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1.
[目的]从分子水平上探究青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法]对49头格尔木牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行了测定,后使用DnaSP 5.10.01、Arlequin 3.11和MEGA 5.05等生物信息学软件确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度和单倍型多样度大小,并进行系统发育分析。[结果]在截取的618 bp格尔木牦牛D-loop区分析序列中,排除1处插入(缺失)后共检测到45处多态位点,包括10处单一多态位点和35处简约信息位点;根据序列间核苷酸变异共确定了18种单倍型,其中单倍型H4为优势单倍型,核苷酸多样度为0.015±0.008,单倍型多样度为0.911±0.022。与野牦牛及大通、天祝、金川等其他家牦牛品种相比,格尔木牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较高,表明该群体具有丰富的母系遗传多样性。以美洲野牛为外群,邻接法(即NJ法)构建的系统发育树结果显示：格尔木牦牛群体18种单倍型分布在A、B、C、D和G 5种单倍型组中,且聚为3个大的分支,提示格尔木牦牛由3个母系支系组成,拥有3个母系起源。[结论]格尔木牦牛群体具有丰... 相似文献
2.
为研究张掖肉牛的遗传多样性及母系起源,利用特异性引物扩增mtDNA D-loop区全序列,采用最大似然法构建了张掖肉牛mtDNA D-loop区分子系统树,对核苷酸多态性和遗传距离进行了分析。结果表明,构建的166头张掖肉牛mtDNA D-loop区全序列分子系统树分为3组（普通牛、瘤牛、牦牛）,其中,普通牛血统基因型组占比80.7%,有93种单倍型（Hd=0.988),核苷酸变异度π=0.005 79;瘤牛血统基因型组占比13.2%,有6种单倍型（Hd=0.476）,核苷酸变异度π=0.001 19;牦牛血统基因型组占比6.1%,有5种单倍型（Hd=0.867）,核苷酸变异度π=0.009 65。张掖肉牛与中国北方牛的遗传距离比较近（Fst=0.01）。综上所述,张掖肉牛具有混合母系起源的特点,但受普通牛的影响较大,亲缘关系明显表现出了中国北方黄牛的地理生态分布特征,该研究结果可为张掖肉牛生态区的分布提供理论依据,也可为遗传育种提供参考。 相似文献
3.
[目的]从分子水平上揭示青海省同德牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构和遗传背景。[方法]本研究采用PCR方法和扩增产物双向测序技术,对60头(32♂,28♀)同德牦牛mtDNA D-loop区序列进行了测定。经人工核实校对序列后,使用BioEdit、DnaSP、Arlequin和Network等生物信息学软件综合分析其母系遗传多样性、群体遗传结构及系统发育关系。[结果]同德牦牛mtDNA D-loop区序列长度在890-894 bp之间,排除12处插入/缺失后共检测到59处多态位点,其中单一多态位点有17处,简约信息位点42处;根据序列间核苷酸变异共确定了31种单倍型,其中H8为优势单倍型,单倍型多样度为0.935±0.023,核苷酸多样度为0.012±0.006。与青海其他牦牛品种(群体)(如高原、环湖、大通牦牛等)相比,同德牦牛单倍型多样度较高,表明其具有较为丰富的母系遗传多样性。使用MJ法(Median-Joining)构建的网络关系图显示:同德牦牛31种单倍型分布在A、B、C、D和E 5种单倍型组中,且其可分为2大母系支系,表明同德牦牛拥有2个母系起源。[结论]同德牦牛群体具有较丰富的母系遗传多样性,由分布于2个母系遗传分支的5个单倍型组(即A、B、C、D和E)个体组成,具有2个母系起源。 相似文献
4.
为从分子水平上探究青海雪多牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,对33头雪多牦牛的线粒体DNA(mt DNA)D-loop区部分序列进行了测定,统计计算了多态位点、单倍型数目、核苷酸多样度和单倍型多样度。结果表明:在获得的636 bp D-loop序列中,排除3处插入/缺失后共检测到42处多态位点,其中单一多态位点9处,简约多态位点33处;共确定了19种单倍型,单倍型多样度为0.9000±0.043,核苷酸多样度为0.01173±0.00305,表明雪多牦牛具有丰富的母系遗传多样性;系统发育分析结果表明,雪多牦牛19种单倍型可分为2个支系,推测其具有2个母系起源。 相似文献
5.
