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根据GenBank已登陆的糖转运蛋白序列与家蚕基因组框架图和EST序列,获得家蚕同源糖转运蛋白基因BmST5。基因编码区长1 527 bp,编码508个氨基酸,预测蛋白分子质量为55.67 kD。序列分析结果显示,该基因有典型的Sugar_tr结构域和12个疏水的跨膜结构域,与体虱等同源蛋白的一致性在50%以上。RT-PCR结果表明,该基因仅在家蚕的马氏管、生殖腺和头中有表达,在中肠、丝腺、血液、体壁和脂肪体中不表达。 相似文献
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绿竹光系统Ⅰ捕光叶绿素a/b结合蛋白基因的cDNA全长克隆及分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了从分子水平研究竹子光合作用的机理,采用RT-PCR及RACE方法从绿竹中分离了cab家族的一个基因,命名为BoLhca4-1(GenBank注册号为EF690303).BoLhca4-1的cDNA序列全长931 bp.含有一个735 bp的开放阅读框,编码了一个244 aa的蛋白,分子量大小约为26.8 ku.序列分析结果表明,BoLhcn4-1是光系统Ⅰ的一个捕光叶绿素复合蛋白基因,编码肽链与禾本科植物水稻的cab蛋白有着很高的同源性,达到86.1%.系统进化树分析表明,BoLhca4-1编码蛋白与水稻的cab蛋白亲缘关系较近.另外,对绿竹不同组织中BoLco4-1基因的表达进行RT-PCR检测发现,其在叶片中的表达量较鞘和茎中要高. 相似文献
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【目的】研究不同类型农药胁迫下松墨天牛核糖体蛋白基因表达的变化,为靶标防治松树重要害虫松墨天牛提供理论依据和参考。【方法】从构建的松墨天牛cDNA文库中获得表达序列标签(EST),用Blast程序从GenBank数据库中查找同源序列,克隆得到松墨天牛的一个核糖体蛋白基因;用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测11种农药胁迫下该基因的表达。【结果】从松墨天牛cDNA文库中获得1条EST序列与昆虫核糖体蛋白S15A(RPS15A)同源的基因,命名为MaRPS15A。MaRPS15AcDNA长504bp,含有5′、3′非编码区和长393bp的开放阅读框,编码130个氨基酸,预测的蛋白质分子质量为14.75ku,理论等电点为9.95。MaRPS15A与赤拟谷盗(Tribolium castaneum)核糖体蛋白RPS15A的相似性为98%,与其他昆虫核糖体蛋白RPS15A的相似性大于88%。除溴氰菊酯外,其他农药胁迫导致MaRPS15A相对表达量下降。【结论】成功克隆了松墨天牛核糖体蛋白基因MaRPS15A(GenBank登录号:KJ930032)。大多数农药抑制了MaRPS15A的表达,表明松墨天牛受到了不利影响。 相似文献
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根据已发表的Pm70株的序列(GenBank登录号:AE004439)设计了两对引物,用PCR方法扩增了鸭多杀性巴氏杆菌标准株C48-102的外膜蛋白基因A(ompA),扩增的片段为1062bp。将测序结果与GenBank中多杀性巴氏杆菌P52、PM70、T931317、T94289的ompA序列比对结果表明,核苷酸水平上同源性为89.0%～98.9%;在氨基酸水平上同源性为90.7%～99.2%。全ompA序列在大肠杆菌中干扰蛋白的正常表达,因此截断ompA蛋白的信号肽序列,将去信号肽的ompA基因插入到pPRO-EX-Htb载体上,构建了原核表达载体Htb-ompA,转化BL21,并诱导表达,SDS-PAGE结果表明,表达蛋白约为35kDa,与预期的分子量大小相符。Western-blot结果表明,表达的蛋白具有良好的抗原活性。本研究重组蛋白ompA的获得,为敲除ompA基因多杀性巴氏杆菌突变株的血清学检测奠定基础。 相似文献
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为了研究短小芽胞杆菌Bacillus pumilus DX01菌株的抑菌相关基因的功能,采用PCR方法从DX01基因组DNA中扩增出编码TasA基因的全长DNA序列,并构建原核表达载体pET2-TasA,在大肠杆菌Escherichia coli BL21中表达获得TasA基因的融合表达蛋白,分别利用悬滴法和平板打饼法检测融合蛋白对玉米小斑病菌(Bipolaris maydis)分生孢子萌发和对玉米小斑病菌及水稻稻瘟病菌菌丝体生长的抑制活性,结果表明TasA融合蛋白对这2种植物病原真菌的生长有着显著的抑制作用。TasA基因包含1个780bp的完整开放阅读框(GenBank:KC692521),编码259个氨基酸残基;该序列与B.subtilis菌株PEBS2501(GenBank::FJ713581)、B.amyloliquefaciens HF-01(GenBank:JF781312)和B.subtilis菌株BWST7003(GenBank:AP012496)同源抑菌蛋白基因序列相似性达99%。原核表达产物经SDS-PAGE分析检测到约32.3kDa的融合蛋白;经Ni-NTA柱纯化后的融合蛋白对供试病原菌均有显著的抑制作用。经测定发酵液的TasA融合蛋白产率为28μg/mL,短小芽胞杆菌抑菌蛋白TasA基因具有良好的抑菌效果。 相似文献
