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1.
该研究基于Illumina MiSeq高通量测序技术,对周期性缺氧应激下花鲈(Lateolabrax maculatus)肠道菌群结构的变化进行分析,为研究其幼鱼肠道菌群对环境缺氧的适应机制提供参考依据。结果显示,周期性缺氧导致花鲈肠道菌群多样性和丰富度显著增加(P0.05),群落结构复杂化,缺氧组和常氧组群落组成存在较大差异。缺氧组肠道菌群分类操作单元相比常氧组显著增加(P0.05),其特有操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)数达1 003个。门分类水平上,变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门为2组肠道菌群的主要组成菌门。与常氧组相比,缺氧组变形菌门相对丰度显著降低(P0.05),而拟杆菌门相对丰度显著升高(P0.05);纲水平上,缺氧组α变形菌纲和芽孢杆菌纲相对丰度显著降低(P0.05),梭菌纲、γ变形菌纲和拟杆菌纲相对丰度显著升高(P0.05)。此外,周期性缺氧应激还引起花鲈肠道内厌氧绳菌科、毛螺菌科、瘤胃菌科等厌氧或兼性厌氧菌和绿硫菌科等光合产氧菌类相对丰度升高。 相似文献
2.
为分析水解单宁对凡纳滨对虾生长及其肠道微生物菌群结构的影响,以基础饲料为空白组,在基础饲料中分别添加0.1%、0.2%和0.3%的水解单宁作为实验组,进行为期60 d的养殖实验后,统计生长性能,并取其肠道内容物提取DNA,用Illumina MiSeq测序平台进行16S rDNA基因V3～V4区高通量测序,检测对虾肠道内菌群结构及变化情况。结果表明:(1) 3个水解单宁添加组的增重率、特定生长率和肥满度与对照组相比均显著升高(P0.05),肝体比均显著降低(P0.05)。(2)4组样品中共获得206192条优化序列,操作分类单元(OUT)总数达542个。对照组凡纳滨对虾肠道微生物以变形菌门和蓝细菌门为主,其次是放线菌门和拟杆菌门;试验组肠道主要菌群为变形菌门、软壁菌门。试验组与对照组相比,蓝细菌门、放线菌门和拟杆菌门的比例降低,变形菌门、软壁菌门和厚壁菌门比例增加。(3)Rank-Abundance曲线和多样性指数结果可见,实验组的物种丰度和均匀度大体上均高于对照组。PCoA分析发现, 0.1%和0.3%添加组的微生物群落较为接近,而与0.2%添加组差别较大,结合生长性能指标可知,饲料中水解单宁的最适添加量为0.1%。以上研究表明,饲料添加水解单宁可显著改变对虾肠道的微生物组成,提高对虾生长速度,影响凡纳滨对虾的生长性能。 相似文献
3.
哈尼梯田稻鲤共作模式下的微生物群落结构 总被引：2，自引：0，他引：2
为了探究哈尼梯田稻鲤共作模式(复合生态系统)微生物菌落结构特征,本实验拟采用高通量测序技术对稻鲤共作(RC)与稻田单作(CK)2种模式下水体、表层以及根系土壤及鲤肠道细菌(16S rDNA)多样性特征进行分析。高通量测序结果显示,复合生态系统中主要细菌门类为变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、拟杆菌门及硝化螺旋菌门等。与CK相比,RC表层土壤中绿弯菌门和厚壁菌门相对丰度显著增加,主要显著增加的优势菌属为厌氧绳菌(Anaerolineaceae_norank)、Aminicenantes_p_norank、未定义的绿弯菌(Chloroflexi_P_unclassified)、梭菌(Clostridium_sensu_stricto_1)、梭菌(C._sensu_stricto_12)、互营菌(Syntrophaceae_f_norank)、芽单胞菌(Gemmatimonadaceae_f_norank);RC根系土壤中绿弯菌门含量显著高于CK组,主要是Anaerolineaceae_norank、Sideroxydans、Aminicenantes_p_norank、Chloroflexi_p_unclassified、Gemmatimonadaceae_f_norank优势菌属显著增加。RC模式中鲤肠道优势菌主要为厚壁菌门和变形菌门,其中厚壁菌门相对丰度为58.59%,超过一半的丰度。RC模式组相比CK组,土壤的有机质、总氮、总磷等理化指标都有所降低,其中pH、总磷和速效磷显著降低;稻田表层和根系土壤的细菌Sobs指数及PD指数也均增加,其中稻田表层土壤组显著增加。研究表明,增加鲤养殖后,稻田表层土壤的理化性质和细菌群落结构产生明显变化,同时也在一定程度上对水稻根系和养殖生物肠道的群落结构产生了影响。本研究初步揭示了RC复合生态系统优于CK系统的微生物生态基础。 相似文献
4.
