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1.
microRNA(miRNA)为一类大小约22个核苷酸的非编码小分子RNA,它们能通过与靶mRNA的3'UTR(非编码区)完全互补导致mRNA降解,或不完全互补结合阻断mRNA翻译.研究分别利用构建小RNA的cDNA文库和RNA加尾及引物延伸RT-PCR克隆法从猪骨骼肌中鉴定了miRNA let-7b和let-7c,结果显示这两种直接克隆法特异性高,对包含这2个miRNA的前体序列折叠后显示具有茎-环结构特征.其中猪的let-7b还未见报道,而let-7c克隆结果与预测的完全一致,通过克隆的方法证实了猪中的let-7b和let-7c,比较后认为这两种方法各有优缺点,为推动猪miRNA的克隆鉴定提供了新的策略. 相似文献
2.
前期对固始鸡1日龄和36周龄下丘脑miRNA的Solexa测序分析表明,let-7a为鸡(Gallus domesticus)下丘脑发育过程高丰度差异性表达miRNA.为全面了解鸡let-7a的功能,采用实时定量PCR检测了1日龄和36周龄固始鸡两个发育阶段13种组织中let-7a的表达情况.结果表明:let-7a在所检测的组织中呈广泛性表达,其在下丘脑中的表达趋势与高通量测序结果一致;1日龄时,let-7a在下丘脑和肾脏中高丰度表达,在肺中低丰度表达,其他组织中适度表达;36周龄时,let-7a在各组织中的表达量都较低,除了在肺中的表达量较1日龄上升外,其余各组织的表达量都下降.同时,采用两种算法预测了let-7a的靶基因,并对107个共有靶基因进行了基因本体功能(Go)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,结果显示:靶基因主要在生物学过程调节相关的生物学过程中富集,尤其是与矿物质和磷代谢相关的调节过程;且在粘着斑、细胞外基质受体互作、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路等3个通路中显著富集(P＜0.01).这些结果为进一步研究let-7a功能提供了有益线索. 相似文献
3.
miR-let-7广泛参与动物组织器官发育调控,是研究猪甲状腺发育的重要候选miRNAs。为了研究miR-let-7家族在约克夏猪(Sus scrofa)甲状腺生长发育过程中的作用,本实验一方面通过对不同发育阶段(胚龄105,出生后60、90、150日龄)的猪甲状腺组织切片进行苏木精-伊红染色(hematoxylin-eosin staining,HE),研究甲状腺发育形态学的变化;另一方面,采用原位杂交(in situ hybridization,ISH)和荧光定量PCR技术鉴定miR-let-7家族在不同生长阶段(胚龄105,出生后60、90、150日龄)约克夏猪甲状腺中的表达。HE染色结果发现,甲状腺滤泡随着日龄的增加逐渐增大。原位杂交结果显示,miR-let-7主要位于甲状腺的滤泡上皮细胞中,并且let-7的表达在出生后有先减少后增加的态势。通过荧光定量PCR结果发现,在生长期随着日龄的增加,let-7d-5p、let-7f和let-7g的相对表达量逐渐上升,let-7c、let-7d-3p、let-7e和let-7i的表达先升后降。研究结果提示,约克夏猪甲状腺miR-let-7的表达直接或间接影响甲状腺激素水平的变化,在甲状腺生长发育中发挥了重要的作用,为深入研究猪的生长发育提供了一个新的思路。 相似文献
4.
摘要：本研究用辐射杂种克隆板对猪的NDUFS7基因进行了染色体的物理定位，克隆了该基因的完整CDS序列，用相关软件进行了基因结构和功能的预测，并用半定量RT-PCR技术分析了NDUFS7基因在猪的11种组织以及在33天、65天、90天胚胎和成年猪的骨骼肌中的表达情况。分析结果首次将NDUFS7基因定位于猪的2号染色体２q21-q24， 与标记 SW395紧密连锁。该基因的CDS全长648bp，编码215个氨基酸，预测编码的产物具有一个高度保守的与能量生成有关的NouB结构域和３个酶的磷酸化位点。同时，RT-PCR结果显示，NDUFS7基因在猪的11种组织中均有表达，但表达量有差异；在不同发育阶段的骨骼肌中，65天和90天胚胎时的表达量较高，而33天胚胎和成年猪的表达量相对较低。 相似文献
5.
