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1.
【研究目的】利用5个微卫星位点对两个SPF莱航鸡封闭群进行了遗传检测,探讨群体内的遗传多态性,以期为实验用鸡遗传质量监测提供理论依据。【方法】PCR扩增后用ABI-3100Avant全自动基因分析仪进行电泳检测,用Genemapper3.1软件进行片段大小分析,收集电泳结果并进行基因分型。【结果】5个微卫星标记在A、B两个鸡群中共检测到20个等位基因,平均为4个;两个鸡群的平均杂合度为0.6211,平均多态信息含量为0.6663,表明所选标记在SPF莱航鸡群中有较高的多态性;adl176位点的180峰仅出现在A群中,188、191两峰在两个群体中的频率相差极大,可作为品系鉴定的理想引物。【结论】大部分微卫星具有多态性,若进行大范围筛查,必能找到一些特异位点为遗传监测所用。 相似文献
2.
普通菜豆根系相关性状的关联分析 总被引：1，自引：1，他引：0
幼苗期根系发育对作物的生长发育具有重要作用。利用生长袋纸培系统对324份普通菜豆种质的主根长、根干重、根体积、根表面积等9个根系相关性状进行表型鉴定,并结合覆盖全基因组、有多态性的116对SSR标记,利用MLM（Q+K）模型进行表型和标记的关联分析。表型分析表明,324份材料的9个根系相关性状表型变异丰富,平均变异系数的变动范围是10.09%~37.03%;基因型分析表明,116个多态性SSR标记共检测到919个等位变异位点,每个标记的平均基因多样性指数为0.59,多态性信息含量（PIC）平均值为0.54,显示这些标记具有较高的基因多样性;群体结构分析表明,供试材料分为两个亚群,与普通菜豆起源于两个基因库对应;关联分析结果显示,以P<0.01作为显著条件,共检测到48个显著标记位点,其中有10个位点同时与2个以上性状相关联,有5个位点与前人研究结果一致。研究结果为进一步理解普通菜豆根系的遗传机理提供了理论参考,也为分子标记辅助选择改良普通菜豆根系奠定了基础。 相似文献
3.
利用微卫星标记分析建鲤种质资源的研究 总被引：2，自引：1，他引：1
为了评估和合理利用建鲤种质资源。从建鲤繁育群体中随机选取185尾鱼,用20个微卫星位点进行遗传多样性分析。结果表明：20个微卫星位点在该群体中所检测到的等位基因片段长度在114~316 bp,共检测出156个等位基因和402种基因型,各位点等位基因数为5~13个,平均7.8个,基因型数10~44种,平均20.1种;各位点观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别在0.346~0.978和0.619~0.880之间,平均分别为0.6434和0.757;所检测的20个位点多态信息含量(PIC)在0.552~0.868之间,平均为0.7253,都属于高度多态位点(PIC>0.5)。实验结果表明,该建鲤繁育群体多态信息含量丰富,遗传多样性水平较高,具有较大的选育潜力。群体内平均固定系数(FIS)为0.1479,说明该建鲤群体存在杂合子缺失现象。根据个体间的遗传距离构建的聚类图可以清楚地显示每个个体之间的遗传差异,这可为建鲤保种和繁殖配组提供依据,避免近交现象。 相似文献
4.
为了有效利用微卫星技术分析虾夷扇贝的群体遗传结构并筛选与虾夷扇贝生长相关的标记。采用19个多态性微卫星分子标记对虾夷扇贝一个家系群体进行了遗传多样性分析。结果显示：19个微卫星位点共获得60个等位基因,每个位点的等位基因数(Na)为2~4个,等位基因片段大小为113~312 bp,平均等位基因数为3.26个,平均有效等位基因数(Ne)为3.0175个,观测杂合度(Ho)平均值为0.2952,期望杂合度(He)的平均值为0.6352,平均多态信息含量(PIC)值为0.5671。经卡方Hardy-Weinberg检验(P<0.01)显示多于半数的位点都发生了偏离。运用SPSS 16.0对微卫星标记与虾夷扇贝生长性状的相关性进行分析,结果表明：DQ679223与壳宽显著相关,EF056526与体重、壳长、壳高、壳宽显著相关,DQ221720与体重、壳高、壳宽显著相关,FJ262409与体重显著相关。研究结果表明：虾夷扇贝的群体遗传多样性水平较高,有较高的遗传改良潜力,可以利用筛选的与虾夷扇贝生长相关的标记进行辅助育种,提高育种效率。 相似文献
5.
