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基于贝叶斯统计的谷物胚乳性状QTL多区间作图方法 总被引：1，自引：0，他引：1
贝叶斯统计学已被广泛地应用在现代科学的各个研究领域。本研究将贝叶斯统计方法和谷物三倍体胚乳性状数量遗传模型相结合,以F2群体中各植株的分子标记基因型以及植株上若干粒自交种子胚乳性状的单粒观测值为数据模式,提出了胚乳数量性状基因座(QTL)多区间作图的贝叶斯方法。该方法首先构建胚乳性状的多区间多QTL遗传模型,然后通过基于Gibbs抽样和Metropolis-Hastings算法实现的马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)方法同时获得多个QTL效应和位置的估计。方法的有效性通过一条长染色体的模拟实验进行了验证,结果表明,本文提出的贝叶斯多区间方法能够准确地估计胚乳性状QTL的位置和效应,并可有效区分两种显性效应。 相似文献
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质量—数量性状的遗传分析 Ⅲ.受三倍体遗传控制的胚乳性状 总被引：20，自引：3，他引：17
将二倍体质量—数量性状的遗传分析方法推广应用于受三倍体遗传控制的胚乳性状。给出了加性—显性模型下有关胚乳世代的平均数和遗传方差的分量。以稻米胚乳的糊化温度（以碱扩散值表示,简记为ASV）为例演示了分析程序。结果表明被研究组合ASV的遗传涉及一个主基因和基干微基因。根据分离世代中胚乳ASV的株平均数和方差,可 相似文献
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籼稻米糊化温度的质量-数量遗传分析 总被引：20，自引：2，他引：18
应用胚乳性状的质量－数量遗传分析方法研究籼稻米糊化温度（ＧＴ）的遗传。结果表明：糊化温度为一典型的受三倍体遗传控制的质量－数量性状,由一个主基础和若干微基因共同控制;控制高、中和低糊化温度的主基因为一组复等位基因,主基因的么加性效应为主,显性效应小;微基因的遗传为异因组合和世代而异,约为主基因变异的１／１６至１／２。 相似文献
4.
基于株平均值的胚乳性状QTL作图的极大似然方法 总被引：6，自引：2，他引：4
根据三倍体胚乳性状的数量遗传模型,发展出一种新的专用于胚乳性状数量基因座位（QTL）区间作图的统计方法。该方法以分离群体中各植株的分子标记基因型以及植株上若干粒种子胚乳性状的平均值为数据模式,采用基于平均值混合分布理论的极大似然方法进行QTL分析。QTL效应估计通过EM算法实现。由于该方法利用标记基因型内QTL基因型的混合分布特性,因此,它比同样基于株平均值的最小平方QTL分析方法以及迭代重新加权最小平方QTL分析方法具有更高的统计功效和精确度。方法的可行性和有效性通过计算机模拟数据分析得到了进一步验证。 相似文献
5.
普通玉米主要营养品质性状的遗传效应分析 总被引：3，自引：0，他引：3
用13个普通玉米自交系按NCⅡ设计（7×6）研究了普通玉米主要营养品质性状的遗传效应。结果表明，普通玉米主要营养品质性状的遗传受种子二倍体胚、三倍体胚乳、细胞质和二倍体母体植株4套遗传体系的控制；主要品质性状4套遗传体系的效应值之间无太大的差异，蛋白质、淀粉和赖氨酸含量的胚遗传效应全部体现为胚加性遗传效应，而4种品质性状的胚乳遗传效应则全部由胚乳显性遗传效应构成；母体遗传效应主要表现为母体加性效应；遗传效应预测值表明亲本9636、99S2041-1-1-1和478在普通玉米品质改良中可能有一定的应用潜力。结果还发现，不同品质性状间存在不同程度的遗传相关，因此对这些性状进行间接选择或杂种优势利用均可取得一定的效果。 相似文献
6.
