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为了筛选德保猪性成熟前后睾丸中差异表达蛋白(differentially expressed proteins, DEPs),试验选取相同饲养环境下的健康且无亲缘关系的1月龄(性成熟前)与6月龄(性成熟后)德保公猪各3头,采集它们的睾丸并提取蛋白质,利用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification, iTRAQ)技术对性成熟前后德保猪睾丸中DEPs进行分析,并对DEPs在GO、KOG、KEGG数据库中进行功能注释及通路分析。结果表明：在性成熟前后德保猪睾丸中共鉴定7 767个蛋白,筛选出611个DEPs,其中在性成熟后德保猪中显著上调的DEPs 347个,显著下调的DEPs 264个;397个蛋白在GO数据库中得到注释,并富集到53条GO term中,包括细胞过程、生物调节、代谢过程、催化活性等信号通路;409个蛋白在KOG数据库中得到注释,并富集到24种功能,包括信号转导机制、翻译后修饰、蛋白周转、监督等功能;329个蛋白在KEGG数据库得到注释,并富集到287条通路中,包括代谢途径通路、吞噬体... 相似文献
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旨在利用串联质谱标签(tandem mass tag,TMT)技术对牦牛肺动脉平滑肌细胞(pulmonary arterial smooth muscle cells,PASMCs)在低氧和常氧不同培养条件下的蛋白组学进行差异表达蛋白(differentially expressed proteins,DEPs)分析,进而了解高原牦牛PASMCs的DEPs。本试验采用贴壁培养法培养PASMCs,分别在低氧与常氧条件下培养72 h,然后收集细胞,提取两组细胞的总蛋白,利用TMT标记蛋白定量技术筛选DEPs进行分析,并进行GO功能注释和KEGG通路分析。在比较低氧和常氧下PASMCs的2组蛋白样品中共获得6 859个蛋白,以FC (fold change)≥1.3或≤0.78,且P<0.05条件进行筛选,获得DEPs共531个,其中上调DEPs有186个,下调DEPs有345个。富集分析结果表明,DEPs主要富集在中枢碳代谢、糖酵解与糖代谢合成、HIF-1信号通路、次生代谢产物的生物合成等低氧适应相关通路中。在这些通路中发现其中有7个重要的DEPs (PGK、HK、LDH、PGAM、pfkA、IL6ST、PDK1)。亚细胞定位中质膜(28.9%)所占比例最高。结构域分析中主要以表皮生长因子样结构域为主。结果表明,DEPs分别富集在代谢、酶活性、低氧适应性等相关类别与通路中,并发现7个重要的DEPs (PGK、HK、LDH、PGAM、pfkA、IL6ST、PDK1)可能与缺氧环境的适应有关。这些结果为进一步研究牦牛PASMCs在低氧中的适应性提供了理论支持。 相似文献
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为探索水牛高低活力精子的差异表达蛋白质（Differentially Expressed Proteins,DEPs）变化，并揭示水牛精子活力相关蛋白质的分子调控机制，本研究通过液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）技术，对成年摩拉水牛精浆、精子、精浆外泌体蛋白质种类及表达量进行比较分析。按照精子活力分为高活力组（0.67±0.02）和低活力组（0.34±0.04），分别提取其精浆外泌体蛋白质进行差异表达分析，鉴定到DEPs共160个。通过GO分析和KEGG通路分析发现，DEPs显著富集到精子部位的顶体素结合蛋白（ACRBP）、精子发育相关的生物调节过程以及“FcγR介导的吞噬作用”、“PPAR信号通路”等多个信号通路。通过构建精浆外泌体DEPs互作网络进一步分析发现，ACRBP、IZUMO1、SPACA1、ADAM2等蛋白质在精子发育调控通路发挥重要作用。 相似文献
