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1.
辣椒疫霉菌ITS及β-tubulin的扩增和序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了探索湖南省不同地区辣椒疫霉的系统发育关系与遗传多样性,从湖南芷江、宁乡等地采集辣椒疫病病株,经过分离和离体叶片接种,得到2株对辣椒叶片有强致病性的辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici)菌株。利用PCR技术对所分离的2个菌株进行ITS以及β-tubulin扩增并测序,将测序结果与国内外报道的相关序列构建系统发育树,结果表明,离体叶片接种法能够对辣椒疫霉菌有一个初步的鉴定,PCR扩增的ITS序列长度为770 bp左右,β-tubulin序列长度为780 bp左右,ITS序列以及β-tubulin序列构建的系统发育树表明湖南省内辣椒疫霉的亲缘性比较近,与国外的亲缘性比较远,说明了不同地区疫霉菌株的亲缘性与地理来源有一定的相关性。 相似文献
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华南地区高温高湿的气候容易引起黄瓜疫病的爆发,对黄瓜生产构成严重威胁。通过对广东各黄瓜主产区的黄瓜疫病菌进行分离、鉴定,确定广东地区黄瓜疫病的病原,并测定该病原菌对不同瓜类蔬菜的致病力,为瓜类疫病防治提供实验依据。从广东各黄瓜主产区感染疫病的黄瓜茎、叶上分离到疫霉菌共8份,并对其进行形态学观察和ITS序列比对研究。发现广东各黄瓜主产区的疫霉菌均为瓜类疫霉（P. melonis）,人工接种对其致病力研究发现,该疫病菌对黄瓜、印度南瓜、节瓜、冬瓜致病力较强,而对丝瓜致病力较弱。明确广东地区黄瓜疫病的病原菌是瓜类疫霉（P. Melonis）,在人工接种条件下,该病原菌对不同瓜类的致病力存在较大差异。这些研究结果对瓜类疫病的防治及抗疫病育种具有重要的指导意义。 相似文献
3.
《中国农学通报》2016,(1)
华南地区高温高湿的气候容易引起黄瓜疫病的爆发,对黄瓜生产构成严重威胁。通过对广东各黄瓜主产区的黄瓜疫病菌进行分离、鉴定,确定广东地区黄瓜疫病的病原,并测定该病原菌对不同瓜类蔬菜的致病力,为瓜类疫病防治提供试验依据。从广东各黄瓜主产区感染疫病的黄瓜茎、叶上分离到疫霉菌共8份,并对其进行形态学观察和ITS序列比对研究,发现广东各黄瓜主产区的疫霉菌均为瓜类疫霉(Phytophthora melonis)。人工接种对其致病力研究发现,该疫病菌对黄瓜、印度南瓜、节瓜、冬瓜致病力较强,而对丝瓜致病力较弱。这些研究结果对瓜类疫病的防治及抗疫病育种具有重要的指导意义。 相似文献
4.
为探究朱砂根的遗传多样性,对收集的16个居群的69份朱砂根样品ITS和matK序列进行双向测序,应用Genious 11.0软件分析2个序列的结构变异,应用MEGA 11.0软件基于Kimura-2-Parameter(K2P)模型,计算居群间遗传距离,采用邻接法(NJ)分别构建系统发育树。结果表明,朱砂根ITS与matK序列长度分别为447～451 bp、844～861 bp, GC含量分别为55.30%～56.30%,33.70%～34.40%,变异位点分别为24个、43个,单倍型多样性分别为0.947、0.917,核苷酸多样性分别为0.013 14、0.006 00;朱砂根ITS序列居群间遗传距离在0.000 4～0.032 0之间,平均遗传距离0.018 4;matK序列居群间遗传距离在0.000 0～0.019 6之间,平均遗传距离为0.008 6。系统发育结果表明,ITS和matK序列都将16个居群的朱砂根聚为2支,且遗传距离较小。研究表明,不同居群的朱砂根具有较为丰富的遗传多样性,且遗传距离与居群地理空间距离有关。ITS较matK序列变异更丰富,更适宜对朱砂根遗传多样性评... 相似文献
5.
