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1.
为研究大连两个海区海带相关可培养细菌群落,于2014年12月和2015年3月分别自登沙河湾和正明寺海带养殖区采集健康海带孢子体和海水,采用2216E涂布平板法,共分离出240株细菌,对所有菌株进行PCR和16S rDNA测序。结果表明,120条海带相关序列归属为4个门、5个纲、8个目、15个科、19个属、42个种;120条海水序列属于4个门、6个纲、10个目、18个科、26个属,46个种。在门水平,海带相关和海水细菌群落均可分为变形菌门、厚壁菌门、放线菌门和拟杆菌门,其中变形菌门和厚壁菌门为优势门。在属水平,海带相关优势属为嗜冷杆菌属、假单胞菌属、副球菌属和Salinibacterium;海水相关优势属为芽孢杆菌属、假单胞菌属、动球菌属、假交替单胞菌属和弧菌属。只从海带分离出的细菌属于微杆菌属、微小杆菌属、黄杆菌属、短小杆菌属、肠杆菌属、寡养单胞菌属和原小单孢菌属。Srensen指数表明,两个海区海带细菌群落有一定差异,不同海区海水及同一海区海带与海水细菌群落明显不同。 相似文献
2.
采用毛细管GC ECD法测定大连湾、辽东湾表层沉积物及表层、微表层海水中 16种有机氯农药 (OCP16 )的含量。结果表明 ,辽东湾海区表层海水OCPs平均质量浓度为 4 1.94ng/L ,显著高于大连湾海区 4 .5 2ng/L的平均值 ,但 2个湾OCPs质量浓度均未超出渔业水质标准。辽东湾表层沉积物OCPs平均质量分数为 10 .15ng/g ,也明显高于大连湾表层沉积物 6.17ng/ g的平均水平。表明辽东湾有机氯农药污染程度较大连湾重。大连湾各站位微表层海水OCPs含量显著高于表层水 ,显示微表层海水对OCPs有较强的富集作用 ,平均富集系数为 5 .1～ 15 .4。 相似文献
3.
采用16S rDNA分析方法,分别提取中华鳖体表和体内细菌总DNA,以之为模板进行PCR扩增获得细菌16S rDNA基因片段,并构建16S rDNA克隆文库.从2个文库中分别随机选取100个重组克隆子,抽提重组质粒,用Hae Ⅲ和MspⅠ限制性内切酶进行酶切,获得酶切指纹图谱,从每种图谱随机挑选克隆子测序,获得其16S rDNA部分序列,构建了系统进化树.在中华鳖体表和体内细菌克隆文库中分别包含13种和10种RFLP谱型,分别挑选了70个和60个克隆子进行测序.结果表明,中华鳖体表和体内文库克隆子分别归为15类和11类OTU,体表和体内菌群多样性较强,优势细菌类群分别为拟杆菌和变形菌,并在文库中检测到了几株益生菌和条件致病菌. 相似文献
4.
为研究浙江近海浒苔Ulva spp.(Enteromorpha spp.)外生细菌多样性,采用传统的形态学和16S rDNA测序分析的方法,从舟山朱家尖、宁海国华电厂和奉化南沙3个地区分离到可培养的浒苔外生细菌及其周围海水细菌65株。根据细菌菌落特征和革兰氏染色结果等将分离到的细菌分为26种表型。16S rDNA序列测序比对发现:菌株与不动杆菌属(Acinetobacter)、交替单胞菌属(Alteromonas)、弧菌属(Vibrio)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、微小杆菌属(Exiguobacterium)、芽孢杆菌属(Bacillus)、赤细菌属(Erythrobacter)、微球菌属(Micrococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、深海杆菌属(Idiomarina)、Phaeobacter、Roseivirgaj和Silicibacter等23个属相应菌株具有较高同源性。对不同地区浒苔外生细菌进行了Shannon-Wiener多样性指数分析。研究表明:(1)宁海国华电厂的浒苔外生细菌多样性最丰富,多样性指数为93.98%;(2)浒苔外生细菌与其生活地区密切相关,其群落组成具有地域差异,其优势类群也不尽相同,但均归属于变形菌门。 相似文献
