共查询到19条相似文献，搜索用时 250 毫秒
1.
【目的】明确通辽地区塞外红苹果（Malus pumila ‘Saiwaihong’）中苹果褪绿叶斑病毒（ACLSV）、苹果茎痘病毒（ASPV）和苹果茎沟病毒（ASGV）3种苹果潜隐病毒的普遍率和遗传多样性。【方法】从通辽市开鲁县8个乡镇随机采集了96份塞外红苹果枝条，采用RT-PCR法对样品进行3种苹果潜隐病毒检测。对检测为阳性的样品进行病毒基因克隆、测序，并进行序列一致性分析和系统发育分析。【结果】检测结果表明，被检测的塞外红苹果中3种苹果潜隐病毒均有不同程度的发生，并且存在2种或3种病毒的复合侵染。基于CP基因对病毒一致性和变异情况进行分析，结果表明，来源于塞外红苹果的29个ACLSV分离物的核苷酸序列一致性为78.1%～99.9%，与其他15个已知的ACLSV分离物的一致性为69.1%～93.6%；来源于塞外红苹果的12个ASPV分离物的核苷酸序列一致性为83.6%～99.7%，与其他15个已知的ASPV分离物的一致性为75.4%～91.5%；来源于塞外红苹果的21个ASGV分离物的核苷酸序列一致性为96.4%～100.0%，与其他已知的40个ASGV分离物的一致性为89.9%～... 相似文献
2.
云南苹果产区苹果茎沟病毒(ASGV)的发现及其分子变异 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】为了查明云南省苹果产区的苹果茎沟病毒病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)的侵染情况和不同来源分离物间的分子变异情况,【方法】以云南昭通、丽江、昆明、曲靖等地采集的325份苹果病毒样品为试材,采用RT-PCR技术对其是否携带ASGV进行检测,运用DNAMAN6.0、MEGA5.0对实验获得的6个分离物和GenBank上已登录的34个分离物进行序列比对分析。【结果】ASGV在云南各大苹果产区的发病率高达48%。序列比对结果显示,这些分离物的核苷酸序列相似性为87.3%～93.8%,氨基酸序列相似性为90.7%～98.7%。系统发育树显示,云南的6个分离物聚为一簇,而陕西省苹果分离物YL06与云南省分离物ZT1、TJX1亲缘关系比较近,聚为一支;ASGV苹果分离物要明显区别于ASGV梨分离物和CTLV柑橘分离物。【结论】云南省苹果产区苹果树的ASGV带毒率高达48%,推测可能是一种发生率比较普遍的病毒病,这是云南省发现的首次报道。系统发育树显示:本研究获得的6个苹果分离物明显区别于其他寄主分离物,并且与其他地区的分离物具有一定差异,推测在我国,ASGV的分子变异与寄主/地域来源存在着一定的相关性。 相似文献
3.
《园艺学报》2019,(10)
利用RT-PCR结合RACE技术获得了苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)内蒙古‘金红’苹果分离物(ASPV-NM)全长基因组序列(登录号:MK239268)。该分离物基因组除去Poly A尾共有9 286个核苷酸,与17个已经报道的ASPV分离物全长基因组序列核酸一致性为70.6%～79.2%;基于全长基因组、RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependentRNApolymerase,RdRp)基因和外壳蛋白(Coatprotein,CP)基因分别将分离物ASPV-NM划分到组Ⅲ、组Ⅲ和组Ⅰ;在ASPV-NM基因组中检测到1个显著的重组事件;将ASPV-NM摩擦接种到西方烟37B上,可引起显著的褪绿黄化症状,利用透射电子显微镜可以观察到典型的病毒粒子。 相似文献
4.
采用宏病毒组测序技术（Virome Sequencing Technology）对河南地区染病苹果树进行病毒检测与分析,从建库测序的苹果叶片中共检测出13种病毒,其中有5种苹果病毒：苹果茎沟病毒（apple stem grooving virus,ASGV）、苹果茎痘病毒（apple stem pitting virus,ASPV）、苹果褪绿叶斑病毒（apple chlorotic leafspotvirus,ACLSV）、苹果坏死花叶病毒（applenecroticmosaicvirus,Ap NMV）和苹果绿皱缩相关病毒（apple green crinkle associated virus,AGCa V）。对病毒检测结果中的5种苹果病毒进行RT-PCR验证,扩增后均获得目的条带,与宏病毒组测序检测结果一致,表明宏病毒组测序检测结果精准可靠。根据测序结果设计特异性引物对ASPV全长进行扩增,得到1条长度为9 246 nt的ASPV-HN分离物基因组,与NCBI数据库中已报道的19个ASPV分离物的基因组核苷酸序列一致性为75.48%～79.85%;宏病毒组测序拼接所得的两条长度均... 相似文献
5.
