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轮枝镰孢SSR标记开发及在玉米分离群体遗传多样性分析中的应用 总被引：5，自引：2，他引：3
【目的】开发轮枝镰孢（Fusarium verticillioides）的SSR标记,为轮枝镰孢遗传多样性研究提供技术支持。【方法】利用Fastpcr在轮枝镰孢基因组中查找符合条件的SSR位点,采用Primer5.0软件设计引物,利用NTSYS及Popgene分析来自玉米的轮枝镰孢单孢分离物群体的PCR扩增结果。【结果】共设计有效扩增SSR引物158对,经筛选,109对（69.0%）可扩增出2条及以上的条带,其中55对引物（34.8%）多态性较好,可扩增出3条及以上的条带。从11条已组装的轮枝镰孢染色体上各选出2对多态性引物,计22对引物,对66株轮枝镰孢玉米分离物进行扩增,共获得125个等位变异,变异范围为2-11个,平均为5.68个。轮枝镰孢玉米分离物之间Nei’s基因多样性指数为0.1139-0.8687,平均为0.6199,表现出较高的遗传多样性。【结论】基于轮枝镰孢基因组序列开发的SSR标记具有很好的多态性,可用于轮枝镰孢的遗传多样性分析。用22对SSR引物扩增,以遗传相似系数0.3进行划分,可将66株轮枝镰孢玉米分离物分为3群;中国轮枝镰孢玉米分离物的遗传多样性与地理分布无相关性。 相似文献
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小白菜种质遗传多样性与亲缘关系的SRAP 和SSR 分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用SRAP和SSR标记对小白菜进行遗传多样性分析,从666对SRAP、160对SSR引物中筛选出59对多态性明显、条带清晰、稳定可靠的引物,对41份小白菜材料进行扩增,共扩增出519条带,平均每对引物扩增出6.2条,扩增出多态性条带数171条,多态性比例为32.9%。利用聚类软件进行分析,41份小白菜种间遗传距离在0.58~0.87之间,在遗传相似系数0.58处可将41份小白菜材料分为两大类。研究表明,小白菜品种具有丰富的遗传多样性,大多数小白菜种质资源之间的亲缘关系与其地理来源有较大的相关性。SRAP标记适用于分析种质的遗传距离,从种质资源保存的角度分析,SSR标记能够较全面地保证种质资源遗传多样性。 相似文献
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应用SSR分子标记技术分析了55份陕西地方桑树种质资源的遗传多样性,结果表明,28对SSR引物在55份桑树品种中共扩增出261条带,多态性比率为100%;55份桑树品种间的遗传相似系数变异范围为0.6398~0.9655,平均遗传相似系数为0.8027。采用UPGMA法对55份桑树品种的遗传关系进行聚类分析,供试材料被分成3个大类。结果显示,供试桑树种质材料的亲缘关系与地理分布不存在关联。 相似文献
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为明确我国黄淮产区地黄种质间遗传多样性,解析种质间的亲缘关系,为该区地黄品种选育和种质鉴定提供依据,利用毛细管电泳技术和108对SSR引物对地黄种质进行分析,以获取种质间遗传相似系数、多态性引物、种质分辨率,利用软件TASSEL 3.0和Fig Tree(V 1.4.3)进行聚类分析和作图,选取多态性好、稳定性强的引物构建地黄种质的SSR指纹图谱。结果表明,共获得多态性引物50对,其片段长度在107～365 bp,种质间遗传相似系数在0.552～0.984,平均为0.729,野生种质的平均遗传相似系数明显低于地方品种和当前主栽品种。聚类结果显示,17个地黄种质分为3个亚群。选取并利用多态性强和分辨率高、扩增稳定的15对引物构建了地黄种质的SSR指纹图谱,实现了对每个地黄种质的快速鉴定。综上,SSR分析是实现地黄鉴真、聚类、DNA指纹图谱构建的一种有效方法。 相似文献
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为精准鉴定贵州荞麦种质资源,采用SSR分子标记对60份荞麦种质进行遗传多样性分析,构建DNA分子身份证数据库。结果显示,从100对SSR引物中筛选出16对稳定性好、多态性丰富的引物,在60份供试种质中共扩增出174个多态性条带;Shannon’s信息指数、Nei’s多样性指数、多态信息指数均值分别为0.337、0.206、0.693,引物的多态性较好,能有效揭示60份荞麦种质的遗传多样性;在Dice遗传相似系数为0.374时,所有供试材料可聚为A、B、C 三组;当Dice遗传相似系数为0.484时,将苦荞组（A组）更细分为A1、A2两个小组。采用毛细管电泳及8%的聚丙烯酰胺凝胶（PAGE）电泳对SSR标记扩增产物进行双验证,2种方法的聚类结果一致。结果表明,本研究开发的高效性SSR分子标记能够有效地鉴定贵州荞麦重要种质的遗传多样性且用于构建分子身份证。 相似文献