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文章根据已报道的α-醇溶蛋白基因5′上游调控区和编码区的保守序列,设计特异性引物,以5份密穗小麦DNA为模板,用PCR克隆的方法获得了41条α-醇溶蛋白基因编码区部分序列,其中有25条序列中出现了提前终止密码子,不能编码有功能的成熟蛋白,被认为是假基因,占总数的61%。序列比对显示这些基因与α-醇溶蛋白基因具有很高的相... 相似文献
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【目的】克隆淡色库蚊一个全新的氯菊酯抗性相关基因PR-XP1的全长序列,分析、预测其编码蛋白的结构与功能,为阐明该基因的抗性机制及研制新型卫生杀虫剂奠定基础。【方法】依据抗性与敏感品系库蚊差异表达的EST片段（GenBank号:EC093826.1）,设计特异性PCR引物,采用RACE技术,克隆淡色库蚊氯菊酯抗性相关基因PR-XP1的全长cDNA序列,运用生物信息学软件对其同源性与系统进化进行分析,并对PR-XP1编码蛋白的结构与功能进行预测。【结果】获得了全长为2 004bp的淡色库蚊氯菊酯抗性相关基因PR-XP1,该基因具有完整的CDS区,编码249个氨基酸。同源性比对与系统进化分析表明,PR-XP1基因核苷酸序列与致倦库蚊（GenBank号:XM001862469.1）、埃及伊蚊（GenBank号:XM001658032.1）和冈比亚按蚊（GenBank号:BX021208.1）相关基因的同源性分别为95%,83%和70%;其编码蛋白的氨基酸序列与致倦库蚊、埃及伊蚊、西方蜜蜂、入侵红火蚁、佛罗里达弓背蚁、印度跳蚁等昆虫中"假设性蛋白"的氨基酸序列同源性均达46%以上。结构分析显示,PR-XP1基因编码蛋白可能为具有2个跨膜螺旋的膜蛋白,跨膜区形成了一个特异性的"U"形结构;该基因还具有1个微弱的信号肽位点和24个磷酸化位点。【结论】克隆得到了一个全新的淡色库蚊氯菊酯抗性相关的"保守性假设蛋白"基因PR-XP1,推测其功能与氯菊酯抗性相关。 相似文献
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【目的】克隆、序列分析和原核表达编码斜纹夜蛾（Spodoptera litura）GOBPⅠ（SlGOBPⅠ）的cDNA。【方法】采用同源克隆结合RACE的方法克隆SlGOBPⅠ基因的cDNA序列,并在 pET-32a/BL21（DE3）系统中进行原核表达。【结果】从斜纹夜蛾触角中克隆了GOBPⅠ的cDNA序列（GenBank登录号为EU086372）,序列分析表明,SlGOBPⅠ开放阅读框序列为495 bp,编码164个氨基酸,分子量为19.3 kD,等电点为5.54。SlGOBPⅠ具有昆虫气味结合蛋白的典型特征,即氨基酸序列中具有 6个半胱氨酸残基,呈酸性。SlGOBPⅠ氨基酸序列与鳞翅目昆虫的气味结合蛋白氨基酸序列具有较高的相似性,表明SlGOBPⅠ属于GOBP家族。将SlGOBPⅠ编码序列,克隆到表达载体pET-32 a上,构建原核表达载体pET-SlGOBPⅠ,在表达宿主菌BL21（DE3）中,经IPTG诱导成功表达了相对分子质量为32.0 kD的可溶性融合蛋白,利用Ni2+-NTA亲和柱一步纯化了SlGOBPⅠ融合蛋白,以此融合蛋白免疫新西兰大白兔制备了SlGOBPⅠ的抗血清,ELISA滴度为1﹕5 000,Western印迹检测结果显示,SlGOBPⅠ抗血清与表达的融合蛋白质呈阳性反应,表明所表达的融合蛋白保持原有的免疫原性。【结论】克隆、分析和表达了编码斜纹夜蛾气味结合蛋白GOBPⅠcDNA 序列,为今后深入研究斜纹夜蛾GOBPⅠ基因的结构和功能奠定了基础。 相似文献
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PM2 gene （accession number： M80664） with high lysine content from soybean （Glycine max） was found in GenBank by changing three BLASTp parameters. Amino acid composition analysis of PM2 showed that Lys content was on the high level of 18.22%. Protein encoded by PM＇2 also belonged to the family of late embryogenesis abundant （LEA） proteins, which was considered that it had a strong relation with the abiotic stress resistance. In this experiment, PM2 gene was obtained from dry soybean seeds by RT-PCR, plant expression vector pEMTPM2 was constructed, and then transformed into tobacco by using agrobacterium-mediated method. Eight salt and drought tolerant lines were obtained from 31 differentiated lines. Real-time PCR showed that PM2 gene overexpressed in all four PCR positive lines with the osmotic stress resistance. These results confirmed that the overexpression of PM2 gene enhanced the osmotic stress resistance of transgenic tobacco. 相似文献
