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1.
《分子植物育种》2016,(9)
樟树(Cinnamomum camphora(L.)Presl)是一种具有材用、药用、油用、香料和生态环境建设等多种用途的樟科植物代表种。本研究以樟树幼嫩叶片为材料,通过提取高分子量核DNA(HMW-DNA)构建了第一个樟树细菌人工染色体(BAC)文库。该文库一共有36 960个克隆,平均插入片段为120 kb,覆盖樟树全基因组5.7倍左右,空载率小于1%。随机挑选10个BAC克隆进行末端测序说明BAC克隆为正常可用的单克隆。以此为基础,对樟树的BAC文库进行了测序,最终得到287.28 G的数据。樟树基因组BAC文库的构建,为樟树重要功能基因的克隆、功能验证、物理图谱的构建和全基因组测序等研究工作奠定了基础。 相似文献
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一种高通量提取棉花BAC-DNA的方法 总被引：4，自引：0，他引：4
从文库中筛选目标克隆组成重叠克隆群(contigs)是利用 BAC ( bacterial artificial chro mosome)文库构建物理图谱,进一步进行图位克隆的重要步骤。文库的筛选按原理可分为探针杂交法和PCR法两种。与探针杂交法相比 PCR法具有周期短,灵敏度高,操作简单的特点,因此得到广泛应用。但是,即使利用各种混合策略,相对于数万的文库克隆来说,BAC DNA 的提取仍是PCR法筛选文库不可避免的问题。因此,我们开发了一种高通量的 BAC DNA提取方法,实现在8 h内完成多达 960 个样品的高通量提取,DNA产量达到4~6μg,样品无交叉污染并且避免了… 相似文献
3.
中国水仙BAC文库构建的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为更深入地挖掘中国水仙的基因组信息,筛选与中国水仙品质相关的功能基因,以中国水仙品种‘金盏银台’的黄化叶片为材料,采用改良Zhang法获得高分子量核DNA,经酶切、连接和转化,首次构建了中国水仙基因组BAC文库。结果表明,采用改良zhang法获取的核DNA分子量大于1 Mb,适合BAC文库的构建;优化了连接、转化体系,发现载体和插入片段的摩尔比为5:1时,连接、转化效率最高;经检测,该文库包括69120个克隆,插入片段的平均大小约87 kb,空载率小于1%,大约50%的克隆大小在80~90 kb之间;Southern blot结果表明该文库未受到细胞器DNA的污染。 相似文献
4.
细菌人工染色体(Bacterial artificial chromosome, BAC）文库是开展基因组测序、基因图位克隆、分子标记、物理作图等研究的重要基因组资源。本文在构建了二倍体野生棉阿非利加棉（Gossypium herbaceum var. africanum）BAC文库的基础上,就棉花细菌人工染色体基因组文库构建过程中高分子量基因组DNA的提取、部分酶切片段选择、DNA的回收、连接转化以及BAC文库的保存等过程中一些细节和注意事项进行了比较详细的分析比较,希望能为棉花BAC文库的构建提供一些可供借鉴的经验。 相似文献
5.
DONG Qing-Yuan MA De-Qing YANG Xue LIU Yong HUANG Chang-Jun YUAN Cheng FANG Dun-Huang YU Hai-Qin TONG Zhi-Jun SHEN Jun-Ru XU Yin-Lian LUO Mei-Zhong LI Yong-Ping ZENG Jian-Min 《作物学报》2020,46(6):869-877
烟草是重要的模式植物。本研究利用pIndigoBAC536-S载体及Hind III限制性内切酶酶解烟草基因组DNA的方法,构建了烟草新品系14-60的细菌人工染色体(BAC)文库。该文库共包含414,720个克隆,保存在1080块384板中。随机挑选的120个烟草BAC克隆检测结果表明,外源插入片段大小为97.0～145.5 kb,平均约为123 kb,空载率极低(0),覆盖烟草基因组11倍。用烟草hem A基因、eIF4E-1基因、NtFT基因的特异引物进一步验证,该文库质量高、可用性强,为烟草黑胫病抗性基因的克隆以及其他重要农艺性状和品质性状等功能基因克隆研究提供了基础资源。 相似文献
6.
《分子植物育种》2017,(11)
获得高质量的高分子量核DNA(HMW-DNA)是大片段DNA插入BIBAC载体的重要前提。为避免多酚等次生代谢物质对DNA的污染,前人研究多以黄化苗为材料。本研究对传统的Zhang等(1995)方法进行改良,以野生耐盐芦苇(Phragmites australis Trin.)的成熟叶片为材料,成功制备了高质量的芦苇高分子量核DNA(HMW-DNA)。改良Zhang法适合野生耐盐芦苇HMW-DNA的提取,提取过程更加温和,得到的细胞核相对纯净、完整度较高,后续蛋白酶K消化效果好,便于酶切。脉冲场凝胶电泳显示,本研究方法所制备的野生芦苇HMW-DNA的分子量大于1 Mb,经Bam HⅠ酶切后可获得较多的100~200 kb大片段DNA。因此,野生耐盐芦苇高分子量DNA质量完全满足芦苇BIBAC文库构建的要求。 相似文献
7.
