共查询到10条相似文献，搜索用时 312 毫秒
1.
本实验以线粒体功能性蛋白基因alternative oxidase（AOX）作为研究对象，对隐孢子虫分离株进行扩增测序，用Clustal X1.81对扩增的序列与GenBank下载的相关序列进行比对，用Paup4.0程序中邻接法（neighbor-joining method，NJ）、最大简约法（Parsimony, MP）建树，同时用PUZZLE程序Version 4.1构建最大似然树（Maximum Likelihood, ML），以确定不同隐孢子虫分离株之间的进化关系，并与18SrRNA和HSP70基因构建的进化树作参照，进而评价AOX这一基因序列是否适合作为隐孢子虫基因分型和进化关系分析的基因座。结果：通过AOX构建的进化树将隐孢子虫分为两大类：C.baileyi和C.meleagridis关系更为密切两者处于一个分枝，C.hominis、C.suis、C.parvum牛基因型和C.parvum鼠基因型处于另一个分枝上。不同隐孢子虫之间的同源性介于91.8％～99.6％，能有效区分隐孢子虫不同基因型。因此，AOX基因序列也可作为隐孢子虫分离株种系发育的遗传标记。 相似文献
2.
鹅出血性多瘤病毒(Goose hemorrhagic polyomavirus,GHPV)为近年来我国鸭群新发病原。为明确我国鸭源GHPV基因组特征,本研究利用分段PCR扩增技术克隆获得樱桃谷鸭(Anas platyrhynchos domestica)源GHPV(FJ201601株)全基因组序列,并对其进行核苷酸同源性比较和遗传进化分析。结果表明,克隆的GHPV(FJ201601株)全基因组序列长为5 254 bp(Gen Bank登录号MG544856),(G+C)%含量为48.01%,编码的6个主要功能基因(ORF-X,VP2,VP3,VP1,Large T和Small T)长度分别为510、981、654、1062、1 911和483 bp。核苷酸同源性分析表明,FJ201601株和其他不同地区、不同宿主来源GHPV相互之间基因组核苷酸同源性较高(99.7%以上);其6个主要功能基因和其他不同地区、不同宿主来源GHPV相应基因的核苷酸(99.4%以上)和氨基酸同源性(98.2%以上)均极高。从全基因组及其编码的6个主要功能基因遗传进化关系可见,GHPV各分离株在基因组上亲缘关系较近,6个主要功能基因在遗传进化上差异不大,但北京鸭源GHPV和樱桃谷鸭源GHPV在遗传进化上仍存在细微差别,且不同宿主(多品种鸭和鹅)源GHPV在遗传进化上不存在宿主特异性。本研究丰富了GHPV分子流行病学数据,明确了GHPV基因组分子特征,为后续开展GHPV相关研究提供参考。 相似文献
3.
建阳橘柚兼具橘和柚的优良性状,为了解其携带的柑橘衰退病毒(CTV)分离株的分子特征及其传播到江西赣州对赣南脐橙产业的影响,将建阳橘柚(Citrus paradisi×C.reticulata)CTV分离株JY-5嫁接接种到赣南脐橙纽荷尔(C.sinensis)品种上,比较接种前后病毒外壳蛋白(cp)基因的HinfⅠRFLP和SSCP变化情况,实验结果表明,建阳橘柚上CTV分离株RFLP组群由接种前的单一组群变为混合组群,SSCP谱带数增加,在建阳橘柚上受抑制的CTV分离株在纽荷尔脐橙上能得到较好地增殖;同时接种前后分离株cp,p23和k17基因片段序列同源性及聚类分析表明,在建阳橘柚上的CTV分离株JY-5与其嫁接接种在纽荷尔脐橙上的JY-5R分离株并未在系统进化树上聚类在一起,表明两者不具有紧密的亲缘关系,结合RFLP和SSCP分析结果推测,JY-5R可能是在建阳橘柚上受抑制的分离株在纽荷尔脐橙上恢复了增殖。研究结果提示,建阳橘柚上的CTV分离株一旦传到赣南脐橙上,对赣南脐橙产业会带来一定的威胁。 相似文献
4.
