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1.
苹果茎沟病毒梨分离物外壳蛋白基因的克隆和序列分析 总被引：6，自引：1，他引：6
选取生物学和血清学特性存在较大差异的苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)梨分离物P-6-1-17、P-4-1-69、P-L2和P-D-21,采用RT-PCR法对3'端进行扩增,所获扩增片段经序列测定,全长分别为1089nt(P-6-1-17、P-L2)和1069nt(P-4-1-69、P-D-21)。4个分离物的CP基因均由714nt组成,其核苷酸和推导编码蛋白氨基酸序列同源性分别为89.8%~96.4%和94.9%~97.9%。将我国4个分离物的CP基因与已报道ASGV分离物及分子变种进行序列同源性比较和系统进化树分析,结果表明我国ASGV分离物至少可分为2个组群,其中生物学表现明显不同于其它分离物的P-L2,其CP基因核苷酸序列显示较大的变异。 相似文献
2.
来源于桃和苹果的苹果褪绿叶斑病毒的部分分子生物学特性和cp基因的原核表达 总被引：1，自引：0，他引：1
从桃和苹果上分离得到苹果褪绿叶斑病毒ACLSV-HBP和ACLSV-C2个分离物,采用RT-PCR法进行扩增,所获扩增片段经序列测定,其全长分别为1768nt(ACLSV-HBP)和1751nt(ACLSV-C)。这2个分离物扩增片段全长的同源性为83%,mp基因片段核苷酸和推导编码氨基酸序列同源性分别为82.6%和87.1%;cp基因均由582nt组成,其核苷酸和推导编码氨基酸序列同源性分别为87.8%和95.9%。将2个分离物的cp基因与已报道ACLSV分离物进行序列同源性比较,结果显示ACLSV-HBP与SX/2的cp基因核苷酸序列及推导编码氨基酸序列同源性最高,分别为94.0%和96.4%。将ACLSV-HBP分离物的cp基因克隆到原核表达载体pGEX-KG,在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达,SDS-PAGE分析表明,融合蛋白大小约为46kDa。Western-blot分析表明,该基因在大肠杆菌内得到高效表达,融合蛋白具有抗原性。 相似文献
3.
16个芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV)欧亚分离物分别来自奥地利、丹麦、德国、匈牙利、尼泊尔和英国6国。利用免疫捕获反转录PCR(Immunocapture RT-PCR,IC-RT-PCR)对16个分离物的HC-Pro(Helper component pro-teinase)基因进行PCR扩增,扩增产物克隆后进行序列测定,HC-Pro基因序列长度均为1374个核苷酸,编码458个氨基酸。16个分离物的HC-Pro基因核苷酸序列同源性为79.5%~99.8%,所编码的氨基酸同源性为94.1%~99.8%。对16个分离物及GenBank上已报道的其它14个TuMV的HC-Pro基因核苷酸的系统进化树分析表明:在16个TuMV欧亚分离物中,除了来自亚洲的分离物N23属Asian-BR组,其余15个来自欧洲的分离物都属于world-B组,其中分离物H1归属world-wide亚组,另外14个分离物则归属New World亚组。 相似文献
4.
山楂是我国重要的果树,但山楂病毒的相关研究较少。本研究通过高通量测序及生物信息学分析首次在山楂样品中发现苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)。利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术对ASPV山楂分离物全长序列进行扩增,结果表明,ASPV山楂分离物基因组全长由9 290个核苷酸组成,包含5个开放阅读框(open reading frames,ORFs)。ORF1编码与病毒复制相关的蛋白-RNA依赖的RNA聚合酶(RNA dependent RNA polymerase,RdRp),其在氨基酸水平上与ASPV苹果和梨分离物的RdRp序列相似性分别为72.8%~80.9%和81.7%~92.8%;ORFs 2~4表达与病毒移动相关的三基因块(triple gene block 1~3,TGB 1~3),其与印度苹果N分离物(LM999967)的氨基酸序列相似性最高,为92.9%~98.2%;ORF5编码外壳蛋白(coat protein,CP),与苹果和梨分离物CP的序列相似性较低,分别为64.8%~88.4%和69. 8%~92.2%,高于目前凹陷病毒属病毒新种的划分界限。将ASPV山楂分离物的全长核苷酸序列与其他ASPV分离物的全长序列进行比对,构建系统发育树,结果表明,ASPV山楂分离物与巴西苹果分离物BR-Brae2的亲缘关系最近,但两者核苷酸序列相似性较低(81.5%),说明与其他分离物相比该分离物具有较大的变异性。综上,本研究初步验证了山楂是ASPV的重要自然寄主,并首次获得了ASPV山楂分离物的全长基因组序列,为山楂病毒病诊断和防控策略的制定提供参考。 相似文献
5.
