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1.
不同物种肌细胞生成素基因序列结构与功能特性的生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨不同物种肌细胞生成素(MyoG)基因的组成结构与功能特性,利用比较基因组学方法,对GenBank中已报道的猪、牛、绵羊、家兔和家鸡myoG基因完整编码区核苷酸及其氨基酸序列的分子结构、理化特性、糖基化位点、信号肽、跨膜区、二级结构、高级结构域以及基于该基因编码氨基酸序列的5个物种之间的进化关系进行了系统的生物信息学分析。结果表明:猪、牛、绵羊、家兔和家鸡myoG基因核苷酸序列组成结构特点及其编码蛋白质的理化特性基本一致,均属于疏水性不稳定蛋白质;猪、牛和绵羊均含有6个潜在的N-糖基化位点,而家兔和家鸡则包括7个不同的N-糖基化位点;均不含信号肽,属于非分泌型蛋白质,不含跨膜结构域;均含有Basic和H-L-H保守结构域;α-螺旋和无规卷曲为myoG多肽链中的主要二级结构元件,三维结构预测均存在2个Helix与1个Loop结构单元;猪与其他4个物种氨基酸序列的同源性分别为96.0%,95.5%,95.5%和72.2%,牛与绵羊myoG基因进化关系最近。本研究为深入探讨myoG基因调控畜禽骨骼肌的生长发育机制提供了理论基础。 相似文献
2.
桑萜类生物合成酶HMGR的生物信息学分析 总被引：3，自引：0，他引：3
萜类化合物是桑叶具有药用功效的主要化学成分之一。利用Vector NTI Suit 8等工具,对GenBank中的桑萜类生物合成关键酶3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)基因的核苷酸和氨基酸序列进行了生物信息学分析。桑hmgr基因序列以基因组DNA形式登录,其中1-5 905 bp区间为该基因序列,包括启动子、CDS和内含子序列,推测其编码蛋白的分子式为C2602H4181N715O786S29,亚细胞定位于线粒体,存在跨膜结构域,且含有22个氨基酸的质体转运肽,是含有HMG-CoA-reductase-classⅠ重要功能域的疏水性蛋白,二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主,三级结构中含有2个HMG-CoA和2个NADP(H)结合位点。 相似文献
3.
本研究旨在从分子角度阐明口蹄疫病毒(FMDV)牛源整联蛋白受体β3和β8基因的结构特征,并为研究病毒遗传变异与宿主范围改变奠定基础。采用RT-PCR技术在国内首次从牛肾组织获得β3和β8基因,并用生物软件对它们的分子特征进行了分析。结果显示:β3亚基基因全长2 355bp,编码784个氨基酸,其中信号肽由22个氨基酸组成,胞外区由692个氨基酸组成,跨膜区由29个氨基酸组成,胞质区由41个氨基酸组成,氨基酸同源性与羊最高,与易感FMDV的牛、骆驼、猪和羊的β3亚基位于同一进化分支,各功能区的保守性为胞质区>跨膜区>配体结合区>胞外区>信号肽,但半胱氨酸富集区的突变率仅次于信号肽。牛源β8亚基基因全长2 304bp,编码767个氨基酸,包括42个氨基酸的信号肽,637个氨基酸的胞外区,29个氨基酸的跨膜区及59个氨基酸的胞质区,氨基酸同源性与马最高,进化分析发现与猪的β8亚基不在同一分支,各功能区的保守性排序为跨膜区>配体结合区>胞质区>胞外区>信号肽。将β3亚基与β8亚基比较发现,β8亚基的配体结合区比β3亚基更为保守,β3亚基的胞质区存在NPLY基序,而β8亚基无此基序,且β8亚基胞质区可变性更高。本研究提示FMDV对ανβ8的利用率高于ανβ3可能与β8亚基配体结合区更为保守有关。 相似文献
4.
