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1.
《畜牧兽医学报》2020,(1)
最近,笔者实验室在青藏高原地区发现两种新亚型藏猪源猪流行性腹泻病毒(PEDV),为进一步调查新型PEDV是否在四川腹泻猪群中存在或流行,对实验室2018—2019年保存的116份猪腹泻粪便或肠组织样本进行PEDV的检测及其纤突蛋白基因(spike)分子特征研究。结果表明:腹泻样本的PEDV检出率为42.2%(49/116,95%CI=33.1%～51.8%),并获得了13条完整的S基因序列,全长为4 149～4 170bp,序列相似性为94.2%～99.9%,其中SWUN-H3-CH-SCYA-2019的S基因与藏猪源新G1亚群PEDV的序列相似性高达97.0%～98.6%。遗传演化研究结果表明13株PEDV S基因划分为G1和G2大群,其中SWUN-H3-CH-SCYA-2019位于藏猪源新G1亚群;SWUN-19-CH-SCZY-2018、SWUN-4-CH-SCXC-2018、SWUN-1-CH-SCNJ-2019和SWUN-3CH-CH-SCZG-2019位于G2亚群中一个独立的分支,且与藏猪源新G2亚群毒株有着较近的亲缘关系。为了进一步研究13株PEDV的演化过程,以贝叶斯进化分析软件包(BEAST)进行分歧时间估算,结果表明SWUN-H3-CH-SCYA-2019的分歧时间约为2012.3年,早于藏猪源新G1亚群其余毒株的最早分歧时间(2015.7年);SWUN-4-CH-SCXC-2018、SWUN-19-CH-SCZY-2018和SWUN-3CH-CH-SCZG-2019的分歧时间约为2014.2年,早于G2亚群的藏猪源毒株2014.7年,所有藏猪源PEDV的分歧时间均晚于四川毒株。本研究在四川地区首次发现了藏猪源PEDV,并且从毒株的分歧时间推断青藏高原的藏猪源PEDV来源于四川,为新型PEDV分子遗传进化的监测提供了依据。 相似文献
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为了解西藏市猪流行性腹泻(PED)流行病学情况,采用双抗原夹心酶联免疫法(ELISA)对采集的林芝市巴宜区和米林县364份藏猪血清进行检测。结果表明:藏猪的PEDV抗体平均阳性率为39.56%,其中公猪血清抗体阳性率为40.63%,母猪血清抗体阳性率为38.37%。从性别上公猪和母猪的抗体阳性率无显著性差异(P>0.05),但巴宜区(26.37%)和米林县(52.74%)PEDV抗体阳性率存在显著性差异(P<0.05)。说明林芝部分地区藏猪流行性腹泻感染普遍,应注意防止该病的发生。 相似文献
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最近，笔者实验室在青藏高原地区发现两种新亚型藏猪源猪流行性腹泻病毒（PEDV），为进一步调查新型PEDV是否在四川腹泻猪群中存在或流行，对实验室2018-2019年保存的116份猪腹泻粪便或肠组织样本进行PEDV的检测及其纤突蛋白基因（spike）分子特征研究。结果表明：腹泻样本的PEDV检出率为42.2%（49/116，95% CI=33.1%~51.8%），并获得了13条完整的S基因序列，全长为4 149~4 170 bp，序列相似性为94.2%~99.9%，其中SWUN-H3-CH-SCYA-2019的S基因与藏猪源新G1亚群PEDV的序列相似性高达97.0%~98.6%。遗传演化研究结果表明13株PEDV S基因划分为G1和G2大群，其中SWUN-H3-CH-SCYA-2019位于藏猪源新G1亚群；SWUN-19-CH-SCZY-2018、SWUN-4-CH-SCXC-2018、SWUN-1-CH-SCNJ-2019和SWUN-3CH-CH-SCZG-2019位于G2亚群中一个独立的分支，且与藏猪源新G2亚群毒株有着较近的亲缘关系。为了进一步研究13株PEDV的演化过程，以贝叶斯进化分析软件包（BEAST）进行分歧时间估算，结果表明SWUN-H3-CH-SCYA-2019的分歧时间约为2012.3年，早于藏猪源新G1亚群其余毒株的最早分歧时间（2015.7年）；SWUN-4-CH-SCXC-2018、SWUN-19-CH-SCZY-2018和SWUN-3CH-CH-SCZG-2019的分歧时间约为2014.2年，早于G2亚群的藏猪源毒株2014.7年，所有藏猪源PEDV的分歧时间均晚于四川毒株。本研究在四川地区首次发现了藏猪源PEDV，并且从毒株的分歧时间推断青藏高原的藏猪源PEDV来源于四川，为新型PEDV分子遗传进化的监测提供了依据。 相似文献
