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1.
基于分子标记技术的苦瓜育种材料遗传多样性快速分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了进一步缩短苦瓜分子标记技术的操作流程,最大限度促进其在分子标记辅助选择育种中的应用,利用一管式植物DNAout试剂盒法,从苦瓜种子中快速提取基因组DNA,采用11对SSR引物和13对SRAP引物分别对10份苦瓜材料基因组进行PCR扩增,并对苦瓜材料的遗传多样性进行分析。结果发现,建立的SSR和SRAP快速扩增反应体系可以获得清晰、数量稳定以及多态性丰富的条带,11对SSR引物共扩增出195条条带,其中多态性带164条,多态性条带比率85.7%。UPMGA聚类分析表明,10份材料的遗传相似系数介于0.533～0.845,平均值为0.690,在阈值0.69处,可将供试苦瓜分为2大类群。13对SRAP引物共扩增出231条条带,其中多样性条带201条,多态性条带比率87.5%。UPMGA聚类分析表明,遗传相似系数介于0.554～0.775,平均值0.662,在阈值0.66处可将供试苦瓜分为2大类群。综合2种分子标记技术的分类结果更具有说服力。 相似文献
2.
小白菜种质遗传多样性与亲缘关系的SRAP 和SSR 分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用SRAP和SSR标记对小白菜进行遗传多样性分析,从666对SRAP、160对SSR引物中筛选出59对多态性明显、条带清晰、稳定可靠的引物,对41份小白菜材料进行扩增,共扩增出519条带,平均每对引物扩增出6.2条,扩增出多态性条带数171条,多态性比例为32.9%。利用聚类软件进行分析,41份小白菜种间遗传距离在0.58~0.87之间,在遗传相似系数0.58处可将41份小白菜材料分为两大类。研究表明,小白菜品种具有丰富的遗传多样性,大多数小白菜种质资源之间的亲缘关系与其地理来源有较大的相关性。SRAP标记适用于分析种质的遗传距离,从种质资源保存的角度分析,SSR标记能够较全面地保证种质资源遗传多样性。 相似文献
3.
野生狗牙根种质资源SRAP与SSR的遗传多样性 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】为指导种质资源的引进和利用及选育优质狗牙根新品种提供科学依据。【方法】采用SRAP和SSR两种分子标记方法相结合,对52份野生狗牙根材料进行遗传多样性分析。【结果】①利用4个表型差异显著的野生狗牙根对SRAP的150对引物组合及SSR的200对引物组合进行扩增,分别筛选出有效引物组合各18对,SRAP和SSR扩增总条带分别为236和346条,多态性条带206和255条,平均每对引物扩增出多态性条带各11.4和14.17条,多态性位点百分率分别为87.29%和73.70%;②两种标记结合进行聚类分析,当GS=0.68时,可将所有供试材料分成5个组群;当GS=0.78时,可将第V个组群分成6个小组,大部分来自相同或相似生态地理环境的材料聚为一类;③基于聚类分析,可将供试材料分为8个生态地理类群,据各类群间的Nei氏遗传一致度和遗传距离的无偏估计值表明,生态地理环境相似的地理类群遗传距离较小;④SRAP和SSR标记之间具有显著的相关性,且相关性较高。【结论】野生狗牙根有丰富的遗传多样性,其聚类和生态地理环境有一定的相关性。 相似文献
4.
贵州21份玉米优质种质资源的SSR标记分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为建立优质玉米种质资源的指纹图谱,给贵州玉米优良杂交组合的选配提供分子水平上的依据和基础,利用微卫星分子标记（SSR）技术对21份贵州玉米优质种质资源进行了遗传多样性分析。结果显示,共筛选出多态性丰富的20对 SSR 引物,在供试材料中检测出97位基因变异,每对引物检测到等位基因2-11个,平均4.85个。 SSR引物的多态性信息量（PIC）介于0.19-0.78,平均为0.53。UPGMA聚类分析表明,供试材料间遗传距离变幅为0.22-0.63,平均为0.43。 相似文献
5.
河北野生狗牙根遗传多样性的SSR分析 总被引：1，自引：1，他引：0
《河北农业大学学报》2017,(6)
利用SSR标记技术分析了34份河北省野生狗牙根种质资源的遗传多样性及亲缘关系。从108对SSR引物组合中筛选出条带清晰、多态性较高的21对引物组合进行遗传多样性分析,共产生226条清晰条带,其中185条为多态性条带,平均每对引物产生8.81条,多态性位点比率为81.9%。UPGMA聚类分析显示,所有供试的34份狗牙根材料相似系数GS=0.484~0.968,平均为0.679。当GS=0.67时,可将34份供试材料分为4大类群。本研究结果表明河北野生狗牙根种质存在一定的遗传变异,可为河北狗牙根种质的评价、优异基因挖掘和抗性材料选择等提供科学依据。 相似文献
6.
