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《畜牧兽医学报》2015,(7)
本研究旨在筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上的转录因子结合位点。根据GenBank已公布的牛MyoDI基因的启动子序列,设计特异性PCR引物,扩增贵州关岭牛MyoDI基因的启动子区,构建重组克隆载体pUCM-TMyoDI-pro,并对阳性质粒进行测序鉴定。再利用筛选试验和生物信息学分析筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上的转录因子结合位点。结果,筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上含有的转录因子结合位点有SATB1、Xbp、MEF2、Pax-3、Pbx1、PPAR、TFⅡD、COUP-TF、Gfi-1、HNF-1、HOX4C、NRF2(ARE)、MEF1、RXR、SMUC、Snail、MyoD、VDR。结合在线软件分析和文献,最终筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上含有MyoD、TFIID、Pax3、MEF1、VDR和MEF2转录因子结合位点,这些转录因子对启动子活性起着重要的调控作用。结果显示,关岭牛MyoDI基因启动子上含有MyoD、TFIID、Pax3、MEF1、VDR和MEF2转录因子结合位点。 相似文献
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骨骼肌发育是一个复杂的过程,其中包括肌细胞的形成与增殖、肌管和肌纤维的形成及最后的成熟过程。骨骼肌生长发育直接影响到绵羊的生产性能。随着测序技术的发展,更多人尝试从基因层面来阐述骨骼肌发育过程中系统的调控网络,挖掘与肉品质、产肉性能等重要功能性状相关的分子标记。肌细胞增强因子2(MEF2)是控制肌肉基因表达的保守且功能显著的转录因子,在调节肌肉生成、神经发育与分化等方面起作用。成肌细胞决定因子(myogenic differentiation,MyoD)基因家族调控肌细胞分化和骨骼肌系统的发育成熟。为了更深入地认识与绵羊骨骼肌生长发育相关的调控基因的功能,作者从骨骼肌的结构特点入手,重点介绍MEF2与MyoD基因家族的结构与功能,以及非编码RNA对骨骼肌中基因表达的调控作用。 相似文献
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骨骼肌发育是一个复杂的过程,其中包括肌细胞的形成与增殖、肌管和肌纤维的形成及最后的成熟过程。骨骼肌生长发育直接影响到绵羊的生产性能。随着测序技术的发展,更多人尝试从基因层面来阐述骨骼肌发育过程中系统的调控网络,挖掘与肉品质、产肉性能等重要功能性状相关的分子标记。肌细胞增强因子2(MEF2)是控制肌肉基因表达的保守且功能显著的转录因子,在调节肌肉生成、神经发育与分化等方面起作用。成肌细胞决定因子(myogenic differentiation,MyoD)基因家族调控肌细胞分化和骨骼肌系统的发育成熟。为了更深入地认识与绵羊骨骼肌生长发育相关的调控基因的功能,作者从骨骼肌的结构特点入手,重点介绍MEF2与MyoD基因家族的结构与功能,以及非编码RNA对骨骼肌中基因表达的调控作用。 相似文献
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[目的]MEF2(moycyte enhancer factor 2,肌细胞增强因子)属于MADS转录因子家族,通过调控肌肉特异基因表达调节肌肉分化发育,在动物的生长发育过程中起重要的调节作用。鉴于其复杂的调控机制及重要的调控功能,有必要对该基因家族作更多的探索。[方法]利用GenBank提供的普通牛MEF2基因相关数据,应用生物学软件分析其理化性质,同时构建系统进化树。[结果]显示,MEF2在体内有多种蛋白形成存在,理化性质存在一定的差别,但是N端高度保守,第2-57位氨基酸肽段为MADS-box结构域,第58-77位氨基酸肽段为MEF2结构域;C端没有明显的功能域。翻译后修饰存在较多的磷酸化位点。[结论]系统进化树显示MEF2B蛋白在进化树上与无脊椎动物位于相同的进化分支上,可能较为原始。 相似文献
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《中国畜牧杂志》2017,(10)
研究以从江香猪、杜×长×大外三元杂交猪及贵州宗地花猪为研究对象,采用混合DNA池结合直接测序技术筛选猪MEF2D基因5'UTR及第1外显子区SNPs位点;同时利用生物信息学软件分析SNPs位点对核心启动子区、Cp G岛和转录因子结合位点的影响。结果表明:在猪MEF2D基因5'UTR区共筛查到4个SNPs位点,分别为A-511G、T-453A、T-242G和T-180A;生物信息学软件预测发现T-453A和T-242G位点附近有重要转录因子结合位点消失和新位点生成,据此推测猪MEF2D基因5'UTR区的T-453A和T-242G位点对调控启动子功能元件可能存在重要影响。 相似文献
