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1.
小型西瓜SRAP技术体系优化 总被引：2，自引：1，他引：1
为探讨小型西瓜种质遗传分析奠定基础以及不类型西瓜SRAP技术体系的通用性,以小型西瓜F1‘秀丽’为试材,利用正交试验设计,对SRAP-PCR反应体系中的Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq聚合酶浓度和模板DNA浓度进行5因素4水平的筛选分析,用Me3-Em3引物组合进行PCR扩增以确定最优反应体系;进一步应用该优化反应体系,对5个不同引物和37份不同果型西瓜资源DNA进行SRAP-PCR扩增。结果表明,小型西瓜SRAP-PCR最佳反应体系为：10× PCR buffer 2 μL、Mg2+ 3.0 mmol/L,dNTPs 0.2 mmol/L,引物0.5 μmol/L,模板DNA 40 ng、Taq聚合酶0.5 U,总体积为10 μL。不同果型西瓜资源DNA进行SRAP-PCR扩增,电泳条带清晰、稳定性好,说明不同果型西瓜种质SPAP体系具有通用性。 相似文献
2.
杏ISSR反应体系的建立 总被引：3，自引：1，他引：2
为建立杏适宜的ISSR反应体系,以红玉杏为试材,探讨影响ISSR扩增的主要因素包括模板浓度、MgCl2浓度、dNTPs浓度、引物浓度及循环次数。通过筛选及优化,确定杏ISSR的适宜扩增条件。结果表明,在25 μl PCR反应体系中,各组分的适宜浓度配比为：模板1 μl（40 ng）、dNTPS 2.5 μl（2.5 mmol/L）、Taq DNA聚合酶0.5 μl（2.5 U）、引物1 μl（20 μmmol/L）、10×PCR Buffer 2.5 μl、MgCl2 2.5 μl（2.5 mmol/L）、ddH2O 15 μl,反应循环次数40次。同时利用建立的ISSR反应体系对3种普通杏品种进行扩增,证明该体系完全适合此标记对杏不同品种的遗传分析,从而为下一步杏资源遗传多样性的研究提供理论依据和参考价值。 相似文献
3.
为满足烟草遗传分析的需求,建立稳定的IMP标记扩增方法,对IMP分子标记体系进行了优化。本研究以烟草DNA为模板,利用Li-cor 4300凝胶分离系统,优化了模板、Mg2+、dNTP、聚合酶浓度等IRD荧光引物扩增反应体系主要参数,建立分析IMP标记的平台。结果显示,影响烟草荧光引物扩增反应最大的因素是dNTPs和引物浓度,反应体系对Mg2+浓度的要求较宽泛,同时,不同的引物对各因素的浓度要求也有差异。最终确定20 μL反应体系中,模板DNA 70 ng,Mg2+浓度2.0 mmol/L,dNTPs为0.2 mmol/L,rTaq DNA聚合酶1.5 U,引物浓度均为1 μmol/L。该体系扩增条带稳定,重复性好,适合烟草遗传多样性分析。 相似文献
4.
SCoT-PCR是一种单引物扩增分子标记。为了将SCoT分子标记应用于海南油茶的分子鉴定和遗传多样性评价中,本研究采用单因素试验和正交试验结合方法,分析模板DNA、dNTPs、Taq DNA聚合酶及引物4种因素对海南油茶SCoT-PCR扩增结果的影响,构建海南油茶SCoT-PCR体系,并筛选多态性引物。单因素试验结果表明：DNA浓度对海南油茶扩增效率影响不大,高浓度dNTPs利于扩增产物,而Taq酶和引物扩增高效率偏于中浓度。正交试验结果表明：各因素对海南油茶SCoT-PCR扩增影响大小依次为引物>Taq DNA聚合酶>dNTPs>模板DNA;总体系为20μL时,最佳反应体系中模板DNA用量为30 ng,dNTPs浓度为0.30 mmol/L,引物浓度为0.60μmol/L,Taq DNA聚合酶用量为1.00 U。利用构建的SCoT-pcr体系对80条SCoT单引物进行筛选,最终筛选出16条SCoT条带清晰的多态性引物,多态性比率平均值达到76.25%。本试验结果可为海南油茶的遗传多样性分析和种质资源鉴定等研究提供参考数据。 相似文献
5.
