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1.
本试验采用PCR-SSCP方法对148只布鲁氏菌阴性和60只布鲁氏菌阳性中国美利奴羊白细胞表面抗原DQB1(OLA-DQB1)基因exon 2单核苷酸多态性(SNPs)进行了检测,之后挑选不同等位基因进行PCR产物测序,旨在确定该基因的多态性位点,并对每个SNP位点的等位基因频率、基因型频率进行统计分析,从而分析其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性.测序结果表明,在270 bp的序列内共检测到43个SNPs,其中G196A位点的等位基因频率在病例组和对照组中的分布存在极显著差异(P< 0.01),其基因型频率存在显著差异(P< 0.05);C211T位点的等位基因频率在病例组和对照组中存在显著差异(P< 0.05).由此表明,OLA-DQB1基因exon 2多态性与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性呈显著相关. 相似文献
2.
试验旨在研究Toll样受体2(Toll-like receptor,TLR2)基因的多态性及其与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性的相关性。利用生物信息学方法对NCBI上公布的绵羊TLR2基因序列进行比对,选出多态位点丰富的片段进行扩增,运用PCR-SSCP的方法对206个中国美利奴布鲁氏菌病阴性样本和80个中国美利奴羊布鲁氏菌病阳性样本进行TLR2基因的多态性检测,然后对不同等位基因的PCR产物进行测序,确定该基因的多态性位点,经卡方检验分析每个SNP位点的等位基因频率、基因型频率及其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性,利用生物信息学软件分析RNA二级结构及蛋白质的二级结构。结果表明,在279bp的序列中共检测到3个SNPs,分别为:C1731T、G1737C和G1749T,均未引起对应氨基酸的改变,属于无义突变。这些位点在病例组和对照组之间的等位基因频率及基因型频率均不存在显著差异(P0.05)。各突变位点均能引起RNA二级结构和最小自由能的改变,而蛋白质的二级结构均未改变。由此得出,中国美利奴羊TLR2基因的3个SNPs位点(C1731T、G1737C和G1749T)与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性无相关性。 相似文献
3.
试验旨在研究Toll样受体2（Toll-like receptor,TLR2）基因的多态性及其与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性的相关性。利用生物信息学方法对NCBI上公布的绵羊TLR2基因序列进行比对,选出多态位点丰富的片段进行扩增,运用PCR-SSCP的方法对206个中国美利奴布鲁氏菌病阴性样本和80个中国美利奴羊布鲁氏菌病阳性样本进行TLR2基因的多态性检测,然后对不同等位基因的PCR产物进行测序,确定该基因的多态性位点,经卡方检验分析每个SNP位点的等位基因频率、基因型频率及其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性,利用生物信息学软件分析RNA二级结构及蛋白质的二级结构。结果表明,在279 bp的序列中共检测到3个SNPs,分别为：C1731T、G1737C和G1749T,均未引起对应氨基酸的改变,属于无义突变。这些位点在病例组和对照组之间的等位基因频率及基因型频率均不存在显著差异（P>0.05）。各突变位点均能引起RNA二级结构和最小自由能的改变,而蛋白质的二级结构均未改变。由此得出,中国美利奴羊TLR2基因的3个SNPs位点（C1731T、G1737C和G1749T）与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性无相关性。 相似文献
4.
试验旨在研究DQB2基因外显子2多态性与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性的相关性。通过PCR-SSCP技术对146只布鲁氏菌阴性哈萨克羊血液样本和28只布鲁氏菌阳性哈萨克羊血液样本中的白细胞表面抗原DQB2基因外显子2的多态性进行研究,挑取不同的等位基因进行克隆测序,经卡方检验分析每个SNP位点的基因频率、基因型频率及其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性,应用生物信息学软件分析与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性相关的不同等位基因的mRNA二级结构及蛋白质的二级结构、三级结构和抗原表位。结果发现,在270 bp的外显子2序列中共检测到33个SNPs,其中C9G、A180G位点的基因频率在病例组和对照组中的分布具有极显著性差异（P<0.01）,其基因型频率在病例组和对照组中存在显著差异（P<0.05）;A13T、C133G位点的基因频率在病例组和对照组中存在显著差异（P<0.05）;进一步分析发现,A180G突变位点的最小自由能最低,其mRNA二级结构最稳定;A13T和C133G 2个突变位点均引起mRNA二级结构及蛋白质二级结构、三级结构和抗原表位的改变。本试验结果表明DQB2基因外显子2多态性与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性呈显著相关。 相似文献
5.
