共查询到19条相似文献，搜索用时 729 毫秒
1.
【目的】挖掘美洲鲥脑组织转录组数据中的EST-SSR，规模化开发多态性较好的EST-SSR，为美洲鲥种质资源评估提供分子标记。【方法】采集2龄美洲鲥雌雄个体（各3尾）的脑组织，提取其RNA，构建cDNA文库，进行高通量转录组测序。用MISA软件进行脑组织转录组EST-SSR挖掘和特征分析，利用SSRMMD软件规模化开发多态性EST-SSR。从获得的多态性位点中随机选取20对4核苷酸重复的EST-SSR设计引物，对24尾1龄美洲鲥进行遗传多样性评估，验证这些多态性EST-SSR的应用效果。【结果】从雌性美洲鲥脑组织转录组189 428个非冗余基因中鉴定到117 751个EST-SSR，从雄性美洲鲥脑组织转录组185 419个非冗余基因中鉴定到114 809个EST-SSR。美洲鲥雌雄个体脑组织转录组中不同类型微卫星的重复基序均具有不同的数量分布特征，其中2核苷酸重复基序数量最多，分别占EST-SSR总数的72.78%和73.60%，而单核苷酸、3核苷酸、4核苷酸、5核苷酸和6核苷酸重复的EST-SSR数量随着重复碱基数量的增加而呈逐级减少趋势；不同EST SSR重复类型的优势重复基序亦有所不同，单核苷酸重复、2核苷酸重复和3核苷酸重复基序的优势基序分别为A/T、AC/GT和AGG/CCT。从7 671个雌雄美洲鲥脑组织转录组共有EST-SSR中成功鉴定到1 726个多态性EST-SSR，其中鉴定自单核苷酸重复、2核苷酸重复、3核苷酸重复的多态性EST-SSR分别有705，827和116个。20个4核苷酸重复的EST-SSR中，有17个位点多态性较好，其检测1龄美洲鲥的观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）和多态信息含量（PIC）均值分别为0.498，0.620和0.561，表明本单位科研基地的美洲鲥养殖群体历经数年的人工养殖，仍然具有相对较高的遗传多样性。【结论】基于美洲鲥脑组织转录组数据规模化开发了多态性EST-SSR，这些位点可用于美洲鲥养殖群体的遗传多样性评估及分子标记辅助遗传育种。 相似文献
2.
【目的】利用新型分子标记EST-SSR,从分子水平上区分亲缘关系较近、形态上难以区分的5个美洲黑杨品种,并构建其指纹图谱。【方法】采用EST-SSR分子标记,从22对引物中筛选多态性引物,用以鉴别I-69杨、陕林3号、创新杨1号、南抗1号、北抗1号5个美洲黑杨品种,并根据多态性条带计算各品种间的遗传相似系数,构建各自的指纹图谱。【结果】从22对引物中筛选出的17对多态性引物共扩增出86条谱带,其中多态性条带69条,多态性比率为80.23%,有5对引物可以将5个美洲黑杨品种完全区分开;各品种间的遗传相似系数为0.444 4~0.717 2,平均相似系数为0.580 8;构建了各品种的EST-SSR特征指纹图谱。【结论】5个美洲黑杨品种间的遗传差异较小,其中创新1号与陕林3号遗传差异最大。 相似文献
3.
利用课题组已开发的80个具有良好多态性的EST-SSR标记对已构建的遗传连锁图进行加密.结果表明,共有16个EST-SSR标记在父母本间具有良好的多态性,多态性标记频率为20%；后代群体基因型数据经x2测验符合1:1分离比例；经连锁分析,16个差异EST-SSR标记被整合到已构建的具有19个连锁群的分子遗传连锁图谱中,... 相似文献
4.
采用InDel、EST-SSR和SSR组合分子标记技术研究94份引种至昆明地区的荷花种质的遗传多样性,结果显示:筛选出的60对引物共扩增出204条条带,检测到等位基因233个。3种标记平均Shannon指数≥0.85,基因多样性指数≥0.52,多样性检出率较高。通过Mantel检测表明组合标记与各个独立标记的相关性r值均高于0.789 4。采用组合标记进行聚类分析和群体结构分析均将94份种质资源划分为5个类群,与传统分类及种源地分类存在一定关联。美洲莲与亚洲莲的遗传多样性存在明显差异,遗传组分分析结果表明不同品种的中美杂交莲也存在差异,分布于美洲莲或亚洲莲中。综上,引种至昆明地区的94份荷花资源遗传多样性丰富,组合标记在荷花种质资源的多样性检出率较高,可为后续优良品种选育提供种质资源和技术支撑。 相似文献
5.
