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梅花EST SSR与Genomic SSR的比较研究 总被引：1，自引：0，他引：1
利用EST-SSR与Genomic-SSR标记技术对中国12个梅花品种的遗传多样性进行比较分析。结果表明,EST-SSR检测到的等位基因数、有效等位基因数、Shannon指数和PIC指数的平均值分别是3.9、2.4、0.9和0.4;Genomic-SSR检测到的等位基因数、有效等位基因数、Shannon指数和PIC指数的平均值分别是6.0、4.1、1.5和0.7,聚类结果表明,EST-SSR和Genomic-SSR均能有效鉴别所有的品种材料。这为梅花SSR分子标记的开发和应用奠定基础。 相似文献
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为鉴定新引进柱花草种质的遗传背景和亲缘关系,提高柱花草种质的利用效率,利用23个SSR标记对新引进的31份柱花草种质和4个柱花草栽培品种进行了遗传多样性分析。结果表明:23个SSR标记在35份柱花草种质间均具有多态性,共检测到等位基因134个,每个标记可检测到3~11个等位基因,平均为5.83个;每个SSR标记的多态性信息含量在0.515~0.845之间,平均为0.703。聚类分析和主成分分析结果表明,35份供试柱花草种质可分为5类,其中Ⅲ类和V类与4个柱花草栽培品种的遗传关系较远。 相似文献
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杨树Genomic-SSR与EST-SSR分子标记遗传差异性分析 总被引：5，自引：1，他引：4
利用16个杨树无性系对Genomic-SSR和EST-SSR两种SSR标记的遗传差异性进行分析。统计分析结果表明,Genomic-SSR平均检测到的等位基因数为4.1、Shannon指数为1.0646、观测杂合度为0.4427、期望杂合度为0.5523;EST-SSR平均检测到的等位基因数为2.8、Shannon指数为0.6985、观测杂合度为0.2330、期望杂合度为0.4684。聚类分析结果显示,EST-SSR相对Genomic-SSR能更精准地鉴别基因型。研究结果表明,在标记多态性及基因型鉴别等方面EST-SSR与Genomic-SSR均具有显著的遗传差异性。通过对两种分子标记遗传差异的比较分析,可为合理利用SSR标记进行物种遗传多样性等相关研究提供依据。 相似文献
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甜瓜种质资源多样性的SSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用EST-SSR标记对59份甜瓜(Cucumis melo L.)种质资源的遗传多样性进行研究。结果表明,46对EST-SSR标记中有23对扩增出多态性,EST-SSR标记的多态性信息含量(Polymorphic information content,PIC)值的分布范围为0.239~0.588,平均值为0.386;46个标记共检测到54个多态性位点,种质两两之间的简单匹配(Simple matching,SM)系数范围为0~0.981;聚类结果表明,在相似系数为0.19处,59份甜瓜种质可以分为2类。 相似文献
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对豌豆表达序列标签-微卫星(EST-SSR)分子标记在蚕豆中的通用性与应用进行研究,以期为蚕豆开发出新的分子标记.结果表明:163对豌豆EST-SSR引物中有99对可在蚕豆中获得有效扩增,其中36对引物呈现明显的多态性,共检测到等位位点148个,平均每个位点的等位基因变异数为4.1个;各多态性引物的多态信息量(PIC)值变化范围为0.035到0.810,平均PIC值为0.483 4;实际观察杂合度(HO)变化范围为0.000 1到0.700 0,平均值为0.210 3;期望杂合度(HE)变化范围为0.035 7到0.845 2,平均值为0.538 8;主成分分析与非加权配对算术平均法(UPGMA)聚类分析表明,30份蚕豆种质资源可明显分成2大类群.以上结果表明,本研究所开发的豌豆EST-SSR标记在蚕豆上具有通用性和多态性,可为今后蚕豆遗传多样性、种质资源保存、比较作图和分子标记辅助育种提供新的研究依据. 相似文献
