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胡卢巴RAPD反应体系优化及应用 总被引：1，自引：0，他引：1
以胡卢巴DNA为模板,采用随机引物,优化胡卢巴的RAPD反应体系和反应条件.结果表明,在 20μL反应体系中,5种主要因素Taq DNA聚合酶、引物、dNTPs、模板DNA的最适浓度和退火温度分别是1μmol/min,15μmol/L,0.30mmol/L,20ng和34℃.在优化的RAPD反应体系条件下,构建22个胡卢巴种质的RAPD指纹图谱,为胡卢巴遗传多样性检测和其他方面的应用提供分子标记手段. 相似文献
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[目的]确立含笑属植物RAPD反应的最优条件,确定7种含笑属植物的亲缘关系。[方法]采用改进的CTAB法提取木兰科含笑属7种植物叶总DNA,进行RAPD分析,分别研究了模板DNA、引物、dNTP、Mg;^2＋和Taq DNA聚合酶用量对RAPD反应的影响。[结果]RAPD最优反应体系为：反应体积20μl,内含125ng模板DNA,0．3μmol／L引物,0．5U Taq聚合酶,1．5mmol／L MgCl2,0．1mmol／L dNTP,2μl 10x buffer。应用Nei距离法计算各种间的相似系数,采用UPGMA法进行聚类分析,7种含笑种可分为3大类,[结论]筛选的最佳RAPD反应条件可为含笑属植物的分类和遗传多样性分析提供理论依据。 相似文献
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《江苏农业科学》2014,(7)
采用单因素试验结合正交试验,对PCR反应体系中的5种主要反应因子Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物、模板DNA浓度进行优化筛选,确立了适合蛇莓基因组DNA的RAPD和ISSR反应体系,RAPD反应体系(20μL):Mg2+1.5 mmol/L、dNTPs 250μmol/L、Taq酶1 U、引物0.2μmol/L、DNA模板60 ng;ISSR反应体系(20μL):Mg2+2.0 mmol/L、dNTPs 250μmol/L、Taq酶0.5 U、引物1μmol/L、DNA模板60 ng。利用确立的体系对24份蛇莓种质进行扩增,结果条带清晰明亮,多态性好。 相似文献
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《江苏农业科学》2015,(11)
利用已报道的i PBS引物2249和3个杨梅品种的DNA为模板进行i PBS-PCR扩增,采用单因素法对杨梅i PBS-PCR反应体系的4个组分(d NTP、Mg~(2+)、引物、模板)用量进行优化,确定了杨梅i PBS-PCR 20μL反应体系:2μL 10×Taq buffer,1.6μL 25 mmol/L Mg~(2+),1.6μL 2.5 mmol/L d NTP,1μL 10μmol/L引物,0.2μL 5 U/μL Taq酶,30 ng模板DNA。梯度PCR试验表明可以参考i PBS引物Tm值确定退火温度。利用上述体系对随机取样的10个品种用4条i PBS引物进行扩增,得到了条带清晰、多态性好的i PBS谱带。 相似文献
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《江苏农业科学》2017,(24)
为利用简单重复序列区间(inter simple sequence repeat,简称ISSR)技术研究蒙古扁桃资源遗传多样性评价和种质资源鉴定,利用正交试验法进行L_(16)(4~5)正交设计,从Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq聚合酶活性和模板DNA质量5种因素和4个浓度水平来优化蒙古扁桃ISSR-PCR反应体系。结果表明,最佳反应体系如下:在25μL反应体系中加入2.0 U Taq聚合酶,引物浓度0.80μmol/L,Mg~(2+)浓度2.0 mmol/L,dNTPs浓度0.25 mmol/L,模板DNA质量50 ng。对蒙古扁桃ISSR-PCR反应影响程度排序依次为Taq聚合酶活性引物浓度Mg~(2+)浓度dNTPs浓度模板DNA质量。 相似文献
7.
【目的】建立适宜于秦岭野生蕙兰RAPD分析的PCR反应条件,为利用RAPD技术研究秦岭野生蕙兰的遗传多样性提供技术依据。【方法】以秦岭野生蕙兰叶片为材料,采用改良CTAB法,提取野生蕙兰基因组DNA进行RAPD扩增反应。以5′-CCTTGACGCA-3′(S12)为随机引物,通过L16(45)正交试验与单因素试验2种方法,对RAPD反应体系的主要参数(Mg2+浓度、dNTPs浓度、模板DNA用量、引物浓度、Taq DNA聚合酶用量)进行摸索和优化,并经过验证试验,建立适合秦岭野生蕙兰的RAPD遗传多样性分析体系。【结果】研究得到的适于秦岭野生蕙兰的RAPD遗传多样性分析体系为:25μL反应体系中,Mg2+浓度为2.5μmol/L,dNTPs浓度为0.16mmol/L,模板DNA用量为100ng,引物浓度0.6μmol/L,Taq DNA聚合酶用量为1.5U。各因素对RAPD反应的影响程度依次为:模板DNA用量>引物浓度>Taq DNA聚合酶用量>dNTPs浓度>Mg2+浓度。【结论】优化的秦岭野生蕙兰RAPD反应体系扩增效果比较理想,扩增条带的多态性明显、清晰度高、重复性好,可用于进一步的遗传多样性分析。 相似文献
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采用正交试验设计,对影响欧李SRAP反应体系的5个因素(模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物和Taq DNA聚合酶)、4个水平进行优化。结果表明,适合欧李的SRAP反应体系为:2.50 mmol/L Mg2+,0.25 mmol/L dNTPs,0.60μmol/L引物,Taq DNA聚合酶0.50 U,1.00 ng/μl模板DNA,总体积为20μl。优化体系的建立为今后利用SRAP标记技术对欧李进行种质遗传多样性评价、指纹图谱构建、基因组分析、分子标记辅助育种和遗传改良等研究奠定了基础。 相似文献
