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1.
目的 探究雄性榧树Torreya grandis天然居群的表型多样性，初步筛选雄性优良单株，为科学配置优良授粉树和提高香榧T. grandis ‘Merrillii’种实产量和品质提供参考。 方法 以5个雄性榧树天然居群的121个单株为材料，对叶片单叶质量、叶形指数及雄球花单花质量、花形指数、花粉得率、花粉生活力等10个表型性状进行了分析，探讨其表型变异程度和变异规律，并初步筛选了雄性榧树优良单株。 结果 ①在居群间除了叶长和花粉得率有显著差异(P＜0.05)外，其他性状均无显著差异(P＞0.05)；在居群内10个表型性状都存在显著性差异，即居群内的变异大于居群间的变异，表明雄性榧树表型变异主要来源于居群内，人工选择要以单株选择为主。②10个表型性状中雄球花指标的变异系数大于叶片，且花粉生活力和花粉得率平均变异系数分别为42.36%和34.13%，变异较为丰富，因此授粉优树的选择可基于雄球花性状指标。③根据雄株雄球花性状指标综合筛选出了早、中、晚型36个优良单株，可在今后的选育和造林实践中应用。 结论 雄性榧树表型性状在居群内具有更加丰富的遗传多样性，在后期遗传改良中应重视群体内优良单株的选择，而球花大小、花粉生活力和花粉得率是榧树雄株进行优株初选的重要表型指标。图1表7参26 相似文献
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对野生榧树居群进行遗传多样性分析,有利于榧树野生资源的开发和利用。利用基于榧树(Torreya grandis)种仁转录组开发的36对多态性EST-SSR引物,对5个野生榧树居群共142个单株的遗传多样性进行分析。通过聚类分析、STRUCTURER遗传结构分析、分子方差分析(AMOVA)和主坐标分析(PCoA)等方法分析居群遗传结构。结果表明,5个居群的平均等位基因数(N_a)为4.285 7～6.638 9,Shannon’s指数(I)为1.015 0～1.373 6,Nei's遗传多样性指数(H)为0.532 7～0.656 1。36个SSR位点的平均遗传分化指数F_(st)为0.261 9,平均近交系数F_(is)为0.398 1,平均基因流(N_m)为0.704 7。居群成对分析显示,除黄山-嵊州居群间以及嵊州-松阳居群间,其他居群间F_(st)均大于0.15,基因流大于1。分子方差分析表明5个榧树居群的遗传差异主要存在于居群内(72%)。居群的遗传结构分析显示,黎川与松阳居群的遗传结构比较相似,而诸暨居群、嵊州居群及黄山居群等3个居群的遗传结构差异较大。5个野生榧树居群具有较高的遗传多样性,居群遗传结构的分析结果与各居群的地理分布基本一致。 相似文献
3.
采用ISSR分子标记技术,对中国特有树种长叶榧的遗传多样性和遗传分化进行分析.用10个引物对浙江省仙居县的5个长叶榧居群共100个样品进行扩增,共测到136个位点,其中多态位点72个,多态位点百分率（P）为52.97%.长叶榧总的Shannon信息指数(I)为0.269 1,Nei指数（h）为0.175 8,表明种水平的遗传多样性较高,而居群水平的遗传多样性较低,P平均为28.09%,I平均为0.138 9,h平均为0.091 2.AMOVA分子差异分析表明长叶榧居群间遗传分化程度高,45.72%的变异存在于居群间,54.28%的变异存在于居群内,居群间的基因分化系数（Gst）为0.489 1.长叶榧居群间的基因流很低,为0.522 4.瓶颈效应、居群隔离和遗传漂变可能是造成长叶榧居群低遗传多样性和居群间较高遗传分化的主要原因.5个居群间的平均遗传距离为0.128 0.利用算权平均数法（UPGMA）对长叶榧居群进行聚类,结果可分为两大类群:下辽和龙潭坑2个居群组成一个类群;石舍与石长坑居群先聚在一起,再与夹坟坑居群组成另一个类群. 相似文献
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基于榧树( Torreya grandis)基因组DNA测序数据开发SSR分子标记,利用MISA和Primer 3.0脚本设计SSR引物,从中选择合成20对SSR引物并在10个榧树品种中进行多态性扩增,其中6对引物成功扩增并鉴定到多态性,各个位点的等位基因数量介于4~9个之间,平均等位基因数约为6个,多态信息含量PIC平均值为1.779 2。本研究开发的SSR引物能为榧树遗传多样性研究、品种指纹图谱构建提供依据。 相似文献
5.