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应用DGGE技术分析流清河湾扇贝养殖海区细菌群落结构的季节变化 总被引：3，自引：2，他引：1
细菌是海区生态环境的重要组成部分,为了解扇贝养殖海区细菌群落结构的季节性变化,连续11个月(2009年5月—2010年4月,2月除外)定期采集青岛流清河湾扇贝养殖海区水深0.5 m处水样,过滤收集粒径0.22～3.00μm的微生物,采用CTAB法提取样品总DNA,PCR扩增细菌16S rDNA V3-V5可变区序列,并通过DGGE技术对所得序列进行分离,结果共得到36条不同位置的条带,1月份水样细菌群落条带数最为丰富,3月份水样的细菌群落条带数最少。基于各月份DGGE条带数目和相对光密度,对11个月份样品的细菌群落多样性进行UPGMA聚类分析,结果表明,3、4和5月份细菌群落多样性具有较高的相似性,优先聚为一支,其余月份中,7月和8月,9月和12月,10月和11月分别优先聚为一支,而1月份和6月份均单独分为一支。剪切DGGE图谱中的20条主要谱带重扩增、测序,并进行BLAST比对。结果表明,20条序列与已知序列的相似性均在94%以上,这20条序列所代表的细菌分属于α-变形菌亚门(α-Proteobacteria)、β-变形菌亚门(β-Proteobacteria)、γ-变形菌亚门(γ-Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)。 相似文献
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凡纳滨对虾海水养殖系统内细菌群落的PCR-DGGE分析 总被引：8，自引：1，他引：7
采用PCR-DGGE(PCR-denaturing gradient gel electrophoresis)技术对一个典型的凡纳滨对虾(Litopeneausvannamei)海水养殖系统细菌群落进行分子分析.结果表明,沿岸水、蓄水池、养殖池水具有较高的细菌种类多样性,而蓄水池进水、对虾粪样、肠壁定植细菌样以及排水渠污水的细菌多样性程度低.每种环境群落的优势种明显.3个养殖池水样(Y1、Y2、Y3)、2个沿岸水样(W1、W2)、2个粪样(F1、F2)、蓄水池水样(B1、B2)及2个肠壁定植细菌样(G1、G2)各自具有高度群落相似性.BLAST结果表明,12个条带克隆序列所代表优势种很可能来源于以下几个属:柔发菌属(Flexithrix)、黏纤维菌属(Cytophaga)、Dyella属、聚球菌属(Synechococcus)、Chlorarachnion属、支原菌属(Mycoplasma)、草螺菌属(Herbaspirillum)、河氏菌属(Hahella)、Ruegeria属.本研究表明,PCR-DGGE技术可以用于海水对虾养殖系统的细菌群落结构分析.对于海水对虾养殖系统来说,一些序列所代表的主要细菌种类极有可能是很少被注意到或研究过的,具有潜在的研究价值.[中国水产科学,2009,16(1):31-38] 相似文献
7.
从六价铬超标的地下海水池塘中采集底泥,以2216E培养基添加重铬酸钾为手段,筛选出对六价铬离子具有抗性的特异菌株。用细菌通用16SrDNA引物进行PCR扩增,PCR产物纯化后连接pMD18-T载体,导入大肠杆菌感受态细胞。然后对插入片段测序获得分离培养菌株的16SrDNA碱基全序列。通过NCBI比对,对分离的抗性菌株进行分子鉴定,确定其所属的分类地位。用PHYLIP软件,对16SrDNA碱基序列构建系统进化树,分析地下海水池塘六价铬还原菌的多样性。试验结果获得8株对六价铬有明显抗性的菌株,测序后发现8株菌为不同种的菌株,16SrDNA核酸序列相似度为88%,与已发表的序列或菌株的相似性为98%以上,属于6个属的8个不同的种。研究结果表明,铬超标地下海水池塘的活性底泥中六价铬抗性细菌菌株多样性十分丰富,通过进一步的还原性研究,可以筛选出对六价铬有还原特性的抗性菌株。 相似文献
8.