microRNA(miRNA)是一类内源性的非编码RNA,广泛参与细胞的生长发育、分化、增殖和凋亡等生物学过程.为了研究miR-let-7a对猪(Susscrofa)甲状腺的生长发育及甲状腺细胞凋亡的调控作用,本研究利用免疫荧光技术鉴定了大白猪的甲状腺组织及体外培养的甲状腺细胞,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测了miR-let-7a在不同生长阶段大白猪甲状腺组织中的表达量变化,通过转染miR-let-7a mimics并利用流式细胞术检测了转染组与未转染组的甲状腺细胞凋亡率的差异性,同时预测了miR-let-7a与细胞凋亡相关基因的靶向关系.结果发现,甲状腺组织和细胞中的甲状腺球蛋白(thyroglobulin,TG)发出绿色荧光,表明体外培养的甲状腺细胞功能正常.qRT-PCR结果显示,胚胎期随着胚龄的增加,miR-let-7a表达量逐渐增加.出生后miR-let-7a表达量下降,于60日龄达生长期最小值,之后有所上升,至90日龄后其表达量再次下降,120日龄后随日龄的增加let-7a表达量呈现逐渐增加的趋势.凋亡结果发现,和对照组相比,转染组细胞凋亡率明显升高(P＜0.05).根据研究结果推测,miR-let-7a的表达直接或间接影响了甲状腺细胞凋亡的调控过程.研究结果为深入研究猪甲状腺miR-let-7a的功能机制提供了有益的线索. 相似文献
6.
调控植物花发育的miRNAs的研究进展 总被引：1，自引：0，他引：1
花发育是高等植物生长发育过程中的重要事件,可剖分为开花诱导、花的起始和花器官发育3个阶段,是由多种基因参与的十分复杂的调控过程。20年来,人们应用克隆、诱变和突变体等研究技术从模式植物中分离和鉴定了大量调控花发育的功能基因或调控因子,其中,microRNA(miRNA)是本世纪初才发现的一类新的调控因子。miRNA是生物体内长度约为21个核苷酸的非编码小RNA,通过与靶mRNA的互补配对而在转录后水平上对基因的表达进行负调控,导致mRNA的降解或翻译抑制。大量研究证实miRNA在花发育中起着重要的作用。文章重点综述了植物miRNA的作用机制、其功能研究方法及7个miRNA家族在花发育中的生物功能,并对其未来的发展方向进行了展望。 相似文献
7.
《广西农业生物科学》2010,(4):609-611
MicroRNAs（miRNAs）是普遍存在的、调控基因表达的短非编码（≈22nt）小分子调节RNAs,是由具有发夹结构的约70～90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成。1993年,miRNAs在秀丽隐杆线虫（Caenorhabditiselegans）中首次被发现（Leeetal．,1993）,人类基因组中编码超过1000个miRNAs。 相似文献
8.
本实验主要是从人乳腺癌细胞中克隆Rab7基因并进行基因序列比对和分析。通过培养乳腺癌细胞MCF-7和MDA-MB231,提取细胞总RNA,逆转录为cDNA,以此cDNA为模板,根据GenBank公布的人Rab7全长序列设计引物,扩增Rab7基因的开放阅读框。将其与真核表达载体pc-DNA3.1连接,构建pcDNARab7重组质粒。测序后发现MCF-7细胞中克隆的Rab7序列与GenBank序列的同源性为91%,发生了多处突变,其中94.4%为同义突变,5.5%为错义突变。但是MDA-MB231细胞中克隆的Rab7基因序列与GenBank中的Rab7序列的同源性为100%。由于发现Rab7在MCF-7乳腺癌细胞中发生突变,而在MDA-MB-231乳腺癌细胞中基因未发生突变,我们推测Rab7基因的突变是否与乳腺癌的产生有关系,这个发现为以后研究Rab7与乳腺癌的关系奠定了基础。 相似文献
9.
石林丹 《农业生物技术学报》2011,(6)
MicroRNAs(miRNAs)是真核生物基因调节网络上的一个重要成员,同时其自身代谢和活性也受到调节。miRNA是一类内源性的长约20～24nt的非编码小RNA,通过特异性降解靶mRNA或诱导翻译抑制的方式调控真核生物的生长发育、器官 相似文献
10.
