主坐标分析,发现居群间亲缘关系远近和地理分布规律无较明显的相关性,但居群间基因流动较密切,且具备一定程度的遗传分化,并依据Structure遗传结构分析,把居群划分为两大类的结果与主坐标分析相似,且居群间存在较高的遗传渗透。本研究为今后构建朱砂根资源核心种质库,优良性状种源的筛选与储存、引种及驯化及种群保护策略的制定及新资源的开发提供相关的理论依据。 相似文献
20.
《分子植物育种》2016,(5)
本研究旨在为扁桃种质资源鉴定提供分子生物学依据,为今后我国扁桃种质资源的开发、保护及利用提供科学依据。以新疆10份扁桃种质为研究材料,提取总DNA,利用通用引物对ITS序列进行PCR扩增及测序。测序结果与获得的序列KC862380进行比对,得到ITS2序列。对10个样品的ITS2序列进行G+C含量统计,多重序列比对后计算变异位点与简约信息位点,并构建UPGMA系统进化树。运用最邻近能量参数的自由能最小原理对其RNA的二级结构进行在线预测。结果表明,ITS2序列对位后长度为277 bp,包括14个变异位点和2个简约信息位点,在第84位存在碱基缺失。构建基于ITS2序列的UPGMA系统进化树中,遗传距离为0.000~0.008,‘纸皮’、‘公巴旦’与‘小双’3个种质各自为一支。‘公巴旦’与‘小双’的ITS2序列二级结构与其他种质差异较大,‘双果’的ITS2序列二级结构虽然与大部分种质存在差异,但都在螺旋结构V上存在一个5'-CGCAAG-3'的凸环结构,在聚类图中与‘阿曼尼沙’和‘鹰嘴’构成姐妹群。本试验发现,利用ITS2序列聚类,扁桃种质能被分成多类。不同扁桃种质的ITS2二级结构存在差异,其中‘公巴旦’与‘小双’的ITS2序列二级结构的螺旋区域在大小和数量以及位置上存在较大物种差异。结合UPGMA系统进化树发现,‘公巴旦’与‘小双’同其他种质的遗传距离最远,这与其二级结构有着密切的联系。 相似文献