为明确甘肃省苹果坏死花叶病毒（apple necrotic mosaic virus,Ap NMV）的发生及遗传变异情况,采用反转录PCR方法对采自甘肃7个地区表现花叶症状和无明显症状的共93份苹果叶片样品进行了检测。结果显示Ap NMV的平均检出率为66.67%,说明其在甘肃省苹果产区普遍发生。对其中9份样品中Ap NMV的外壳蛋白（coat protein,CP）基因进行了克隆和测序,其分离物CP的核苷酸和编码蛋白氨基酸序列相似性分别为92.3%～99.7%和93.6%～99.1%,与NCBI数据库中来自中国、印度、日本等国家的18个Ap NMV分离物核苷酸和氨基酸序列相似性分别为86.7%～99.7%和87.1%～99.7%。基于CP基因全长序列构建的系统发育树,Ap NMV分离物聚集成5个组,9个Ap NMV甘肃分离物与其他Ap NMV分离物分别聚集形成组Ⅰ、组Ⅱ和组Ⅴ。9条Ap NMV全长CP基因序列中检测到1个潜在重组事件。 相似文献
6.
苹果茎沟病毒KRL-1分离物外壳蛋白基因序列测定 总被引：3，自引：0，他引：3
以KRL-1(库尔勒香梨分离物)总RNA为模板,采用RT-PCR技术,扩增外壳蛋白(CP)基因的cDNA片段,将其克隆到pMD18-T载体上。通过序列测定,分析结果表明:KRL-1CP基因由714个核苷酸组成,编码237个氨基酸。KRL-1与ASGV其它分离物CP基因的核苷酸同源性为90%-93%,氨基酸同源性为94%-98%。根据KRL-1与其他分离物CP基因序列和生物学症状上的差异,可推断KRL-1存在较大的分子变异。 相似文献
7.
《中国果树》2020,(3)
采用RT-PCR方法对从内蒙古呼和浩特地区采集的29份表现花叶症状的海红果(Malus micromalus Makino)叶片样品进行了苹果坏死花叶病毒(ApNMV)的检测,ApNMV的检出率为100%,说明ApNMV在呼和浩特地区表现花叶症状的海红果上普遍发生。分别克隆并测序了29份海红果样品中ApNMV的全长外壳蛋白(CP)基因,结果表明,29个ApNMV分离物CP基因间核苷酸序列一致性为94.1%～99.8%,与NCBI数据库中其他19个ApNMV分离物全长CP基因核苷酸一致性为86.1%～97.1%。利用ApNMV CP基因的全长序列构建了系统发育树,48个ApNMV分离物共分成5个组,本研究中的29个ApNMV分离物与2个日本分离物LC108995和NC040470聚集在一起,形成组Ⅰ;其余ApNMV分离物分别形成了组Ⅱ～组Ⅴ。 相似文献
8.
《园艺学报》2019,(12)
采用RT-PCR对从东北地区和内蒙古自治区8个采样点采集的165份小苹果枝条样品进行了苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)的检测,ACLSV的平均检出率为60.6%,说明ACLSV在中国东北和内蒙古自治区普遍发生。对其中25份样品中ACLSV的外壳蛋白(coat protein,CP)基因进行了克隆和测序,结果表明25个ACLSV分离物CP基因核苷酸序列一致性为84.0%～99.7%,编码蛋白氨基酸序列一致性为90.7%～99.5%;与其他ACLSV分离物CP基因核苷酸一致性为67.7%～99.7%,氨基酸一致性为71.0%～99.5%。世界范围内已报道的ACLSV分离物分成B6、P205、SHZ和Ta Tao5等4个组,本研究中的25个ACLSV分离物分别属于B6、P205和SHZ组;在25个ACLSV分离物间无重组事件。 相似文献
9.