基于转录组信息的坛紫菜EST-SSR标记的开发及新品系SW-81的种质鉴定 总被引：1，自引：1，他引：0
基于坛紫菜（Pyropia haitanensis）转录组序列信息进行EST-SSR标记的开发,并利用多态性SSR标记构建DNA指纹图谱用于坛紫菜新品系SW-81的种质鉴定。结果显示：转录组数据中共检测出9 033个微卫星位点,其中三核苷酸重复类型为绝对优势基元,占比高达95%;经Primer 5.0软件对微卫星位点进行引物设计,并从中随机合成187对微卫星引物进行有效性分析,最终获得92对有效引物,其中42对为多态性EST-SSR标记,多态扩增率约为22.46%;利用开发的多态性EST-SSR标记构建了适用于5个坛紫菜品系的DNA指纹图谱,为新品系SW-81的种质鉴定提供有效的分子检测手段。上述结果表明：坛紫菜基因组中有着丰富的微卫星位点,且同一位点的基因序列在不同品系间存在变异,表现为扩增产物的多态性。基于EST-SSR标记的多态性分析可为坛紫菜种质资源的管理与鉴定提供有效的分子检测手段。 相似文献
6.
甜瓜种质资源多样性的SSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用EST-SSR标记对59份甜瓜(Cucumis melo L.)种质资源的遗传多样性进行研究。结果表明,46对EST-SSR标记中有23对扩增出多态性,EST-SSR标记的多态性信息含量(Polymorphic information content,PIC)值的分布范围为0.239~0.588,平均值为0.386;46个标记共检测到54个多态性位点,种质两两之间的简单匹配(Simple matching,SM)系数范围为0~0.981;聚类结果表明,在相似系数为0.19处,59份甜瓜种质可以分为2类。 相似文献
7.
绿豆高密度分子遗传图谱的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】在前期研究的基础上,进一步利用绿豆基因组SSR、EST-SSR、STS和普通菜豆基因组SSR等标记构建绿豆遗传连锁图谱,为绿豆重要性状相关基因的定位、克隆及分子标记辅助选育新品种等研究搭建技术平台。【方法】利用澳大利亚引进的Berken（高感豆象绿豆栽培种）× ACC41（高抗豆象绿豆野生种）及其重组自交系（recombinant inbreed line,RIL）群体,对6 686对引物进行PCR扩增及多态性筛选,包括6 100对绿豆基因组SSR、149对EST-SSR、13对STS和424对普通菜豆基因组SSR引物,将亲本间多态性引物,进一步分析重组自交系群体。结合前期研究的分子标记数据,利用Mapmarker/Exp 3.0软件构建遗传图谱,并设置LOD≥3.0,最大图距50.00 cM。用Joinmap 4.0软件进行图谱整合。【结果】用2个亲本共筛选了6 686对SSR引物,共有3 691对引物有稳定的扩增产物,得到有多态的引物有588对。其中,通过磁珠富集法开发的绿豆SSR引物6 100对,有效扩增3 459对,有效扩增率56.7%,得到多态性引物559对;通过转录组测序开发的绿豆MGCP引物149对,有效扩增126对,有效扩增率84.6%,得到多态性引物21对;通过磁珠富集法开发的菜豆SSR引物424对,有效扩增97对,有效扩增率22.9%,得到多态性引物6对;绿豆STS引物13对,有效扩增9对,有效扩增率69.2%,得到多态性引物2对。表明不同来源和种类的SSR引物在RIL群体亲本中的有效扩增率有明显差别,绿豆EST-SSR引物（84.6%）最高,绿豆STS引物（69.2%）和SSR引物（55.7%）次之,菜豆SSR引物（22.9%）最低。获得一张含有585个标记（499个SSR标记、74个RFLP标记、9个STS标记和3个RAPD标记）的绿豆遗传图谱,图谱总长732.9 cM,包括11个连锁群,每个标记间的平均距离为1.25 cM,平均长度为66.63 cM。每个连锁群长度为45.2-112.8 cM,每条染色体上面的标记数为35-92个,平均53.18个。标记位点数最多的连锁群LG1含92个标记,长度为112.8 cM;标记位点数最少的连锁群LG11仅含有35个标记,长度为48.7 cM。对图谱的585个标记位点进行χ2测验,在P＜0.05和P＜0.01条件下,分别有79个和151个标记表现为偏分离,占总标记位点数的39.3%。【结论】构建了一张目前国内外发表的标记数最多、密度最高的绿豆遗传连锁图谱。 相似文献
8.