试验旨在探讨哈萨克羊诱导型一氧化氮合酶（iNOS）基因多态性与布鲁氏菌病的相关性。使用虎红平板凝集试验（RBPT）方法对231只哈萨克羊血清进行布鲁氏菌病血清学检测,参考GenBank中绵羊iNOS基因序列,针对其第6、7、8外显子及其邻近内含子片段设计引物,利用PCR-SSCP技术和DNA测序技术对231只哈萨克羊的iNOS基因进行多态性检测,分析其SNPs与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性的相关性。结果表明,67只哈萨克羊为布鲁氏菌感染阳性,阳性检出率为29.00%。在哈萨克羊iNOS基因的外显子6和8片段上未检测到多态位点,在外显子7片段上检测出F7-T18054C和F7-C18084T 2个多态位点,在F7-T18054C多态位点上检测到3种基因型（TC、TT、CC）,优势等位基因和基因型分别是C型和CT型,其等位基因频率和基因型频率分别是0.660和0.446。在F7-C18084T多态位点上检测到2种基因型（CT、CC）,优势等位基因频率和基因型分别是C和CC型,其等位基因和基因型频率分别是0.946和0.892。F7-C18084T属于低度多态（PIC<0.25）,F7-T18054C属于中度多态（0.25 < PIC < 0.5）。相关性分析表明,F7-T18054C和F7-C18084T多态位点与布鲁氏菌病易感性无显著相关性（P>0.05）。试验结果表明,哈萨克羊iNOS基因F7-T18054C和F7-C18084T多态位点与布鲁氏菌病易感性不存在相关性。 相似文献
6.
试验旨在研究白细胞表面抗原DRB1基因外显子3多态性与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性的相关性。运用混合DNA池结合PCR产物直接测序方法,对哈萨克羊DRB1基因外显子3进行多态性分析,经卡方检验分析每个SNP位点的等位基因频率、基因型频率及其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性,利用生物信息学分析软件对PCR扩增所获序列进行RNA二级结构及蛋白质的二级结构和抗原表位分析。结果表明,在282bp的外显子3序列中共检测到7个SNPs,分别为:T10C、C119T(Trp→Arg)、G215C(Gln→Glu)、A238G、T245G(Ser→Ala)、G256A、C259T,这些位点在病例组和对照组之间的等位基因频率及各基因型间不存在显著性差异(P0.05);进一步分析发现,各突变位点均引起RNA二级结构和最小自由能的改变,各错义突变位点均未引起蛋白质二级结构和抗原表位的改变。由此得出,DRB1基因外显子3的7个SNPs位点(T10C、C119T、G215C、A238G、T245G、G256A和C259T)与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性无相关性。 相似文献
7.
试验旨在研究白细胞表面抗原DRB1基因外显子3多态性与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性的相关性。运用混合DNA池结合PCR产物直接测序方法,对哈萨克羊DRB1基因外显子3进行多态性分析,经卡方检验分析每个SNP位点的等位基因频率、基因型频率及其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性,利用生物信息学分析软件对PCR扩增所获序列进行RNA二级结构及蛋白质的二级结构和抗原表位分析。结果表明,在282 bp的外显子3序列中共检测到7个SNPs,分别为：T10C、C119T（Trp→Arg）、G215C（Gln→Glu）、A238G、T245G（Ser→Ala）、G256A、C259T,这些位点在病例组和对照组之间的等位基因频率及各基因型间不存在显著性差异（P > 0.05）;进一步分析发现,各突变位点均引起RNA二级结构和最小自由能的改变,各错义突变位点均未引起蛋白质二级结构和抗原表位的改变。由此得出,DRB1基因外显子3的7个SNPs位点（T10C、C119T、G215C、A238G、T245G、G256A和C259T）与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性无相关性。 相似文献
8.
