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南瓜 NBS类抗病基因同源序列的克隆与分析 总被引：2，自引：0，他引：2
依据已克隆植物抗病基因的保守氨基酸结构域合成相应简并引物,通过PCR扩增从南瓜基因组DNA中分离了8条南瓜抗病基因同源序列,通过对其编码的氨基酸序列分析表明这些RGAs均含有P-loop及GLPL等植物抗病基因中的保守结构域.经BLAST分析表明,分离的南瓜RGAs与已报道的甜瓜等植物的RGAs有较高的同源性.南瓜RGA的分离将为进一步从南瓜中分离功能性抗病基因打下基础,也为研究南瓜种质资源的起源与进化提供借鉴. 相似文献
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几个抗疫病性不同的辣椒材料抗病基因同源序列的分离与比较 总被引：13，自引：0，他引：13
根据已克隆抗病基因的保守序列设计简并引物, 对9 个不同抗、感疫病的辣椒种质材料基因组DNA 进行抗病基因同源性序列的特异PCR 扩增, 经序列测定和同源性分析发现14 个抗病基因同源性序列(RGAs) 与辣椒抗疫病作用相关, 其中B 引物扩增的8 个RGAs 与烟草抗花叶病基因N 、拟南芥抗丁香假单菌基因RPS2 和亚麻抗锈病基因L6 的同源性较高, 属于广谱(细菌、病毒、真菌) 抗病基因同源序列; C 引物扩增的6 个RGAs 与番茄抗叶霉病基因Cf2 和Cf9 有较高的同源性, 与抗疫病作用密切相关。研究还发现, 高感疫病的辣椒基因组中也存在抗疫病相关RGAs , 这与已报道的辣椒抗疫病微效QTLs 位点则来于感病亲本基因组的研究结论一致。 相似文献
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从莲种子发育中期胚cDNA文库中克隆得到的防御素基因cDNA全长561bp,GenBank登录号为EF421192。分析发现该基因234bp的开放读码框编码77个氨基酸的多肽序列,除信号肽序列外与其它不同来源的植物防御素基因有较高同源性,将其命名为NnDefensin。NnDefensin蛋白带有30个氨基酸的信号肽,具有8个半胱氨酸的高度保守结构等典型的植物防御素特征,成熟肽部分含有γ–硫素蛋白功能结构域。在系统进化上NnDefensin与单子叶植物中的粳稻和小麦的同源蛋白,以及车前草同源蛋白亲缘关系较为接近。通过PCR扩增克隆莲胚防御素基因片段并连接到载体pBI121和带有花生油体蛋白种子特异启动子的载体pAhOleo17.8︰GUS中,成功构建了35S启动子控制的植物表达双元载体pBI121-NnDef和种子特异表达双元载体pAhOleo-NnDef,为该基因的功能鉴定及通过基因工程方法提高转基因植物以及种子的抗病能力奠定基础。 相似文献
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番木瓜丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类抗病基因同源序列的克隆与特征分析 总被引：2，自引：0，他引：2
根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类抗病基因产物催化结构域Ⅰ和Ⅸ的氨基酸保守序列设计简并引物,PCR扩增番木瓜叶片基因组DNA和cDNA。在NCBI中用BlastX比对发现,5个来自基因组DNA的克隆和4个来自叶片cDNA的克隆可能编码的氨基酸残基序列属于STK蛋白激酶类抗病基因同源序列片段和受体样蛋白激酶基因的同源片段,命名为gPK1-gPK5和cPK1-cPK4,在GenBank注册得到序列号分别为AY693385-AY693389,AY738762-AY738765。除克隆gPK5含有内含子之外,其它都发现了连续阅读框ORF。通过分析除Gpk5之外的8个克隆可能编码氨基酸序列中丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类蛋白激酶的9个催化保守结构域Ⅰ-Ⅸ,并利用ClustalW软件对8个克隆和已报道的抗病蛋白水稻Xa21和西红柿Pto氨基酸残基序列进行分子系统进化树分析发现,8个克隆不仅是受体样蛋白激酶基因的同源片段而且是抗病候选基因片段。 相似文献
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《中国南方果树》2016,(6)