为了探讨新疆野杏种质资源的遗传多样性和亲缘关系,利用ISSR分子标记技术,对新疆伊犁地区3个居群、135份野杏种质资源进行了PCR扩增。研究表明,22条引物共扩增出465条多态性条带,多态性位点百分率为99.49%;从物种水平分析,新疆野杏种质资源的多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性和Shannon信息指数分别为99.57%,1.9957,1.3879,0.2449,0.3874;从居群水平分析,各居群的多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性和Shannon信息指数各指标的平均值分别为76.80%,1.7680,1.3463,0.2120和0.3287;3个居群的各项指标均为霍城居群最高,新源居群最低,巩留居群居中;新疆野杏种质资源的遗传变异主要来自于居群内(86.43%),少部分来自于居群间(13.57%);各居群中霍城居群和新源居群亲缘关系最近,遗传分化程度小;新源居群和巩留居群间亲缘关系最远,遗传分化程度大。 相似文献
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以位于北回归线穿越的广西中部西江流域的来宾市五里塘285份普通野生稻样本为材料,利用平均分布于水稻12条染色体上的24个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示：24对微卫星标记引物共检测到73个等位基因,平均每对引物得到3个,平均多态信息含量（PIC）为0．4177,平均遗传杂合度（H）为0．4245,说明这些普通野生稻材料中有丰富的遗传多样性。通过逐步聚类分析,从285份材料中选出30份作为核心种质,该核心种质包含了24个微卫星标记能够检测到的所有基因突变位点,基本上可以代表该居群的遗传多样性。研究结果对居群的种质评估、遗传多样性保护和资源利用提供了参考依据。鉴于广西来宾市五里塘普通野生稻遗传多样性较丰富,建议对该原生地的现有居群进行重点保护和利用。 相似文献
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【目的】确定广西普通野生稻Oryza rufipogon Griff.遗传多样性中心,构建普通野生稻核心种质资源,为广西普通野生稻资源保护利用提供参考资料。【方法】利用24对微卫星标记分析来自郁江流域、红水河流域、南流江流域和桂北山区的普通野生稻623份材料的遗传多样性;采用逐步聚类法构建10%和5%的广西普通野生稻核心种质。【结果】24个SSR位点总共检测到114个等位基因。平均等位基因数为4.75,平均有效等位基因数为3.000 1,Shannon信息指数为1.180 1,平均期望杂合度为0.638 8。9个居群遗传多样性指数为:邕宁居群临桂居群扶绥居群容县居群贵港居群平南居群古棚居群五里塘居群博白居群。4个区域的多样性指数为:郁江流域桂北山区南流江流域红水河流域。广西普通野生稻资源5%的核心样本共31份,其中邕宁居群有14份,扶绥居群有12份;邕宁居群和扶绥居群分别占本居群分析样本的5.76%和18.75%,是核心样本的主要来源。【结论】郁江流域是广西普通野生稻多样性中心;邕宁居群的普通野生稻地理分布广、种类丰富,而扶绥居群遗传多样性异常丰富,它们是核心样本的主要来源,也是值得特别关注和重点保护的重要区域。 相似文献
8.
利用24对SSR引物比较了来自我国广东高州、江西、福建、云南等地区及东南亚国家共计240份普通野生稻材料的遗传多样性。结果表明,24对引物中平均有17个位点表现出多态性,平均多态位点比率为69%;平均总等位基因数、平均每个位点的等位基因数、多态位点的平均等位基因数分别为51、2.04、2.43个,平均基因多样性为0.8447。指出高州野生稻5个居群间已经出现了较显著的分化,高州镇江镇朋山村普通野生稻的遗传多样性最高。 相似文献
9.