广东地区副猪嗜血杆菌KRG血清分型及基因分型多态性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
本研究对保存的2007～2008年广东地区发病猪群中分离的48株副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis)进行了分析.用琼脂扩散进行血清分型,结果表明48株临床分离菌株鉴定出7个血清型,其中以5型为主,占总菌株的23.68%.采用肠杆菌基因间重复序列-PCR(Enterobacterial repetitive intergenic consensus-PCR)法进行基因分型分析,结果显示,48株不同来源副猪嗜血杆菌菌株基因型呈现多态性分布;分析得到31个基因型PHYLIP-3.68软件对31个基因型的电泳图谱进行基因分型及遗传关系的分析,结果得到8个群,其中B为优势群,占总菌株数的66.67%.表明广东地区的副猪嗜血杆菌的基因型和血清型十分丰富,ERIC-PCR技术可成为其分子流行病学研究的有效手段. 相似文献
5.
本研究应用鸡胚尿囊腔接种的方法,从广西患传染性支气管炎的免疫失败的病鸡中分离到一株传染性支气管炎病毒（IBV）（命名GX-YL5）,通过间接血凝试验、动物回归试验和气管环交叉中和试验对该毒株进行鉴定和主要生物学特性的研究,同时利用RT-PCR技术扩增克隆该病毒的S1基因和N基因并测定其核苷酸序列。结果表明：该病毒株有间接血凝性;致病性较强;血清型不同于常用疫苗株H120、Ma5、4／91。同源性分析表明,S1基因核苷酸和氨基酸序列与参考株的同源性分别为63.5％-81.2％和50.7％-78.8％;N基因核苷酸和氨基酸序列与参考株的同源性分别为85.7％-87.2％和89.5％-91.7％;S1基因和N基因系统进化分析表明分离株与其它参考毒株的亲缘关系较远。S1基因和N基因分型与血清学试验结果相吻合。本研究结果提示了广西分离株GX-YL5可能是一个新的变异株,这可能是目前免疫失败的重要因素,同时也为研制适合本地使用的IBV疫苗提供了科学依据和物质基础。 相似文献
6.
根据GenBank中猪圆环病毒2型(Porcine circovirus2,PCV2)的核苷酸序列设计2对引物,使用扩增全基因的引物对来源于河南省焦作、开封和滑县的3株PCV 2型JZ株、KF株和HX株的ORF2基因进行扩增,扩增片段克隆到pMD18 T上,获得重组质粒pMD18-T-ORF2,并对其进行测序,测序结果登录在GenBank上,登录号分别为EF028202、EF064149和EF467928.序列分析表明,PCV2河南分离株ORF2基因与其它PCV2 ORF2基因核苷酸序列同源性为92.4%～99.6%,氨基酸序列同源性为90.6%～97.9%,进化分析表明,河南分离株处于同一分支,与欧洲株亲缘关系较近.应用另一对引物从重组质粒pMD18-T-ORF2中PCR扩增出587 bp不包含核定位信号序列的ORF2基因,克隆到表达载体pET-32a,成功构建了重组质粒pET-32a-ORF2,经IPTG诱导表达了ORF2基因编码的结构蛋白,经SDS-PAGE和Western blotting检测,表达的重组蛋白分子量约为40 kD,可被PCV2阳性血清识别,说明PCV2 ORF2基因得到成功表达. 相似文献
7.
选取2002～2007年从上海市分离鉴定的11株鸡新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）强毒株,克隆其融合蛋白（Fusion,F）基因片段,测序后登录GenBank,序列号分别为NDV 022433（EU258661）、022435（EU258662）、0210149（EU258653）、0210154（EU258654）、0210227（EU258656）、0210252（EU258658）、03024（EU258637）、04011（EU258639）、05013（EU258640）、07011（EU258642）和07023（EU258643）。序列分析结果显示：上述分离株的F基因扩增片段为1 654 bp,编码551个氨基酸,其核苷酸序列同源性为94.6%～100%,推导的F蛋白氨基酸序列同源性为93.0%～100%;各分离株F蛋白裂解位点序列均为112R-R-Q-K-R-F117,为基因Ⅶ型NDV强毒株。系统发育分析表明：这11株NDV分离株之间的遗传距离较近,而与传统疫苗株B1、La Sota、V4和F48E9的遗传距离较远。此外,这11株NDV强毒株均具有大多数鹅源NDV毒株特有的973和1 249 nt RsaⅠ位点。 相似文献
8.
