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1.
以火炬松(Pinus teada)幼嫩针叶为材料,采用单因素试验设计分析各组分对SSR-PCR扩增结果的影响,并进一步应用正交试验设计,从DNA模板、引物、d NTPs、Mg2+和Taq酶5个因素3个水平对SSR扩增效果进行研究,确定火炬松SSR-PCR的最佳反应体系。结果表明:各因素不同水平浓度对SSR-PCR反应结果均有影响,火炬松SSR-PCR优化后的反应体系为:DNA模板80 ng、引物0.3μmol/L、dNTPs 0.20 mmol/L、Mg~(2+)2.0 mmol/L、Taq酶1.00 U、1×PCR Buffer,总体积25μL。运用该体系从60对引物中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SSR引物8对,并用不同火炬松家系进行了检验,证明该体系稳定可靠。 相似文献
2.
为建立稳定可靠的野杏SSR-PCR反应体系,以3个野杏无性系170号、240号、263号和1个西伯利亚杏无性系508号为试验材料,采用L16(45)正交试验设计对影响野杏SSR-PCR反应的5个因素在4个水平上进行优化。结果表明:各因素对反应体系的影响由大到小依次为DNA模板浓度、引物、dNTP、Mg2+、Taq聚合酶。野杏SSR-PCR最佳反应体系(总体积20μL):dNTPs 0.45 mmol/L、Mg2+2 mmol/L、Taq酶1.125 U、引物0.125μmol/L、DNA模板20 ng。选用引物X128和60个野杏样木对该体系进行稳定性验证,扩增产物集中在100～200 bp,稳定度高,多态性良好,该体系可应用于野杏分子标记辅助育种等方面的研究中。 相似文献
3.
杉木SSR-PCR体系优化 总被引：1，自引：0，他引：1
SSR-PCR反应体系优化是杉木SSR标记研究的基础.利用正交L16 (45)设计实验对杉木SSR-PCR反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶和DNA浓度5个因素的4个水平进行优化试验.并在正交直观分析和方差分析的基础上,分别对Mg2+、dNTPs进行单因素确定.获得的最佳反应体系为:在20 μL反应体系中,Mg2浓度为1.0mmol/L,引物浓度为0.25 μμmol/L,dNTPs浓度为0.15 mmol/L,Taq酶为0.05 U/μL,DNA为30 ng,10×PCR Buffer 2μL,不足部分用双蒸水补齐至20μL.在最佳反应体系的基础上,采用单因素实验确定了引物的最佳退火范围为63～53℃.利用此反应体系对10个F1代杉木材料及其亲本,进行4对SSR标记进行PCR扩增并电泳检测,其结果清晰、稳定.说明此体系适合进一步的杉木SSR研究工作. 相似文献
4.
为了建立适合于南方红豆杉(Taxus chinensis var.mairei)种群遗传多样性分析的SSR-PCR扩增体系,在单因素试验确定各因素浓度范围的基础上,采用正交试验设计,对影响南方红豆杉SSR-PCR扩增的主要因素浓度进行了筛选。结果表明,南方红豆杉SSR-PCR最佳反应扩增体系为:20μL反应体系中含有1.50mmol/L Mg2++0.2 mmol/L d NTP+0.5U Taq DNA聚合酶+0.3μmol/L引物+75 ng DNA模板。 相似文献
5.
以舟山群岛的普陀樟（Cinnamomum japonicum var.chenii）新鲜叶片为实验材料,采用L16（45）正交试验设计,对影响普陀樟SRAP-PCR反应的Mg2+浓度、dNTPS、Taq DNA聚合酶、引物和模板DNA用量5因素组合进行了筛选。结果表明：适于普陀樟的SRAP-PCR反应体系（20μL）为2.5 mmol/L Mg2+、0.2 mmol/L dNTPs、1.5 U Taq DNA聚合酶、0.4μmol/L引物、10 ng模板DNA、2μL 10×PCR buffer,该体系位点清晰,扩增稳定;利用该反应体系从100对SRAP引物组合中筛选出多态性好的引物24对。 相似文献
6.
为建立国槐(Sophora japonica)最佳SRAP-PCR反应体系,采用正交试验设计L16(45)对影响PCR体系的5个因素(模板浓度、引物浓度、Mg2+浓度、Taq聚合酶和d NTP用量)4个水平进行了优化,确定了国槐的最优SRAP-PCR反应体系:Taq聚合酶1.5 U,d NTPs 0.30 mmol/L,模板DNA 90 ng,Mg2+2.0 mmol/L,引物0.3μmol/L,dd H2O补至20μL。各因素对PCR反应的影响从大到小依次为:Taq聚合酶d NTPs模板DNAMg2+引物。基于最佳SRAP体系,采用4个品种对120对引物进行筛选,共获得12对多态性好的引物组合。随机抽取两对引物基于毛细管电泳技术对此体系进行稳定性检验,扩增条带清晰、稳定、多态性高。该体系的建立以及筛选的引物组合为为进一步利用SRAP技术对国槐的遗传多样性、品种鉴定等方面的研究奠定基础。 相似文献
7.