《中国畜牧杂志》2017,(11)
本研究旨在探究西藏牛的Y染色体与mtDNA D-loop区的遗传多态性和起源。采用PCR扩增和限制性内切酶酶切的方法测定30头西藏牛Y染色体USP9Y基因的多态性;采用PCR扩增和测序技术测定30头西藏牛的mtDNAD-loop区序列,利用生物信息学的方法对西藏牛44条D-loop序列(其中14条从Gen Bank下载)进行遗传多态性分析。对30头西藏牛USP9Y基因的PCR产物进行电泳,共检测到471 bp和552 bp 2个片段,且552 bp片段不能被限制性内切酶Ssp I切开,说明西藏牛具有普通牛Y1和Y2 2种单倍型组,其频率分别为0.067和0.933。通过对44条西藏牛mtDNA D-loop全序列进行比对,发现本研究测定的30条西藏牛mtDNA D-loop全序列中,有8条为牦牛序列,说明西藏牛群体中有牦牛的基因渗入。对36条西藏牛mtDNA D-loop全序列进行分析,共检测到62个变异位点,界定了21个mtDNA单倍型,单倍型多样度为0.956 0,核苷酸多样度为0.006 4,表明西藏牛具有丰富的母系遗传多态性。系统发育树显示,西藏牛具有普通牛和瘤牛混合母系起源,且普通牛的单倍型在西藏牛群体中占绝对优势(95.24%)。西藏牛具有丰富的母系遗传多态性,由2个普通牛父系单倍型组构成,应归于普通牛一类,且群体中存在牦牛和瘤牛的基因渗入现象。 相似文献
6.
[目的]从分子水平上探究青海省唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法] 对52头唐古拉山牦牛个体mtDNA D-loop区序列进行测定后,使用生物信息学软件分析确定其核苷酸变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度大小,并进行系统发育分析。[结果] 在619 bp唐古拉山牦牛D-loop区序列分析中,排除2处插入（缺失）后共检测到31处多态位点,包括单一多态位点5处和简约信息位点26处。根据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.821±0.043和0.007±0.004。与我国其他18个家牦牛品种和野牦牛相比,唐古拉山牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较低,表明该群体遗传变异较为贫乏,母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群,邻接法（即NJ法）构建的系统发育树结果显示：唐古拉山牦牛群体13种单倍型分布在A、B、C、D和E五种单倍型组中,且聚为2个大的母系分支（即I和II）,支系Ⅰ占比为77%,提示唐古拉山牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源且以支系Ⅰ为主。 [结论] 唐古拉山牦牛母系遗传多样性水平较低,由2个母系支系组成,以支系Ⅰ为主,推测其有2个母系起源。 相似文献
7.
［目的］探究郏县红牛的mtDNA D-loop遗传多样性与母系起源。［方法］采用生物信息学方法。［结果］在46头郏县红牛mtDNA D-loop区全序列共检测到60个变异位点,定义20种mtDNA D-loop单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.8530,平均核苷酸多样度(Pi)为0.0254,表明郏县红牛有丰富的母系遗传多样性。构建的IQ系统发育树表明郏县红牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］郏县红牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源。 相似文献
8.
《中国畜牧兽医》2021,(5)
为从分子水平上探究青海省门源白牦牛与甘肃省天祝白牦牛间的母系遗传差异,本研究对31头门源白牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行测定,结合GenBank中已报道的235条天祝白牦牛相应序列,对共计266条白牦牛D-loop序列进行了综合分析。结果表明,在截取的638 bp白牦牛D-loop区分析序列中,排除64处插入或缺失后共检测到80个多态位点,包括5个单一多态位点和75个简约信息位点。根据序列间核苷酸变异共确定了56种单倍型,其中门源白牦牛拥有特有单倍型7种,天祝白牦牛包含特有单倍型43种,二者共享的单倍型只有2种。门源白牦牛单倍型只分布在A、B和C单倍型组中,而天祝白牦牛单倍型分布在A、B、C、D、E和F单倍型组中,并含有4种普通牛单倍型序列,提示天祝白牦牛中存在普通牛遗传渗入。门源白牦牛单倍型多样度为0.862,核苷酸多样度为0.007,而天祝白牦牛单倍型多样度为0.946,核苷酸多样度为0.014,表明天祝白牦牛的遗传多样性水平高于门源白牦牛。门源白牦牛与天祝白牦牛间的遗传分化指数(Fst)为0.114,表明2个品种(群体)间呈中等分化水平。系统发育分析结果显示,56种单倍型可分为2个明显的分支(即Ⅰ和Ⅱ),表明白牦牛有2个母系起源。综上所述,天祝白牦牛的遗传多样性水平高于门源白牦牛,门源白牦牛母系遗传多样性较低;2个品种(群体)间呈中等遗传分化水平,天祝白牦牛存在一定程度的普通牛基因渗入;2个品种(群体)均由2个母系支系组成,提示白牦牛有2个母系起源。鉴于2个品种(群体)间呈中等遗传分化水平,且都拥有特有的单倍型遗传信息,故建议将其均作为独立的"遗传单元"进行遗传资源保护进而开展保种和选育实践。 相似文献
9.