采用基于16S rDNA的高通量测序技术对山东长岛紫菜养殖区的细菌多样性分布进行了研究,并与环境因子进行关联分析,以探究紫菜养殖对环境的影响。结果显示,长岛海区水环境细菌多样性较丰富,呈现由近岸区(CDCNS)、养殖区(CDPF)、外海区(CDCOS)递减的趋势。分别基于所有细菌组成以及相对丰度最高的前20个属/种的聚类结果均显示,CDCNS和CDCOS区聚在一起,明显区别于CDPF区。CDPF区的特异优势菌包括鼠尾菌属(Muricauda)、假单胞菌属(Pseudomonas)、盐单胞菌属(Halomonas)、赤杆菌属(Erythrobacter)、海杆菌属(Marinobacter)。3个区域均未检测到河豚毒素假交替单胞菌(Pseudoalteromonas tetraodonis)、柠檬假交替单胞菌(Pseudoalteromonas citrea)等疑似紫菜致病菌。溶解氧(DO)和pH呈现由近岸向外海逐渐降低的趋势,总颗粒悬浮物(TSS)反之。CDPF区氨氮(NH4+-N)含量最低,盐度最高。关联分析发现,环境因子与环境微生物之间具有一定的相关性,如嗜氨菌属(Ammoniphilus)的丰度与NH4+-N 浓度具显著正相关性,CDPF区最低,CDCOS区最高;盐单胞菌属的分布与盐度具显著正相关性,CDPF区盐单胞菌属含量显著高于其他2个海区。研究表明,紫菜养殖海区细菌群落结构特征与环境因子具有关联性,其间的互作机制尚需进一步深入研究。 相似文献
9.
采用菌落菌体形态观察和16SrDNA序列比对的方法,对三疣梭子蟹养殖健康塘和病害塘表层底泥中的异养细菌进行了比较研究。分离得到的255株细菌可分为13个菌落类群,33个菌体亚群。对占异养细菌总数34.5%的两个优势亚群(A-NS-SpR亚群,不产芽孢的球杆状菌;B-SF-SR亚群,产芽孢的短杆状菌)的16SrDNA序列分析结果表明,A-NS-SpR亚群属于变形菌门中的2个纲3个科8个属约12个种,其中Halomonas ventosae和Donghicola eburneus两个种数量最多,占该亚群菌株的59.1%。B-SF-SR亚群属于厚壁菌门芽孢菌纲的3个科4个属约12个种,其中Bacillus decolorationis和Halobacillus trueperi两个种数量最多,占该亚群菌株总数的60.6%。从属的水平上讲,Bacillus和Halomonas是优势属。A-NS-SpR亚群在健康塘中的丰度(菌株数量)明显高于病害塘,但多样性(种属数量)差别较小,其中Rhodobacteraceae科在两个塘中的数量差别最大。与此相反,B-SF-SR亚群在健康塘和病害塘中的丰度相当,但健康塘的多样性明显... 相似文献
10.
本研究应用PCR-RFLP(Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism)和PCR-DGGE(Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)技术,对工厂化养殖的凡纳滨对虾肠道菌群进行多样性分析。RFLP结果显示,8月样品中不同的克隆子为5个,其中以不可培养细菌(Unculturable bacteria)为主要优势菌,其次为鲁杰氏菌属菌种Ruegeria spp.和Rhodobacterales spp.。依据微生物多样性的覆盖率分析结果表明,所构建16S rDNA克隆文库的覆盖率为97.5%。10月样品中克隆子为8个,其中以不可培养细菌、芽孢杆菌属Bacillus spp.和弧菌属Vibrio spp.为主要优势菌属,其次为Photobacterium spp.和Neptunomonas spp.;所构建16S rDNA克隆文库的覆盖率为90.8%。应用DGGE分析8月和10月对虾肠道样品,菌群以不可培养细菌和弧菌属为主,其次为Streptomyces spp.、Ruegeria spp.、Enterococcus spp.和Photobacterium damselae。 相似文献
11.
根据2007年的4月(春季)和10月(秋季)辽东湾海域19个调查站位所采集的底栖生物样品的鉴定结果,分析了其种类组成、丰度、生物量、生物多样性及群落结构特征,探讨了大型底栖动物群落特征分布与环境因子的相关性。调查共发现大型底栖动物46种,其中春季33种,秋季26种;多样性指数(H')分布无显著空间差异,丰富度指数(dMa)和均匀度指数(J)分布趋势较为一致,高值区集中分布于辽东湾中部,低值区位于辽东湾西北部沿岸水域;群落聚类分析将春秋两季均划分为5组,但5组内容不同,表明季间群落结构变化较大;群落结构与环境因子的相关分析和BIOENV分析表明生物与环境因子之间无显著相关。 相似文献
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根据2003年8月～2005年5月桑沟湾4个航次调查结果,对该海区浮游植物的种类组成、数量分布和群落结构进行分析。结果表明,调查海域共检出浮游植物32属72种。其中,硅藻29属60种,占83.3%。甲藻3属12种,占16.7%。浮游植物数量的变动范围为5.0×10^4～3416.0×10^4cell/m^3,浮游植物数量均值的最高值出现在2003年8月,最低值出现在2005年5月。经多样性指数、丰富度指数、均匀度指数和单纯度指数分析,调查海域浮游植物的群落结构随季节变化明显,秋季的种类数、多样性明显高于春季。综合评价表明,桑沟湾海域浮游植物种类个体数量分布不均匀,生物多样性一般。 相似文献
13.