西瓜花叶病毒2号南瓜分离物的鉴定及其外壳蛋白基因序列分析 总被引：5，自引：1，他引：5
利用电镜和酶联免疫吸附测定法(ELISA)在黑龙江省采集的南瓜病样中检测到西瓜花叶病毒2号(WMV-2)。再利用免疫PCR (IC-PCR)和反转录PCR (RT-PCR)方法,扩增获得其外壳蛋白(CP)基因片段,并克隆到pGEM-T载体中。核苷酸序列测定表明,该分离物CP基因全长为852个核苷酸,编码由284个氨基酸组成的31.8 kDa蛋白。与国外已报道的WMV-2 CP基因相比,其核苷酸序列同源性为92.2%~94.0%,由此推导的氨基酸序列同源性为94.5%~98.1%。与国内2个分离物相比,和山西分离物核苷酸和氨基酸的同源性都达到98.5%,和郑州分离物核苷酸和氨基酸的同源性分别为91.5%和95.0%。 相似文献
6.
南瓜蚜传黄化病毒湖北和云南分离物的部分序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
本研究从带有黄化症状的南瓜叶片中提取总RNA,用RT-PCR方法扩增得到来自湖北和云南的南瓜蚜传黄化病毒(CABYV)2个分离物的1375nt特异性核苷酸片段。分别将PCR产物插入到克隆载体pMD19-T并转化大肠杆菌DH5α,对筛选到的阳性克隆进行了序列测定和分析(GenBank登录号为EF488996和EF488997)。所获片段含有部分复制酶基因576nt,非编码区199nt和完整的CP基因600nt,编码一个由199个氨基酸组成的分子量约为22kDa的结构蛋白。湖北和云南分离物与法国分离物、意大利分离物、西班牙分离物、北京分离物和上海分离物的CP基因核苷酸序列和推测氨基酸序列的同源性分别为93.1%~98.5%和91.4%~98.5%。 相似文献
7.
苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)是危害梨(Pyrus spp.)和苹果(Malus spp.)的重要病毒。本研究采用小RNA深度测序技术获得了ASPV基因组的部分序列,在此基础上设计引物对该病毒基因组进行RT-PCR扩增,通过序列拼接得到1个来源于玉露香(Yuluxiang)梨的ASPV分离物(YLX)长度为9 291个核苷酸(nt)(不包括基因组5'末端约30个核苷酸)的基因组序列,该序列与已报道的13个ASPV分离物的基因组核苷酸序列相似性为71.6%~80.7%,与多个来自苹果的ASPV分离物系统进化关系较近。首次分析了来源于ASPV基因组的干扰性小RNA(siRNA),发现来源于ASPV基因组链和互补链的siRNA长度均以21 nt和22 nt为主,siRNA的5'端具有一定的碱基偏好性。本研究结果为深入了解ASPV的分子特性提供了重要信息。 相似文献
8.