《青海畜牧兽医杂志》2021,(2)
为从分子水平上探究青海省门源白牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究对31头门源白牦牛线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定和比对分析,确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度、单倍型多样度及平均核苷酸差异数大小,并构建系统发育树。结果表明,门源白牦牛mtDNA D-loop区序列长度为892～896bp,排除5处插入/缺失后共发现38处多态位点,包括24处单一变异位点和14处简约信息位点;依据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度为0.901±0.030,核苷酸多样度为0.006±0.004,平均核苷酸差异数为5.17,提示门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性。以普通牛为外群,邻接法(NJ法)构建的系统发育树结果显示,13种单倍型分为明显的2个分支,表明门源白牦牛有2个母系起源。综上所述,本研究结果表明门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性,由2个母系遗传分支组成,具有2个母系起源。 相似文献
10.
《中国畜牧兽医》2020,(8)
为明确喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛遗传多样性水平、遗传分化和系统进化地位,本研究选择mtDNA D-loop区序列作为分子标记,采用PCR直接测序和生物信息学方法分析喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛mtDNA D-loop区序列特征和遗传多样性,利用GenBank中牦牛序列,采用最大似然法构建系统发育树和中介网络关系。结果显示,喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛mtDNA D-loop序列富含A、T碱基,AT含量为61.2%,存在63个多态位点,占核苷酸总数的7.04%,平均单倍型多样性(Hd)为0.806,平均核苷酸多样性(π)为0.01528,平均核苷酸差异数(K)为13.509,表明喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛遗传多样性丰富;系统发育分析显示,中国境内牦牛形成两大分支,细分为6个小进化支,存在两个母系起源,表明喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛拥有两个不同的母系起源;中介网络关系分析显示,喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛与其他品种牦牛单倍型共享较少,在分支C中喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛群体所占比例较大,且与野牦牛共享。喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛群体具有较独特的遗传背景,推测可能是从早期野牦牛驯化而来。建议加大该区域牦牛品种的认定和品种标准的制定,加强对该区域牦牛遗传资源的保护;根据群体现状,引入野血牦牛进行提纯复壮,防止品种退化和遗传多样性降低;减少外来牦牛品种的引进而无序杂交,以确保优质牦牛品种资源的本品种特性。 相似文献
11.
试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K)。构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离。结果显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1200 bp的序列。39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45%,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50%的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032)。本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源。 相似文献
12.
《家畜生态学报》2021,42(4)
该研究旨在探究西林水牛和富钟水牛mtDNA的遗传多样性和母系起源。采用PCR扩增、测序及生物信息学方法,测定了60头西林水牛和富钟水牛的mtDNA D-loop序列。结合GenBank数据库已公布的25条西林水牛和富钟水牛的mtDNA D-loop序列联合进行多态性分析,共检测到60个多态位点,定义了38种mtDNA单倍型。西林水牛和富钟水牛的单倍型多样度分别为0.909±0.028和0.913±0.035,核苷酸多样度分别为0.019±0.004和0.013±0.005,这一结果表明西林水牛和富钟水牛具有丰富的遗传多样性。NJ系统发育树显示,西林水牛和富钟水牛均属于沼泽型水牛,且有A支系和B支系两个母系起源。 相似文献
13.