用正交设计法优化枣树ISSR-PCR反应体系 总被引：5，自引：0，他引：5
采用正交设计的方法对枣ISSR-PCR反应体系的5因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTPs、引物的浓度)在4水平上进行优化试验,PCR结果用DPS数据处理软件分析。实验结果表明:各因素的不同水平对PCR反应结果都有显著的影响,其中Mg2+影响最大;筛选出了各反应因素的最佳水平,建立枣ISSR-PCR的最佳反应体系(25μL)为:Taq酶1.0 U、Mg2+1.0 mmol/L模板DNA 1.0μL、dNTPs 0.25 mmol/L、引物0.3μmol/L。 相似文献
8.
以刨花润楠(Machilus pauhoi)1.5 a生小苗幼嫩叶片为试材,对影响刨花润楠SRAP-PCR扩增的模板DNA量、引物、dNTP和Mg2+体积摩尔浓度、Taq DNA聚合酶、退火温度6个主要因素进行优化.结果表明,SRAP-PCR的最佳反应体系为:25μL的SRAP-PCR反应体系中,2.5μL 10×PCR buffer、模板DNA量60 ng、Mg2+2.0 mmol/L、dNTP 0.225 mmol/L、引物0.3μmol/L和Taq DNA聚合酶1.25 U.对优化的反应体系和扩增程序的验证结果表明,优化的刨花润楠SRAP-PCR反应体系和扩增程序是稳定可行的. 相似文献
9.
以漾濞泡核桃优株为研究对象,研究其ISSR-PCR反应体系中的5个影响因子(模板DNA浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度)对PCR扩增效果的影响,从而建立起漾濞泡核桃的最佳ISSR-PCR反应体系。结果表明:模板DNA最佳浓度为50 ng/(25μL),Taq聚合酶浓度为0.75U/(25μL),引物浓度为0.7mmol/L,dNTPs浓度为0.20mmol/L,Mg2+浓度为2.0mmol/L,利用该最佳体系对试验中所选取的样本进行扩增反应。建立了适宜于漾濞泡核桃的ISSR-PCR扩增的最佳体系,该体系的建立为利用ISSR分子标记技术对漾濞泡核桃进行种质资源研究奠定了基础。 相似文献
10.
《中南林业科技大学学报(自然科学版)》2019,(8)
以云南金花茶为试验材料,利用试剂盒法、SDS法及CTAB法3种方法提取其DNA,并对3种方法的提取结果进行比较;经初筛合成云南金花茶EST-SSR引物,并对影响SSR-PCR体系的Mg~(2+)、Taq DNA聚合酶、dNTP、引物及模板DNA这5个因素进行L_(16)(45~)正交实验,以期建立较为稳定的云南金花茶SSR-PCR体系。试验结果表明:试剂盒法提取得到的云南金花茶DNA质量最好且符合SSR分子标记试验。各因素对PCR扩增效果的影响程度为:Mg2+引物 Taq DNA聚合酶 dNTP模板DNA。试验最终确定的金花茶SSR-PCR最佳反应体系(20μL)为:2.0μL Taq Buffer、1.5μL Mg2+(25 mmol/L)、0.3μL dNTP(10 mmol/L)、0.2μL Taq DNA聚合酶(5 U/μL)、前后引物各0.4μL(10μmol/L)、0.5μL模板DNA(50 ng/μL)、14.7μL ddH_2O。建立和优化云南金花茶SSR反应体系,可为云南金花茶不同种群的遗传变异研究提供基础。 相似文献
11.
采用L16(4^5)正交试验设计,对影响兴安落叶松SSR-PCR反应体系的主要因素(模板DNA、d NTPs、Mg^2+、Taq聚合酶浓度及引物浓度)进行了试验分析,其结果表明:兴安落叶松SSR-PCR体积为20μL的最佳反应体系是模板DNA用量50 ng、正反向引物浓度均为5μmol·L^-1、d NTPs浓度为2.5 mmol·L^-1、Mg^2+的浓度为2.5 mmol·L^-1、Taq聚合酶用量为1.0 U、最佳退火温度为60℃。试验所建立的反应体系可进一步用于兴安落叶松SSR遗传图谱构建、多样性分析、良种选育等方面的研究中。 相似文献
12.
建立稳定可靠的SSR-PCR反应体系、筛选具有多态性SSR引物,是木本油料植物光皮树分子标记辅助育种与良种选育的重要基础研究。为给SSR标记技术在光皮树遗传图谱构建、亲缘关系鉴定及分子育种等方面的应用研究奠定基础,利用"Cf-05"正反向引物,采用L16(45)正交试验设计和单因素试验相结合的研究方法,对影响光皮树SSR-PCR反应体系的主要因素(模板DNA、引物、d NTPs、Mg~(2+)、Taq聚合酶浓度及退火温度)进行了试验分析。试验结果表明,光皮树SSR-PCR总体积为15μL的最佳反应体系为:模板DNA用量37.5 ng,正反向引物浓度均为0.6μmol·L~(-1),d NTPs浓度为0.3 mmol·L~(-1),Mg~(2+)的浓度为1.5 mmol·L~(-1),Taq聚合酶用量为1.5 U,最佳退火温度为50℃。运用优化了的光皮树SSR-PCR反应体系,可从71对引物中筛选获得11对能适用于光皮树的SSR引物。研究结果表明,试验所建立的反应体系可进一步用于光皮树SSR遗传多样性分析、遗传图谱构建和分子标记辅助育种等方面的研究中。 相似文献
13.