健康和患病克氏原螯虾肠道微生物群落结构和多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探索健康克氏原螯虾(Procambarus clarkii)与患病克氏原螯虾在肠道微生物菌群结构和多样性方面的差异,采集健康虾(对照组)和患病虾(患病组)样品,通过Illumina高通量测序技术测定样品虾的肠道微生物组成,并利用Simpson指数评估样品中微生物的多样性。结果显示:所有样品共检出400个种水平上的OTUs(operational taxonomic units),归属于25个门(phylum);对照组肠道微生物的优势菌为厚壁菌门(Firmicutes),而患病组的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)。进一步分析表明,患病组变形菌门的占比显著高于对照组,Simpson指数提示,患病组的生物多样性较对照组显著下降(P<0.05)。结果表明,患病克氏原螯虾肠道微生物中变形菌门的占比显著上升,生物多样性显著下降(P<0.05)。 相似文献
5.
为了解饥饿胁迫对鳙肌肉质构特性、常规营养成分、氨基酸组成及肠道微生物群落结构的影响，设置正常投喂组和饥饿组，对处于越冬前期的鳙（Aristichthys nobilis）开展78 d饥饿试验。结果表明，与正常投喂组相比，饥饿组鳙肌肉的硬度、黏性、咀嚼性、恢复性及水分含量显著提高，肌肉粗蛋白、粗脂肪及氨基酸含量显著降低（P<0.05）;2组间鳙肌肉弹性、灰分、蛋氨酸含量以及必需氨基酸、非必需氨基酸、鲜味氨基酸总量占氨基酸总量的百分比差异不显著（P>0.05）。此外，2组间肠道微生物群落结构差异显著，正常投喂组鳙肠道内容物菌群的Alpha多样性显著高于饥饿组（P<0.05）；在门水平上，正常投喂组优势菌群为变形菌门、放线菌门、蓝细菌门和拟杆菌门，饥饿组优势菌群为梭杆菌门、厚壁菌门、蓝细菌门、变形菌门和放线菌门；正常投喂组鱼变形菌门、放线菌门的比例显著高于饥饿组，梭杆菌门、厚壁菌门显著低于饥饿组（P<0.05）；饥饿组肠道鲸杆菌属、迪尔玛菌属、蓝细菌属的丰度显著增加（P<0.05）。指出，越冬前长期饥饿，会导致肌肉营养成分含量较少，肠道菌群多样性降低，菌群结构发... 相似文献
6.
养殖刀鲚与生长环境菌群PCR-DGGE指纹图谱及多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了分析养殖刀鲚体内与生长环境菌群结构,利用PCR-DGGE技术,对养殖刀鲚鳃、胃、肠壁及肠内容物和养殖水体菌群结构进行了初步分析。PCR-DGGE指纹图谱分离显示,42条清晰条带,其中养殖水体(27)、鳃(9)、胃(13)、肠道壁(19)、肠道内容物(18)的香农指数分别为3.037、1.883、2.193、2.825、2.683;养殖水体与刀鲚鳃、胃、肠道壁及肠道内容物分别具有6、9、11、8共有带。UPGMA聚类分析显示,样品3个重复相似度都在95%以上,差异不明显;不同样品之间,养殖刀鲚鳃和胃聚为一支,具有较高的相似度(76%),同时与养殖水体相似度达29%;养殖刀鲚肠道壁和肠道内容物聚为一支,相似度为38%。回收测定所有显示条带,主要包含变形菌、放线菌、拟杆菌、柔膜菌、蓝藻细菌、厚壁菌、梭杆菌及少量未定义菌种。研究表明,PCR-DGGE技术能区分养殖刀鲚主要部位及水体微生物的结构差异和多样性,澄清养殖刀鲚及生长水体微生物区系,可为定植益生菌的开发提供参考。 相似文献
7.