目的 栎属植物种间经常发生种间杂交和基因渐渗现象，特别是同域分布的同组内栎树之间，这种情况会更加频繁。本文通过对北京山区3种栎属植物居群遗传结构遗传变异与遗传结构进行研究，为了解北京地区自然分布的栎属植物种间基因渐渗情况、种质资源现状以及经营管理提供有效数据。 方法 本文使用6对SSR引物对云蒙山、上方山和北农林场同域分布的304个蒙古栎、槲树、槲栎的居群遗传多样性、遗传结构和种间基因渐渗进行了研究。 结果 共检测到等位标记105个，每个位点的平均等位标记数（Na）为17.5个，期望杂合度（He）为0.660 ~ 0.911，平均为0.838，多态性信息含量指数（PIC）为0.632 ~ 0.903，平均为0.822，3种栎树在总体水平上具有较高的遗传多样性。在种的水平上，3种栎树的平均等位标记数（Na）为12.667 ~ 14.167，期望杂合度（He）为0.743 ~ 0.849，多态性信息含量指数（PIC）为0.725 ~ 0.826，3种栎属植物的遗传多样性水平为蒙古栎 > 槲树 > 槲栎。对7个栎树居群的遗传结构分析表明，遗传变异大部分发生在居群内。通过Structure软件对3种栎树种间基因渐渗进行分析，发现槲树?槲栎、槲树?蒙古栎和槲栎?蒙古栎这3个种对间均有基因渐渗发生。 结论 在北京山区分布的蒙古栎、槲树和槲栎这3种栎属植物之间存在普遍的、复杂的渐渗杂交现象。 相似文献
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目的 白皮松作为我国濒危的乡土树种,具有重要的经济和园林观赏价值,为进一步开发和利用白皮松种质资源,本研究基于EST-SSR标记对北京地区3个不同种源地的白皮松群体遗传多样性开展评价。 方法 以白皮松转录组数据为依据,对其微卫星位点进行筛选并设计合成了96对引物,并对北京温泉苗圃栽培收集的3个不同种源地（北京、山东、山西）的白皮松群体,共60个植株开展遗传多样性分析,对其群体内与群体间的遗传结构进行评价。 结果 96对引物中共筛选获得了5对多态性引物,其观察杂合度、期望杂合度、多态性信息含量和等位基因位点个数变化范围分别为0.203 ~ 0.433、0.211 ~ 0.530、0.187 ~ 0.484和2 ~ 5。3个白皮松样本群体中等位基因数量、有效等位基因数量、香农信息指数、观察杂合度和固定指数变化范围为2.400 ~ 3.000、1.516 ~ 1.761、0.484 ~ 0.606、0.295 ~ 0.362和?0.075 ~ 0.081,平均值分别为2.677、1.632、0.560、0.333和?0.007。遗传分化系数和基因流变化范围分别为0.021 6 ~ 0.115 3和1.399 6 ~ 11.340 0,平均值分别为0.090 2和2.521 2。AMOVA分析显示遗传变异主要来自于群体内,群体间差异较小,仅占据11%。 结论 本研究共获得了5对多态性的白皮松EST-SSR引物,可用于后续白皮松群体遗传多样性分析和分子标记辅助育种工作;北京温泉苗圃栽培收集的3个不同种源地的白皮松群体分析结果表明,当地现有收集的白皮松种源群体遗传相似度较高,在未来种质资源保存和苗木繁育工作中应考虑增加其他种源地的白皮松群体。 相似文献
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目的 揭示我国不同地区流苏树（Chionanthus retusus）天然群体的遗传多样性，更好地为合理保护和开发利用提供科学依据。 方法 采用相关序列扩增多态性（SRAP）分子标记技术对不同地区的7个流苏树天然群体的62份样品进行了遗传多样性和群体遗传结构研究。 结果 （1）7个流苏树天然群体具有较高的遗传多样性，8对SRAP引物共扩增出1 728条清晰条带，其中1 649条具有多态性，PPB（多态性条带比例）为95.43%；群体间的有效等位基因数为 1.213 7，Nei’s基因多样性指数为 0.153 7，Shannon’s信息多样性指数为0.268 0。（2）流苏树天然群体存在较高水平的种群内遗传变异和较低水平的群体间遗传变异（Gst = 0.133 6），7个流苏树天然群体间存在较高水平的基因交流（Nm = 3.243 7）。（3）流苏树群体间的遗传相似系数介于0.898 0 ~ 0.973 6之间，平均值为0.934 4，经Mantel检验（r = 0.288，P = 0.205）及群体间的聚类证明群体间的遗传距离与地理距离之间无明显相关性；62份流苏树初级种质聚类结果表明大部分种质表现为同一群体的多数个体聚在一起，部分种质存在不同群体间的个体聚在一起的现象，表现出群体间遗传变异相对稳定而种群内的遗传变异水平相对较高的特点，与基因多样性分析结果一致。 结论 综合多因素分析推测，太行山地区可能是我国流苏树种质资源的主要产区。 相似文献