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为了解西藏林芝市某藏猪养殖场猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)、猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus, PDCoV)、传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus, TGEV)、A群轮状病毒(Rotavirus A,RVA)、产肠毒素大肠杆菌(enterotoxigenic Escherichia coli,ETEC)和肠炎沙门氏菌(Salmonella enteriditis,SE)6种腹泻病原的流行情况，于2021年在该养殖场采集藏猪腹泻粪便样本40份，通过PCR方法对6种病原进行检测。结果表明：40份被检样本中PEDV、PDCoV、TGEV、RVA、ETEC、SE的阳性率分别为50.0%(20/40)、12.5%(5/40)、17.5%(7/40)、10.0%(4/40)、52.5%(21/40)和30.0%(12/40);且60.6%样本中检测出两种或两种以上病原体，其中18.2%样本出现了4种病原混合感染的情况。说明该藏猪养殖场存在多种腹泻病原... 相似文献
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猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)是猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea, PED)的病原,PEDV可导致猪的急性腹泻、脱水甚至死亡。如今PEDV已成为引起猪腹泻最常见病原体之一,给我国养猪行业造成极大的经济损失。PEDV的四种结构蛋白在病毒结构、感染宿主、复制和组装过程中发挥着重要功能,同时在逃避宿主天然免疫方面也起着重要作用。阐述了PEDV四种结构蛋白Spike(S)蛋白、Membrane(M)蛋白、Nucleocapsid(N)蛋白、Envelope(E)蛋白在病毒感染中与宿主细胞的互作机制,为PEDV防控以及疫苗研发等提供理论研究基础。 相似文献
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<正>猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea,PED)是由猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea vims,PEDV)引起的一种高度接触性肠道传染病。PEDV的感染可引起腹泻、呕吐、脱水以及哺乳仔猪的高死亡率。PEDV属于冠状病毒科冠状病毒属,基因组为线形单股正链RNA病毒。PEDV基因组编码4种结构蛋白:S蛋白、E蛋白、M蛋白和N蛋白,ORF3编码一个未知功能且具有多态性的 相似文献
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猪流行性腹泻病毒LAMP检测方法的建立及初步应用 总被引：1，自引：0，他引：1
猪流行性腹泻病毒是引起仔猪腹泻死亡的主要病原。为实现对猪流行性腹泻病毒(PEDV)的快速检测,利用PEDV S基因设计特异性引物,通过优化各种反应条件,建立了检测PEDV的环介导等温扩增快速检测方法(LAMP)。此方法特异性好,敏感度强,将反转录后的病毒c DNA稀释到108倍仍可检出,是PCR方法的100倍。本研究建立的LAMP方法操作简便、灵敏度高、特异性强,为临床PEDV的快速检测和预防奠定基础。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2019,(12)
为进一步了解藏猪腹泻粪便中病毒种群,从青藏高原地区16个藏猪场采集腹泻粪便样本146份,将样本混合成一个pool样,提取RNA反转录成cDNA,建库后利用TruSeq Illumina测序,对测序的序列进行整理分析及相关病毒的分子特征进行研究。数据分析结果表明:藏猪腹泻粪便样本病毒种群包括11个病毒科的19种病毒,主要以线性和环状的小DNA病毒为主,如猪粪相关环状病毒7型、猪腺病毒和猪博卡病毒(PBoV)等;与腹泻相关的病原有猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)和牛病毒性腹泻病毒1型(BVDV-1) 3种;与腹泻相关的新发病原有porcine bufavirus、rabovirus和pasivirus 3种。利用SOAP软件组装出猪细小病毒6型(PPV-6)、PCV-2、PBoV-2完整或接近全长的基因组和戊型肝炎病毒(HEV)完整的ORF2基因序列,系统发育结果显示PPV-6和PCV-2与参考毒株有较近的遗传进化关系,PBoV-2与参考毒株有较远的遗传进化关系,单独聚为一簇,可能是一个全新的基因型。为进一步调查PCV-2在藏猪腹泻粪便中的检出率,对采集146份样本进行检测,检出率为10.96%(16/146,95%CI:6.4%～17.2%),且与四川地区PCV-2流行株有较近的亲缘关系。本研究发现藏猪腹泻粪便中病毒种类复杂多样,且可能存在与其他动物和人交叉感染情况,具有重要的公共卫生学意义,也为藏猪腹泻病防控提供一定的理论依据。 相似文献