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试验旨在了解不同产奶量牦牛泌乳期垂体组织间的转录组差异,为进一步阐述牦牛垂体组织调控泌乳的机制提供参考。提取牦牛垂体组织总RNA,并应用RNA-Seq技术对高产奶量牦牛和低产奶量牦牛泌乳期间垂体组织转录组进行高通量测序及分析。结果显示,通过比较分析高产奶量牦牛和低产奶量牦牛垂体组织转录组数据,筛选出114个差异表达基因,其中55个表现为上调,59个表现为下调。进一步功能分析表明,这些差异基因涉及多种GO分类及KEGG通路,其中GO分析显示,差异基因与许多和氨基酸代谢相关的生物学过程存在紧密关联;KEGG通路分析显示,最为富集的是细胞黏附分子通路,且金黄色葡萄球菌感染和利什曼病等大量与免疫或疾病相关的通路也出现显著富集。本研究对比了高产奶量牦牛和低产奶量牦牛泌乳期垂体组织转录组数据,筛选并分析了相关差异表达基因,为提高牦牛产奶量的研究提供新的思路。 相似文献
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试验旨在了解不同产奶量牦牛泌乳期垂体组织间的转录组差异,为进一步阐述牦牛垂体组织调控泌乳的机制提供参考。提取牦牛垂体组织总RNA,并应用RNA-Seq技术对高产奶量牦牛和低产奶量牦牛泌乳期间垂体组织转录组进行高通量测序及分析。结果显示,通过比较分析高产奶量牦牛和低产奶量牦牛垂体组织转录组数据,筛选出114个差异表达基因,其中55个表现为上调,59个表现为下调。进一步功能分析表明,这些差异基因涉及多种GO分类及KEGG通路,其中GO分析显示,差异基因与许多和氨基酸代谢相关的生物学过程存在紧密关联;KEGG通路分析显示,最为富集的是细胞黏附分子通路,且金黄色葡萄球菌感染和利什曼病等大量与免疫或疾病相关的通路也出现显著富集。本研究对比了高产奶量牦牛和低产奶量牦牛泌乳期垂体组织转录组数据,筛选并分析了相关差异表达基因,为提高牦牛产奶量的研究提供新的思路。 相似文献
6.
基于iTRAQ技术挖掘猪肾组织高原低氧适应性关键蛋白 总被引：1，自引：2，他引：1
旨在探究高原低氧环境下藏猪与大约克猪肾组织中低氧适应的差异表达蛋白（differentially expressed protein,DEPs）。本试验选择藏猪与大约克猪两个品种无亲缘关系的去势公猪,饲养于海拔3 000 m的高原,按自由采食方式饲养至180日龄,每个品种随机选择生长情况相近的 9头猪采集肾组织。利用同位素标记相对和绝对定量（isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ）技术对藏猪和大约克猪肾组织中蛋白差异表达情况进行分析,并对差异表达蛋白进行GO（Gene Ontology）功能注释及KEGG通路分析。结果发现,在两猪种肾脏组织中共获得4 370个蛋白质,以FC>1.2或<0.833,P<0.05为筛选条件共筛选出181个DEPs,其中在藏猪中上调的蛋白质有138个,下调的有43个。这些DEPs主要功能富集在HIF-1信号通路、PPAR信号通路、补体和凝血级联信号通路、氧化还原酶活性、碳代谢、血压调节、线粒体等与低氧适应相关的条目和通路上,进一步综合分析后共筛选出5个与低氧适应相关的重要DEPs（CD59、A2M、eNOS、CDKN1B和PGK1）。这些DEPs分别在维持血液动力学、调节能量代谢与生理环境稳态等方面的调节中起到重要作用,为进一步研究猪的高原低氧适应性提供一定理论依据。 相似文献
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牦牛发情期卵巢比较转录组学研究 总被引：1，自引：0，他引：1
《畜牧兽医学报》2016,(9)
旨在进一步了解牦牛发情期卵巢的分子机制,解析牦牛繁殖的特殊性。本研究应用RNA-seq技术对牦牛和平原黄牛发情期卵巢进行转录组高通量测序及全基因组差异表达模式比对分析。通过比较分析牦牛和黄牛卵巢转录组数据,共筛选出1 307个差异表达基因,其中661个基因表达量上调和646个基因表达量下调。进一步功能分析表明,这些差异基因涉及多种GO分类及KEGG通路。其中GO分类注释显示,差异基因与细胞粘附、激素调控等生物学过程存在密切关联,同时钙离子结合、阳离子跨膜转运等分子事件表现活跃。KEGG通路分析显示,补体和凝血级联通路的富集水平最高,其次为细胞色素P450相关通路。昼夜节律等一些新型通路,尽管与生殖功能没有明显关联,但也表现出显著富集。本研究首次对比牦牛和黄牛发情期卵巢转录组数据,筛选并分析相关差异基因。该研究结果为进一步阐述牦牛卵巢的基本分子机理提供基础,同时也为全面理解牦牛繁殖特异性提供新的思路。 相似文献
8.
