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1.
为了克服单个家系数量性状位点(QTL)检测效率低、假阳性高等缺点,实验利用250对微卫星(SSR)标记对镜鲤8个全同胞家系的522尾子代进行基因组扫描,采用半同胞家系的分析策略对镜鲤体长(SL)和体质量(BW)性状进行QTL分析。结果显示,基于父系的QTL分析,共检测到4个QTL区间,其中,3个体长的QTL中,1个为95%基因组水平(genome-wide)显著性,位于LG24,可解释表型变异率为20.3%;其余2个均为95%染色体水平(chromosome-wide)显著性,分别位于LG6和LG30,可解释表型变异率分别为11.9%和11.6%。1个体质量的QTL达到99%基因组水平,位于LG24,可解释表型变异率达到38.3%,且与体长QTL区间重叠。基于母系的QTL分析,共检测到8个QTL区间,其中,5个体长的QTL中,1个为99%染色体水平,位于LG8,可解释表型变异率为16.6%;其余4个均为95%染色体水平,分别位于LG24、LG30、LG31和LG45,可解释表型变异率为9.6%~14.2%,且位于LG24和LG30上的QTL为父母本共有;3个体质量的QTL均与体长QTL区间重叠,1个为95%染色体水平,位于LG24,其余2个均为99%染色体水平,位于LG30和LG45,可解释表型变异率分别为14.1%和13.6%。进一步分析发现,位于LG24上的体长和体质量QTL区间重叠且均为父母本共有,体质量的3个QTL均与体长QTL存在重叠区域且呈现成簇分布的特点。本研究结果不仅可以为鲤分子育种提供更可靠的标记,而且为家系和品种间QTL变异规律的探索提供基础数据。 相似文献
2.
为挖掘镜鲤头长及头长体长比性状的主效QTL区间,实验利用368个SSR、336个SNP标记对镜鲤良种后代杂交F1群体的68个个体进行基因型检测,运用JoinMap 4.0软件包构建遗传连锁图谱。该图谱包含535个分子标记并被分配到50个连锁群上,覆盖基因组总长度为2 244.66 cM,标记间平均距离为4.63 cM。利用MapQTL 5.0(interval mapping,IM)区间作图法进行QTL检测。结果显示,共得到2个与头长相关的QTL区间,分别分布在LG21和LG42,可解释型变异分别为28.2%、32.6%;6个与头长体长比性状相关的QTL位于LG8、LG15、LG18、LG21、LG39、LG40,可解释表型变异范围是16.4%~49.3%。全部QTL区间中贡献率大于20%的主效QTL有7个,HL-21和HL-42是头长性状的主效区间;HBR-8、HBR-15、HBR-21、HBR-39和HBR-40是头长体长比性状的主效QTL区间。利用SPSS的一般线性模型(GLM)针对另一群体进行验证,结果表明HLJ692与镜鲤头长体长比显著相关。 相似文献
3.
一种杂交鲤四种经济性状的QTL定位分析 总被引：1，自引：1，他引：0
以柏氏鲤和荷包红鲤抗寒品系杂交F21个家系的92尾个体为材料,用300个微卫星(SSR)标记构建了遗传连锁图谱,其长度为2 471.7 cM,标记间平均间隔为10.75 cM,在此基础上对体长(SL)、体厚(BT)、体高(H)和体质量(W)进行QTL定位分析.共检测到17个QTL区间分布于6个连锁群.4个体长的QTL中,位于LG5、LG7和LG19的QTL为显著水平(P＜0.05),位于LG32的QTL为极显著水平(P＜0.01),可解释表型变异率为5.14％～10.2％;4个体厚的QTL中,位于LG11(两个QTL)和LG32上的QTL为显著水平(P＜0.05),位于LG5的QTL达极显著水平(P＜0.01),可解释表型变异率为6.42％～ 8.43％;6个体高的QTL中,LG5,LG10,LG11,LG19,LG32上的QTL为显著水平(P＜0.05),LG7上达极显著水平(P＜0.01),可解释表型变异率为5.92％ ～ 8.95％;3个体质量的QTL中,位于LG5和LG7上的为显著水平(P＜0.05),可解释表型变异率为5.55％和8.36％,LG32上达极显著水平(P＜0.01),可解释表型变异率为6.44％.本研究采用了两个不同品系的杂交子代为作图群体,丰富了QTL研究群体的多样化,为今后不同鲤品系或品种间的QTL在全基因组水平上的比较和共性QTL的发掘等奠定基础,进而指导鲤分子育种. 相似文献
4.