为建立蓝莓SCoT标记分析体系,为蓝莓的分子育种和遗传多样性分析等研究提供技术支持,以蓝莓叶片为试材,采用L16(45)正交设计方法,对影响蓝莓SCoT-PCR反应的Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、模板DNA及引物等因素进行优化筛选,建立了适用于蓝莓遗传分析的SCoT-PCR扩增体系,即20μL的反应体系中含有：Mg2+为2.813 mmol/L、dNTPs为0.100 mmol/L、Taq酶为1.5 U、Primer为0.2μmol/L、DNA为10 ng。应用优化的反应体系,对32个SCoT引物和6个蓝莓品种‘( Centurion’、‘Premier’、‘Homebell’、‘O'Neal’、‘Tifblue’、‘Misty’)进行扩增,获得了条带清晰、稳定可靠的电泳结果。 相似文献
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橄榄SRAP-PCR体系的建立和优化 总被引：2，自引：0，他引：2
以橄榄品种为材料,采用L16（45）的正交试验设计,对影响PCR反应的Taq酶量、Mg2+浓度、模板DNA含量、dNTPs浓度和引物浓度5个因素进行了SRAP-PCR扩增反应条件优化研究,并利用反应体系对11个橄榄品种进行了SRAP-PCR扩增。结果表明：在20μl体系中,Taq酶1.5U、Mg2+2.5 mmol/L、模板DNA 60ng、dNTPs 0.2 mmol/L和引物0.15μmol/L时的扩增效果最好;利用该体系,SRAP标记引物对Me5- Em2在11个橄榄品种中可以扩增出7条清晰的多态性条带。 相似文献
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橡胶草基因组DNA提取及RAPD反应体系的优化 总被引：1，自引：1，他引：0
为探索适合橡胶草基因组DNA的提取方法和RAPD反应体系。采用改良CTAB法提取橡胶草叶片总DNA,得到的DNA能满足RAPD分析需要。通过单因子实验法分析DNA浓度、引物浓度、dNTPs浓度、Taq聚合酶以及Mg2+浓度对RAPD扩增结果的影响,建立了适合于橡胶草RAPD分子标记的最佳反应体系,即20 μL体系中包括：模板DNA30 ng、Taq DNA聚合酶1.75 U、dNTPs浓度0.25 mmol/L、Mg2+浓度2.0 mmol/L、引物浓度0.5 μmol/L、10×PCR Buffer 2.0 μL。RAPD扩增反应程序为：94℃预变性5 min,94℃ 30 s,37℃ 30 s,72℃ 70 s,45个循环,最后72℃延伸10 min。该反应体系具有较好的稳定性及可重复性。 相似文献
8.
《分子植物育种》2020,(17)
SSR-PCR反应体系的建立与优化是凤仙花属植物(Impatiens L.) SSR标记研究的基础,本研究以8种凤仙花属植物为试材,对Mg~(2+)、Taq酶、dNTPs浓度、DNA模板、引物浓度等5因素进行L_(16)(4~5)正交试验,探讨适合凤仙花属植物的SSR-PCR反应体系,并对主要因素进行优化。结果表明:Mg~(2+)、Taq酶和dNTPs浓度3个因素对凤仙花属SSR-PCR扩增结果有显著影响,影响程度为Mg2+Taq酶dNTPs浓度DNA模板引物浓度;20μL为最佳反应体系,其中,2.6 mmol/L (含10×PCR Buffer)的Mg~(2+),1.6 mmol/L的dNTPs,2μmol/L的引物,60 ng的DNA,0.1 U的Taq酶,ddH_2O补齐剩余部分。利用优化后的反应体系对同属54种材料进行PCR扩增,扩增产物在130～200 bp,具4个等位基因,目标条带清晰,多态性良好。该体系的建立可为今后利用SSR标记对凤仙花种质鉴定、遗传多样性分析、系统发育研究、遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种等研究提供了依据。 相似文献
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龙眼SRAP反应体系的建立和优化 总被引：3，自引：1，他引：2
采用分步优化的方法对影响龙眼SRAP-PCR反应的模板DNA用量、Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、TagDNA聚合酶用量等进行了研究。确立了适合龙眼SRAP分析的反应体系,即体系总体积25μl,包含1×PCR Buffer ,Mg2+ 2.0mmol/L,dNTPs 0.5 mmol/L,引物0.3μmol/L,模板DNA 10ng, TaqDNA聚合酶1.5 U。结果表明,该体系能很好地满足龙眼基因组SRAP扩增的要求,SRAP标记应用于龙眼遗传研究是可行的。 相似文献
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以长白山地区及韩国等9个采样点采集的软枣猕猴桃新鲜幼叶为试材,进行RAPD分子标记反应扩增体系的优化。对实验结果影响较大的5个因素(模板DNA浓度,引物浓度, MgCl_2浓度, dNTP浓度, Taq DNA聚合酶浓度)进行单因素设计,以寻找最佳反应浓度。结果表明,总反应体积为20μL时,模板DNA 40 ng、引物浓度0.3μmol/L、MgCl_2浓度2.0 mmol/L、dNTP浓度250μmol/L、Taq DNA聚合酶2.0 U。此时扩增条带多、电泳结果清晰稳定,表明该体系是一个适合软枣猕猴桃RAPD分子标记反应的体系。该体系的建立有利于软枣猕猴桃的亲缘关系和遗传多样性分析。 相似文献
11.
