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《中国兽医学报》2017,(1)
采用高通量测序技术构建经骨形态发生蛋白-2(BMP2)处理前后的猪前体脂肪细胞差异miRNA表达谱,以明确BMP2影响的功能性miRNA。结果显示:BMP2刺激猪前体脂肪细胞前后共有55个miRNAs存在较大的表达差异,包括30个上调表达的miRNAs和25个下调表达的miRNAs;实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测表明,高通量测序数据结果正确可靠;经miRnada和RNAhybrid这2个软件对差异表达的miRNAs进行靶基因预测及靶基因进行GO和KEGG Pathway分析,发现靶基因主要富集在Notch信号通路、胰岛素信号通路、甘油磷酯代谢、MAPK信号通路、半乳糖代谢、类固醇激素的生物合成等通路。结果表明:BMP2作为前体脂肪细胞分化重要调控因子,可能通过介导miRNA及其调控的某些关键基因的表达,从而影响前体脂肪细胞外基质与受体的结合、胰岛素利用、脂类和糖的合成与代谢等生物学过程,最终作用于前体脂肪细胞的分化和脂质沉积。 相似文献
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毛囊是哺乳动物皮肤中复杂的微小器官，具有明显的生长周期，包括生长期、退行期和休止期。许多细胞因子和信号通路相互作用共同调节毛囊的发育。微小RNA(micro RNA,miRNA)是由22个核苷酸组成的非编码RNA,通过降解靶基因mRNA或抑制靶基因mRNA翻译来负向调节基因的表达。miRNA通过调控毛囊关键的信号通路，参与细胞增殖、凋亡等多种生理过程，从而促进毛囊生长。笔者综述了miRNA调控毛囊发育相关的Wnt、Notch、骨形态发生蛋白(bone morphogenetic protein, BMP)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase, MAPK)信号通路的最新研究进展，旨在为后续探索动物毛囊发育相关的miRNA调控机制提供理论基础。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2017,(5)
本研究旨在分析山羊副流感病毒3型(CPIV3)感染MDBK细胞和正常MDBK细胞差异表达的miRNA,以探索miRNA在CPIV3感染过程中的作用及其调控机制。将CPIV3感染MDBK细胞,利用高通量测序技术检测分析MDBK细胞中miRNA表达谱,并筛选差异表达的miRNA。对靶基因进行GO注释和KEGG富集。结果显示,有37个miRNA显著差异表达(P0.001),其中18个miRNA在病毒感染中上调,19个miRNA在病毒感染中下调。经RT-qPCR方法验证5个差异表达的候选miRNA,结果与高通量测序分析有很好的一致性。进一步GO功能注释表明:差异表达的miRNA靶基因生物学功能相对集中在免疫调节、细胞生物调控及细胞新陈代谢等生物过程。这些靶基因参与多种细胞的信号通路,包括细胞黏附分子、B细胞受体信号通路、MAPK信号通路、代谢通路、黏合斑、钙离子信号通路和趋化因子信号通路等。本研究为进一步探讨CPIV3致病机制奠定了基础。 相似文献
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《中国兽医学报》2020,(2):410-417
奶牛乳汁外泌体中的microRNA(miRNA)在乳腺癌、炎症和其他乳腺疾病发生时起着关键的调控作用,为了解及分析乳汁外泌体中可能存在的参与奶牛乳房炎抗性的miRNA,以健康牛及乳房炎奶牛乳腺组织差异表达miRNA为背景,结合目前已知的奶牛乳汁外泌体miRNA,利用Targetscan、miRDB、miRanda、Vesiclepedia、DAVID等生物信息学分析系统及数据库系统,筛选奶牛乳汁外泌体中可能参与奶牛乳房炎抗性的miRNA,并对其序列保守性、候选靶基因及靶基因参与的调控功能通路等进行预测与分析。结果表明,健康奶牛与乳房炎奶牛乳腺组织中存在显著表达差异的miRNA 29个;Vesiclepedia数据库和NCBI检索文献共获得奶牛乳汁外泌体中的miRNA 66个,其中miR-223、miR-125b、miR-378b在两数据中共存,并在人与奶牛及其他哺乳动物之间高度保守。候选靶基因的KEGG功能通路分析显示,MAPK,p53、PI3K-Akt及miRNA的癌症作用、内质网蛋白加工、溶酶体和细胞凋亡等通路均被显著富集。表明外泌体中存在的3个miRNA对奶牛乳房炎发生时的炎症反应及免疫应答均可起重要调控作用,但其具体分子机制仍有待进一步验证。研究结果可为奶牛乳房炎分子辅助选择标记的筛选以及跨物种机体免疫调控的影响因素及作用机制研究提供参考。 相似文献