以槐猪和长白猪为材料,采用RT-PCR半定量法对猪3-羟-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶（HMGR）基因组织表达特点进行了研究。结果表明：HMGR基因在肝脏、脂肪和肌肉的表达量存在明显差异,并且肝脏的表达量远远大于其他两个组织的表达量。两个品种的相同组织对比研究发现,HMGR在槐猪肝脏中的表达量高于长白猪,而在肌肉和脂肪组织中的表达量均低于长白猪。此外,对怀孕母猪的13个组织进行表达研究发现,除胃、小肠和子宫组织中未检测到HMGR明显表达外,其余各组织都有不同程度的表达。提示HMGR基因可能是哺乳动物的一种结构表达基因。 相似文献
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不同猪种HMGR基因的组织表达特性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
以槐猪和长白猪为材料,采用RT-PCR半定量法对猪3-羟-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)基因组织表达特点进行了研究.结果表明:HMGR基因在肝脏、脂肪和肌肉的表达量存在明显差异,并且肝脏的表达量远远大于其他两个组织的表达量.两个品种的相同组织对比研究发现,HMGR在槐猪肝脏中的表达量高于长白猪,而在肌肉和脂肪组织中的表达量均低于长白猪.此外,对怀孕母猪的13个组织进行表达研究发现,除胃、小肠和子宫组织中未检测到HMGR明显表达外,其余各组织都有不同程度的表达.提示HMGR基因可能是哺乳动物的一种结构表达基因. 相似文献
6.
《畜牧兽医学报》2016,(11)
旨在以猪链球菌(Streptococcus suis,S.suis)3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)为药靶,给S.suis病防治研制新型抗菌药提供理论和试验基础。原核表达了S.suis HMGR,用Ni-NTA树脂对重组蛋白质进行了纯化,并用分光光度法测定了其酶活力。此外,运用CLUSTALW对同源HMGR氨基酸序列进行多序列比对。通过SWISS-MODEL对S.suis HMGR三维结构进行同源建模,并用PROCHECK评价模型的质量。酶活力测定结果显示,催化HMG-CoA还原为甲羟戊酸的反应中,S.suis HMGR最佳反应温度和pH分别为37℃和5.0,其Vmax和Km为846U·mg-1和0.213mmol·L-1。经分析显示,肺炎链球菌HMGR晶体结构(PDB ID:3QAE_A)是构建S.suis HMGR三维结构的最佳模板。构建的三维结构模型经质量评估证实为可靠的理论模型,将有助于虚拟筛选出对抗S.suis感染的新型抗生素,酶活力的测定为用试验手段验证S.suis HMGR抑制剂的有效性提供了可行性的方法。 相似文献
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从猪的肝细胞中提取总RNA,应用RT-PCR技术扩增IFN-α1和IFN-1β基因,分别克隆到PMD18-T载体上。测序结果表明,克隆的IFN-α1核苷酸序列与GenBank上登录的猪IFN-α1核苷酸同源性为100%,与鼠、犬、人和牛IFN-α1基因同源性为71.1%~81.4%。克隆的IFN-1β核苷酸序列与Gen-Bank上登录的猪IFN-β1核苷酸同源性为99.6%,推导的氨基酸同源性为99.5%;与人、牛和马IFN-β1基因同源性为76.9%~80.4%。 相似文献
8.
试验探讨了北京鸭β-catenin基因的生物学功能,为进一步研究该基因对鸭皮肤毛囊的影响奠定基础。以北京鸭胚胎皮肤组织为材料,根据GenBank中发表的鸡、鹅等物种的β-catenin基因序列,设计并合成4对引物,采用RT-PCR方法,克隆北京鸭β-catenincDNA,并运用DNAMAN软件及在线工具对所得到的序列进行生物信息学分析。结果表明:北京鸭β-catenin基因cDNA长度为2996bp(Genbank登录号为FJ169885),包含由2346个碱基组成的编码区(CDs),有起始密码子ATG和终止密码子TAA,编码781个氨基酸;北京鸭β-catenin基因核苷酸序列与鸡、鹅、中华鳖、人和家猪相应区段(CDs)的同源性分别为95.06%、94.12%、90.11%、84.83%、84.31%;其氨基酸序列与鸡、鹅、中华鳖、猪、人的氨基酸同源性达99%以上,表明在进化关系上,β-catenin氨基酸序列有很高的保守性。 相似文献
9.