在水温25~30℃下,将体质量为(110.23±0.43)g的草鱼饲养在3.0 m×2.0 m×1.2 m的加盖网箱中,分别投喂添加0%(对照组)、0.5%和2%的由芽孢杆菌、乳酸菌以及酵母菌复配且以麸皮为载体制成的微生态制剂(8.0×10~9 cfu/g)的膨化饲料饲养60 d,探究微生态制剂对草鱼生产性能和肠结构、菌群及酶活性的影响。试验结果显示,饲料中添加2%微生态制剂显著提高草鱼质量增加率、特定生长率(P<0.05),显著降低饲料系数、脏体比(P<0.05);饲料中添加2%微生态制显著提高肠伸展率、中肠肌层厚度和绒毛高度(P<0.05),提高中肠淀粉酶和脂肪酶活性(P<0.05)。饲料中添加微生态制剂增加草鱼肠道菌群α多样性、丰富度;改变草鱼肠道微生物组成,门水平上,对照组的草鱼肠道微生物中梭杆菌门和厚壁菌门含量最高(63.56%、32.52%)。0.5%添加组的草鱼肠道微生物中梭杆菌门和厚壁菌门含量最高(61.82%、20.27%)。2%添加组的草鱼肠道微生物中厚壁菌门含量最高(64.20%)。属水平上,2%添加组草鱼肠道优势菌属直接发生改变,Paeniclostridium和Erysipelatoclostridium丰度大幅上升。随着微生态制剂添加量的增加,肠道微生物的代谢功能增强,组成中与无机离子转运和代谢、碳水化合物转运与代谢、氨基酸转运与代谢等功能相关的菌群丰度升高。综上可知,饲料中添加芽孢杆菌、乳酸菌以及酵母菌等组成的微生物制剂可作为生产草鱼绿色饲料的重要措施。 相似文献
8.
《中国渔业质量与标准》2018,(3)
以中间球海胆(Strongylocentrotus intermedius)为研究对象,探讨饲料中不同水平(0.0、0.5%、1.0%和2.0%饲料干物质)的花生四烯酸(arachidonic acid,ARA)对其存活、生长和肠道菌群组成的影响。饲料中添加或不添加ARA饲喂56 d后统计12个网笼海胆的存活数量及体重变化,随后每个网笼随机选取10只海胆,无菌收集肠道内容物进行高通量测序分析肠道菌群组成。结果表明:饲料中不同含量水平的ARA对海胆的成活率无显著影响(P0.05),但随着饲料中ARA添加量的升高,海胆的增重率先升后降。当饲料中添加1.0%ARA时,海胆增重率最高,且显著高于空白组和0.5%添加组(P0.05),但与2.0%添加组差异不显著(P0.05)。高通测序发现:肠道菌群的多样性和门水平的丰度差异不显著(P0.05),但属水平的丰度差异显著(P0.05)。各饲料处理组海胆肠道中变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)的丰度均较高;随着饲料中ARA水平的升高,海胆肠道中变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)有升高的趋势(P0.05),弧菌属(Vibrio)和(Lutibacter)的丰度显著升高(P0.05);而厚壁菌门(Firmicutes)和软壁菌门(Tenericutes)则下降,但不显著(P0.05);芽孢杆菌属(Bacillus)和(Candidatus Hepatoplasma)的丰度显著降低(P0.05)。因此,尽管饲料中添加ARA不影响中间球海胆的成活率,但饲料中添加1.0%~2.0%ARA较低添加量能够显著提高海胆的生长速率,且添加不同水平的ARA均显著影响了海胆肠道菌群组成,这不仅有助于明确ARA添加对中间球海胆存活、生长和肠道菌群组成的影响,也为开发适合海胆的微生态制剂提供了理论依据。 相似文献
9.