在获得MaTPS2基因全长序列的基础上,采用同源序列比对、聚类分析、实时定量PCR等技术初步探讨香蕉MaTPS2基因的功能。从香蕉A基因组中获得一条3 277bp MaTPS2全长序列,包含一个完整的开放阅读框1 344bp,编码蛋白含447个氨基酸。其氨基酸理化性质分析表明,MaTPS2蛋白属于不稳定疏水性蛋白,具有一个结构域GT1-TPS。通过与已知植物的TPS氨基酸同源序列比对,同源性达77.95%。系统发育树进化关系分析表明,MaTPS2编码的氨基酸序列与银杏TPS氨基酸序列(AAX16014.1)邻近,说明二者的亲缘关系较近。器官特异性分析表明,MaTPS2在香蕉植株的根、球茎、假茎、叶、花各器官中均有表达,其中在球茎、假茎和叶中表达量较多,在果实中表达量较低。在ABA、干旱、盐害和枯萎病菌胁迫处理下,MaTPS2表达量升高,在ACC胁迫处理下,MaTPS2表达量显著下降,而低温胁迫条件下,MaTPS2表达不响应。由此推导,MaTPS2可能参与调控香蕉抗旱、抗病机制。植物生长调节剂ACC和ABA胁迫处理说明MaTPS2的表达可能受激素蛋白间接调控。 相似文献
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以大兴安岭野生笃斯越桔为试材,采用同源克隆技术分离了Ty3-Gypsy类逆转座子逆转录酶序列,研究了其同源性及系统进化关系,以期为分析笃斯越桔的遗传多样性,开发可靠的分子标记提供参考依据。结果表明:分离的19条序列(分别命名为VuGRE1~19)长度范围为376~418bp,同源性范围为23.3%~97.8%,显示出较高的异质性。氨基酸序列分析结果显示,分离的19条序列中有8条序列发生了不同程度的变异,其中终止密码子突变的频率最高;因此推测终止密码子突变可能是导致笃斯越桔逆转座子异质性的主要原因。系统进化分析结果显示,VuGRE1~19隶属于2个不同的基因家族。Family I仅包含3条序列,序列间的同源性较低,且与其它物种逆转录酶的遗传距离较远;说明Family I的起源较为古老,种的特异性较强。Family II包含16条序列,由3个Subfamily组成;各亚家族成员间的同源性较高,亲缘关系较近;说明该基因家族的活性较高。另外,Family II基因家族成员与其它物种的Ty3-Gypsy类逆转座子逆转录酶序列具有较高的同源性,特别是Subfamily 3与兴安落叶松、苹果、银杏、绿豆、荸荠等植物的逆转录酶具有较近的亲缘关系;说明这些成员在物种间存在广泛的横向交流。以上结果说明,Family II是笃斯越桔中广泛存在的逆转座子基因家族,并在笃斯越桔适应性遗传进化中发挥了重要作用。 相似文献
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番荔枝开花调控转录因子基因AsLEAFY的克隆与表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用同源克隆和RACE-PCR获得番荔枝LEAFY基因的全长cDNA序列,命名为AsLEAFY,Gen Bank登录号为KP866145。序列分析表明,克隆获得的番荔枝AsLEAFY基因长为1 236 bp,编码411个氨基酸,该氨基酸序列含有5′-N端脯氨酸富集区和中央酸性区,具有LEAFY(FLO)家族的典型结构特征。同源分析表明,该氨基酸序列与多种木本植物LEAFY类蛋白的同源性较高。进化树分析表明AsLEAFY与木本植物的亲缘关系高于草本植物。实时定量PCR结果表明,AsLEAFY在番荔枝花发育的整个过程中都有表达,在初期的花芽中表达量最高,在不同组织器官中表达量存在差异,在枝条去叶后的腋芽中的表达量最高。推测该基因在番荔枝花器官形成初期发挥重要作用。 相似文献
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通过系统进化树和黄瓜霜霉病主效QTL分析,确定了与拟南芥抗霜霉病突变基因DMR6同源性较高的Csa DMR6-2基因为黄瓜霜霉病感病候选基因。以15份不同遗传背景的抗病和感病黄瓜自交系为材料克隆了Cs DMR6-2基因,经过与已知功能的拟南芥基因DMR6、DLO1和DLO2的氨基酸进行多序列比对、蛋白质二级和三级结构的预测,结果显示:欧洲温室型的抗病材料K15和K58的Csa DMR6-2的CDS序列在856bp处有1个碱基的突变,引起相应氨基酸由丝氨酸(TCA)变成丙氨酸(GCA),进而引起其部分蛋白质二级和三级结构的变化;Csa DMR6-2与拟南芥的DMR6、DLO1和DLO2基因具有很高的同源性,且同属于一类氧化酶,两者具有相同的结构域,而抗病材料的变异位点均发生在催化区。试验结果为进一步研究Csa DMR6-2的基因功能和利用感病基因获得霜霉病持久广谱抗性打下了良好的基础。 相似文献
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果树R基因同源序列克隆的初步研究 总被引：1，自引：0，他引：1