甜菜SCoT-PCR反应体系的建立及优化 总被引：2，自引：2，他引：0
旨在利用SCoT分子标记技术为甜菜指纹图谱构建、遗传多样性分析以及其他分子标记辅助育种提供技术支持。本研究利用单因素实验优化了甜菜SCoT-PCR反应体系。结果表明,在20 μL反应体系中,甜菜SCoT-PCR最优反应体系包含2.0 μL的10×PCR buffer（含Mg2 ）、10 ng的DNA、0.5 U的Taq DNA聚合酶、10 μmol/L的引物2 μL以及0.1 μL的dNTPs (2.5 mmol/L each)。利用优化后的程序对12份糖甜菜品种进行扩增,结果表明,该体系扩增结果稳定、条带清晰,可用于甜菜品种指纹图谱的构建以及其他分子生物学领域的研究。 相似文献
12.
甜菜SCoT核心引物的筛选 总被引：2，自引：2，他引：0
【研究目的】为了筛选出适合甜菜品种遗传多样性分析的SCoT引物,为SCoT引物得以在甜菜中进行深入应用奠定基础,本研究甜菜以8个来自不同国家的甜菜品种为材料对80条SCoT引物进行扩增【方法】扩增方法采用SCoT-PCR最优反应体系包含2.0 μL的10×PCR buffer（含Mg2+）、10 ng的DNA、0.5 U的Taq DNA聚合酶、10 μmol/L的引物2 μL以及0.1 μL的dNTPs (2.5 mmol/L each)。【结果】结果从80条SCoT引物中筛选出20条多态性高的引物,这20条引物最多扩增出16条多态性条带,最少扩增出2条多态性条带,扩增总条带155条,其中多态性条带为134条,多态性条带的百分比为86.5%。【结论】通过对核心引物的有效性验证,表明筛选出的20个核心引物非常适合用于甜菜指纹图谱的构建。 相似文献
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为建立适合苹果的MSAP(Methylation Sensitive Amplification Polymorphism)反应体系,以‘嘎啦’为材料对MSAP技术中的关键因素进行优化筛选,并用于苹果叶片和愈伤组织的甲基化模式分析。经过不同因素水平摸索,结果表明：600 ng基因组DNA用EcoRⅠ,HapⅡ或MspⅠ各10 U,37℃保温12 h,即可酶切完全。最佳预扩增体系为：酶连产物1 μL、上下游引物各3 μL、2×PCR mastermix 10 μL（Taq酶1 U、dNTPs 5 mM、Mg2+ 30 mM）和ddH2O 3 μL。20 μL选择性扩增体系中,含有60倍稀释的模板DNA 2 μL、上下游引物各3 μL、2×PCR mastermix 10 μL（Taq酶1 U、dNTPs 5 mM、Mg2+ 30 mM）和ddH2O 2 μL。在该体系下选用2对引物对苹果叶片和愈伤组织进行甲基化模式分析,获得了清晰、重复性好的银染指纹图谱。平均每对引物可获得特异性条带12条,共获得特异性条带91条,表明该体系可用于苹果不同发育阶段DNA甲基化模式分析。 相似文献
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白蜡属SSR-PCR反应体系优化及引物筛选 总被引：1，自引：1，他引：0
本研究建立了适合白蜡SSR-PCR反应的最佳体系,并利用该体系从50对白蜡引物中筛选出了3对条带清晰、多态性好的引物,用于白蜡SSR标记的进一步研究。该研究采用L16(45正交设计和单因素试验对影响白蜡SSR-PCR的Taq聚合酶用量、Mg2+浓度、DNA模板浓度、dNTP浓度和引物浓度等5个因素在4水平上进行筛选。优化后的白蜡SSR反应体系为：Mg2+ (25 mmol/L) 0.8μL、引物(10μmol/L) 0.2μL、DNTP (10 mmol/L) 0.3μL、Taq酶(5 U/μL) 0.05μL、DNA模板(5~10 ng/μL) 2.00μL、10×PCR缓冲液1.0μL,ddH2O 5.45μL,总体积10.0μL。该结果为今后利用SSR-PCR标记技术研究分析白蜡奠定了基础。 相似文献
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芝麻SSR检测体系的优化与应用 总被引：1，自引：1，他引：0
为了建立一套适用于芝麻SSR标记检测的技术体系,以5个芝麻新品种为试验材料,选用35对SSR引物,从反应体系、反应程序、电泳、银染4个环节进行优化。结果表明：反应总体积为10 μL,优化后的基本成分及用量分别为25 mmol/L Mg2+ 1.2 μL,10 mmol/L dNTPs 0.3 μL,5 U/μL Taq酶0.3 μL,50 ng/μL Primer 0.9 μL,10×Buffer 0.7 μL,25 ng/μL DNA模板2.5 μL,ddH2O 4.1 μL。反应程序为：94℃ 3 min;94℃ 1 min,60℃ 30 s,72℃ 45 s,10个循环;94℃ 30 s,57℃ 30 s,72℃ 45 s,30个循环;72℃ 5 min。PCR产物用6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,硝酸银快速染色检测效果良好。筛选出多态性较强的SSR引物24对,用这些引物对20个品种进行扩增,初步分析了SSR标记应用于芝麻DNA指纹分析的潜力。 相似文献
17.
