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1.
提取禽多杀性巴氏杆菌分离株Pm27基因组DNA,参考GenBank中Pm70株ompW基因序列设计引物,应用PCR技术扩增了细菌ompW基因,将扩增片段克隆到pMD18-T载体后测序。生物信息学分析表明,该基因编码区长度为615bp,编码204个氨基酸;氨基酸序列与参考株Pm70 OmpW蛋白的同源性最高,达98%;与睡眠嗜血杆菌的同源性77%,与琥珀酸产生菌的同源性为69.3%,与霍乱弧菌、大肠杆菌、耶尔森菌的同源性为50%左右。OmpW蛋白前21个氨基酸残基为信号肽序列,潜在的糖基化位点位于第122位氨基酸残基。 相似文献
2.
根据Genbank中禽多杀性巴氏杆菌的omp（outer membrane protein）基因核苷酸序列设计1对特异性引物,应用PCR方法扩增出禽多杀性巴氏杆菌（5∶A）C48-1株的omp基因全长片段,与克隆载体pmD18-T连接后,转化感受态细胞,对经PCR鉴定和酶切鉴定均为阳性的克隆进行测序。结果表明omp基因全长2 376bp,编码791个氨基酸。序列分析表明该菌株与PBA100株、P52株、EU570212、PM70株核苷酸同源性为48.7%～98.6%,氨基酸同源性为34.8%～99.0%。 相似文献
3.
兔多杀性巴氏杆菌株外膜蛋白A基因克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
参考GenBank中登录的多杀性巴氏杆菌序列设计了一对特异性引物,采用PCR方法分别扩增出兔多杀性巴氏杆菌C51-2-499株、C51-3-500株的OmpA全长片段,克隆到pMD18-T载体上进行序列测定和分析。结果表明：OmpA全长1068 kb,含有一个1068 kb的开放阅读框(ORF),编码353个氨基酸,相对分子量为37 969.8 kD,等电点pI为8.90。与6株参考菌株比较,核苷酸同源性为897%～99.1%,氨基酸同源性为82.9%～98.6%。 相似文献
4.
根据禽多杀性巴氏杆菌psl基因序列,设计了1对引物,从猪源多杀性巴氏杆菌5:A型Ts-8株中扩增出453bp的psl基因,将其克隆到pMD18-T载体后测序。序列分析表明,该基因与禽多杀性巴氏杆菌T16株的psl基因序列只相差2个碱基,同源性高达99%;与流感嗜血杆菌编码P6蛋白的基因序列同源性为83%。猪psl基因的推导氨基酸序列与禽psl基因、P6蛋白的氨基酸序列同源性分别为100%,87%。结果表明,多杀性巴氏杆菌psl基因在猪和禽的菌株中是高度保守的,而且与P6蛋白的氨基酸序列具有较高的同源性。 相似文献
5.
为了对禽多杀性巴氏杆菌(Pm)外膜蛋白H(Omp H)的免疫学活性进行鉴定,本研究根据已发表的多杀性巴氏杆菌X-73株(U50907.1)设计了两对引物,用PCR方法扩增了禽多杀性巴氏杆菌CVCC44801株的Omp H,扩增片段为1 348bp(ORF为1 056bp)。扩增的Omp H与GenBank中登录号为AE004439.1(Pm70株)、EF635422.1(C44-1株)、EU016232.1(P52株)、JQ082510.1(XJ121株)、U50907.1(X-73株)、U52200.1(P-1059株)的序列比对分析结果表明,其核苷酸同源性范围在80.2%~98.4%,氨基酸同源性范围在79.6%~98.5%。扩增了去信号肽的Omp H基因,构建原核重组表达质粒pET-Omp H,转化BL21并诱导表达,SDS-PAGE结果表明,表达蛋白约为56ku,与预期分子量的大小相符;蛋白免疫印迹试验结果表明,该蛋白具有良好的免疫学活性,为建立禽Pm血清学检测方法以及禽多杀性巴氏杆菌外膜蛋白疫苗的研究奠定了基础。 相似文献
6.
参照GenBank中巴氏杆菌外膜蛋白H(ompH)基因核苷酸序列,设计了一对特异性引物,通过PCR方法,扩增了3株不同毒力猪源巴氏杆菌CA4-1株、679-230株、3397A株ompH全基因.PCR产物克隆至pMD18T载体,进行序列分析,发现3个菌株ompH基因完整的ORF大小分别为1008 bp、1008 bp和1047 bp,分别编码336、336、349个氨基酸,它们的前20个氨基酸均组成信号肽.与已知的15个Heddleston血清型的核苷酸及其推导的氨基酸序列比较,核苷酸同源性在83.3%～99.8%,氨基酸同源性在79.2%～99.4%.序列分析结果表明,ompH基因在不同血清型之间具有较高的同源性. 相似文献
7.