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《中国畜牧杂志》2019,(12)
为研究MEF2C基因启动子区SNPs对屠宰性状的影响,本实验运用直接测序法筛选兴义鸭MEF2C基因启动子区的SNP位点,并分析其与屠宰性状的相关性。结果表明:在兴义鸭MEF2C基因启动子上存在8个SNPs位点,分别为T-190A、A-232G、A-285G、A-617T、G-1420A、A-1437C、T-1504G、A-1524G;生物信息学分析发现T-190A、A-232G、G-1420A突变位点周围HOXA4、GCN4、Pit-1a、IRF-1等重要转录因子结合位点消失,继而生成Oct-1、ICSBP 2个新的转录因子结合位点;关联分析结果表明,T-190A不同基因型个体的兴义鸭活重存在显著差异,G-1420A不同基因型个体的兴义鸭腿肌率具有显著差异。由此推断,T-190A、G-1420A位点可能对调控兴义鸭MEF2C基因启动子区功能元件有重要影响,且2个多态性位点可能为影响兴义鸭屠宰性状的重要功能性SNP。本研究结果将为进一步确定MEF2C基因功能提供试验基础。 相似文献
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本研究旨在克隆马身猪肌细胞增强因子2A（myocyte enhancer factor 2A,MEF2A）基因的不同剪接体类型。依据转录组测序对可变剪接的预测结果,试验扩增MEF2A基因第5~8外显子之间的编码区,用生物信息学软件分析了马身猪MEF2A基因不同剪接体的序列特性,预测保守结构域,构建系统进化树,比对不同物种MEF2A的氨基酸同源性。结果显示,获得了4个MEF2A基因的剪接体,MEF2A1的第5~8外显子正常剪接;MEF2A2缺失了第5外显子,第6外显子的5'端多出138 bp,第7外显子的3'端多出102 bp;MEF2A3缺失了第5外显子,第6外显子的5'端多出138 bp;MEF2A4第7外显子的3'端多出102 bp。插入的138 bp序列编码的蛋白质中存在1个保守结构域HJURP_C,这可能与MEF2A参与肝细胞纤维化作用有关。MEF2A1和MEF2A4与猪MEF2A1（GenBank登录号:NP_001090890.1）同属于一个亚群,同源性高达98.9%,MEF2A2和MEF2A3与猪MEF2A2（GenBank登录号:NP_001093168.1）同属于一个亚群,同源性分别为98.2%和98.9%。本试验成功克隆了4个MEF2A基因的剪接体,为进一步研究其蛋白功能奠定基础。 相似文献
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《中国畜牧杂志》2016,(11)
本研究以大白猪的基因组DNA为模板,通过混池测序鉴定PGRMC2基因启动子区的多态位点(SNPs),以分析该基因启动子区突变前后转录因子结合位点和Cp G岛的变化。运用生物信息学软件预测其核心启动子区域、转录因子结合及Cp G岛。结果表明:在220头大白猪个体中,检测到PGRMC2基因启动子区存在2个SNP位点,分别为C-1283 T和T-372 C。且这2个SNP均导致PGRMC2基因的转录因子结合发生改变。C-1283 T突变导致1个转录因子结合位点消失(即ASP-CYP21);T-372C突变导致1个转录因子结合位点消失(AP-1-DNA_polyme),9个新的转录因子结合位点产生(E1A-BS5、Trex/MEF3compo、E-box CS、Myo D-MCK-right、NFkappa E1site、NF-mu-E1CS、kappa-E2CS1、lambda5-site F、m TDT-site F等)。由此,推测SNPs可能对PGRMC2基因表达调控发挥重要作用。 相似文献
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牛MRFs基因家族研究进展 总被引：5，自引：0，他引：5
肌肉调节因子（MRFs）基因家族又叫生肌决定因子（MyoD）基因家族,该家族编码4种肌肉特异性转录因子,分别是MyoD、MyoG、Myf5和Myf6,它们是控制骨骼肌生成的关键调节因子,共同控制肌肉的生成。研究表明,这些肌肉特异性转录因子与肌肉生长和肉质有着密切的关系。近年来,该家族的基因已成为肉用动物研究的热点,在牛上已有一些研究,其中包括遗传变异及功能研究等。在此,本文对牛MRFs家族基因结构与基因定位,MRFs家族的功能,MRFs家族基因遗传多态性研究的现状及其在肉牛育种中的应用进行了综述。 相似文献