基于形态学与ITS序列对冠突散囊菌多样性研究 总被引：1，自引：1，他引：0
为研究茯砖茶中冠突散囊菌多样性的问题,以来自中国3个省份的5种茯砖茶为样品,从中分离出优势微生物金花菌4、16、B1、B3、B7,依托形态学与和分子生物学技术对菌株进行鉴定。结果发现,这5株菌株均属冠突散囊菌,并且存在着遗传多样性,其中16号菌株的电镜观察结果与其他4株菌株差异明显,且菌株子囊孢子的“赤道”周围存在较多小孔;在ITS序列构建系统发育树中4、B1、B3、B7聚类为一组,16号聚类成另一组,说明冠突散囊菌可能存在亚种,这与形态学结果一致。 相似文献
6.
冬瓜枯萎病菌核糖体rDNA ITS区的克隆与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用镰刀菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物,PCR扩增冬瓜枯萎病菌核糖体基因ITS区,并对产物进行克隆和序列分析;利用Mega 4.1软件对序列及GeneBank中以葫芦科为寄主的镰刀菌不同专化型ITS序列进行聚类。冬瓜枯萎病菌ITS全长1 063 bp,其中包括18S rDNA一部分序列,5.8S rDNA,ITS1和ITS2全部序列及28S rD-NA部分序列。聚类结果将15个菌株ITS序列划分为2个类群,类群I包括4个菌株,分别为2个西瓜枯萎病菌株和2个甜瓜枯萎病菌株;类群II包括11个菌株,其中冬瓜枯萎病菌株就在该类群中,其余为甜瓜枯萎病菌株5个、西瓜枯萎病菌株3个、黄瓜枯萎病菌株、丝瓜枯萎病菌株和葫芦枯萎病菌株各1个。 相似文献
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本研究基于ITS 2序列，对肉苁蓉和管花肉苁蓉的种子进行鉴定研究，旨在建立肉苁蓉种子的DNA条形码鉴定方法。通过提取种子的基因组DNA,经PCR扩增和双向测序，获得ITS 2序列。应用MEGA-X软件进行序列比对，计算K 2 P遗传距离，构建系统发育树。结果表明，所有种子样本均可以成功提取DNA和扩增ITS 2序列，种子的DNA分子量为10 000 bp左右，扩增产物为500 bp左右。肉苁蓉种子的ITS 2序列长度为414～472 bp, GC含量为54.41%～55.07%;管花肉苁蓉种子的ITS 2序列长度为399～489 bp, GC含量为54.18%～55.14%。肉苁蓉种子和管花肉苁蓉种子的ITS 2序列共有61个差异位点，种内最大遗传距离小于种间最小遗传距离，二者在系统发育树中分别聚为一支。ITS 2序列可以作为肉苁蓉种子的DNA条形码鉴定序列。 相似文献
8.
本研究旨在为新疆扁桃种质资源的分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。以24份扁桃种质为材料,提取DNA后对ITS序列进行PCR扩增及测序,测序结果与序列KC862380(Prunus lusitanica var.)比对,获得ITS1、5.8S与ITS2序列。利用相关生物信息学软件对ITS1与ITS2序列分别计算变异位点和简约信息位点等,构建UPGMA系统发育树。结果显示,ITS1与ITS2序列对位后长度分别为230 bp和277 bp,含丰富的变异位点和简约信息位点。基于ITS1序列的UPGMA树的遗传距离在0.00~0.01之间,‘鹰嘴’、‘矮丰’及‘石子’各自成一支。基于ITS2序列的UPGMA树其遗传距离在0.000~0.006之间,‘鹰嘴’与‘石子’聚为一支。研究表明,5.8S rDNA序列保守性极强,ITS1序列的变异信息大于ITS2序列,并且其碱基的缺失和替换多于ITS2序列,可能是导致系统发育树结果存在差异的原因。 相似文献
9.