以采自河北保定的苹果锈果类病毒(apple skin scar viroid,ASSVd)样本为试材,采用用RT-PCR方法对样本中的ASSVd全基因组序列进行扩增,然后利用生物学软件MEGA 6.0对该分离物与已发表的其它分离物序列构建系统发育树,对系统进化关系进行分析。结果表明:ASSVd保定分离物基因组全长332nt,将序列提交到GenBank,登录号为KR264032。该分离物与已发表的其它13个来自不同寄主、不同国家的ASSVd分离物间进化关系极近,核苷酸相似性为92%~99%。与加拿大苹果上的X71599株系亲缘关系最近,相似性为99%,仅在第221位有一个碱基差异,与新疆梨上的JX861259株系亲缘关系最远。系统发育分析表明,不同地区的ASSVd分离物聚类没有规律性,说明ASSVd不存在地区专化性。新疆梨、桃、杏、苹果不在同一分支,说明ASSVd可能存在一定的寄主特异性。二级结构预测表明,该分离物的中央保守区与末端保守区与ASSVd其它序列相同。 相似文献
10.
对从苹果上获得的苹果茎痘病毒的分离物ASPV—MX进行了研究 ,人工接种 4科 13种草本指示植物 ,发现ASPV—MV易由汁液摩擦接种 ,能侵染一种藜 (Chenopodiummurale)、西方烟 (Nicotianaoccidentalis - 37B)、西方烟亚种 (Nicotianaoccidentalissubsp‘obligua’)、鸡冠 (Celosiacristata)、千日红 (Gomphrenaglobosa) ,尤其在西方烟及西方烟亚种上症状明显 ,这 2个西方烟可以作为ASPV的鉴别寄主和繁殖寄主 ,在这 2种烟草的接种叶上均产生坏死枯斑 ,在西方烟的系统叶上主要产生明脉现象 ,而在西方烟亚种上的系统叶上产生线纹坏死。通过试验测得ASPV的致死温度为 6 2℃ ,稀释限点为 1× 10 -2 ,体外存活期为室温约 2 4h。 相似文献
11.
A survey for apple and pear viruses was carried out at the Canadian Clonal Genebank (CCG), Harrow, Ontario, Canada, during the fall/winter of 2007 and spring of 2008. Leaves and/or dormant cuttings were randomly collected from 438 to 122 accessions of apple and pear, respectively. Samples were tested by Double Antibody Sandwich-Enzyme Linked Immunosorbent Assay (DAS-ELISA) for the presence of Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV), Apple stem pitting virus (ASPV), Apple stem grooving virus (ASGV) and Apple mosaic virus (ApMV). Infection rates for apples were ACLSV (48.1%), ASGV (10%), ASPV (6.6%) and ApMV (7.1%), and for pears ACLSV (42.6%). ACLSV was detected and characterization by multiplex RT-PCR with primers targeting a fragment of 677 bp corresponding to the partial coat protein (CP), movement protein (MP) and untranslated (3′UTR) region in 22 accessions of apple and pear. Multiplex RT-PCR showed a higher sensitivity over the ELISA test. The nucleotide and amino acid deduced partial CP identities ranged from 82.6–100% to 91–100%, respectively, while partial MP identities was 62.5–100% at aa level based on the amplified fragment appropriate for partial MP using a frame shift, among 22 ACLSV isolates. Phylogenetic analyses based on the partial CP region clustered CCG ACLSV isolates in two different groups, while those based on the partial MP region embraced CCG ACLSV isolates in two sub-clusters within the same group. This is the first report on the detection of ACLSV, ASPV, ASGV and ApMV at CCG, and the molecular characterization of ACLSV isolates in apple and pear plants from worldwide countries to deduce possible heterogeneity and evolution. 相似文献
12.