《沈阳农业大学学报》2016,(4)
为研究辽宁省槭属植物种质资源遗传多样性水平并构建分子指纹图谱,为分子水平上鉴定槭属种质提供技术支撑,也为辽宁省槭属植物种质资源开发、保存利用及新品种选育奠定基础,本研究利用SRAP分子标记技术,对辽宁省内的11份槭属植物主栽品种和19份不同种源红花槭种质为材料,利用110对SRAP引物进行PCR扩增,产物用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,并统计多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性比率。利用NTSYS-pc2.1和Excel软件统计SRAP-PCR条带数据,按照相似系数法和非加权组平均法进行聚类分析,计算遗传相似性系数,绘制树状聚类图,并构建30份槭属种质资源指纹图谱。从110对SRAP引物中共筛选出36对多态性好且重复性高的引物,共扩增得到708条带,其中多态性谱带为542条,多态性比率为76.55%;30份槭属植物材料的遗传相似系数在0.235~0.954之间,其中19份不同种源红花槭的遗传相似系数在0.700~0.954之间,平均为0.849;通过聚类分析将30份材料划分为7个群,在11份本地材料间,假色槭与挪威槭之间遗传相似系数最小(0.235),国王枫与挪威槭相似系数最大(0.703)。SRAP引物ME6/EM3可有效区分所有材料,并构建出30份槭属材料种质资源特异性分子指纹图谱。结果表明:供试槭属植物材料间具有较丰富的遗传多样性水平,基于36对SRAP引物组合所构建的指纹图谱具有唯一性和高效性,SRAP标记适合用于槭属植物种质遗传多样性分析及品种鉴定。 相似文献
7.
应用SSR分子标记技术分析了55份陕西地方桑树种质资源的遗传多样性,结果表明,28对SSR引物在55份桑树品种中共扩增出261条带,多态性比率为100%;55份桑树品种间的遗传相似系数变异范围为0.6398~0.9655,平均遗传相似系数为0.8027。采用UPGMA法对55份桑树品种的遗传关系进行聚类分析,供试材料被分成3个大类。结果显示,供试桑树种质材料的亲缘关系与地理分布不存在关联。 相似文献
8.
利用杨树基因组序列设计的SSR引物对11份杨树品种材料进行遗传多样性分析,并构建指纹图谱。结果表明,共27对引物具有多态性,引物多态性比率占69.23%;获得多态性谱带38个,多态性比率为84.4%。SSR遗传多样性分析结果为,有效等位基因数平均值1.578 9,基因多样性指数平均值为0.321 7,Shannon多样性指数平均值为0.471 4。11份杨树品种的遗传距离0.53～0.93,平均值为0.73。聚类分析表明,在遗传距离0.76处可将所有供试材料分为5个类群,分别包含2、4、2、1、2份供试材料。研究表明,供试材料遗传多样性较高;利用SSR标记构建了不同杨树利用的指纹图谱,可用于杨树品种间的鉴定。研究结果可为杨树品种知识产权保护和杂交育种提供理论依据。 相似文献
9.
为精准鉴定贵州荞麦种质资源,采用SSR分子标记对60份荞麦种质进行遗传多样性分析,构建DNA分子身份证数据库。结果显示,从100对SSR引物中筛选出16对稳定性好、多态性丰富的引物,在60份供试种质中共扩增出174个多态性条带;Shannon’s信息指数、Nei’s多样性指数、多态信息指数均值分别为0.337、0.206、0.693,引物的多态性较好,能有效揭示60份荞麦种质的遗传多样性;在Dice遗传相似系数为0.374时,所有供试材料可聚为A、B、C 三组;当Dice遗传相似系数为0.484时,将苦荞组（A组）更细分为A1、A2两个小组。采用毛细管电泳及8%的聚丙烯酰胺凝胶（PAGE）电泳对SSR标记扩增产物进行双验证,2种方法的聚类结果一致。结果表明,本研究开发的高效性SSR分子标记能够有效地鉴定贵州荞麦重要种质的遗传多样性且用于构建分子身份证。 相似文献
10.
寒兰品种类型的SRAP分子鉴定 总被引：7，自引：0，他引：7
【目的】从分子水平分析寒兰品种的遗传多样性和亲缘关系,为寒兰种质资源的有效利用和开发提供依据。【方法】利用SRAP标记对37个中国寒兰和14个日本寒兰品种类型的基因组DNA进行分析。【结果】筛选出的11对引物组合对51份供试材料共扩增出586条带纹,其中504条为多态性(86.01%),平均每个引物扩增46条多态性带。聚类分析表明,51份材料根据起源和生物学特性划分为中国寒兰和日本寒兰两大类群。【结论】SRAP标记技术能很好地用于兰花植物遗传多样性和亲缘关系研究。 相似文献
11.