口蹄疫病毒利用整联蛋白作为病毒受体进入宿主细胞。本试验在国际上首次从口蹄疫病毒感染猪的舌皮组织中克隆到了β8亚基基因,并对其核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行了比较分析。猪β8亚基基因的编码区含有2 304个核苷酸,编码767个氨基酸,其中信号肽由42个氨基酸组成,胞外域由637个氨基酸组成,含有7个潜在的糖基化位点(NXT/NXS)和49个半胱氨酸残基,跨膜区由30个氨基酸组成,胞浆域由58个氨基酸组成,猪β8基因与牛、人、犬、猕猴、家鼠和挪威大鼠的β8基因核苷酸序列同源性分别为94.3%、91.4%、91.7%、91.4%、83.5%、83.5%,推导的氨基酸序列同源性分别为95.0%、91.8%、92.8%、91.5%、84.0%、84.8%。猪与牛β8亚基同源性最高。猪β8亚基存在复杂多变的二级结构,其中1-42、680-709位氨基酸区段疏水性较强,形成表面蛋白结构的可能性较小,分别是该亚基的信号肽和跨膜区。本试验为进一步深入研究β8亚基在口蹄疫感染过程中所扮演的角色奠定了基础。 相似文献
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猪硬脂酰辅酶A去饱和酶蛋白生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了探究硬脂酰辅酶A去饱和酶(SCD)的结构和生物学功能,利用Expasy、Sopma等生物信息学软件,对猪SCD的氨基酸序列进行初步的生物信息学分析。结果表明:猪SCD基因编码359个氨基酸,平均分子质量为41.38 ku;该蛋白存在4个跨膜结构域,分别包含1个潜在的O-糖基化位点、3个N-糖基化位点和16个磷酸化位点;二级结构由α螺旋、β转角、延伸链和随机卷曲组成;该蛋白具有低复杂结构和跨膜结构两种功能结构域。 相似文献
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山东省分离强毒株猪伪狂犬病病毒SA株TK基因结构与进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对山东省分离强毒株猪伪狂犬病病毒SA株TK基因进行了克隆和部分序列测定,并分析比较了该序列与国内外主要流行毒株伪狂犬病病毒Ea株、Min-A株、LA株、Kroea株、Kaplan株、SH株的同源性.结果表明:核苷酸序列的同源性分别为99.0%、99.1%、98.9%、99.0%、98.3%和74.4%;氨基酸序列的同源性分别为98.7%、98.4%、98.4%、98.7%、98.3%和74.8%;猪伪狂犬病毒SA株TK基因具有疱疹病毒胸苷激酶催化结构域的保守氨基酸共有的对应于这两个亚结构域的特征基序,其蛋白的二级结构由α-螺旋(45.38%)、β-折叠(14.46%)、β-转角(6.02%)和无规则卷曲(34.14%)组成;将猪伪狂犬病毒TK基因与鸡、牛、猫科、马科、人类的胸苷激酶用DNASTAR 绘制进化树进行分析,可知猪疱疹病毒Ⅰ型TK基因亲缘关系与哺乳动物的疱疹病毒较近,而与禽类的相对较远. 相似文献
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AICAR和二甲双胍对产蛋鸡肝细胞AMPK活性及脂质代谢的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
以产蛋鸡肝细胞为材料，研究添加腺苷一磷酸激活的蛋白激酶（AMPK）激活剂AICAR和治疗二型糖尿病药物——二甲双胍对产蛋鸡肝细胞AMPK、β-羟基-β-甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶（HMGR）、乙酰辅酶A羧化酶（ACC）和细胞脂质代谢的影响。试验分4个处理：基础培养液组（对照组）、基础培养液组中分别加入0．5mmol／L AICAR、0．5mmol／L二甲双胍、1mmol／L二甲双胍。结果表明，肝细胞培养100min时，AICAR和二甲双胍均可激活AMPK（P〈0．05），且二甲双胍激活AMPK具有一定的浓度依赖性；AICAR和二甲双胍均可不同程度抑制脂肪酸和胆固醇合成的关键酶ACC和HMGR的活性，AMPK活性与HMGR、ACC活性呈一定的负相关；添加AICAR和二甲双胍抑制产蛋鸡肝细胞甘油三酯和胆固醇合成，AMPK活性与肝细胞甘油三酯和总胆固醇含量也呈一定的负相关。因此，可通过调控产蛋鸡肝脏AMPK活性变化从而调节产蛋鸡脂肪和胆固醇的合成。 相似文献