采用大连湾海域四季底拖网调查数据(2006年夏、冬季和2007年春、秋季),对其鱼类群落结构进行研究,并利用多样性指数法和丰度/生物量比较法(ABC曲线)评价鱼类群落受外界扰动的程度。研究结果表明,该海域四季共采集鱼类31种,隶属于10目24科31属,鱼类区系组成在适温性上以暖温性鱼类为主,在栖息水层上以底层鱼类为主。夏季鱼类生物量(43.16kg/h)和生物数量(950个/h)均明显高于其他3个季节。四季共有优势种为大泷六线鱼和许氏平鲉。鱼类群落多样性指数季节变化范围分别为物种丰富度指数0.76~2.16、多样性指数0.63~1.96、物种均匀度指数0.36~0.91。各季节间生物量和丰度组成的Bray-Curtis相似性均较高。多样性指数法和丰度/生物量曲线法对鱼类群落受外界扰动评价结果一致,均表明鱼类群落受到中度扰动,且秋冬季高于春夏季。本研究可为大连湾海湾生态系统健康评价和生态修复提供科学依据。 相似文献
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根据2006年4、7、11月和2007年1月4个航次的调查数据,分析了桑沟湾水域浮游植物种类组成、数量分布及其季节变化特征。调查期间共采集浮游植物28属92种(含变种和型),主要由硅藻类(74种)和甲藻类(11种)组成。优势度指数分析显示,硅藻是绝对优势种。物种多样性Shan-non-Wiener指数全湾平均变化范围在1.91～2.74之间(春季夏季秋季冬季)。桑沟湾浮游植物的细胞密度及其水平分布格局的季节变化较大,细胞密度冬季最高(平均为188.4×104cells/m3),春季(平均为63.0×104cells/m3)和秋季(平均为11.7×104cells/m3)次之,夏季最低(平均为9.2×104cells/m3),冬、夏季数量中心在湾内近岸浅水区,春、秋季在位于海湾中部的贝藻养殖区。与历史资料对比显示,经过20多年的养殖活动,桑沟湾浮游植物种类数量下降、优势种发生演变,湾内海水养殖品种、数量以及养殖模式是影响浮游植物数量及其季节变化的主要因素。 相似文献
15.
福建东吾洋海域是我国刺参(Apostichopus japonicus)吊笼养殖的核心产区,但目前该地区的水域环境现状和环境菌群结构相关研究匮乏。本研究以东吾洋海域东安、马坑、雷江和沙湾4个主要养殖区域为对象,完成了海参养殖高峰期1月的水质环境因子调查和评价分析,采用高通量测序方法完成了水体和沉积物菌群多样性和差异特征菌群分析,解析了环境因子与菌群结构相关性。结果表明,马坑海域的富营养化指数为21.60,属于严重富营养化;东安和雷江海域属于重度富营养,只有沙湾海域处于中度富营养的水平。东安和沙湾海域水质属于轻度有机污染,而马坑和雷江海域属于中度有机污染。高通量测序共获得1 520个操作分类单元(operational taxonomic units, OTUs),归属于28门、57纲、163目、322科、581属。菌群结构多样性分析表明,各区域沉积物的菌群多样性水平均显著高于相应海域水体菌群多样性,且具有较强的空间异质性。沙湾海域环境菌群多样性与丰度最高。PCo A分析表明,沉积物和水体中细菌群落结构差异极显著,水体交换和海域位置对其水体和沉积物菌群结构的影响较大。具有潜在致病性的弧菌... 相似文献
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西大亚湾海域鱼类群落的多样性研究 总被引：2，自引：0，他引：2
2004年10月—2005年9月在广东大亚湾西部海域(114°30′~114°39′E、22°31′~22°39′N)逐月进行的鱼类资源底拖网调查资料,对该海域鱼类群落多样性现状进行了初步分析。周年调查中共捕获鱼类98种,隶属于11目,41科,72属。优势种类以黄斑篮子鱼、中颌稜鳀、条鲾等经济价值不高及体型较小的种类为主,带鱼、平鲷等传统经济鱼类所占的比例有所下降,个体小型化严重。夏秋季调查航次的种类数量及渔获生物量高于冬春季,个别调查站位种类数及生物量受周围生态环境影响较大。通过分析发现西大亚湾海域鱼类群落多样性指数较低,为0.0883~2.5660;同时因受多方面因素的影响,各调查月份间的多样性指数有差异,休渔期过后的7月最高,冬季2月较低。 相似文献