利用SSR和SRAP技术分析广西柑橘种质遗传多样性 总被引：2，自引：0，他引：2
利用SSR和SRAP 2种分子标记技术对11份广西野生柑橘种质、13份广西地方品种和10份对照品种,共计34份柑橘类材料进行遗传多样性分析,结果表明:选用22对SSR和11对SRAP引物组合进行PCR扩增,依次获得221和215条多态性条带,平均每对引物获得10.1和19.5条多态性条带;SSR聚类图显示34份柑橘种质两两之间的遗传相似系数为0.78~0.96,SRAP聚类显示遗传相似系数为0.60~0.92;2种分子标记基本上能有效地区分宽皮柑橘类、枸橼类、柚类、大翼橙类、宜昌橙类和马蜂柑;同时,广西地区宽皮柑橘类与道县野橘、皱皮柑类与元橘、印度野橘与枸橼类的尤力克柠檬、大种橙与大翼橙类和阳朔金柑、柚类与大翼橙类亲缘关系紧密。 相似文献
12.
【目的】优化苦瓜AFLP和SRAP的PCR反应体系,比较这两种分子标记在苦瓜应用中的优劣,为苦瓜突变体筛选提供参考。【方法】以8份苦瓜种质为材料,对AFLP和SRAP反应体系中各反应因素浓度进行筛选优化;分别选取5对条带清晰、重复性好的AFLP和SRAP引物对8份苦瓜材料进行扩增,比较其多态性。【结果】在AFLP反应体系中,在0～10倍稀释范围内,以连接产物稀释5倍时反应效果较好;将预扩产物稀释30倍进行选择性扩增为宜。在SRAP反应体系中,Mg2+浓度为2.5 mmol/L、dNTP浓度为0.2 mmol/L时,反应效果较好。多态性分析结果显示,5对AFLP引物共扩增出145条带,多态性条带有18条,多态性比率为12.41%;5对SRAP引物扩增条带数为109条,其中多态性条带数有9条,多态性比率为8.25%。【结论】AFLP和SRAP两种分子标记技术均可以很好反映苦瓜种质资源的遗传多样性,但AFLP扩增产物的平均多态性高于SRAP,能够比较稳定地筛选出差异条带。 相似文献
13.
[目的]利用SSR分子标记技术研究紫菜薹资源的亲缘关系。[方法]用从大白菜引物中筛选出的65对引物,对收集到的45份紫菜薹地方资源进行SSR分析,并对结果进行聚类分析。[结果]试验共筛选出23对SSR引物;聚类分析表明,紫菜薹亲缘关系表现出较为明显的地域性,大致可分为四川、湖南、湖北3个类群;同时,45份资源的相似系数都大于0.5(介于0.5470～0.9107之间),表明紫菜薹各品种间亲缘关系较近,遗传基础较为狭窄。[结论]该研究为紫菜薹地方品种资源的鉴定、保护以及育种利用提供了理论和技术依据。 相似文献
14.
101份贵州玉米地方种质的SSR遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了分析101份贵州玉米地方种质的遗传多样性及其之间的遗传关系,利用微卫星分子标记(SSR)技术,从220对SSR引物中筛选出23对差异比较明显的SSR引物进行PCR扩增,共检测出252个等位基因变异,变幅为7～21个,平均为11个。每个位点的多态性信息量(PIC值)分布范围为0.753～0.945,平均为0.857。遗传相异系数变幅在0.722～0.905之间,平均值为0.812。以遗传相异系数0.80为界进行聚类分析,可将材料划分为5个大群,其中来自册亨县的大黄早单独划分在第一类群,与其他4个类群的遗传距离较远。利用SSR进行玉米亲缘关系分析,为贵州地方种质资源系统研究和今后玉米育种提供了理论依据。 相似文献
15.
郭斌 《北京林业大学学报》2018,40(5):10-18
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17.