《分子植物育种》2016,(8)
细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)文库是开展基因组测序、基因图位克隆、分子标记开发、物理作图等研究的重要基因组资源。本研究以二倍体野生棉雷蒙德氏棉(G.raimondii,D5)为材料,从成株期暗培养的黄化幼嫩叶片中得到纯净、完整和高质量的基因组DNA。经脉冲场凝胶电泳检测,所提取基因组DNA大于700 kb。经酶切、片段选择、连接转化,构建了雷蒙德氏棉的基因组BAC文库,文库共包含26 880个克隆,平均插入片段为127 kb,覆盖该棉种全基因组的3.7倍左右,克隆空载率小于5%。该文库的构建,为雷蒙德氏棉基因组物理图谱的构建、功能基因的定位与克隆、以及比较基因组研究提供了重要的基因组资源。 相似文献
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高纤维强力棉花种质系苏远7235 BAC文库的构建 总被引：1，自引：3，他引：1
苏远7235是我国利用异常棉等多个野生种创造的高纤维强力棉花种质系,是开展棉花纤维品质研究的重要材料。本研究以pIndigoBAC-5(HindIII-cloning ready)为载体,构建了苏远7235的细菌人工染色体(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)文库,该文库包含30336个BAC克隆。分析结果表明,重组克隆苏远7235 DNA插入片段为50-140 kb,平均120 kb,空载率2.1%,89.6%的克隆插入片段大于100 kb。 相似文献
10.
棉花细菌人工染色体文库构建的方法优化 总被引：4，自引：1，他引：4
以我国抗病、优质、丰产的棉花优良品种中棉所12号为材料,对棉花细菌人工染色体(BAC)文库构建过程中的一些关键技术,如plug的制备、DNA的部分消化、酶切片段的选择、插入片段与载体的摩尔比值、连接产物的浓缩等进行了研究,建立了构建棉花BAC文库的适宜方法体系。依照该方法初步构建了含有38000个克隆的棉花BAC文库。经检测,插入片段平均大小约为120kb,蓝斑率小于0.5%,空载率小于1%。插入片段与载体的最适摩尔比为1∶15,一次转化可以获得约2000个克隆,cfu·μl 1高达4。该方法为进一步构建中棉所12号多倍基因组的BAC文库、从而进行棉花基因组有关研究奠定了基础。 相似文献
11.
一种玉米叶片基因组DNA快速提取新方法的初步研究 总被引：8，自引：0，他引：8
在玉米分子标记辅助育种工作中,需要对大量群体的个体样本进行分子标记分析,其中DNA的高效快速提取是关键的技术环节。以异硫氰酸胍为主要提取试剂,结合使用组织研磨器(Qiagen Tissuelyser),建立了一种玉米叶片基因组DNA的快速提取新方法。利用此方法提取玉米叶片基因组DNA,具有使用药品少、操作步骤简单、快速、成本低、DNA质量稳定等优点,通常情况下每人每个工作日可以提取300个DNA样品。此DNA提取方法可有效地用于玉米分子标记分析。 相似文献
12.