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【目的】利用SSR标记进行毛葡萄遗传多样性的分析,阐明毛葡萄种质的亲缘关系,为有效利用野生毛葡萄种质及挖掘优良基因提供参考。【方法】利用筛选的多态性SSR引物对70份毛葡萄进行SSR扩增,评价不同种质遗传多样性,并分析亲缘关系。【结果】从40对SSR引物中筛选出16对多态性引物,共扩增出123 条带,每对引物可检测到等位位点数3-15个,多态率26.7%-100.0%。PopGene分析结果表明,毛葡萄种群Nei’s 基因多样性平均指数为0.4412,多样性信息平均指数为0.6308,具有较高的遗传多样性。Nei’s相似性系数分析结果表明,70份毛葡萄种质的遗传相似系数在0.60-0.89。UPGMA 聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.61 处,70 份毛葡萄材料可分为3大类群：第一类包含两份毛葡萄材料,编号为70和91,均来自广西罗城县;第二类包含5份材料,编号为28、1、129、3和131,除131外,其余4份来自广西罗城县;其他63份归为第三类,其中50份为广西罗城县毛葡萄。【结论】广西罗城县毛葡萄具有丰富的遗传多样性,可为毛葡萄种质资源的利用和品种选育提供参考。 相似文献
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30份海南地区引种甘薯种质资源的SSR分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为热带地区甘薯引种和新品种培育提供重要的理论依据,通过农艺性状比较筛选出在海南地区适应性较好的30份甘薯引种种质资源,利用SSR分子标记技术对30份甘薯种质资源进行遗传多样性分析,明确其在DNA分子水平上的遗传差异。结果表明:11对SSR引物可扩增出57条清晰的条带,其中多态性条带53条,多态性百分率93.0%,平均每对引物5.18条。经遗传相似性和聚类分析,30个甘薯品种遗传相似性系数在0.42~0.96,平均为0.62,甘薯品种间遗传多样性较丰富。以0.61的相似系数为阈值,30份材料聚成3大类。 相似文献
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蘑菇属17个菌株的酯酶同工酶分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用酯酶同工酶对野生双孢蘑菇和褐色、白色双孢蘑菇栽培种,大肥菇,美味蘑菇和姬松茸等蘑菇属17个菌株进行了酶谱带表型和相似性聚类分析,结果表明野生双孢蘑菇与双孢蘑菇之间亲缘关系较近,相似系数为0.667,而与大肥菇和姬松茸之间亲缘关系较远,相似系数分别为0.00,0.333;野生双孢蘑菇组织分离菌株、多孢分离菌株和单孢分离菌株遗传变异幅度较小,亲缘关系较近,表明野生双孢蘑菇的遗传背景较单一;同时分析了大肥菇与美味蘑菇,褐色蘑菇彼此之间,以及白色双孢蘑菇菌株彼此之间的亲缘关系。 相似文献
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广西桑树种质资源亲缘关系的SRAP分析 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】从DNA分子水平了解广西地方桑树种质资源的系统发育和亲缘关系。【方法】利用SRAP分子标记技术对28份广西地方桑树种质资源进行SRAP多态性和聚类分析。【结果】筛选的22对SRAP引物组合从28份材料中共扩增出144条谱带,其中45条为多态性带,多态性带比率为31.81%。每对引物组合的谱带数和多态性带数分别为6.55条和2.05条。供试材料间的遗传相似系数为0.8264～1.0000,平均为0.8944。UPGMA聚类结果表明,28份桑树材料可分成3类,Ⅰ类包括20份广西地方种质资源,Ⅱ类包括7份广西选育的种质资源,Ⅲ类包括1份广西种质资源。【结论】广西桑树种质资源品系间存在较高的遗传变异,桑树地方种质资源的遗传多样性和亲缘关系与地域性有密切关系,可为桑树种质资源的分类、保护和育种利用提供参考。 相似文献
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广西桑树种质资源亲缘关系的SRAP分析 总被引：1，自引：1，他引：0