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Myocyte enhancer factor 2B (MEF2B) gene belonged to myocyte enhancer factor 2 (MEF2) gene family.They all widely expressed in muscle and nerve tissues of human and animals.It played an important role in the growth of muscle, development and differentiation of nerve system and liver fibrosis.This review mainly focused on the structural characteristics, tissue distributions, biological functions and research progress of MEF2B gene in human and animals. 相似文献
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MEF2C基因能够控制肌细胞分化过程中的基因转录,特别在骨骼肌、心肌和平滑肌中介导细胞的分化。本研究将猪 MEF2C 基因化学合成后经 Bam HI 和 Asc I 双酶切后克隆到慢病毒表达载体 pLen-ti6.3_MCS_IRES2-EGFP中,获得的重组质粒用限制性内切酶酶切分析和测序鉴定;利用慢病毒阴性对照侵染靶细胞C2C12来确定最佳MOI值以及靶细胞最适抗生素Blasticidin剂量。结果显示猪MEF2C基因成功克隆到慢病毒表达载体中;该重组质粒侵染靶细胞C2C12的最佳MOI值为300;靶细胞抗生素的筛选剂量为4μg/mL,维持剂量为3μg/mL上述试验为建立MEF2C稳定过表达细胞系提供了前期工作基础。 相似文献
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ZHANG Qi GUO Xiao-hong GAO Peng-fei JIN Yu-shu LI Meng CHENG Zhi-min ZHANG Ning-fang LE Bao-yu CAO Guo-qing LI Bu-gao 《中国畜牧兽医》2017,44(4):965-972
This study was aimed to clone the different splicing variants of myocyte enhancer factor 2A (MEF2A) gene in Mashen pig. According to the prediction results of the alternative splicing in the RNA-Seq sequencing, the coding region of MEF2A gene exons 5-8 were amplified. We analyzed the sequence characteristics of different splicing variants of MEF2A gene in Mashen pig, predicted conservative structure domain, constructed phylogenetic tree and compared the homology of MEF2A amino acid in different species by bioinformatics softwares. The results showed that 4 alternative splice variants of MEF2A gene were obtained. The exons 5-8 of MEF2A1 spliced normally. MEF2A2 lacked the exon 5, and the 5'end of exon 6 was 138 bp longer, the 3'end of exon 7 was 102 bp longer. MEF2A3 lacked exon 5, and the 5'end of exon 6 was 138 bp longer. The 3'end of MEF2A4 exon 7 of was 102 bp longer. The protein, encoded by inserted 138 bp sequence, contained a conserved domain-HJURP_C, which was the result of MEF2A participating in hepatocyte fibrosis. The MEF2A1, MEF2A4 and MEF2A1 of pig submitted in GenBank (accession No.NP_001090890.1) belonged to a subgroup, homology up to 98.9%. The MEF2A2, MEF2A3 and MEF2A2 of pig submitted in GenBank (accession No.NP_001093168.1) belonged to a subgroup, the homology was 98.2% and 98.9%, respectively. The successful cloning of 4 alternative splice variants of MEF2A gene laid the foundation for further study on the function of MEF2A protein. 相似文献