根据已发表的Pm70株的序列(GenBank登录号:AE004439)设计了两对引物,用PCR方法扩增了鸭多杀性巴氏杆菌标准株C48-102的外膜蛋白基因A(ompA),扩增的片段为1062bp。将测序结果与GenBank中多杀性巴氏杆菌P52、PM70、T931317、T94289的ompA序列比对结果表明,核苷酸水平上同源性为89.0%～98.9%;在氨基酸水平上同源性为90.7%～99.2%。全ompA序列在大肠杆菌中干扰蛋白的正常表达,因此截断ompA蛋白的信号肽序列,将去信号肽的ompA基因插入到pPRO-EX-Htb载体上,构建了原核表达载体Htb-ompA,转化BL21,并诱导表达,SDS-PAGE结果表明,表达蛋白约为35kDa,与预期的分子量大小相符。Western-blot结果表明,表达的蛋白具有良好的抗原活性。本研究重组蛋白ompA的获得,为敲除ompA基因多杀性巴氏杆菌突变株的血清学检测奠定基础。 相似文献
8.
鸭疫里默氏杆菌中国分离株的外膜蛋白A基因的克隆与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了对鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)中国分离株的外膜蛋白A(OmpA)基因的序列进行分析,根据GenBank中已发表的鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)的外膜蛋白A(Om-pA)基因序列,在其高度保守区设计一对特异性引物,应用PCR技术,分别扩增从中国广东、福建和山东等地分离的8株鸭疫里默氏杆菌中国分离株的OmpA基因,克隆测序后与GenBank中已发表的26株鸭疫里默氏杆菌进行序列比较,结果表明:所有菌株的OmpA基因均为由1164个碱基组成的ORF,编码387个氨基酸组成的蛋白质,起始密码子均为ATG,终止密码子均为TAA,其核苷酸序列非常保守,同源性高达88.2%~100%,氨基酸同源性达到88.9%~100%。试验表明,OmpA基因具有种内相对保守性,其核苷酸与氨基酸同源性与鸭疫里默氏杆菌的血清型、分离时间和地点之间无必然联系。 相似文献
9.
禽大肠杆菌O2、O78菌株外膜蛋白A基因扩增及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据Genbank中大肠杆菌K-12外膜蛋白A基因的核苷酸序列设计引物,从禽大肠杆菌O为O2、O78及它们的融合株O2．78(Chl^rNor^r)中分别扩增得到外膜蛋白A基因(ompA),进行序列测定及分析发现3个菌株的ompA均由2276nt组成,核苷酸序列完全相同,只有一个大的开放性阅读框(ORF),长1041bp,编码由346个氨基酸组成的前外膜蛋白A(pro-OmpA),前21个氨基酸残基组成信号肽,成熟的OmpA由325个氨基酸残基组成,相对分子质量为37000．其氨基酸序列也完全相同．从基因水平上证明了禽大肠杆菌O2和O78菌株存在相同的外膜蛋白A抗原。 相似文献
10.
为了解不同鸭源鸡杆菌菌株外膜蛋白W基因(ompW)的差异性,对不同地域32株鸭源鸡杆菌ompW基因进行扩增、测序,并应用DNAstar/MegAlign和MEGA.5.05软件对其进行比对及遗传进化分析。结果表明:ompW基因存在于所有检测的鸭源鸡杆菌中。全长在630~711bp,编码209~236个氨基酸。与参考株UMN179的ompW核苷酸同源性为88.7%~100%,氨基酸同源性为86.7%~99.6%。不同来源的鸭源鸡杆菌的核苷酸同源率为84.1%~100%,氨基酸同源性为78.7%~99.6%。进化树分析表明,鸭源鸡杆菌ompW序列差异与分离地理位置,毒力无明显的相关性。 相似文献
11.