【目的】利用SSR荧光标记毛细管电泳技术对取自国家果树种质南京桃资源圃的79份种质进行基因分型和遗传多样性分析,筛选出多态性高的引物可用于桃品种间鉴定、亲缘关系分析,并用于分子标记辅助选种体系建立。【方法】对母本‘中油4号’进行从头测序,以物理距离1 Mb为单位在全基因组范围内开发SSR标记。以79个桃品种为材料进行PCR扩增,扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳检测后筛选目标条带清晰且多态性丰富的标记。对筛选出的标记进行5′端荧光修饰,PCR产物在ABI3730XL测序仪测序,实现对标记的复筛。利用Genemapper 4.0软件对测序结果进行统计,Data Formater 2.1软件将统计得到的bp数据转换成Power Marker v3.25软件所需要的数据格式。对筛选出的引物进行多态性分析,选择多态信息含量（PIC）大于0.45的荧光SSR引物作为79份种质材料的核心引物。以Nei’s为参数,利用NTSYSpc 2.1软件中的UPDM聚类方法分析品种间的遗传多样性。利用基于贝叶斯模型的Structure v2.3.4软件解析79份种质的居群遗传结构。【结果】基于79份种质,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳对覆盖全基因的SSR标记进行初筛,共筛选出207对多态性良好的引物;利用SSR荧光标记毛细管电泳技术对207对引物进行复筛,最终筛选出26对核心引物,利用其中5对核心引物可将79份品种完全区分开。26对SSR核心引物在79份桃种质中共扩增出174种多态性基因型,每对引物扩增出的基因型为4—13种,平均每对引物扩增出6.69个基因型,每对引物的多态信息含量PIC在0.45以上。基于207对SSR引物在79份种质中扩增出的位点信息,构建了79份种质的遗传关系图谱和居群遗传结构图。207对引物从遗传距离上将79份种质划分为7组,从居群结构上分为2组。79份品种遗传多样性较高,部分品种聚类结果与系谱图相符。【结论】构建了79份材料的聚类分析图和居群遗传结构图,在一定程度上揭示了79份材料的亲缘关系。由于桃复杂的遗传背景,不能依据单一特性对品种间亲缘关系进行判定。本研究筛选出的26对核心引物可用于全基因组范围内连锁性状的鉴定、桃种质资源鉴定、新品种鉴定及保护、分子标记辅助育种体系构建。 相似文献
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用6份有代表性的陕西茶树资源材料,从154对SRAP引物组合中筛选出40 对扩增条带清晰、多态性高的引物组合,对陕西省50个茶树资源进行遗传多样性研究。结果表明,SRAP标记能够揭示材料间较高的遗传多样性,共检测到336个等位基因,每对引物组合可检测到5~13个等位位点,平均为8个;每个SRAP位点的遗传多态性信息含量在0.78~1.00之间,平均值为0.93。供试材料的遗传相似系数集中在0.73~0.95之间。可见,基于SRAP标记的陕西省主要茶树资源遗传多样性处于较高水平。 相似文献
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苹果部分种质资源分子身份证的构建 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】以国家果树种质兴城梨、苹果圃保存的131份苹果地方品种、育成品种及其野生近缘种为试材,利用TP-M13-SSR标记构建苹果种质分子身份证。【方法】基于TP-M13-SSR指纹图谱,筛选可以将苹果种质区分的引物组合,并对其等位基因进行编码建立种质分子身份证。【结果】（1）从131份材料中随机选取两份材料,对第一次PCR条件进行优化和引物筛选,从32对合成引物中筛选出16对稳定性高和重复性好的TP-M13-SSR引物用于131份苹果属植物指纹图谱构建。（2）16对SSR引物在供试种质间共检测出等位基因326个,每对引物平均检测到等位基因数为20.3个。CH05d04对种质扩增的等位基因数最多为49个,位点期望杂合度最高为0.878;其次是CH01f07a为48个。利用PopGen32软件计算引物的多态性信息含量,16对引物的平均多态性信息含量为0.7558。16对SSR引物可区分供试苹果种质资源数量从11份到71份不等,平均每对SSR引物可区分49份苹果种质,区分率为8.09%-52.21%。其中对苹果种质区分率最高的是CH01f07a,最低的为BGT23b。（3）根据引物扩增的多态性信息含量和对苹果种质的区分率,将两者均较高的引物CH05d04、CH01f07a、CH03d07、CH04e03、CH04h02和CH04g07两两组合,CH04h02和CH01f07a引物组合分辨率最高,可以区分120份苹果种质。继续增加组合中引物数量,在增加到3对引物时,即可将全部苹果种质区分开来。（4）把可以将全部供试苹果种质资源材料全部区分的3对核心引物CH04h02、CH05d04和CH01f07a获得等位基因按照从大到小的顺序排列,并用阿拉伯数字从01开始赋值;将每份材料在3个位点获得的等位基因按照赋值数字编码获得每份供试材料独有的字符串,利用条码技术将每对引物的分子身份证转化成可被机器快速扫描的条码分子身份证。【结论】依据引物扩增的多态性信息含量和对苹果种质的区分率,筛选核心引物组合,区分全部供试苹果地方品种、育成品种及其野生近缘种质资源,并基于指纹图谱构建其可被机器快速识别的分子身份证,使每份种质具有可辨的分子身份证,达到利用最少、最特异引物区分最多苹果种质的目的。 相似文献