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为建立一种快速检测跨膜蛋白39A(TMEM39A)基因的方法,根据GenBank中登录的不同种属TMEM39A基因序列的保守区域,设计并合成1对荧光定量通用性引物,经过条件优化,建立了检测TMEM39A基因的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法。结果显示:标准品模板在3.937×108~3.937×103拷贝·μL-1范围内呈良好的线性关系,R2可达0.999;该方法特异性较好,检测灵敏度可达3.937×102 拷贝·μL-1;组内和组间变异系数均小于1%,具有较高的重复性和稳定性;利用该方法能够检测出不同细胞中的TMEM39A含量,具有种属通用性。该研究方法的建立为临床上提供了一种TMEM39A的快速检测和定量分析技术。 相似文献
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胡萝卜抗冻蛋白AFP基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以胡萝卜幼苗为材料,提取基因组DNA,根据GenBank中的已知序列设计引物,利用聚合酶链式反应技术(PCR)体外扩增获得胡萝卜抗冻蛋白基因(AFP),将其连接到pGEM-Teasy vector载体上,并对其进行生物学信息分析.结果表明:克隆的AFP基因片段全长1 206bp,其中编码区长1 026bp,共编码341个氨基酸,蛋白质分子量为38.048ku,等电点为5.43,该蛋白为亲水性分泌型蛋白,有信号肽存在;其蛋白质二级结构以α-螺旋、β-折叠和无规卷曲为主.与GenBank中(A91926.1)的基因序列和氨基酸序列比较,同源性分别为99.4%和97.6%,表明AFP基因克隆成功.与不同地方品种胡萝卜AFP基因做同源性比较,结果发现不同品种间的AFP基因保持着很高的内同源性. 相似文献
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苏云金芽孢杆菌新菌株S249 cry2Ad2的克隆及特征分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank中cry2Ad基因序列设计1对特异性引物,以苏云金芽孢杆菌新菌株S249质粒 DNA为模板,应用PCR扩增技术得到了1条大小约为2．0 kb的DNA片段(cry2Ad2)。通过引物步行法测定该片段长1919 bp,其中开放阅读框(ORF)长1902 bp,编码633个氨基酸;经DNASTAR软件分析,预测其蛋白分子量为70．72 ku,等电点pI=8．26。序列比较结果表明,该基因与cry2Ad类基因高度同源(同源性达99%)。该基因已在GenBank中登录,登录号为DQ219823,并被Bt δ-内毒素基因国际命名委员会正式命名为cry2Ad2。 相似文献
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The gene of xylanase (xynA) was amplified by RT-PCR from the total RNA of a themophilic fungus Thermomyces lanuginosus SY2. The sequence analysis showed that gene coding region of mature peptide contained 0.585 kb, which coded 194amino acids. The putative amino acid sequence and DNA sequence of xylanase from T. lanuginosus SY2 (GenBank no.:GU166389) were 98.97 and 99.49% identical to the other T. lanuginosus (GenBank no.: U35436). A recombinant plasmid pPIC9K-xynA was constructed by inserting gene xynA into Pichia pastoris secretory vector pPIC9K. Linearized pPIC9K-xynA was transformed into P. pastoris GS115 with the method of electroporation. The recombinant strain was identified by G418 selection and confirmed by PCR analysis. It was induced by 1.0% methanol at 28℃ to express the recombinant xylanase. The results showed that the recombinant xylanase was secreted into extracellular fermentation liquid. The highest enzyme activity of 113.5 IU mL-1 and protein content of 889.7 μg mL-1 were detected for 216 h of induction. The optimal pH value and temperature of the enzyme activity was 5.5 and 65℃, respectively. The xylanase activity retained above 80% from pH value 2.5 to 8.5 for 48 h. The enzyme activity was above 85% at incubation temperature of 55℃. 相似文献