葡萄卷叶相关病毒7(grapevine leafroll-associated virus 7,GLRaV-7)是与葡萄卷叶病相关的重要病原物之一。为明确中国GLRaV-7分离物的基因序列变异,采用RT-PCR方法对采自中国15个省(市)、自治区的188份葡萄样品进行检测,检出率为24.5%(44/188)。对来源于42个GLRaV-7分离物的外壳蛋白(coat protein,CP)和15个分离物的热休克蛋白70(heat-shock protein 70,HSP70)基因进行克隆、测序。序列分析结果显示,来源于国内外GLRaV-7分离物的CP和HSP70基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.12%~100.00%和88.94%~100.00%、85.33%~100.00%和88.97%~100.00%。基于CP和HSP70基因序列构建的进化树,分别将GLRaV-7分离物划分为6个和5个明显区分的组群。Gp3、Gp4和Gp5仅由中国分离物组成。本研究中初次分析国内外GLRaV-7分离物的CP和HSP70基因序列变异,可为进一步开展GLRaV-7分子检测的研发及不同变种的致病性研究提供依据。 相似文献
13.
新疆、甘肃和河南部分地区甜瓜瓜类蚜传黄化病毒分子变异初步分析 总被引：1，自引：0，他引：1
从新疆鄯善县、甘肃瓜州县和河南通许县采集表现瓜类蚜传黄化病毒(Cucurbit aphid-borne yellows virus,CABYV)症状的甜瓜叶片样品63份,利用反转录PCR(RT-PCR)检测,从阳性样品中选取25个分离物扩增出1.4 kb的片段,并对其序列进行分析。结果表明:63份样品中,36份为CABYV阳性;获得的序列包括部分3′端的依赖RNA的RNA聚合酶(RdRp)基因、非编码区(NCR)和全长外壳蛋白(CP)基因。随机选取25个分离物的CP基因与GenBank中的序列进行比对,其序列相似性为93.2%~100%。通许分离物间序列相似性为98.8%~99.8%,瓜州分离物间序列相似性为98.2%~100%,鄯善分离物间序列相似性为99.2%~100%,组内表现出极高的同源性。基于其部分RdRp基因、NCR及CP基因序列构建的系统进化树表明:25个CABYV分离物与中国及周边地区(泰国、韩国等)的分离物聚为一簇,而与欧洲地区分离物距离较远,说明了该病毒分子变异与分离物的地理分布有关。 相似文献
14.
李属坏死环斑病毒(PNRSV)新疆巴旦木分离物外壳蛋白基因(CP)片断的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】为了查明新疆巴旦木果树病原病毒的种类,为病毒的分子检测提供基础。【方法】采用双抗体夹心酶联免疫吸附法(DAS-ELISA),从巴旦木果树叶片中检测到李属坏死环斑病毒(PNRSV)。以阳性样品的总RNA为模板进行PNRSV外壳蛋白基因(CP)RT-PCR扩增,对预期430 bp大小的4个扩增产物进行克隆、测序和序列分析。【结果】结果表明,PNRSV新疆巴旦木分离物CP基因的核苷酸和氨基酸序列与世界各地已报道的分离物具有较高的同源性,分别为80.0%～97.2%和80.1%～94.1%,其中与阿根廷分离物AY217的同源性最高;而与同属03亚组的苹果花叶病毒(ApMV)同源性较低,仅为52.9%～55.4%和45.6%～48.6%。新疆PNRSV各分离物之间CP基因高度同源。序列比对与系统发生树的分析显示,PNRSV新疆巴旦木分离物的株系属于GroupⅠ组。【结论】确定了PNRSV为侵染新疆巴旦木果树的病原病毒。这是PNRSV在新疆发现的首次报道。 相似文献
15.
于2017～2019年在我国6个省份的番茄主产区，采集疑似番茄褪绿病毒（tomato chlorosis virus，ToCV）和（或）番茄黄化曲叶病毒（tomato yellow leaf curl virus，TYLCV）侵染的番茄样本，利用特异性引物进行RT-PCR 或PCR 扩增，将符合预期条带大小的PCR 产物测序后进行系统发育分析。结果表明，我国6 个省份番茄ToCV 和TYLCV 的复合侵染率为25.29%，其中山东省两种病毒复合侵染率最高，为46.43%。序列分析结果表明，测定的ToCV CP 基因序列与已报道的对应序列同源性在98.30% 以上，ToCV CP 基因序列没有发生明显的遗传分化；TYLCV 基因组部分序列与已报道的对应序列同源性在96.00% 以上，没有发生明显的遗传分化。 相似文献
16.