国内外甘蓝型油菜种质SSR标记遗传多样性分析 总被引：3，自引：1，他引：2
用SSR分子标记对国内外48份甘蓝型油菜品种进行遗传多样性分析,结果表明：筛选出的45对引物共扩增出326个位点,多态位点281个,多态性比率为86.2%;平均每对引物扩增的条带数和多态性条带数分别为7.2和6.2。多态性信息含量（PIC）在0.374~0.856,平均为0.699。遗传相似系数在0.48~0.79之间,参试材料差异较大;以0.51为阈值将48份参试材料划分为冬性、半冬性和春性三大类群,三大类群间相对独立又有一定程度的渗透,说明材料之间存在不同程度的亲缘关系。主成分分析与聚类分析结果一致。说明SSR标记能够较全面地反应种质材料的遗传多样性,能够为种质的保存提供帮助,同时可以用来分析育种材料的遗传多样性,对育种工作有重要的参考意义。 相似文献
6.
林甸鸡和大骨鸡微卫星DNA标记遗传多样性的比较研究 总被引：3，自引：3，他引：0
为了从分子水平上揭示林甸鸡和大骨鸡的群体遗传结构,利用鸡基因组中5个微卫星标记,检测了林甸鸡和大骨鸡群体的遗传多样性。同时探讨了林甸鸡和大骨鸡在国内几个地方鸡种中的系统地位。结果表明,5个微卫星位点共检测到38个等位基因,其中ADL0146位点的等位基因数5个,为最少,而ADL0136和ADL0185两个位点的等位基因数9个,为最多;5个微卫星位点的平均等位基因数为7．6个。林甸鸡群体内比大骨鸡群体有更丰富的遗传多样性。聚类分析结果显示,林甸鸡和大骨鸡与边鸡、日照麻鸡及寿光鸡之间有比较密切的亲缘关系;而林甸鸡和大骨鸡与鲁西斗鸡的亲缘关系均较远。总体而言,该系统聚类结果与7个鸡种的分化与选育历史是一致的。 相似文献
7.
本研究通过SSR标记解析不同类型葡萄种质遗传多样性差异和亲缘关系,为资源分类与品种鉴定提供理论依据。利用15对SSR引物对21种不同类型葡萄种质进行PCR扩增,对扩增情况、遗传距离与亲缘关系等进行分析。15对SSR引物共扩增出等位基因位点91个,其中多态性位点89个,多态性比率高达97.8%,其中13对引物扩增多态性百分率达到100%。21份供试材料间遗传相似系数变化范围在0.45~0.91之间,并在遗传相似系数0.62处被分为2个类群。研究表明SSR标记从分子水平上解析了不同类型葡萄种质的遗传差异性,揭示了材料间亲缘关系,为育种研究提供了一定参考依据。 相似文献
8.
牙鲆亲本间遗传距离与其后代生长速度的相关性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
分子标记技术为直接从DNA水平上认识生物个体遗传差异提供了强有力的工具,用其分析亲本间遗传距离与后代生长性状之间的关系是水产育种研究的重要方向之一。选用21个多态性微卫星分子标记,以8个日本牙鲆（JS）个体和24个抗病牙鲆（RS）个体为亲本产生的28个杂交组合为材料,分析了该32个牙鲆亲本的遗传多样性,同时对牙鲆亲本间遗传距离与其后代生长速度的相关性进行了研究。结果表明：（1）21个微卫星标记共扩增出123个等位基因,32个牙鲆亲本中的等位基因数(A),有效等位基因数(Ae),观测杂合度(Ho),期望杂合度(He),多态信息含量（PIC）分别在2~15,1.3423~7.8168,0.2333~1.000,0.2593~0.8859,0.2225~0.8613之间变动,相应的平均值分别为5.86,3.7951,0.6931,0.6784,0.6237。（2）进行亲本间遗传距离（GD）与其后代生长速度（AGRw）的相关性分析发现,亲本间最小遗传距离为0.2578,最大遗传距离为0.9773,不同遗传距离范围内,亲本间遗传距离与后代生长速度之间呈现不同的相关性：在0.2578~0.5958范围内,亲本间遗传距离与后代生长速度呈显著的正相关（P<0.05）;在0.6099~0.6604范围内,亲本间遗传距离与后代生长速度之间没有表现出显著的相关性;在0.6640~0.9773范围内,亲本间遗传距离与后代生长速度呈显著的负相关（P<0.05）。 相似文献
9.