普通玉米子粒性状四类效应的遗传分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用二倍体胚和三倍体胚乳种子遗传模型及其分析方法,以５个玉米自交系及其间配制的Ｆ１,Ｆ２,ＢＣ１,ＢＣ２为材料,研究了５个玉米种子性状的胚直接效应、胚乳直接效应、母体效应和细胞质效应。结果表明,除粒宽外,各性状的遗传同时由质效应和胚、胚乳、母体基因效应所控制,丰粒重主要受胚乳和母体效应的影响,粒长的遗传以母体效应为主,粒宽和粒厚以胚乳效应为主。各部位子粒百粒重的胚乳直接加性效应与母体加性效应的协方差达显著或极显著水平,其余性状的胚、胚乳直接效应与母体效应间的协方差均不显著,通过母体植株的遗传表现可对这些性状进行有效的选择。在提高丰粒重的玉米育种中,以任一部位子粒百粒重作为选择标准可起到相同的选择效果,直接选择粒宽的分离类型有利于获得大粒的遗传材料。Ｓ２２是改良百粒重的优良亲本。 相似文献
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胚乳性状的遗传模型及其分析方法 总被引：39，自引：5，他引：34
提出分析谷类作物胚乳数量性状世代平均数的遗传模型。该模型把控制胚乳性状的总遗传效应G分解为胚乳直接效应Go、细胞质效应C和母体植株效应Gm。而Go又可分解为直接加性（A）和直接显性（D）遗传分量,Gm则可分解为母体则可分解为母体加性（Am）和母体显性（Dm）遗传分量。用MINQUE（0/1）法可以无偏地估算该模型中的直接遗 相似文献
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基于NC III和TTC设计的胚乳性状QTL区间作图方法 总被引：1，自引：1，他引：0
根据三倍体胚乳性状的遗传模型, 提出基于NC III以及TTC两种遗传设计的胚乳性状QTL作图新方法, 并通过计算机模拟数据, 对该方法的可行性和有效性进行了分析验证。模拟研究供试因素包括QTL遗传力、F2群体植株数和每家系混合样品测定的胚乳数。考察指标包括QTL的统计功效以及QTL位置和效应估计的准确度与精确度。结果表明, 2种设计均有较高的QTL统计功效, 在供试的大多数处理中, 即使QTL的遗传力只有5%, 其被发现能力也可达100%。两种设计均可有效区分胚乳QTL的各种遗传效应。基于TTC设计的胚乳QTL作图方法, 在QTL的统计功效、位置估计和效应估计上, 均优于NC III设计, 虽然这一优势随着QTL遗传力的提高以及样本容量的增大而有降低的趋势。 相似文献
9.
色稻直链淀粉含量的遗传研究 总被引：8，自引：2，他引：8
应用莫惠栋的胚乳遗传模型,以3个3~2世代设计和1个7×7双列杂交F_1代和F_2代设计研究色稻直链淀粉含量(AC)的遗传。结果表明:AC在F_1代和回交世代的正、反交之间差异显著,在F_2代正反交之间差异不显著,但出现广泛的遗传分离,证实AC是一个受三倍体核基因控制的胚乳性状,其遗传不存在细胞质效应和母体效应;模型测验符合加性——显性模型,显性作用和加性作用都重要,显性等位基因对AC起增效作用,隐性等位基因起减效作用。采用莫氏3N模型分析AC的遗传能克服以往采用Hayman 2N模型使显性度估计偏低的问题。为改良色稻AC,在杂交育种中应至少有一个亲本具有中等或低的AC,但在杂优利用中双亲最好都有中等AC。 相似文献
10.
高粱胚乳性状的遗传研究 总被引：1，自引：1，他引：1
本文报道了高粱胚乳3个性状的遗传研究结果.角质率属于多基因控制的数量性状,广义遗传力为42.12—94.64%,狭义遗传力为56.70—62.03%,与千粒重呈显著正相关,与穗粒重有正相关趋势.胚乳颜色受两对等位基因控制,F_1有色基因为显性,颜色深度则受有效基因累加作用的影响.糯性胚乳的遗传则受两对隐性基因支配,在F_1进行粒选可获得最佳选择效应. 相似文献
11.