新型鸭呼肠孤病毒NP03株S3基因序列分析 总被引：2，自引：1，他引：1
根据GenBank禽呼肠孤病毒(ARV)和番鸭呼肠孤病毒(MDRV)S3基因序列设计合成1对引物,特异性扩增新型鸭呼肠孤病毒NP03株的S3基因,并对其序列进行分析.结果克隆获得NP03株S3 cDNA包含完整的阅读框架,同源性分析NP03分离株S3基因核苷酸序列与ARV、火鸡呼肠孤病毒(TRV)和MDRV的同源性分别为60%～60.2%、61.9%和58.2%～62.7%,氨基酸的同源性分别为68.2%～69%、68.2%和63%～70.4%.表明NP03株的S3基因具有不同于ARV和MDRV的特征,分离毒NP03是一株新型鸭呼肠孤病毒. 相似文献
9.
2008年至2009年间,在湖南和湖北两省的活禽市场中分离到了14株H6亚型禽流感病毒,为了解这14株病毒之间的分子特征和差异,我们运用PCR和测序鉴定对这14株病毒的NA基因进行了分型,并对其表面基因HA和NA进行序列测定及序列分析。14株H6亚型病毒中,H6N2亚型12株,H6N6亚型2株。序列测定和进化分析结果显示：DK/HN/284的HA基因与其它13株的HA差异性较大,差异性达到19.4%～20.2%,其余13株毒同源性在94.2%～99.9%;N2亚型NA基因的同源性在91.1%～99.9%,差异性比较大;两株N6亚型NA基因同源性为89.5%,差异明显。这些数据表明：不同毒株呈现一定的地域性差异。与我国周边其它地区的H6亚型禽流感毒株序列进行比较发现,只有DK/HN/284的HA基因与香港早期的毒株可能有着共同的来源,其余都与香港和韩国等的毒株有着较大的差异性,并且各个毒株的HA基因上潜在的糖基化位点和受体结合位点也有所不同,这些数据表明,这些毒株表现出明显的异源性。 相似文献
10.
为明确口蹄疫病毒(Foot-and-mouthdisease virus,FMDV)持续感染与病毒基因变异潜在关系,研究FMDV持续感染分离株结构蛋白VP1和非结构蛋白3ABC基因在牛体内的动态变化.实验用O/Akesu/58毒株以104ID50/mL剂量舌面穿刺接种5头黄牛,出现临床或亚临床症状后痊愈动物会成为可能的FMDV带毒牛.用探杯定期采集实验牛咽喉部黏性液体(O/P液),接种BHK-21细胞增殖病毒后共分离到12株毒株.RT-PCR扩增持续感染分离毒株VP1和3ABC基因,克隆测序发现,所有持续感染分离毒株的VP1基因核苷酸和氨基酸同源性都在98%以上,且没有碱基缺失或插入现象;但与O/Akesu/58的核苷酸同源性仅为85%左右,氨基酸同源性也仅为90%.持续感染分离株VP1基因有多处位点发生突变,其中有16个核苷酸位点发生一致突变,但只有两个位点造成氨基酸突变(I56→T、A210→E);在所有FMDV持续感染分离毒株之间有4个核苷酸位点和3个氨基酸位点发生了颠换.非结构蛋白3ABC基因较为稳定,仅有13个核苷酸位点和5个氨基酸位点的颠换,与宿主嗜性相关的3A基因也没有缺失.推测FMDV持续感染的形成与主要结构抗原基因VP1和宿主嗜性相关基因3ABC变异的关系不显著. 相似文献