用SSR标记分析豫综5号和金皇后综合种的遗传变异 总被引：1，自引：0，他引：1
利用40对SSR标记引物分析了豫综5号和金皇后综合种的遗传变异.结果表明:40对引物在两群体中都扩增出115个多态位点;累加40对引物扩增的基因型种类,豫综5号196种,金皇后194种;豫综5号的平均遗传距离为0.383 4,金皇后综合种为0.339 7;豫综5号的平均观察杂合度是0.382 6,平均期望杂合度是0.474 7;金皇后综合种的平均观察杂合度是0.329 2,平均期望杂合度是0.414 3.从以上结果来看,豫综5号的遗传变异较丰富. 相似文献
10.
线纹尖塘鳢(♀)、云斑尖塘鳢(♂)及其杂交、回交子代遗传变异的微卫星分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为选育出生长快、外形美、耐粗饲、易起捕的尖塘鳢属鱼类新品种。本研究用20对微卫星引物对线纹尖塘鳢(♀)、云斑尖塘鳢(♂)及其杂交、回交子代的遗传变异进行分析。结果表明：20对引物在4个群体中共检测出87个等位基因,平均等位基因数以线纹尖塘鳢最低(1.6087),杂交子代F1最高(2.9130);平均有效等位基因数依次为云斑尖塘鳢(2.2570)>杂交子代F1(2.1516)>回交子代F2(2.1061)>线纹尖塘鳢(1.5164);在4个群体中平均观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和香农指数(I*)4个参数的变化范围分别为：0.4891~0.7767、0.2714~0.5193、0.3473~0.4458、0.3662~0.7993。其中,各参数均为线纹尖塘鳢群体最低,平均观测杂合度和香农指数杂交子代F1最高,平均期望杂合度回交子代F2最高,多态信息含量云斑尖塘鳢群体最高,且各群体的平均观测杂合度均高于平均期望杂合度;哈代-温伯格平衡的χ2检验结果表明：绝大多数位点发生了偏离(P<0.05);根据Nei’s遗传距离建立的UPGMA聚类图表明：杂交子代F1和回交子代F2聚为一支后再与线纹尖塘鳢聚为一支,而云斑尖塘鳢为另一支,并且无论是杂交还是回交均表现了一定的母本效应。 相似文献
11.
为了更好地保护极度濒危的普氏原羚物种,选择非损伤性样品-粪便作为研究材料,选用10对非洲糜羚微卫星引物和10对绵羊微卫星引物作为筛选普氏原羚基因组DNA微卫星位点的引物。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星PCR的扩增产物,结果发现20对引物中有8对引物在普氏原羚基因组DNA中扩增出了多态性位点。通过等位基因数目和等位基因频率对这8个位点的基因杂合度、多态性信息含量、有效等位基因数进行了计算,结果发现这8个位点在39个普氏原羚粪便样品中的基因杂合度介于0.71~0.84,平均杂合度为0.78;多态性信息含量介于0.79~0.66,平均多态信息含量为0.73;有效等位基因数介于3.40~6.08,平均有效等位基因为5.98,这表明所筛选到的8个微卫星基因座在研究普氏原羚粪便样品中均为中高度多态性基因座,具有比较明显的遗传变异,完全适合普氏原羚各种分子遗传分析。因此试验应用这8对多态性引物对39个粪便样品的个体进行识别,发现这39个粪便样品来自35个不同的个体。 相似文献
12.
目标起始密码子多态性(SCoT)分子标记技术在花生属中的应用 总被引：5，自引：0，他引：5
花生属分子标记领域的研究远落后于其他物种,而栽培种花生因其遗传基础狭窄,用大多数分子标记技术都难以检测到丰富的分子标记,因此限制了花生属野生种在改良花生栽培种方面的利用以及建立花生分子标记辅助育种技术体系。本文分别对花生属4个区组的16份种质资源和8份花生栽培种资源采用与功能基因相关的SCoT分子标记技术研究了花生属种间和栽培种内遗传多样性和亲缘关系。23条SCoT引物在花生属试材基因组中的扩增位点共194个,其中多态性位点130个,多态性达67.01%,通过聚类分析研究了它们之间的亲缘关系;在栽培种内筛选出19条多态性引物,在8份试材基因组中扩增位点198个,其中多态性位点67个,多态性为33.84%,表明SCoT分子标记技术能在花生栽培种内检测出一定程度的DNA多态性。 相似文献
13.