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本研究旨在对陆川猪脂酰辅酶A氧化酶1（acyl-coenzyme A oxidase 1,ACOX1）基因进行克隆及生物信息学分析。根据GenBank中猪ACOX1基因序列设计特异性引物,利用RT-PCR技术对陆川猪ACOX1基因进行克隆、测序和生物信息学分析。结果表明,陆川猪ACOX1基因CDS全长1 986 bp,编码661个氨基酸,陆川猪ACOX1基因与猪、牛、人、斑马鱼、鸡、猕猴、大鼠、小鼠、爪蟾序列同源性分别为99.5%、85.5%、87.1%、66.3%、75.6%、84.0%、82.3%、81.1%和69.1%。系统进化树分析结果表明,ACOX1基因在不同物种及进化的过程中具有高度保守性,蛋白质二级结构预测结果表明,陆川猪ACOX1蛋白没有信号肽,没有形成跨膜结构。本研究成功克隆了陆川猪ACOX1基因,为阐明其在陆川猪脂肪沉积及代谢方面的调控研究奠定了理论基础。 相似文献
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为进一步研究鸡巨噬细胞炎性蛋白-1β(MIP-1β)的生物学功能,用反转录-多聚酶链反应(RT-PCR)技术,以鸡的外周血单核细胞中提取的RNA为模板,进行反转录合成和PCR扩增,获得MIP-1β的cDNA克隆,并测得MIP-1β的cD-NA序列为273bp.其核苷酸序列与Oleksi Petrenko等报道的序列有98%的同源性,氨基酸同源性为95%. 相似文献
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本研究旨在克隆猪锚蛋白重复序列和细胞信号抑制因子盒蛋白2（ankyrin repeat and suppressor of cytokine signalling box containing protein 2,ASB2）基因完整CDS区序列,通过生物信息学方法分析CDS序列和蛋白质基本特性,探讨其在晋汾白猪不同组织及卫星细胞诱导成肌过程中的表达规律。选取1日龄晋汾白猪为研究对象,依据GenBank中猪ASB2基因预测核苷酸序列设计引物,以背最长肌组织cDNA为模板,采用分段扩增法进行猪ASB2基因的克隆。利用生物信息学软件分析ASB2氨基酸序列及编码蛋白质的结构和功能,利用实时荧光定量PCR技术检测ASB2基因在猪不同组织及卫星细胞诱导成肌过程中的表达水平。结果显示,猪ASB2基因完整CDS区序列长1 824 bp,共编码607个氨基酸。猪ASB2基因核苷酸序列与山羊和牛的相似性最高。生物信息学分析发现,ASB2蛋白为亲水性蛋白,共有54个磷酸化位点,11个O-糖基化位点,1个N-糖基化位点,没有信号肽。保守结构域分析结果表明存在11个ANK基序和1个SOCS基序。猪ASB2蛋白二级结构中无规则卷曲、α-螺旋、β-转角和延伸链分别占43.99%、40.36%、10.05%和5.60%。实时荧光定量PCR结果显示,ASB2基因在猪腰大肌组织中表达量最高,其次为背最长肌和心脏,且与其他组织中表达量具有极显著差异（P<0.01）;在诱导卫星细胞成肌过程中发现该基因表达量呈先升高后降低趋势,提示其可能参与调控肌肉生长过程。本研究结果可为进一步探讨猪ASB2基因功能及作用机制提供参考依据。 相似文献