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影响猪流行性腹泻病毒分离培养的因素 总被引：1，自引：0，他引：1
《中国兽医杂志》2019,(5)
<正>近些年养猪场备受仔猪腹泻的困扰,而猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)是引起腹泻的最主要病原之一。PEDV是冠状病毒科冠状病毒属成员,为有囊膜的单股正链RNA病毒,基因组全长约28 000 nt,编码4个结构蛋白(S、E、M和N)和3个非结构蛋白(ORF1a、ORF1b和ORF3)。其中S蛋白是PEDV最重要的结构蛋白,主要负责结合细胞受体,调节病毒感染,在病毒侵入宿主细胞、组织 相似文献
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为初步调查河北省邢台市及周边地区猪流行性腹泻(PED)分子流行病学情况，试验于2022年1月—12月从河北省邢台市及周边县(市、区)采集疑似感染PED猪肠道病料或新鲜粪便共206份，采用荧光定量PCR技术检测样品猪流行性腹泻病毒(PEDV)阳性率；同时采用RT-PCR法扩增部分PEDV阳性病料S1基因序列，根据S1基因序列特征分析毒株基因型和变异情况。结果显示：共47份样品为PEDV核酸阳性，平均阳性率为22.82%,其中腹泻仔猪、育肥猪和母猪样品PEDV检出率分别为27.05%、15.15%和20.83%;采用RT-PCR法共扩增6份PEDV阳性样品S1基因部分序列，进一步序列分析发现5个毒株属于PEDV变异株，1个毒株属于PEDV经典株。研究结果表明，河北省邢台市及周边地区PED流行情况较严重，且同时流行PEDV经典株和变异株，但PEDV变异株为优势基因型。 相似文献
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《养猪》2019,(5)
试验对临床上可引起腹泻的部分病原进行了检测,并对河南部分地区的猪流行性腹泻病毒(Porcine Epidemic Diarrhea Virus, PEDV)进行了分子流行性病学调查。对从河南地区5个规模化猪场获得的10份腹泻病料进行了反转录PCR,并对检出的8份PEDV的S基因部分序列进行测序、同源性和遗传进化分析。结果显示,临床的腹泻病例部分为混合感染,作为主要病原的PEDV、猪A群轮状病毒(PoRV)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的检出率有所不同。将8株PEDV的S基因与参考毒株CV777进行比较,S基因存在不同位点和不同程度的氨基酸突变。S基因的同源性比较和遗传进化分析表明:河南地区的8株PEDV毒株属于不同的分支,且181737-1、181737-2和180278-1为流行株,180276-3、180276-6、180435-1和181753-1更接近于经典株,181212-1更接近于疫苗株。结果表明,河南地区现阶段流行的PEDV毒株复杂多样,优势毒株可能发生了变化。 相似文献
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为了解当前河北地区猪腹泻主要相关病毒流行情况,对2016年4月—2017年2月收集的河北地区腹泻样品,采用荧光定量PCR检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒,并对扩增获得的9株PEDV S基因进行测序和序列分析。结果显示,全年腹泻病发生率为9.70%,在春冬季节多发。其中猪流行性腹泻病毒检出率最高,为13.89%,其在仔猪中检出率为19.28%,在育肥猪中检出率为17.24%。对PEDV S基因氨基酸序列分析显示,目前河北省PEDV流行毒株分布在G2群中的2个进化分支,部分毒株发生多处独特氨基酸突变。本研究表明,2016年河北地区PEDV对仔猪的感染情况有所缓解,而对育肥猪感染率较高,PEDV流行毒株S蛋白进化分支和突变较多提示PEDV流行毒株毒力和抗原活性可能发生改变。 相似文献
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《畜牧与兽医》2015,(6):1-6