旨在基于转录组和蛋白组的联合分析，筛选影响乌骨鸡肤色性状的候选基因。本研究在HW1系黑羽乌骨鸡群体中选取150日龄的6只白肤个体和6只乌肤个体分为两组(white skin, WS和black skin, BS)作为试验样本，采集胸部皮肤组织，提取RNA和蛋白，进行高通量转录组测序(RNA-Seq)和蛋白组定量分析，筛选差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)和差异表达蛋白(differentially expressed proteins, DEPs),并对其进行实时荧光定量PCR(RT-qPCR)验证、功能富集分析和蛋白互作网络的构建与分析，进一步筛选与乌骨鸡肤色性状相关的候选基因。结果显示，转录组共鉴定到293个DEGs,蛋白组共鉴定到4个DEPs,其中重叠的基因有CRP、DCT、GPNMB。随机选择5个DEGs进行RT-qPCR验证，表达趋势与测序结果一致。富集分析表明，DEGs和DEPs显著富集在71个GO条目和4个KEGG通路中，包括黑素细胞分化、黑素体、黑素体膜和黑素原生成通路。接下来，通过Cytoscape软件的cytoH... 相似文献
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邱山桐王萌高娜余震徐庚全余四九王立斌潘阳阳 《动物营养学报》2023,(1):335-349
本试验利用蛋白质组学方法分析荷斯坦奶牛乳与牦牛乳乳清与乳脂肪球膜中的差异蛋白,比较功能差异,为开发不同品种牛乳提供帮助。通过离心法分离荷斯坦奶牛乳与牦牛乳的乳清与乳脂,分别提取蛋白,通过串联质谱标签（TMT）法进行蛋白质定性与定量分析,得到差异蛋白;对差异蛋白进行GO功能注释、KEGG代谢通路、蛋白质互作（PPI）等生物信息学分析。结果显示：牦牛乳的乳脂、乳蛋白、乳糖、总固形物和非乳脂固形物含量均显著高于荷斯坦奶牛乳（P<0.05）。在2种牛乳乳清中共鉴定到可信蛋白641种,在乳脂肪球膜中共鉴定到可信蛋白543种;在乳清中筛选出差异蛋白268种,其中牦牛乳比荷斯坦奶牛乳上调70种,下调198种;在乳脂肪球膜中筛选出差异蛋白267种,其中牦牛乳比荷斯坦奶牛乳上调68种,下调199种。GO功能注释及富集分析表明2种牛乳的乳清和乳脂肪球膜差异蛋白均主要富集在细胞外空间、小分子结合和免疫反应等方面。KEGG注释及富集分析表明2种牛乳的乳清和乳脂肪球膜差异蛋白主要富集在金黄色葡萄球菌感染、补体与凝血级联等通路。差异蛋白互作网络分析发现2种牛乳的乳清差异蛋白中甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPD... 相似文献
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为了探究香芹酚和丁香酚的杀螨机制,试验首先设置香芹酚组、丁香酚组和阴性对照组共3组,每组3个重复,香芹酚组、丁香酚组和阴性对照组分别用0.15%丁香酚、0.05%香芹酚和液体石蜡处理疥螨4 h后提取疥螨蛋白质,蛋白质经还原烷基化、酶解及串联质谱标记(tandem mass tag, TMT)后进行高效液相色谱分离和液相色谱串联质谱分析;然后对香芹酚组/阴性对照组及丁香酚组/阴性对照组的差异表达蛋白进行分析,并对差异表达蛋白进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析;最后筛选与香芹酚、丁香酚杀螨相关的差异表达蛋白。结果表明：香芹酚组/阴性对照组共有蛋白4 692个,其中差异表达蛋白235个(上调蛋白113个,下调蛋白122个);丁香酚组/阴性对照组共有蛋白4 824个,其中差异表达蛋白103个(上调蛋白43个,下调蛋白60个)。香芹酚组/阴性对照组差异表达蛋白极显著富集(P<0.01)的GO二级条目包括平滑信号通路、从细胞核输出的蛋白质调节、氧化磷酸化等;显著富集(P<0.05)的GO二级条目包括核质转运的调节、细胞内蛋白质运输的调节、甘油酯生物合成过程等。丁香酚组/阴性... 相似文献