利用MiSeq高通量测序技术测定16S rRNA基因序列,分析比较池塘金边鲤、稻田金边鲤、池塘建鲤和稻田建鲤4组鲤鱼肠道菌群的结构组成和丰度差异。试验结果显示,池塘金边鲤组、稻田金边鲤组、池塘建鲤组和稻田建鲤组分别获得了377、250、367和455个运算分类单元,其中运算分类单元聚类分析发现,稻田建鲤组与另外3组差异最大;菌群多样性分析发现,池塘金边鲤组的辛普森指数显著高于其他3组(P0.05),而稻田建鲤组及稻田金边鲤组的香农指数分别为1.56±0.22和2.53±0.82,均高于对应的池塘组,但差异不显著(P0.05);此外,池塘金边鲤组中变形菌门(89.56%)和气单胞菌属(82.68%)在其肠道菌群组成中占有绝对优势(P0.05),而另外3组在门分类水平和属分类水平的菌群结构和相对丰度较为相似,优势菌门均为变形菌门、梭杆菌门和厚壁菌门,主要优势菌属为鲸杆菌属、气单胞菌属和乳球菌属;京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能预测比较分析发现,各组样品的肠道微生物富集到了多个相同的代谢途径以及部分信号传导、调节和修复机制相关信号通路。本研究结果发现,在稻田和池塘养殖模式下,金边鲤的肠道优势菌群种类、相对丰度以及参与的信号通路与建鲤无显著差异,提示金边鲤与其他鲤鱼一样可适应这两种养殖模式。 相似文献
10.
高通量测序法分析两株益生菌对凡纳滨对虾肠道菌群结构的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
为分析荚膜红细菌和蜡样芽孢杆菌2株益生菌对凡纳滨对虾肠道菌群结构的影响,本实验对凡纳滨对虾进行为期30 d的养殖饲喂实验,饲喂后期利用高通量测序凡纳滨对虾肠道微生物的16S rDNA V4区,来分析不同益生菌饲喂后凡纳滨对虾肠道菌群的结构特征,并结合对虾体质量增加率和攻毒后累计死亡率的宏观指标来进行分析。结果显示：①空白组（CK）、荚膜红细菌组（Rc）和蜡样芽孢杆菌组（Bc）样品OTU范围为374~506,其中CK组对虾肠道菌群OTU数量最低,饲喂益生菌后的2组对虾肠道菌群中OTU数量相对较高;②在门分类水平上,3组的变形菌门数均为最多,CK组主要为变形菌门和少量拟杆菌门,Bc组主要有变形菌门、拟杆菌门、无壁细菌门、厚壁细菌门和假单胞菌,Rc组主要是变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、酸杆菌门、放线细菌、梭杆菌门和蓝细菌;③稀释曲线和Shannon指数结果可见,CK组样品物种丰度和复杂度最低,且Bc组样品丰度和复杂度相对较高;④PCA分析发现,Rc组和CK组样品微生物组成较为接近,结合宏观对虾体质量增加率和攻毒后累计死亡率的结果分析,可见相较于荚膜红细菌,蜡样芽孢杆菌对凡纳滨对虾肠道微生物菌群影响更显著,且益生效果更佳。研究表明,饲喂益生菌可以扩增对虾肠道微生物菌群丰度,并能抑制弧菌属等有害菌群的生长,提高对虾体质量增加率并降低死亡率,从而达到益生效果,其中以饲喂蜡样芽孢杆菌菌株效果更佳。 相似文献
11.