水通道蛋白（AQPs）是植物中重要的水分转运蛋白，在植物对抗干旱胁迫中发挥着重要功能。为明确野生大豆水通道蛋白在植株抗旱反应中的分子功能，本研究对野生大豆（Glycine soja）中的水通道蛋白的蛋白结构及其在干旱胁迫下的表达模式进行分析，并对筛选的AQPs基因功能进行验证。研究鉴定了野生大豆中69个AQPs蛋白，其中10个在干旱胁迫的高耐野生大豆材料中表达差异达到显著水平。筛选到GsPIP2;7在干旱胁迫后与对照相比显著上调，克隆GsPIP2;7到过表达载体中并侵染转化拟南芥（Arabidopsis thaliana），通过转基因后代筛选获得了稳定表达的T3代转基因拟南芥。与野生型拟南芥相比，转基因植株在干旱胁迫下根系总长度、叶干重、根干重、根冠比和单株叶面积显著增加，过氧化物酶（POD）、过氧化氢酶（CAT）和超氧化物歧化酶（SOD）活性显著提升，丙二醛（MDA）含量显著降低，表现出较强的耐旱能力。本研究结果说明GsPIP2;7对拟南芥耐旱具有正向调控作用，为明确野生大豆耐旱机制奠定了理论基础。 相似文献
11.
microRNAs(miRNAs)是一类单链小RNAs,是重要的基因表达调控因子,通过与靶基因的3'UTR序列互补来调控基因的表达。鉴定乳腺组织的miRNAs及其靶基因,对揭示miRNA在乳腺组织基因调控中的作用十分重要。本研究分别从分娩后21d金华和大约克母猪的乳腺组织中提取小RNA并构建各自的cDNA文库,通过Illumina Genome AnalyzerⅡx测序平台对它们进行高通量深度测序。将测序初始序列经过序列类型、长度、丰度的筛选得到比对序列,然后与已有的miRNA数据库、Genome和EST数据库进行比对。将两个猪种检测到的miRNA进行品种间差异性比较,并在差异性结果中选择相对丰度较高的前10个miRNA对其进行生物信息学分析。结果发现:金华猪乳腺组织的比对序列有9672024条,大约克猪6946905条;共检测到金华猪单一序列miRNA有848个,大约克猪683个;金华猪预测的新单一序列miRNA有369个,大约克猪231个;两个猪种间差异显著的miRNA有288个(P<0.01);相对丰度较高的前10个miRNA的靶基因有1829个,这些靶基因主要参与了抗原加工和呈递、Ⅰ型糖尿病、缝隙连接... 相似文献
12.
microRNA（miRNA）是一类长度为18～25 nt的单链小分子RNA。它可以调控基因的表达调控。通过与目标mRNA的特定位点的结合,从而抑制蛋白质的翻译或诱导该mRNA的降解。目前鱼类miRNA方面以斑马鱼miRNA的研究较多。为发掘另一种鱼类模式生物——青鳉鱼（Oryzias latipes,medeka）的miRNA,利用BLAST同源搜索方法与比较基因组学方法,并根据成熟miRNA的序列保守性以及miRNA前体（premiRNA）的二级结构的特征,对该模式生物的pre-miRNA进行了计算鉴定与分析。通过与miRBase19中已经发布的miRNA进行比较,在青鳉鱼基因组中共找到了56条新序列。设定miRNA基因间距的阈值为5000nt,新发现的与已知的pre-miRNA共形成31个基因簇。同时,这56条新发现的pre-miRNA可以划分到33个已知的基因家族中,并分析了新发现的、保守miRNA的靶标与功能。 相似文献
13.
microRNAs（miRNAs）是真核生物中一类长约22 nt的非编码小分子RNA,它通过对靶mRNA的切割或抑制靶mRNA的翻译调控基因的表达,从而对靶基因实施转录后水平负调控,在植物器官的形态建成、生长发育、信号转导及植物对逆境胁迫的应答中起着重要的作用。miR168是植物特有的一类RNA小分子,其主要的靶基因AGO1蛋白是RNA沉默复合体的重要组成成分,广泛参与对靶mRNA的剪切。本文综述了miR168的发现及其在植物中的分布、miR168与AGO1蛋白的关系、miR168对逆境胁迫的响应以及其在动植物间的跨界调节等,为进一步帮助人们了解miR168的功能及其参与动植物间跨界调节这一特性奠定良好的基础。 相似文献
14.