试验旨在对哈萨克绵羊DRB1基因外显子1和4多态性与布鲁氏菌病的相关性进行研究。使用虎红平板凝集试验（RBPT）对试羊的血清进行血清学检测，参考GenBank中绵羊MHC ClassⅡ区DRB1基因序列（登录号：NC_040271.1），对其外显子1和4片段设计引物，采用PCR-SSCP和DNA测序技术对230只哈萨克绵羊的DRB1基因进行多态性检测，分析其多态位点与哈萨克绵羊布鲁氏菌易感性之间的关系。RBPT检测发现66只哈萨克绵羊为布鲁氏菌感染阳性，阳性检出率为28.7%。外显子1片段存在一个SNP位点（F1-G22A），测序确定两种基因型（GG、GA），优势等位基因和基因型分别为G、GG，F1-G22A多态位点的易感基因型为GA。卡方检验表明，哈萨克绵羊DRB1基因F1-G22A多态位点与布鲁氏菌易感性的相关性不显著（P>0.05）。通过生物信息学在线软件分析得出，F1-G22A多态位点导致了RNA二级结构的改变和最小自由能的降低，引起了蛋白质二级结构的改变。DRB1基因外显子4片段未发现SNPs。由此得出，哈萨克绵羊DRB1基因F1-G22A多态位点与布鲁氏菌易感性可能存在一定的相关性。 相似文献
9.
绵羊跨膜蛋白154基因(Transmembrane protein 154,TMEM154)多态性与进行性肺炎的易感或抗性有关。本研究以绵羊TEME154基因第2外显子G103A(E35/K35)位点SNP为候选分子标记,利用PCR直接测序法检测TEME154基因型,对该基因在新疆地区8个绵羊品种(阿勒泰羊、哈萨克羊、巴音布鲁克羊、多浪羊、策勒黑羊、巴什拜羊、德国美利奴羊和中国美利奴羊)的遗传多态性进行分析。结果表明:绵羊TMEM154基因在第2外显子103bp处发生了G-A突变,PCR测序共检测到3种基因型;即AA、AG和GG,G103A位点的GG(E35)基因型与绵羊进行性肺炎的高敏感性相关,在阿勒泰羊、哈萨克羊、巴音布鲁克羊、多浪羊、策勒黑羊和巴什拜羊群体中属于优势基因型,而在中国美利奴羊和德国美利奴羊群体中比例较低。方差分析表明,该位点的基因型频率在阿勒泰羊、哈萨克羊、巴音布鲁克羊、多浪羊、策勒黑羊和巴什拜羊等进行性肺炎高敏感群体和中国美利奴羊和德国美利奴羊等低敏感群体间存在显著差异(P0.05)。本研究结果提示,绵羊TMEM154基因第2外显子G103A位点多态性在进行性肺炎高敏感与低敏感的绵羊群体中分布存在较大差异,该SNP可作为一个理想的分子标记应用于绵羊的抗病育种。 相似文献
10.
试验旨在研究骨骼肌中特异表达miR-133前体在不同绵羊群体中的多态,分析其与绵羊骨骼肌发育表型的相关性。采用PCR-SSCP技术对miR-133前体序列在特克赛尔羊、中国美利奴细毛羊、阿勒泰羊和湖羊四种不同产肉性能的绵羊群体进行了多态性检测,并分析多态性位点对miR-133前体序列二级结构、二级结构稳定性及加工、成熟的影响。结果表明,miR-133前体序列下游194bp(g.54047535)处检测到AG突变,并且该SNP与绵羊的产肉性能存在明显的相关性,在特克赛尔羊中GG是优势基因型,G等位基因频率高达0.86,是中国美利奴细毛羊群体该位点频率的4倍。二级结构的生物信息学预测结果表明,该SNP位点致使miR-133前体的二级结构发生明显改变,自由能值降低3.2kJ/mol。以上结果提示,绵羊miR-133前体序列的SNP(g.54047535)位点可能对miR-133前体的加工成熟具有重要影响,并最终影响绵羊的产肉性能。 相似文献
11.