临床分离获得1株猪流行性腹泻病毒(PEDV),对其纤突(S)基因5'端序列分析比较表明,该分离株(NB2011)与目前国内流行的猪流行性腹泻病毒毒株同源性为99%以上,与经典毒株(CV777)的同源性仅为82.6%。经氨基酸分析比较,PEDV纤突蛋白发生明显变异,在抗原位点35-55aa以及100-145aa区间存在很大差异。本试验对CV777株与临床分离的NB2011株的S基因N端差异较大的区段(CV777-S661,NB-S673)进行原核表达,分别获得经典株和流行株S基因N端表达蛋白。Western blotting结果表明,S661和S673重组蛋白均能与PEDV阳性血清产生特异性反应,且不与PEDV阴性血清反应。对两种蛋白进行交叉斑点试验,结果表明两者在反应原性上存在差异。研究结果为进一步阐明PEDV流行毒株抗原表位的变异及研究PEDV免疫保护机制打下基础。 相似文献
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正本研究采取了不同的生物安全措施利用可控的试验条件来评估由生物安全防护措施来减少猪流行性腹泻病毒(PEDV)传播的有效性,这些结果表明,通过污染的个人防护用品导致的PEDV间接传播较为迅速,在养猪生产体系实施生物安全防护措施,可以有效地降低猪群之间PEDV传播的风险。猪流行性腹泻(porcine epidemic diarrheavirus,PED)是一种高度传染性疾病,可导致猪严重腹泻。猪流行性腹泻病毒(PEDV)可以在已 相似文献
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《中国兽医学报》2017,(5):781-786
近年来,我国大多省市暴发新生仔猪严重流行性腹泻,给养猪业造成巨大经济损失。为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)在河南省的流行和遗传变异情况,本研究对2014—2015年收集的30份临床腹泻样品,进行RT-PCR检测,对检测为阳性的PEDV样品进行S基因的克隆与序列分析。结果表明,30份临床腹泻样品中,RT-PCR检测出22个PEDV阳性样品,克隆的22条PEDV S序列与GenBank中发表的29条PEDVS基因序列核苷酸同源性为93.1%~99.2%。与经典毒株相比,22株河南流行株在S1区域存在碱基的插入、缺失现象;S基因遗传进化树表明,PEDV分为2群,河南流行株均属于PEDVП群,与近年国内分离株和韩国野毒株有较近亲缘关系,而与欧洲株以及中国目前使用的疫苗株亲缘关系较远,基因差异较大。 相似文献
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为了解2016年～2022年福建地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行现状及遗传变异情况,本研究对从福建地区采集的231份疑似猪流行性腹泻(PED)发病仔猪病料样品经RT-PCR进行PEDV的检测,选取不同地区22份PEDV阳性样品经PCR扩增S基因并测序,采用MegAlign分析PEDV S基因及其编码氨基酸序列的相似性,采用MEGA7.0软件构建其系统发育树,采用MegAlign分析S基因编码氨基酸序列的分子特征,分别利用RDP4、SimPlot、MEGA7.0软件进行S基因的重组分析,并利用BEAST软件进行该基因分歧时间估算。结果显示,福建地区PEDV总阳性率为51.51%(119/231),福建5个不同地区PEDV阳性率为40.00%～63.16%。从22份PEDV阳性样品中获得19条PEDV S基因序列,全长4149 bp～4161 bp,共编码1382 aa～1386 aa,19株PEDV S基因序列及其编码氨基酸序列之间相似性分别为94.4%～100%和93.8%～100%。19株PEDV S基因系统发育分析结果显示,其中18株PEDV属于GIIb亚型,1株属于GIb亚型... 相似文献
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《中国兽医学报》2020,(9)
为了解猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本研究对2016—2018年间从河南和山西等地多个规模化猪场随机采集的25份患有腹泻仔猪小肠及内容物提取RNA进行PEDV RT-PCR检测,阳性样品进行S全基因克隆、遗传进化与重组分析。结果显示,25份腹泻仔猪样品中检测出18个PEDV阳性样品,成功克隆18株PEDV毒株S全基因序列,与GenBank中发表的30条PEDV S基因序列进行比较分析,核苷酸同源性均在92.8%以上,存在多处碱基点突变、插入与缺失,且SX-TY1-2017毒株在3 291～4 132 nt位置处发生重组,可能是由亲本株CH/HNZZ47/2016和HN-KF-2017重组产生的。基于S全基因遗传进化树结果,克隆的18株PEDV属于G2群且位于不同分支,表明PEDV流行株在2016—2018年间出现一定的变异。 相似文献