MicroRNAs（miRNAs）作为一类21碱基左右的非编码小RNAs,参与植物生长发育的调控,并在植物对生物与非生物胁迫的应答过程中发挥重要作用。本研究依据miRNA高度保守特点,利用已公布的毛果杨（Populus trichocarpa）基因组序列设计引物,从甜杨（Populus suaveolens）基因组中克隆获得了12个miRNA基因座序列。序列比对结果表明,这些miRNA基因均为毛果杨低温响应miRNA基因的同源序列。同时,以低温（0℃）处理0～48h的甜杨幼苗为试材,通过半定量RT-PCR法对miRNA基因的成熟体序列在不同处理时间下的表达谱进行分析,结果显示,大多数miRNA成熟体序列在甜杨低温胁迫下的表达模式与其在毛果杨中的表达极为相似,由此可推测这些保守性miRNAs可能在甜杨和毛果杨两物种对低温胁迫的应答反应中发挥相似的功能,而miR168a、miR168b和miR475a在两物种间表达现象的差异,表明它们可能通过调控多种靶基因而发挥不同作用。本文结果将为进一步研究甜杨基因功能提供基础。 相似文献
15.
为探讨γ射线辐射引起水稻损伤效应的小RNA变异,采用0、300和400 Gy的60Co-γ射线辐射处理水稻高粳糯种子,利用Illumina HiSeqTM 2500高通量测序平台对辐射后的高粳糯三叶期叶片进行小RNA测序。结果显示,0 Gy(对照)组共获得7 395 578个小RNA,254个已知miRNA成熟序列,26个新miRNA成熟序列;300 Gy剂量组(Gy3)共获得10 315 701个小RNA,265个已知miRNA成熟序列,29个新miRNA成熟序列;400 Gy剂量组(Gy4)共获得6 469 869个小RNA,261个已知miRNA成熟序列,29个新miRNA成熟序列。GO富集分析显示,Gy4 vs CK组差异miRNAs对应的候选基因富集到生物过程、细胞组分和分子功能三大类共58个小类,其中涉及分子功能的基因最多。Gy3 vs Gy4组差异miRNAs对应的候选基因富集到生物过程和分子功能两大类共7个小类,以离子结合、过渡金属离子结合和氧化还原酶活性占主要比例。KEGG富集分析显示前20条显著富集途径,Gy3 vs CK组差异miRNAs对应的候选基因富集到植物病原互作最高,富集最显著的是植物昼夜节律。Gy4 vs CK组差异miRNAs对应的候选基因组富集到代谢途径最高,富集最显著的是甘油磷脂代谢和醚脂类代谢,Gy3 vs Gy4组差异miRNAs对应的候选基因富集到甘油磷脂代谢、真核生物的核糖体发生和内吞作用三个途径最高,富集最显著的是醚脂类代谢。本研究从RNA水平为辐射诱变水稻引起当代的苗期损伤效应提供了新见解。 相似文献
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Fukuda T Maruyama N Salleh MR Mikami B Utsumi S 《Journal of agricultural and food chemistry》2008,56(11):4145-4153
The recombinant proteins Adzuki 7S1, Adzuki 7S2, and Adzuki 7S3 were prepared through the Escherichia coli expression systems of three kinds of adzuki bean cDNAs. The recombinant proteins exhibited intrinsic thermal stabilities, surface hydrophobicities, and solubilities, although the homology of their amino acid sequences ranged from 95-98%. To understand why these individual proteins exhibited different properties, their three-dimensional structures were elucidated. The three proteins were successfully crystallized, and the three-dimensional structures of Adzuki 7S1 and Adzuki 7S3 were determined. The properties and structures of these two proteins were comprehensively compared with those of recombinant 7S globulins (soybean beta-conglycinins beta and alpha'c and mungbean 8Salpha) reported previously. It was likely that cavity sizes, hydrogen bonds, salt bridges, hydrophobic interactions, and lengths of loops determine the thermal stabilities of 7S globulins, and results indicated that cavity sizes strongly contribute to such stability. Surface hydrophobicity was also found to be determined not only by distributions of hydrophobic residues on the molecular surface. Furthermore, solubility at neutral and weak alkaline pH values at mu = 0.08 was found to be dominantly influenced by the electrostatic surface potentials. 相似文献