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用EST-SSR标记评价21份黄瓜种质的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
采用15对EST-SSR引物对21份不同生态类型(华北型、华南型、欧洲温室型和野生种)的黄瓜种质进行了分析,共检测到65个等位基因,平均4.33个,多态性信息量(PIC)值变幅0.177 ～0.748,平均值为0.470,表明12对引物具有高度或中度多态性.NTSYS软件聚类分析表明,21份黄瓜种质可分为2大类,外来种... 相似文献
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本研究以118个分子标记在108份萝卜种质中进行筛选，得到56个带型清晰、多态性好的标记用于亲缘关系分析。用这56个标记共扩增出130条多态性条带，每个标记2～5条，平均2.3条；观测等位基因数的平均值为2.3214,有效等位基因数的平均值为1.8643,Nei基因多样性指数的平均值为0.4573,Shannon多态性指数的平均值为0.6766,PIC值介于0.29～0.55之间。UPGMA聚类和PCA分析结果较为一致，在遗传相似系数为0.61处可将108份种质分为4大类，黑皮白肉萝卜、樱桃萝卜、心里美类型萝卜种质各聚为一类，其余种质聚为一类，表明萝卜种质亲缘关系与肉质根皮色、肉质色、大小的联系较密切。 相似文献
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基于SSR标记的茶树新品种遗传多样性分析及指纹图谱构建 总被引：1，自引：0，他引：1
采用EST-SSR标记对14个茶树新品种进行了遗传多样性分析和分子指纹鉴定。结果表明:10个SSR标记在14个品种中共检测到29个等位基因,平均每个标记2.9个,PIC和遗传多样性指数平均值分别为0.387和0.756,参试品种中多态性适中。不同等位基因的出现频率有较大差异,其变异范围在3.57%~89.29%。参试品种的Nei′s遗传距离(D)在0.036~0.472之间,当D=0.12时,可将14个茶树品种聚为三类。利用4个核心标记即可区分全部14个品种,并根据获得的等位基因带型,构建了各个品种的分子指纹图谱。 相似文献
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为探究太子参种质资源的遗传多样性及亲缘关系,采用简单重复序列区间多态性（ISSR）和随机扩增多态性（RAPD）标记对来自不同产地的10个太子参种质进行遗传多样性分析。结果表明,13条ISSR引物和16条RAPD引物在10个太子参种质中分别获得101、89个扩增位点。其中多态性位点数（NPL）分别为58、63个,多态性位点频率（PPL）分别为57.37%、70.32%。基于ISSR标记的太子参种质间的观测等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Nei’s遗传多样性指数（H）和Shannon’s多态性指数（I）的平均值分别为1.573 7、1.344 3、0.353 2、0.529 7。基于RAPD标记的太子参种质间的Na、Ne、H和I的平均值分别为1.703 2、1.418 1、0.354 9、0.532 1。综合2种标记的GS为0.668～0.911。综合2种标记的聚类结果表明,当GS为0.780时,10个太子参种质可聚为4组,聚类分析结果与太子参种质的地理分布有明显的相关性。 相似文献
10.
基于SSR标记的楸树遗传多样性及核心种质构建 总被引：1，自引：0，他引：1
利用SSR标记对192个楸树种质资源进行遗传多样性和亲缘关系研究。试验筛选出13对引物对192份供试材料进行扩增,共获得89个等位基因位点,有效等位基因平均为3.795 9,Shannon’s多样性指数平均值为0.506 6;Nei’s遗传多样性平均值为0.667 7。用MEGA6.0软件对192份楸树材料进行遗传距离分析,通过聚类分析构建出供试材料楸树种质资源间的聚类图。利用SSR分子标记,采用多次聚类结合位点优先的取样策略,比较了样本数不同的4个核心样本群的等位基因数、有效等位基因数、Shannon’s指数和Nei’s遗传多样等参数,初步构建了192份楸树种质材料的46份核心种质。核心种质保留了初始种质23.96%的样品。 相似文献
11.