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目的 通过开发特异性高的多态性分子标记位点,以弥补金银花在简单重复序列（SSR）标记方面的匮乏,推动金银花在遗传资源管理及良种鉴定等方向的研究,为后续全基因组测序及组装策略奠定基础。 方法 运用RAD-seq技术对2份金银花样品进行简化基因组测序,利用MISA软件识别contig上的SSR序列并对各类型序列特征进行归纳分析,进而设计引物并利用生物信息学的方法进行引物筛选和有效性检测。 结果 对‘九丰一号’和‘亚特’金银花进行简化基因组测序,分别获得27.805 Mbp和42.560 Mbp干净读长。在组装的45 850个基因序列中共检测到46 999个SSR位点,其中单核苷酸重复单元比例最高（49.15%）,六核苷酸重复单元最少（0.20%）。SSR位点的重复基序以（A/T）n为主,具有偏向性。除单碱基和二碱基重复类型外,SSR位点基序的重复次数集中在5 ~ 6次,且随重复次数增加,SSR位点重复类型出现的频率呈下降趋势。金银花基因组SSR序列长度介于10 ~ 310 bp之间,随重复次数增加,各SSR序列出现的频率逐渐下降。利用Primer3.0成功设计出38 507对SSR引物,设计成功率为81.93%。对挑选的35对SSR引物进行多态性分析,等位基因数、观测杂合度和多态性信息含量（PIC）的平均值分别为5.057、0.363和0.568,其中高多态信息位点26个,中度多态信息位点9个,均未偏离哈迪–温伯格平衡。 结论 利用RAD-seq技术可实现SSR标记的大量开发和多态性SSR引物的筛选,并为金银花在遗传多样性分析和种质鉴定等相关方面的研究提供数据支持。 相似文献
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目的 采用简单重复序列间扩增(ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)等2种标记技术分析不同种源白及Bletilla striata样本的遗传多样性水平和遗传关系,为白及种质的鉴定、分类、保护和开发提供理论依据。 方法 从100个ISSR引物和238对SRAP引物组合中筛选出多态性高、扩增条带清晰、重复性好的引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,用Popgene 32.0计算来自浙江、云南、贵州和四川等省32个不同种源白及的遗传多样性参数和遗传距离,用NTSYS-pc 2.10e进行聚类分析。 结果 从100个ISSR引物中筛选出11个多态性较好的引物,共扩增出188个条带,平均每个引物扩增出17.09个条带,其中多态性位点174个,占总扩增片段的92.20%;从238对SRAP引物组合中筛选出11对多态性较好的引物组合,共扩增出216个条带,平均每个引物扩增出19.64个条带,其中多态性位点202个,占总扩增片段的93.52%。综合ISSR和SRAP的标记结果发现:四川白及种源的遗传多样性水平最高,贵州最低;非加权组平均法(UPGMA聚类)和主坐标分析(PCoA分析)结果显示:聚为一类的白及种源大多来自同一省份,云南省与四川省白及种源的遗传距离较近,浙江省和贵州省白及种源的遗传距离较近,说明遗传距离与地理距离存在一定的重合,但并不呈正相关。 结论 本研究所选白及种源间具有较高的遗传多样性,ISSR和SRAP标记技术均可有效揭示白及的遗传多样性和亲缘关系。图4表4参25 相似文献
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目的 千年桐是大戟科油桐属的一种重要的工业油料树种，较同属的油桐具有更强的抗枯萎病能力，近年来受到了广泛关注。然而，因千年桐栽培历史短及种质管理的不足，目前对其分子遗传方面的研究还非常有限。本研究旨在开发千年桐的基因组SSR标记，进而开展其种质的鉴定、遗传多样性与群体结构分析。 方法 采用RAD测序技术获得千年桐简化基因组以开发SSR标记，基于SSR标记利用分子变异分析（AMOVA）、非加权组平均法（UPGMA）聚类、主坐标（PCoA）与群体结构分析等方法对来自3个不同地理分布的共105份千年桐种质资源进行研究。 结果 17个多态性的三核苷酸基因组SSR标记被开发，并能够很好地鉴别所有收集的105份千年桐种质。在其中62份种质中检测到85个私有等位基因，涉及15个SSR位点。AMOVA分析发现，千年桐群体间呈现出中等程度的遗传分化，但群体内的遗传变异远高于群体间的遗传变异。群体结构分析显示，3个来自不同地理分布的千年桐群体中存在4个不同的基因库，群体间既有进化独立性，又有较高程度的遗传混合，这一结果与UPGMA和PCoA分析的结果基本一致。 结论 新开发的17个SSR标记有效鉴定了105份千年桐种质，揭示了其遗传多样性和群体遗传结构，对千年桐种质保存和育种计划具有非常重要的参考价值。 相似文献