目的序列长片段PCR产物可作为FISH技术的有效探针进行分子细胞遗传学研究。然而,传统PCR技术对于5 kb以上的长片段进行有效扩增很难。合适的反应条件及反应体系是进行长片段PCR有效扩增的必要前提。为了获得目的序列长片段PCR产物以用于FISH研究,根据大白菜A03染色体顶端无重复序列区段设计了80对长片段PCR引物,从基因组DNA模板质量、d NTPs浓度以及退火温度和延伸时间方面对PCR技术体系进行了优化。试验证明,选用幼苗嫩叶的基因组DNA和LA Taq DNA聚合酶可以提高长片段PCR引物的扩增质量和扩增效率;确定了适合5~15 kb长片段PCR的反应体系为20μL:50 ng/μL模板DNA 2μL,2.5 mmol/L d NTPs 1.6μL,10μmol/μL正反引物各1μL,10×LA PCR BufferⅡ(含Mg2+)2μL,5 U/μL LA Taq酶0.2μL;反应条件为98℃变性15 s;58~64℃退火10 s,68℃延伸5 min,35个循环;68℃延伸10 min,4℃保存。在大白菜基因组中成功获得了60对5~15 kb的扩增片段。为在大白菜粗线期染色体上开展长片段PCR-FISH技术研究及在近缘种间开展比较染色体涂染揭示进化关系奠定了理论基础。 相似文献
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石斛属植物ISSR扩增体系的建立与优化 总被引：1，自引：1，他引：0
旨在建立并优化石斛属植物的ISSR-PCR反应体系。通过对ISSR-PCR反应体系中主要影响因子模板DNA、dNTP、10×PCR Buffer、引物以及Taq DNA聚合酶分别进行单因素优化,最终建立一套适用于石斛属植物的扩增多态性高、稳定性强、带型清晰的ISSR最佳反应体系。20μL反应体系的适宜浓度及用量分别为：模板DNA 10 ng/μL 3μL,dNTP 2.5 mmol/L 1.5μL,10×PCR Buffer 3.0μL,引物4μmol/L 3.5μL,TaqDNA聚合酶5 U 0.2μL。这一优化体系适用于石斛ISSR分析,为今后遗传多样性与亲缘关系分析、连锁图谱构建、QTL定位、基因定位与克隆等方面的研究提供了技术支撑。 相似文献
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葡萄5BB品种SRAP-PCR反应体系影响因素 总被引：1，自引：1，他引：0
为建立适合葡萄5BB品种的SRAP-PCR反应体系,利用正交设计对葡萄SRAP-PCR反应体系5种因素(Taq DNA聚合酶,Mg2+,模板DNA,dNTP,引物)4个水平进行优化。结果表明,各因素水平变化对PCR反应的影响从大到小顺序为:Mg2+,引物,dNTP,Taq DNA聚合酶,模板DNA;筛选出各因素的最佳水平,建立了葡萄5BB品种SRAP-PCR反应的最佳体系(20μL)为:Taq DNA聚合酶2U,Mg2+2.0mmol/L,模板DNA60ng,dNTP0.25mmol/L,引物0.10μmol/L。这一优化系统的建立为今后利用SRAP标记技术对葡萄进行相关研究提供了帮助。 相似文献