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1.
《中国兽医学报》2016,(12):2009-2013
为了解福建地区2013—2014年猪瘟病毒(CSFV)流行毒株的分子生物学特性与变异规律,采集了福建地区多个猪场的40份疑似猪瘟样品,应用RT-PCR技术对E2基因的主要抗原编码区进行扩增及序列分析,其中31份为猪瘟阳性。序列分析结果表明,31株CSFV流行毒株之间核苷酸与氨基酸的同源性分别为78.5%~100.0%和82.2%~100.0%,与国内外分离株的核苷酸同源性为81.1%~98.9%,氨基酸同源性为79.8%~95.6%;遗传进化树分析表明,31株CSFV属于1.1和2.1亚群,其中23株为1.1亚型,8株为2.1b和2.1c亚群,没有发现2.2和2.3亚群毒株。氨基酸序列分析表明,流行株在免疫逃逸相关位点705,713,729和734位氨基酸发生变异,FJ02毒株B细胞表位关键位点771位氨基酸发生变异,表明福建地区CSFV流行毒株呈现遗传变异多样性。 相似文献
2.
为了解近年来辽宁地区猪瘟流行毒株的遗传变异情况,本试验利用RT-PCR方法对2006年～2011年辽宁地区发病猪群中猪瘟病毒感染情况进行了检测并获得了20株猪瘟病毒E2基因部分编码序列的扩增片段,测序后得到276 bp的E2基因编码序列;并在此基础上利用DNAStar和MegAlign等软件对所测定的20株毒株与国内外参考毒株的相应序列进行了同源性分析及氨基酸序列比对.结果表明,20株猪瘟野毒株分别属于基因2.1、2.2亚型和1.1亚型,其中基因2.1亚型已经成为辽宁地区猪瘟病毒的优势流行毒株.属于基因2.1亚型的猪瘟野毒株与疫苗株之间的同源性在76.8％～80.5％之间,与经典强毒Shimen株的同源性在77.4％～81.1％之间.而病毒E2基因变异位点主要分布在所测序列的前30个氨基酸,与强毒Shimen株、疫苗株相比其变异率高达20％以上.说明近期流行毒株的变异呈现一定的多样性,并且多数毒株已向远离强毒Shimen株、疫苗株方向变异. 相似文献
3.
《中国兽医学报》2014,(6):894-903
猪瘟是由猪瘟病毒(CSFV)引起的一种严重危害我国养猪业的烈性传染病。病毒囊膜糖蛋白E2是病毒识别和吸附宿主细胞的重要蛋白,同时也是病毒较不保守的蛋白,其编码基因常用于猪瘟病毒的遗传进化分析。为了分析我国猪瘟高发地区—广东省CSFV流行毒株的遗传多样性,本研究利用RT-PCR对采集自佛山等广东省11个城市的CSFV流行毒株E2全长基因进行了扩增和序列测定。系统进化分析表明16株CSFV流行毒株有15株为基因2.1亚型,另外1株属于基因1.1亚型。根据核苷酸同源性的大小,这些2.1亚型病毒株又可进一步划分为3个亚亚型2.1b、2.1c和2.1d。其中2.1c和2.1d亚亚型毒株是首次报道在该地区流行,到目前为止2.1a毒株尚未发现在广东省流行。多序列比对结果表明基因2.1亚型的4个亚亚型具有群特异性的氨基酸替换,这些结果进一步证实了2.1亚型的分型结果。综上所述,基于E2基因序列的系统进化分析和氨基酸多序列比对表明广东省CSFV流行毒株具有遗传多样性,同时发现有新的2.1c和2.1d亚亚型毒株的流行,这些研究结果将为我国广东省猪瘟防控策略的制定提供科学依据。 相似文献
4.