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目的 在白皮松全基因组范围内开发大量特异性SNP分子标记,为白皮松关键基因定位、分子标记辅助选择和种质资源评价提供足够多的分子标记资源。 方法 本研究以5个群体的共52份白皮松资源为材料,选择火炬松基因组为参考基因组,利用特异性位点扩增片段测序技术（SLAF-seq）,在多态性SLAF标签上开发大量特异性SNP位点,并过滤出一批高质量SNP位点用于白皮松不同群体的遗传多样性分析。 结果 通过序列对比分析,共获得23 597 049个SLAF标签,其中具多态性的SLAF标签有370 659个,共开发得到1 291 290个白皮松群体SNP。在缺失率小于20%、次要等位基因频率（MAF）大于5%的条件下,对所有SNP位点进行过滤,共得到346 840个高一致性的白皮松群体SNP,占SNP总量的26.9%,其中包含9个仅在北京鹫峰（JF）群体中存在变异的SNP位点、148个仅在陕西蓝田（LT）群体中存在变异的SNP位点、425个仅在甘肃麦积山（MJS）群体中存在变异的SNP位点、1 466个仅在陕西午子山（WZS）群体中存在变异的SNP位点、4个仅在山西柏洼山（BWS）群体中存在变异的SNP位点。基于过滤后的346 840个SNP分子标记在5个白皮松群体中进行的遗传多样性分析表明,白皮松不同群体间的遗传多样性存在显著差异,其中MJS和WZS群体的遗传多样性水平相对较高,JF群体的遗传多样性水平相对较低。 结论 研究结果表明,利用SLAF-seq技术可以实现全基因组范围内大量SNP标记位点的开发,且开发的SNP标记在白皮松不同群体中表现出较为丰富的遗传多态性,为白皮松种质资源鉴定、QTL定位、遗传连锁图谱构建以及重要性状的关联分析等研究奠定了基础,对今后白皮松种质资源保护和分子标记辅助选择育种具有重要意义。 相似文献
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利用筛选出的21对SSR引物对7个燕山板栗群体142份资源和1个太行山板栗群体9份资源进行遗传多样性分析,并构建不同群体的聚类树状图和主坐标分析图,旨在为燕山板栗种质资源的遗传背景明晰和创新利用提供依据。结果表明:21对引物共检测到71个等位变异位点,变异范围为2～6,平均每对SSR引物可检测到3.38个等位位点;多态性信息含量为0.614 5～0.972 3,平均0.866 8。8个板栗群体有效等位基因数Ne、Nei’s多样性指数H、Shannon’s信息指数I、总遗传多样性指数Ht、群体内遗传多样性指数Hs分别为1.457 8、0.309 9、0.468 0、0.306 2和0.291 2,说明燕山板栗群体的遗传多样性和变异度较高,其中遵化群体的多态性位点百分率最高,为97.18%,青龙和迁西群体次之,分别为95.77%和94.37%,表明遵化、迁西一带是燕山板栗资源遗传多样性最为丰富的区域。UPGMA聚类分析表明,迁西和宽城群体间的遗传相似性最大,亲缘关系最近;怀柔和邢台(太行山)群体间的遗传相似性最小,遗传差异较大。聚类分析图和主坐标分析图可将燕山板栗主产区青龙、迁西、宽城、兴隆、遵化和怀柔群体资源划为1类,而处于太行山区邢台群体为1类,说明燕山板栗和外来品种存在明显的差异,各群体的遗传关系和地理来源有一定关联性。 相似文献
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【目的】对来自广西、云南、海南和广东的63份木奶果种质资源进行遗传多样性分析,并构建对应的DNA指纹图谱,为木奶果种质资源的分类鉴定、保护和利用提供理论参考。【方法】选取3份地理位置相差较远的种质,从75条SCoT引物中筛选出条带清晰、重复性好和多态性丰富的引物,对63份供试种质进行多态性扩增,利用Popgene 1.... 相似文献
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