实验旨在研究在饲料中分别或联合添加壳寡糖(chitosan oligosaccharide,COS)和霉菌毒素吸附剂(mycotoxins adsorbent)对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肠道黏膜形态及菌群结构的影响。在基础饲料(对照组)中分别添加250 mg/kg COS、2500 mg/kg霉菌毒素吸附剂、250 mg COS+2500 mg/kg霉菌毒素吸附剂(组号为C0、C0.25、M2.5、C0.25+M2.5),制成4组等氮等能饲料,投喂初重(0.23±0.02)g的凡纳滨对虾8周。结果显示:COS与霉菌毒素吸附剂联合使用有助于改善肠道形态学指标,C0.25+M2.5组绒毛高显著大于C0、C0.25组(P0.05),绒毛宽显著大于M2.5组(P0.05),肌层厚度显著大于其他各组(P0.05)。高通量测序结果表明各组有效操作分类单元(Operational Taxonomic Unit,OTUs)数目无显著性差异(P0.05);C0.25+M2.5组Observed species指数、Shannon指数、PD值显著低于M2.5组(P0.05),但显著高于C0.25组(P0.05),与C0组无显著性差异(P0.05);肠道菌群主要为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),C0.25+M2.5组变形菌门细菌含量最低且厚壁菌门细菌含量最高,各组拟杆菌门细菌均升高,C0组含量最低。在属水平上,弧菌属(Vibrio)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、Spongiimonas、发光杆菌属(Photobacterium)以及Candidatus Bacilloplasma占主要优势,C0.25+M2.5组弧菌属、发光杆菌属细菌含量均有效减少;C0.25+M2.5组发光杆菌属细菌含量最低,假交替单胞菌属细菌含量最高。250 mg/kg COS和2500 mg/kg霉菌毒素吸附剂联合添加对菌群丰富度无显著影响,但优化了肠道形态学指标及肠道菌群结构,提升了肠道健康,效果优于单一添加组。 相似文献
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饥饿及恢复喂食对花鲈肠道菌群多样性的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究饥饿及恢复摄食对花鲈肠道壁及内容物微生物菌群的影响,实验运用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术分析了花鲈经2周饥饿,恢复喂食1周和恢复喂食2周后肠道壁及其内容物菌群特征及多样性的变化。结果显示:饥饿会导致花鲈肠道壁细菌群落发生明显变化,引起差异的主要细菌为T-RFs 496、437、450、155 bp等所代表菌;经2周饥饿,肠壁T-RF 496 bp大肠杆菌(Escherichia)相对丰度从实验开始的43.11%±3.95%(C0肠壁组)下降为21.25%±9.97%(S2R0肠壁组),细菌多样性指数H′、E′和1/D均增大;恢复喂食2周后,肠道壁菌群结构逐渐恢复,T-RF 496 bp大肠杆菌的相对丰度逐渐上升到55.49%±8.37%(S2R2组),3个多样性指数均减小至原有水平;花鲈肠道壁和内容物的菌群有较大不同,但是两者的主要细菌类群都是变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes),其中,γ-变形菌纲是花鲈肠道的最主要细菌群。本研究为进一步阐述消化道微生物功能奠定了基础,也为海水鱼类肠道菌群研究提供基础数据。 相似文献
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玉米蛋白粉对大黄鱼生长、肠道组织结构及肠道菌群的影响 总被引：1，自引：1，他引：0
为了探讨玉米蛋白粉替代鱼粉对大黄鱼(Larimichthys crocea)生长、肠道组织结构及肠道微生物菌群的影响,进行了为期8周的生长实验。以初始体重为(10.49±0.03)g的大黄鱼幼鱼为研究对象,用玉米蛋白粉分别替代基础饲料(含40%鱼粉)中0%(FM,对照组)、15%(CGM15)、30%(CGM30)、45%(CGM45)、60%(CGM60)、75%(CGM75)的鱼粉,配制6种等氮(粗蛋白含量45%)等脂(粗脂肪含量10%)的实验饲料。56 d投喂实验结束后,各处理组幼鱼的存活率与特定生长率以及饲料系数等指标均无显差异(P0.05)。从肠道组织学发现,各处理组与对照组(FM)的幼鱼肠道组织结构肠黏膜、皱襞高度、杯状细胞个数均无显著差异性(P0.05),但CGM60组的幼鱼部分肠黏膜上皮细胞被破坏,上皮细胞排列紊乱,纹状缘出现缺刻,肠绒毛部分出现脱落或破损;CGM75组的幼鱼肠道的皱襞高度变短,皱襞密度降低,皱襞个数减少。选取FM、CGM15(生长相对较好)和CGM75(生长相对较差)三组运用Illumina-Mi Seq高通量测序技术分析幼鱼肠道菌群的物种丰富度指数(chao1)、香农指数(Shannon)、辛普森指数(Simpson)和覆盖率(good coverage)均无显著差异(P0.05);基于门水平,FM、CGM15和CGM75组的幼鱼肠道细菌中优势菌群为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)。而在属水平,类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、嗜碱菌属(Alkaliphilus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、肠球菌属(Enterococcus)为其优势菌群。分析属水平差异菌属发现,与FM组相比较,CGM15和CGM75组均显著增加了链球菌属(Streptococcus)的物种丰度(P0.05);与FM组相比,CGM15组显著降低了德沃斯氏菌(Devosia)和纤维弧菌属(Cellvibrio)的物种丰度(P0.05);与FM组相比,CGM75组显著增加了葡萄球菌属(Staphylococcus)的物种丰度(P0.05)。综上所述,玉米蛋白粉替代鱼粉达45%时对大黄鱼幼鱼的生长、肠道组织结构及肠道优势菌群均影响不大。 相似文献
14.