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流沙湾是中国海水珍珠“南珠”的主产区和广东省重要的贝类养殖区。为评估湾内养殖活动的环境效应,于2015~2016年对流沙湾海区进行了夏(8月)、秋(11月)、冬(2月)、春(5月) 4个季节的浮游植物和海水理化因子调查。共检出浮游植物171种,包括硅藻门43属122种、甲藻门 10属44种、蓝藻门2属2种、金藻门2属2种和裸藻门1属1种。流沙湾内湾浮游植物细胞丰度为(0.05~79.04)×104个/L,夏季>春季>秋季>冬季,且夏季丰度远大于其他三季,内湾和外湾差异不显著。春季须状角毛藻(Chaetoceros crinitus)、红海束毛藻(Trichodesmium erythraeum)和明壁圆筛藻(Coscinodiscus debilis)为主要优势种,夏季优势种主要为中肋骨条藻(Skeletonema costatum),秋季优势种主要为拟弯角毛藻(Chaetoceros pseudocurvisetus)、奇异棍形藻(Bacillaria paradoxa)、洛氏角毛藻(Chaetoceros lorenzianus),冬季主要优势种为威氏圆筛藻(Coscinodisus wailesii)、柔弱根管藻(Rhizosolenia delicatula)、岛脆杆藻(Fragilaria islandica)。其中,奇异棍形藻为春、秋、冬季的优势种,红海束毛藻为春、夏、秋季的优势种。冗余分析表明,流沙湾浮游植物优势种在春季与水温和氨氮密切相关,夏季受透明度显著影响,而在秋、冬季受亚硝酸氮含量影响显著。流沙湾不同养殖区的浮游植物多态性和丰度有明显季节差异。与2012年相比,流沙湾外湾的养殖覆盖率提高了近50%,内湾的珍珠贝养殖减少了近90%,养殖品种、规模和分布格局都发生了明显变化,目前流沙湾的浮游植物群落特征正是对其变化的一种响应。夏季鱼类网箱养殖提高了水域营养盐水平并降低了浮游植物多样性。大规模的扇贝养殖则导致了扇贝养殖区浮游植物丰度的降低。 相似文献
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探究凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道微生物及抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes, ARGs)种类的差异。通过高通量测序和变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)技术分析2种虾肠道微生物群落结构差异和微生物多样性,并运用PCR方法检测了2种虾肠道细菌常见38种ARGs的携带情况。结果显示,获得凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道细菌有效序列分别为42 795和40 713条,物种注释单元(operational taxonomic unit, OTU)数目分别为124和82,分类地位明确的细菌种类分别隶属5个门、17个属和5个门、16个属。凡纳滨对虾肠道细菌的优势类群为变形菌门,所占比例为75.45%,优势菌属为副球菌属(25.83%)和不动杆菌属(25.24%);罗氏沼虾肠道细菌的优势类群是厚壁菌门(49.74%),优势菌属为乳球菌属(49.01%)和弧菌属(29.98%)。凡纳滨对虾肠道细菌(2.19)Shannon指数高于罗氏沼虾肠道细菌(1.78),表明前者肠道细菌多样性大于后者。DGGE图谱的分析结果与高通量测序一致,2种虾肠道细菌种类差异很大。PCR结果显示,凡纳滨对虾肠道细菌携带15种ARGs,罗氏沼虾肠道细菌携带14种ARGs。本实验表明凡纳滨对虾肠道细菌的群落种类多样性、OTU丰富度、物种总数和ARGs种类均高于罗氏沼虾肠道细菌,为后续肠道微生物资源的挖掘提供了理论依据。 相似文献