为了了解2018—2020年福建地区猪瘟病毒流行及遗传变异情况,收集福建省不同地区临床发病猪的血液和肺脏、脾脏、淋巴结等组织样本1464份,采用RT-nPCR的方法对样品进行CSFV检测,对部分CSFV阳性样品E0基因进行克隆测序。结果显示,CSFV总体阳性率为1.9%(29/1464),并获得13株CSFV E0基因序列。同源性分析发现所得13株CSFV E0基因之间的同源性在82.2%-99.7%,其中11株CSFV E0基因与1.1亚型代表毒株HCLV的核苷酸同源性为99.0%～99.9%,与Shimen株的核苷酸同源性94.1%～95.0%;1株与2.1c型参考毒株HNSD-2012核苷酸同源性为98.2%;1株与2.1d亚型毒株CSFV/JPN/2018核苷酸同源性为99.6%。遗传进化分析发现,10株CSFV与HCLV、C-ZJ-2008、Shimen和Brescia处于同一分支,属于1.1亚型;1株CSFV与HNSD-2012等位于同一分支,属于2.1c亚亚型;1株与CSFV/JPN/2018等位于同一分支,属于2.1d亚亚型。氨基酸序列分析发现,13株毒株与HCLV等代... 相似文献
5.
为分析猪瘟病毒湖北流行株(CSFV-HBWH-2017株)E2基因遗传变化规律,参照Gen Bank公布的CSFV-E2基因序列设计特异性引物,对CSFV-HBWH-2017株E2基因进行PCR扩增、克隆、测序以及遗传进化分析。结果显示,E2基因PCR扩增产物大小为1 489 bp,编码496个氨基酸,系统进化树显示HBWH-2017株与Gen Bank参考毒株的核苷酸序列同源性为86.0%~96.0%,与湖南HNLY-2011株同源性高达96%亲缘关系最近,属于同一分支2.1c亚型,表明2.1c毒株已经成为湖北地区流行毒株。 相似文献
6.
《中国兽医学报》2019,(2):204-208
本研究收集贵州规模化猪场猪瘟净化过程中RT-PCR检测阳性病料,采用细胞接毒技术、病毒的形态结构观察和间接免疫荧光试验等分离鉴定了1株猪瘟病毒(CSFV),命名为CSFV GZA株,并对GZA株E2基因的核苷酸和氨基酸序列进行差异性分析。分离鉴定结果表明:接种PK-15细胞后连传7代RT-PCR均能扩增出CSFV特异性条带;病毒粒子在电镜下呈椭圆形或圆形,直径30～80nm;该毒株E2基因与参考毒株E2基因的核苷酸同源性82.8%～83.4%,氨基酸相似度88.7%～90.6%,并在713,725,729,734,738氨基酸位点发生改变;遗传进化树分析还得出GZA株E2基因与参考毒株遗传距离较远。说明本次分离株与其他流行株存在一定的差异,可为以后CSFV病原学的研究提供参考。 相似文献
7.
《国外畜牧学(猪与禽)》2020,(6)
为了解云南省猪瘟病毒(Classical Swine Fever Virus,CSFV)流行毒株E2基因的遗传变异情况,试验采用RT-PCR检测云南省疑似猪瘟阳性样品,并获取4株E2全基因序列。对所获的E2基因序列与国内外参考毒株进行同源性和遗传进化树比对分析。结果表明,获得4条全长均为1119bp的云南省CSFV流行毒株E2全基因序列。4株云南毒株序列的同源性为81.7%～99.6%,与疫苗毒株的同源性为81.3%～94.5%,与其他参考序列的同源性为81.8%～99.6%。遗传进化分析表明,4株云南流行毒株分为两个不同的进化分支,1株流行毒株和疫苗毒株同属于1.1基因亚型,其他3株流行毒株分布在另一进化分支上,属于2.1c基因亚型,研究结果为云南地区猪瘟的防控提供了一定的理论参考。 相似文献
8.