利用PCR-DGGE和Illumina测序技术研究了罗非鱼(Oreochromisniloticus)肠道菌群结构及饲喂鲍内脏多糖后罗非鱼肠道菌群的动态变化。在罗非鱼肠道中检测到13个门的细菌,其中梭杆菌门(Fusobacteria,77.84%)为优势菌门,拟杆菌门(Bacteroidetes, 8.59%)、衣原体门(Chlamydiae, 6.18%)、变形菌门(Proteobacteria, 5.84%)和放线菌门(Actinobacteria, 1.20%)为次优势菌门,还检测到Saccharibacteria等8个菌门和一些未知类群。在属的水平上,优势菌属为鲸杆菌属(Cetobacterium)、Neochlamydia、邻单胞菌属(Plesiomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter),分别占77.84%、5.796%、2.64%和1.13%,还有一个紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)的未知属,占8.29%。此外还有分枝杆菌属(Mycobacterium)等6个菌属和一些未知属。投喂添加鲍多糖的饲料对罗非鱼肠道微生物的构成造成了明显影响,饲喂鲍多糖的处理组和饲喂普通饲料的对照组样品分别聚为两大类。投喂添加鲍多糖饲料后,放线菌门、Saccharibacteria、疣微菌门和TM6_Dependentiae的丰度显著下调;在属的水平上,邻单胞菌属、鲸杆菌属的丰度上调;Neochlamydia、不动杆菌属、分枝杆菌属、Alsobacter、Aquicella、假单胞菌属、气单胞菌属、Alpinimonas等属的丰度下调。其中分枝杆菌属、Alsobacter、Aquicella和邻单胞菌属的丰度与对照差异显著(P0.05)。在种水平上,一些潜在致病菌,如鲍曼不动杆菌(Acinetobabacterbaumannii)、龟分枝杆菌(Mycobacteriumabscessus)、Aeromonas sharmana、耐酪酸冢村菌(Tsukamurella tyrosinosolvens)、铜绿色假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)等的丰度下调,其中龟分枝杆菌和耐酪酸冢村菌与对照差异显著(P0.05),而鲸杆菌属等有益菌的丰度上调。本研究从肠道微生物的角度来研究鲍内脏多糖对宿主的影响,为海洋生物活性物质的功效评价提供了新思路,也为鲍内脏活性物质的开发利用、益生元的研制等奠定理论基础。 相似文献
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本研究采用DNA条形码技术对新疆赛里木湖引进种贝加尔凹目白鲑(Coregonus migratorius)、高白鲑(Coregonus peled)和宽鼻白鲑(Coregonus nasus)进行了种质鉴定和遗传多样性分析。单倍型检测发现,3种白鲑共检测到15种单倍型,其中贝加尔凹目白鲑独享5种,宽鼻白鲑7种,高白鲑5种,后二者共享2种单倍型为高白鲑特有单倍型,表明二者存在不同程度的基因交流,高白鲑可能将其基因通过杂交渐渗到宽鼻白鲑群体内。