半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病相关微卫星标记筛选及QTL定位 总被引：2，自引：0，他引：2
为了筛选出与抗哈维氏弧菌病相关的微卫星标记并进行QTL定位,以2014年感染实验中存活率为52.22%的半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)家系F1412(Family+年份+家系号)为材料,采用混合分离子分析法(bulked segregant analysis,BSA)对169个微卫星标记(SSR)进行筛选,得到1个可能与哈维氏弧菌病相关的微卫星标记scaffold479_23523。用scaffold479_23523所在的连锁群LG18上的37个SSR对94尾抗病、感病个体进行基因分型,得到3个图谱:整合图谱(LG18)、雌性图谱(LG18F)和雄性图谱(LG18M),并用两种不同的模式进行单标记分析和QTL定位。模式一得到3个显著性相关标记(P0.05)和1个极显著性相关标记(P0.01),图谱LG18F定位出一个区间qE-F1;模式二得到4个显著相关标记(P0.05)和1个极显著相关标记(P0.01),图谱LG18M定位出两个区间qE-M1、qE-M2。在全基因组序列的分布范围上,区间qE-F1包含了qE-M1及qE-M2,因此qE-F1更可能与抗病性状相关。本研究开发出了抗哈维氏弧菌病性状相关微卫星标记及QTL区间,为抗病新品种的培育奠定了基础。 相似文献
5.
镜鲤与建鲤生长性状共享 QTL 标记及优势基因型 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究以1个镜鲤(Cyprinus carpio L.)全同胞家系(190个个体)构建的微卫星遗传图谱(992个标记)为基础,从体重、体长、体高和体厚的QTL区间内发掘了54个标记,其与性状具有显著相关性,进而通过对不同基因型性状间的比较,筛选出83个优势基因型。在此基础上,用54个镜鲤QTL标记分析了建鲤(Cyprinus carpio var.jian)作图群体,其中40个标记在建鲤中表现出多态性,比例为74.07%;相关性分析结果显示,其中22个标记与建鲤家系的体重、体长、体高或体厚性状具有显著相关性(P0.05),占多态标记的55.00%;镜鲤与建鲤共享的22个QTL标记中,18个标记与至少1个相同的性状具有显著相关性(P0.05),从中筛选出建鲤性状具有优势的基因型30个,可用于指导建鲤的选育。品种间共享QTL的发掘能够扩展QTL标记的使用空间,减少新品种重新构建图谱进行QTL标记定位的工作量和成本。 相似文献
6.
鲤头长、体厚、体高性状的QTL定位及遗传效应分析 总被引：2，自引：2，他引：0
用174个SSR、41个EST、345个SNP标记对以镜鲤良种后代为祖父母本所培育的杂交F2群体的68个个体进行基因型检测,运用JoinMap4.0软件包构建遗传连锁图。利用MapQTL5.0区间作图法(interval mapping,IM)和多QTL区间定位法(MQM mapping,MQM)进行QTL检测,通过置换实验(1000次重复)确定连锁群显著性水平阈值。在对体高、头长、体厚的区间定位中,共检测到6个与体高性状相关的QTLs区间,分布在LG1(SNP1339-SNP1490)、LG10(HLJE469-SNP1491)、LG12(SNP0922-HLJ1316)、LG13(SNP0937-HLJ328)、LG25(SNP1041-HLJ594)、LG35(SNP1425-SNP0389)等6个连锁群上,解释表型变异范围为20.0%～43.3%。其中,SNP1339-SNP1490区间LOD值最大为3.64,解释表型变异35.4%。6个与头长相关的QTLs,分布在LG1(SNP1339-SNP1490)、LG12(HLJ071-HLJ336)、LG13(SNP0937-HLJ328)、LG24(SN... 相似文献
7.