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旨在探究鸡白痢沙门菌(Salmonella enterica serovar Pullorum,S.Pullorum)感染雏鸡后骨髓miRNA的差异表达特征,为深入了解鸡白痢沙门菌的致病机制提供理论基础。将7日龄SPF雏鸡随机分为两组,分别口服鸡白痢沙门菌和PBS,于感染24 h后采集骨髓进行miRNA测序,筛选差异倍数≥2且P值≤0.05的差异表达miRNAs进行靶基因预测以及GO、KEGG富集分析,随机选取6个miRNAs进行qRT-PCR验证,构建与免疫过程相关的miRNA-mRNA靶点网络。通过miRNA测序,共获得20个已知的差异表达miRNAs,其中11个上调,9个下调。qRT-PCR结果表明,miRNA变化趋势与测序结果一致。GO分析结果表明,差异表达基因主要富集在膜运输、信号转导、免疫系统、碳水化合物代谢、糖类的生物合成和代谢等,KEGG的信号通路主要富集在Notch信号通路、Hedgehog信号通路、PPAR信号通路、AMPK信号通路、Hippo信号通路等,miRNA-mRNA网络互作发现,gga-miR-1466和gga-miR-6643-5p可能是参与免疫过程相关的关键miRNA。本研究解析了鸡白痢沙门菌感染雏鸡的骨髓miRNA表达谱特征,为了解鸡白痢沙门菌和鸡之间相互作用的复杂分子致病机制提供了新的见解,为防控鸡白痢沙门菌感染提供了新策略。 相似文献
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为了解miR-125b的进化历史和潜在的生物学功能,下载不同物种miR-125b前体序列,运用Clustal W2软件进行多序列比对,构建系统进化树,q PCR方法检测固始鸡不同组织中miR-125b表达量的发育性变化,通过Targetscan 7.0与miRDB数据库对miR-125b靶基因进行预测、DAVID数据库对预测的靶基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果显示:不同物种之间miR-125b具有很高的保守性;在胚胎期下丘脑中,随着胚胎发育,miR-125b的表达量逐渐增加,出壳后又呈现逐渐降低的趋势,到36周龄表达量又显著升高;在成年期消化器官(肌胃、腺胃、小肠、肝脏)中也具有较高的表达量;经预测,miR-125b靶基因有920个,富集于组织发育、生物调节、基因表达的转录后调节、小RNA的生物学加工等生物过程和细胞外基质受体相互作用、调节肌动蛋白细胞骨架、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、不饱和脂肪酸的生物合成和NOD样受体信号等通路。结果表明:鸡miR-125b为广泛性时序表达miRNA,可能参与鸡胚胎期及出壳后生长发育相关的诸多生物学过程的调控。 相似文献
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《中国兽医杂志》2017,(10)
MicroRNA(miRNA)在炎症反应中起重要作用,本试验用miRNA测序技术研究了细菌脂多糖(Lipopolysaccharide,LPS)诱导的牛子宫内膜细胞miRNA差异表达。用1μg/mL的LPS处理牛子宫内膜细胞24 h,测定细胞上清液IL-6和IL-8分泌量,对细胞进行miRNA测序,并用荧光定量PCR验证测序结果。结果表明,LPS可诱导牛子宫内膜细胞11个miRNA表达上调、9个miRNA表达下调。差异表达miRNA的靶基因注释到生物过程的GO term共20个,注释到细胞组分的GO term共12个,注释到分子功能的GO term共20个;差异表达miRNA靶基因主要富集于PI3K-Akt和MAPK等信号通路。结果提示,miRNA在LPS诱导的牛子宫内膜细胞炎症反应中起重要作用,其作用与PI3K-Akt和MAPK等信号通路激活有关。 相似文献
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《畜牧与兽医》2016,(9):90-95
本研究旨在探讨miRNAs对猪卵泡发育过程的影响。以卵泡期第4天杜洛克猪中等M1卵泡(直径3.0~4.9 mm)与M2卵泡(直径5.0~6.9 mm)为试验材料,通过miRNA芯片杂交检测筛选到在杜洛克母猪中等M1卵泡与M2卵泡之间的差异表达miRNAs,随机抽选若干个检测到的miRNA用Q-PCR的方法对芯片结果进行验证,并预测差异表达miRNA的靶基因,进行GO及KEGG分析。结果表明:芯片检测出347个猪miRNA的表达,筛选得到表达量高且差异大的34个miRNA;随机筛选出6个差异表达的miRNA经Q-PCR验证,与基因芯片结果一致;分析得到的靶基因涉及最多的为Jak-STAT、细胞因子及其受体的相互作用信号通路,且两个信号通路均与卵泡发育相关。结果提示:检测筛选得到的差异表达miRNA可能对猪的卵泡发育过程具有调控作用。 相似文献
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为探究鸭感染鸭肠炎病毒（Duck enteritis virus,DEV）后肝脏miRNA表达谱的差异,试验以DEV-GZ株经腿部肌肉接种30日龄麻鸭,于感染后66、90和114 h采集鸭肝脏组织样本,提取组织总RNA,经质检合格后,采用高通量测序技术对对照组和试验组样品进行miRNA测序,筛选出DEV感染鸭肝脏组织的差异表达miRNA,对其进行生物信息学GO功能分类和KEGG信号通路分析,并随机选取部分差异表达miRNA进行实时荧光定量PCR验证。结果显示,鸭感染DEV后66、90和114 h,肝脏组织差异表达miRNAs数量分别为227、225和231个。GO功能注释显示,感染鸭肝脏差异表达miRNA在生物过程分类中主要为细胞过程、单有机体过程和代谢过程类别;在细胞成分分类中主要是细胞、细胞部分和细胞器类别;在分子功能分类中主要是绑定分子功能和催化活性功能类别。KEGG通路富集显示,差异表达miRNA主要涉及PI3K-Akt、JAK-STAT、磷脂酰肌醇信号通路系统、ECM-受体相互作用、MAPK、Wnt、Toll样受体、IL-17、脂质代谢、钙离子信号通路和cAMP等信号通路,其中感染66 h差异表达miRNA主要在生物系统及神经系统中发挥作用;感染90 h主要在内分泌系统及消化系统中发挥作用;感染114 h主要在全身生物、免疫和消化系统等中发挥作用。选取10个差异表达miRNAs进行实时荧光定量PCR验证,结果与高通量测序结果一致。表明DEV感染对鸭肝脏组织miRNA表达具有显著影响,为从宿主miRNA角度揭示DEV致病机制提供了参考依据。 相似文献
