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1.
本文分析了梅奇酵母属Metschnikowia chrysoperlae JA30与其同属已知菌种的属内种间系统发育关系。提取M.chrysoperlae JA30的基因DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定。采用BLAST方法将内转录间隔区(ITS)序列在GenBank中进行同源搜索,运用邻接距离距阵法,建立梅奇酵母属共33种的ITS序列的系统发育树,并探讨了其亲缘关系。结果表明,梅奇酵母属的M.chrysoperlae、M.pulcherrima、M.fructicola在ITS基因序列上的差异表现为种内变异水平,这与传统分类的结论存在分歧。 相似文献
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采集巨桉林下马勃子实体,培养其菌丝体,提取子实体及菌丝体基因组DNA,进行rDNA-ITS区序列的扩增、克隆和序列测定,并对rDNA-ITS不同区域作序列分析,首次构建马勃的系统发育树.结果表明:野外采集获得马勃子实体l0种,其中成功培养6种,测序结果表明马勃rDNA-ITS区长度在607～766 bp之间,系统发育分析表明硬皮马勃属(Scleroderma)与豆包菌(Pisolithus)亲缘关系较近,秃马勃属(Calvatia)、马勃属(Lycoperdon)及横膜马勃属(Vascellum)之间亲缘关系较近,ITSl-5.8S rDNA-ITS2区可建立马勃类真菌属间系统发育树,ITS2区可用于建立马勃类真菌属内系统发育树,3个待定种硬皮马勃Scleroderma sp.11-1,Scleroderma sp.2-2和Scleroderma sp.5-2为金黄硬皮马勃(S.aurantium)的可能性较大.此研究可为探讨巨桉人工林下外生菌根种类与作用机制、马勃分类系统学及菌丝体的开发研究奠定基础. 相似文献
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在青篱竹属Arundinaria 系统分类中由于对该属的形态分类标准取舍不一,至今仍存在着严重的意见分歧。本文采用PCR 扩增产物直接测序的方法分析青篱竹属Arundinaria 及近缘属(如苦竹属Pleioblastus、矢竹属Pseudosasa、少穗竹属Oligostachyum、巴山木竹属Bashania、肿节竹属Clavinodum 等)有关争议属的代表种或模式种(毛竹为外类群)等18 种竹种的核糖体DNA ITS 区段序列和叶绿体DNA trnL-F 序列。分别对ITS 序列、trnL-F 序列和ITS 与trnL-F 的组合序列进行系统发育分析。结果表明,和trnL-F 区段序列相比,核糖体DNA ITS 区段序列有较高的系统发育信息位点。通过最简约分析产生的ITS 树、trnL-F 树和ITS 与trnL-F 的组合序列树表明,所得树形基本相似。供试竹种(斑苦竹A. oleosa、仙居苦竹A. hsienchuensis、茶秆竹A. amabilis、长叶苦竹A. chino、苦竹A. amara、宜兴苦竹A. yixingensis、菲白竹A. fortunei、翠竹A. pygmaea、大明竹A. gramineus、巴山木竹A. fargesii、冷箭竹A. faberi、凤竹A. hupehense、鼓节矢竹P. japonica cv. Tsutsumiana、矢竹P. japonica、短穗竹B. densiflorum、肿节竹A. oedogonata、少穗竹A. sulcata)形成一个单系类群,且分为2 个不同的分支。图3 表2 参11。 相似文献
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采用传统形态学分类法与 ITS（Internal transcribed spacer）序列分析法对采自湖北省恩施地区的2株野生真菌（样本编号: HBES1003、HBES1096)）进行分类鉴定与系统发育分析。依据其形态特征初步鉴定该2株菌株为绒盖牛肝菌属 (Xerocomus)菌种。为进一步确定鉴定的准确性和科学性学,对2株菌株样本的ITS全区序列进行PCR扩增测序,并在NCBI数据库中进行Blast比对,采用 NJ(Neighbor-Joining)邻接法构建出系统发育树,通过探究其与已知菌种的相关性进行分析鉴定。结果表明:样本HBES1003为绒盖条孢牛肝菌Xerocomus subtomentosus,样本HBES1096为黑斑绒盖牛肝菌Xerocomus nigromaculatus。 相似文献
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首先对猴头菌菌株CBI进行培养特性观察,表明菌株能产生较多的厚垣孢子;对其ITS序列进行扩增(GenBank登录号为GU584100),并与猴头菌属5个种的17个不同地域菌株进行基于ITS序列的系统发育分析,结果表明菌株CB1与猴头菌同种其他菌株遗传距离较近并聚类在一起.明确该菌株的分类地位后,对其进行木质素降解酶系统的检测,结果表明猴头菌可产生锰过氧化物酶(MnP)和漆酶(laccase),但不产生木质素过氧化物酶(LiP).MnP和漆酶的酶活性变化是有规律的,Mn2是猴头菌产生MnP的必要因子,而漆酶的产生则不受该条件的制约.在含Mn2+的LNAS培养基中加入木屑为底物的条件下,猴头菌MnP最大酶活性为45.56 U·L-1,漆酶最大酶活性为61.85 U·L-1. 相似文献
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柳属植物ITS序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