马氏珠母贝选系F4遗传结构和亲缘关系建分析 总被引：3，自引：2，他引：1
为了有效避免因近交引起性状退化,本实验利用微卫星标记分析了选系F4的遗传结构,并估计了其有效亲本的数量。2010年9月,从快速生长系F3选择亲本进行子代繁殖,雌雄亲本数量分别为42和38个,人工解剖授精,按照常规技术进行幼体培育和海区养殖。2011年6月,从选系F4随机选取90个个体,利用45对微卫星引物进行遗传结构分析和有效亲本数量的推断。结果表明：45个微卫星位点共检测到186个等位基因,每个位点的等位基因数在2~9之间,平均每个位点有4.13个等位基因。平均观察杂合度为0.543;平均期望杂合度为0.542;平均Shannon多样性指数为1.012;平均PIC值为0.491。根据基因频率的似然率算法成功的推断出该群体含有30个全同胞家系,用于繁殖选系F4有效亲本数量为60个,有75%的亲本参与了繁殖。世代之间近交系数增量△F=0.83%,F4代群体的近交系数F=3.27%。本研究结果表明：（1）该选系F4具有较高的遗传变异;（2）利用微卫星标记能有效推算选系的有效亲本数量,同时为构建继代群体提供技术支持。 相似文献
14.
摘 要：本研究利用微卫星标记技术分析了9个绵羊品种的遗传结构和遗传变异。9个微卫星座位共检出137个等位基因,分布在9个绵羊群体中7-23个不等,有效等位基因数为2.220~6.054;平均多态信息含量和平均杂合度分别在0.473-0.746和0.513-0.782之间;通过Nei氏遗传距离和非加权配对算数平均法（UPGMA）以及邻近结合法（NJ）将9个绵羊品种进行聚类,结果表明：9个绵羊品种可以分为两大类,聚类分析图能客观的反映9个绵羊品种的地理分布、遗传分化特点及亲缘关系程度。 相似文献
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福建黄兔的遗传多态性及分类 总被引：2，自引：0，他引：2
用8个微卫星标记对福建黄兔的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究。结果表明：（1）8个微卫星标记在所检测的福建黄兔群体中都表现出较丰富的多态性,在6个群体微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0.6622(0.5723~0.7222),各群体的PIC差异不显著;全部群体平均杂合度为0.6857(0.5904~0.7267)。这显示黄兔群体的多态信息含量、杂合度等指标有较好的一致性,说明福建黄兔品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性。（2）根据奈氏标准遗传距离,并进行UPGMA聚类分析,结果显示6个群体间的遗传变异不大。福建黄兔地方品种在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性;从遗传距离及聚类分析结果表明这些群体黄兔属于同一个地方品种。 相似文献
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新疆加工番茄品种遗传多样性的SSR分析 总被引：2，自引：1，他引：1
选用已筛选出带型稳定的44对SSR引物,对新疆主栽以及美国引进的加工番茄品种进行遗传多样性分析,结果表明：在24个品种间共扩增了283个等位基因,每对引物的等位基因数变化范围在2~17之间,平均为4.422个;有效等位基因为189.638,平均为4.310;每个SSR位点的多态性信息量变化范围为0.140~0.915,平均为0.662;基因型多样性变化范围为0.325~2.620,平均值为1.438;24个品种间的遗传相似系数变幅为0.715~0.924,平均值为0.820,且95%的供试品种其遗传相似系数在0.715~0.800之间,亲缘关系较近。以遗传相似系数为原始数据,按UPGMA方法将供试品种划分为4大类群,结合系谱分析结果表明,新疆的加工番茄品种遗传多样不够丰富,多数品种间的亲缘关系较近,欲进一步提高新疆加工番茄的产量及品质性状还需拓宽亲本选择范围,扩大遗传背景。 相似文献
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The linkage relationships between 164 polymorphic amplified fragment length polymorphism (AFLP) and 25 restriction fragment length polymorphism (RFLP) fragments assayed in a pseudo‐testcross population generated from the mating of single genotypes from two divergent cultivars were used to construct female, ‘Katambora’ (‘Kat’) and male, ‘Tochirakukei’ (‘Toch’) parental genetic maps for rhodesgrass. The ‘Kat’ genetic map consists of 84 marker loci (72 AFLP and 12 RFLP markers) distributed on 14 linkage groups and spans a total length of 488.3 cM, with an average distance of 