采用形态学观察结合ITS及26S序列的鉴定来确定真菌的种属。通过系统发育树的构建来确定稻谷真菌之间的亲缘关系及多样性。通过形态学观察结合真菌ITS序列及26S序列分别对稻谷原粮中分离获得的33株真菌进行了鉴定,主要为青霉菌(Penicillium),曲霉属(Aspergillus),镰刀菌(Fusarium)等菌属,其中青霉属与曲霉属最多分别为16株,15株,而镰刀菌属仅2株。两种序列鉴定结果的结合能更加准确地鉴定稻谷原粮中菌株的种属,为稻谷储藏过程中的真菌种类鉴别及生物控制提供研究基础。 相似文献
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山东省番茄灰霉病菌种类与遗传多样性研究 总被引：3，自引：3，他引：0
利用单孢分离的方法从山东省11个地区的番茄病害标本上分离获得66个灰霉病菌菌株,通过形态学观察和5.8S rDNA-ITS序列分析,该66个菌株均为灰葡萄孢菌(Botrytis cinerea)。通过序列比对,该66个菌株的ITS序列属于两种类型,并且两种ITS序列只有单碱基差异。利用ISSR（inter-simple sequence repeats）标记技术对66个菌株进行遗传多样性分析,结果获得24个ISSR分子标记,其中58.33%的片段具有多态性,该结果表明菌株种群间遗传多样性不丰富。UPGMA聚类分析将66个菌株划分成4个遗传聚类群,遗传聚类群的菌株组成表明遗传群组的划分与菌株的种类和地理来源存在一定的相关性。 相似文献
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2008年于哈尔滨城市林业示范基地采取水曲柳树干着生木材腐朽菌子实体,形态学鉴定为粗毛纤孔菌（Inonotus hispidus）。设计纤孔菌属（Inonotus）真菌ITS特异引物,并进行PCR扩增,扩增产物长500bp。扩增产物测序结果与其它10种纤孔菌属真菌ITS序列构建系统发育聚类树。聚类结果表明粗毛纤孔菌与辐射状纤孔菌亲缘关系近;I. circinatus与I. tomentosus亲缘关系近;薄皮纤孔菌与芮克纤孔菌亲缘关系近;I. dryophilus与I. rheades亲缘关系近。I. circinatus、I. tomentosus、粗毛纤孔菌以及辐射状纤孔菌聚为一族;薄皮纤孔菌、芮克纤孔菌、斜生纤孔菌以及I. glomeratus聚为一族;I. dryophilus、杨生核纤孔以及柽柳核纤孔菌聚为一族。 相似文献
12.
福建省致病疫霉菌SRAP遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解福建省致病疫霉菌的群体遗传结构,为该病原菌的遗传进化提供理论依据,笔者应用SRAP分子标记技术对福建省致病疫霉菌的群体遗传多样性,及不同地区菌株间的关系进行比较分析。利用10个菌株从110对引物组合中筛选出多态性引物10对,对分离自福建省10个不同市（县）的62个致病疫霉菌菌株DNA进行PCR扩增,共产生92条谱带,其中多态性标记90条,多态检测率为97.8%。利用NTSYpc Version2.1软件对供试菌株间的遗传距离进行聚类分析并构建系统树状图。以遗传距离0.57为阈值,可将供试62个菌株划分为4个遗传聚类组,SRAP分组与菌株的地理来源、寄主均无明显相关性。聚类分析结果表明,福建省不同地区的致病疫霉菌整体亲缘关系相近,但各菌株间存在遗传差异。 相似文献