XU Wan-yun WANG Hui-min LI Jian-hua WANG Wen-lun HU Meng-wei GAO Jian-feng 《中国畜牧兽医》2015,42(12):3294-3299
The association of Chinese Merino sheep eNOS gene exon8 polymorphisms with brucellosis susceptibility was studied in this research.The sequences of human and Chinese Merino sheep eNOS gene exon8 were aligned by the bioinformatics methods,and the polymorphisms of human eNOS gene in the NCBI SNP database were statistically analyzed.The polymorphisms of 101 Chinese Merino sheep negative samples and 61 Chinese Merino sheep positive samples were detected by PCR-SSCP method,and then the PCR products of different alleles were sequenced,aiming to determine exon8's polymorphism loci,and the allele frequency and genotype frequency of SNP loci were statistically analyzed.A novel SNP locus (ss974768653:A142G) was detected at the 142 bp of eNOS gene exon8,and the locus had no difference in allele frequency and each genotype between negative and positive groups (P >0.05).There might be no correlation between the A142G polymorphism locus of Chinese Merino sheep eNOS gene exon8 and brucellosis susceptibility. 相似文献
12.
WANG Wen-wen XU Wan-yun HU Meng-wei LI Jian-hua LIU Peng-tao GAO Jian-feng 《中国畜牧兽医》2015,42(6):1495-1503
The single nucleotide polymorphisms (SNPs) of ovine lymphocyte antigen DQB1 (OLA-DQB1) gene exon 2 was amplified by PCR-SSCP method from 148 healthy and 60 infected with Brucella Chinese Merino sheep and then PCR products of different alleles were sequenced to determine the polymorphism loci of the gene.The differences in gene frequency and genotype frequency of each SNP loci were analyzed statistically to analyze its correlation with brucellosis susceptibility.The sequencing result showed that 43 SNPs were detected in 270 bp DNA sequence,the gene frequencies of G196A allele had extremely significant difference in case and control samples (P< 0.01),and its genotype frequencies presented significant difference (P< 0.05).Similarly,C211T allele was significantly different in case and control samples (P< 0.05).The results showed that the polymorphism of OLA-DQB1 gene exon 2 might be a significant association gene with brucellosis susceptibility. 相似文献
13.
The purpose of this experiment was to study the correlation between exon 1 and 4 polymorphisms of DRB1 gene and brucellosis in Kazakh sheep.Using RBPT serological tests to try sheep serum,reference in GenBank sheep MHC Class Ⅱ area DRB1 gene sequences (Accession No.:NC_040271.1),the exon 1 and 4 pieces designed primers,using PCR-SSCP and DNA sequencing technology to 230 Kazak sheep DRB1 gene polymorphism detection,analyze its polymorphism loci and the relationship between the Kazak sheep Brucella susceptibility.The results showed that 66 Kazakh sheep were positive for Brucella in RBPT test,and the positive detection rate was 28.7%.There was one SNP locus (F1-G22A) in exon 1 fragment,and sequencing determined two genotypes (GG and GA),the dominant allele and genotype were G and GG respectively,and the susceptibility genotype of the polymorphisms of F1-G22A was GA.Chi-square test showed that there was no significant correlation between the polymorphisms of DRB1 gene F1-G22A and Brucella susceptibility in Kazakh sheep (P>0.05).According to the analysis of bioinformatics online software,the F1-G22A polymorphic sites lead to the change of RNA secondary structure and the decrease of minimum free energy,and lead to the change of protein secondary structure.No SNPs were found in DRB1 exon 4 fragment.Therefore,there might be a certain correlation between the polymorphisms of DRB1 gene F1-G22A and Brucella susceptibility in Kazakh sheep. 相似文献
14.
本试验旨在研究中国美利奴羊内皮型一氧化氮合酶（endothelial nitric oxide synthase,eNOS）基因第7、13、14外显子上的单核苷酸多态性（SNPs）和单氨基酸多态性（SAPs）。利用生物信息学方法对人、小鼠和中国美利奴羊eNOS基因上的第7、13、14外显子进行了相似性比较,并对GenBank SNP数据库上已公布的人和小鼠eNOS基因外显子多态性进行了统计分析,然后采用PCR-SSCP方法对120只中国美利奴羊eNOS基因的这3个外显子的扩增片段进行分析,通过分析发现在120只中国美利奴羊这3个外显子上并没有SNPs位点,说明中国美利奴羊eNOS基因上的这3个外显子区域相对保守。 相似文献
15.