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捻转血矛线虫阿苯达唑耐药株给药前后比较转录组学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探明捻转血矛线虫阿苯达唑耐药株给药前后在转录组水平上的差异,本研究采用Illumina Hiseq4000对给药前后的捻转血矛线虫进行转录组测序,筛选得到差异表达基因并通过GO和KEGG数据库对其进行功能注释及富集性分析,并利用荧光定量PCR验证部分差异表达基因。结果显示,共筛选获得851个显著差异表达基因,其中包括584个上调基因和267个下调基因。通过GO功能富集分析显示,有458、418和367个基因分别注释到生物学过程、分子功能和细胞组分三大类;对差异表达基因进行KEGG富集分析显示,有173个差异表达基因参与到75条KEGG通路中,显著富集在核糖体合成、细胞凋亡、过氧化物酶增殖体激活受体(PPAR)等信号通路。本试验初步筛选了阿苯达唑耐药株给药前后的差异表达基因,为深入探索捻转血矛线虫耐药性分子机制、筛选对耐药性检测的分子标记及耐药性早期鉴别诊断方法的建立提供重要数据。 相似文献
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旨在分析初生和成年牦牛大脑皮质转录组表达谱,筛选影响大脑皮质发育的候选基因。本研究选取初生(1～7日龄(NYB),n=3)和成年(3～4岁(AYB),n=3)牦牛,放血处死,采集大脑皮质,利用Illumina HiSeq平台对转录组进行测序与分析,筛选得到差异表达基因,在此基础上对差异基因进行GO功能注释、KEGG富集分析和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法验证。测序结果共分析得到了4 790个显著差异表达的基因(P<0.05),其中包括2 670个上调表达的差异基因,2 120个下调表达的差异基因。随机选取了9个差异基因进行qRT-PCR验证,表达趋势与转录组测序结果一致,表明测序结果可靠。GO功能注释发现其中占比较多的条目为与蛋白合成及ATP利用相关的转录调控、RNA聚合酶II正调控转录、蛋白结合及ATP结合;KEGG富集分析发现占比较多与大脑发育相关的通路为调控轴突发育及重塑的轴突导向通路,与神经胶质细胞增殖相关的MAPK信号通路,与突触传递相关的神经活性配体-受体相互作用、 PI3K-Akt、钙信号及磷脂酶D信号通路,与免疫防御相关的Toll样受体通路,与低氧适应调... 相似文献
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用液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)技术构建西藏牦牛生发泡(GV)期去透明带卵母细胞的蛋白质组表达谱并进行生物信息学分析。结果显示:共鉴定到550种蛋白质,相对分子质量主要分布在200 000以下,等电点集中在4~12,穹隆蛋白(MVP)是丰度最高的蛋白质;聚类(GO)分析表明:与细胞组分相关的蛋白质主要集中在细胞质(125种),与分子功能相关的蛋白质中发挥多聚A结合RNA功能的蛋白质最多(54种),生物学进程相关的蛋白质中参与内肽酶活性的负调节过程的蛋白质最多(26种);调控通路富集(KEGG Pathway)分析发现,参与的有代表性的通路有补体系统通路,核糖体代谢通路,磷脂酰肌醇3激酶-丝氨酸/苏氨酸激酶(PI3K-Akt)信号通路,碳代谢通路等;通过蛋白质互作网络分析,筛选出与网络稳定性关系最密切的10种蛋白质。总之,构建的西藏牦牛GV期卵母细胞蛋白质组表达谱及分析结果,将为探索西藏牦牛卵母细胞成熟机理及关键基因的研究等奠定基础。 相似文献