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本研究旨在对黔北麻羊肌细胞增强因子2D（myocyte enhancer factor 2D，MEF2D）基因的多态位点进行筛选及生物信息学分析。根据GenBank中山羊MEF2D基因序列（登录号：NC_030810），应用Primer Premier 5.0软件设计引物，运用混合DNA池结合PCR产物直接测序分析黔北麻羊MEF2D蛋白第2~6外显子序列多态性，构建系统进化树，并利用生物信息学软件对黔北麻羊MEF2D蛋白进行理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽和二级结构分析。结果显示，共筛选出3个SNPs：Exon3-G17617A、Exon5-C20180A和Exon5-C20259T。系统进化树分析显示，黔北麻羊和黄牛的亲缘性最近，与野猪和人的亲缘关系较近，与褐家鼠和小家鼠的亲缘关系较远。蛋白理化性质分析显示，黔北麻羊MEF2D蛋白理论等电点为7.74，亲水值最小为-2.867，疏水值最大为1.933，为非跨膜蛋白，无信号肽。二级结构显示，Exon5-C20180A突变导致黔北麻羊MEF2D蛋白质二级结构中α-螺旋和延伸链增加，β-转角和无规则卷曲减少。本研究成功筛选出黔北麻羊MEF2D基因多态位点，为研究黔北麻羊育种的分子遗传标记辅助选择奠定基础。 相似文献
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牦牛MEF2A基因克隆与差异性表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
MEF2A是一种由MEF2A基因编码的蛋白质,在心脏和平滑肌细胞的形态发生和肌细胞的生成过程中发挥关键作用。该研究运用RT-PCR技术并结合生物信息学分析方法,对西藏类乌齐牦牛MEF2A基因CDS区序列进行克隆及差异表达分析。结果表明:牦牛MEF2A基因CDS区全长1469 bp,共编码489个氨基酸。分子式为C 2263 H 3601 N 647 O 742 S 20,蛋白质分子量52385.58,总原子数为7273,理论等电点(pI)为6.27,消光系数为27515,不稳定指数60.68。脂溶系数和亲水性平均值分别是64.60、-0.604,该蛋白属于亲水性不稳定蛋白。蛋白质二级结构和三级结构预测结果显示,MEF2A蛋白主要由无规则卷曲、α螺旋和延长链在空间上折叠形成。牦牛MEF2A基因CDS区编码的氨基酸序列与普通牛、家猫、家犬、绵羊、小鼠、金钱豹、宽吻海豚、抹香鲸、美洲野牛、白犀、马、东北虎、猴的同源性分别为99.6%、96.1%、96.4%、99.6%、89.3%、96.8%、96.6%、96.8%、93.6%、97.2%、96.1%、96.3%、96.7%,该基因在不同物种高度保守。利用实时荧光定量PCR检测可知,MEF2A mRNA在牦牛臀肌、心脏、肝脏、肺脏中均有表达,且在臀肌中的表达优势较为显著(P<0.05)。研究结果为进一步探讨MEF2A基因对牦牛肌肉代谢调控的分子机制研究提供了理论依据。 相似文献
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鸭MyoG基因编码区的克隆及其在鸭心肌组织发育中的表达研究 总被引：2，自引：0，他引：2
肌细胞生成素(myogenin,MyoG)在胚胎发育中发挥作用,并能与在心脏发育过程中起重要作用的MEF2基因家族协同促进肌肉的分化,而其在心肌发育中的作用却鲜有报道。为研究其在胚胎心肌组织发育过程中的作用,本研究扩增了鸭MyoG基因CDS序列,并采用实时荧光定量PCR法检测了MyoG在鸭E10、E14、E18、E22、E27 d及出生后1周雏鸭(P7 d)心肌组织中共6个阶段的表达变化。基因扩增得到鸭MyoG基因CDS序列共684bp,编码227个氨基酸,预测其含有碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)结构域。结果表明:MyoG在鸭E10 d中的表达量最高,显著高于E14、E18、E22和E27 d(P0.05);E14 d与E18 d,E22 d和E27 d之间的表达差异不显著(P0.05);MyoG在鸭出壳前心肌组织中的表达量整体呈现下降趋势,出生后1周,表达量又明显上升,与E22 d和E27 d差异显著(P0.05)。MyoG在鸭心肌组织的发育中起作用,其机理可能是通过MyoG的bHLH结构域直接或以MEF2基因家族介导间接实现对心脏发育的调控。 相似文献