苹果部分种质资源分子身份证的构建 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】以国家果树种质兴城梨、苹果圃保存的131份苹果地方品种、育成品种及其野生近缘种为试材,利用TP-M13-SSR标记构建苹果种质分子身份证。【方法】基于TP-M13-SSR指纹图谱,筛选可以将苹果种质区分的引物组合,并对其等位基因进行编码建立种质分子身份证。【结果】（1）从131份材料中随机选取两份材料,对第一次PCR条件进行优化和引物筛选,从32对合成引物中筛选出16对稳定性高和重复性好的TP-M13-SSR引物用于131份苹果属植物指纹图谱构建。（2）16对SSR引物在供试种质间共检测出等位基因326个,每对引物平均检测到等位基因数为20.3个。CH05d04对种质扩增的等位基因数最多为49个,位点期望杂合度最高为0.878;其次是CH01f07a为48个。利用PopGen32软件计算引物的多态性信息含量,16对引物的平均多态性信息含量为0.7558。16对SSR引物可区分供试苹果种质资源数量从11份到71份不等,平均每对SSR引物可区分49份苹果种质,区分率为8.09%-52.21%。其中对苹果种质区分率最高的是CH01f07a,最低的为BGT23b。（3）根据引物扩增的多态性信息含量和对苹果种质的区分率,将两者均较高的引物CH05d04、CH01f07a、CH03d07、CH04e03、CH04h02和CH04g07两两组合,CH04h02和CH01f07a引物组合分辨率最高,可以区分120份苹果种质。继续增加组合中引物数量,在增加到3对引物时,即可将全部苹果种质区分开来。（4）把可以将全部供试苹果种质资源材料全部区分的3对核心引物CH04h02、CH05d04和CH01f07a获得等位基因按照从大到小的顺序排列,并用阿拉伯数字从01开始赋值;将每份材料在3个位点获得的等位基因按照赋值数字编码获得每份供试材料独有的字符串,利用条码技术将每对引物的分子身份证转化成可被机器快速扫描的条码分子身份证。【结论】依据引物扩增的多态性信息含量和对苹果种质的区分率,筛选核心引物组合,区分全部供试苹果地方品种、育成品种及其野生近缘种质资源,并基于指纹图谱构建其可被机器快速识别的分子身份证,使每份种质具有可辨的分子身份证,达到利用最少、最特异引物区分最多苹果种质的目的。 相似文献
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Simple sequence repeat (SSR) markers have been shown to be a powerful tool for varieties identification in plants. However, SSR fingerprinting of sweetpotato varieties has been a little reported. In this study, a total of 1294 SSR primer pairs, including 1215 genomic-SSR and 79 expressed sequence tag (EST)-SSR primer pairs, were screened with sweetpotato varieties Zhengshu 20 and Luoxushu 8 and their 2 F1 individuals randomly sampled, and 273 and 38 of them generated polymorphic bands, respectively. Four genomic-SSR and 3 EST-SSR primer pairs, which showed good polymorphism, were selected to amplify 203 sweetpotato varieties and gave a total of 172 bands, 85 (49.42%) of which were polymorphic. All of the 203 sweetpotato varieties showed unique fingerprint patterns, indicating the utility of SSR markers in variety identification of this crop. Polymorphism information content (PIC) ranged from 0.5824 to 0.9322 with an average of 0.8176. SSR-based genetic distances varied from 0.0118 to 0.6353 with an average of 0.3100 among these varieties. Thus, these sweetpotato varieties exhibited high levels of genetic similarity and had distinct fingerprint profiles. The SSR fingerprints of the 203 sweetpotato varieties have been successfully constructed. The highly polymorphic SSR primer pairs developed in this study have the potential to be used as core primer pairs for variety identification, genetic diversity assessment and linkage map construction in sweetpotato and other plants. 相似文献
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Development of Soybean EST-SSR Markers and Their Use to Assess Genetic Diversity in the Subgenus Soja 总被引：1，自引：0，他引：1
LIU Yu-lin LI Ying-hui ZHOU Guo-an Uzokwe N CHANG Ru-zhen CHEN Shou-yi QIU Li-juan 《中国农业科学(英文版)》2010,9(10):1423-1429