不同温度下哲罗鲑幼鱼生长性状的遗传参数估计 总被引：5，自引：1，他引：4
采用每4个雄性亲本与1个雌性亲本交配的巢式设计方法,建立哲罗鲑(Hucho taimen)9组母系半同胞、34个父系全同胞家系.19个家系置于(13±1.5)℃(高温),15个家系置于(9±1.5)℃(低温)条件下饲养,计算幼鱼各月龄的体质量和体长性状的遗传力和遗传相关.结果表明,哲罗鲑幼鱼在低温条件下体质量遗传力为0.413～0.675,体长遗传力为0.297～0.777;高温条件下体质量遗传力为0.396～0.558,体长遗传力为0.194～0.624,均属于中高遗传力.在2个温度条件下母本间遗传方差组分均大于父本间遗传方差组分,存在较大的母本效应或显性效应,而根据父本间遗传方差组分估计的遗传力较为无偏.低温条件下体长、体质量遗传力估计值高于高温条件下的估计值,表明基因和环境互作效应较为明显,在低温条件下对体长和体质量进行选择能达到更好的效果.体长和体质量在不同生长时期、不同温度条件下都具有显著的遗传正相关和表型正相关(P＜0.05),表型相关系数为0.815～0.939,遗传相关系数为0.794～0.939,表明通过体质量或体长进行选育均能达到改良生长性状的目的. 相似文献
8.
本研究以长牡蛎(Crassostrea gigas)F1全同胞家系为作图群体,在已构建的基于120个微卫星和66个SNP标记的长牡蛎性别平均连锁图谱上,利用PROC QTL 2.0软件对出肉率和壳形(壳宽和壳深)性状进行QTL定位分析。结果表明,共检测到13个相关的QTL,分布在3个连锁群上;其中,与出肉率相关的4个QTL定位在1号和3号连锁群上(LG1和LG3),表型解释率为0.25%~47.53%;与壳宽相关的3个QTL定位在10号连锁群上(LG10),表型解释率为0.71%~45.39%;与壳深相关的6个QTL也定位在LG10,表型解释率为3.37%~24.78%。根据QTL连锁群分析和性状相关性分析结果可以推测,出肉率与糖原含量性状以及壳宽与壳深性状分别具有相近的遗传特征,利用与相关性状共同关联的分子标记可以同时对出肉率与糖原含量性状、壳宽与壳深性状进行遗传改良。本研究结果为今后长牡蛎相关性状候选基因克隆和分子标记辅助育种提供了参考。 相似文献
9.
凡纳滨对虾生长性状遗传参数的估计 总被引：6，自引：3，他引：3
采用平衡巢式设计方法和人工授精技术,每个雄体配3个雌体,构建了18个父系半同胞家系和54个母系全同胞家系.分别测定了每个母系生长到5月龄60个全同胞个体的体质量、全长、体长、头胸甲长、头胸甲宽、头胸甲高、第一腹节背高、第三腹节背高和第一腹节背宽9个生长性状,应用数量遗传学原理,采用方差和协方差分析的方法,估算了5月龄凡纳滨对虾生长性状的遗传力及各性状间的遗传相关及表型相关.结果表明,利用父系半同胞组内相关法估计的遗传力是凡纳滨对虾各生长性状遗传力的无偏估计值.其中,体质量、全长、体长、头胸甲长、头胸甲宽、头胸甲高、第一腹节背高、第三腹节背高和第一腹节背宽狭义遗传力的估计值分别为0.460、0.392、0.303、0.234、0.251、0.330、0.282、0.321和0.356,属于中高等遗传力范围,显示出较高的选择育种潜力.基于父系半同胞遗传协方差组分及表型协方差分别估计的各性状间的遗传相关及表型相关表明,各个性状间均表现出高的正相关,其中遗传相关在0.750 ～0.976,体质量—全长的遗传相关为最大(0.976),全长—第三腹节背高的遗传相关为最小(0.750),表型相关为0.507～0.947,体质量—全长为最大(0.947),第一腹节背高—头胸甲高为最小(0.507).经t检验,各性状间遗传相关及表型相关均达到极显著水平,表明以任意一个生长性状为参数进行选育,均可达到改良凡纳滨对虾生长情况的效果. 相似文献
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本研究基于全同胞组内相关法对9月龄刺参(Apostichopus japonicus)苗种体长、体重、肉刺总数3个性状的遗传力进行了评估.以前期收集、保存的刺参群体为亲本,选取了健康刺参29头,采用不平衡巢式设计方法及人工刺激采卵授精方法,按照1雌配2-5雄的原则,构建了6个母系半同胞家系及23个父系全同胞家系,至9月龄时,分别抽取每个家系30-50个后代测定相应个体的体长、体重及肉刺总数,应用数量遗传学分析和全同胞组内相关法估计刺参9月龄体长、体重和肉刺总数共3个生长性状的遗传力.结果显示,9月龄刺参体长雌性组分遗传力的估计值为0.87,雄性组分遗传力估计值为0.85,全同胞组分遗传力估计值为0.86;刺参体重雌性组分遗传力估计值为0.20,雄性组分遗传力估计值为0.73,全同胞组分遗传力估计值为0.46;肉刺总数雌性组分遗传力估计值为0.43,雄性组分遗传力估计值为0.32,全同胞组分遗传力估计值为0.37.t检验表明,体长、体重的雄性组分遗传力达到显著水平(P＜0.05),全同胞组分遗传力均达到极显著水平(P＜0.01),肉刺总数的遗传力均未达到显著水平. 相似文献
11.