7.8 cM between adjacent markers. The ‘Toch’ genetic map consists of 61 marker loci (52 AFLP and nine RFLP) mapped on 12 linkage groups spanning a total length of 443.3 cM, with an average spacing of 9.0 cM between adjacent markers. About 23% of the markers remained unassigned. The level of segregation distortion observed in this cross was 11.1%. In both maps, linked duplicated RFLP loci were found. These linkage maps will serve as a starting point for linkage studies in rhodesgrass with potential application for marker‐assisted selection in breeding programmes. 相似文献
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为了探讨鹅脂肪型脂肪酸结合蛋白(Adipocyte Fatty Acid-Binding Protein,A-FABP)基因内含子Ⅰ的序列长度、多态性及与其他物种的同源性。根据鹅A-FABP mRNA(AF472610)和鸡A-FABP基因组序列(AY675941)设计1对引物,扩增鹅A-FABP基因内含子Ⅰ序列;利用PCR-SSCP技术和序列比对,开展鹅A-FABP基因内含子Ⅰ的多态性研究。结果表明：鹅A-FABP基因内含子Ⅰ序列长为1473 bp,与其他12个物种序列比较,发现其与鸭的同源性达到94.42%,与鸡的同源性为81.82%。经SNPs检测发现,P2和P3扩增产物存在变异位点。遗传多态性分析表明,A、B两个等位基因的基因频率分别为0.597和0.403,多态信息含量(PIC)是0.365,基因型分布未偏离Hardy-Weinberg平衡状态(χ2＝0.020,P>0.05);D、E两个等位基因的基因频率分别为0.483和0.517,PIC是0.375,基因型分布偏离Hardy-Weinberg平衡状态(χ2＝6.782,0.01 相似文献
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棉花适宜机采相关性状的SSR标记关联分析及优异等位基因挖掘 总被引：1，自引：0，他引：1
棉花机械采收对品种的生育期、株型及对脱叶剂敏感度有较高的要求。本研究利用覆盖全基因组有多态性的214对SSR标记对118份含有一个或多个机采性状的种质资源的株高、始节高、始节位、第一果枝平均长度、生育期及脱叶率6个机采相关性状进行关联分析。利用Structure 2.3.1软件进行群体结构分析,并结合2年2点12个重复的田间表型数据,采用Tassel 5.0软件的混合线性模型MLM关联定位。结果检测到460个等位基因,涉及905个基因型,基因多样性指数平均为0.5151,PIC值平均为0.4587,基因多样性指数和PIC值都大于平均数的标记有99个,占总标记数的46.3%,说明该批SSR标记具有较多的等位变异数和较高的遗传多样性。群体结构分析将118份供试材料划分为4个亚群,结果显示各类群中材料与地理来源无对应关系。关联分析结果显示4种环境中,在显著条件下(P0.05),共检测到124个与6个机采相关性状相关的位点,对表型变异解释率范围为2.23%~14.15%;其中在极显著条件下(P0.01),共检测到20个与机采相关性状相关的位点,对表型变异解释率范围为4.84%~14.15%。基于本研究的结果,鉴定出典型的载体材料11份,分别为系7、金垦9号、Y11、豫棉18、AY-4、K2、朝阳棉2号、DZ22、中棉所43、C2和关农长早B14。以上发掘出的控制棉花适宜机采性状的优异等位基因及优异亲本资源,可为机采棉的分子辅助选择育种提供理论依据。 相似文献
20.
小麦种质资源农艺性状变异及其遗传多样性分析 总被引：5，自引：2，他引：3
为了解不同小麦种质资源农艺性状变异及其遗传多样性,利用SSR分子标记分析了44份CIMMYT春小麦和45份国内主栽小麦种质资源的遗传变异。结果表明,小麦单株产量、株高和穗粒数的变异系数分别为36.7%、16.4%和15.6%,说明国内外种质材料在表型上存在较大差异。利用20对分子标记对89份小麦种质资源进行了多态性检测,结果显示,共检测到162个等位变异,每对引物检测到等位变异数目为6~9个,平均每对SSR标记能够检测到8.1个变异,其中Xgwm314的多态性最丰富;SSR标记的多态性信息含量（PIC）介于0.0223~0.8177,平均值为0.5109;平均每位点的有效等位基因数的变异范围为0.2984~8.7818,Xgwm165的多态性最丰富,平均值为1.2215;Shannon’s信息指数的变异范围为0.1114~0.3162,平均值为0.2307。聚类分析结果显示,89份小麦种质资源分为2大类群,第一类有25份,该类群株高较低,第二类有64份,国外材料大多集中在这一类中。本研究表明,44份CIMMYT春小麦及45份国内主栽小麦种质资源遗传相似性较大,地域性分布特征显著,聚类结果反映出小麦品种（系）多样性水平复杂,可为小麦新品种选育提供优异的亲本材料。 相似文献