本文分析了垂柳、曲枝垂柳、旱柳和龙爪柳以及其他柳属植物属内种间系统发育关系。提取垂柳、曲枝垂柳和龙爪柳基因组DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定。采用BLAST方法将植物内转录间隔区(ITS)序列在GenBank中进行同源搜索,应用邻接距离距阵法,建立柳属共19种的ITS序列的系统发育树,并探讨了其亲缘关系。结果表明,垂柳、曲枝垂柳、旱柳和龙爪柳应属于同一种,其关系为种内变异水平,与经典分类方法中垂柳与旱柳为两个不同种存在分歧。 相似文献
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《内蒙古林业调查设计》2021,(2)
文章对泰国清迈蘑菇属真菌进行rDNA ITS区段序列测定和序列特征比较分析,并基于ITS序列进行核酸数据库GenBank同源性检索比对,最终构建系统发育树,旨在为从分子水平上探讨蘑菇属真菌的系统发育、亲缘关系和遗传多样性提供参考。 相似文献
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《西部林业科学》2015,(2)
提取刚竹属中毛金竹、毛竹、龟甲竹、人面竹、紫竹、白哺鸡竹、黄槽竹、芽竹、蓉城竹、红壳雷竹、假毛竹、金竹、黄纹竹等13个竹种的DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列以及maturase K(mat K)序列进行PCR扩增和序列测定。构建了与其亲缘关系接近的刚竹属6个种、牡竹属3个种共22个竹种基于ITS序列的系统发育树和刚竹属7个种、牡竹属3个种共23个竹种基于mat K的系统发育树,并探讨了其亲缘关系。结果显示,实验所用的大部分竹种分类结果与传统分类类似,但黄纹竹、毛竹与其他刚竹属竹种的遗传距离较远,却与牡竹属的竹种聚类,与传统分类相左。通过测序分析认为其为杂种的可能性较高,并由此推测杂种的存在是造成竹子分子分类困难的一大原因。 相似文献
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张妍 《内蒙古林业调查设计》2020,43(2):96-99,75
文章对采集到的一株野生大型真菌子实体进行了菌种分离,并对获得的菌丝进行了rDNA ITS序列分析。结合形态鉴定,对分离株r DNA ITS片段进行PCR扩增,扩增产物长度为649 bp,登录NCBI与GenBank中已知的菌种进行Blastn比对,序列相似性在99%~91%之间,下载相似性高的菌种的ITS序列,通过ClustalW进行序列比对,MEGA5.2构建系统发育树,通过树图分析,鉴定出分离的菌株为紫丁香蘑纯菌种。然后,对紫丁香蘑液体菌种培养进行了初步探索,其中配方3生长速度最快,适宜紫丁香蘑液体菌剂培养。 相似文献
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利用聚合酶链式反应(PCR)技术从毕赤树干酵母的基因组中扩增得到木糖还原酶基因xyl 1和木糖醇脱氢酶基因xyl 2,它们分别或同时与高拷贝型酵母表达载体YEp 24重组,再经醋酸锂转化酿酒酵母,得到了3种不同类型的重组酵母菌株,其中重组酿酒酵母菌株NLR04可利用单一的木糖为碳源进行生长,并能够在微氧或厌氧环境中缓慢发酵木糖生成乙醇,乙醇得率可达到理论得率的37.0%.该研究可为微生物的木糖代谢工程提供种质资源.检测结果表明,与毕赤树干酵母不同,在重组酿酒酵母中木糖还原酶基因以组成型表达,而木糖醇脱氢酶基因在某种程序上受木糖的诱导.与毕赤树干酵母相比,重组酿酒酵母菌株中的木糖醇脱氢酶的比活力明显较低,这说明在Sc NLR04中该基因的表达存在某些抑制作用,这一缺陷可能是重组酵母菌株发酵木糖的瓶颈之一. 相似文献
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通过对浦竹仔红秆变异个体基因组DNA的提取、rDNA ITS片段的扩增、回收及测序,分析了其rDNA ITS序列,构建了系统发育树。结果表明,供试竹种与Genbank中记录的浦竹仔ITS全长序列相似度为99%,与同属的中华大节竹、酸竹属的酸竹、少穗竹属的少穗竹亲缘关系较近,其遗传距离为0.007和0.010。RNA二级结构模拟分析显示,各参试竹种之间5.8s RNA变异极微小,主要的遗传变异均集中在ITS1-ITS2非编码序列中。由此可以推论该竹种产花色苷性状并非种属差异导致,为样本收集地环境因子诱发基因突变所致。 相似文献
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通过对浦竹仔红秆变异个体基因组DNA的提取、rDNAITS片段的扩增、回收及测序,分析了其rDNAITS序列,构建了系统发育树。结果表明,供试竹种与Genbank中记录的浦竹仔ITS全长序列相似度为99％,与同属的中华大节竹、酸竹属的酸竹、少穗竹属的少穗竹亲缘关系较近,其遗传距离为0．007和0．010。RNA二级结构模拟分析显示,各参试竹种之间5．8sRNA变异极微小,主要的遗传变异均集中在ITSl-ITS2非编码序列中。由此可以推论该竹种产花色苷性状并非种属差异导致,为样本收集地环境因子诱发基因突变所致。 相似文献
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真菌ITS区序列结构及其应用 总被引：15，自引：0，他引：15
分析了真核生物以及原核生物核糖体基因内部转录间隔区序列结构.核rDNA的内转录间隔区ITS序列包含被5.8S rDNA所分隔的ITS1和ITS2两个片段.列举了根据真菌ITS区序列设计的扩增通用引物与特异引物.在此基础上,综述了真菌ITS序列结构在种间亲缘关系研究、植物病原真菌的检测、未知病原真菌的鉴定、近似种或疑难种的确定等方面的应用. 相似文献
16.