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ABSTRACT 1. Functional microRNA (miRNA) screening for abdominal fat tissue with different dietary vitamin E (VE) levels was performed to reveal miRNAs, genes and metabolic pathways involved in abdominal fat deposition in broilers. 2. A total of 240, one-day-old healthy female chicks were randomly allocated into five dietary treatments containing either 0, 20, 50, 75 or 100 IU DL-α-tocopherol acetate. The sequencing of miRNAs from abdominal fat tissues was performed. The target genes of miRNAs were predicted and enrichment analysis for these genes was performed. Diets supplemented with 50 IU VE significantly diminished abdominal fat deposition in broilers at day 35 of age. 3. A total of 29 miRNAs were differentially expressed between control and 50 IU VE treatment. Ten of the 23 target genes were enriched in four signalling pathways: tight junction, SNARE interactions in vesicular transport, regulation of autophagy and proteasome. 4. This study identified miRNA, target genes and pathways in dietary VE treatment for broilers, providing new insights into the miRNA regulation of abdominal fat deposition in broilers. 相似文献
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骨骼系统对机体的生命活动至关重要，它为生物体提供了造血微环境、机械支撑、保护脏器等功能，同时也是钙和其他矿物质等的储存库。家鸡尾骨的表型多样性是研究骨骼系统发育及形成机制的良好资源。Notch、Wnt信号通路的靶基因及其相互作用可以形成周期性表达的特点，是调节体节形成及尾部骨骼终止延伸的分子通路。为了解无尾鸡骨骼发育终止的分子机制，作者分别总结了骨骼发育、无尾鸡骨骼研究进展，并重点讨论影响无尾性状的关键信号通路Notch、Wnt及其在无尾鸡研究中的进展。但是，受体和配体之间相互作用的精确调节以及信号通路中的核心元素仍不清楚，需要通过更多的功能基因组和蛋白质组等方法进行深入研究。 相似文献
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【目的】 探索胚胎移植前供体牛与受体牛血浆外泌体miRNA的表达差异, 以明确血浆外泌体miRNA在牛早期妊娠中的作用及其调控机制。【方法】 以3~6岁、体重480~600 kg的夏南牛作为研究对象, 选取10头供体牛进行同期发情、超数排卵和人工授精, 23头受体牛只做同期发情处理。在人工授精后第7天, 冲洗供体牛子宫以获取囊胚, 选取3头囊胚数相近的供体牛及3头与供体牛体重和年龄均相近的受体牛, 颈静脉采血, 进行血浆外泌体的分离与鉴定; 然后提取血浆外泌体miRNA, 并检测其表达量; 采用R语言中的DESeq差异算法计算P值, 并筛选出P<0.05的miRNA, 对差异表达的miRNA进行靶基因预测、GO功能富集分析和KEGG信号通路分析。【结果】 6个样本的囊泡粒径均在135 nm左右, 符合外泌体的特征。与供体牛相比, 受体牛中有9个miRNAs表达显著上调(P<0.05), 13个miRNAs显著下调(P<0.05);22个差异表达的miRNAs中, 有15个miRNAs预测出无重复的靶基因2 990个。GO功能富集分析和KEGG信号通路分析的结果表明, 这些靶基因主要富集在与生物黏附(biological adhesion)、定位(localization)、细胞连接(cell junction)功能有关的通路上, 显著富集的信号通路与黏着斑(focal adhesion)、黏着连接(adherens junction)有关, 提示血浆外泌体miRNA可能参与调控胚胎着床。【结论】 研究结果可为筛选和探究影响胚胎着床的血浆外泌体miRNA提供参考, 并为进一步阐明血浆外泌体miRNA在母牛早期妊娠调控中的作用提供依据。 相似文献