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鸭疫里默氏杆菌中国分离株的外膜蛋白A基因的克隆与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了对鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)中国分离株的外膜蛋白A(OmpA)基因的序列进行分析,根据GenBank中已发表的鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)的外膜蛋白A(Om-pA)基因序列,在其高度保守区设计一对特异性引物,应用PCR技术,分别扩增从中国广东、福建和山东等地分离的8株鸭疫里默氏杆菌中国分离株的OmpA基因,克隆测序后与GenBank中已发表的26株鸭疫里默氏杆菌进行序列比较,结果表明:所有菌株的OmpA基因均为由1164个碱基组成的ORF,编码387个氨基酸组成的蛋白质,起始密码子均为ATG,终止密码子均为TAA,其核苷酸序列非常保守,同源性高达88.2%~100%,氨基酸同源性达到88.9%~100%。试验表明,OmpA基因具有种内相对保守性,其核苷酸与氨基酸同源性与鸭疫里默氏杆菌的血清型、分离时间和地点之间无必然联系。 相似文献
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利用特异引物,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术,从家鸽(Columbalivia)肝脏组织的总DNA中扩增到目的片段,并将扩增产物克隆到pMD18-T载体中,经菌落PCR与酶切鉴定、序列测定及序列分析.结果表明:克隆得到了家鸽ATPase8-ATPase6基因842 bp及COII的部分序列共861 bp.用DNA分析软件对家鸽ATPase8和ATPase6基因与Genbank中的5种鸟类的ATPase8和ATPase6基因序列进行比较分析,表明家鸽与其他5种鸟类的ATPase8和ATPase6基因具有较高的同源性(88.1%~75.0%),其中与山斑鸠(Streptopelia orientalis)的同源性最高,分别为88.1%和86.5%.家鸽ATPase8和ATPase6基因核苷酸序列的组成中,(A+T)含量分别为55.95%和54.68%,与其它5种鸟类的(A+T)含量(53.5%~60.12%)和(51.9%~54.24%)相近,说明鸟类ATPase8和ATPase6基因序列组成对A+T核苷酸的偏倚程度比较低;而且家鸽该片段的基因组织结构与其他鸟类的基本一致,显示鸟类线粒体基因排列的保守性.家鸽与其他5种鸟类的ATPase8和ATPase6基因序列同源性的分子进化树聚类结果表明家鸽与山斑鸠亲缘关系最近. 相似文献
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根据GeneBank数据库中大豆类铁结合蛋白序列设计引物,通过反转录方法从豫豆8号中克隆到cDNA片段,测序结果表明,该基因cDNA全长752 bp,编码250氨基酸.利用DNAMAN软件进行序列比对分析发现,该cDNA的氨基酸序列与大豆(M64337.1)铁结合蛋白同源性高达98%以上.运用生物信息学软件及相关网站对其功能位点、结构功能域分析,结果显示,该基因具有1个FER-RITIN-LIKE功能域、2个铁结合蛋白基因家族铁结合区域的信号序列、6个磷酸化位点等重要功能位点. 相似文献
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［目的］分析帝企鹅（Aptenodytes forsteri）CHD基因序列,以鉴定性别。［方法］采用苯酚∶氯仿抽提法提取6只未知性别的帝企鹅血液中的基因组DNA,运用P2/P8引物扩增CHD基因片段,将PCR产物克隆到T Vector,利用NCBI的Blast 程序,以短趾鹰（Circaetus gallicus）同源序列为比对参照,将帝企鹅CHD基因片段序列与GenBank 中的基因片段序列进行同源性比较分析,鉴定帝企鹅的性别。［结果］测序结果表明,CHDZ和CHDW基因的PCR产物大小分别为378、387 bp,雌雄结果并不明显,不易区分开来。Blast比对结果表明,帝企鹅LD、EK、ZF为雄性,帝企鹅DG、YA、YY为雌性。［结论］结合PCR扩增和测序分析CHD基因,是单态性鸟类性别鉴定的有效和准确的方法。 相似文献
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通过RT-PCR技术从人乳腺癌组织中扩增出长度为2259 bp的人乳铁蛋白cDNA,PCR产物经凝胶回收纯化后,克隆在pMD 18-T载体的T位点。测序结果和序列分析显示,与GenBank中收录的人、小鼠、奶牛和山羊的乳铁蛋白cDNA序列的同源性分别为99．73％,82．19％,81．79％和87．28％。其中与人乳铁蛋白cDNA 序列相比,发现有5个碱基因等位基因间的突变而发生变异,1个碱基发生了未知的突变,表明已成功的扩增、克隆了人乳铁蛋白基因cDNA序列,此基因序列的GenBank登录号为AY165046。 相似文献