【目的】利用转录组测序开发的EST-SSR标记和鸭茅基因组调研测序开发的基因组SSR（genomic-SSR）标记,对已构建的四倍体鸭茅遗传图谱加密,为定位控制鸭茅重要农艺性状的QTL位点奠定基础。【方法】基于拟测交策略,以“楷模”（高杆、多分蘖、宽叶、早熟）和“01436”（矮秆、少分蘖、细叶、晚熟）作为亲本材料进行杂交,得到一个含有214株鸭茅材料的作图群体,利用亲本和随机选取的5个单株对574对EST-SSR标记和150对Genomic-SSR进行引物筛选,PCR产物经8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测后,将扩增条带清晰、在亲本之间存在差异且子代间存在分离的多态性引物用于亲本及群体扩增。将扩增结果按标记类型统计分析,对于亲本间存在差异的条带,按条带有无（有带计1,无带记0）对DNA扩增产物按进行统计,经卡方检验,将分离比例符合1﹕1（亲本基因型为Aaaa×aaaa或aaaa×Aaaa）和3﹕1（亲本基因型为Aaaa×Aaaa）的标记,用于遗传连锁图谱构建。符合作图要求的标记采用HighMap软件进行遗传图谱构建。【结果】最终筛选出符合要求的EST-SSR引物31对和Genomic-SSR引物17对,引物多态性分别为5.4%和11.3%,总的多态性为6.6%。对鸭茅214个作图群体单株及亲本DNA进行扩增,共得到169个多态性位点,其中EST-SSR101个,Genomic-SSR68个位点。169个标记位点经卡方检验分析表明,有89个标记符合孟德尔分离规律,标记可用率为52.7%,其中呈Aaaa×aaaa或aaaa×Aaaa分离类型的标记有79个,呈Aaaa×Aaaa的有10个,其余80个为偏分离标记。将SSR标记整合以前的标记信息,重新构建了一张包含2 551个标记,覆盖7个连锁群,总长度为758.4 cM的鸭茅高密度遗传图谱。加密后的图谱包含SNP标记4 187个,SSR标记84个,各连锁群标记数在166-709个,每个连锁群的平均标记数为364个,LG1包含最多标记数有709个,LG7标记数最少166个,各连锁群长度在60.28-147.09 cM,标记平均密度为0.19-0.76 cM,总的平均图距由原来的0.37 cM缩至0.3 cM,且由于标记密度的改变,各连锁群上标记分布的位置也发生较大变动。【结论】增加了部分SSR标记后,新构建了一张包含2 551个标记,覆盖7个连锁群总长度为758.4 cM的四倍体鸭茅遗传图谱,总长度增加42.63 cM,平均图距由0.37 cM缩至为0.3 cM。 相似文献
9.
基因组SSR与EST-SSR标记在杨树不同种间的遗传差异 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨基因组SSR与EST-SSR标记在杨树不同种间的遗传差异,采用两种SSR标记技术对来自5个杨树不同派间不同种的15份材料进行了遗传分析,并对两种不同标记方法进行分析比较.结果表明:EST-SSR标记相比基因组SSR在杨树不同种间具有更好的通用性,而且EST-SSR位点整体揭示的遗传多样度高于基因组SSR位点;同时... 相似文献
10.
对16种玉兰亚属植物进行了AFLP分析,共获得1728个AFLP条带,其中具有多态性的条带为908条,多态率达52．5％。根据AFLP聚类结果对16种玉兰亚属植物的亲缘关系及新种的确定进行了探讨,研究结果支持将天目玉兰（Magnolia．amoena）和望春玉兰归为同一组;厚叶玉兰（M．crassifolius）和红花玉兰（M．wufengen-sis）亲缘关系最近,结合形态学特征,推测厚叶玉兰可能是红花玉兰的多瓣化变种之一;倾向于将景宁玉兰（ M．si-nostellata）单独作为种的分类处理,并将景宁玉兰、天目玉兰与望春玉兰同归为望春玉兰组;研究中,伏牛山玉兰（ M．funiushanensis）独特的聚类关系与已有的分类系统均不同,其确切的分类学地位还需更多的研究来验证;AFLP分子标记的研究结果还显示出以萼片状花被片、花被片颜色作为玉兰亚属分组依据存在欠缺和不足。 相似文献
11.
草莓EST-SSR标记开发及在品种遗传多样性分析中的应用 总被引：4，自引：0，他引：4
【目的】探讨草莓EST序列中SSR位点的分布规律,开发草莓EST-SSR引物,并分析其在草莓品种遗传多样性研究中的应用。【方法】从NCBI公共数据库下载草莓表达序列标签（expressed sequence tag,EST）55 750条,利用MISA软件查找SSR位点,并利用Primer3.0 Plus软件设计60对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶（PAGE）研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物进行克隆和测序,以验证其真实性。【结果】55 750条草莓EST序列含有SSR位点的序列1 334条,SSR位点1 490个。其中,二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占36.17%、26.51%和19.87%。60对引物中有42对引物能在20个草莓品种中扩增出理想的PCR产物,其中36对引物扩增条带具有多态性。利用11对验证的EST-SSR引物分析了20个草莓品种的亲缘关系。【结论】草莓EST-SSR标记的开发对于草莓品种鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值。 相似文献
12.