【目的】从DNA分子水平了解广西地方桑树种质资源的系统发育和亲缘关系。【方法】利用SRAP分子标记技术对28份广西地方桑树种质资源进行SRAP多态性和聚类分析。【结果】筛选的22对SRAP引物组合从28份材料中共扩增出144条谱带,其中45条为多态性带,多态性带比率为31.81%。每对引物组合的谱带数和多态性带数分别为6.55条和2.05条。供试材料间的遗传相似系数为0.8264～1.0000,平均为0.8944。UPGMA聚类结果表明,28份桑树材料可分成3类,Ⅰ类包括20份广西地方种质资源,Ⅱ类包括7份广西选育的种质资源,Ⅲ类包括1份广西种质资源。【结论】广西桑树种质资源品系间存在较高的遗传变异,桑树地方种质资源的遗传多样性和亲缘关系与地域性有密切关系,可为桑树种质资源的分类、保护和育种利用提供参考。 相似文献
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为减少猕猴桃组培过程中变异苗带来的损失,对‘Hort 16A’猕猴桃组培继代苗进行AFLP动态监测。通过试验建立了猕猴桃基因组DNA多态性的AFLP分析体系,并对R7 R11五代75个样本进行遗传多样性分析。研究结果表明：AFLP分析体系DNA最适用量为300 ng,内切酶最适用量为1 U,酶切最适时间为4 h,T4 DNA ligase最适用量为1 U,adpter最适用量为15 μL,ATP最适用量为2 μL,预扩增引物（100 μmol·L-1）最适用量为08 μL,选择性扩增Taq酶最适用量为025 μL （5 000 U·mL-1）,筛选出条带数最多的引物有8对。在遗传多样性分性中,共得到494个条带,其中多态性条带为310条,多态性比例为627%。猕猴桃组培苗继代到第9代还能较好地保持基因遗传稳定性,从第10代开始,变异率随着继代次数的增加呈明显上升趋势。 相似文献
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采用联合国粮农组织（FAO）和国际动物遗传学会（ISAG）联合推荐的27对微卫星DNA引物,对云南西双版纳野猪78个个体的遗传多样性进行了分析和研究,旨在为野猪遗传资源的合理利用及保护提供科学依据。结果表明：（1）78个个体在27个微卫星座位上共检出213个等位基因,各座位上等位基因数的范围在4～13之间,平均每个位点检测到789个等位基因,表明在3个野猪群体中多态性较丰富。（2）计算了等位基因频率,并以其为基础获得了野猪群体的平均杂合度、多态信息含量和有效等位基因数,分别为H均值0.81,PIC均值0.79;有效等位基因数共155.77个,有效等位基因数在2.65～10.10之间,平均数为5.77个,等位基因频率在0.0128～0.4808之间,其中位点SW72的102/等位基因频率最高,表明群体内的遗传变异较丰富。（3）计算了Nei氏标准遗传距离,结果表明景洪野猪与勐海野猪遗传距离最近,和勐腊野猪的遗传距离较远,种间内的遗传变异丰富,表明西双版纳野猪群体在核基因水平具有丰富的遗传多样性。 相似文献
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利用SSR分子标记技术对12份蕨类材料进行亲缘关系分析。结果表明,从180对引物中筛选出15对多态性高、重复性好的引物,对12份蕨类材料基因组DNA进行扩增,共扩增出117条带,其中多态性带98条,平均每对引物产生6．53条多态性带,多态性比例为83．76％。通过NTSYS—pc2．10e软件计算不同蕨类材料之间的遗传相似系数,并进行聚类分析。遗传分析表明,12份材料间的遗传相似系数为0．351～0．857,且聚类分析表明,遗传相似系数在0．61—0．63可将供试材料分为3个类群。应用SSR分子标记技术能较准确地分析蕨类不同材料之间的亲缘关系及遗传多样性。 相似文献
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为优化玉米SSR分子标记体系,丰富种质资源的多样性,以基础玉米自交系CK及其诱变系M为材料,优化了SSR分子标记试验体系,并对诱变玉米自交系遗传多样性进行了分析。结果表明:(1)优化后SSR分子标记试验体系,可以有效提高试验效率,减少试验误差;(2)利用23对SSR引物对诱变玉米自交系进行PCR扩增,共扩增得到59个等位基因,平均每对引物检测到2.565个等位基因;位点的多态信息量(PIC)和基因型多样性指数变化范围为0.110~0.525和0.234~1.061,平均值分别为0.331和0.643,说明基础材料CK与诱变材料存在真实的遗传差异。 相似文献