WANG Yuan-yuan YAN Guo LUO Cheng QI Jiang-jiao ZHOU Guang-pu TAN Jun GAO Jian-feng 《中国畜牧兽医》2017,44(12):3543-3553
This study was aimed to investigate the association between the polymorphism of DQB2 gene exon 2 and the susceptibility to Kazakh sheep brucellosis. The DQB2 gene exon 2 of Kazakh sheep lymphocyte antigen was amplified by PCR-SSCP method from 146 healthy and 28 infected with Brucella Kazakh sheep, and the single nucleotide polymorphisms (SNP) was analyzed, then the different alleles were selected for cloning and sequencing. In order to analyze its correlation with brucellosis susceptibility, the differences in gene frequency and genotype frequency of each SNP locus were analyzed by Chi-square test. Bioinformatics softwares were used to analyze the secondary structure of mRNA, the secondary structure, tertiary structure and epitope of protein. The sequencing result showed that 33 SNPs were detected in 270 bp DNA sequence, the gene frequencies of C9G and A180G were extremely significantly different in case group and control group (P<0.01), and its genotype frequencies presented significantly difference (P<0.05). Similarly, A13T and C133G loci were significant difference in case group and control group (P<0.05). Further analysis result showed that the minimum free energy of the A180G mutation site was the lowest and its mRNA secondary structure was the most stable; Both A13T and C133G mutation sites caused the changes of mRNA secondary structure, protein secondary, tertiary structure and antigenic epitope of protein, respectively. The results showed that the polymorphism of DQB2 gene exon 2 might be significantly correlated with brucellosis susceptibility in Kazakh sheep. 相似文献
16.
旨在研究绵羊Fsp27基因的组织表达/多态性及其与不同绵羊品种尾脂沉积能力的关联性。本研究采用qRT-PCR检测了营养充足期阿勒泰羊不同组织中Fsp27基因的表达情况,同时对营养充足期和营养匮乏期阿勒泰羊尾脂组织中Fsp27基因的表达情况进行了定量分析,采用PCR-SSCP结合测序技术检测了5个不同尾脂沉积能力绵羊品种Fsp27基因的突变情况,并分析了相关突变与绵羊尾脂沉积能力的关联性。结果表明,Fsp27基因在营养充足期阿勒泰羊尾脂中高表达,其表达量极显著高于其他组织（P<0.01）,在肾周脂肪和皮下脂肪组织中的表达量也较高,极显著高于心、肝、脾、肺、肾、胃、肠、皮肤和骨骼肌组织（P<0.01）。在心、肝、脾、肺、肾、胃、肠、皮肤和骨骼肌组织中呈微量表达,且各组织间差异不显著（P>0.05）。另外,营养充足期阿勒泰羊尾脂中Fsp27基因的表达量极显著高于营养匮乏期（P<0.01）。绵羊Fsp27基因在不同尾脂沉积能力品种群体中共检测到25个突变位点,其中位于第3外显子g.16771741的G/A突变以及第5外显子g.16774969的C/T突变均为错义突变,且与绵羊尾脂沉积能力高度相关。g.16771741的G/A突变在尾脂沉积能力较强的阿勒泰羊、小尾寒羊和湖羊群体中以G等位基因为主,分别占到86.8%、83.7%和85.7%,而尾脂沉积能力较差的中国美利奴细毛羊和萨福克羊群体中G等位基因分别仅占30.3%和11.1%。g.16774969的C/T突变在阿勒泰羊群体中以T等位基因为主,TT基因型占84.7%,CT基因型占15.3%,没有检测到CC基因型;在短脂尾型的小尾寒羊和湖羊群体中,TT和CT基因型也分别占到65.9%、50.4%和22.7%、41.1%,而在长瘦尾的中国美利奴细毛羊和萨福克羊群体中则以CC基因型为主,分别占到97.4%和69.4%,没有检测到TT基因型。以上研究结果表明,Fsp27基因在阿勒泰羊尾脂中高表达,且其在尾脂中的表达量与阿勒泰羊的营养状态密切相关,Fsp27基因第3外显子g.16771741的G/A突变以及第5外显子g.16774969的C/T突变与绵羊尾脂沉积能力高度相关,可以作为理想的分子标记用于低脂肪绵羊品种的选育。 相似文献