Muhammad Younis Laghari Yan Zhang Punhal Lashari Xiaofeng Zhang Peng Xu Baoping Xin Xiaowen Sun 《Aquaculture International》2013,21(6):1373-1379
Growth rate is one of the important economic traits in aquaculture species that is influenced by quantitative trait loci (QTLs). Recently published complete genetic map of common carp (Cyprinus carpio) with 307 markers (including 109 SSR, 31 EST-SSR and 167 SNP markers) was used to determine the number and position of QTLs effecting body weight (BW) and growth rate. Ten-, 11- and 12-month-old individuals of common carp were measured, and seven QTLs were detected in three linkage groups (LG1, LG6 and LG20); three were significant QTLs (qBW2-6, qBW3-6 and qBW3-20, P < 0.001), and four were suggestive QTLs (qBW1-1, qBW1-6, qBW2-20 and qBW3-1, P < 0.01). The three significant QTLs related to BW2 and BW3 were in LG6 and LG20 and covered 18 and 41 cM, respectively. The explained variances of qBW2-6, qBW3-6 and qBW3-20 were 34.4, 32.1 and 33.4 %, respectively. The four suggestive QTLs affecting BW1, BW2 and BW3 were in LG1, LG6 and LG20 and had variances that ranged from 17.9 to 26.7 %. The similarity of the QTL intervals for BW1, BW2 and BW3 in LG6 suggested that these genes may affect growth continuously during the early stage of growth and may be important for growth. The identification of QTLs for growth rate and BW in C. carpio will lead to a better understanding of the factors that influence these traits at a genetic level and will promote the growth to higher production through marker-assisted breeding. 相似文献
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草鱼生长性状的遗传参数和育种值估计 总被引：2，自引：0，他引：2
利用草鱼(Ctenopharyngodon idellus)生长性状选育核心群亲本,采用人工授精方式构建21个全同胞家系,并选用动物模型对16月龄草鱼生长性状进行遗传参数和育种值估计。结果显示,草鱼选育种群的生长性状存在丰富变异。采用约束极大似然法估计方差组分,发现草鱼体重、体长和体高性状的遗传力分别为0.39,0.47,0.21,属于中高遗传力;肥满度性状遗传力为0.11,属于低遗传力;4个性状的共同环境效应值相近且较小,范围为0.07~0.17。采用两性状动物模型分析相关性,发现体重、体长和体高性状间表型和遗传相关系数均达到高度正相关(r=0.88~0.97),而肥满度性状与三者间相关系数接近零,只与体高性状存在一定遗传正相关(r=0.43)。结合各性状遗传变异系数和相对遗传进度,分析表明,以体重为目标性状可便捷有效地改良草鱼生长性能。采用最佳线性无偏估计法预测个体育种值,发现4个性状育种值与表型值的相关系数范围为0.77~0.93。基于单性状育种值和表型值分别进行个体选择,按10%留种率,各性状选留个体相同率为68.75%~81.82%,秩相关系数范围为0.19~0.81,两种选择方式显示出较大差异,且差异大小与性状遗传力成反比例。本研究为草鱼生长性状选择育种提供了理论依据和技术支撑。 相似文献
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鳙30日龄生长性状的遗传参数 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究鳙早期生长性状的遗传改良潜力,利用2个亲本群体进行群体繁殖(组1)和人工授精(组2)实验,并分别采集672尾30日龄鱼苗,用于开展对早期生长性状的遗传分析。通过微卫星标记分别鉴定了其中628和660尾个体的亲本来源,并依此获取群体双列杂交的信息;亲本对应子代贡献率存在极显著差异。在2个繁殖组中,体质量和体长在家系间均存在极显著差异;在组2中,体质量和体长在交配设计间均存在显著差异。此外,杂交组合的2个生长性状均呈现出中亲杂种优势(0.39%~7.64%),其特殊配合力也均为正值(0.01~0.02)。基于动物模型和限制性最大似然法,鳙30日龄体质量和体长的遗传力估值分别为0.47和0.49,且均达到极显著水平。体质量和体长间存在极显著的遗传相关和表型相关,分别为0.89和0.83。研究表明,通过家系构建和群体杂交,可以获得具有生长优势的鳙鱼苗;鳙30日龄生长性状具有较高选育潜力,而亲本对子代贡献的不平衡现象在选育过程中需要引起重视。 相似文献