利用汕优63重组自交系与双亲回交产生的BC1F1和BC2F1群体,采用新发展的包括环境互作效应在内的多遗传体系QTL作图方法和基因定位软件,对稻米两种半必需氨基酸（组氨酸和精氨酸）进行三倍体胚乳和二倍体母体植株等不同遗传体系的QTL定位分析。共检测到10个控制组氨酸含量的QTL以及8个控制精氨酸含量的QTL。全部QTL均具有极显著的三倍体胚乳和二倍体母体植株基因的加性主效应,其中4个QTL具有显著或极显著的三倍体胚乳显性主效应,7个QTL还具有明显的环境互作效应。 相似文献
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Pengfei Leng Milena Ouzunova Matthias Landbeck Gerhard Wenzel Thomas Lübberstedt Birte Darnhofer Joachim Eder 《Plant Breeding》2019,138(5):524-533
Improving maize starch content is of great importance for both forage and grain yield. In this study, 13 starch degradability traits were analysed including percentage of the seedling area, floury endosperm, hard endosperm of total grain area, percentage of the floury endosperm surface and vitreousness ratio surface hard: floury endosperm surface, etc. We mapped quantitative trait loci (QTL) in a biparental population of 309 doubled haploid lines based on field phenotyping at two locations. A genetic linkage map was constructed using 168 SSR (simple sequence repeat) markers, which covered 1508 cM of the maize genome, with an average distance of 9.0 cM. Close phenotypic and genotypic correlations were found for all traits, and were all statistically significant (p = 0.01) at two locations. Major QTL for more than two traits were detected, especially in two regions in bins 4.05–4.06 and 7.04–7.05, associated with 13 and 9 traits, respectively. This study contributes to marker‐assisted breeding and also to fine mapping candidate genes associated with maize starch degradability. 相似文献
13.
四向杂交设计QTL分析的极大似然方法 总被引：2，自引：0，他引：2
四向杂交（four-way cross）设计是指4个纯系亲本参与杂交衍生分离群体的一种交配设计。尽管国际上已经提出基于四向杂交设计的迭代重新加权最小平方（iteratively reweighed least squares，IRWLS）QTL作图方法，但该方法忽略了双侧标记基因型内QTL基因型的混合分布特性，当QTL位置和标记的位置不重合时作图精度较低。本文根据四向杂交设计的数量遗传模型，发展出基于四向杂交设计和混合分布理论的QTL作图的极大似然估计方法。首先利用染色体上所有标记基因型联合计算该染色体上任一假定位置QTL的条件概率，然后根据混合分布理论建立基于EM算法实现的QTL作图的极大似然估计方法。以计算机模拟数据研究了QTL遗传力、样本容量和分子标记信息含量3个因素对方法的影响，结果表明,（1）在QTL的被发现能力上，标记信息不完全的四向杂交设计仅略低于信息完全时的四向杂交设计；（2）随着QTL遗传力、样本容量和标记信息含量的增大，QTL位置以及效应估计值的准确度和精确度逐步提高。 相似文献
14.
15.
本研究以一个蝴蝶兰杂交组合Phal.462×Phal.20后代为材料,测定其后代群体中88个单株的叶长、叶宽和株幅,并基于已构建的AFLP分子连锁图谱,应用区间作图法对调控这3个性状的基因进行了QTL分析。统计分析结果表明,3个性状在群体中呈连续分布,具有数量性状的典型特征,叶长与株幅之间存在极显著正相关。QTL分析结果表明,在父本中共检测到QTL60个,分布于8个连锁群上,包括控制叶长性状的QTL20个,控制叶宽性状19个,控制株幅性状21个;各QTL的LOD值在3.05～14.78之间,可解释44.1%～89.4%的表型变异。在母本中共检测到QTL28个,分布于五个连锁群上,包括控制叶长性状10个,控制叶宽性状8个,控制株幅性状10个;各QTL的LOD值在3.1~9.24之间,可解释57.7%~76.3%的表型变异。这是蝴蝶兰上首个QTL分析研究,可为今后蝴蝶兰的基因克隆与分子标记辅助育种等提供基础。 相似文献
16.
构建数量性状基因图谱的统计方法 总被引：11，自引：1，他引：11
随着分子生物学研究的迅速发展和人类基因组统计的深入，数量遗传学在数量性状基因（ＱＴＬ）的定位方面正在经历着一场深刻的变化。人类和动、植物基因组计划的早期成果之一，就是建立人类以及实验、家养动物和栽培植物的遗传连锁图、利用这些连锁图，可以对许多ＱＴＬ进行单个分离测定和定位。许多复杂疾病和具有重要农 生物学意义的性状都属于数量性状。在ＱＴＬ定位的研究中，统计分析起着很重要的作用。近年来有许多新的统计方 相似文献