用2对根据已知植物抗病基因(R基因)编码的蛋白质的NBS保守区而设计的特异简并引物,对荔枝、龙眼、芦柑、柚子及银杏的基因组DNA进行体外扩增.其中一对引物(P1/P2)在荔枝、龙眼、芦柑和柚子中获得的扩增产物均表现为一条大小约500bp的明亮谱带,而银杏扩增产物的亮带则在约750bp处,且弥散在400 ～ 1000bp之间.另一对引物在荔枝、龙眼、芦柑和柚子中没有特异扩增带,而在银杏中获得了一条400 ～ 600bp的较亮的宽带.将荔枝、龙眼、芦柑和柚子的500bp特异扩增带以及银杏的400 ～ 600bp条带回收克隆,并分别筛选几类阳性克隆进行测序.共获得15个片段的序列.经比较发现,来自荔枝、龙眼、芦柑和柚子的12个片段均属于NBS-LRR类抗病基因同源序列(RGA),与已知R基因相应区段的氨基酸序列的一致性为15.5% ～ 47.1%;而3个来自银杏的片段均不是RGA,其中1个与反转录酶有较高的同源性,另2个在GeneBank中没有找到同源序列.该结果显示,应用同源扩增技术克隆果树RGA是可行的,但银杏作为古老的裸子植物,其抗病基因的结构与现代物种可能有很大差异. 相似文献
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从4个番茄栽培品种（Lycopersicon esculentum Miller）中获得了Tm-22等位基因的同源克隆，进行序列分析，结果表明：'沙龙'、'渝抗2号'和'97-4'分别与'GCR-267'（Tm-22）、'GCR-236'(tm-2)、以及'GCR-26'(tm-2)有100％的同源性, 而樱桃番茄（Lycopersicon peruvianum. var.cerasiforme）品种'樱红1号'与'GCR-26'（tm-2）仅有98％的同源性；在C-端的LRR结构域中，抗病基因 Tm-22和Tm-2 编码蛋白的氨基酸序列与感病基因tm-2存在624和704两个位点的氨基酸差异，即624位点的脯氨酸（P）对应亮氨酸（L）、704位点的甲硫氨酸（M）对应异亮氨酸（I）； 在601-790个氨基酸的LRR结构域中，抗病基因Tm-22、Tm-2及其秘鲁种（Lycopersicon peruvianum var. dentatum）lptm-2三者均与感病基因tm-2的编码蛋白存在23个氨基酸的差异；（4）樱桃番茄品种'樱红1号'与含有tm-2基因的栽培种之间具有同源性关系。 相似文献
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辣椒白粉病抗性QTL 定位分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以辣椒（Capsicum annuum）白粉病抗、感病亲本H3 和83-60 构建的包含142 个重组自交系的RIL（H3×83-60）
F8 群体为试验材料,基于亲本重测序数据设计KASPar 引物,构建了包含16 个连锁群的辣椒遗传连锁图谱,总图距1 356.5
cM,标记间平均图距为4.69 cM。基于2016 年和2017 年重组自交系群体白粉病发病表型数据,获得了PMR6.1、PMR9.1、
PMR11.1、PMR11.2 和PMR5.1 等5 个白粉病抗性QTL 位点,其中PMR6.1、PMR9.1 在两年中均被检测到,表型贡献率在
10.8%～21.4% 之间。通过辣椒白粉病抗性QTL 定位,开发与白粉病抗性基因连锁的SNP 分子标记,对于辣椒抗病辅助育
种有重要参考价值。 相似文献
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早冠丝瓜408 是以S4 为母本，以X08 为父本配制而成的丝瓜一代杂种。熟性极早，春季栽培从播种至始收60～62
d（天）；植株蔓生，生长势和分枝性强；主蔓第5～8 节着生第1 朵雌花；果实长圆筒形，先端较圆，果皮绿色，单果质量0.4～0.8
kg，果实纵径40～49 cm，横径3.8～4.1 cm，每667 m2 前期产量为1 100 kg 左右，总产量可达3 200 kg 左右。田间抗白粉病、
霜毒病、疫病的能力强于对照亚华早丝瓜，适合长江流域及湖南地区早春大棚和露地栽培。 相似文献
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以14份砧用南瓜品种为材料,对发芽期(23%PEG-6000模拟干旱)和幼苗期(控制浇水量)进行干旱胁迫处理,采用非加权算术平均法(UPGMA)聚类分析方法分析各品种资源的抗旱性,并对适宜鉴定砧用南瓜抗旱性的形态指标进行筛选。通过测定发芽势、发芽率、活力指数、发芽指数、茎粗、株高、叶面积、鲜质量、干质量、干旱胁迫指数、壮苗指数等11个发芽期和幼苗期的性状指标,将14份砧用南瓜品种资源分为抗旱品种、较抗旱品种、干旱较敏感品种和干旱敏感品种4类。在发芽期和幼苗期均表现出较强抗旱性的品种为大维10号、佳合台木、金刚1号、昆仑、日本根力神、日本绿霸、日本强力士、神砧和胜利(白)等9个品种。种子相对发芽率、相对发芽势、相对发芽指数、相对活力指数以及相对株高可作为砧用南瓜品种抗旱性鉴定的可靠指标,相对干质量可作为砧用南瓜品种资源抗旱性鉴定的有益指标。综合分析14个品种的耐盐性、耐寒性、耐热性和抗旱性,发现日本绿霸和日本强力士的多重抗性较强,可作为黄瓜嫁接的优质砧木。 相似文献