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珍稀濒危竹种筇竹(Qiongzhuea tumidinoda)RAPD反应条件的优化 总被引：1，自引：0，他引：1
以宜宾筇竹为材料建立了筇竹RAPD反应优化体系,用于筇竹遗传多样性分析,以改进的CTAB法提取筇竹叶片总DNA,分别测试了镁离子浓度、dNTP浓度、引物浓度、模板DNA含量、DNA聚合酶量对反应结果的影响。通过对各因子的组合比较,建立了筇竹RAPD反应优化体系:20μL PCR反应体积,10×Taq酶配套缓冲液(2μL);1.25 U Taq酶;75 ng模板DNA;45 ng引物;1.88 mmol/L MgCl2;0.19 mmol/L dNTP。 相似文献
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《江苏农业科学》2014,(6)
为建立适宜安祖花DNA的ISSR-PCR扩增体系,采用单因子试验对影响ISSR-PCR反应的各组分(Taq DNA聚合酶、模板DNA、引物、dNTPs、Mg2+浓度)进行了优化,确立了适合安祖花的条带清晰、多态性高、重复性好的最佳ISSR-PCR反应体系,即在20μL PCR反应体系中含有10×PCR Buffer 2.0μL、25 mmol/L MgCl21.2μL、10 mmol/L dNTPs 0.8μL、5 U/μL Taq酶0.2μL、10μmol/L引物3.0μL、20 ng/μL模板2.0μL;并利用2条引物对15个安祖花品种进行了稳定性鉴定,为安祖花的遗传多样性分析及育种工作提供技术支持。 相似文献
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利用正交试验设计,从Mg2+、dNTP、引物、酶4种因素3个水平上对石榴RAPD反应体系进行优化,确立了适合石榴RAPD反应体系:在25μl反应体系中,含1×PCRbuffer、2.5mmol/LMgCl2、200μmol/LdNTP、0.2μmol/L引物、50ng模板DNA、0.5UTaq DNA聚合酶。通过梯度PCR测验,确定了适宜的退火温度37℃。利用优化的RAPD反应体系对11个石榴品种进行亲缘关系分析,结果表明,11个品种之间的多态性比较高,变异大。聚类图结果表明,11个品种被明显分为临选1号、净皮甜、新大甜、临选14号;大粒三白甜、大青皮酸、小红皮酸、白花、江石榴、薄皮糙、玉石籽两个类群。因此,这一优化体系适合于石榴品种间的亲缘关系鉴定。 相似文献
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[目的]研究SRAP分子标记用于苦荞分析中的条件优化。[方法]采用交互正交设计L27（313）对苦荞SRAP-PCR反应体系进行了5因素（Mg2＋、dNTP、Taq酶、模板DNA和引物）3水平优化筛选,比较了非变性和变性PAGE检测方法,并进行了DYCZ-24F与DYCZ-20C2种电泳操作系统的对比试验。[结果]4个单因素（Mg2＋、dNTP、Taq酶和引物）和2个交互作用（Mg2＋×dNTP、Mg2＋×Taq酶）对苦荞SRAP-PCR有极显著影响;最佳反应体系为：20μl总体积,Mg2＋1.5mmol/L,dNTP0.2mmol/L,Taq酶1.5U,模板DNA40ng,引物0.25μmol/L,10×缓冲液2μl。运用该体系对7份苦荞材料进行扩增,电泳结果显示扩增条带清晰、多态性高、重复性好。将扩增产物进行非变性与变性PAGE和2种电泳操作系统检测,结果显示,非变性PAGE、DYCZ-24F操作系统更适合于SRAP的分析。[结论]该研究为今后构建苦荞SRAP遗传图谱奠定了基础。 相似文献
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以晒烟苗期幼叶为试材,通过设置不同的模版DNA、引物、dNTP、Mg2+及Taq DNA聚合酶的浓度梯度,优化RAPD的反应条件,建立1个适合晒烟的比较稳定的RAPD反应体系。结果表明,适合晒烟RAPD的反应体系是在25μL反应体系中,含模板40ng;引物UBC-388 1.5μL;Mg2+1.6mM;dNTP 0.2mM;Taq酶1U。 相似文献
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草莓RAPD反应体系的优化 总被引：1，自引：0，他引：1
以草莓幼叶为试材,进行RAPD反应扩增体系的优化.对模板、dNTP、引物、MgCl2和Taq DNA聚合酶等条件进行优化.结果表明,在20 μL的反应体系中,以DNA模板用量25 ng,引物用量为0.15 μmol·L-1,dNTP用量为120μmol·L-1,Mg2+用量为2.5 mmol·L-1,Tap DNA聚合... 相似文献
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大白菜InDel-PCR反应体系的优化 总被引：1，自引：0，他引：1
采用CTAB法提取大白菜基因组DNA,利用单因素试验对InDel-PCR反应体系中的dNTPs浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶用量、模板DNA用量、引物浓度、退火温度、三温循环时间等7个因素进行筛选和优化。结果表明,适用于大白菜InDel-PCR分析的最佳扩增条件为(20μL):dNTPs 0.1mmol/L、Mg2+1.5mmol/L、Taq DNA聚合酶0.4U、模板DNA 105ng、引物浓度0.4μmol/L、退火温度50℃、三温循环时间30s-30s-45s。该体系可用于大白菜遗传多样性分析及遗传图谱构建。 相似文献