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为了分析不同地区黄瓜棒孢叶斑病菌的种内分化,能够准确地鉴定该病菌,以服务于黄瓜抗病育种,对2007-2014年采集的黄瓜棒孢叶斑病菌多主棒孢经单孢纯化获得34个菌株。利用公开发表的特异性引物CCF/CCR对其进行了PCR分子鉴定,结果表明:34个菌株均扩增得到了预期272 bp的特异片段,说明均为多主棒孢菌。应用真菌核糖体rDNA区通用引物ITS1和ITS4分别扩增各个菌株的r DNA内转录间隔区序列,经测序并比对分析,34个菌株均扩增得到了559 bp的特异片段,其中32个从黄瓜上分离的多主棒孢病菌菌株碱基序列完全一致,2个从番茄上分离的菌株碱基序列完全一致,二者的差异在于2个SNP位点T-C、G-A的突变,二者相似度为99.64%。说明,多主棒孢菌属种间的ITS区序列高度保守,利用ITS序列分析方法可以为多主棒孢菌的分类鉴定及系统发育研究提供依据,可以区分出黄瓜和番茄寄主上的多主棒孢菌。 相似文献
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为了探究渐绿木霉(Trichoderma viridescens)基因组中聚酮合成酶(polyketide synthase,PKS)和非核糖体多肽合成酶(non-ribosomal peptide synthase,NRPS)的多样性,为寻找合成生物活性物质的潜在菌株提供科学依据。本研究通过18S rDNA序列分析,鉴定菌株SC-1为渐绿木霉(T.viridescens);利用兼并性引物对菌株SC-1的PKS和NRPS基因进行PCR扩增及序列测定分析,构建系统发育树,明确菌株SC-1的PKS和NRPS基因序列的系统进化地位。结果表明,菌株SC-1基因组中含有PKS I、NRPS基因片段;经比对,PKS I基因片段与已知Trichoderma atroviride PKS序列相似度为96%,NRPS基因片段与Trichoderma gamsii NRPS序列相似度为97%。本研究结果为渐绿木霉具有产生活性次生代谢产物的潜力,值得进一步开发研究和应用。 相似文献
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对黑木耳栽培中的污染杂菌进行分离鉴定及拮抗菌筛选,为进一步研究和治理提供理论依据。采用组织分离法获得纯培养菌株,基于ITS鉴定其分类学地位,采用平板对峙法筛选生防放线菌。获得纯培养菌株,编号CP-1。ITS序列扩增,得到一条571bp的序列(GenBankNo.KP027411);与好食脉孢霉和粗糙脉孢霉的相似度分别为99%和98%;结合形态学特征,CP-1与好食脉孢霉的相似性更高。生防链霉菌BUAS13-03菌株抗性最佳,抑菌圈直径为2.8±0.3cm。确定菌株CP-1为好食脉孢霉;生防菌BUAS13-03对CP-1的拮抗效果较好。本研究对黑木耳好食脉孢霉的生物防治提供理论基础和试验依据。 相似文献
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不同寄主致病疫霉菌群体遗传结构的SSR比较分析 总被引：2，自引：2，他引：0
用SSR分子标记技术对采集自中国不同地区不同寄主来源的60个致病疫霉菌(Phytophthora infestans)群体遗传多样性进行比较分析。结果显示,番茄致病疫霉菌群体Nei氏基因多样性指数、Shannon信息指数及有效等位基因数等遗传多样性指数(分别为0.1528、0.2592、1.2170)均高于马铃薯致病疫霉菌（分别为0.1395、0.2447、1.1913）,表明番茄致病疫霉菌群体遗传多样性高于马铃薯致病疫霉菌群体;聚类分析结果表明：SSR标记分析的遗传系谱与菌株对甲霜灵敏感性、交配型无相关性,而与MtDNA单倍型有一定的相关性。 相似文献
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《分子植物育种》2021,19(11):3579-3587