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Identification of quantitative trait loci for growth‐related traits in the swimming crab Portunus trituberculatus 
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下载免费PDF全文 The swimming crab (Portunus trituberculatus) is an economically important species in Asian aquaculture. Implementing growth‐related traits of P. trituberculatus into genetic breeding programmes is an ongoing effort. We used a previously published genetic linkage map of P. trituberculatus, containing 55 simple sequence repeat (SSR) markers and 172 amplified fragment length polymorphism (AFLP) techniques to map quantitative trait loci (QTL) for growth‐related traits in a single full sibling F2 family. Ten growth‐related traits were measured for QTL mapping. Composite interval mapping identified 9 QTL on the female map and 16 on the male map. Individual QTL with additive effects explained 11–38% of the phenotypic variance for various traits using the female parent's map, and from 1% to 21% using the male parent's map. Two QTL explaining a large percentage of variation in body weight were detected on chromosome 17 on the female map, and on chromosome 16 on the male map, and contributed 38% and 18% of the phenotypic variance respectively. This is the first study to report the detection and positioning of major QTL affecting growth in a true crab species (Brachyura). The mapping of growth‐related QTL in this study raises the possibility of improving the growth of P. trituberculatus through marker‐assisted selection. 相似文献
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本研究从家系水平上比较凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)保种群体出肉率的差异,评估出肉率性状的选择潜力,寻找替代出肉率的间接选择性状,可为出肉率性状的遗传改良提供技术参数。2012年,保种群体养殖350 d后,测定42个家系(2094尾凡纳滨对虾)的8个表型性状(净肉重、体重、头胸甲长、腹节长、头胸甲-腹节长、体长、全长、肥满度),然后将虾杀死,剖取虾肉,计算出肉率;利用单因素方差分析方法,比较不同家系间出肉率的差异;计算各表型性状与出肉率之间的相关系数,利用逐步回归方法构建表型性状对出肉率的多元线性回归方程。结果显示,凡纳滨对虾家系出肉率的均值为(53.59±3.26)%,分布范围为50.25%?59.51%,变异系数为6.08%,家系间差异达到极显著水平(P<0.01);在8个表型性状中,与出肉率的相关性最高的3个性状分别为净肉重(r=0.478)、头胸甲-腹节长(r=0.376)和腹节长(r=0.370);在表型性状对出肉率的多元线性回归方程中,包括头胸甲-腹节长、体重和头胸甲-腹节长/全长3个性状,预测方程的决定系数为0.172。本研究首次在家系水平上表明,凡纳滨对虾保种群体家系间出肉率差异显著,但遗传变异度较低,为提高遗传进展,需进一步持续收集外部种质资源群体,并对出肉率进行家系间和家系内选择,以便获得期望的遗传进展。已测定表型性状与出肉率均处于中低度线性相关水平,初步获得与出肉率中度相关的间接选择性状;已构建的多元线性回归方程预测出肉率的准确度较低,因此,应进一步采用新的技术如超声波、核磁共振等,测定肌肉横截面积、腹节周长等新的性状,提高预测出肉率的准确性。 相似文献