采用L16（45）正交实验设计,对杉木SRAP-PCR反应体系中Mg^2＋、 dNTPs、 Taq DNA聚合酶用量、引物浓度及模板DNA用量等5个因素进行了优化,并确立了适宜杉木的最佳SRAP-PCR反应体系。杉木的SRAP-PCR最佳反应体系为：反应体系总体积为25μL,含2.0 mmol／L Mg^2＋、0.3 mmol／L dNTPs 、0.3μmol／L引物,1.0 U Taq DNA聚合酶、50 ng模板DNA及1×PCR buffer。各因素对杉木基因组DNA SRAP-PCR扩增结果的影响程度不同,其中dNTPs浓度影响最大, Mg^2＋浓度的影响最小。运用杉木单株基因组DNA对优化SRAP-PCR反应体系进行验证,均获得多态性丰富、条带清晰的扩增图谱,表明所确立的杉木SRAP-PCR反应体系稳定可靠。 相似文献
14.
本项研究以云南松实生苗幼嫩针叶为材料,采用单因素试验设计,分析云南松SSR—PCR扩增反应体系中各组分对扩增结果的影响,并进一步采用正交试验设计对SSR—PCR扩增反应程序进行优化。结果表明,在15μL SSR-PCR反应体系中包括,1×TaqPCRBuffer,模板DNA用量30ng,Taq聚合酶用量1．0U,0．2mmol L-1dNTPs,3．0mmol·L-1Mg2＋以及正、反引物各0．2μmol．L-1;扩增反应程序为,94℃预变性4min;94℃变性30s,退火30s,72℃延伸45s,35个循环;最后72％延伸10min,4℃保存。该反应条件的建立为开展云南松种质资源SSR分子标记研究提供了参考依据。 相似文献
15.
以山茶基因组DNA为材料,测试山茶ISSR扩增的最适退火温度,并采用单因素试验,测试了模板DNA量,Mg2+浓度,dNTP浓度,BSA浓度,引物用量,Taq酶用量等6个因素对山茶ISSR扩增的影响。结果显示:山茶ISSR扩增的最适退火温度为56.3℃;适宜的扩增体系为:10μL PCR反应体积中,1×Taq酶配套缓冲液(10 mmol.L-1Tris.HCl pH 9.0,50mmol.L-1KCl,0.1%Triton X-100),2 mmol.L-1MgCl2,0.6 mmol.L-14×dNTP,2 mg.ml-1BSA,16 ng模板DNA,10 pmol引物,0.5 U Taq酶。 相似文献
16.
以南方红豆杉DNA为模板,采用正交试验设计对影响南方红豆杉ISSR-PCR扩增的参数进行了优化。结果表明较佳的南方红豆杉ISSR-PCR的反应体系(20μL)为模板DNA 60 ng,10×PCR buffer 2.0μL,25 mmol/L的MgCl21.0μL,2.5 mmol/L的dNTPs 1.0μL,10μmol/L的引物1.0μL和反应酶0.2 U。适宜的扩增条件为94℃预变性4 min,41个PCR循环(94℃变性30 s,54.5℃退火45 s),72℃延伸80 s,72℃延伸5 min,4℃保存。 相似文献
17.
为建立思茅松大配子体ISSR分子标记的反应体系,以思茅松种子样本作为供试材料,比较不同思茅松胚乳DNA提取方法的效果,通过紫外分光度计、DNA琼脂糖电泳和PCR扩增分别予以检测并比较。结果表明SDS法优于CTAB法。同时,通过单因子分析法对ISSR-PCR反应体系中的模板DNA用量,Taq DNA聚合酶用量,Mg2＋浓度,dNTP浓度、引物浓度等主要影响因子进行优化,确立适用于思茅松的ISSR分子标记反应体系。对该体系进行稳定性检验,结果表明该反应体系适合思茅松ISSR-PCR扩增。 相似文献
18.
樟树ISSR-PCR反应体系优化研究 总被引：3，自引：1，他引：3
以樟树基因组DNA为材料,分析了影响樟树ISSR-PCR的主要参数,确立了适用于樟树的ISSR反应体系和扩增条件。结果表明获得清晰、重复性高的樟树ISSR-PCR扩增条件为:20μL PCR反应体积中,1×PCR Buffer(10 mmol.L-1Tris.HCl,pH8.3,50 mmo.lL-1KCl),2.0 mmo.lL-1MgCl2,200μmol.L-1dNTPs,50 ng模板DNA,200 nmo.lL-1引物,0.5 UTaq DNA聚合酶。在扩增过程中,引物的适宜退火温度比其Tm值平均高3℃。这为今后利用ISSR标记技术开展樟树种间遗传多样性分析提供参考。 相似文献