为评价nrDNA ITS序列对榧树属(Torreya)植物的鉴定能力,本研究利用ITS序列和4种不同的分析方法(BLAST比对, K2P遗传距离, SNP位点分析及邻近NJ树)对榧树属植物进行物种鉴定,建立系统进化树讨论其亲缘关系。结果显示,48条ITS序列长度为1 095～1 105 bp,种内平均遗传距离为0.001 6,种间平均遗传距离为0.015 0。在物种水平,BLAST比对和NJ树对榧树属植物鉴定效率最高,SNP位点分析可有效鉴定香榧和榧树。亲缘关系分析显示,榧树属其他各种均呈单系分支,但云南榧树与巴山榧树在聚类树中聚为一支,表明二者亲缘关系极近,为近年提出云南榧树并入巴山榧树提供了核基因组序列的佐证。本研究表明ITS序列可作为榧树属物种鉴定的DNA条形码,为榧树属物种鉴定和系统关系提供参考。 相似文献
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‘分关1号’(Gardenia jasminoides Ellis‘Fenguan1’)是从栀子(Gardenia jasminoides Ellis)优良变异材料中选育出的优良无性系,具有产量高、适应强、抗干旱、耐瘠薄等优良特性,其果实中栀子苷等活性成分含量高,已在福建省福鼎市的高山荒山劣质地大面积种植。这些优良特性是否与其发生核苷酸序列变异,而与本属其他植物在遗传存在差异有关,尚未明确。本研究收集‘分关1号’、狭叶栀子(Gardenia stenophylla)、海南栀子(Gardenia hainanensis)、大黄栀子(Gardenia sootepensis)等材料,提取DNA,对ITS序列(ITS-P5ITS-u4)进行PCR扩增,Sanger测序法检测样本的蛋白表达和突变基因,获得ITS序列,并从GenBank数据库中下载其他栀子的ITS序列信息。利用MEGA7.0软件对序列进行分析比对,计算遗传距离、构建系统发育树,对ITS2的二级结构进行预测。结果表明,栀子属ITS序列平均长度为646 bp,序列较短,利于栀子属鉴定;遗传距离分析和NJ系统发育树均表明‘分关1号’与... 相似文献
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大豆品种RGA分析与疫霉根腐病抗性鉴定 总被引：7，自引：0，他引：7
采用7个具有不同毒性基因的大豆疫霉菌株, 对黄淮地区48个优良大豆种质资源进行了苗期接种鉴定, 筛选出一批具有不同抗性的优异抗源, 说明黄淮地区蕴藏着丰富的大豆抗病资源。以相似系数0.682聚类, 48个大豆品种可以分成8类。同时, 根据抗病基因在保守区域序列同源性的原理, 利用RGA-PCR方法对48个品种的遗传多样性进行分析, 从48个大豆品种的抗病基因同源序列中共扩增出53条谱带, 各品种之间谱带较清晰且呈现明显的多态性, 以相似系数0.746聚类, 48个大豆品种可以分成7类。尽管抗性表型和RGA聚类的类与类之间没有一一对应关系, 但抗谱广的品种, 能较好地聚在一类, 如丰收黄、科丰36、即墨油豆等。因此, 综合利用抗性表型和RGA分析可以为大豆疫霉根腐病抗性基因鉴定、品种的培育和合理布局提供一定的理论依据。 相似文献
20.
《种子》2019,(6)
为探讨内转录间隔区2(ITS 2)序列及其二级结构在15种淫羊藿属(Epimedium)中的鉴定效率。利用试剂盒提取叶片总DNA,对ITS 2序列进行PCR扩展与测序,计算K 2 P遗传距离,构建系统发育树,预测其二级结构。结果表明,ITS 2序列在15种淫羊藿属植物中的通用性好,扩增成功率与测序成功率均为100%。从K2P种间和种内遗传距离看,ITS 2在淫羊藿属中的种间变异较小,部分种类种内遗传距离大于种间遗传距离,鉴定成功率约为60%。采用比对法(Blast)分析,ITS 2鉴定效率为75%。由ITS 2系统进化树可知,淫羊藿属与鬼臼属各为一支,易于分开。除薄叶淫羊藿、竹山淫羊藿、巫山淫羊藿外,其余种类均能较好的进行聚类;除粗毛淫羊藿、保靖淫羊藿外其余均不能与NCBI下载到的序列进行较好聚类。研究表明,15种淫羊藿属植物ITS 2序列在ML系统进化树中具较好的鉴别能力,但淫羊藿属各样本种内与种间遗传较为混乱,遗传距离复杂,ITS 2二级结构形态结构亦较为相似,将各种间进行区分存在一定难度,不适合单独作为该属条形码使用。 相似文献