系统发育分析显示,15种单倍型分成3组分别聚类在3个不同分支上,每个分支所属白鲑分别与其发表序列聚在一起,表明赛里木湖引进的3种白鲑仍保持着原种良好的种源特性;而贝加尔凹目白鲑的近缘种秋白鲑(Coregonus autumnalis)则单独聚为一支,与贝加尔凹目白鲑的遗传距离最大(0.027),支持将二者划分为两个独立种。遗传多样性分析显示,3种白鲑的遗传多样性适中,但由于宽鼻白鲑存在杂交的可能性,因而其遗传多样性高于贝加尔凹目白鲑和高白鲑。建议赛里木湖渔业生产部门继续在繁殖、捕鱼等生产方式上进行科学规划,引进先进的种质鉴定技术,避免人工杂交造成的种质污染;同时维持和提高白鲑属鱼类的遗传多样性,保证湖区特色渔业的可持续发展。 相似文献
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醉鱼糟制过程中酒糟液中的微生物群落 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨醉鱼糟制过程中酒糟液微生物群落多样性,本实验以大黄鱼为原料,用传统糟制工艺制作醉鱼,采用Illumina HiSeq2500高通量测序技术对醉鱼酒糟液菌群进行分析。结果显示,糟制过程中不同用盐量(2%、5%和10%)大黄鱼pH值在糟制前5 d或10 d稍有上升后逐渐降低,而TVB-N值在糟制期间逐渐下降,糟制30 d后的TVB-N值均低于30 mg/100 g,其中5%用盐量组最低;5%用盐量组在不同鱼糟比(1:1、1:1.5和1:2)下,大黄鱼pH和TVB-N值变化规律基本一致,说明糟制过程中醉鱼品质较稳定。5%用盐量组醉鱼酒糟液微生物高通量测序结果显示,鱼糟比为1:2的酒糟液Chao指数最大(167),表明物种丰度最高;鱼糟比为1:1的酒糟液Shannon指数最大(2.75),Simpson指数最小(0.109),表明细菌多样性最高;酒糟液涉及细菌17个门和1个未分类菌门,143个属,变形菌门、蓝细菌门和厚壁菌门是优势菌门,其中变形菌门占绝对优势;弧菌属、Chloroplast norank和肠杆菌属是优势菌属,发酵前期弧菌属占绝对优势。研究结果为醉鱼酒糟液微生物群落多样性研究提供理论依据,为控制糟制水产品卫生安全提供参考。 相似文献
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为研究饲料不同磷水平对吉富罗非鱼营养代谢及肠道微生物的影响,实验以磷酸二氢钙作为磷源,配制成总磷含量为0.26%(低磷组)、0.81%(适磷组)和1.51%(高磷组)的3组等氮等能饲料,每种饲料为一个处理,每个处理设置4个重复,每个重复30尾鱼,用3种饲料分别饲喂初始体重为(8.42±0.09) g的吉富罗非鱼8周。结果显示,适磷组吉富罗非鱼的增重率和特定生长率显著高于低磷组和高磷组,饲料系数在适磷组最低。脏体比、肝体比和肥满度随饲料磷水平的升高呈逐渐下降趋势。随着饲料磷水平的增加,吉富罗非鱼干物质、粗蛋白、粗脂肪、磷的表观消化率显著降低。对筛选到的差异代谢物进行KEGG注释和富集分析发现,饲料磷缺乏时下调的差异代谢物主要富集的代谢通路为氰胺酸代谢、葡萄糖酸酯的生物合成、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢,上调的差异代谢物主要富集的代谢通路为脂肪酸合成;当饲料磷过量时下调的差异代谢物主要富集代谢通路为精氨酸和脯氨酸代谢、苯丙酸的生物合成,上调的差异代谢物主要富集代谢通路为氨基糖和核苷酸糖的代谢。Ace、Chao1和Shannon指数表明,吉富罗非鱼肠道菌群丰度和多样性随着饲料磷水平的升高呈现... 相似文献