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《动物营养（英文）》2020,6(3):258-268
Dietary macronutrients have been regarded as a basic source of energy and amino acids that are necessary for the maintenance of cellular homeostasis, metabolic programming as well as protein synthesis. Due to the emergence of “nutrigenomics”, a unique discipline that combines nutritional and omics technologies to study the impacts of nutrition on genomics, it is increasingly evident that macronutrients also have a significant role in the gene expression regulation. Gene expression is a complex phenomenon controlled by several signaling pathways and could be influenced by a wide variety of environmental and physiological factors. Dietary macronutrients are the most important environmental factor influencing the expression of both genes and microRNAs (miRNA). miRNA are tiny molecules of 18 to 22 nucleotides long that regulate the expression of genes. Therefore, dietary macronutrients can influence the expression of genes in both direct and indirect manners. Recent advancements in the state-of-the-art technologies regarding molecular genetics, such as next-generation sequencing, quantitative PCR array, and microarray, allowed us to investigate the occurrence of genome-wide changes in the expression of genes in relation to augmented or reduced dietary macronutrient intake. The purpose of this review is to accumulate the current knowledge focusing on macronutrient mediated changes in the gene function. This review will discuss the impact of altered dietary carbohydrate, protein, and fat intake on the expression of coding genes and their functions. In addition, it will also summarize the regulation of miRNA, both cellular and extracellular miRNA, expression modulated by dietary macronutrients. 相似文献
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The purpose of this experiment was to enrich miRNA library of goat and explore the role of miRNAs in the regulation of cell growth.The expression of Saanen dairy goat fetal fibroblast miRNAs was analyzed by Illumina high-throughput sequencing and bioinformatics technology.Total miRNAs cDNA library from fibroblasts of Saanen dairy goat was successfully constructed,16 395 