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为研究胆绿素还原酶A(Biliverdin reductase A,BLVRA)基因的遗传分化,探索其结构和功能,根据鸡、人、小鼠、牛等动物BLVRA基因编码区的保守序列设计一对引物,以缙云麻鸭输卵管子宫部的总RNA为模板,利用RT-PCR技术扩增出鸭BLVRA基因的一段cDNA编码序列,并对其进行测序及序列分析。结果表明:该cDNA序列由634个核苷酸组成,编码211个氨基酸,分子量为24.1ku。与鸡、小鼠、牛、蟾蜍和人的核苷酸相似性分别为92.6%、64.9%、62.8%、69.0%、63.6%;氨基酸的相似性分别为96.2%、59.7%、60.7%、68.4%、59.7%,说明BLVRA基因在进化过程中较为保守。进一步的系统进化分析表明,鸭BLVRA基因与鸡的进化关系最近,蟾蜍次之,小鼠、牛和人较远,与传统的分类地位基本吻合。该基因部分cDNA序列的克隆,为获得BLVRA基因全长及其在各组织中的表达研究奠定了基础。 相似文献
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试验选取日龄、体重、产蛋率相近的新罗曼蛋鸡50只,分为5个处理,即对照组(不含盐酸二甲双胍),0.6%、0.8%和1%的盐酸二甲双胍的试验组和采食量按0.8%盐酸二甲双胍给予的配对组,试验期21d。结果表明:与对照组相比,蛋鸡日粮中添加0.6%、0.8%、1.0%盐酸二甲双胍,使蛋鸡肝脏腺苷一磷酸激活的蛋白激酶(AMPK)的活性分别提高了24.3(%P>0.05)、52.6(%P<0.01)、57.6(%P<0.01),0.8%盐酸二甲双胍配对组AMPK活性升高幅度远不及0.8%盐酸二甲双胍组,活性仅提高14.0(%P>0.05);同时降低了-β羟基--β甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶(HMGR)、乙酰辅酶A羧化酶(ACC)的活性;降低了血清中胆固醇、甘油三酯、极低密度脂蛋白-胆固醇的含量;降低了肝脏中胆固醇和甘油三酯的含量;降低了鸡蛋中胆固醇的含量。 相似文献
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牛口蹄疫病毒受体β6亚基的基因克隆和分子特征 总被引：1，自引：0，他引：1
从口蹄疫病毒（Foot-and-mouth disease virus,FMDV）感染康复牛的舌皮组织中克隆到了β6亚基基因并对其核苷酸序列和推导的氨基酸进行了比较分析。牛β6基因的编码区含有2367个核苷酸,编码788个氨基酸残基,其中信号肽由26个氨基酸组成（1～26aa）;胞外域由681个氨基酸组成,含有10个潜在的糖基化位点（NXT/NXS）和51个半胱氨酸（Cys）残基;跨膜区由29个氨基酸组成（708～736aa）;胞浆域由52个氨基酸组成,含有1个NPLY核心基序,该基因在GenBank中的登录号为DQ867017。牛β6基因与羊、猪、人、小鼠、挪威大鼠β6基因的核苷酸序列同源性分别为97.0%、91.6%、88.6%、82.5%和82.7%,推导的氨基酸序列同源性分别为97.1%、93.7%、93.0%、89.2%和89.2%。口蹄疫病毒自然宿主（牛、羊、猪）的β6亲缘关系较近,提示β6亚基可能与口蹄疫病毒的宿主范围有关。 相似文献
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为研究长链酯酰辅酶A合成酶6(ACSL6)在鹅中的功能,采用RT-PCR方法对其扩增,并采用荧光定量PCR方法检测其在四川白鹅不同组织中的差异表达。结果表明:实验成功获得了鹅ACSL6基因的编码区序列(GQ449255),序列全长2 097 bp,编码698个氨基酸;鹅ACSL6与鸡该基因在核苷酸和氨基酸水平上都有较高的同源性;鹅ACSL6氨基酸与哺乳动物一样,也存在2个保守功能区(跨膜区和luxE保守区),且在这些区域物种间变异较少;鹅ACSL6在脑组织中有较高表达,在肝脏中表达较少,仍与其在哺乳动物中的表达特性一致。以上研究结果表明,ACSL6基因在物种间比较保守,ACSL6与鹅大脑的发育关系密切,可能与鹅肥肝形成的关系较少。 相似文献