利用电镜和酶联免疫法在云南省采集到的5份南瓜病样中检测到番木瓜环斑病毒(Papayaring spot virus,PRSV)。为了进一步从分子水平确定云南省南瓜病毒病原种类,并为下一步转基因育种提供抗性基因,采用反转录PCR(RT-PCR)方法扩增了5个分离物的外壳蛋白(coat protein,CP)基因片段,并克隆到pGEM-T载体中。核苷酸序列测定表明,番木瓜环斑病毒石屏分离物(PRSV-SP)和番木瓜环斑病毒蒙自分离物(PRSV-MZ)的CP基因长873nt,编码290个氨基酸,番木瓜环斑病毒峨山分离物(PRSV-ES)、番木瓜环斑病毒版纳分离物(PRSV-BN)和番木瓜环斑病毒宾川分离物(PRSV-BC),3个分离物CP基因长867nt,编码288个氨基酸。PRSV5个分离物核苷酸序列的同源性在94%以上,氨基酸序列的同源性在96%以上。与国内外17个分离物相比,核苷酸序列同源性为89.6%~98.7%,氨基酸序列同源性为86.5%~99.6%。其中PRSV-SP和来自于越南分离物PRSV-V47无论是核苷酸序列,还是氨基酸序列同源性都达到了最高,而5个分离物与来自于巴西(PRSV-BR)、美国(PRSV-USA)、墨西哥(PRSV-Y)核苷酸序列同源性均低于90%。 相似文献
9.
为明确黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)在草莓上的发生和危害情况,利用RT-PCR方法对不同产地的不同品种草莓种苗进行检测,并对CMV草莓分离物的部分核苷酸序列进行了分析。结果表明,CMV侵染草莓后产生的症状主要为植株不同部位的畸形、变色,但有些无明显症状的植株也可以检测出CMV。共检测了我国7个不同省市的220个草莓种苗样品,其中北京、云南、辽宁、河北、四川和陕西的草莓种苗样品中均可检出CMV,内蒙古的种苗中未检出CMV。检测的6个不同草莓品种均含CMV,但北京和内蒙古的‘红颜'种苗未检出CMV,云南的‘圣诞红'种苗CMV检出率仅为2.6%。利用RT-PCR技术扩增草莓种苗中CMV的特异性核苷酸片段并对PCR产物测序,得到包含部分外壳蛋白基因及3'端非编码区共430 bp的2个草莓分离物序列。获得的2个分离物序列的核苷酸序列同源性为90.97%,序列比对分析结果表明2个分离物分属于CMV不同亚组,其中北京草莓分离物Bjcmz归属于亚组IA,河北分离物Hbcmc归属于亚组IB。 相似文献
10.
为明确黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)在草莓上的发生和危害情况,利用RT-PCR方法对不同产地的不同品种草莓种苗进行检测,并对CMV草莓分离物的部分核苷酸序列进行了分析。结果表明,CMV侵染草莓后产生的症状主要为植株不同部位的畸形、变色,但有些无明显症状的植株也可以检测出CMV。共检测了我国7个不同省市的220个草莓种苗样品,其中北京、云南、辽宁、河北、四川和陕西的草莓种苗样品中均可检出CMV,内蒙古的种苗中未检出CMV。检测的6个不同草莓品种均含CMV,但北京和内蒙古的‘红颜'种苗未检出CMV,云南的‘圣诞红'种苗CMV检出率仅为2.6%。利用RT-PCR技术扩增草莓种苗中CMV的特异性核苷酸片段并对PCR产物测序,得到包含部分外壳蛋白基因及3'端非编码区共430 bp的2个草莓分离物序列。获得的2个分离物序列的核苷酸序列同源性为90.97%,序列比对分析结果表明2个分离物分属于CMV不同亚组,其中北京草莓分离物Bjcmz归属于亚组IA,河北分离物Hbcmc归属于亚组IB。 相似文献
11.
库尔勒香梨主要病毒多重RT-PCR检测技术研究 总被引：11，自引：1，他引：10
利用nad5基因作为内标系统,研究建立了库尔勒香梨上苹果茎痘病毒(ASPV)、苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)和苹果茎沟病毒(ASGV)等的RT-PCR检测技术,在此基础上研究建立了库尔勒香梨多重RT-PCR内标检测系统。并对回收的特异片段进行了克隆、鉴定和测序。测序结果表明:库尔勒香梨上的ACLSV与GenBank中D14996序列(日本苹果上的ACLSV分离物)中的6860~7536bp片段有116个碱基的差异,序列相似性为83.75%;库尔勒香梨上的ASPV与GenBank中D21828序列(德国梨脉黄病毒相关分离物)中的8869~9238bp片段有72个碱基的差异,序列相似性为79.5%;库尔勒香梨上的ASGV与GenBank中AB004063序列(日本ASGV分离物)中的6039~6311bp片段有21个碱基的差异,序列相似性为92.3%。 相似文献
12.