利用RAPD分子标记研究酵母菌的亲缘关系 总被引：5，自引：0，他引：5
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)分子标记对6个属的21个酵母菌株的基因组DNA的多态性进行了研究,并采用聚类分析法评价它们之间的亲缘关系.研究表明,RAPD能够检测出酵母种内微小的遗传学差异,以其特征谱带作为酵母菌种鉴定的特征标记.聚类分析结果显示,休哈塔假丝酵母与热带假丝酵母之间亲缘较近,遗传距离为0.114,它们与毕赤树干酵母之间遗传距离为0.493;粟酒裂殖酵母与卡斯伯酒香酵母的亲缘关系较近,遗传距离为0.322;嗜单宁管囊酵母与克鲁斯假丝酵母间的亲缘较近,遗传距离为0.383,它们与酿酒酵母间的遗传距离达到0.443,与产朊丝酵母聚类的遗传距离是0.471.除假丝酵母属外,大多数酵母属、种间的分类结果与经典形态学分类结果相符. 相似文献
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ITS sequences of ten kinds of plants of Lespedeza and an out group were obtained by primer design PCR, sequencing and cluster analysis. The results show that ITS1 section length was 228–243 bp, 5.8S sequence length was 165 bp which was very conservative; ITS2 section lengths varied from 215 to 220 bp and the conservative sites occupied 88.1%. Phylogenetic analysis of ITS sequences using PAUP 4.0 software and their genetic relationship were discussed. 相似文献
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从毛乌素沙地采集的10份土样中共分离到细菌320株,将分离到的细菌菌株与兰花炭疽病病原菌胶胞炭疽菌进行生长对峙试验.初筛获得拮抗菌57株.复筛后得到筛选自毛乌素沙地土壤生物结皮样品的5A5-3对病原菌具有较高的抑菌活性.对其进行形态特征观察和生理生化试验及16S rDNA序列相似性分析,结果表明:菌株5A5-3与Bacillus velezensis标准菌株(CR-502,AY603658)的16S rDNA序列相似度达100％,最终将菌株5A5-3鉴定为Bacillus velezensis. 相似文献
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Pyrofomes demidoffii is a basidiomycetous fungus that causes a white heart rot in living junipers (Juniperus spp.). Morphological characters and genetic variation in species of Pyrofomes were investigated for specimens from Ethiopia, Tanzania, Macedonia, USA and Costa Rica. In addition, the behaviour of isolates from Ethiopia was studied in vitro. The Ethiopian specimens had relatively larger basidiospores than collections from other countries and showed a high sequence similarity in the ITS region of rDNA sequences with most of strains evaluated in this study (95–100%), but only 89–92% with P. demidoffii from the USA. Phylogenetic analysis of ITS‐5.8S rDNA sequences resulted in two well‐supported (99–100% bootstrap value), separate clades of P. demidoffii. Deeper branches were less well supported (bootstrap < 90%), but the two geographically and phylogenetically separated clades within P. demidoffii may still represent sister groups. For Ethiopian strains, the temperature optimum was between 20 and 25 °C and the pH optimum was around 5.0. A phylogenetic study with additional genetic markers and with a more representative collection of samples is needed. 相似文献
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试验从樱桃根围采集根际土壤样品,采用MRS培养基和改良麦氏培养基,分别在28℃、37℃备件下培养2～3d,进行分离,利用系列稀释涂布平板筛选出分离物DY-3和DY-4。根据茵体形态、茵落形态观察和生理生化试验结果,结合18S或16SrDNA序列的测定,将DY-3鉴定为酿酒酵母菌（Saccharomycescerevisiae）,DY-4鉴定为干酪乳杆菌（Lactoba—cilluscasei）。测其解磷解钾能力,酿酒酵母茵DY一3有较好的解钾能力,干酪乳杆菌DY～4有较好的解磷能力。因此,该研究筛选的2菌株可望进一步研究开发成为微生物肥料的生产菌种。 相似文献