为了明确近期新西兰报道的侵染猕猴桃的新病毒——猕猴桃病毒1（Actinidia virus 1,AcV-1）在四川地区猕猴桃上的发生情况及其分子特性,采用RT-PCR对来自四川6个地区疑似感染病毒的90份猕猴桃主栽品种‘红阳’和‘金果’的叶片样品进行检测。结果表明,22份样品为AcV-1阳性,检出率为24.4%。将获得的5个AcV-1分离物和已报道的新西兰分离物K75的外壳蛋白（coat protein,CP）基因序列进行比对,结果表明,分离物间核苷酸序列和氨基酸序列的相似性分别为84.8% ~ 97.1%和89.7% ~ 99.6%,其中除邛崃分离物HYH5与新西兰分离物K75的核苷酸序列相似性较高（97.1%）外,其余4个分离物均低于91%。系统进化分析结果显示,这些分离物主要聚集在3个分支上,分离物HYH5与新西兰分离物K75位于同一分支,其余分离物位于另外2个分支。 相似文献
17.
利用免疫捕捉多聚酶链式反应( Immuno-Capture PCR, IC-PCR) 方法从南瓜的两个黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus, CMV) 云南分离物(CMV-YN) 和黑龙江分离物(CMV-HLJ ) 中扩增获得约700 bp的外壳蛋白(Coat protein, CP) 基因片段, 并克隆到pGEM-T载体中。核苷酸序列测定表明, CMV-HLJ和CMV-YN两个分离物CP基因长为657 bp, 编码219个氨基酸, 两个分离物的核苷酸和氨基酸同源性分别达到96.8%和97.4%。和国外CMV亚组Ⅰ 6个分离物核苷酸序列同源性在90%以上, 氨基酸同源性在97%以上, 和亚组Ⅱ 6个分离物的同源性分别为66.4%和73.4%。和国内亚组Ⅰ10个分离物的核苷酸同源性都在89.5%以上, 氨基酸同源性在93%以上, 而和亚组Ⅱ两个分离物的同源性分别为68.3%和73.5%。序列分析结果表明CMV-HLJ和CMV-YN两个分离物属于CMV亚组Ⅰ。 相似文献
18.
潍坊萝卜中芜菁花叶病毒分离物的分子特性及CP基因的表达 总被引：1，自引：0，他引：1
从表现红心病的潍坊萝卜块根上得到一芜菁花叶病毒( Turnip m osaic virus, TuMV) 分离物(TuMV-Ra) , 通过RT-PCR获得了该分离物的外壳蛋白(CP) 基因, 对其进行了序列测定, 并将其核苷酸序列及推导出的氨基酸序列与GenBank中登录的其它20个TuMV萝卜分离物的相应序列进行比较和分析。结果表明, TuMV-Ra与这20个分离物CP基因核苷酸序列的同源性为89.9% ～99.0% , CP氨基酸序列同源性为94.8%～99.7%; 其中与中国浙江杭州萝卜的两个分离物HZLB1、HZLB2同源性最高, 核苷酸序列的同源性为98.7%和99.0% , 氨基酸序列同源性为99.0%和99.7%。TuMV-Ra与1999年从表现相同症状的潍坊萝卜得到的分离物CHINA-WF CP基因核苷酸同源性为93.66% , 氨基酸同源性为96.53% , 说明病毒发生了比较大的变异, 而且变异的位点主要在CP的N末端。将TuMV-Ra CP基因克隆到原核表达载体pET-22b ( + ) , 在大肠杆菌BL21 (DE3) 中表达出分子量为38 kD的融合蛋白。Western blotting分析证明TuMV-Ra CP在大肠杆菌中得到了正确表达。 相似文献
19.
3种苹果潜隐病毒多重RT-PCR检测体系的建立 总被引：3，自引：0，他引：3
研究建立了能同时检测苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus, ASGV) 、苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus, ACLSV) 和苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus, ASPV) 的多重RT-PCR方法。以复合感染3种病毒的苹果‘望山红’组培苗为试材, 对影响多重PCR的反应条件进行了一系列的调整和优化。多重RT-PCR体系灵敏性测验显示, 最低能从RNA总量187.5 ng的样品中检测3种病毒的存在。多重RT-PCR产物的序列与报道的病毒序列有较高的同源性, 12个田间苹果样品的多重RT-PCR检测结果与单一PCR的结果一致, 初步证明了多重RT-PCR检测的准确性。 相似文献