Developing expressed sequence tag-derived SSR （EST-SSR） markers is imperative in genetic research. In this paper, we reported 37 EST-SSR markers which were developed from 286 unigenes obtained from soybean cDNA library. Among the 286 markers designed for the 4 accessions of Glycine max and 6 of its wild progenitor （G. soja） within the subgenus Soja, 209 markers amplified DNA fragments, taking 73.1% and 37 markers appeared to be polymorphic, which was 12.9% of the total. The 37 loci detected a total of 142 alleles, while the PIC values varied from 0.194 to 0.794. Both the number of alleles per locus and PIC value were significantly related to the SSR motif. Six EST-SSR loci may be fixed for different alleles between G. max and G. soja since they were particularly polymorphic among the 6 G. soja accessions. A neighbor-joining tree placed the G. max accessions together as a group within the G. soja, though the average genetic distance among G. soja accessions was much higher. These new EST-SSRs markers will be useful for genetic diversity analysis, genetic mapping construction and gene discovery in Soja subgenus. 相似文献
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为了评价新疆小麦地方品种的遗传多样性,利用42对SSR引物对75份新疆小麦地方品种进行遗传多样性分析。结果表明：在75份地方品种中42个SSR位点共检测到317个等位变异,等位变异变化范围为2~15个,平均7.55个;多态性信息指数(PIC值)变化范围为0.169~0.905,平均0.696。基因组的平均等位变异是D＞B＞A,遗传多样性指数为B＞D＞A。聚类分析表明75份供试新疆小麦材料可划分为3大类8亚类,聚类结果与材料的生态型密切相关,冬小麦地方品种和春小麦地方品种分别归属不同的类或亚类,春小麦地方品种的遗传多样性高于冬小麦地方品种,同时也反映了一定的地域特性。总之,新疆小麦地方品种具有丰富的遗传多样性,可用以拓宽育成品种的遗传基础。 相似文献
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图们江下游地区野生大豆遗传多样性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
利用9对多样性较高的SSR引物分析来自图们江下游地区的36份野生大豆材料的遗传多样性．结果表明,36份材料中,共检测到111个等位基因,每对引物检测出5（8att141）～16个（Satt157）,平均每个位点12．3个,平均多态性信息含量（PIC）为0．821,说明图们江下游沿岸的野生大豆具有比较丰富的遗传多样性．聚类分析结果表明,SSR分子标记的结果与品种的地理来源及特性有一定的联系． 相似文献
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JIANG Shu-kun HUANG Cheng ZHANG Xi-juan WANG Jia-yu CHEN Wen-fu XU Zheng-jin 《中国农业科学(英文版)》2010,9(12):1697-1704
To select highly informative microsatellite markers （SSRs） and establish a useful genetic SSR framework for rice genotyping, 15 rice （Oryza sativa L.） cultivars including six indica varieties and nine japonica varieties were used to analyze the polymorphism information content （PIC） value of 489 SSR markers. A total of 1 296 alleles were detected by 405 polymorphic markers with an average of 3.2 per locus. The PIC value of each chromosome was ranged from 0.4039 （chromosome 2） to 0.5840 （chromosome 11）. Among the two rice subspecies, indica （0.3685-0.4952） gave a higher PIC value than japonica （0.1326-0.3164） and displayed a higher genetic diversity. Genetic diversity of indica was high on chromosome 12 （0.4952） and low on chromosome 8 （0.3685）, while that for japonica was high on chromosome 11 （0.3164） and low on chromosome 2 （0.1326）. A SSR framework including 141 highly informative markers for genotyping was selected from 199 SSR markers （PIC〉0.50）. Ninety-three SSR markers distributed on 12 chromosomes were found to be related to indica-japonica differentiation. Of