Yansu Song Ni Hong Liping Wang Hongju Hu Rui Tian Wenxing Xu Fang Ding Guoping Wang 《European journal of plant pathology / European Foundation for Plant Pathology》2011,130(2):183-196
Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV) isolates from sand pear (Pyrus pyrifolia) were characterized by analyzing the sequences of their coat protein (CP) genes and serological reactivity of recombinant
coat proteins (rCPs). The sequences of CP genes from 22 sand pear isolates showed a high divergence, with 87.3–100% identities
at the nucleotide (nt) level and 92.7–100% identities at the amino acid (aa) level. Phylogenetic analysis on the aa sequence
of CP showed that the analyzed ACLSV isolates fell into different clusters and all isolates from sand pear were grouped into
a large cluster (I) which was then divided into two sub-clusters (A and B). Sodium dodecylsulfate-polyacrylamide gel electrophoresis
(SDS-PAGE), western blot and enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) analyses demonstrated that rCPs of eight ACLSV isolates
(PP13, PP15-2, PP24, PP43, PE, PP54, PP56 and ACLSV-C) from two sub-clusters had different mobility rates and serological
reactivity. The rCPs of five isolates grouped into the sub-cluster A showed stronger reactivity with antibodies against rCPs
of a sand pear isolate ACLSV-BD and virions of a Japanese apple isolate P-205 than that with the antibody against a Chinese
apple isolate ACLSV-C. Three isolates grouped into the sub-cluster B showed stronger reactivity with the antibody against
ACLSV-C. The antigenic determinants of CPs from these eight isolates and isolates ACLSV-BD and P-205 were predicted. These
results contribute to a further understanding of molecular diversity of the virus and its implication in serological detection. 相似文献
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In Hungary, fireblight research programmes were initiated on pear in 1999 and on apple in 2000, with the aim of evaluating the susceptibility or resistance of commercial cultivars. Sources of resistance for future breeding were also sought among traditional apple cultivars collected from Ukraine and pear cultivars in the Hungarian gene bank (Szigetcsép). Experiments were done under secure conditions. Inocula were mixtures of characteristic Erwinia amylovora isolates from pear and apple in Hungary. Host responses (symptom development, disease severity and multiplication rate of bacterial cells in host tissues) were assessed on shoots, flowers and fruits. About 30 pear and 30 apple cultivars, and 35 apple hybrids, were tested and grouped into four categories for pear and three for apple. Of the pear cultivars tested, 50% were susceptible, 30% moderately susceptible and only 10% of low susceptibility. Different plant organs occasionally displayed different responses. Members of the last two groups might serve as useful candidates for growing under IPM conditions. Among the traditional Hungarian varieties tested, we found high resistance in ‘Sikulai’ and ‘Szemes alma’, which could be used as sources of fireblight resistance in breeding programmes and also grown in organic orchards. Furthermore, among the offspring of the apple ‘Prima’ (scab‐resistant), we have found highly resistant lines. 相似文献
18.
The pathogenicity and taxonomy of 15 isolates of Alternaria spp. from pear and apple were compared. Only isolates from Asian pear ( Pyrus pyrifolia ) from Italy and Korea were virulent on leaves and young fruits of the susceptible Asian pear cv. Nijisseiki. Their conidial morphology was typical of A. gaisen (= A. kikuchiana ). Only isolates of A. mali from USA were virulent on susceptible American apple cvs Indo and Red Gold. No virulence was demonstrated in any isolate/host combination among isolates from stem infections of Asian and European pear ( Pyrus communis ), leaf spots of European apple, and ripe fruit rots of Chinese pear ( Pyrus ussuriensis ), European pear and apple. These non-virulent isolates could be readily distinguished from A. gaisen and A. mali by their pattern of branching of conidial chains, the branching associated with A. alternata sensu stricto being most common among non-virulent isolates. This limited survey implies that A. gaisen is only virulent to Asian pear and the toxigenic form of A. mali to certain American apple cultivars; also that A. gaisen is not established outside eastern Asia or the toxigenic form of A. mali outside eastern Asia and parts of USA. 相似文献