广西猪瘟病毒E0和E2基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
通过分析目前广西猪瘟病毒(CSFV)的E0和E2基因特征,为了解广西地区CSFV的分子流行病学、遗传变异及综合防控提供科学依据。试验采用RT-PCR方法,对阳性猪瘟样品进行CSFV的E0及E2基因的扩增,经克隆、测序后,利用DNAStar软件对序列进行比对分析,同时绘制系统遗传进化树。结果表明,从阳性猪瘟样品中成功扩增CSFV的E0及E2基因。序列比对分析发现,GX2毒株与参考毒株的E0基因核苷酸同源性在83.1%~94.1%,其推导氨基酸同源性在85.9%~99.6%;与参考毒株的E2基因核苷酸同源性为81.7%~93.7%,其推导氨基酸同源性为89.0%~97.0%;E0与E2基因均属于基因Ⅱ群。氨基酸变异位点分析表明,E0蛋白的RNase活性区域氨基酸基序位点没有发生变异;E2蛋白中15个位点上的半胱氨酸均未发生变异,但单抗识别位点S734R发生变异。遗传进化分析显示测定的GX2毒株与近年来广西CSFV流行毒株的变异趋势相似,与中国传统疫苗株HCLV、经典强毒株Shimen的同源性较低,亲缘关系较远,与广西近年来的流行毒株GXWZ02株的同源性较高,亲缘关系较近。 相似文献
9.
《中国预防兽医学报》2015,(9)
为了解猪瘟病毒(CSFV)在我国的流行情况,本研究对2015上半年来自4个省疑似猪瘟(CSF)病料样品采用RT-PCR方法进行检测,28份样品中14份为CSFV阳性,并对这些阳性样品进行CSFV E2基因遗传进化分析。结果表明,14个病毒株中11个属于2.1d新基因亚型,它们与CSFV代表株Shimen、HCLV和2.1b基因亚型病毒株的核苷酸同源性分别为82.8%~84.1%、81.1%~82.4%和92.6%~97.1%,氨基酸同源性分别为89.8%~91.2%、88.2%~89.8%和94.1%~98.9%,其余3个病毒株属于2.1b亚型。这些2.1d亚型新分离株在E2基因的4个氨基酸(R31、S34、K303和A331)上具有相同的分子特征。本研究结果与我们2014年CSFV流行病学研究结果一致,表明2.1d亚型病毒株已成为我国现阶段CSFV的主要流行株。 相似文献
10.
三株鸽新城疫病毒新疆分离株F基因序列分析及遗传起源探讨 总被引：4，自引：0，他引：4
用RT-PCR方法从3株鸽新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)新疆分离株中扩增出F基因裂解位点前后482 bp片段,将其克隆至pGEM-T Easy载体并进行核苷酸序列测定。用DNAStar软件对分离株的F基因片段与国内外相关的NDV参考株进行比较,结果表明3个分离株之间核苷酸及氨基酸序列同源性分别为99.6%～99.8%和99.4%～100.0%,与其它鸽源NDV F基因相应部分核苷酸及氨基酸序列同源性分别为89.4%～98.1%和90.6%～98.1%,而与国内代表性弱毒疫苗株LaSota毒株和NDV强毒株F48E9的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为86.3%和87.6%及90.0%和92.5%。遗传发育进化树分析表明3个分离株属NDV基因型Ⅵ,与法国株(Pigeon-France-99)、意大利株(Pigeon-Italy-00)形成同一细分支,其核苷酸同源性为97.9%～98.1%,F基因的裂解位点氨基酸序列都为112R-R-Q-K-R-F117,是典型的强毒株共有序列,新疆鸽流行株与欧洲鸽流行株有很近的遗传亲缘关系,为同一基因亚型。对疫病流行时间、新疆独特的地理位置和病毒基因遗传衍化关系等方面进行综合考虑与分析,2000年开始在新疆地区流行的鸽NDV和欧洲国家上述流行株具有共同的遗传起源,推测通过从国外引种或者候鸟迁移等途径传播的可能性较大。 相似文献