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本研究旨在通过转录组测序（RNA-seq）鉴定雌性鸡胚性腺不对称发育相关候选基因,为确定雌性鸡胚性腺不对称发育的分子机制提供参考。随机选择6胚龄（E6）和8胚龄（E8）的雌鸡胚胎各18～24只,分离并采集其两侧性腺,每6～8个同侧同期性腺组成一个样品,匀浆后提取总RNA经质控后送商业公司进行转录组测序。每个样品3个生物学重复。通过基因差异表达分析,GO、KEGG信号通路分析和基因集变异分析（GSVA）,筛选雌性鸡胚性腺不对称发育相关候选基因和生物学通路。经实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对筛选出的差异表达基因进行验证。转录组差异表达分析结果显示雌性鸡胚左右两侧性腺在E6和E8分别存在195个和315个差异表达基因。GO功能富集和KEGG信号通路富集分析发现两侧性腺差异表达基因主要富集在卵子发生、细胞发育、piRNA代谢过程等生物学过程并筛选出Pou5f3、STK31、DMRTB1等与鸡胚性腺不对称发育相关的功能基因。本研究为进一步研究雌性鸡胚性腺不对称发育的分子调控机制提供了参考。 相似文献
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【目的】研究不同氧浓度下猪睾丸间质细胞表达谱差异,筛选缺氧导致猪睾丸间质细胞损伤的关键基因。【方法】将猪睾丸间质细胞分为缺氧组(1%氧气,H24组)、正常组(15.75%氧气,N24组),每组3个重复,在相应条件下分别处理24 h,用CCK8法检测细胞存活率;利用转录组测序技术筛选出缺氧组和正常组睾丸间质细胞中的差异表达基因,利用DESeq 2.0软件进行差异表达基因分析,并对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选与氧含量相关的调控基因。【结果】缺氧刺激24 h后,与正常组相比,缺氧组猪睾丸间质细胞存活率极显著降低(P<0.01);转录组测序共获得1 654个差异表达基因,其中1 242个基因上调,412个基因下调。GO功能富集分析发现,共获得富集条目8条,其中生物过程1条,分子功能7条;KEGG通路富集分析发现,共获得10个显著富集的信号通路,包括HIF-1信号通路、JAK-STAT信号通路和糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。通过GO功能和KEGG通路富集分析共获得6个与缺氧应激相关的基因,分别为信号传导及转录激活蛋白5(signal transd... 相似文献
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旨在探究羊口疮病毒（orf virus,ORFV）感染对山羊皮肤成纤维细胞（goat skin fibroblast,GSF）环状RNA(circular RNA,circRNA)表达谱的影响。以ORFV感染的GSF和未感染细胞为对象构建6个cDNA文库进行转录组测序,利用生物信息学方法进行circRNA鉴定、circRNA差异表达分析、差异circRNA的GO和KEGG功能富集分析,最后挑选9个差异circRNA进行qPCR和Sanger测序验证。结果发现,在未感染组和感染组分别鉴定到9 979和10 844个circRNA,共有151个circRNA差异表达,其中59个circRNA表达上调,92个circRNA表达下调;GO富集分析表明,差异circRNA主要富集在炎症应答、上皮结构维持、细胞迁移正调控、泛素蛋白转移酶活性等生物学过程;KEGG富集分析表明,差异circRNA主要富集在紧密连接、黏着斑、血管平滑肌收缩、内吞作用、细胞因子受体相互作用等信号通路;circRNA1001,circRNA1684,circRNA3127和circRNA788表达量与转录组测序结果一致。本... 相似文献
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《中国兽医学报》2015,(8)