these 93 pairs of SSR primers, 17 pairs were considered as core primers （all the japonica varieties have the same specific alleles, while the indica varieties have another specific alleles）, 48 pairs as the second classic primers （all the japonica or indica varieties have the same specific alleles, while the indica or japanica varieties have two or more other specific alleles ） and 28 pairs as the third classic primers （all the japonica and indica varieties have two or more alleles, but the specific alleles are different between japonica and indica）. Thirty-two SSR markers were selected to be highly informative and useful for genetic diversity analysis of japonica varieties. This work provides a lot of useful information of SSR markers for rice breeding programs, especially for genotyping, diversity analysis and genetic mapping. 相似文献
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为揭示裸大麦育成品种与种质资源材料的遗传结构,利用反转录转座子标记(反转录转座子-微卫星扩增多态性,REMAP;反向反转录转座子扩增多态性,IRAP)与简单重复序列(SSR)标记,分析63份裸大麦的遗传多样性。IRAP、REMAP、SSR标记分别检测到315、143、38个等位变化,变异范围分别为9~58、7~25、2~4个,平均每对引物检测24.23、14.30、2.38个等位变化。REMAP和IRAP单一标记多态性位点贡献率高于SSR标记。反转录转座子标记揭示材料间遗传相似性系数(GS)为0.452~0.937,平均为0.674,在GS值0.620水平上将63份材料分为2大类,分别包含20份和43份材料。SSR标记结果显示材料间GS为0.351~0.973,平均为0.716,在GS值0.620水平上将63份材料区分为2大类,分别包含2份和61份材料。反转录转座子标记聚类结果在GS值0.740水平上能区分西藏野生资源和栽培资源,但SSR标记不能有效区分这2类材料。反转录转座子标记的主坐标及群体结构分析结果与GS聚类分析结果一致性较高;SSR标记群体结构与主坐标分析、GS聚类分析结果存在明显差异。本研究表明,裸大麦材料遗传背景简单,亚类间缺少基因交流,反转录转座子标记在裸大麦品种亲缘关系鉴定中有一定的优势。反转录转座子标记与SSR标记的协同使用可为裸大麦遗传多样性分析、种质鉴定及亲本选配揭示更多有用信息。 相似文献
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用高基元微卫星标记分析中国糜子遗传多样性 总被引：7，自引：3，他引：7
【目的】开发高基元(4—6)碱基重复微卫星标记,分析种质资源遗传多样性,为糜子遗传和进化研究提供理论基础。【方法】用隶属函数、主成分分析和聚类分析综合评价糜子资源表型多样性,用前期糜子转录组测序获得高基元SSR引物对地理来源差异大的糜子材料进行PCR扩增检测其多态性,用Power Marker 3.25计算遗传多样性参数,用Pop Gen 1.32计算Nei’s遗传距离,用MEGA 5.0进行聚类分析,用Structure 2.2鉴定遗传类群。【结果】96份糜子资源株高和穗长变异最丰富,多样性指数分别为2.08和1.91。PCR扩增发现,占56.29%的85对引物具多态性,其中四、五和六碱基重复引物分别为71对(83.53%)、10对(11.76%)和4对(4.7%)。85个标记扩增产物大小分布为100—450 bp,PIC值平均为0.51,Rp值为1.00—5.75,平均为3.15。四、五和六碱基重复SSR的平均Rp值分别为3.15、2.8和4.0。基于Rp值分析SSR的分布频次,发现85个标记分布区间为0—1、1—2、2—3、3—4、4—5和5—6,分别包含1(1.18%)、15(17.65%)、31(36.47%)、20(23.53%)、12(14.12%)和6(7.06%)个标记,60%(51个)的标记分布在区间2—3和3—4。用85个SSR扩增96份糜子资源,共检测到232个等位变异,每个位点检测到等位变异2—3个,平均2.7294个;62个位点产生3个变异,23个位点产生2个变异;多样性指数为0.2842—1.0633,平均为0.7708;PIC值为0.0400—0.7281,平均为0.4723。不同生态区糜子种质间的遗传距离为0.0093—0.5052(平均为0.1798),遗传一致度为0.6034—0.9907(平均为0.8485)。基于UPGMA将96个糜子基因型聚为4个群组,第一群组主要属于北方春糜子区;第二群主要属于东北春糜子区;第三群组主要属于华北夏糜子区;第四群组主要属于黄土高原春夏糜子区。遗传结构分析将96份试材划分为4个类群,分别代表黄土高原、华北、东北和北方基因库。UPGMA聚类分析和遗传结构分析结果基本一致,均与地理起源相关。【结论】在糜子中构建了85个四、五和六碱基重复微卫星标记,这些高基元SSR的引物分辨率(Rp)高,对不同基因型分辨能力强,PCR扩增多态性好;用其评估中国糜子资源的遗传差异发现,黄土高原春夏糜子区和北方春糜子区资源遗传多样性最丰富。 相似文献
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利用SSR标记技术对不同地区的383份玉米材料进行遗传多样性分析,通过非加权平均法(UPGMA)对材料进行聚类分析,将玉米材料进行优势类群的划分与归类。结果表明,通过26对扩增带型稳定的SSR引物,从材料中共检测出117条等位基因变异,每对引物检测的等位基因数为2～8个,平均4.5个,每对引物的多态性信息量为0.371～0.846,平均0.647。通过聚类图分析,可将供试玉米材料划分为6类。从而为今后育种实践有目的地选择亲本,拓宽遗传基础培育玉米新品种提供技术支撑。 相似文献