《中国畜牧杂志》2020,(1)
为探究淮南猪的遗传多样性和母系起源,本实验对32头淮南猪线粒体DNA D-loop区序列进行PCR扩增和测序,并结合GenBank中国内外猪种及黄河流域古家猪D-loop序列,分析淮南猪线粒体多态性及其起源。结果显示:淮南猪1 170 bp的D-loop序列核苷酸多样性(Pi)及单倍型多样性(Hd)分别为0.004 25和0.968;32个测序结果共检测到27个多态位点,界定了20种单倍型;中性检验表明淮南猪在驯化进程中曾发生过种群扩张;邻接法(NJ)构建分子系统发育树明显将群体分为国内和国外2个类群,淮南猪20个单倍型都聚集在国内分支上;进一步Network分析显示,淮南猪单倍型在国内猪种中呈广泛分布,但与华中、华北型猪种基因交流较多,且与黄河流域古家猪遗传关系较近,表明淮南猪为多母系起源,主要来自于黄河流域古家猪。 相似文献
14.
【目的】探究广西3个地方黄牛品种线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop区）序列的多态性及其母系起源,为广西地方黄牛品种的选育、系统分类和开发利用提供科学依据。【方法】利用PCR扩增、测序和生物信息学方法对广西3个地方黄牛品种（南丹黄牛、隆林黄牛和涠洲黄牛）mtDNA D-loop序列进行多态性分析与系统发育进化树构建。【结果】从广西3个地方黄牛品种127个个体mtDNA D-loop区序列中检测到27种单倍型,其核苷酸多态位点65个,多态位点占所测核苷酸总长（908~912 bp）的7.143%,其中有61个转换、3个颠换和1个转换/颠换共存。广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区单倍型多样度（H）为0.339~0.795,核苷酸多样度（π）为 0.31%~2.54%,表明广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区的遗传多样性存在较大差异,其中,南丹黄牛具有更丰富的遗传多样性,隆林黄牛次之,涠洲黄牛的遗传多样性较贫乏。聚类分析结果表明,广西3个地方黄牛品种具有普通牛和瘤牛2大母系起源,受瘤牛起源影响更明显。【结论】广西3个地方黄牛品种具有瘤牛和普通牛两大母系起源,但受瘤牛影响更明显。隆林黄牛与南丹黄牛为瘤牛和普通牛的混合母系起源,而涠洲黄牛为纯正的瘤牛母系起源,因此,应加强对广西地方黄牛品种资源,尤其是对涠洲黄牛品种资源的保护力度。 相似文献
15.
《中国草食动物科学》2016,(3)
根据牦牛线粒体DNA序列设计引物,扩增获得了中甸牦牛线粒体D-loop区全序列,并以山羊为外属对牛亚科部分牛种(野牦牛、九龙牦牛、麦洼牦牛、西藏牦牛、天祝牦牛、青海牦牛、大通牦牛、美洲野牛、欧洲野牛、印度野牛、亚洲水牛和普通牛)的mt DNA D-loop序列进行了系统进化分析,以期了解中甸牦牛的遗传多样性,从而为中甸牦牛遗传资源的保护、开发和利用奠定理论基础。结果表明:(1)中甸牦牛线粒体D-loop区序列长在890~910 bp之间,T、C、A、G四种碱基的平均含量分别为28.78%、24.41%、32.34%和14.47%,存在一定的碱基组成偏倚性;(2)中甸牦牛共有13种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.983 3,平均核苷酸多样性(Pi)为0.005 34,遗传多样性较为丰富;(3)中甸牦牛与已知牛种mt DNA D-loop区序列双参数距离显示,其与麦洼牦牛距离最小(0.006),与亚洲水牛距离最大(0.179);(4)系统进化分析显示,中甸牦牛是我国众多家牦牛类群中的一支,与麦洼牦牛聚为一类,推测其可能与麦洼牦牛因地理位置存在基因交流,由共同祖先进化而来。 相似文献
16.
［目的］探究甘孜藏牛的mtDNA基因组遗传多样性与母系起源。［方法］采用mtDNA全基因组序列比对及生物信息学方法。［结果］结果显示：在28头甘孜藏牛mtDNA 基因组中,共检测到1232个变异位点,确定了22种单倍型,其单倍型多样度（Hd）为0.98820±0.00010,核苷酸多样度（Pi）为0.02420±0.00003,表明甘孜藏牛具有丰富的母系遗传多样性。系统发育树和网络分布图表明,28头甘孜藏牛mtDNA基因组包括4种母系支系,分别为普通牛的T2、T3与T4支系,还有牦牛支系,其中T2支系占7.14%,T3支系占64.29%,T4支系占3.57%,牦牛支系占25 %。［结论］甘孜藏牛具有较丰富的母系遗传多样性,为普通牛母系起源,但与牦牛有杂交。 相似文献
17.