鸭疫里默氏杆菌PCR快速检测方法的建立与应用 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank中16株鸭疫里默氏杆菌(RA)的外膜蛋白A(OmpA)基因序列,在其保守区设计了一对特异性引物,建立了PCR方法,并对已有5个血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌和6株临床分离未定型的里默氏杆菌菌株,及病死鸭病料组织进行了检测。结果表明,5个血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌和6个未定型的里默氏杆菌的DNA都可扩增出592 bp的特异目的条带,而对鸭源大肠杆菌、鸭源多杀性巴氏杆菌、鸭源沙门氏菌的扩增结果均为阴性,在对11只不同鸭场病死鸭各种组织的检测中,脑的检出率为5/11(高于细菌分离的3/11),肝脏的检出率为4/11(高于细菌分离的3/11),心血的分离率为3/11(等于细菌分离的3/11),其它脏器未检测到里默氏杆菌。分别将鸭疫里默氏菌基因组DNA和菌落提取液进行10倍梯度稀释,基因组DNA的最小检出量为10 pg,菌落最小检出量为10 CFU/m l。此法可用于快速鉴定鸭疫里默氏杆菌,也适用于病料的直接检测。 相似文献
12.
参考Genbank中的序列设计1对特异性引物对1株疫苗株和6株广西分离株的P32基因进行全基因序列测定和分析。结果显示,广西分离株间的核苷酸同源性为99．4％～100．0％,与疫苗株间的同源性为99．6％～99．9％,与Genbank中已发表山羊痘序列间的同源性为99．3％～99．8％;推导的氨基酸同源性为98．1％～100．0％、98．8％～99．7％、97．8％～99．4％;与国内疫苗毒株相比,广西分离株在100～105位缺失了6个碱基A,在651位所有广西分离株核苷酸的碱基全部由T变为C,647～652位核苷酸构成由TGTATA变异为TGTACA,多了1个限制性内切酶Bsp1407 I位点。研究结果为深入了解广西山羊痘分离株的分子特性以及山羊痘的诊断与防治奠定了基础。 相似文献
13.
7株猪圆环病毒2型福建分离株全基因组序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
根据已发表的猪圆环病毒2型(PCV2)基因序列,分段设计2对PCV2特异性引物,用PCR方法扩增近年从福建省部分发病猪场分离鉴定的7株PCV2的全基因序列并进行比对分析.结果表明:7株PCV2基因组全长1767 bp,与GenBank上发表的17株PCV2参考毒株的同源性为94.7%-99.5%;7株PCV2分离株之间的全基因同源性高达98.4%-99.5%;7株PCV2 ORF2编码蛋白均具有很强的亲水性和抗原性,其核苷酸及推导的氨基酸同源性高达98.9%-99.7%和97.9%-99.6%,与参考毒株的同源性分别为91.1%-99.7%和85%-100%,存在一定的差异.可见,7株PCV2在基因水平上差异不显著,在地域分布上也没有明显差异. 相似文献
14.
鸭疫里默氏杆菌病对养鸭业危害严重,传统及常规检测方法均有不足,因此有必要建立起一种更加快速简捷、敏感实用的菌落PCR法。根据GenBank公布的鸭疫里默氏杆菌ATCC株OMPA基因序列,在基因保守区设计特异性引物,直接挑取单菌落作为模板,从分离鉴定的1,2,10,11型15株菌及1,2,10,11型4株参考菌株中均能扩增出大小为670 bp的特异性核酸片段,而对照的大肠杆菌、多杀性巴氏杆菌的扩增结果均为阴性;将培养菌用TE作10倍梯度稀释,最低检出限量为80个鸭疫里默氏杆菌;建立的菌落PCR与常规PCR法比较,两种方法均能扩增出相同的特异性条带。结果表明,菌落PCR法具有较好的特异性和敏感性,与常规PCR法结果完全一致,且更加快速简捷,在临床应用上具有更好的实用价值。 相似文献
15.
猪圆环病毒2型厦门株-1的ORF2基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据猪圆环病毒2型(PCV2)基因序列,设计合成1对引物,对PCV2厦门株-1(XM-1)的ORF2基因进行PCR扩增.扩增产物经琼脂糖凝胶电泳分析,可清晰看见1条与设计相符的大小为729 bp的特异条带.提取该片段进行测序,并与国内外24株PCV2毒株的ORF2进行比较,发现得到的PCV2 XM-1的ORF2与广西PCV2分离株(AY556475)核苷酸和氨基酸序列同源性均达到100%,与其它PCV2毒株ORF2的同源性分别为91.6%-99.9%和88.9%-100%,表明厦门地区生猪已感染PCV2,PCV2的ORF2基因与其它毒株有所不同. 相似文献