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为研究结球甘蓝/菜心嫁接体中开花调控基因的mRNA是否从砧木向接穗进行了运输,本试验以参与开花调控的菜心AGL24基因为研究对象,构建结球甘蓝菜心异源嫁接体,并从接穗结球甘蓝中鉴定菜心AGL24的序列。结果表明,利用结球甘蓝和菜心的转录组测序数据,拼接获得了结球甘蓝和菜心的AGL24基因序列(BoAGL24和BrAGL24)。利用菜心BrAGL24基因中的种间差异序列(C1~C7),在异源嫁接(结球甘蓝/菜心嫁接)的接穗结球甘蓝茎尖的转录组测序文库(T2)中筛选得到2条来自砧木菜心BrAGL24的reads。利用结球甘蓝BoAGL24的种间差异序列(G1~G7),分析结球甘蓝内源BoAGL24基因的转录表达量,发现异源嫁接的结球甘蓝茎尖中AGL24的表达量总体上高于同源嫁接的结球甘蓝茎尖中AGL24的表达量。异源嫁接使砧木菜心BrAGL24基因的mRNA运输到接穗结球甘蓝中,且增加了接穗结球甘蓝茎尖中内源BoAGL24基因的转录表达水平。本研究鉴定了菜心BrAGL24基因的mRNA运输特性,为进一步研究AGL24基因的mRNA运输与结球甘蓝/菜心嫁接启动接穗结球甘蓝开花机制奠定了一定的理论基础。 相似文献
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一株富含类胡萝卜素光合细菌菌株GP-7的分离鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
从珠海横琴岛近海海水中筛选到一株光合细菌GP-7,测定了其类胡萝卜素含量,通过形态观察及16S rRNA编码序列同源性比较分析确认其种属,并对该菌的生长条件和生物学特征进行了初步的研究。结果表明：GP-7的类胡萝卜素质量分数为4.87 mg/g（干菌体）,该菌符合光合细菌的生物学特征,其最适pH为7.0,盐度为1.0%;16S rRNA基因分子系统学分析表明,该菌株与紫色非硫菌（Rhodoplanes）相似性为99.5%。 相似文献
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The Argonaute proteins are key components in the effector complex of RNA silencing pathways which interact with small RNAs
to mediate sequence specific silencing of nucleic acid targets. In plants, these proteins are involved in a diversity of biological
roles such as antiviral defence, heterochromatin regulation and in the regulation of growth and development. This report describes
the study of Argonaute gene sequences in bananas which are an important food staple for many developing nations. This study successfully isolated
AGO7-specific PIWI domain genomic sequences from 12 diploid Musa species of three Musa sections and also from Ensete. The Musa AGO7-specific PIWI domain sequences showed the highest similarity to rice AGO7/SHOOTLESS4 with an average amino acid identity
of 78%. Phylogenetic analysis of the Musa sequences revealed phylogenetic grouping that agrees fairly well with the present knowledge of the taxonomic classification
of Musa species. In addition, this study estimated that there are at least 15 Argonaute genes or loci containing PIWI domain sequences in the genome of Musa acuminata ssp. malaccensis. 相似文献
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为了研究人乳汁中的microRNAs（miRNAs）在体外储存状态下的稳定性。本研究采用模拟体PbYL汁储存条件,对乳汁进行室温孵育24h,反复冻融6次,100℃孵育10min,以及模拟体内消化环境（RNA酶～T137℃孵育1h）的处理条件,通过实时荧光定量PCR（qRT．PCR）方法检测处理前后乳汁中9个内源性免疫相关和1个外源性人工合成miRNA的相对表达量变化差异。研究结果显示：处理前后乳汁中内源性miRNAs和外源性miRNA均显著性降解（p〈0．01）。内源性miRNAs降解为初始量的25％～70％之间,而外源性miRNA则急剧降解至初始量的0．06％～0．96％。我们的实验表明人乳汁中内源性的miRNAs较外源性miRNAs在体外不同环境下具有更强的稳定性。 相似文献