039 total reads and 16 150 181 clean reads had been obtained and among them were 205 857 unique sRNAs.From those clean reads,247 novel miRNAs were identified and 8 401 target genes were predicted with 10 832 target sites.Meanwhile,the first base pairs of candidate miRNAs were biased for U and A.GO analysis revealed that more than 69.6% of the genes were related to cells and cellular components,more than 54.1% of the genes were involved in organelle related activity,and approximately 65.0% of the genes were related with cells and cellular processes.KEGG pathway analysis showed that approximately 10.5% of the genes were related to a metabolic pathway,and that it was the pathway that accounts for the most.In conclusion,the data showed that miRNAs played an important regulatory role in fetal fibroblasts.The results provided a basis for further research on the growth regulation of fetal fibroblasts and miRNAs of donor cells in the breast bioreactor of dairy goats. 相似文献
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本试验旨在丰富山羊miRNA文库，并探讨miRNAs在胎儿成纤维细胞生长调控中的作用。试验以萨能奶山羊胎儿成纤维细胞为研究对象，运用Illumina高通量测序和生物信息学技术分析山羊胎儿成纤维细胞miRNAs表达。成功构建了萨能奶山羊胎儿成纤维细胞miRNAs的cDNA文库，获得16 395 039 total reads，去除冗余数据后获得16 150 181条clean reads，其中unique sRNAs 205 857条。生物信息学分析获得候选新miRNAs 247条，候选miRNAs靶基因8 401个，靶基因位点数10 832个；同时分析发现候选miRNAs首位碱基对U和A具有偏向性。GO注释表明，69.6%的基因与细胞和细胞组分相关，超过54.1%的基因参与了细胞器相关活动，多达65.0%的基因与细胞及细胞过程相关联。KEGG通路分析显示，约10.5%的基因与代谢通路有关，是占比最多的一条通路，数据显示miRNAs对胎儿成纤维细胞具有重要调控作用。试验结果为胎儿成纤维细胞的生长调控及奶山羊乳腺生物反应器中供核体细胞miRNAs深入研究提供参考。 相似文献
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非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)是指从基因组上转录而来,不编码蛋白质,但在RNA水平上能行使一定生物学功能的RNA。非编码RNA的种类较多,种类的不同造成功能的差异。毛囊是绒山羊皮肤特殊的附属物,位于皮肤的真皮层,发生于绒山羊胚胎期。由于真皮细胞和上皮细胞间的信号分子传递,使其发育呈周期性变化,历经生长期、退行期和休止期。近年来,有关ncRNA在绒山羊毛囊发育中作用报道较多。文章就其中的微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)及环状RNA(circRNA)的生物发生及其在绒山羊毛囊发育中的作用机制进行了归纳、总结。miRNA是真核生物中存在的一种长18~25 nt的ncRNA分子,可通过与靶信使核糖核酸mRNA特异结合,抑制转录后基因表达。在绒山羊毛囊发育中,miRNA通过抑制相关基因及相关信号通路中关键分子的表达而调控毛囊的发育周期以及毛囊的再生能力。lncRNA是长度超过200 nt的ncRNA,经过剪接,具有polyA尾巴与启动子结构,在绒山羊毛囊发育中能促进毛囊细胞增殖与分化,通过调控基因的靶向表达与多种信号通路互作调节毛囊发育及绒毛生长的周期活动。circRNA是与传统的线性RNA不同的封闭环状RNA,含有许多miRNA结合位点,在绒山羊毛囊发育与绒毛生长中起miRNA分子海绵的作用,即通过miRNA的介导,调控靶基因的表达,促进毛囊干细胞向次级毛囊分化,进而解除与毛囊发育与绒毛生长相关的miRNA对其靶基因的抑制作用提高靶基因的表达水平。笔者通过对miRNA、lncRNA及circRNA的研究进行综述,以期为构建毛囊生长发育的分子调控网络及深入探讨绒山羊毛囊发育的调控机制提供借鉴,为今后更好地利用现代分子生物学技术改善绒毛品质提供理论依据。 相似文献