鱼腥草RAPD分子标记的多态性 总被引：1，自引：1，他引：0
采用RAPD（随机扩增多态性DNA）分子标记技术对全国鱼腥草Houttuynia cordata主产区23个种源24个样本进行研究,旨在阐明鱼腥草的遗传关系和遗传多样性,为鱼腥草新品种选育、品系鉴别提供理论依据。结果表明,160条RAPD引物中筛选出23条具有多态性的引物,共检测到165条清晰的条带,其中多态性条带有128条,占总条带的77.58%,平均每条引物可扩增到7.1条带,多态性条带5.5条,说明鱼腥草种内遗传多样性水平较高。通过聚类分析,可将鱼腥草样本分为3个类型,其分类和鱼腥草的形态特征等生物学特性存在显著的相关性,同一类型中遗传多样性与种源的地理分布存在一定关系。 相似文献
13.
8个碗莲品种的DNA指纹鉴定 总被引：2，自引：0，他引：2
利用RAPD标记技术,对8个碗莲品种进行了遗传多态性分析,从70个10碱基随机引物中,筛选出多态性频率较高的引物4个:S87、S110、S130、S473,扩增后共得到14条多态性条带,平均多态性为70%.选择6条清晰度高的多态性条带绘制8个碗莲品种的指纹图谱,在该图谱中每个品种均有各自特异的DNA指纹.研究结果为碗莲品种的鉴定和保护提供了一种有效的方法. 相似文献
14.
基于近缘物种SSR引物和EST-SSR序列的梅花SSR引物开发 总被引：2，自引：2，他引：0
为获得更多的梅花SSR引物,本研究筛选了84对梅花近缘物种的引物,并从梅花EST数据库的序列中设计了23对EST-SSR引物,用12个梅花品种对这些引物进行了多态性检测。结果表明,近缘物种的引物有69对能扩增出条带,有效扩增率达82.1%,从中筛选的14对引物共得到85个等位基因,平均值为6个。有效等位基因数在2.07... 相似文献
15.
影响鲜食子莲产量的形态指标相关分析和通径分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对影响"南四湖"鲜食子莲产量的形态指标进行了相关和通径分析.结果表明,影响鲜食子莲莲子产量的主要形态指标与产量的相关程度依次为;莲蓬重(0.953 6)、莲蓬径(0.810 3)、莲子径(0.761 4)、莲子重(0.713 1)、果皮重(0.677 8)、成熟度(0.638 3)、莲子高(0.565 1)、莲子数(0.411 2),对产量的直接影响重要性依次为:瘪种子数(-0.456 4)、莲子重(0.450 1)、莲蓬重(0.434 2)、莲子数(0.266 5)、莲蓬径(-0.093 7)、莲子径(0.076 5)、成熟度(0.041 4)等;形态指标间具有明显的制约关系;并提出了增加子莲产量的策略和技术. 相似文献
16.
水稻不同部位酯酶同工酶酶带和酶谱分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用聚丙烯酰胺凝胶电泳，对供试水稻不同品种９个部位６２３１个样本进行酯酶同工酶分析．重复性较好的酶带共有１７条．不同部位酶带的条数各不相同．酶带和酶谱类型与品种形态特征有密切关系．同一个部位的酶带因品种而异，分为所有品种都出现的基本酶带及不是所有品种都会出现的鉴别酶带两种类型．以鉴别酶带条数为ｎ，用Ｍ＝２ｎ可以估计该部位酶谱类型的数量Ｍ．各条酶带表达了不同等级的差异水平．各部位酶谱类型可以作为水稻品种鉴别和分类的一种生化指标． 相似文献
17.
为了探讨genomic-SSR与EST-SSR标记在柱花草种间的遗传差异,利用两种SSR标记技术,对来自不同种的12份柱花草种质进行了遗传分析,并对两种不同标记进行比较.结果表明:EST-SSR标记相比genomic-SSR在柱花草不同种间具有更好的通用性,EST-SSR检测到的等位基因数和PIC指数平均值分别是4.6和0.610,genomic-SSR检测到的等位基因数和PIC指数平均值分别是5.6和0.702.聚类结果表明,genomic-SSR和EST-SSR均能有效鉴别所有供试柱花草种质. 相似文献
18.
19.