18头肥育猪按饲粮均分为2组,添加红花籽油组和不添加油脂组(对照组)。试验期60d结束,全部屠宰,分别采集肝脏组织样品,进行高通量转录组测序,找出2处理组间的差异表达基因和差异代谢通路。利用Illumina HiSeqTM2500高通量RNA-seq测序技术对2组肥育猪肝脏RNA测序,使用TopHat2软件将测序得到的reads序列与猪(Sscrofa10.2)参考基因组序列比对,找出差异表达基因,在Nr、GO和KEGG数据库中进行功能注释、富集分析和聚类分析。结果显示,红花籽油组和对照组肝脏中差异表达基因共有1 114个,与对照组相比,红花籽油组表达上调的基因有579个,下调的基因有535个。GO功能分类注释到细胞组成、生物学过程和分子功能数据库中的差异表达基因分别有902,903,857个。注释到KEGG通路中差异表达基因414个,显著富集通路4个(P0.05)。 相似文献
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旨在探究马和驴血清蛋白质生物学特征,为马属动物种间生理特征比较和健康保障提供理论依据。本研究选取辽宁省大连市某集约化养殖场的9匹蒙古马和9头辽西驴,雌性,年龄4~10岁,均处于正常发情周期的间情期,健康无病、精神状态及采食状况良好,分别提供相同的饲养条件。采集马和驴各9份血清样品分别随机分成3组,每组内的3份血清样品均匀混合成1个生物学重复,各获得3个生物学重复的血清样品。利用Label-free蛋白质组学技术及生物信息学方法对马和驴的血清蛋白质组分进行比较研究,提取血清蛋白质,再对蛋白质进行酶解,液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）进行蛋白质组分分析,数据库检索分析马和驴血清样品中蛋白质表达情况,并应用生物信息学方法筛选马和驴血清差异关键调控蛋白质。结果显示,本研究共鉴定出361种蛋白质,其中,马血清中表达288种蛋白质,分子量范围为1.52~511.24 ku;驴血清中表达244种蛋白质,分子量范围为1.53~611.47 ku;共获得231种显著差异表达蛋白质（差异倍数≥1.5,P≤0.05）。差异表达蛋白质主要参与蛋白质激活、补体激活、免疫应答、凝血和脂蛋白氧化调控等生物学过程。显著富集的KEGG通路为补体和凝血级联,吞噬体,内质网蛋白质加工,抗原加工递呈,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸的代谢,癌症蛋白多糖等。通过差异蛋白互作分析显示,差异表达蛋白质紧密相连富集最为显著的功能模块主要为代谢途径、补体和凝血级联、吞噬体,HSP90AA1、HSPA8、APOD、APOM、SERPING1、MASP1、CALR、TUBA1B、TUBB等处在关系互作网的重要节点。马和驴在生理条件下的血清蛋白质组成特征存在一定差异,该研究为进一步揭示马属动物种间生理特征差异和有效保障健康提供数据支撑。 相似文献
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【目的】筛选与水牛肌内脂肪沉积相关的关键基因,为挖掘改善水牛肌内脂肪沉积的分子标记提供参考。【方法】通过GEO数据库下载GSE19586数据集,使用limma R语言程序包筛选广西水牛和青海牦牛36月龄背最长肌的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),使用clusterProfiler R语言程序包分别对上调、下调的DEGs进行GO功能和KEGG通路富集分析,使用STRING在线软件对DEGs进行蛋白互作(PPI)网络分析,并使用Cytoscape 3.9.1软件对其结果进行可视化,筛选排名前二十的枢纽基因。【结果】本研究共筛选出254个DEGs,其中61个上调,193个下调。GO功能富集结果显示,上调DEGs主要富集于肌动蛋白-肌球蛋白细丝滑动、肌球蛋白复合体、肌球蛋白结合、甘油三酯代谢、酰基甘油代谢、中性脂代谢、细胞凋亡信号通路调控等过程;下调DEGs主要富集于短链脂肪酸代谢、不饱和脂肪酸代谢、细胞对酮的反应、细胞基质连接、脂蛋白合成及蛋白质的成熟、加工、聚合等过程。KEGG通路富集结果显示,上调DEGs主要参与代谢途径、脂肪细胞因... 相似文献