分子标记辅助选择需要大批量的DNA样品,快速提取DNA的方法是提高选择效率的关键。研究比较多种植物DNA的提取方法,通过优化改进,建立了适于棉花叶片基因组微量快速提取的新方法。该方法增加缓冲液预处理及在TPS缓冲液中添加PVP40,采用PCR板批量取样、微型手电钻磨样,省去了蛋白抽提、DNA沉淀、洗涤、风干、溶解等步骤,免去氯仿和异戊醇的使用。本方法具有低成本、快速、高通量、操作简单等特点,而且能确保提取的棉花DNA的浓度和纯度达到要求,满足大批量样本SSR分子标记辅助育种工作的需要。 相似文献
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Evaluation of 'quick and dirty' DNA extraction methods for marker-assisted selection in rice (Oryza sativa L.) 总被引：2，自引：0，他引：2
Six simple methods for extracting DNA from rice seedlings were evaluated for marker‐assisted selection (MAS). The assessment of each method was based on PCR amplification of SSR markers, DNA yield and purity, time and cost. Based on these criteria, two methods were selected as being superior to other methods. The best two methods included the standard method developed at the International Rice Research Institute (IRRI), which utilizes a sodium dodecyl sulfate extraction buffer followed by chloroform/isoamyl alcohol extraction and a previously published method using sodium hydroxide and Tris. These two methods produced nearly identical PCR amplification results. The sodium hydroxide method is considerably simpler, quicker and cheaper than the standard IRRI method, and may be particularly useful for many applications of MAS or high‐resolution mapping. This method was also adapted into an effective high throughput method utilizing 96‐well plates emphasizing its versatility. 相似文献
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分子标记技术在油菜育种中的应用 总被引：12，自引：0，他引：12
建立在DNA基础之上的分子标记技术是一种较为理想的遗传标记方法,近年来发展迅速,有望在提高选择效率,培育好的油菜品种方面发挥较大的作用。本文从遗传图谱构建、亲缘关系、遗传多样性和分子标记辅助选择等方面综述了分子标记技术在油菜遗传学研究以及油菜育种中的应用。 相似文献
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黏类小麦细胞质雄性不育系mtDNA消减文库的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究利用抑制性消减杂交技术,构建了黏类小麦细胞质雄性不育线粒体DNA的消减文库。分别提取相同细胞质背景下的不育和可育等基因系线粒体基因组DNA(mtDNA),用RsaⅠ酶切成大小不等的片段,并各自与不同的接头连接,连续经过两次消减杂交和两次PCR扩增,将PCR产物与克隆载体连接,转化为大肠杆菌感受态细胞DH5α,经蓝白斑筛选后,再用PCR方法插入片段筛选出阳性重组质粒,构建差异DNA消减文库。在构建的不育mtDNA文库中,将SSH文库的全部扩增产物与SSH文库中的单条扩增条带分别进行胶回收和克隆转化,分别挑取54个和6个阳性克隆进行测序分析和相关功能初步比对。结果表明,不育mtDNA的SSH文库差减杂交效率较高,质量较好;回收单条扩增条带分别进行克隆测序的结果准确率较高;对测序序列进行BLASTx比对及功能注释分析发现,约90%的序列来源于线粒体基因nad1和nad5的非编码区。 相似文献
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太谷显性核不育基因用于抗逆性育种的效应 总被引：1，自引：0，他引：1
利用太谷核不育小麦，采用改良半姐妹和混合轮选及隔代回交轮选三种方法进行抗逆性育种。结果表明，改良半姐妹和混合轮选对群体主穗粒数、单株粒重、百粒重等主要产量性状和抗干热风能力均有显著改良效果。改良半姐妹比混合轮选改进幅度大，且对降低群体株高有极显著效果；而混合轮选对降低株高效果不明显；两群体各主要经济性状有向选择目标集中，变异度下降的趋势。用隔代回交轮选法改造丰抗２号效果显著，升选系抗干热风，抗寒性 相似文献
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为了优化碱解法提取菠菜基因组DNA的方法,并为大批量育种材料的分子标记筛选奠定基础,本试验以菠菜幼嫩叶片为试材,以PCR扩增效果为主要依据,研究NaOH浓度、水浴温度与方法、吐温20浓度对菠菜DNA提取质量的影响。结果表明：以0.4 mol/L NaOH为提取液研磨后沸水浴1 min提取的菠菜DNA的PCR扩增效果明显好于常温处理。样品不经研磨、可直接用PCR扩增仪99℃、4 min代替沸水浴加温并省去离心步骤,此时以0.4 mol/L NaOH+0.5%吐温20为提取液时PCR扩增效果最佳。提取DNA的A260/A230比值较高时PCR扩增效果较好,因此A260/A230比值是评价提取DNA质量的最优指标。本试验优化了碱解法简便快速提取菠菜DNA的技术规程,达到了理想的PCR扩增效果。 相似文献
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本研究利用农杆菌介导IPT(isopentenyl-transferases,异戊烯基转移酶)基因转化喀斯特特有甘蓝型油菜自交品种S65,在无激素的筛选培养基中获得再生植株14株,PCR检测12株外源基因整合入油菜基因组中.对其中5株转基因植株及5株野生型植株人工接种蚜虫试验,研究超量表达IPT基因油菜对蚜虫的抗性.结... 相似文献
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用温敏核不育水稻N8S作工具,选用长江流域早籼品种怀早4号、香2B和早优1号做材料,在兼顾综合性状的基础上,对温敏核不育水稻柱头外露率进行群体改良研究.结果表明,不同群体改良方法对水稻柱头外露率的改良效果不同.二次随机多交的改良效果最好;一次随机多交后混合选择的效果次之;单纯混合选择的效果最差.柱头外露率、包颈率和闭颖率3个异交习性都较理想的单株的频率以2次随机多交群体最高;1次随机多交后的混合选择群体次之;单纯混合选择群体最低. 相似文献
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