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为研究大豆皂甙对大菱鲆幼鱼生长性能、消化酶活性、肠道组织结构完整性和肠道菌群结构的影响,在以鱼粉为蛋白源的基础饲料中分别添加0%和0.3%的大豆皂甙,配制成鱼粉组和大豆皂甙组2种等氮等脂的实验饲料来投喂体质量为(4.63±0.01) g的大菱鲆进行12周的摄食生长实验。结果显示,饲料中添加0.3%的大豆皂甙对大菱鲆的生长性能没有产生显著影响,但显著降低了胃蛋白酶及肠淀粉酶活性;2组实验中大菱鲆肠道组织形态无明显差异,但大豆皂甙组肠道紧密连接蛋白的基因表达量显著降低。肠道菌群分析结果显示,大菱鲆肠道中相对丰度最高的门和属分别为变形菌门和盐单胞菌属。LEfSe和MetaStat分析显示,饲料中添加大豆皂甙后显著提高了大菱鲆肠道内优势菌(变形菌门及希瓦氏菌属),皂甙水解相关的肠道微生物(鞘脂单胞菌属、普氏菌属、栖瘤胃普雷沃菌以及普通拟杆菌)及潜在致病菌(莫氏杆菌属和发光杆菌属)的相对丰度,同时显著降低了Caenimonas、Niastella和条件致病菌罗尔斯通菌属的相对丰度。研究表明,0.3%大豆皂甙抑制了大菱鲆消化酶活性及肠道紧密连接蛋白的基因表达,且引起了大菱鲆肠道菌群结构的显著改变。因此,大豆皂甙对鱼类肠道健康尤其是肠道菌群的影响不容忽视,值得进一步研究。 相似文献
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尼罗罗非鱼肠道及养殖环境中菌群结构与链球菌病的相关性 总被引：1，自引：1，他引：0
为研究尼罗罗非鱼肠道和池塘养殖环境中菌群结构变化与链球菌病暴发的相关性,实验采用16S r DNA高通量测序方法对比分析发病和健康池塘水体、底泥和尼罗罗非鱼肠道菌群的结构特征。结果显示,底泥中微生物多样性最高,水体和肠道中微生物多样性次之;肠道菌群与水体中菌群的相似性较高,而与底泥中菌群相似性较低;发病组的尼罗罗非鱼肠道和池塘底泥中微生物的多样性均低于健康组,而发病组池塘水体中微生物多样性高于健康组。OTU聚类分析发现,发病与健康尼罗罗非鱼肠道微生物差异极显著,大部分健康尼罗罗非鱼肠道微生物样品单独聚为一支。菌群结构组成分析结果表明,虽然发病组和健康组水体或底泥中优势菌群结构组成的差异较小,但在非优势菌群中存在一定差异,发病组水体中变形菌门和梭杆菌门的比例显著高于健康组水体,疣微菌门和浮霉菌门的丰度显著低于健康组水体;发病组池塘底泥中厌氧粘细菌属、甲烷丝菌属和枝芽孢菌属等具有降解有机质和生态修复功能,菌群的丰度显著低于健康组底泥,而具有致病能力的曼氏杆菌属丰度却显著高于健康组底泥。发病组尼罗罗非鱼肠道菌群中链球菌属、分枝杆菌属和曼氏杆菌属等致病菌群的丰度显著高于健康组尼罗罗非鱼肠道,而乳球菌属、鲸杆菌属和红球菌属等益生菌的丰度显著低于健康尼罗罗非鱼肠道。无乳链球菌普遍存在于发病和健康养殖环境,以及尼罗罗非鱼肠道中,无乳链球菌的丰度在发病和健康养殖环境之间无显著差异,但其在发病尼罗罗非鱼肠道中的丰度要显著高于健康组。研究表明,尼罗罗非鱼链球菌病发病池塘水体和底泥中有益菌丰度降低和致病菌丰度的升高反映其养殖环境出现恶化,尼罗罗非鱼链球菌病的暴发与肠道微生态平衡破坏后无乳链球菌丰度增加密切相关,但肠道中无乳链球菌丰度的剧增与养殖水体和底泥中该病原菌的丰度水平之间并无直接关联。 相似文献