为研究四川省少数民族地区泸宁鸡、米易鸡、草料鸡的遗传多样性及母系亲缘关系,通过PCR扩增、产物回收、测序的方法,获得各鸡种30个样本的mtDNA D-loop区的部分序列,利用DNAMAN、MEGA5、DnaSP、Network等生物信息学软件对测序结果进行分析.对90个个体mtDNA D-loop区589 bp的片段通过数据分析及聚类分析,构建了单倍型网络关系图及品种聚类图等.泸宁鸡、米易鸡、草科鸡具有较近的亲缘关系,推测3个地方鸡种起源于分布在印度支那半岛、泰国、苏门答腊的红原鸡Gallus gallus gallus亚种. 相似文献
18.
为研究崇仁麻鸡线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区遗传多样性和遗传结构，试验采用PCR产物直接测序的方法，测定崇仁麻mtDNA D-loop区的全序列，并与其他5个红色原鸡亚种进行系统进化关系分析。结果显示：30个样本的mtDNA D-loop区序列长度范围为1 231～1 232 bp，共发现27个多态位点，单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异（K）数值分别为0.947、0.006 89和8.476。群体中16种单倍型划分为A、B、C和E单倍型类群。研究表明，崇仁麻鸡具有较高的线粒体遗传多样性，可能来源于不同的母系。 相似文献
19.
《黑龙江畜牧兽医》2014,(17)
为了研究溧阳鸡线粒体DNA(mtDNA)D-loop区遗传多样性,试验采用PCR产物直接测序法对30只溧阳鸡mtDNA的D-loop区序列进行分析。结果表明:溧阳鸡549 bp D-loop区序列的T、C、A、G平均含量分别为30.0%、29.9%、27.1%、13.0%,共检测到19个突变位点,其中单一多态位点3个,简约多态位点16个;序列的核苷酸多样性为0.007 63,单倍型多样性为0.662;共获得7种单倍型,其中Hap单倍型占56.7%,群体内遗传距离为0.008。结合NJ系统发生树发现,溧阳鸡存在3个分支,揭示溧阳鸡在遗传组成上具有3个母系来源。 相似文献
20.
哈萨克马属于古老地方马品种,仅分布在哈萨克斯坦和中国新疆境内。哈萨克斯坦的哈萨克马产肉产奶性能大大高于新疆地区哈萨克马。本研究目的为探讨长期的地域分割和不同的育种方式,对两国哈萨克马遗传结构的影响,揭示哈萨克斯坦和中国新疆地区哈萨克马的母系遗传关系。研究方法：分别将线粒体DNA（mtDNA）D-loop区和功能基因ATP6-Arg（nps 7 974-9 963）区序列进行序列测定和分子遗传学分析。结果显示,哈萨克马分布于13个单倍体型组（笔者称为世系,字母排序A到Q）,其中分布频率大于5%的世系有7个,哈萨克马世系种类占世界家马世系种类的72%,表明哈萨克马丰富的母系遗传背景。比较两国哈萨克马群体,世系组成基本吻合,世系L、O、J和Q分布频率有显著差异。哈萨克马与欧洲马（Fell,Highland,Shetland）、俄罗斯马（Mesenskaya,Vayatskaya,Orlov）、雅库特马、蒙古马和藏马等群体的间遗传距离NJ树显示哈萨克斯坦哈萨克马与中国哈萨克马的母系遗传关系最接近。在欧洲马中分布频率较高的世系L,在哈萨克斯坦哈萨克马中频率显著高于中国哈萨克马（13%vs 3%）,而有亚洲特征的世系Q在中国哈萨克马中频率显著高于哈萨克斯坦哈萨克马（32%vs 6%）。这一结果提示了哈萨克斯坦在对哈萨克马进行选育时世系L对产肉产奶性能的可能贡献;而处于自然繁育环境下的中国哈萨克马仍保留着亚洲马的世系特征。 相似文献